Effective results for Klebsiella oxytoca KCTC 1686 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 816
- Predicted by EffectiveT3: 180 (high confidence), 297 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 47 within, 29 before, 50 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 95
- Predicted by EffectiveELD: 27 eukaryotic-like domains, contained in 175 proteins (0 high, 175 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
1006551.KOX_08715			+	(PF00345)	ER
1006551.KOX_20520	+	(>)			ER
1006551.KOX_01815		(>)		(PF03222)	(ER)
1006551.KOX_05765				(PF08125) (PF01232)	(mitochondrial)
1006551.KOX_03520			+	(PF00359)	(mitochondrial)
1006551.KOX_05650	(+)	+	+		(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_00965			+	(PF00345)	(ER); plastid
1006551.KOX_24020	+	+			(plastid)
1006551.KOX_23790				(PF00345)	ER
1006551.KOX_01860				(PF00345)	ER
1006551.KOX_18390		(<)			ER
1006551.KOX_10565				(PF00939)	ER
1006551.KOX_03935		(>)			ER
1006551.KOX_10175			+		ER
1006551.KOX_23470				(PF01204)	ER
1006551.KOX_24795	+				mitochondrial
1006551.KOX_16410			+		(ER); ER
1006551.KOX_09205				(PF00359)	(mitochondrial)
1006551.KOX_13395			+		ER
1006551.KOX_21175	+				ER
1006551.KOX_16355		+			ER
1006551.KOX_14725			+		ER
1006551.KOX_04800		(>)			ER
1006551.KOX_06515	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_12835		(>)			ER
1006551.KOX_27250			+		ER
1006551.KOX_00865		(>)		(PF00465)	(plastid)
1006551.KOX_01735		(>)			ER
1006551.KOX_12620			+		(mitochondrial)
1006551.KOX_14080				(PF00294)	ER
1006551.KOX_21830			+		ER
1006551.KOX_06125				(PF01116)	mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_23365			+		ER
1006551.KOX_02730		(>)			(mitochondrial); mitochondrial
1006551.KOX_12210		(<)			(mitochondrial)
1006551.KOX_13275				(PF00854)	ER
1006551.KOX_24750				(PF00577)	ER
1006551.KOX_09805			+		ER
1006551.KOX_22810				(PF00345)	ER
1006551.KOX_08430				(PF00345)	ER
1006551.KOX_12720			+		ER
1006551.KOX_12895		(>)			ER
1006551.KOX_22875		+			ER
1006551.KOX_05305				(PF00465)	mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_01515				(PF00465)	mitochondrial
1006551.KOX_25855			+		ER
1006551.KOX_23720		(>)			ER
1006551.KOX_01535				(PF10662)	mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_08605		(>)			ER; (ER)
1006551.KOX_07110				(PF00345)	ER
1006551.KOX_12165				(PF00345)	(ER)
1006551.KOX_12330		(>)			ER
1006551.KOX_04135		(>)			ER
1006551.KOX_20800			+		ER
1006551.KOX_19660	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_15635	+				(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_18590			+		ER
1006551.KOX_20840		+			ER; (ER)
1006551.KOX_08230			+		ER
1006551.KOX_14260			+		ER
1006551.KOX_25345		(>)			ER
1006551.KOX_16215		+			(mitochondrial); (plastid)
1006551.KOX_08415		(>)			(mitochondrial)
1006551.KOX_07085				(PF00577)	ER
1006551.KOX_07080				(PF00345)	ER
1006551.KOX_24780		(>)			ER; (ER)
1006551.KOX_21125			+		ER
1006551.KOX_24570			+		ER
1006551.KOX_11605	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_26315				(PF00577)	ER; (ER)
1006551.KOX_12095	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_08900	+				(ER)
1006551.KOX_14520	(+)			(PF00854)	ER; (ER)
1006551.KOX_25680		(>)			(mitochondrial)
1006551.KOX_09420		(>)			(ER)
1006551.KOX_10705		(<)			ER
1006551.KOX_05215		+			ER
1006551.KOX_10280			+		ER
1006551.KOX_16950				(PF00328)	ER
1006551.KOX_14505		(>)			ER
1006551.KOX_16610				(PF00939)	ER; (ER)
1006551.KOX_01955		(>)			(mitochondrial)
1006551.KOX_25495				(PF00294)	(mitochondrial)
1006551.KOX_22945	+			(PF00294)	(plastid)
1006551.KOX_16630		+			ER
1006551.KOX_00360				(PF00345)	ER
1006551.KOX_03625				(PF03222)	ER
1006551.KOX_08765		+			(mitochondrial)
1006551.KOX_17230		(>)			mitochondrial
1006551.KOX_13675		+			ER
1006551.KOX_24745				(PF00345)	ER
1006551.KOX_09745	+				ER
1006551.KOX_00510		+			ER
1006551.KOX_07795			+		ER
1006551.KOX_05155				(PF00939)	ER
1006551.KOX_09670	+				ER
1006551.KOX_22805				(PF00577)	(mitochondrial); (ER)
1006551.KOX_04940			+		ER
1006551.KOX_05940	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_27170				(PF13347)	ER
1006551.KOX_05785	+				(ER)
1006551.KOX_22310				(PF00345)	ER
1006551.KOX_01695				(PF00345)	ER
1006551.KOX_08860			+		ER
1006551.KOX_24080				(PF03222)	ER
1006551.KOX_26900		+			ER
1006551.KOX_04765			+		mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_14030				(PF00328)	ER
1006551.KOX_25210			+		ER
1006551.KOX_06050				(PF00939)	ER
1006551.KOX_19840			+		mitochondrial
1006551.KOX_03015				(PF00345)	ER
1006551.KOX_09520		+			plastid
1006551.KOX_13500		+			(mitochondrial)
1006551.KOX_24045				(PF13347)	(ER)
1006551.KOX_13695		(>)			mitochondrial
1006551.KOX_09770				(PF01228)	mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_03495				(PF01116)	mitochondrial
1006551.KOX_19315		+			ER
1006551.KOX_27040			+		ER
1006551.KOX_22705		(>)			ER
1006551.KOX_16490				(PF03222)	ER
1006551.KOX_15145			+		ER
1006551.KOX_23565		+			ER
1006551.KOX_27020				(PF10662)	(mitochondrial)
1006551.KOX_26320				(PF00345)	ER
1006551.KOX_01630		(<)			(ER)
1006551.KOX_23835	+		+		plastid
1006551.KOX_14110	+				(plastid)
1006551.KOX_21790	+	(<)
1006551.KOX_19965	(+)				(ER)
1006551.KOX_16660	(+)				(ER); (mitochondrial)
1006551.KOX_08495				(PF00834)	(ER)
1006551.KOX_15060				(PF00456)	(mitochondrial)
1006551.KOX_06095		(>)			(mitochondrial)
1006551.KOX_19945	+				(plastid)
1006551.KOX_19215	(+)				(ER)
1006551.KOX_18505	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
1006551.KOX_16025		+			(ER)
1006551.KOX_04385	(+)				ER
1006551.KOX_18785	(+)				(mitochondrial); mitochondrial
1006551.KOX_03045	+				(plastid)
1006551.KOX_16340	+			(PF13580)
1006551.KOX_09360	+				(plastid)
1006551.KOX_13060			+	(PF00294)
1006551.KOX_03560	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_21230				(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_21745	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_24630	+				(plastid)
1006551.KOX_09725				(PF03222)	plastid
1006551.KOX_25260	+	(>)
1006551.KOX_26570	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_03825	+			(PF00359)
1006551.KOX_22135	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_16330	+			(PF13580)
1006551.KOX_25815				(PF00294)	(mitochondrial)
1006551.KOX_25035	+	+
1006551.KOX_19895			+		plastid
1006551.KOX_11785		+			(mitochondrial)
1006551.KOX_26070	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_01160	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_04870	+			(PF03222)
1006551.KOX_05200				(PF00854)	(ER)
1006551.KOX_04505	+	(>)
1006551.KOX_21505				(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_04260			+		(mitochondrial)
1006551.KOX_02690	+	(>)
1006551.KOX_26830	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_23250		(<)
1006551.KOX_05555	(+)				ER
1006551.KOX_12545	+				plastid
1006551.KOX_22010	+			(PF00854)
1006551.KOX_00815	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_16675	(+)				ER
1006551.KOX_22610	+				plastid
1006551.KOX_27465				(PF00465)	(mitochondrial)
1006551.KOX_06715		(<)	+
1006551.KOX_05530	+				(plastid)
1006551.KOX_11850				(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_01505	+				(plastid)
1006551.KOX_05255		(<)			ER; not used
1006551.KOX_07640	(+)				ER
1006551.KOX_01350		(>)			(plastid)
1006551.KOX_20570	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_05910		(<)			(ER)
1006551.KOX_08370	+				(ER)
1006551.KOX_14665				(PF05034) (PF07476)
1006551.KOX_16200	+				(mitochondrial)
1006551.KOX_10130				(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_07420	(+)				mitochondrial
1006551.KOX_14640	(+)			(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_19755		(<)			ER; not used
1006551.KOX_18365				(PF13347)	(plastid)
1006551.KOX_18605	(+)				ER; (ER)
1006551.KOX_25840	(+)			(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_25455	(+)			(PF08125) (PF01232)
1006551.KOX_18440	+				(plastid)
1006551.KOX_21900	+	(<)
1006551.KOX_11375		+			(ER)
1006551.KOX_08855	+		+
1006551.KOX_05425	(+)				ER
1006551.KOX_23520	(+)				mitochondrial
1006551.KOX_15225				(PF01228)	(mitochondrial)
1006551.KOX_12920	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_09775		+		(PF00465)
1006551.KOX_21730				(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_13525	(+)				(mitochondrial); plastid
1006551.KOX_18230	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_15575	(+)				ER
1006551.KOX_00195	(+)				ER; (ER)
1006551.KOX_05585	(+)				(ER)
1006551.KOX_21895				(PF05683) (PF05681)
1006551.KOX_02855			+
1006551.KOX_23795				(PF00577)
1006551.KOX_13725	(+)	+
1006551.KOX_13465				(PF00345)
1006551.KOX_22535			+
1006551.KOX_18970			+
1006551.KOX_07095	+
1006551.KOX_18025				(PF01116)
1006551.KOX_21300	(+)		+
1006551.KOX_02870		(>)
1006551.KOX_00220			+
1006551.KOX_04530			+
1006551.KOX_26565	+
1006551.KOX_20535		(>)
1006551.KOX_17130		+
1006551.KOX_00820	+
1006551.KOX_03320				(PF02782)
1006551.KOX_05540		+
1006551.KOX_00070	(+)	+
1006551.KOX_19940				(PF13347)
1006551.KOX_22470	+
1006551.KOX_19235	+
1006551.KOX_06535	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_00240		+
1006551.KOX_05360				(PF00294)
1006551.KOX_27180	+
1006551.KOX_27230				(PF16485)
1006551.KOX_15645	+
1006551.KOX_03510				(PF00359)
1006551.KOX_03345		(>)
1006551.KOX_03205		(<)			not used
1006551.KOX_25690	+
1006551.KOX_03975				(PF05683)
1006551.KOX_01225	+
1006551.KOX_09435	+
1006551.KOX_09720	+
1006551.KOX_09430		(>)
1006551.KOX_05695				(PF02782)
1006551.KOX_05690	+
1006551.KOX_11800	+
1006551.KOX_06980				(PF01116)
1006551.KOX_01140			+
1006551.KOX_10730	+
1006551.KOX_11120	+
1006551.KOX_08935				(PF00359)
1006551.KOX_18885				(PF13347)
1006551.KOX_06865	+
1006551.KOX_10500	+
1006551.KOX_19905	+
1006551.KOX_01945				(PF00854)
1006551.KOX_06285				(PF13580)
1006551.KOX_21440	+
1006551.KOX_02945	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_11045				(PF00456)
1006551.KOX_10925			+
1006551.KOX_23600	+
1006551.KOX_14085	+
1006551.KOX_25730	+
1006551.KOX_23075		(<)
1006551.KOX_13025	+
1006551.KOX_06870			+
1006551.KOX_06120				(PF01116)
1006551.KOX_24710			+
1006551.KOX_01965				(PF02782)
1006551.KOX_08710				(PF00577)
1006551.KOX_18780	+
1006551.KOX_03040				(PF00294)
1006551.KOX_10335	+
1006551.KOX_09620	+
1006551.KOX_16550			+
1006551.KOX_25750		(<)
1006551.KOX_27450				(PF00294)
1006551.KOX_08360		(<)
1006551.KOX_14845		+
1006551.KOX_01285				(PF02782)
1006551.KOX_26465				(PF00359)
1006551.KOX_11315	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_21850	+
1006551.KOX_06810				(PF00294)
1006551.KOX_15525			+
1006551.KOX_16760	+
1006551.KOX_20595	+
1006551.KOX_16990	+
1006551.KOX_00355				(PF00577)
1006551.KOX_16575		+
1006551.KOX_14590	+
1006551.KOX_22205	+
1006551.KOX_18350	+
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1006551.KOX_19560	+
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1006551.KOX_18375	+
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1006551.KOX_07510				(PF00294)
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1006551.KOX_02805		(>)
1006551.KOX_00180			+
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1006551.KOX_22775	+
1006551.KOX_16375	(+)				(plastid)
1006551.KOX_16370	+
1006551.KOX_00970				(PF00577)
1006551.KOX_21080	+
1006551.KOX_18775			+
1006551.KOX_06450		(>)
1006551.KOX_20845				(PF00359)
1006551.KOX_03885	+
1006551.KOX_14120	+
1006551.KOX_19360	+
1006551.KOX_10105			+
1006551.KOX_23465				(PF13347)
1006551.KOX_11430	+
1006551.KOX_19990		(<)
1006551.KOX_18575	+
1006551.KOX_19190	+
1006551.KOX_02840	+
1006551.KOX_07760	+
1006551.KOX_09255	+
1006551.KOX_08255		+
1006551.KOX_11195				(PF00345)
1006551.KOX_11190				(PF00577)
1006551.KOX_14105	+
1006551.KOX_06320	+
1006551.KOX_15675			+
1006551.KOX_03335				(PF13347)
1006551.KOX_03330			+
1006551.KOX_00780	(+)				(plastid)
1006551.KOX_18030				(PF00294)
1006551.KOX_03920	+
1006551.KOX_05550				(PF00294)
1006551.KOX_01275	+
1006551.KOX_10830		(>)
1006551.KOX_07335		(>)
1006551.KOX_10765				(PF02782)
1006551.KOX_13155	+
1006551.KOX_12540		(>)
1006551.KOX_20965				(PF00294)
1006551.KOX_00250	+
1006551.KOX_05760				(PF00359)
1006551.KOX_24430	+
1006551.KOX_00810	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_01855				(PF00577)
1006551.KOX_04480		(>)
1006551.KOX_05685	+
1006551.KOX_06085	+
1006551.KOX_22460	+
1006551.KOX_22465	+
1006551.KOX_20985				(PF02782)
1006551.KOX_11030				(PF13347)
1006551.KOX_26595	+
1006551.KOX_08920	+
1006551.KOX_00870	+
1006551.KOX_09400	+
1006551.KOX_16440		(<)
1006551.KOX_02355		+
1006551.KOX_03700	+
1006551.KOX_23025				(PF00465)
1006551.KOX_09895	(+)				plastid
1006551.KOX_18150	+
1006551.KOX_17275	(+)		+
1006551.KOX_12120	+
1006551.KOX_25645	+
1006551.KOX_13035			+
1006551.KOX_27090			+
1006551.KOX_16315		+			not used
1006551.KOX_20705	(+)			(PF00294)
1006551.KOX_15365	+
1006551.KOX_23610			+
1006551.KOX_27280	+
1006551.KOX_09610		(<)
1006551.KOX_01705				(PF00577)
1006551.KOX_23945	(+)		+
1006551.KOX_11680				(PF13580)
1006551.KOX_27440		(<)
1006551.KOX_12650				(PF13347)
1006551.KOX_09375				(PF00294)
1006551.KOX_00080			+
1006551.KOX_06140				(PF00359)
1006551.KOX_15975				(PF01228)
1006551.KOX_09085	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_04090	+
1006551.KOX_10320		+
1006551.KOX_20720	+
1006551.KOX_20725	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_27600				(PF01228)
1006551.KOX_13070	(+)				(plastid)
1006551.KOX_17825		(<)
1006551.KOX_14850	(+)	+
1006551.KOX_23350				(PF00359)
1006551.KOX_03980				(PF05681)
1006551.KOX_26450				(PF00456)
1006551.KOX_13670	+
1006551.KOX_15950				(PF00456)
1006551.KOX_19510	+
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1006551.KOX_03155	+
1006551.KOX_03665		(<)
1006551.KOX_25765		+			not used
1006551.KOX_10970		(<)
1006551.KOX_16885				(PF01228)
1006551.KOX_24680		+
1006551.KOX_24685		+
1006551.KOX_22235	+
1006551.KOX_04680	(+)				(plastid)
1006551.KOX_05485	+
1006551.KOX_09485	(+)	+
1006551.KOX_05310				(PF01204)
1006551.KOX_15510	(+)				(plastid)
1006551.KOX_21220		(<)			not used
1006551.KOX_13865				(PF02782)
1006551.KOX_04145	+
1006551.KOX_14070				(PF02782)
1006551.KOX_01070	+
1006551.KOX_27360		(>)
1006551.KOX_02890				(PF00465)
1006551.KOX_18360			+
1006551.KOX_23310	+
1006551.KOX_11365	(+)		+
1006551.KOX_03435		(>)
1006551.KOX_02785				(PF00939)
1006551.KOX_24310	+
1006551.KOX_06155				(PF13347)
1006551.KOX_25045			+
1006551.KOX_16240	+
1006551.KOX_26425			+
1006551.KOX_07145				(PF13347)
1006551.KOX_27560		(>)
1006551.KOX_10265	+
1006551.KOX_12710	+
1006551.KOX_06630	+
1006551.KOX_21690				(PF13580)
1006551.KOX_15495		(>)
1006551.KOX_02645	+
1006551.KOX_16520	+
1006551.KOX_22315				(PF00577)
1006551.KOX_07460		+
1006551.KOX_23730			+
1006551.KOX_22480	+
1006551.KOX_21590	+
1006551.KOX_25450				(PF02782)
1006551.KOX_13375				(PF00294)
1006551.KOX_23500			+
1006551.KOX_02620				(PF00456)
1006551.KOX_06425	+
1006551.KOX_03500				(PF00294)
1006551.KOX_20625	+
1006551.KOX_10050	(+)				(mitochondrial)
1006551.KOX_04590				(PF00834)
1006551.KOX_04595			+
1006551.KOX_06990				(PF00359)
1006551.KOX_01520		(>)
1006551.KOX_06190	+
1006551.KOX_25475				(PF02782)
1006551.KOX_13350	(+)				(ER)
1006551.KOX_13355		+
1006551.KOX_03010				(PF00577)
1006551.KOX_14970		(<)
1006551.KOX_13995				(PF00465)
1006551.KOX_17475				(PF00456)
1006551.KOX_19470	+
1006551.KOX_25805				(PF00294)
1006551.KOX_25800	+
1006551.KOX_17990	+
1006551.KOX_15350			+
1006551.KOX_06385	+
1006551.KOX_23540	+
1006551.KOX_09540		(>)
1006551.KOX_06075				(PF02782)
1006551.KOX_15780		+
1006551.KOX_15785	+
1006551.KOX_19415	+
1006551.KOX_25820	(+)			(PF00359)
1006551.KOX_01075	+
1006551.KOX_20830				(PF13580)
1006551.KOX_14155			+
1006551.KOX_20220	+
1006551.KOX_01820		(>)
1006551.KOX_11655	+
1006551.KOX_09565	+
1006551.KOX_07505		(>)
1006551.KOX_11790	+
1006551.KOX_07340				(PF00465)
1006551.KOX_02830		+
1006551.KOX_24000				(PF13347)
1006551.KOX_04060			+
1006551.KOX_03720			+
1006551.KOX_02580				(PF01116)
1006551.KOX_17795	(+)				(plastid)
1006551.KOX_15625			+
1006551.KOX_16455		(>)
1006551.KOX_03260				(PF01204)
1006551.KOX_14915			+
1006551.KOX_05635			+
1006551.KOX_17360			+
1006551.KOX_10800	(+)				(mitochondrial); not used
1006551.KOX_14470				(PF02782)
1006551.KOX_04435	+
1006551.KOX_19630	+
1006551.KOX_18585	(+)
1006551.KOX_06720	(+)
1006551.KOX_24025	(+)
1006551.KOX_00205	(+)
1006551.KOX_22530	(+)
1006551.KOX_15040	(+)
1006551.KOX_10820	+
1006551.KOX_16430	(+)
1006551.KOX_10570	(+)
1006551.KOX_25555	(+)
1006551.KOX_13705	(+)
1006551.KOX_15420	(+)
1006551.KOX_15425	(+)
1006551.KOX_20245	(+)
1006551.KOX_00790	(+)
1006551.KOX_15065	(+)
1006551.KOX_03445	(+)
1006551.KOX_21320	(+)
1006551.KOX_23875	(+)
1006551.KOX_16415	(+)				not used
1006551.KOX_08450	(+)
1006551.KOX_22475	(+)
1006551.KOX_19230	(+)
1006551.KOX_06955	(+)
1006551.KOX_13425	(+)
1006551.KOX_16295	(+)
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1006551.KOX_23085	(+)
1006551.KOX_23115	(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================