Metamenu

Effective results for Streptomyces coelicolor A3(2) (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 383
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 69 eukaryotic-like domains, contained in 383 proteins (7 high, 376 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
100226.SCO0732(PF02983) (PF00089)mitochondrial
100226.SCO1746(PF02983) (PF00089)mitochondrial
100226.SCO1741(PF02983) (PF00089)(mitochondrial)
100226.SCO3243(PF01658) (PF07994)(mitochondrial)
100226.SCO6573(PF01658) (PF07994)(ER)
100226.SCO6021PF17101 PF17103 PF11380 PF17102
100226.SCO6023PF17101 PF17103 PF11380 PF17102
100226.SCO2594PF17101 PF17103 PF11380 PF17102
100226.SCO2592PF17101 PF17103 PF11380 PF17102
100226.SCO0752(PF02983) (PF00089)(ER)
100226.SCO0829(PF02983) (PF00089)mitochondrial
100226.SCO0716(PF16483)(mitochondrial); (ER)
100226.SCO5674(PF01569)ER
100226.SCO0388(PF16889)mitochondrial
100226.SCO7009(PF07228)mitochondrial
100226.SCO2732(PF08592)ER
100226.SCO2733(PF13460)(mitochondrial); (plastid)
100226.SCO6199(PF00089)(ER)
100226.SCO6378(PF01569)ER; (ER)
100226.SCO6377(PF00652)(mitochondrial)
100226.SCO1976(PF08592)ER
100226.SCO6840(PF02171)mitochondrial; (mitochondrial)
100226.SCO3222(PF09056)ER
100226.SCO5996(PF13676)mitochondrial
100226.SCO7225(PF03067)ER
100226.SCO7592(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO3764(PF01595)ER
100226.SCO3765(PF01595)ER
100226.SCO5913(PF00089)mitochondrial
100226.SCO5931(PF00652)mitochondrial
100226.SCO3725(PF14378)ER
100226.SCO1396(PF01427)ER
100226.SCO3939(PF10138) (PF02342)(plastid)
100226.SCO1187(PF01670)ER
100226.SCO1188(PF03067)ER
100226.SCO2292(PF00457)ER
100226.SCO0643(PF03067)(mitochondrial)
100226.SCO0644(PF09362)(ER)
100226.SCO2641(PF02342)(ER)
100226.SCO3470(PF13359)(mitochondrial); (plastid)
100226.SCO0787(PF00652)mitochondrial; ER
100226.SCO3785(PF07228)(mitochondrial)
100226.SCO1252(PF01595)ER
100226.SCO1251(PF01595)ER
100226.SCO6043(PF08386)(mitochondrial)
100226.SCO6590(PF00089)mitochondrial; (mitochondrial)
100226.SCO6267(PF13460)mitochondrial
100226.SCO1061(PF00652)ER
100226.SCO1048(PF09056)ER
100226.SCO1734(PF03067)ER
100226.SCO2837(PF07646)(mitochondrial)
100226.SCO2833(PF03067)ER
100226.SCO4670(PF02983)(ER)
100226.SCO2534(PF01595)ER
100226.SCO7019(PF03423)ER
100226.SCO2516(PF08386)(mitochondrial)
100226.SCO6022PF11380(mitochondrial); plastid
100226.SCO6283(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO6345(PF03067)ER
100226.SCO3053(PF00089)ER; (ER)
100226.SCO0246(PF01595)ER
100226.SCO0245(PF01595)ER
100226.SCO4633(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO0033(PF03984)mitochondrial
100226.SCO4593(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO4447(PF07228)ER
100226.SCO7775(PF00652)ER
100226.SCO0481(PF03067)ER
100226.SCO7211(PF00652)ER
100226.SCO7212(PF00652)mitochondrial
100226.SCO7092(PF00161)mitochondrial; (mitochondrial)
100226.SCO6321(PF07228)ER
100226.SCO6122(PF08592)ER
100226.SCO7421(PF03259)ER
100226.SCO2364(PF02342)(mitochondrial); (plastid)
100226.SCO6109(PF00089)ER
100226.SCO6108(PF00089)mitochondrial
100226.SCO7587(PF14378)ER; (mitochondrial)
100226.SCO4241(PF08386)ER
100226.SCO7386(PF02983)ER
100226.SCO1436(PF01595)ER
100226.SCO1435(PF01595)ER
100226.SCO7657(PF01186)mitochondrial
100226.SCO7650(PF08386)ER
100226.SCO0505(PF16990)(mitochondrial); (ER)
100226.SCO6529(PF07728)ER
100226.SCO0402(PF01569)ER
100226.SCO0503(PF07224)ER; (ER)
100226.SCO2639(PF04545)(mitochondrial)
100226.SCO4107(PF07228)mitochondrial
100226.SCO6595(PF09362)ER
100226.SCO1196(PF13653)mitochondrial
100226.SCO5691(PF01670)(ER)
100226.SCO4120(PF07228)(mitochondrial)
100226.SCO7125(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO7576(PF16483)ER
100226.SCO2242(PF08592)ER
100226.SCO7774(PF00652)ER
100226.SCO5932(PF00652)ER
100226.SCO2657(PF00480)mitochondrial; (mitochondrial)
100226.SCO7559(PF16483)mitochondrial
100226.SCO0845(PF11160)(mitochondrial)
100226.SCO3791(PF10138)mitochondrial; (mitochondrial)
100226.SCO5821(PF00089)ER
100226.SCO0676(PF07228)ER
100226.SCO5179(PF08386)ER
100226.SCO7187(PF06241)mitochondrial
100226.SCO5809(PF03747)(ER)
100226.SCO2560(PF07228)(plastid)
100226.SCO4062(PF13359) (PF13613)
100226.SCO7769(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO7221(PF00195)(plastid)
100226.SCO2200(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO4201(PF07228)(plastid)
100226.SCO1445(PF13460)(mitochondrial)
100226.SCO7136(PF13460)(ER)
100226.SCO7080(PF13359) (PF13613)
100226.SCO1020(PF02342)(ER)
100226.SCO7541(PF07228)(ER)
100226.SCO2430(PF13363)(mitochondrial)
100226.SCO6697(PF08386)(ER)
100226.SCO5327(PF13359) (PF13613)
100226.SCO2217(PF09362)(ER)
100226.SCO0063(PF00480)(mitochondrial)
100226.SCO5180(PF08386)(mitochondrial)
100226.SCO7461(PF00089)plastid
100226.SCO7812(PF13359) (PF13613)
100226.SCO2465(PF04545)(mitochondrial)
100226.SCO0794(PF00480)(mitochondrial)
100226.SCO3986(PF07702)(mitochondrial)
100226.SCO1262(PF07702)
100226.SCO1261(PF00480)
100226.SCO0034(PF03457)
100226.SCO0734(PF00480)
100226.SCO0086(PF03747)
100226.SCO3284(PF07228)
100226.SCO3280(PF14342)
100226.SCO6256(PF07702)
100226.SCO0174(PF12900)
100226.SCO0946(PF07228)
100226.SCO0942(PF04545)
100226.SCO1306(PF07728)
100226.SCO0717(PF07228)
100226.SCO4411(PF13833)
100226.SCO2846(PF00480)
100226.SCO0285(PF06965)
100226.SCO2031(PF03747)
100226.SCO2030(PF03747)
100226.SCO6356(PF01569)
100226.SCO6355(PF01569)
100226.SCO6600(PF00480)
100226.SCO7747(PF07228)
100226.SCO7748(PF07228)
100226.SCO4628(PF07702)
100226.SCO0751(PF07228)
100226.SCO2882(PF03029)
100226.SCO2880(PF03259)
100226.SCO5195(PF02342)
100226.SCO7228(PF16990)
100226.SCO7220(PF07228)
100226.SCO0926(PF13460)
100226.SCO3691(PF07228)
100226.SCO6318(PF02342)
100226.SCO0160(PF12900)
100226.SCO0002(PF03457)
100226.SCO0003(PF03457)
100226.SCO4435(PF03747)
100226.SCO3202(PF04545)
100226.SCO3068(PF04545)
100226.SCO2335(PF14378)
100226.SCO7203(PF14342)
100226.SCO0275(PF00480)
100226.SCO5944(PF12006)
100226.SCO5943(PF08386)
100226.SCO3864(PF07702)
100226.SCO3269(PF07702)
100226.SCO7118(PF08242)
100226.SCO3264(PF07702)
100226.SCO5543(PF03259)
100226.SCO4769(PF04545)
100226.SCO0683(PF03259)
100226.SCO2680(PF13676)
100226.SCO7419(PF03029)
100226.SCO6456(PF00652)
100226.SCO1102(PF01569)
100226.SCO0214(PF12900)
100226.SCO4215(PF07702)
100226.SCO2807(PF14378)
100226.SCO5972(PF08242)
100226.SCO0451(PF07228)
100226.SCO6115(PF00480)
100226.SCO6110(PF00480)
100226.SCO3763(PF02342)
100226.SCO6807(PF14311)
100226.SCO1469(PF00089)
100226.SCO7063(PF07228)
100226.SCO3971(PF07228)
100226.SCO6498(PF01896)
100226.SCO5621(PF04545)
100226.SCO5629(PF13676)
100226.SCO7341(PF04545)
100226.SCO7845(PF03457)
100226.SCO7844(PF03457)
100226.SCO5541(PF03029)
100226.SCO0478(PF12902)
100226.SCO1447(PF00480)
100226.SCO7665(PF11160)
100226.SCO6390(PF07228)
100226.SCO1629(PF03259)
100226.SCO1627(PF03029)
100226.SCO6965(PF11338)
100226.SCO0378(PF13460)
100226.SCO4258(PF00652)
100226.SCO4257(PF00652)
100226.SCO2624(PF07228)
100226.SCO6709(PF01896)
100226.SCO7568(PF00480)
100226.SCO5933(PF07228)
100226.SCO5642(PF13676)
100226.SCO3727(PF02342)
100226.SCO3723(PF07228)
100226.SCO2126(PF00480)
100226.SCO7647(PF13833)
100226.SCO1399(PF03029)
100226.SCO6511(PF01569)
100226.SCO3932(PF07702)
100226.SCO6865(PF07728)
100226.SCO0600(PF04545)
100226.SCO2602(PF13676)
100226.SCO1183(PF07728)
100226.SCO4133(PF01569)
100226.SCO1401(PF03259)
100226.SCO0105(PF00457)
100226.SCO7354(PF07228)
100226.SCO4481(PF00652)
100226.SCO0197(PF12900)
100226.SCO7683(PF08242)
100226.SCO1766(PF03747)
100226.SCO0043(PF13460)
100226.SCO0641(PF02342)
100226.SCO7543(PF00480)
100226.SCO3899(PF01658)
100226.SCO1535(PF03364)
100226.SCO0872(PF07228)
100226.SCO6693(PF14378)
100226.SCO1009(PF13613)
100226.SCO7524(PF03364)
100226.SCO5315(PF03364)
100226.SCO7314(PF04545)
100226.SCO0854PF14447
100226.SCO5953(PF13676)
100226.SCO2525(PF01234)
100226.SCO6260(PF00480)
100226.SCO1060(PF00480)
100226.SCO5100(PF07702)
100226.SCO5104(PF07228)
100226.SCO1645(PF02945)
100226.SCO6066(PF03029)
100226.SCO6068(PF03259)
100226.SCO6942(PF03259)
100226.SCO6940(PF03029)
100226.SCO7191(PF13460)
100226.SCO7190(PF11468)
100226.SCO6240(PF13460)
100226.SCO1047(PF01569)
100226.SCO5292(PF03029)
100226.SCO5290(PF03259)
100226.SCO5747(PF07228)
100226.SCO7294(PF02342)
100226.SCO0895(PF04545)
100226.SCO0542(PF07228)
100226.SCO6008(PF00480)
100226.SCO1716(PF07702)
100226.SCO7278(PF04545)
100226.SCO0979(PF07228)
100226.SCO2022(PF10138)
100226.SCO2028(PF03747)
100226.SCO2029(PF03747)
100226.SCO3819(PF12900)
100226.SCO1361(PF12900)
100226.SCO5333(PF02182)
100226.SCO4285(PF00480)
100226.SCO4282(PF16990)
100226.SCO0305(PF13676)
100226.SCO7486(PF00480)
100226.SCO7735(PF00165)
100226.SCO7253(PF07228)
100226.SCO1964(PF02342)
100226.SCO1965(PF02342)
100226.SCO0764(PF00652)
100226.SCO0767(PF07228)
100226.SCO0585(PF03029)
100226.SCO0587(PF03259)
100226.SCO7158(PF07228)
100226.SCO7155(PF12902)
100226.SCO7759(PF07228)
100226.SCO1753(PF01569)
100226.SCO5270(PF07728)
100226.SCO5277(PF07728)
100226.SCO4632(PF13676)
100226.SCO7582(PF07728)
100226.SCO1327(PF07228)
100226.SCO5040(PF07228)
100226.SCO5243(PF04545)
100226.SCO6797(PF03029)
100226.SCO6795(PF03259)
100226.SCO6428(PF01569)
100226.SCO3259(PF07702)
100226.SCO4035(PF04545)
100226.SCO4034(PF04545)
100226.SCO7210(PF03364)
100226.SCO3688(PF03364)
100226.SCO5539(PF03259)
100226.SCO5537(PF03029)
100226.SCO0015(PF06965)
100226.SCO4953(PF02342)
100226.SCO2328(PF01427)
100226.SCO5231(PF07702)
100226.SCO0464(PF07228)
100226.SCO0194(PF04545)
100226.SCO4695(PF07228)
100226.SCO4277(PF02342)
100226.SCO5059(PF00480)
100226.SCO3501(PF16889)
100226.SCO2368(PF02342)
100226.SCO2367(PF02342)
100226.SCO6484(PF07228)
100226.SCO1283(PF03364)
100226.SCO2954(PF04545)
100226.SCO2956(PF08592)
100226.SCO5636(PF07702)
100226.SCO1077(PF00480)
100226.SCO3596(PF01427)
100226.SCO7671(PF00195)
100226.SCO3564(PF06965)
100226.SCO7448(PF07228)
100226.SCO2383(PF00652)
100226.SCO1155(PF03259)
100226.SCO1157(PF03029)
100226.SCO1159(PF03259)
100226.SCO7380(PF07228)
100226.SCO2449(PF07728)
100226.SCO2233(PF14378)
100226.SCO6386(PF13613)
100226.SCO6520(PF04545)
100226.SCO7467(PF11991)
100226.SCO7466(PF03029)
100226.SCO7464(PF03259)
100226.SCO4843(PF01569)
100226.SCO1171(PF00480)
100226.SCO0826(PF08242)
100226.SCO7108(PF13460)
100226.SCO6504(PF03364)
100226.SCO4960(PF04545)
100226.SCO0610(PF07702)
100226.SCO6974(PF07702)
100226.SCO7832(PF06965)
100226.SCO6566(PF00480)
100226.SCO1039(PF00480)
100226.SCO0632(PF04545)
100226.SCO0326(PF12006)
100226.SCO3679(PF07228)
100226.SCO4803(PF07728)
100226.SCO4946(PF13460)
100226.SCO2098(PF08242)
100226.SCO7326(PF07228)
100226.SCO1206(PF00195)
100226.SCO7321(PF07228)
100226.SCO5847(PF07702)
100226.SCO0654(PF03364)
100226.SCO1229(PF13460)
100226.SCO0844(PF11338)
100226.SCO0841(PF13460)
100226.SCO3796(PF07228)
100226.SCO1903(PF02342)
100226.SCO5820(PF04545)
100226.SCO0675(PF07228)
100226.SCO3327PF08213not used
100226.SCO7320(PF07228)
100226.SCO0530(PF07702)
100226.SCO3981(PF07702)
100226.SCO1723(PF04545)
100226.SCO5806(PF02342)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================