Effective results for Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 963
- Predicted by EffectiveT3: 255 (high confidence), 357 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 21 within, 18 before, 75 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 208
- Predicted by EffectiveELD: 25 eukaryotic-like domains, contained in 193 proteins (149 high, 44 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
223283.PSPTO_1407+PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_1418PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_0968PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_1439PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_2204PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_3208(>)PF01609 PF05598(mitochondrial)
223283.PSPTO_4792PF01609 PF05598ER
223283.PSPTO_1592++ER; plastid
223283.PSPTO_4067(+)+mitochondrial
223283.PSPTO_1315(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1310(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4347(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_3923+ER
223283.PSPTO_4343++(PF12255)
223283.PSPTO_0780(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2927+ER
223283.PSPTO_4529(>)(ER); (mitochondrial)
223283.PSPTO_4253(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2010(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2541(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0381+ER
223283.PSPTO_2426(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4997(PF06293)(ER)
223283.PSPTO_3210+(mitochondrial); plastid
223283.PSPTO_3963(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4774+(mitochondrial)
223283.PSPTO_1477PF05598ER
223283.PSPTO_4569(<)(ER)
223283.PSPTO_3230+ER
223283.PSPTO_3233(>)ER
223283.PSPTO_5440(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1493+ER
223283.PSPTO_5556(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_3532+ER
223283.PSPTO_0844(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0393+ER
223283.PSPTO_4485PF05598ER
223283.PSPTO_4152(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0474+(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_1704(PF02146)mitochondrial
223283.PSPTO_3113+mitochondrial; (mitochondrial)
223283.PSPTO_5269+(ER)
223283.PSPTO_5261+(ER); ER
223283.PSPTO_2665(>)ER; (ER)
223283.PSPTO_1778(>)ER
223283.PSPTO_5428(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2463+ER; (ER)
223283.PSPTO_0358PF05598ER
223283.PSPTO_0355+ER
223283.PSPTO_0171(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0681+mitochondrial
223283.PSPTO_1229(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1207+mitochondrial
223283.PSPTO_2836(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2162+mitochondrial
223283.PSPTO_1929PF05598ER
223283.PSPTO_3194(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_5564(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2764+(mitochondrial)
223283.PSPTO_3422(>)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4457(>)mitochondrial
223283.PSPTO_4856+ER
223283.PSPTO_5524+ER
223283.PSPTO_5031+(ER)
223283.PSPTO_4721++PF05932
223283.PSPTO_0733+ER
223283.PSPTO_2707+ER
223283.PSPTO_4596(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1343+ER
223283.PSPTO_5318+ER
223283.PSPTO_4845(PF07678)ER
223283.PSPTO_2180+(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_1188(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4060PF05598ER
223283.PSPTO_0583++plastid
223283.PSPTO_2514+ER
223283.PSPTO_0912+(ER)
223283.PSPTO_5131+(ER)
223283.PSPTO_1166(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0980+ER; (ER)
223283.PSPTO_2024(<)(mitochondrial)
223283.PSPTO_2234(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1854(PF11162)ER
223283.PSPTO_2556+ER; (mitochondrial)
223283.PSPTO_2008(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4185(>)(ER); ER
223283.PSPTO_3972+ER
223283.PSPTO_3971+ER
223283.PSPTO_5584+ER
223283.PSPTO_5582(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4303+ER
223283.PSPTO_4305+ER
223283.PSPTO_3560PF01150ER
223283.PSPTO_4514+ER; (ER)
223283.PSPTO_5179(>)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0613(<)ER; (ER)
223283.PSPTO_1879(>)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4395(<)ER
223283.PSPTO_0673+ER
223283.PSPTO_1813+(ER)
223283.PSPTO_3240(>)ER
223283.PSPTO_3249+(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_1714(>)(mitochondrial)
223283.PSPTO_2432(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2323+mitochondrial; (mitochondrial)
223283.PSPTO_0816+ER
223283.PSPTO_1509+(mitochondrial)
223283.PSPTO_2887(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1763+ER
223283.PSPTO_3734PF05598ER
223283.PSPTO_3731(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4702(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2691(>)ER
223283.PSPTO_5315(>)ER
223283.PSPTO_4841+ER; (ER)
223283.PSPTO_1567PF05598ER
223283.PSPTO_3807+ER
223283.PSPTO_3808PF05598ER
223283.PSPTO_4784+(ER); ER
223283.PSPTO_1805+ER
223283.PSPTO_2328(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2324(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4643(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_2841(PF00665)(mitochondrial); mitochondrial
223283.PSPTO_2843(PF11162)ER
223283.PSPTO_1616+(mitochondrial)
223283.PSPTO_3304+(ER)
223283.PSPTO_2792+mitochondrial
223283.PSPTO_5216+ER
223283.PSPTO_0534(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1910+(mitochondrial); mitochondrial
223283.PSPTO_4971(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4691+(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_2284+ER
223283.PSPTO_2281+(ER)
223283.PSPTO_3415+ER
223283.PSPTO_4931(>)(ER); (mitochondrial)
223283.PSPTO_0263+(mitochondrial)
223283.PSPTO_5517+ER
223283.PSPTO_3961+(mitochondrial)
223283.PSPTO_2071+ER
223283.PSPTO_4913+(mitochondrial)
223283.PSPTO_1992+(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_2054(<)ER
223283.PSPTO_2053+(ER); (plastid)
223283.PSPTO_3903+ER
223283.PSPTO_0903(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_0902(>)PF01609 PF05598
223283.PSPTO_4278(+)ER
223283.PSPTO_0228+(PF06945)
223283.PSPTO_2387(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_2437+PF03050
223283.PSPTO_3389+(PF00182)
223283.PSPTO_0208(+)ER
223283.PSPTO_4251+PF03050
223283.PSPTO_3250(+)(mitochondrial); plastid
223283.PSPTO_4756+ER; not used
223283.PSPTO_5591+PF03050
223283.PSPTO_1451+(mitochondrial)
223283.PSPTO_0883+(plastid)
223283.PSPTO_1383+(plastid)
223283.PSPTO_1682(+)mitochondrial; (mitochondrial)
223283.PSPTO_5368+PF03050
223283.PSPTO_4194(+)(ER)
223283.PSPTO_3213+PF03050
223283.PSPTO_2971+PF03050
223283.PSPTO_4567+PF03050
223283.PSPTO_4389+PF03050
223283.PSPTO_5385+(plastid)
223283.PSPTO_4718++
223283.PSPTO_5443+PF03050
223283.PSPTO_5445+PF03050
223283.PSPTO_0055(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_1909(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3394+(plastid)
223283.PSPTO_0849(+)(mitochondrial); (ER)
223283.PSPTO_5638(+)mitochondrial
223283.PSPTO_5635+(plastid)
223283.PSPTO_1398+(plastid)
223283.PSPTO_4737+PF03050
223283.PSPTO_4730(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_1342++
223283.PSPTO_0865(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3925++
223283.PSPTO_2800(+)(ER); (mitochondrial)
223283.PSPTO_3132++
223283.PSPTO_2872+(plastid)
223283.PSPTO_1966+plastid
223283.PSPTO_5543+PF03050
223283.PSPTO_2460+PF03050
223283.PSPTO_3482(<)(ER)
223283.PSPTO_3336(+)(ER)
223283.PSPTO_3151+plastid
223283.PSPTO_1227+PF03050
223283.PSPTO_2850(+)(ER)
223283.PSPTO_4468(<)+
223283.PSPTO_2740(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3433(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3996+PF03050
223283.PSPTO_3999+PF03050
223283.PSPTO_4967PF14564 (PF08964)
223283.PSPTO_4429(+)(mitochondrial); (plastid)
223283.PSPTO_0503+PF05932
223283.PSPTO_0058+(PF00665)
223283.PSPTO_5488+plastid
223283.PSPTO_3420+(mitochondrial)
223283.PSPTO_0194(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_0196+PF03050
223283.PSPTO_2125(+)mitochondrial; (mitochondrial)
223283.PSPTO_0292(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3651+PF03050
223283.PSPTO_1659(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_1654+(mitochondrial)
223283.PSPTO_2006+(mitochondrial)
223283.PSPTO_0712+(plastid)
223283.PSPTO_3098+(ER)
223283.PSPTO_0019(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_5198+plastid
223283.PSPTO_4906++
223283.PSPTO_1020+PF03050
223283.PSPTO_4589PF05932(mitochondrial)
223283.PSPTO_4588++
223283.PSPTO_4594+PF01129
223283.PSPTO_3613+PF03050
223283.PSPTO_0035+PF03050
223283.PSPTO_0039+PF03050
223283.PSPTO_1340(+)mitochondrial
223283.PSPTO_1619+plastid
223283.PSPTO_1004(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4440(<)(mitochondrial); not used
223283.PSPTO_4117(+)ER
223283.PSPTO_2981+(plastid)
223283.PSPTO_3059+
223283.PSPTO_3973(+)(ER)
223283.PSPTO_1189+PF03050
223283.PSPTO_0589+(plastid)
223283.PSPTO_1799(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4269(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_2535(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0977+(ER)
223283.PSPTO_1443(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3013(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_4188++
223283.PSPTO_4764+PF03050
223283.PSPTO_4769(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3692(+)(ER)
223283.PSPTO_3224(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3223PF01609 PF05598
223283.PSPTO_3216+PF03050
223283.PSPTO_3502+(plastid)
223283.PSPTO_4994+PF03050
223283.PSPTO_0670+PF03050
223283.PSPTO_4722+(PF14566)
223283.PSPTO_4724++
223283.PSPTO_3528PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1377+(plastid)
223283.PSPTO_2655+(mitochondrial)
223283.PSPTO_0878+plastid
223283.PSPTO_0003(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_1831+(mitochondrial)
223283.PSPTO_1027+(mitochondrial)
223283.PSPTO_2678+(<)
223283.PSPTO_3102(>)+
223283.PSPTO_4101+(>)
223283.PSPTO_5411+PF03050
223283.PSPTO_3220+PF03050
223283.PSPTO_0833(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_4592+PF01129
223283.PSPTO_2321(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_0502+(plastid)
223283.PSPTO_1098+PF03050
223283.PSPTO_1095(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_0149+(mitochondrial)
223283.PSPTO_4556PF07217(mitochondrial)
223283.PSPTO_2840+PF03050
223283.PSPTO_1934+plastid
223283.PSPTO_1930+(ER)
223283.PSPTO_4625(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3169(+)ER
223283.PSPTO_5575(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_5215+PF03050
223283.PSPTO_5212+PF03050
223283.PSPTO_0535(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3044(PF00665)(plastid)
223283.PSPTO_2115(>)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4013(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_4018(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4693+PF03050
223283.PSPTO_4696PF01609 (PF00665)
223283.PSPTO_4956(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3882+(plastid)
223283.PSPTO_5304+PF03050
223283.PSPTO_3608(PF00665) PF02796
223283.PSPTO_3715+(plastid)
223283.PSPTO_3298(+)ER
223283.PSPTO_0446(+)ER; (ER)
223283.PSPTO_4725PF01609 PF05598
223283.PSPTO_1998++
223283.PSPTO_0024+(mitochondrial); not used
223283.PSPTO_4078+(mitochondrial)
223283.PSPTO_0028(PF00665)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0905+(plastid)
223283.PSPTO_0767(>)
223283.PSPTO_2262+
223283.PSPTO_2196(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_2992+
223283.PSPTO_3027+
223283.PSPTO_4270PF01695
223283.PSPTO_5066(PF00665)
223283.PSPTO_1172(<)
223283.PSPTO_1174(+)(<)
223283.PSPTO_4093+
223283.PSPTO_5321+
223283.PSPTO_4896+
223283.PSPTO_4898+
223283.PSPTO_3929+
223283.PSPTO_1781+
223283.PSPTO_2388PF01695
223283.PSPTO_3550+
223283.PSPTO_1387+
223283.PSPTO_1260+
223283.PSPTO_1336(<)
223283.PSPTO_0946+
223283.PSPTO_0944+
223283.PSPTO_4807(+)+
223283.PSPTO_4751+
223283.PSPTO_1455+
223283.PSPTO_1453+
223283.PSPTO_2046+
223283.PSPTO_0124(PF00665)
223283.PSPTO_3578(>)
223283.PSPTO_3686+
223283.PSPTO_1382+
223283.PSPTO_0083+
223283.PSPTO_0089+
223283.PSPTO_0620+
223283.PSPTO_1861+
223283.PSPTO_1681+
223283.PSPTO_0223+
223283.PSPTO_4272+
223283.PSPTO_4190+
223283.PSPTO_3217+not used
223283.PSPTO_2812(+)(plastid)
223283.PSPTO_4779+
223283.PSPTO_4998(PF06293)
223283.PSPTO_4999(PF06293)
223283.PSPTO_0592(<)
223283.PSPTO_5161+
223283.PSPTO_1116+
223283.PSPTO_5168(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4876(>)
223283.PSPTO_3237+
223283.PSPTO_4712+
223283.PSPTO_0457+
223283.PSPTO_0450(PF00665)
223283.PSPTO_5447+
223283.PSPTO_5000(PF06293)
223283.PSPTO_5483+
223283.PSPTO_3396+
223283.PSPTO_2622(PF02146)
223283.PSPTO_2767+
223283.PSPTO_1535+
223283.PSPTO_0044+
223283.PSPTO_3705+
223283.PSPTO_3703+
223283.PSPTO_4157+
223283.PSPTO_3876(>)
223283.PSPTO_5286+
223283.PSPTO_5284+
223283.PSPTO_5466+
223283.PSPTO_5471(+)plastid
223283.PSPTO_5475+
223283.PSPTO_0864PF01695
223283.PSPTO_0130+
223283.PSPTO_1510(>)
223283.PSPTO_2093(PF00182)
223283.PSPTO_2092+
223283.PSPTO_2898+
223283.PSPTO_3278+
223283.PSPTO_2806+
223283.PSPTO_4139+
223283.PSPTO_5406+
223283.PSPTO_0808+
223283.PSPTO_5356+
223283.PSPTO_2660+
223283.PSPTO_4677+
223283.PSPTO_3130+
223283.PSPTO_1570+not used
223283.PSPTO_2873(>)
223283.PSPTO_0310(+)(plastid)
223283.PSPTO_5246+
223283.PSPTO_1960+
223283.PSPTO_0516(PF00665)
223283.PSPTO_0041+
223283.PSPTO_5013+
223283.PSPTO_2468(PF06945)
223283.PSPTO_0828+
223283.PSPTO_0827(>)
223283.PSPTO_2686+
223283.PSPTO_3332+
223283.PSPTO_4652+
223283.PSPTO_3159+
223283.PSPTO_1089+
223283.PSPTO_1088+
223283.PSPTO_4461+
223283.PSPTO_5226+
223283.PSPTO_0545+
223283.PSPTO_1949(+)plastid
223283.PSPTO_1943+
223283.PSPTO_3006+
223283.PSPTO_3556+
223283.PSPTO_2445+
223283.PSPTO_4636+
223283.PSPTO_3172(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_1205+
223283.PSPTO_1209+
223283.PSPTO_1208+
223283.PSPTO_3955+
223283.PSPTO_3954(+)(plastid)
223283.PSPTO_3781+
223283.PSPTO_2741PF01695
223283.PSPTO_1157(>)
223283.PSPTO_5200+
223283.PSPTO_1927(>)
223283.PSPTO_3432PF01695
223283.PSPTO_3198+
223283.PSPTO_3190+
223283.PSPTO_3197+
223283.PSPTO_4340+
223283.PSPTO_1043(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_4964+
223283.PSPTO_2760+
223283.PSPTO_0056PF01695
223283.PSPTO_5481+
223283.PSPTO_5533+
223283.PSPTO_1671+
223283.PSPTO_2598+
223283.PSPTO_5018(PF00665)
223283.PSPTO_1065+
223283.PSPTO_0193PF01695
223283.PSPTO_4455(>)
223283.PSPTO_1241(+)+
223283.PSPTO_4675(PF02146)
223283.PSPTO_4852+
223283.PSPTO_0291PF01695
223283.PSPTO_0298PF02796
223283.PSPTO_4001+
223283.PSPTO_4008+
223283.PSPTO_1658PF01695
223283.PSPTO_3542+
223283.PSPTO_2004(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3409+
223283.PSPTO_3405(+)(plastid)
223283.PSPTO_3402+
223283.PSPTO_4921(>)
223283.PSPTO_3945+
223283.PSPTO_3679+
223283.PSPTO_0018PF01695
223283.PSPTO_5197+
223283.PSPTO_5545+
223283.PSPTO_0482+
223283.PSPTO_5052+
223283.PSPTO_1022+
223283.PSPTO_5370PF01695
223283.PSPTO_4599PF05932
223283.PSPTO_4597+
223283.PSPTO_4044(+)(plastid)
223283.PSPTO_4037(PF00182)
223283.PSPTO_4038+
223283.PSPTO_1349(+)+
223283.PSPTO_3442+
223283.PSPTO_3445+
223283.PSPTO_2069+
223283.PSPTO_4871(+)+
223283.PSPTO_1001(+)+
223283.PSPTO_4699+
223283.PSPTO_0930+
223283.PSPTO_2277(PF06189)
223283.PSPTO_4665+
223283.PSPTO_0347+
223283.PSPTO_3587+
223283.PSPTO_3581(+)(plastid)
223283.PSPTO_2487+
223283.PSPTO_1988+
223283.PSPTO_1981+
223283.PSPTO_4068(+)(ER)
223283.PSPTO_0584(PF02146)
223283.PSPTO_1369PF05932
223283.PSPTO_5331(PF13402)
223283.PSPTO_1363+
223283.PSPTO_2048+
223283.PSPTO_0911+
223283.PSPTO_3936+
223283.PSPTO_3933(PF00182)
223283.PSPTO_0779+
223283.PSPTO_1423(>)
223283.PSPTO_3975(+)(>)
223283.PSPTO_4081+
223283.PSPTO_5353PF05932
223283.PSPTO_4882(PF11162)
223283.PSPTO_5014+
223283.PSPTO_2029+
223283.PSPTO_2538+
223283.PSPTO_2539+
223283.PSPTO_4741+
223283.PSPTO_1863+
223283.PSPTO_1448(+)+
223283.PSPTO_2239+
223283.PSPTO_2491+
223283.PSPTO_3019(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3014PF01695
223283.PSPTO_3544+
223283.PSPTO_0890+
223283.PSPTO_5112+
223283.PSPTO_5110+
223283.PSPTO_0092+
223283.PSPTO_0950+
223283.PSPTO_4186(+)+
223283.PSPTO_4189+
223283.PSPTO_3756+
223283.PSPTO_3751(PF06945)
223283.PSPTO_4767+
223283.PSPTO_0402+
223283.PSPTO_4768PF01695
223283.PSPTO_3489+
223283.PSPTO_1466(PF06945)
223283.PSPTO_1469+
223283.PSPTO_3561+
223283.PSPTO_2966+
223283.PSPTO_4511(PF00665)
223283.PSPTO_4519+
223283.PSPTO_4865+
223283.PSPTO_5178+
223283.PSPTO_1878(PF00665)
223283.PSPTO_4863+
223283.PSPTO_2574+
223283.PSPTO_4703+
223283.PSPTO_5432+
223283.PSPTO_3743+
223283.PSPTO_1551+
223283.PSPTO_3501(+)(>)
223283.PSPTO_4996(+)(plastid)
223283.PSPTO_4574(PF13402)
223283.PSPTO_4570+
223283.PSPTO_5629PF01609
223283.PSPTO_5620(+)(mitochondrial); not used
223283.PSPTO_1819+
223283.PSPTO_1814(PF06945)
223283.PSPTO_4727+
223283.PSPTO_4729PF01695
223283.PSPTO_1713(+)(plastid)
223283.PSPTO_3524(>)
223283.PSPTO_1376(+)PF05932
223283.PSPTO_2450+
223283.PSPTO_0877(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0876+
223283.PSPTO_1385+
223283.PSPTO_1526+
223283.PSPTO_5057+
223283.PSPTO_5509(PF00665)
223283.PSPTO_3841+
223283.PSPTO_1356+
223283.PSPTO_2675(<)
223283.PSPTO_3942+
223283.PSPTO_0102+
223283.PSPTO_4100+
223283.PSPTO_1765+
223283.PSPTO_1944+
223283.PSPTO_1945+
223283.PSPTO_3225PF01695
223283.PSPTO_0832PF01695
223283.PSPTO_0834(>)
223283.PSPTO_2694+
223283.PSPTO_3129+
223283.PSPTO_5645+
223283.PSPTO_1568+
223283.PSPTO_5254+
223283.PSPTO_1955+
223283.PSPTO_1952+
223283.PSPTO_1772+
223283.PSPTO_2322PF01695
223283.PSPTO_2325+
223283.PSPTO_3498+
223283.PSPTO_3499+
223283.PSPTO_4642+
223283.PSPTO_4315+
223283.PSPTO_1890+
223283.PSPTO_1096PF01695
223283.PSPTO_1093+
223283.PSPTO_0148+
223283.PSPTO_1233+
223283.PSPTO_1546(>)
223283.PSPTO_1238+
223283.PSPTO_1036+
223283.PSPTO_3799+
223283.PSPTO_3790(<)
223283.PSPTO_2842PF01695
223283.PSPTO_2845(PF11162)
223283.PSPTO_4418(+)plastid
223283.PSPTO_1617+
223283.PSPTO_0553(<)
223283.PSPTO_1939+
223283.PSPTO_1935+
223283.PSPTO_1932+not used
223283.PSPTO_4631+
223283.PSPTO_2305+
223283.PSPTO_2301+
223283.PSPTO_4626PF01695
223283.PSPTO_4623(PF06884)
223283.PSPTO_5576PF01695
223283.PSPTO_1213+
223283.PSPTO_2828+
223283.PSPTO_2171+
223283.PSPTO_4436+
223283.PSPTO_4296+
223283.PSPTO_5218+
223283.PSPTO_1917(+)(ER)
223283.PSPTO_1669+
223283.PSPTO_2365(<)
223283.PSPTO_2361+
223283.PSPTO_3183(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0320+
223283.PSPTO_4976+
223283.PSPTO_4975+
223283.PSPTO_3043(PF06189)
223283.PSPTO_3644+
223283.PSPTO_0043+
223283.PSPTO_0049+
223283.PSPTO_1645(>)
223283.PSPTO_1648+
223283.PSPTO_2349+
223283.PSPTO_3345(>)
223283.PSPTO_4371(PF06293)
223283.PSPTO_5537+
223283.PSPTO_0701+
223283.PSPTO_5393+
223283.PSPTO_2287+
223283.PSPTO_2136(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_3086+
223283.PSPTO_3665+
223283.PSPTO_3662(>)
223283.PSPTO_3886(+)plastid
223283.PSPTO_1374(+)PF05932
223283.PSPTO_1373+
223283.PSPTO_0061+
223283.PSPTO_4331+
223283.PSPTO_4333+
223283.PSPTO_5514+
223283.PSPTO_4935+
223283.PSPTO_2739+
223283.PSPTO_3065+
223283.PSPTO_3607PF01695
223283.PSPTO_5183+
223283.PSPTO_0840(>)
223283.PSPTO_3960+
223283.PSPTO_4014PF01695
223283.PSPTO_2077(+)(PF12949)
223283.PSPTO_2078+
223283.PSPTO_3292+
223283.PSPTO_3299(+)(mitochondrial)
223283.PSPTO_0922+
223283.PSPTO_0746(PF05277)
223283.PSPTO_0740+
223283.PSPTO_5147+
223283.PSPTO_5141+
223283.PSPTO_5312+
223283.PSPTO_1199+not used
223283.PSPTO_5303+
223283.PSPTO_1372+
223283.PSPTO_1370+
223283.PSPTO_5308+
223283.PSPTO_0907+
223283.PSPTO_0901+
223283.PSPTO_0766(+)
223283.PSPTO_2267(+)
223283.PSPTO_2192(+)
223283.PSPTO_4275(+)
223283.PSPTO_4094(+)
223283.PSPTO_1876(+)
223283.PSPTO_2203(+)
223283.PSPTO_4528(+)
223283.PSPTO_1153(+)
223283.PSPTO_1330(+)
223283.PSPTO_2544(+)
223283.PSPTO_2014(+)
223283.PSPTO_2549(+)
223283.PSPTO_4800(+)
223283.PSPTO_0383(+)
223283.PSPTO_3769(+)
223283.PSPTO_3948(+)
223283.PSPTO_0410(+)
223283.PSPTO_1454(+)
223283.PSPTO_2041(+)
223283.PSPTO_2043(+)
223283.PSPTO_0651(+)
223283.PSPTO_3688(+)
223283.PSPTO_5364(+)
223283.PSPTO_2562(+)
223283.PSPTO_3200(+)
223283.PSPTO_4191(+)
223283.PSPTO_3969(+)
223283.PSPTO_2976(+)
223283.PSPTO_2978(+)
223283.PSPTO_5324(+)
223283.PSPTO_4563(+)
223283.PSPTO_5389(+)
223283.PSPTO_4174(+)
223283.PSPTO_3726(+)
223283.PSPTO_0454(+)
223283.PSPTO_5448(+)
223283.PSPTO_2933(+)
223283.PSPTO_0501(+)
223283.PSPTO_1327(+)
223283.PSPTO_1322(+)
223283.PSPTO_1908(+)
223283.PSPTO_3397(+)
223283.PSPTO_4549(+)
223283.PSPTO_5632(+)
223283.PSPTO_1534(+)
223283.PSPTO_3879(+)
223283.PSPTO_4732(+)
223283.PSPTO_0866(+)
223283.PSPTO_2649(+)
223283.PSPTO_2642(+)
223283.PSPTO_2640(+)
223283.PSPTO_5619(+)
223283.PSPTO_1511(+)
223283.PSPTO_2091(+)
223283.PSPTO_3852(+)
223283.PSPTO_3855(+)
223283.PSPTO_5263(+)
223283.PSPTO_5267(+)
223283.PSPTO_5354(+)
223283.PSPTO_1302(+)
223283.PSPTO_0111(+)
223283.PSPTO_1579(+)
223283.PSPTO_1575(+)
223283.PSPTO_2870(+)
223283.PSPTO_4448(+)
223283.PSPTO_2469(+)
223283.PSPTO_3486(+)not used
223283.PSPTO_3485(+)
223283.PSPTO_4651(+)
223283.PSPTO_0174(+)
223283.PSPTO_1559(+)
223283.PSPTO_2140(+)
223283.PSPTO_2144(+)
223283.PSPTO_4465(+)
223283.PSPTO_5224(+)
223283.PSPTO_2339(+)
223283.PSPTO_0371(+)
223283.PSPTO_0155(+)
223283.PSPTO_0152(+)
223283.PSPTO_4520(+)
223283.PSPTO_3787(+)
223283.PSPTO_2835(+)not used
223283.PSPTO_2838(+)
223283.PSPTO_2296(+)
223283.PSPTO_2166(+)
223283.PSPTO_4405(+)
223283.PSPTO_5209(+)
223283.PSPTO_5203(+)
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223283.PSPTO_3497(+)
223283.PSPTO_4316(+)
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223283.PSPTO_1914(+)
223283.PSPTO_1668(+)
223283.PSPTO_2240(+)
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223283.PSPTO_2368(+)
223283.PSPTO_2585(+)
223283.PSPTO_3369(+)
223283.PSPTO_3188(+)
223283.PSPTO_0323(+)
223283.PSPTO_1058(+)
223283.PSPTO_1581(+)
223283.PSPTO_3046(+)
223283.PSPTO_2778(+)
223283.PSPTO_2802(+)
223283.PSPTO_0047(+)
223283.PSPTO_0934(+)
223283.PSPTO_3437(+)
223283.PSPTO_5534(+)
223283.PSPTO_1073(+)
223283.PSPTO_1075(+)
223283.PSPTO_1076(+)
223283.PSPTO_4073(+)
223283.PSPTO_5390(+)
223283.PSPTO_4071(+)
223283.PSPTO_2282(+)
223283.PSPTO_2759(+)
223283.PSPTO_2131(+)
223283.PSPTO_0287(+)
223283.PSPTO_3661(+)
223283.PSPTO_4330(+)
223283.PSPTO_0301(+)
223283.PSPTO_5049(+)
223283.PSPTO_0726(+)
223283.PSPTO_3067(+)
223283.PSPTO_3066(+)
223283.PSPTO_0268(+)
223283.PSPTO_4058(+)
223283.PSPTO_1606(+)
223283.PSPTO_2076(+)
223283.PSPTO_3293(+)
223283.PSPTO_5458(+)
223283.PSPTO_3045(+)
223283.PSPTO_4215(+)
223283.PSPTO_4245(+)
223283.PSPTO_0242(+)
223283.PSPTO_1191(+)
223283.PSPTO_0236(+)
223283.PSPTO_2508(+)
223283.PSPTO_2505(+)
223283.PSPTO_3902(+)
223283.PSPTO_4686(+)
223283.PSPTO_2825(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.3 (13/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.1 (1/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.25 (18/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================