Effective results for Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 459
- Predicted by EffectiveT3: 123 (high confidence), 208 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 13 within, 11 before, 33 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 81
- Predicted by EffectiveELD: 10 eukaryotic-like domains, contained in 18 proteins (2 high, 16 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
395492.Rleg2_2145	+		+		mitochondrial; plastid
395492.Rleg2_4255	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_1156			+		ER
395492.Rleg2_1204			+		ER
395492.Rleg2_3158	+	(<)			(mitochondrial)
395492.Rleg2_0096	+				ER
395492.Rleg2_1215	+				mitochondrial; plastid
395492.Rleg2_3577	+				(ER)
395492.Rleg2_1863				(PF04654)	ER
395492.Rleg2_1869			+		ER
395492.Rleg2_0323			+		ER
395492.Rleg2_1272				(PF06455)	ER
395492.Rleg2_3514		+			ER
395492.Rleg2_3517				PF12772	mitochondrial
395492.Rleg2_3356		(>)			(mitochondrial)
395492.Rleg2_0328	+		+		(plastid)
395492.Rleg2_0981			+		mitochondrial
395492.Rleg2_3233				(PF13449)	ER
395492.Rleg2_2012			+		(ER)
395492.Rleg2_1100	(+)			(PF13449)	ER
395492.Rleg2_1496		(>)			ER
395492.Rleg2_1252				(PF13449)	ER
395492.Rleg2_0180	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_3539			+		ER
395492.Rleg2_3394		+			ER
395492.Rleg2_4334		(>)			(mitochondrial)
395492.Rleg2_2652		(>)			(mitochondrial)
395492.Rleg2_0271	+				(mitochondrial); plastid
395492.Rleg2_0499			+		ER
395492.Rleg2_1837	(+)			(PF13449)	ER
395492.Rleg2_0722			+		ER
395492.Rleg2_4053		(<)			ER
395492.Rleg2_0461			+		ER
395492.Rleg2_0642			+		ER
395492.Rleg2_4037			+		ER
395492.Rleg2_2072			+		ER
395492.Rleg2_3617	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_2764			+		ER
395492.Rleg2_2084		(<)			ER
395492.Rleg2_3918			+		ER
395492.Rleg2_1979			+		ER; (ER)
395492.Rleg2_3589				(PF13449)	ER
395492.Rleg2_1753		(>)			(ER)
395492.Rleg2_0340	+				mitochondrial; (mitochondrial)
395492.Rleg2_1364			+		ER
395492.Rleg2_1749			+		ER
395492.Rleg2_3023		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
395492.Rleg2_0178			+		ER
395492.Rleg2_0687		(<)			(mitochondrial); mitochondrial
395492.Rleg2_1794				(PF04654)	ER
395492.Rleg2_2216			+		ER
395492.Rleg2_2850		(>)			ER
395492.Rleg2_0545	+				(mitochondrial); (plastid)
395492.Rleg2_3381		+			(mitochondrial)
395492.Rleg2_0975		(>)			(ER)
395492.Rleg2_1155	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_1151		+			(mitochondrial)
395492.Rleg2_3489	+				plastid
395492.Rleg2_0307	+				(plastid)
395492.Rleg2_2799			+		(mitochondrial)
395492.Rleg2_3683			+		(plastid)
395492.Rleg2_3371	(+)				ER; (ER)
395492.Rleg2_0319	+	(<)
395492.Rleg2_0629		+
395492.Rleg2_1686	(+)				(mitochondrial); plastid
395492.Rleg2_1466	+		+
395492.Rleg2_2565	+				(plastid)
395492.Rleg2_0329	+				plastid
395492.Rleg2_0339	+				(plastid)
395492.Rleg2_1244	+				(ER)
395492.Rleg2_2638	+				(plastid)
395492.Rleg2_2353	(+)				(ER); (mitochondrial)
395492.Rleg2_2754		+	+
395492.Rleg2_3712	+				(plastid)
395492.Rleg2_1531	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_4029	+				(mitochondrial)
395492.Rleg2_2142	(+)				(mitochondrial); plastid
395492.Rleg2_3267			+		(mitochondrial)
395492.Rleg2_3602	(+)				ER
395492.Rleg2_2093			+		(mitochondrial)
395492.Rleg2_2095	+				(ER)
395492.Rleg2_3294			+		(mitochondrial)
395492.Rleg2_0713	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_3827	+			(PF08975)
395492.Rleg2_3138	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_0048	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_2257	+		+
395492.Rleg2_0835	(+)				mitochondrial; plastid
395492.Rleg2_0816			+		(ER)
395492.Rleg2_0209	+		+
395492.Rleg2_3936		(>)			(mitochondrial)
395492.Rleg2_4261	+		+
395492.Rleg2_2437	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_3128	+				plastid
395492.Rleg2_3953			+
395492.Rleg2_3178	+
395492.Rleg2_3959	+
395492.Rleg2_2291	+				not used
395492.Rleg2_2309			+
395492.Rleg2_2301	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_2787	+
395492.Rleg2_0947			+
395492.Rleg2_2160			+
395492.Rleg2_3308	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_0412			+
395492.Rleg2_0098	+
395492.Rleg2_1141				PF05551
395492.Rleg2_1149			+
395492.Rleg2_1859	+
395492.Rleg2_1454	+
395492.Rleg2_2223			+
395492.Rleg2_3586	+
395492.Rleg2_0955	+
395492.Rleg2_2631	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_3209	+
395492.Rleg2_0882		(>)
395492.Rleg2_4291		(<)
395492.Rleg2_0400	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_0088	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_1599		(<)
395492.Rleg2_1267		(>)
395492.Rleg2_1661	+
395492.Rleg2_1669	+
395492.Rleg2_3653			+
395492.Rleg2_2967	(+)				(ER)
395492.Rleg2_2961	(+)				(ER)
395492.Rleg2_2818	+
395492.Rleg2_2563		(>)
395492.Rleg2_4191		(>)
395492.Rleg2_3748		(>)
395492.Rleg2_3214			+
395492.Rleg2_3215	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_3980	+
395492.Rleg2_4284	+
395492.Rleg2_1055	+
395492.Rleg2_1906		(>)
395492.Rleg2_1902			+
395492.Rleg2_1908		(>)
395492.Rleg2_3490	+
395492.Rleg2_1676	+
395492.Rleg2_3048	+
395492.Rleg2_3595	+
395492.Rleg2_3041		(>)
395492.Rleg2_2373	+
395492.Rleg2_1318	+
395492.Rleg2_3511		(>)
395492.Rleg2_2778	+
395492.Rleg2_2808	+
395492.Rleg2_2979	+
395492.Rleg2_0338	+
395492.Rleg2_1060	+
395492.Rleg2_1111	+
395492.Rleg2_0192	+
395492.Rleg2_0199		(>)
395492.Rleg2_1554	+
395492.Rleg2_3981	+
395492.Rleg2_1248	+
395492.Rleg2_2347				(PF16387)
395492.Rleg2_2623	+
395492.Rleg2_3505	+
395492.Rleg2_4308	+
395492.Rleg2_2290	+
395492.Rleg2_2741	+
395492.Rleg2_2128		+
395492.Rleg2_3724	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_4301			+
395492.Rleg2_2543		(>)
395492.Rleg2_0457			+
395492.Rleg2_1655	+
395492.Rleg2_4129	(+)				(ER)
395492.Rleg2_2355			+
395492.Rleg2_2640	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_3775	+
395492.Rleg2_2910	+
395492.Rleg2_3085			+
395492.Rleg2_2624		+
395492.Rleg2_4237	+
395492.Rleg2_0664	+
395492.Rleg2_1004	+
395492.Rleg2_1008	+
395492.Rleg2_1380	+
395492.Rleg2_3522	+
395492.Rleg2_2929	+
395492.Rleg2_3093			+
395492.Rleg2_3255	(+)	+
395492.Rleg2_4156	+
395492.Rleg2_4157	+
395492.Rleg2_3872	+
395492.Rleg2_0383				(PF13778)
395492.Rleg2_4026	+
395492.Rleg2_0473		(<)
395492.Rleg2_2522			+
395492.Rleg2_0124	+
395492.Rleg2_1703	+
395492.Rleg2_1707			+
395492.Rleg2_1442		(>)
395492.Rleg2_0138	(+)	(>)
395492.Rleg2_2733				(PF01501)
395492.Rleg2_3890			+
395492.Rleg2_4239	+
395492.Rleg2_3845	+
395492.Rleg2_0394		+
395492.Rleg2_0392	(+)				(ER)
395492.Rleg2_1851	+
395492.Rleg2_1020	+				not used
395492.Rleg2_0738	+
395492.Rleg2_0730	+
395492.Rleg2_0736	(+)				(mitochondrial)
395492.Rleg2_1355			+
395492.Rleg2_1606		(>)
395492.Rleg2_1356	+
395492.Rleg2_1513		(>)
395492.Rleg2_2094	+
395492.Rleg2_4342	+
395492.Rleg2_3073		(>)
395492.Rleg2_3074	+
395492.Rleg2_4223	+
395492.Rleg2_3850	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_1726		(>)
395492.Rleg2_3422		(>)
395492.Rleg2_2089	(+)	+
395492.Rleg2_1302			+
395492.Rleg2_2711			+
395492.Rleg2_2886		(>)
395492.Rleg2_1768			+
395492.Rleg2_2400			+
395492.Rleg2_2402	+
395492.Rleg2_0018	+
395492.Rleg2_2661				(PF13778)
395492.Rleg2_4245			+
395492.Rleg2_0930		(>)
395492.Rleg2_0931	+
395492.Rleg2_1629			+
395492.Rleg2_3133	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_3139				(PF01501)
395492.Rleg2_1190		(>)
395492.Rleg2_1194			+
395492.Rleg2_4071	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_4246			+
395492.Rleg2_1371	+
395492.Rleg2_1379	+
395492.Rleg2_1757		(>)
395492.Rleg2_1975				(PF01442)
395492.Rleg2_2256	+
395492.Rleg2_1300	+
395492.Rleg2_1407	+
395492.Rleg2_2276			+
395492.Rleg2_2878	+
395492.Rleg2_0833		+
395492.Rleg2_0832	+
395492.Rleg2_0834			+
395492.Rleg2_2793	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_3052		(<)
395492.Rleg2_0343	+
395492.Rleg2_4069		(>)
395492.Rleg2_2391	+
395492.Rleg2_0767	+
395492.Rleg2_1361		+
395492.Rleg2_1413			+
395492.Rleg2_3213	+
395492.Rleg2_2133	(+)				plastid
395492.Rleg2_2079	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_2264	+
395492.Rleg2_2194	+
395492.Rleg2_2195	+
395492.Rleg2_2199			+
395492.Rleg2_2861		(<)
395492.Rleg2_2864	+
395492.Rleg2_0915			+
395492.Rleg2_0170	(+)				(plastid)
395492.Rleg2_0576	+
395492.Rleg2_3207	(+)			(PF01501)
395492.Rleg2_2541	+
395492.Rleg2_1427	(+)				plastid
395492.Rleg2_1365			+
395492.Rleg2_1167	+
395492.Rleg2_2853			+
395492.Rleg2_0963	+
395492.Rleg2_0364	+
395492.Rleg2_1894			+
395492.Rleg2_4083			+
395492.Rleg2_1231	+
395492.Rleg2_1432			+
395492.Rleg2_3798	+
395492.Rleg2_2025		(<)
395492.Rleg2_2531	+
395492.Rleg2_0978	+
395492.Rleg2_0979	+
395492.Rleg2_3956	(+)
395492.Rleg2_4256	(+)
395492.Rleg2_2524	(+)
395492.Rleg2_0358	(+)
395492.Rleg2_1154	(+)
395492.Rleg2_0372	(+)
395492.Rleg2_0388	(+)
395492.Rleg2_3974	(+)
395492.Rleg2_2305	(+)
395492.Rleg2_2070	(+)
395492.Rleg2_3785	(+)
395492.Rleg2_2016	(+)
395492.Rleg2_0949	(+)
395492.Rleg2_0944	(+)
395492.Rleg2_2161	(+)
395492.Rleg2_0822	(+)
395492.Rleg2_3761	(+)
395492.Rleg2_1853	(+)
395492.Rleg2_1142	(+)
395492.Rleg2_1144	(+)
395492.Rleg2_1924	(+)
395492.Rleg2_1211	(+)
395492.Rleg2_1325	(+)
395492.Rleg2_1451	(+)
395492.Rleg2_3347	(+)
395492.Rleg2_1769	(+)
395492.Rleg2_2488	(+)				not used
395492.Rleg2_2007	(+)
395492.Rleg2_3574	(+)
395492.Rleg2_3379	(+)
395492.Rleg2_3197	(+)
395492.Rleg2_3999	(+)
395492.Rleg2_0402	(+)
395492.Rleg2_0317	(+)
395492.Rleg2_0314	(+)
395492.Rleg2_4340	(+)
395492.Rleg2_0620	(+)				not used
395492.Rleg2_1260	(+)
395492.Rleg2_1262	(+)
395492.Rleg2_1687	(+)
395492.Rleg2_3655	(+)
395492.Rleg2_1109	(+)
395492.Rleg2_3565	(+)
395492.Rleg2_3695	(+)
395492.Rleg2_3692	(+)
395492.Rleg2_3181	(+)
395492.Rleg2_0982	(+)
395492.Rleg2_0504	(+)
395492.Rleg2_0182	(+)
395492.Rleg2_1698	(+)
395492.Rleg2_1872	(+)
395492.Rleg2_1675	(+)
395492.Rleg2_4217	(+)
395492.Rleg2_2973	(+)
395492.Rleg2_4165	(+)
395492.Rleg2_4210	(+)
395492.Rleg2_1658	(+)
395492.Rleg2_4017	(+)
395492.Rleg2_0420	(+)
395492.Rleg2_0198	(+)
395492.Rleg2_0608	(+)
395492.Rleg2_0607	(+)
395492.Rleg2_1802	(+)
395492.Rleg2_3464	(+)
395492.Rleg2_3832	(+)
395492.Rleg2_3766	(+)
395492.Rleg2_4226	(+)
395492.Rleg2_3498	(+)
395492.Rleg2_2907	(+)
395492.Rleg2_3434	(+)
395492.Rleg2_3657	(+)
395492.Rleg2_4008	(+)
395492.Rleg2_3430	(+)				not used
395492.Rleg2_3822	(+)
395492.Rleg2_3864	(+)
395492.Rleg2_0061	(+)
395492.Rleg2_0441	(+)
395492.Rleg2_0660	(+)
395492.Rleg2_1825	(+)
395492.Rleg2_1603	(+)
395492.Rleg2_0716	(+)
395492.Rleg2_4240	(+)
395492.Rleg2_3948	(+)
395492.Rleg2_2824	(+)
395492.Rleg2_1076	(+)
395492.Rleg2_2728	(+)
395492.Rleg2_3410	(+)
395492.Rleg2_3419	(+)
395492.Rleg2_1855	(+)
395492.Rleg2_0001	(+)
395492.Rleg2_0387	(+)
395492.Rleg2_1010	(+)
395492.Rleg2_1838	(+)
395492.Rleg2_0727	(+)
395492.Rleg2_1632	(+)
395492.Rleg2_0133	(+)
395492.Rleg2_2939	(+)
395492.Rleg2_0860	(+)
395492.Rleg2_3265	(+)
395492.Rleg2_3286	(+)
395492.Rleg2_4232	(+)
395492.Rleg2_1600	(+)
395492.Rleg2_3844	+
395492.Rleg2_1023	(+)
395492.Rleg2_1025	(+)
395492.Rleg2_4311	(+)
395492.Rleg2_1512	(+)
395492.Rleg2_3472	(+)
395492.Rleg2_3862	(+)
395492.Rleg2_3868	(+)
395492.Rleg2_0815	(+)
395492.Rleg2_3070	(+)
395492.Rleg2_0250	(+)
395492.Rleg2_0928	(+)
395492.Rleg2_3103	(+)
395492.Rleg2_2926	(+)
395492.Rleg2_0741	(+)
395492.Rleg2_1292	+
395492.Rleg2_1500	(+)
395492.Rleg2_3351	(+)
395492.Rleg2_0353	(+)
395492.Rleg2_3494	(+)
395492.Rleg2_3441	(+)
395492.Rleg2_1000	(+)
395492.Rleg2_4213	(+)
395492.Rleg2_3914	(+)
395492.Rleg2_0248	(+)
395492.Rleg2_0111	(+)
395492.Rleg2_4079	(+)
395492.Rleg2_0255	(+)
395492.Rleg2_1571	(+)
395492.Rleg2_2271	(+)
395492.Rleg2_2876	(+)
395492.Rleg2_2957	(+)
395492.Rleg2_2470	(+)
395492.Rleg2_2058	(+)
395492.Rleg2_4118	(+)
395492.Rleg2_4115	(+)
395492.Rleg2_3631	(+)
395492.Rleg2_0900	(+)
395492.Rleg2_1984	(+)
395492.Rleg2_3120	(+)
395492.Rleg2_2241	(+)
395492.Rleg2_0766	(+)
395492.Rleg2_2247	(+)
395492.Rleg2_4067	(+)
395492.Rleg2_1748	(+)
395492.Rleg2_0586	(+)
395492.Rleg2_2197	(+)
395492.Rleg2_0076	(+)
395492.Rleg2_2468	(+)
395492.Rleg2_0769	(+)
395492.Rleg2_0222	(+)
395492.Rleg2_1797	(+)
395492.Rleg2_1226	(+)
395492.Rleg2_3996	(+)
395492.Rleg2_2440	(+)
395492.Rleg2_2323	(+)
395492.Rleg2_3034	(+)
395492.Rleg2_3031	(+)
395492.Rleg2_3814	(+)
395492.Rleg2_0544	(+)
395492.Rleg2_1092	(+)
395492.Rleg2_1091	(+)
395492.Rleg2_2204	(+)
395492.Rleg2_3555	(+)
395492.Rleg2_0840	(+)
395492.Rleg2_3793	(+)
395492.Rleg2_2843	(+)
395492.Rleg2_0260	(+)
395492.Rleg2_3317	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.25 (2/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================