Effective results for Ralstonia solanacearum Po82 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 500
- Predicted by EffectiveT3: 167 (high confidence), 231 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 14 within, 5 before, 23 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 67
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 26 proteins (2 high, 24 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
1031711.RSPO_c03068			+	PF12143 PF12142	mitochondrial
1031711.RSPO_c01008		+			(ER)
1031711.RSPO_c01275				(PF13332)	(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01187			+		ER
1031711.RSPO_c01189			+		ER
1031711.RSPO_c00050		+			ER
1031711.RSPO_c00715			+		(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02740				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02748	+				mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02081	+				mitochondrial; plastid
1031711.RSPO_c01056		(>)			(mitochondrial); mitochondrial
1031711.RSPO_c00920		+			mitochondrial
1031711.RSPO_c02780			+		ER
1031711.RSPO_c00578			+		ER; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02935	+				ER
1031711.RSPO_c02338		(>)			ER
1031711.RSPO_c01494		(>)			ER; (ER)
1031711.RSPO_c01547				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02746	+				ER
1031711.RSPO_c02218	+				mitochondrial; plastid
1031711.RSPO_c00575			+		(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00682	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00689		(>)			mitochondrial
1031711.RSPO_c00565		+			ER
1031711.RSPO_c00361				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c03323	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02279		(>)			(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02471	+				(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c01972				PF01607	(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03045	+				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02114			+		mitochondrial
1031711.RSPO_c02995	+				(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c01120				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01130		(>)			ER
1031711.RSPO_c01626				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c03287			+		(ER)
1031711.RSPO_c02628			+		ER
1031711.RSPO_c02532				(PF02796)	(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c02538	(+)		+		(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00410			+		ER
1031711.RSPO_c01618	+				(ER)
1031711.RSPO_c02705			+		mitochondrial
1031711.RSPO_c02638			+		ER
1031711.RSPO_c00461		(>)			(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01428			+		ER
1031711.RSPO_c00285				(PF13332)	(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01702			+		ER; (ER)
1031711.RSPO_c00077			+		ER
1031711.RSPO_c02874		(>)			mitochondrial
1031711.RSPO_c00060		(>)			ER
1031711.RSPO_c01406			+		(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01405	+				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01785		(>)			ER
1031711.RSPO_c02971	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02575	+				mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02407		(>)			ER; (ER)
1031711.RSPO_c01876		+	+
1031711.RSPO_c01148	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01981	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c00052	+				(plastid)
1031711.RSPO_c00126		(<)	+
1031711.RSPO_c02749	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00483	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c01524			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02897	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03234	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01823	+				(plastid)
1031711.RSPO_c02445	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01232	+				(plastid)
1031711.RSPO_c03209	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01304	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01831	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01542			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02328	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01319	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01953	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01003	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c00373	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00759		(>)			(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01538			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02469	+				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c03039		+
1031711.RSPO_c01963	(+)				(ER)
1031711.RSPO_c00365	+				(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c03326	+				(plastid)
1031711.RSPO_c00893	(+)				(mitochondrial); plastid
1031711.RSPO_c02587	(+)				mitochondrial
1031711.RSPO_c01379	(+)				ER
1031711.RSPO_c01806	+		+
1031711.RSPO_c00428			+		(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00420	+	+
1031711.RSPO_c02110	(+)				ER
1031711.RSPO_c02809			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02806			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02647	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c01298	+				(plastid)
1031711.RSPO_c02817			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c01756	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01759	+				(plastid)
1031711.RSPO_c00394	+		+
1031711.RSPO_c00396	(+)				mitochondrial
1031711.RSPO_c00390	+				mitochondrial; not used
1031711.RSPO_c00083	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02002	+				(plastid)
1031711.RSPO_c02530			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c01421	(+)				(mitochondrial); (plastid)
1031711.RSPO_c01725	+				(plastid)
1031711.RSPO_c02019	+				plastid
1031711.RSPO_c02632		(>)			(ER)
1031711.RSPO_c01423	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
1031711.RSPO_c02733			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c02120	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01842	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00065	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c00474	+				mitochondrial; not used
1031711.RSPO_c01411	(+)				ER
1031711.RSPO_c00290			+	(PF13276)
1031711.RSPO_c01499			+		plastid
1031711.RSPO_c03241	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02195	+				(plastid)
1031711.RSPO_c01279				(PF13276)
1031711.RSPO_c01277				(PF13332)
1031711.RSPO_c00456	+
1031711.RSPO_c01878	+
1031711.RSPO_c01873	+
1031711.RSPO_c00326	+
1031711.RSPO_c00903			+
1031711.RSPO_c02353	+
1031711.RSPO_c00838			+
1031711.RSPO_c02851	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02182			+
1031711.RSPO_c02361	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02415	+
1031711.RSPO_c01772	+				not used
1031711.RSPO_c01998	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c01512	+
1031711.RSPO_c00022	+
1031711.RSPO_c01681			+
1031711.RSPO_c00804		+
1031711.RSPO_c00806	+
1031711.RSPO_c03174				(PF05189)
1031711.RSPO_c02087	(+)				plastid
1031711.RSPO_c02080	+
1031711.RSPO_c02953	+				not used
1031711.RSPO_c02776	+
1031711.RSPO_c00703	+
1031711.RSPO_c02792		(>)
1031711.RSPO_c00051	+
1031711.RSPO_c02423	+
1031711.RSPO_c01219	+
1031711.RSPO_c02354	+
1031711.RSPO_c03148	+
1031711.RSPO_c00038	+
1031711.RSPO_c01608	+
1031711.RSPO_c00924	+
1031711.RSPO_c02789	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c02543	+
1031711.RSPO_c02306		(>)
1031711.RSPO_c02302	+
1031711.RSPO_c03140	+
1031711.RSPO_c02769	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c02986	+
1031711.RSPO_c02788	+
1031711.RSPO_c02548	(+)				(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c01205	+
1031711.RSPO_c02222			+
1031711.RSPO_c01440			+
1031711.RSPO_c00796	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c01821	+
1031711.RSPO_c01024	(+)				(ER)
1031711.RSPO_c01536	+
1031711.RSPO_c01158	(+)				plastid
1031711.RSPO_c00313	+
1031711.RSPO_c01557			+
1031711.RSPO_c00954	+
1031711.RSPO_c02939	+
1031711.RSPO_c02847	+
1031711.RSPO_c00078	+
1031711.RSPO_c02448			+
1031711.RSPO_c01305	+
1031711.RSPO_c01941	+				not used
1031711.RSPO_c01836	(+)			(PF00646)
1031711.RSPO_c01835	(+)				plastid
1031711.RSPO_c01833		(>)
1031711.RSPO_c01832	+
1031711.RSPO_c02148	(+)		+
1031711.RSPO_c02210	+
1031711.RSPO_c01397	+
1031711.RSPO_c01441	+
1031711.RSPO_c01489	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c01550	+
1031711.RSPO_c00573		+
1031711.RSPO_c00370	+
1031711.RSPO_c01058	+
1031711.RSPO_c00756	+
1031711.RSPO_c00199	+
1031711.RSPO_c00999	+
1031711.RSPO_c03312	+
1031711.RSPO_c03318	(+)		+
1031711.RSPO_c03085	+
1031711.RSPO_c00005	+
1031711.RSPO_c02919		+
1031711.RSPO_c02681	+
1031711.RSPO_c02683		+
1031711.RSPO_c02465	+
1031711.RSPO_c00340		(>)
1031711.RSPO_c03037	+
1031711.RSPO_c02914	+
1031711.RSPO_c01360		(>)
1031711.RSPO_c00563	+
1031711.RSPO_c01614			+
1031711.RSPO_c01818	+
1031711.RSPO_c01767	+
1031711.RSPO_c01562	+
1031711.RSPO_c00691			+
1031711.RSPO_c01587	+
1031711.RSPO_c01104	+
1031711.RSPO_c01103	+
1031711.RSPO_c02267			+
1031711.RSPO_c00749	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c00969			+
1031711.RSPO_c00743	+
1031711.RSPO_c03329	+
1031711.RSPO_c02054	+
1031711.RSPO_c02124	+
1031711.RSPO_c03185	+
1031711.RSPO_c02671	(+)				plastid
1031711.RSPO_c02677		+
1031711.RSPO_c01375		(>)
1031711.RSPO_c01376			+
1031711.RSPO_c01370	+
1031711.RSPO_c01293	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c00519	+				not used
1031711.RSPO_c01807	+
1031711.RSPO_c00003	+
1031711.RSPO_c01593	(+)				(mitochondrial); not used
1031711.RSPO_c01973		(<)
1031711.RSPO_c01975	+
1031711.RSPO_c00427	+
1031711.RSPO_c00735	+
1031711.RSPO_c03337	+
1031711.RSPO_c03048	+
1031711.RSPO_c02067	+
1031711.RSPO_c02062	+
1031711.RSPO_c03087	+
1031711.RSPO_c02111	+
1031711.RSPO_c02117	+
1031711.RSPO_c01047	+
1031711.RSPO_c02486	+
1031711.RSPO_c02243			+
1031711.RSPO_c01348	+
1031711.RSPO_c01347	+
1031711.RSPO_c01299	+
1031711.RSPO_c01902	+
1031711.RSPO_c03295	+
1031711.RSPO_c00652	+
1031711.RSPO_c01240			+
1031711.RSPO_c02810			+
1031711.RSPO_c02813				(PF02796)
1031711.RSPO_c02493	+
1031711.RSPO_c01355	(+)				plastid
1031711.RSPO_c01353			+
1031711.RSPO_c00152			+
1031711.RSPO_c00740	+
1031711.RSPO_c00538	+
1031711.RSPO_c00535	+
1031711.RSPO_c03193	+
1031711.RSPO_c01913	+
1031711.RSPO_c01625				(PF13276)
1031711.RSPO_c00862	+
1031711.RSPO_c00867			+
1031711.RSPO_c01723	+
1031711.RSPO_c01721	+
1031711.RSPO_c02959	+
1031711.RSPO_c00092			+
1031711.RSPO_c00252	(+)	(<)
1031711.RSPO_c00677	+
1031711.RSPO_c00212	+				not used
1031711.RSPO_c00704	+
1031711.RSPO_c00879	+
1031711.RSPO_c03016	+
1031711.RSPO_c02011	(+)				(mitochondrial)
1031711.RSPO_c02836			+
1031711.RSPO_c02837	+
1031711.RSPO_c02833	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c01783	+
1031711.RSPO_c00069	+
1031711.RSPO_c01641	+
1031711.RSPO_c00263	+
1031711.RSPO_c01424	+
1031711.RSPO_c00288	(+)	(>)
1031711.RSPO_c00119	+
1031711.RSPO_c02731	+
1031711.RSPO_c02350	(+)	(>)
1031711.RSPO_c02121	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c02517		+
1031711.RSPO_c02516			+
1031711.RSPO_c02513			+
1031711.RSPO_c01099	+
1031711.RSPO_c01095	+
1031711.RSPO_c00268	+
1031711.RSPO_c01709	+
1031711.RSPO_c01675	+
1031711.RSPO_c00283		+
1031711.RSPO_c00611	(+)				mitochondrial
1031711.RSPO_c02607	+
1031711.RSPO_c00851	+
1031711.RSPO_c00108	+
1031711.RSPO_c00765	+
1031711.RSPO_c03030	+
1031711.RSPO_c03032	+
1031711.RSPO_c02341	+
1031711.RSPO_c02342	+
1031711.RSPO_c02295	+
1031711.RSPO_c02501	(+)	(<)
1031711.RSPO_c01711	+
1031711.RSPO_c03005	+
1031711.RSPO_c00043	(+)				(ER)
1031711.RSPO_c00626		(>)
1031711.RSPO_c02176			+
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1031711.RSPO_c02973	(+)				(plastid)
1031711.RSPO_c02750				(PF13276)
1031711.RSPO_c02147	(+)				(plastid)
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1031711.RSPO_c00093	(+)
1031711.RSPO_c01657	(+)
1031711.RSPO_c01656	(+)
1031711.RSPO_c03275	(+)
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1031711.RSPO_c02012	(+)
1031711.RSPO_c02227	(+)
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1031711.RSPO_c00072	(+)
1031711.RSPO_c02757	(+)
1031711.RSPO_c03253	(+)
1031711.RSPO_c03102	(+)
1031711.RSPO_c02034	(+)
1031711.RSPO_c02031	(+)
1031711.RSPO_c02720	(+)
1031711.RSPO_c00067	(+)
1031711.RSPO_c01755	(+)
1031711.RSPO_c01061	(+)
1031711.RSPO_c00621	(+)
1031711.RSPO_c01628	(+)
1031711.RSPO_c03022	(+)
1031711.RSPO_c02372	(+)
1031711.RSPO_c02400	(+)
1031711.RSPO_c02404	(+)
1031711.RSPO_c02408	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.1 (1/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.5 (4/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================