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Effective results for Vibrio tubiashii ATCC 19109 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 749
- Predicted by EffectiveT3: 236 (high confidence), 348 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 34 within, 29 before, 61 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 24 eukaryotic-like domains, contained in 64 proteins (0 high, 64 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
1051646.VITU9109_00775++mitochondrial
1051646.VITU9109_24880+(mitochondrial); plastid
1051646.VITU9109_00962+ER
1051646.VITU9109_16123(>)ER
1051646.VITU9109_18188+(mitochondrial); (ER)
1051646.VITU9109_08682(>)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_23524+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_23290+(ER); ER
1051646.VITU9109_07926+ER; (ER)
1051646.VITU9109_07034+ER
1051646.VITU9109_02192+ER
1051646.VITU9109_06670+ER
1051646.VITU9109_01317(PF14248)ER
1051646.VITU9109_13616(>)ER
1051646.VITU9109_13357(PF00028)ER; (ER)
1051646.VITU9109_22446(>)ER
1051646.VITU9109_02842+(ER)
1051646.VITU9109_14508(>)(ER)
1051646.VITU9109_24740(PF17186)ER
1051646.VITU9109_05251+(ER); ER
1051646.VITU9109_26273+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_22024+(mitochondrial); (plastid)
1051646.VITU9109_19552(PF08180)ER
1051646.VITU9109_19959+mitochondrial
1051646.VITU9109_15628(PF02010)(ER)
1051646.VITU9109_03917(>)ER
1051646.VITU9109_25550(>)ER
1051646.VITU9109_09942(PF03222)(ER)
1051646.VITU9109_04487(>)ER
1051646.VITU9109_17388(<)ER; (ER)
1051646.VITU9109_23115+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_14413+ER
1051646.VITU9109_00625(<)ER
1051646.VITU9109_01662+(ER)
1051646.VITU9109_26075(PF00909)ER; (ER)
1051646.VITU9109_17733(PF03222)(ER)
1051646.VITU9109_07448(<)ER
1051646.VITU9109_01437(>)ER
1051646.VITU9109_22806(>)ER
1051646.VITU9109_20144+ER
1051646.VITU9109_06475(PF07670)ER
1051646.VITU9109_19215+ER
1051646.VITU9109_09717(PF14240)(ER)
1051646.VITU9109_11740(>)ER
1051646.VITU9109_23659+ER
1051646.VITU9109_04612(>)ER
1051646.VITU9109_18820(PF07670)ER
1051646.VITU9109_08504+ER; (ER)
1051646.VITU9109_07886+ER
1051646.VITU9109_00290(>)ER
1051646.VITU9109_13137(<)ER
1051646.VITU9109_00670(<)ER
1051646.VITU9109_16373+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_13821+ER
1051646.VITU9109_08056+ER; (ER)
1051646.VITU9109_03400(PF14312)ER
1051646.VITU9109_03182+(mitochondrial); plastid
1051646.VITU9109_08817(PF07670)ER
1051646.VITU9109_17913+ER
1051646.VITU9109_07976+mitochondrial
1051646.VITU9109_01527(PF00031)ER
1051646.VITU9109_08567(>)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_22296(PF03222)ER
1051646.VITU9109_17933+(ER); (plastid)
1051646.VITU9109_13442(PF02275)(ER)
1051646.VITU9109_11032+ER
1051646.VITU9109_00640(+)(PF14240)ER
1051646.VITU9109_09897+(ER); ER
1051646.VITU9109_05885+(ER)
1051646.VITU9109_04032(PF14248)ER
1051646.VITU9109_06954(>)(mitochondrial); (ER)
1051646.VITU9109_18685+(ER); (plastid)
1051646.VITU9109_09637(PF00909)ER
1051646.VITU9109_13651(PF02275)ER; (ER)
1051646.VITU9109_07393(>)ER
1051646.VITU9109_08006(PF00909)ER
1051646.VITU9109_23035(>)ER
1051646.VITU9109_09772+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_06570(<)mitochondrial; (mitochondrial)
1051646.VITU9109_16328(>)ER
1051646.VITU9109_05980(PF14312)ER
1051646.VITU9109_19467+mitochondrial
1051646.VITU9109_17888(PF00909)ER
1051646.VITU9109_20791(PF07670)ER
1051646.VITU9109_21704(>)ER
1051646.VITU9109_00560(+)mitochondrial
1051646.VITU9109_21054(+)ER
1051646.VITU9109_16693(+)ER
1051646.VITU9109_16673+(PF00028)not used
1051646.VITU9109_14568+(plastid)
1051646.VITU9109_15588+(mitochondrial)
1051646.VITU9109_03802+(ER)
1051646.VITU9109_03927+(PF00909)
1051646.VITU9109_22219(+)(mitochondrial); (plastid)
1051646.VITU9109_12443+(plastid)
1051646.VITU9109_09412+(plastid)
1051646.VITU9109_05745(+)(<)(plastid)
1051646.VITU9109_05586(+)mitochondrial; (mitochondrial)
1051646.VITU9109_03957(+)ER; (ER)
1051646.VITU9109_21519+(ER)
1051646.VITU9109_00375+(plastid)
1051646.VITU9109_18705(+)ER
1051646.VITU9109_00957+(plastid)
1051646.VITU9109_13377+(PF17186)not used
1051646.VITU9109_12068(>)(ER)
1051646.VITU9109_26040(<)(plastid)
1051646.VITU9109_15388(+)(ER)
1051646.VITU9109_12448+plastid
1051646.VITU9109_23310+(PF01129)
1051646.VITU9109_13542+(>)
1051646.VITU9109_22316+(PF03222)
1051646.VITU9109_13721(+)(ER)
1051646.VITU9109_25445(PF07670)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_17118(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_08627(+)ER
1051646.VITU9109_13736(+)mitochondrial; (mitochondrial)
1051646.VITU9109_07059(+)ER
1051646.VITU9109_04277+(plastid)
1051646.VITU9109_10932(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_12358+(ER)
1051646.VITU9109_12453+(plastid)
1051646.VITU9109_13452+(ER)
1051646.VITU9109_12273+plastid
1051646.VITU9109_07403(+)ER
1051646.VITU9109_04602(+)ER
1051646.VITU9109_00655(+)ER
1051646.VITU9109_03097+plastid
1051646.VITU9109_05361(+)ER
1051646.VITU9109_17998+(PF07670)
1051646.VITU9109_00385(+)ER
1051646.VITU9109_07846(+)ER
1051646.VITU9109_23015(+)(<)(PF07670)
1051646.VITU9109_06890(+)ER
1051646.VITU9109_01762+plastid
1051646.VITU9109_22606(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_13397+plastid
1051646.VITU9109_25395(+)ER
1051646.VITU9109_21389(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_13886(+)ER
1051646.VITU9109_03102+plastid
1051646.VITU9109_01532(+)ER
1051646.VITU9109_12513(>)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_17968+(>)
1051646.VITU9109_20506(<)
1051646.VITU9109_03052+
1051646.VITU9109_14343+not used
1051646.VITU9109_07119+
1051646.VITU9109_00832+
1051646.VITU9109_11661+
1051646.VITU9109_22014(>)
1051646.VITU9109_09532+
1051646.VITU9109_07744+
1051646.VITU9109_10042+
1051646.VITU9109_17613+
1051646.VITU9109_19929+
1051646.VITU9109_09977+
1051646.VITU9109_12203+
1051646.VITU9109_24360+
1051646.VITU9109_15973+
1051646.VITU9109_01137+
1051646.VITU9109_22531(+)(plastid)
1051646.VITU9109_12623+
1051646.VITU9109_02462+
1051646.VITU9109_25100(<)
1051646.VITU9109_24980+
1051646.VITU9109_25565(>)
1051646.VITU9109_21334+
1051646.VITU9109_00827(PF05932)
1051646.VITU9109_14313(>)
1051646.VITU9109_03157(+)plastid
1051646.VITU9109_05286+
1051646.VITU9109_17608+
1051646.VITU9109_01957(PF07653)
1051646.VITU9109_23190(+)(PF05932)
1051646.VITU9109_19844(+)(ER)
1051646.VITU9109_22661+
1051646.VITU9109_14353(>)
1051646.VITU9109_18880(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_20861(>)
1051646.VITU9109_23350+
1051646.VITU9109_23519+
1051646.VITU9109_13611(+)(PF02275)not used
1051646.VITU9109_01557+
1051646.VITU9109_07861+
1051646.VITU9109_00360(PF06042)
1051646.VITU9109_05246(PF06042)
1051646.VITU9109_06345(+)(>)
1051646.VITU9109_01097(<)
1051646.VITU9109_00785(<)not used
1051646.VITU9109_00780+
1051646.VITU9109_06245+
1051646.VITU9109_11601+
1051646.VITU9109_22039(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_22034+
1051646.VITU9109_03147(+)(plastid)
1051646.VITU9109_17348+
1051646.VITU9109_05795+not used
1051646.VITU9109_23185+
1051646.VITU9109_13427+
1051646.VITU9109_00620+
1051646.VITU9109_19542+
1051646.VITU9109_17703+
1051646.VITU9109_10652+not used
1051646.VITU9109_10557+
1051646.VITU9109_09552(PF01212)
1051646.VITU9109_11147+
1051646.VITU9109_06650+
1051646.VITU9109_12728+
1051646.VITU9109_20681+
1051646.VITU9109_09047+
1051646.VITU9109_14373+
1051646.VITU9109_05925(<)
1051646.VITU9109_25125+
1051646.VITU9109_13941(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_03172(>)
1051646.VITU9109_05650+
1051646.VITU9109_06005+
1051646.VITU9109_16763+
1051646.VITU9109_02832+
1051646.VITU9109_02837(<)
1051646.VITU9109_17668(+)(plastid)
1051646.VITU9109_05785(<)
1051646.VITU9109_05436(+)(PF01212)
1051646.VITU9109_00155+
1051646.VITU9109_18393(+)(>)
1051646.VITU9109_23370(+)(PF05932)
1051646.VITU9109_01847(>)
1051646.VITU9109_15623(PF01212)
1051646.VITU9109_06820(>)
1051646.VITU9109_12498+
1051646.VITU9109_24535+
1051646.VITU9109_00520(<)
1051646.VITU9109_02545+
1051646.VITU9109_03012+not used
1051646.VITU9109_24490(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_02162+
1051646.VITU9109_21019+
1051646.VITU9109_23935(>)
1051646.VITU9109_02822+
1051646.VITU9109_15723(>)
1051646.VITU9109_18940+
1051646.VITU9109_10152+
1051646.VITU9109_10167+
1051646.VITU9109_08086+
1051646.VITU9109_01132+
1051646.VITU9109_05121(>)
1051646.VITU9109_08271+
1051646.VITU9109_24815+
1051646.VITU9109_20551+
1051646.VITU9109_20636+
1051646.VITU9109_06480(PF01026)
1051646.VITU9109_17448+
1051646.VITU9109_00205+
1051646.VITU9109_21204+
1051646.VITU9109_14928+
1051646.VITU9109_04747+
1051646.VITU9109_18288+
1051646.VITU9109_16518(>)
1051646.VITU9109_19727+
1051646.VITU9109_14268+
1051646.VITU9109_14608+
1051646.VITU9109_14603+
1051646.VITU9109_01262+
1051646.VITU9109_21819+
1051646.VITU9109_18628+
1051646.VITU9109_23040+
1051646.VITU9109_14288(+)(plastid)
1051646.VITU9109_01692+
1051646.VITU9109_01697+
1051646.VITU9109_26378+
1051646.VITU9109_12168+
1051646.VITU9109_11958(>)
1051646.VITU9109_05970+
1051646.VITU9109_10607+
1051646.VITU9109_12458+
1051646.VITU9109_21974+
1051646.VITU9109_07109+
1051646.VITU9109_19055(PF08357)
1051646.VITU9109_14853(+)(ER)
1051646.VITU9109_12283+
1051646.VITU9109_05755(+)(mitochondrial)
1051646.VITU9109_05596+not used
1051646.VITU9109_15253(PF07670)
1051646.VITU9109_11526+
1051646.VITU9109_23305(PF05932)
1051646.VITU9109_23810+
1051646.VITU9109_18850+
1051646.VITU9109_22965+
1051646.VITU9109_18363+
1051646.VITU9109_16613+
1051646.VITU9109_12932+not used
1051646.VITU9109_07981+
1051646.VITU9109_01872(+)(PF01117)
1051646.VITU9109_23135+
1051646.VITU9109_11171+not used
1051646.VITU9109_15453+
1051646.VITU9109_24305+
1051646.VITU9109_23050+not used
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.5 (15/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================