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Effective results for Nitrosococcus oceani ATCC 19707 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 83
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 18 eukaryotic-like domains, contained in 83 proteins (2 high, 81 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
323261.Noc_1250(PF00361)ER
323261.Noc_1252(PF00361)ER
323261.Noc_0120(PF13436)ER
323261.Noc_1248(PF00361)mitochondrial
323261.Noc_1249(PF00361)(ER)
323261.Noc_1335(PF13358)(ER); (mitochondrial)
323261.Noc_2195(PF13469)(mitochondrial); mitochondrial
323261.Noc_1184(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_1501(PF12323)mitochondrial
323261.Noc_0749(PF13469)(mitochondrial)
323261.Noc_1356(PF10142)ER
323261.Noc_1991(PF12323)mitochondrial
323261.Noc_1280(PF00361)ER
323261.Noc_1281(PF00361)ER
323261.Noc_1514(PF13469)(mitochondrial)
323261.Noc_1511(PF14885)ER
323261.Noc_2553(PF00361)ER
323261.Noc_2552(PF00361)(ER)
323261.Noc_2554(PF00361)ER
323261.Noc_0481(PF00361)ER
323261.Noc_0480(PF00361)ER
323261.Noc_2433PF06552(mitochondrial); mitochondrial
323261.Noc_0017(PF13358)mitochondrial
323261.Noc_0388(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_0442(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_1729(PF13469)(ER)
323261.Noc_2918(PF06884)ER
323261.Noc_2757(PF01477)ER
323261.Noc_0478(PF00361)ER
323261.Noc_0401(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_1116(PF00361)ER
323261.Noc_1117(PF00361)ER
323261.Noc_1115(PF00361)ER
323261.Noc_1279(PF00361)ER
323261.Noc_2873(PF13358)mitochondrial
323261.Noc_0658(PF13358)mitochondrial
323261.Noc_1093(PF12323)mitochondrial
323261.Noc_0734(PF13469)(plastid)
323261.Noc_1594(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_1309(PF12323)(mitochondrial)
323261.Noc_1882(PF13358)
323261.Noc_2068(PF13358)
323261.Noc_1467(PF10544)
323261.Noc_1794(PF13358)
323261.Noc_1253(PF06080)
323261.Noc_1327(PF13444)
323261.Noc_1520(PF12323)
323261.Noc_2218(PF12323)
323261.Noc_3068(PF00862)
323261.Noc_1505(PF12323)
323261.Noc_0745(PF03567)
323261.Noc_0741(PF13469)
323261.Noc_0743(PF03567)
323261.Noc_1996(PF13444)
323261.Noc_1995(PF13444)
323261.Noc_1289(PF13358)
323261.Noc_0958(PF13358)
323261.Noc_2084(PF01991)
323261.Noc_1366(PF12323)
323261.Noc_2543(PF12323)
323261.Noc_0499(PF12323)
323261.Noc_0966(PF13358)
323261.Noc_1709PF01231
323261.Noc_0385(PF13358)
323261.Noc_2150(PF06080)
323261.Noc_1148(PF13444)
323261.Noc_0702(PF13358)
323261.Noc_0049(PF13358)
323261.Noc_2052(PF13358)
323261.Noc_0860(PF13358)
323261.Noc_0737(PF13469)
323261.Noc_0738(PF13469)
323261.Noc_2768(PF12323)
323261.Noc_1232(PF13469)
323261.Noc_1231(PF03567)
323261.Noc_1230(PF03567)
323261.Noc_0876(PF13358)
323261.Noc_2247(PF10544)
323261.Noc_0071(PF13358)
323261.Noc_0074(PF13358)
323261.Noc_3025(PF13358)
323261.Noc_0930(PF14701)
323261.Noc_0325(PF13358)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================