Effective results for Pseudomonas putida KT2440 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 774
- Predicted by EffectiveT3: 223 (high confidence), 348 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 18 within, 16 before, 37 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 116
- Predicted by EffectiveELD: 16 eukaryotic-like domains, contained in 58 proteins (4 high, 54 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
160488.PP_4381	+		+		(mitochondrial); plastid
160488.PP_0773				(PF13488)	ER
160488.PP_0343		+			ER
160488.PP_0347				(PF06293)	ER; (ER)
160488.PP_0584			+		ER
160488.PP_0779			+		mitochondrial
160488.PP_4586			+		ER
160488.PP_4557		+			ER
160488.PP_3917			+		mitochondrial
160488.PP_3930				(PF13488)	ER
160488.PP_4461	+				(mitochondrial)
160488.PP_0570				(PF07678)	ER
160488.PP_1371		+			ER
160488.PP_0028	+				ER
160488.PP_2458		+			(ER)
160488.PP_0802		(>)			ER; (ER)
160488.PP_0111		(<)			ER
160488.PP_3807			+		ER; (ER)
160488.PP_0033			+		ER
160488.PP_3155			+		(ER)
160488.PP_5043				(PF10142)	mitochondrial
160488.PP_2852			+		ER
160488.PP_2857		(>)			ER
160488.PP_2856			+		ER
160488.PP_3426		+			ER
160488.PP_3428			+		mitochondrial; (mitochondrial)
160488.PP_4161		(>)			ER
160488.PP_4307		(>)			ER
160488.PP_0046			+		ER
160488.PP_0045			+		mitochondrial; (mitochondrial)
160488.PP_4434			+		(ER)
160488.PP_3962				(PF06884)	ER
160488.PP_3631			+		ER; (ER)
160488.PP_2613	+				(mitochondrial); plastid
160488.PP_1798			+		ER
160488.PP_0948		(>)			(mitochondrial)
160488.PP_1223			+		ER
160488.PP_1222			+		ER
160488.PP_1837		(<)			ER
160488.PP_2285			+		(ER); (plastid)
160488.PP_1135	+				(mitochondrial); (plastid)
160488.PP_4835				(PF11162)	ER
160488.PP_5017			+		ER
160488.PP_1488			+		ER
160488.PP_3764			+		mitochondrial
160488.PP_4731			+		ER
160488.PP_1195			+		ER
160488.PP_2030	+				ER
160488.PP_0239		(>)			ER
160488.PP_5353			+		ER
160488.PP_4196		+			ER
160488.PP_0506		+			mitochondrial
160488.PP_0255				(PF13488)	ER
160488.PP_1871		(>)			ER
160488.PP_2249			+		(mitochondrial); mitochondrial
160488.PP_5020			+		(mitochondrial)
160488.PP_0403		+			ER
160488.PP_0451		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
160488.PP_2254	+				(mitochondrial); (plastid)
160488.PP_2787			+		ER
160488.PP_1675		(>)			ER
160488.PP_3816		(>)			mitochondrial; (ER)
160488.PP_5306	+				(ER)
160488.PP_0412			+		ER
160488.PP_0300				(PF13582)	ER
160488.PP_1251				(PF06039)	ER
160488.PP_2925				(PF06039)	ER
160488.PP_3801		(>)			ER
160488.PP_3339				(PF11162)	ER
160488.PP_3337				(PF11162)	ER; (mitochondrial)
160488.PP_3241			+		ER
160488.PP_5387			+		(mitochondrial)
160488.PP_0320		+			(ER); (mitochondrial)
160488.PP_1659			+		mitochondrial
160488.PP_2691	+				(mitochondrial); (plastid)
160488.PP_2611		(>)			ER
160488.PP_3478			+		ER
160488.PP_0622			+		ER
160488.PP_4336		(>)			ER
160488.PP_3481			+		(ER)
160488.PP_4406	+		+		(plastid)
160488.PP_2861			+		ER
160488.PP_4430		(>)			(mitochondrial)
160488.PP_3683	+				(mitochondrial); plastid
160488.PP_4103	+				(plastid)
160488.PP_0344				(PF06293)	(mitochondrial)
160488.PP_1112	+				(mitochondrial)
160488.PP_4390	+				plastid
160488.PP_1622	+				plastid
160488.PP_1627	+				plastid
160488.PP_3910	+				(mitochondrial)
160488.PP_2656			+		(mitochondrial)
160488.PP_2309	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_1283	+				(mitochondrial)
160488.PP_3061	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_0024		(<)			(mitochondrial)
160488.PP_2645	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_2419	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_3618	+				plastid
160488.PP_3617	+				(plastid)
160488.PP_2148	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_4545	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_1608	(+)				ER; (ER)
160488.PP_0637			+	(PF03050)
160488.PP_0551			+		(plastid)
160488.PP_4025			+	(PF03050)
160488.PP_3049	+				(plastid)
160488.PP_0950		(>)			(mitochondrial)
160488.PP_2176	(+)				mitochondrial
160488.PP_2623	+		+
160488.PP_3700			+		plastid
160488.PP_1221	(+)				(ER)
160488.PP_3950	+				plastid
160488.PP_3271	(+)				(ER)
160488.PP_3469	+		+
160488.PP_1710	+				(plastid)
160488.PP_2284	+				(plastid)
160488.PP_0531	+			(PF06414)
160488.PP_2599			+		(mitochondrial)
160488.PP_2590	(+)				mitochondrial
160488.PP_2627	(+)				ER
160488.PP_3572	+				(plastid)
160488.PP_1486			+		(ER)
160488.PP_2021	(+)				ER; (ER)
160488.PP_2366	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
160488.PP_2362	(+)				(ER)
160488.PP_2586	+				(plastid)
160488.PP_4745			+	(PF03050)
160488.PP_0071			+		(mitochondrial)
160488.PP_1926	(+)				ER; (ER)
160488.PP_3184	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
160488.PP_5138			+		(mitochondrial)
160488.PP_5357		+			(mitochondrial)
160488.PP_0249	(+)				ER
160488.PP_2006				PF06597	(plastid)
160488.PP_2007	+			PF06597
160488.PP_0014	(+)				ER
160488.PP_5039	(+)				(ER); ER
160488.PP_3232	+				(plastid)
160488.PP_5152	(+)				(ER); (mitochondrial)
160488.PP_3521	+				(ER)
160488.PP_2127	(+)				ER; plastid
160488.PP_2124	(+)				(ER)
160488.PP_4978	(+)				(ER)
160488.PP_1874		(<)			(plastid)
160488.PP_0153	+				(plastid)
160488.PP_1311	(+)				(mitochondrial); (plastid)
160488.PP_1673	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_5169	+				(plastid)
160488.PP_4568	(+)				ER
160488.PP_4361	+				plastid
160488.PP_4091			+	(PF03050)
160488.PP_0911	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_4954	(+)				mitochondrial
160488.PP_1419	(+)				(mitochondrial); (plastid)
160488.PP_2266				PF14700 (PF00940)
160488.PP_4378	+				plastid
160488.PP_1247	+				(plastid)
160488.PP_1245				(PF13488)	(mitochondrial)
160488.PP_4250	+				(ER)
160488.PP_2444	(+)				mitochondrial
160488.PP_2868	+		+
160488.PP_4949	+				plastid
160488.PP_2042	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_0672	(+)				(ER)
160488.PP_0751				(PF06039)	(ER)
160488.PP_2452	+	(<)
160488.PP_4433	+				(plastid)
160488.PP_3795	+				plastid
160488.PP_3473			+		(ER)
160488.PP_3471	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_0937		(<)	+
160488.PP_1649	(+)				(ER)
160488.PP_4333	(+)				(ER)
160488.PP_0599	(+)				(ER)
160488.PP_2906	(+)				mitochondrial
160488.PP_1458	+				(plastid)
160488.PP_2506		+
160488.PP_3855	+
160488.PP_5182	+
160488.PP_5185	(+)		+
160488.PP_4108	+
160488.PP_3676		+
160488.PP_4106	+
160488.PP_0345				(PF06293)
160488.PP_0346				(PF06293)
160488.PP_1290	+
160488.PP_2729	(+)				(plastid)
160488.PP_0778	(+)	(<)
160488.PP_3078	(+)				(plastid)
160488.PP_3610			+
160488.PP_3291	(+)				plastid
160488.PP_2989	(+)				(plastid)
160488.PP_0777		(<)
160488.PP_0160	+
160488.PP_0162	+
160488.PP_3586				(PF02371)
160488.PP_3587	+
160488.PP_3530	+
160488.PP_2180	+
160488.PP_3128	+
160488.PP_1987	+
160488.PP_1983	+
160488.PP_4868		(>)
160488.PP_4393		(>)
160488.PP_0904				(PF06293)
160488.PP_3947	+
160488.PP_5189	+
160488.PP_0142	+
160488.PP_2653	+
160488.PP_1566			+
160488.PP_5251	+
160488.PP_0762		+
160488.PP_3840	+
160488.PP_0769	+
160488.PP_2400	+
160488.PP_3936	+				not used
160488.PP_0573	+
160488.PP_0578			+
160488.PP_4261	+
160488.PP_1376	+
160488.PP_3289	+
160488.PP_4454	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_3114				(PF03050)
160488.PP_3111	+				not used
160488.PP_4717	+
160488.PP_4429		+
160488.PP_4907		(>)
160488.PP_3881	+
160488.PP_2647	+
160488.PP_0806	+
160488.PP_0808		(>)
160488.PP_1571		(>)
160488.PP_2723	+
160488.PP_5050				(PF02371)
160488.PP_1611		(<)
160488.PP_2527	+
160488.PP_1512	+
160488.PP_3942	+
160488.PP_5290				(PF02371)
160488.PP_5298	(+)				(plastid)
160488.PP_5299	+
160488.PP_4478	+
160488.PP_0367	(+)				(plastid)
160488.PP_3379	+
160488.PP_4274		(>)
160488.PP_2708	+
160488.PP_3056	+
160488.PP_3058		(>)
160488.PP_4583	+
160488.PP_3616	+
160488.PP_2895			+
160488.PP_3543	(+)		+
160488.PP_0031			+
160488.PP_2094	+
160488.PP_4800	+
160488.PP_3793		(>)
160488.PP_5040	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_2553	+
160488.PP_0701	+
160488.PP_0700	+
160488.PP_2394	+
160488.PP_5254	+
160488.PP_1777			+
160488.PP_0633	+
160488.PP_5282	+
160488.PP_5289			+
160488.PP_5288			+
160488.PP_2771	(+)		+
160488.PP_0811	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_2779	(+)		+
160488.PP_4027			+
160488.PP_1547	+
160488.PP_3601		(>)
160488.PP_4732	+
160488.PP_0683	(+)				(plastid)
160488.PP_0048	(+)	+
160488.PP_3849	+
160488.PP_1554				(PF08774)
160488.PP_0738			+
160488.PP_3890				(PF08774)
160488.PP_3894	+
160488.PP_1706	+
160488.PP_3964				(PF03050)
160488.PP_3967	+
160488.PP_3963	+
160488.PP_0708	+
160488.PP_4380	+
160488.PP_4382	+
160488.PP_4389	+
160488.PP_4259			+
160488.PP_2612	+
160488.PP_3142	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_3380		(>)
160488.PP_3381				(PF02371)
160488.PP_1730		(>)
160488.PP_1235	+
160488.PP_4821	+
160488.PP_4828		(>)
160488.PP_4829	+
160488.PP_0944			+
160488.PP_5287	+				not used
160488.PP_2570				(PF02371)
160488.PP_2448	+
160488.PP_3976	+
160488.PP_2289	+
160488.PP_4620	+
160488.PP_2755	+
160488.PP_5396				(PF03050)
160488.PP_2272	+
160488.PP_1133				(PF02371)
160488.PP_3151	+
160488.PP_0194			+
160488.PP_0490	+
160488.PP_0223	+
160488.PP_3086	+
160488.PP_3081	+
160488.PP_3080	+
160488.PP_0266	+
160488.PP_3901		(<)
160488.PP_2775	+
160488.PP_4837				(PF11162)
160488.PP_2473	+
160488.PP_2111	+
160488.PP_2369			+
160488.PP_4309	+
160488.PP_5128		+
160488.PP_3981				(PF03050)
160488.PP_0520	+
160488.PP_0525	+
160488.PP_0526				(PF02371)
160488.PP_1156	+
160488.PP_4292	+
160488.PP_1104	+
160488.PP_1219	(+)	(>)
160488.PP_3767	+
160488.PP_3502				(PF02371)
160488.PP_3501				(PF03050)
160488.PP_1927			+
160488.PP_0298	+
160488.PP_3180	(+)				(plastid)
160488.PP_2543	+
160488.PP_1192	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_0858	+
160488.PP_2035		(<)
160488.PP_4872			+
160488.PP_1147	+
160488.PP_5008			+
160488.PP_5003	+
160488.PP_5007			+
160488.PP_4603				(PF02371)
160488.PP_5224	+
160488.PP_1024	+
160488.PP_0795	(+)				plastid
160488.PP_1812	+
160488.PP_4515		(>)
160488.PP_5356	(+)		+
160488.PP_1114	+
160488.PP_4192	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_4177	(+)				(plastid)
160488.PP_3516	+
160488.PP_1179	+
160488.PP_3202	+
160488.PP_2814	+
160488.PP_1308	+
160488.PP_3777	(+)	(<)
160488.PP_2134				(PF02371)
160488.PP_4989	+
160488.PP_2003	+
160488.PP_2343				(PF06414)
160488.PP_1447	+
160488.PP_5339	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_0880	+
160488.PP_4611	+
160488.PP_3836	+
160488.PP_3835			+
160488.PP_0675		(<)
160488.PP_0477			+
160488.PP_3740		(<)
160488.PP_2836	+
160488.PP_3524	+
160488.PP_2838				(PF08774)
160488.PP_3522	+
160488.PP_3985				(PF03050)
160488.PP_3983	+
160488.PP_0099	+
160488.PP_3662	+
160488.PP_0257	+
160488.PP_1904	+
160488.PP_2596	+
160488.PP_2073	(+)				(plastid)
160488.PP_2128		(>)
160488.PP_3446	+
160488.PP_2012	(+)				(plastid)
160488.PP_4880			+
160488.PP_5330	+
160488.PP_1472	+
160488.PP_0653	+
160488.PP_0256	+
160488.PP_4375	+
160488.PP_4376		(>)
160488.PP_5202	+
160488.PP_5201	+
160488.PP_5205			+
160488.PP_4578	+
160488.PP_5372	+
160488.PP_2664	+
160488.PP_4791				(PF02371)
160488.PP_3356			+
160488.PP_3353		+
160488.PP_4155	+
160488.PP_0316	+
160488.PP_0314		(>)
160488.PP_1260				(PF02371)
160488.PP_4856			+
160488.PP_2936	+
160488.PP_3225	+
160488.PP_3224	(+)				(plastid)
160488.PP_4860	+
160488.PP_1866	+
160488.PP_2061	+
160488.PP_4899	+
160488.PP_0176			+
160488.PP_0797	+
160488.PP_0362	(+)		+
160488.PP_1466		(>)
160488.PP_1460	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_4694	(+)				(plastid)
160488.PP_2259	+
160488.PP_2425			+
160488.PP_1073	+
160488.PP_1677	(+)				(plastid)
160488.PP_5167	+
160488.PP_3817			+
160488.PP_0411		(>)
160488.PP_0415	+
160488.PP_3364	+
160488.PP_0828	+
160488.PP_0306			+
160488.PP_0261		(>)
160488.PP_3251	+
160488.PP_3258	+
160488.PP_0395	+
160488.PP_0783	(+)				(plastid)
160488.PP_2314	+
160488.PP_3696			+
160488.PP_2267			+
160488.PP_1660	+
160488.PP_5179			+
160488.PP_0420		(<)
160488.PP_5319	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_4117	(+)				(mitochondrial)
160488.PP_3335	+
160488.PP_3336				(PF11162)
160488.PP_0334				(PF02371)
160488.PP_3974	+
160488.PP_3028				PF04104
160488.PP_4922	+
160488.PP_1885	+
160488.PP_1884	+
160488.PP_1887	+
160488.PP_0331			+
160488.PP_1653				(PF02371)
160488.PP_2619	+
160488.PP_2694	(+)		+
160488.PP_2697	+
160488.PP_1086		+
160488.PP_2699	+
160488.PP_3655	+
160488.PP_4439				(PF03050)
160488.PP_3013	+
160488.PP_3498				(PF02371)
160488.PP_4372	+
160488.PP_0660	+
160488.PP_4367			+
160488.PP_4081	+
160488.PP_4840	+
160488.PP_3612		(<)
160488.PP_1434			+
160488.PP_0695			+
160488.PP_2209	(+)				(plastid)
160488.PP_2200	+
160488.PP_5296	+
160488.PP_1507		(>)
160488.PP_3946	+
160488.PP_5117	+
160488.PP_2515	+
160488.PP_5113			+
160488.PP_4332	+
160488.PP_2428	+
160488.PP_4339			+
160488.PP_3641	+
160488.PP_4443				(PF03050)
160488.PP_0594	+
160488.PP_5278			+
160488.PP_4061	+				not used
160488.PP_4599				(PF02371)
160488.PP_5273	+
160488.PP_3489	+
160488.PP_2799	+
160488.PP_2665		(>)
160488.PP_4548	+
160488.PP_1638	(+)
160488.PP_4328	(+)
160488.PP_4109	(+)
160488.PP_4693	(+)
160488.PP_0340	(+)
160488.PP_4213	(+)
160488.PP_3075	(+)
160488.PP_1365	(+)
160488.PP_0169	(+)
160488.PP_4917	(+)
160488.PP_0019	(+)
160488.PP_4708	(+)
160488.PP_0224	(+)
160488.PP_1628	(+)
160488.PP_1626	(+)
160488.PP_0930	(+)
160488.PP_2435	(+)
160488.PP_4667	(+)
160488.PP_1289	(+)
160488.PP_2715	(+)
160488.PP_1378	(+)
160488.PP_0481	(+)
160488.PP_3286	(+)
160488.PP_4714	(+)
160488.PP_3119	(+)
160488.PP_3599	(+)
160488.PP_3598	(+)
160488.PP_3592	(+)
160488.PP_2882	(+)
160488.PP_0976	(+)
160488.PP_0804	(+)
160488.PP_0800	(+)
160488.PP_5053	(+)
160488.PP_1794	(+)
160488.PP_2413	(+)
160488.PP_3940	(+)
160488.PP_5293	(+)
160488.PP_2439	(+)
160488.PP_0563	+
160488.PP_3059	(+)
160488.PP_3300	(+)
160488.PP_3619	(+)
160488.PP_0497	(+)
160488.PP_4493	(+)
160488.PP_1163	(+)
160488.PP_0036	(+)
160488.PP_1966	(+)
160488.PP_0814	(+)
160488.PP_0706	(+)
160488.PP_1775	(+)
160488.PP_2851	(+)
160488.PP_4395	(+)
160488.PP_3580	(+)
160488.PP_0553	(+)
160488.PP_4242	(+)
160488.PP_4020	(+)
160488.PP_2456	(+)
160488.PP_1153	(+)
160488.PP_2591	(+)
160488.PP_1977	(+)
160488.PP_0951	(+)
160488.PP_2179	(+)
160488.PP_4538	(+)
160488.PP_3815	(+)
160488.PP_2545	(+)
160488.PP_2387	(+)
160488.PP_0876	(+)
160488.PP_3966	(+)
160488.PP_0709	(+)
160488.PP_1014	(+)
160488.PP_2765	(+)
160488.PP_1792	(+)
160488.PP_2615	(+)
160488.PP_3146	(+)
160488.PP_3905	(+)
160488.PP_3099	(+)
160488.PP_0940	(+)
160488.PP_2169	(+)
160488.PP_1839	(+)
160488.PP_1830	(+)
160488.PP_1833	(+)
160488.PP_2374	(+)
160488.PP_2373	(+)				not used
160488.PP_3549	(+)
160488.PP_3479	(+)
160488.PP_1712	(+)
160488.PP_3979	(+)
160488.PP_2286	(+)
160488.PP_2287	(+)
160488.PP_0537	(+)
160488.PP_1006	(+)
160488.PP_5398	(+)
160488.PP_0284	(+)
160488.PP_4286	(+)
160488.PP_2624	(+)
160488.PP_3154	(+)
160488.PP_4751	(+)
160488.PP_4757	(+)
160488.PP_3394	(+)
160488.PP_3087	(+)
160488.PP_3084	(+)
160488.PP_1952	(+)
160488.PP_4831	(+)
160488.PP_1481	(+)
160488.PP_2118	(+)
160488.PP_2020	(+)
160488.PP_2368	(+)
160488.PP_2724	(+)
160488.PP_0667	(+)
160488.PP_3989	(+)
160488.PP_2299	(+)
160488.PP_4632	(+)
160488.PP_2588	(+)
160488.PP_2532	(+)
160488.PP_5344	(+)
160488.PP_2604	(+)
160488.PP_0184	(+)
160488.PP_0279	(+)
160488.PP_2963	(+)
160488.PP_3187	(+)
160488.PP_5192	(+)
160488.PP_1856	(+)				not used
160488.PP_2037	(+)
160488.PP_2351	(+)
160488.PP_5139	(+)
160488.PP_0673	(+)
160488.PP_0351	(+)
160488.PP_5005	(+)
160488.PP_4602	(+)
160488.PP_4185	(+)
160488.PP_1113	(+)
160488.PP_4195	(+)
160488.PP_1202	(+)
160488.PP_1200	(+)
160488.PP_3774	(+)
160488.PP_4661	(+)
160488.PP_3200	(+)
160488.PP_3195	(+)
160488.PP_2762	(+)
160488.PP_2135	(+)				not used
160488.PP_1583	(+)
160488.PP_1591	(+)
160488.PP_1847	(+)
160488.PP_1848	(+)				not used
160488.PP_3458	(+)
160488.PP_4819	(+)
160488.PP_5109	(+)
160488.PP_1691	(+)
160488.PP_4849	(+)
160488.PP_0479	(+)
160488.PP_2657	(+)
160488.PP_2659	(+)
160488.PP_3746	(+)
160488.PP_3526	(+)
160488.PP_4329	(+)
160488.PP_3666	(+)
160488.PP_3663	(+)
160488.PP_0098	(+)				not used
160488.PP_1703	(+)
160488.PP_1058	(+)
160488.PP_4719	(+)
160488.PP_4885	(+)
160488.PP_0096	(+)
160488.PP_4065	(+)
160488.PP_0789	(+)
160488.PP_0152	(+)
160488.PP_0775	(+)
160488.PP_2900	(+)
160488.PP_2795	(+)
160488.PP_3678	(+)
160488.PP_4571	(+)
160488.PP_4087	(+)				not used
160488.PP_3539	(+)
160488.PP_2935	(+)
160488.PP_3221	(+)
160488.PP_3220	+
160488.PP_4967	(+)
160488.PP_4892	(+)
160488.PP_3450	(+)
160488.PP_2329	(+)
160488.PP_1943	(+)
160488.PP_2327	(+)
160488.PP_1465	(+)
160488.PP_4082	(+)
160488.PP_4873	(+)
160488.PP_1679	(+)
160488.PP_0354	(+)
160488.PP_3810	(+)
160488.PP_1787	(+)
160488.PP_4784	(+)
160488.PP_4780	(+)
160488.PP_0188	(+)
160488.PP_4789	(+)
160488.PP_3324	(+)
160488.PP_5415	(+)
160488.PP_1097	(+)
160488.PP_3031	(+)
160488.PP_3468	(+)
160488.PP_3440	(+)
160488.PP_1664	(+)
160488.PP_3978	(+)				not used
160488.PP_0605	(+)
160488.PP_5116	(+)
160488.PP_3589	(+)
160488.PP_5114	(+)
160488.PP_2018	(+)
160488.PP_4551	(+)
160488.PP_1525	(+)
160488.PP_4223	(+)
160488.PP_0544	(+)
160488.PP_3697	(+)
160488.PP_0542	(+)
160488.PP_3848	(+)				not used
160488.PP_3026	(+)
160488.PP_3791	(+)
160488.PP_0202	(+)
160488.PP_3211	(+)
160488.PP_1840	(+)
160488.PP_1882	(+)
160488.PP_2308	(+)
160488.PP_2815	(+)
160488.PP_2933	(+)
160488.PP_0686	(+)
160488.PP_2486	(+)
160488.PP_2529	(+)
160488.PP_5325	(+)
160488.PP_4238	(+)
160488.PP_3418	(+)
160488.PP_0435	(+)
160488.PP_4437	(+)
160488.PP_3309	(+)
160488.PP_4123	(+)
160488.PP_0326	(+)
160488.PP_0498	(+)
160488.PP_3415	(+)
160488.PP_2364	(+)
160488.PP_3015	(+)
160488.PP_3796	(+)
160488.PP_3490	(+)
160488.PP_3499	(+)
160488.PP_3029	(+)
160488.PP_4377	(+)
160488.PP_2870	(+)
160488.PP_2873	(+)
160488.PP_2616	(+)
160488.PP_2236	(+)
160488.PP_1430	(+)
160488.PP_0629	(+)
160488.PP_0624	(+)
160488.PP_3660	(+)
160488.PP_1509	(+)
160488.PP_1859	(+)
160488.PP_1504	(+)
160488.PP_0741	(+)
160488.PP_3863	(+)
160488.PP_4441	(+)
160488.PP_5370	(+)
160488.PP_0590	(+)
160488.PP_4063	(+)
160488.PP_3483	(+)
160488.PP_2996	(+)
160488.PP_0115	(+)
160488.PP_4921	(+)
160488.PP_2663	(+)
160488.PP_4279	(+)
160488.PP_0003	(+)
160488.PP_0987	(+)
160488.PP_3726	(+)
160488.PP_3668	(+)
160488.PP_3057	(+)
160488.PP_4136	(+)
160488.PP_3681	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================