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Effective results for Serratia proteamaculans 568 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 617
- Predicted by EffectiveT3: 183 (high confidence), 333 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 33 within, 17 before, 50 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 9 eukaryotic-like domains, contained in 15 proteins (1 high, 14 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
399741.Spro_0509(PF01276) (PF03711)(mitochondrial); mitochondrial
399741.Spro_3008+ER
399741.Spro_4841+(mitochondrial)
399741.Spro_2446+ER
399741.Spro_1248(>)ER
399741.Spro_0973(>)ER
399741.Spro_2237+(mitochondrial)
399741.Spro_2847(>)ER
399741.Spro_0589(>)mitochondrial
399741.Spro_1961+ER
399741.Spro_4878(>)mitochondrial
399741.Spro_1774+(mitochondrial); plastid
399741.Spro_4428(>)mitochondrial
399741.Spro_4472+ER
399741.Spro_2549+(ER)
399741.Spro_1368(>)ER
399741.Spro_4488+ER; (ER)
399741.Spro_4482(PF13332)(ER)
399741.Spro_3601(PF16485)mitochondrial; (mitochondrial)
399741.Spro_2398(>)ER
399741.Spro_1372(>)ER
399741.Spro_4077(PF13332)(mitochondrial)
399741.Spro_4078(>)mitochondrial
399741.Spro_4499+mitochondrial; (mitochondrial)
399741.Spro_3637+ER
399741.Spro_3156(>)ER
399741.Spro_2511+ER
399741.Spro_2774+(mitochondrial)
399741.Spro_1736(>)ER
399741.Spro_2761+(mitochondrial); ER
399741.Spro_4391+ER
399741.Spro_3394(>)(mitochondrial)
399741.Spro_2629+ER
399741.Spro_0453(>)ER
399741.Spro_0061(>)(mitochondrial)
399741.Spro_1112(>)ER
399741.Spro_2817(>)ER
399741.Spro_1678+(ER); (mitochondrial)
399741.Spro_3753+mitochondrial
399741.Spro_2792(>)mitochondrial
399741.Spro_1031(>)ER
399741.Spro_2120(>)ER
399741.Spro_1929+ER
399741.Spro_1463(>)(ER)
399741.Spro_4766+(mitochondrial)
399741.Spro_1884(>)ER
399741.Spro_0687(<)(ER)
399741.Spro_2479+ER
399741.Spro_2211+(ER)
399741.Spro_2508+ER
399741.Spro_1253(PF02112)ER
399741.Spro_0236(>)ER
399741.Spro_4335+(ER)
399741.Spro_3315+(plastid)
399741.Spro_3223(+)(mitochondrial)
399741.Spro_2879+(ER)
399741.Spro_2521+(mitochondrial)
399741.Spro_1299+(plastid)
399741.Spro_1342+(ER)
399741.Spro_4047(PF01276) (PF03711)
399741.Spro_2888(<)(ER)
399741.Spro_0953(>)(mitochondrial)
399741.Spro_3121(+)(ER); (mitochondrial)
399741.Spro_4461+(mitochondrial)
399741.Spro_2942++
399741.Spro_2940+plastid
399741.Spro_2890+(plastid)
399741.Spro_3868+(PF10014)
399741.Spro_3131+(plastid)
399741.Spro_3136(+)(<)(mitochondrial)
399741.Spro_4578+(>)
399741.Spro_0521(+)(mitochondrial)
399741.Spro_0149(+)ER
399741.Spro_4822(PF01276) (PF03711)
399741.Spro_3843(+)ER; (ER)
399741.Spro_1483(+)ER
399741.Spro_1555(+)(ER)
399741.Spro_0738(+)(mitochondrial)
399741.Spro_1735+(plastid)
399741.Spro_3767(PF01276) (PF03711)
399741.Spro_2092+(mitochondrial)
399741.Spro_0517+plastid
399741.Spro_0047(+)(mitochondrial)
399741.Spro_0373(+)(ER)
399741.Spro_0611+(plastid)
399741.Spro_4731+(plastid)
399741.Spro_3424(+)mitochondrial
399741.Spro_3952(>)(PF10014)
399741.Spro_3773(PF01276) (PF03711)
399741.Spro_1464+(plastid)
399741.Spro_3234(+)ER; plastid
399741.Spro_2627(+)(mitochondrial)
399741.Spro_3257(+)(ER)
399741.Spro_1134+(mitochondrial)
399741.Spro_3332+(mitochondrial)
399741.Spro_4290+(plastid)
399741.Spro_0889+plastid
399741.Spro_1635+plastid
399741.Spro_0301+(plastid)
399741.Spro_0771(<)(mitochondrial)
399741.Spro_3358(+)ER
399741.Spro_3191(>)(ER)
399741.Spro_2139+(>)
399741.Spro_2489(+)mitochondrial
399741.Spro_0211+plastid
399741.Spro_2367(+)(ER)
399741.Spro_4794+(mitochondrial)
399741.Spro_0514(>)plastid
399741.Spro_0120++
399741.Spro_3652(+)(mitochondrial)
399741.Spro_2213(+)ER; (ER)
399741.Spro_1634(+)ER
399741.Spro_2309+
399741.Spro_4202(+)(ER)
399741.Spro_4201+
399741.Spro_3826(<)
399741.Spro_3792+
399741.Spro_3798(+)(plastid)
399741.Spro_3007+
399741.Spro_2198+
399741.Spro_2443+
399741.Spro_2041+
399741.Spro_3886(>)
399741.Spro_1407+
399741.Spro_1408+
399741.Spro_1241+
399741.Spro_1752+
399741.Spro_0113(>)
399741.Spro_0110+
399741.Spro_0574+
399741.Spro_3493+
399741.Spro_3671(>)
399741.Spro_3075+
399741.Spro_3070(+)(mitochondrial)
399741.Spro_4106+
399741.Spro_1413(+)(plastid)
399741.Spro_2740+
399741.Spro_2451(+)(>)
399741.Spro_1433+
399741.Spro_0447+
399741.Spro_3487+
399741.Spro_4663+
399741.Spro_0967(>)
399741.Spro_0819+
399741.Spro_1221+
399741.Spro_2559+
399741.Spro_2882(<)
399741.Spro_2956+
399741.Spro_1772+
399741.Spro_1775+
399741.Spro_1354+
399741.Spro_0550(>)
399741.Spro_4052+
399741.Spro_0176+
399741.Spro_2190(>)
399741.Spro_0482+
399741.Spro_4692+
399741.Spro_4477+
399741.Spro_4471+
399741.Spro_3616(+)(mitochondrial)
399741.Spro_4479+
399741.Spro_3612+
399741.Spro_3722+
399741.Spro_0007(<)
399741.Spro_4121+
399741.Spro_2098+
399741.Spro_2720(+)(>)
399741.Spro_2435+
399741.Spro_2434+
399741.Spro_0488(<)
399741.Spro_2947+
399741.Spro_2949+
399741.Spro_0769(+)(plastid)
399741.Spro_4112+
399741.Spro_0046+
399741.Spro_0305+
399741.Spro_3468(+)plastid
399741.Spro_3462(>)
399741.Spro_3861+
399741.Spro_3915+
399741.Spro_3914+
399741.Spro_3739+
399741.Spro_3877+
399741.Spro_2227+
399741.Spro_2992(+)(mitochondrial)
399741.Spro_2152+
399741.Spro_3610+
399741.Spro_1712+
399741.Spro_2570+
399741.Spro_0382+
399741.Spro_1008+
399741.Spro_0440+
399741.Spro_3920+
399741.Spro_3702+
399741.Spro_4769+
399741.Spro_2543+
399741.Spro_2413(+)plastid
399741.Spro_2389+
399741.Spro_2388(PF01823)
399741.Spro_2364(+)(ER)
399741.Spro_1543+
399741.Spro_2969(+)(plastid)
399741.Spro_2961+
399741.Spro_2566+
399741.Spro_2569(>)
399741.Spro_0708+
399741.Spro_1816+
399741.Spro_0528+
399741.Spro_4623+
399741.Spro_3930+
399741.Spro_3627(>)
399741.Spro_0857(>)
399741.Spro_0856(+)plastid
399741.Spro_0855+
399741.Spro_3154(>)
399741.Spro_2170+
399741.Spro_4877(<)
399741.Spro_2917(>)
399741.Spro_2820+
399741.Spro_0284+
399741.Spro_0606+
399741.Spro_1936+
399741.Spro_1931(<)
399741.Spro_1030+
399741.Spro_3542(+)(<)
399741.Spro_3437+
399741.Spro_3438+
399741.Spro_0864+
399741.Spro_3769PF11569
399741.Spro_0632+
399741.Spro_3369+
399741.Spro_3273(+)(plastid)
399741.Spro_2616+
399741.Spro_2580+
399741.Spro_2835+
399741.Spro_1946+
399741.Spro_4020+
399741.Spro_3421+
399741.Spro_4282+
399741.Spro_3951+
399741.Spro_0874+
399741.Spro_3395+
399741.Spro_3179(+)(ER)
399741.Spro_3086+
399741.Spro_3446+
399741.Spro_1369(+)(ER)
399741.Spro_2898+
399741.Spro_1823(+)(>)
399741.Spro_0666+
399741.Spro_0082+
399741.Spro_3305+
399741.Spro_4610(+)(mitochondrial)
399741.Spro_3419(+)+
399741.Spro_3410+
399741.Spro_3967+
399741.Spro_0548+
399741.Spro_1019+
399741.Spro_2749(<)
399741.Spro_2195(+)(>)
399741.Spro_2756+
399741.Spro_2252(+)(ER)
399741.Spro_4369+
399741.Spro_0093(<)
399741.Spro_0096+
399741.Spro_4757+
399741.Spro_4573+
399741.Spro_4865(+)(plastid)
399741.Spro_0397+
399741.Spro_4402(PF13332)
399741.Spro_3353+
399741.Spro_3352+
399741.Spro_1948(+)+
399741.Spro_0941+
399741.Spro_1773+
399741.Spro_2008(>)
399741.Spro_2268(+)(plastid)
399741.Spro_1443+
399741.Spro_1444+
399741.Spro_3266+
399741.Spro_1665+
399741.Spro_1064(>)
399741.Spro_0425+
399741.Spro_3902+
399741.Spro_0747+
399741.Spro_3216(<)
399741.Spro_3691(>)
399741.Spro_0327+
399741.Spro_2493+
399741.Spro_3138(+)(ER)
399741.Spro_2305+
399741.Spro_2518(+)(plastid)
399741.Spro_0627+
399741.Spro_0500+
399741.Spro_4886+
399741.Spro_4178+
399741.Spro_0433+
399741.Spro_4770+
399741.Spro_3201+
399741.Spro_4260+
399741.Spro_3681(+)plastid
399741.Spro_4424+
399741.Spro_3331+
399741.Spro_0923+
399741.Spro_0926+
399741.Spro_2507+
399741.Spro_4684(+)(mitochondrial)
399741.Spro_1755+
399741.Spro_1320(<)
399741.Spro_2064+
399741.Spro_2060+
399741.Spro_2068(<)
399741.Spro_4502+
399741.Spro_0209+
399741.Spro_2668(>)
399741.Spro_2669+
399741.Spro_2666+
399741.Spro_2685+
399741.Spro_1310+
399741.Spro_1087+
399741.Spro_4095+
399741.Spro_3239+
399741.Spro_3833+
399741.Spro_2496+
399741.Spro_0915(<)
399741.Spro_3017(PF01129)
399741.Spro_0354+
399741.Spro_2473+
399741.Spro_2472+
399741.Spro_2679+
399741.Spro_1417+
399741.Spro_1418+
399741.Spro_1630+
399741.Spro_1527(>)
399741.Spro_4802+
399741.Spro_0311+
399741.Spro_4200(+)
399741.Spro_0318(+)
399741.Spro_4443(+)
399741.Spro_3222(+)
399741.Spro_3225(+)
399741.Spro_3797(+)
399741.Spro_0903(+)
399741.Spro_3001(+)
399741.Spro_3003(+)
399741.Spro_3004(+)
399741.Spro_3006(+)
399741.Spro_3547(+)
399741.Spro_4334(+)
399741.Spro_2442(+)
399741.Spro_1402(+)
399741.Spro_2531(+)
399741.Spro_0119(+)
399741.Spro_0571(+)
399741.Spro_0572(+)
399741.Spro_4211(+)
399741.Spro_4212(+)
399741.Spro_4853(+)
399741.Spro_0538(+)
399741.Spro_4457(+)
399741.Spro_4453(+)
399741.Spro_3250(+)
399741.Spro_1325(+)
399741.Spro_3071(+)
399741.Spro_1321(+)
399741.Spro_3785(+)
399741.Spro_2647(+)
399741.Spro_2054(+)
399741.Spro_2456(+)
399741.Spro_1432(+)
399741.Spro_2522(+)
399741.Spro_2231(+)
399741.Spro_2981(+)
399741.Spro_2232(+)
399741.Spro_1295(+)
399741.Spro_1292(+)
399741.Spro_1290(+)
399741.Spro_0990(+)
399741.Spro_4680(+)
399741.Spro_4662(+)
399741.Spro_4464(+)
399741.Spro_3856(+)
399741.Spro_3249(+)
399741.Spro_0963(+)
399741.Spro_2315(+)
399741.Spro_3068(+)
399741.Spro_0814(+)
399741.Spro_3110(+)
399741.Spro_4223(+)
399741.Spro_2951(+)
399741.Spro_1424(+)
399741.Spro_3922(+)
399741.Spro_2957(+)
399741.Spro_1771(+)
399741.Spro_1997(+)
399741.Spro_1353(+)
399741.Spro_4054(+)
399741.Spro_3472(+)
399741.Spro_3476(+)
399741.Spro_4699(+)
399741.Spro_4698(+)
399741.Spro_3876(+)
399741.Spro_3585(+)
399741.Spro_3586(+)
399741.Spro_3582(+)
399741.Spro_3272(+)
399741.Spro_3270(+)
399741.Spro_0828(+)
399741.Spro_3127(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.0 (16/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================