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Effective results for Pseudomonas aeruginosa PAO1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 628
- Predicted by EffectiveT3: 150 (high confidence), 281 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 14 within, 15 before, 38 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 89
- Predicted by EffectiveELD: 25 eukaryotic-like domains, contained in 65 proteins (1 high, 64 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
208964.PA2950+(mitochondrial)
208964.PA0737+ER
208964.PA3888(>)ER
208964.PA3885(PF03162)ER
208964.PA3881+ER
208964.PA5367+(ER)
208964.PA0300+ER
208964.PA4556+ER
208964.PA5320(>)mitochondrial
208964.PA4058(PF09619)ER
208964.PA4682+ER
208964.PA3008+ER; (ER)
208964.PA1169(PF00305)(mitochondrial); (ER)
208964.PA3931+ER
208964.PA3383+ER
208964.PA1120+(mitochondrial)
208964.PA3715+ER
208964.PA1712(PF09619)ER
208964.PA5010+ER
208964.PA4633+ER
208964.PA1293(PF03088)ER
208964.PA3154(>)ER
208964.PA5222(PF14539)mitochondrial
208964.PA5225+ER; (ER)
208964.PA4368(PF12483)ER
208964.PA4369+ER
208964.PA4915+ER
208964.PA2494+ER
208964.PA1888+ER
208964.PA1084(>)ER
208964.PA1082+(mitochondrial)
208964.PA3674(PF09619)ER
208964.PA1633(>)ER
208964.PA4466(>)(mitochondrial)
208964.PA0977+mitochondrial; (mitochondrial)
208964.PA5479(<)ER
208964.PA4874+ER
208964.PA3055+mitochondrial
208964.PA5491+ER
208964.PA4819(<)(ER)
208964.PA1940+ER
208964.PA3237(PF09834)ER
208964.PA5168(<)ER
208964.PA2783(PF13582)ER
208964.PA1064+ER
208964.PA4065+mitochondrial
208964.PA4218(PF13000)ER
208964.PA3079(PF02460)(ER)
208964.PA3076(PF12740)ER
208964.PA3708+ER
208964.PA4393(PF13000)(ER)
208964.PA4398(<)ER
208964.PA3788(PF14248)ER
208964.PA3969+ER
208964.PA0845(PF17048)ER
208964.PA5006(PF06293)(ER); (mitochondrial)
208964.PA1448+ER
208964.PA2830(>)ER
208964.PA1688(PF03088)(ER); mitochondrial
208964.PA2816+ER
208964.PA1324+ER
208964.PA4310+ER
208964.PA3443(>)ER
208964.PA2695+ER
208964.PA1342+ER
208964.PA0594+ER
208964.PA2733+mitochondrial
208964.PA1365+ER
208964.PA4713(PF14248)ER
208964.PA3842(PF05932)ER
208964.PA1625(>)ER
208964.PA2718(>)mitochondrial
208964.PA0969+(>)
208964.PA1386+(mitochondrial)
208964.PA0386(+)ER
208964.PA1978(>)+
208964.PA2979(+)(mitochondrial); (plastid)
208964.PA0281+(plastid)
208964.PA2047(+)(mitochondrial)
208964.PA5098+(mitochondrial)
208964.PA0171(>)(plastid)
208964.PA1167+(plastid)
208964.PA1758++
208964.PA1288(+)(mitochondrial)
208964.PA1284(PF12806) (PF12418)
208964.PA5508(PF16952)(ER)
208964.PA4654(+)(ER)
208964.PA1820(+)(ER)
208964.PA0649(<)(PF00117)
208964.PA3342+(PF10974)
208964.PA2664(>)(mitochondrial)
208964.PA4892(+)(mitochondrial)
208964.PA1087+(mitochondrial)
208964.PA1080+(plastid)
208964.PA4326(+)ER
208964.PA0003(+)(mitochondrial)
208964.PA5187(PF12806) (PF12418)
208964.PA4464(>)(mitochondrial)
208964.PA0975(+)(mitochondrial)
208964.PA4700(+)(ER)
208964.PA2701(+)(mitochondrial)
208964.PA0047(>)(ER)
208964.PA2943+(plastid)
208964.PA2768(+)ER
208964.PA3152(PF00117)(plastid)
208964.PA4199(PF12806) (PF12418)
208964.PA0506(PF12806) (PF12418)
208964.PA0507(PF12806) (PF12418)
208964.PA0508(PF12806) (PF12418)
208964.PA1273(+)(>)(mitochondrial)
208964.PA1278(>)(mitochondrial)
208964.PA3072(+)ER
208964.PA5530+(plastid)
208964.PA4021(+)(mitochondrial)
208964.PA1835(PF14539)(plastid)
208964.PA2373+(ER)
208964.PA0264+(plastid)
208964.PA2636(PF14539)plastid
208964.PA0185(+)(mitochondrial)
208964.PA4359(+)(mitochondrial)
208964.PA5020(PF12806) (PF12418)
208964.PA1092+plastid
208964.PA0758++
208964.PA2878(+)(ER)
208964.PA0690(+)(ER)
208964.PA3660++
208964.PA4477(<)+
208964.PA4809+
208964.PA4732(>)
208964.PA4601+
208964.PA0550(>)
208964.PA0558+
208964.PA2770(PF02567)
208964.PA2776+
208964.PA1014+
208964.PA5480+
208964.PA4827+
208964.PA3080+
208964.PA2976+
208964.PA4758(PF00117)
208964.PA2280+
208964.PA2284(+)(<)
208964.PA3883+
208964.PA0531(PF00117)
208964.PA1228+
208964.PA0289+
208964.PA2008+
208964.PA1206+
208964.PA1203+
208964.PA0097(+)plastid
208964.PA4795+
208964.PA2248+
208964.PA1917+
208964.PA1918+
208964.PA3220(+)(plastid)
208964.PA2790(+)(mitochondrial)
208964.PA0132+
208964.PA4968+
208964.PA4969(+)(>)
208964.PA5303+
208964.PA5309+
208964.PA1079+
208964.PA1078(+)plastid
208964.PA3690+
208964.PA3798+
208964.PA2268(PF00117)
208964.PA3247(>)
208964.PA2043+
208964.PA1538+
208964.PA1536+
208964.PA4050+
208964.PA2457+
208964.PA4541+
208964.PA0170+
208964.PA4925+
208964.PA4070+
208964.PA2435+
208964.PA2438+
208964.PA1162+
208964.PA3061+
208964.PA1756+
208964.PA1757+
208964.PA3932+
208964.PA2081+
208964.PA1571+not used
208964.PA4903(<)
208964.PA4017(PF08732)
208964.PA2147+
208964.PA2415(>)
208964.PA1144+
208964.PA0368+
208964.PA0819+
208964.PA3734(PF12740)
208964.PA3956+
208964.PA2601(<)
208964.PA1689+
208964.PA3382(+)(plastid)
208964.PA2161+
208964.PA1123+
208964.PA0838(<)
208964.PA3719+not used
208964.PA1710(PF05932)
208964.PA1715(PF05932)
208964.PA0444+
208964.PA0442(<)not used
208964.PA0991+
208964.PA3361(+)(plastid)
208964.PA2366+
208964.PA3505+
208964.PA1459+
208964.PA0851(+)plastid
208964.PA0855(PF10974)
208964.PA3157+
208964.PA5220(<)
208964.PA0646+
208964.PA0643+
208964.PA3349(>)
208964.PA3527+
208964.PA2806+
208964.PA5411+
208964.PA5410+
208964.PA2320+
208964.PA1673(<)
208964.PA3814(>)
208964.PA4131+
208964.PA2863(+)plastid
208964.PA2684(+)(plastid)
208964.PA0920+
208964.PA4308+
208964.PA2888+
208964.PA3302+
208964.PA5434+
208964.PA1658+
208964.PA3874(<)
208964.PA4119+
208964.PA4117+
208964.PA4115+
208964.PA2845+
208964.PA2843+
208964.PA4322+
208964.PA0002+
208964.PA0622(+)(plastid)
208964.PA2982+
208964.PA2987+
208964.PA2189+
208964.PA2183(PF09834)
208964.PA2180+
208964.PA5054+
208964.PA5056+
208964.PA1989(+)(ER)
208964.PA1371+
208964.PA2314(>)
208964.PA5475+
208964.PA4873+
208964.PA4709+
208964.PA1967+
208964.PA1618+
208964.PA2704+
208964.PA0705+
208964.PA3423+
208964.PA1392(+)(ER)
208964.PA0044+
208964.PA3637(PF00117)
208964.PA4811+
208964.PA2142+
208964.PA4723+
208964.PA3407+
208964.PA2576(>)
208964.PA1002(PF00117)
208964.PA0069+
208964.PA0064+
208964.PA1545(+)(mitochondrial)
208964.PA4836(PF03059)
208964.PA3307+
208964.PA0633+
208964.PA3211+
208964.PA0293(+)(mitochondrial)
208964.PA0299+
208964.PA0084+
208964.PA0083+
208964.PA5105+
208964.PA4504+
208964.PA2908+
208964.PA2905(>)
208964.PA4761+
208964.PA1904(PF02567)
208964.PA1903(PF00117)
208964.PA2016+
208964.PA0500+
208964.PA4973+
208964.PA5377+
208964.PA5371+
208964.PA0319+
208964.PA0747+
208964.PA2928+
208964.PA2259(>)
208964.PA1784+
208964.PA1522(>)
208964.PA0122PF06355
208964.PA5312+
208964.PA5316+
208964.PA1065+
208964.PA5142(PF00117)
208964.PA4544(>)
208964.PA4238+
208964.PA3272+
208964.PA2052(+)(ER)
208964.PA2057+
208964.PA3487+
208964.PA4931(>)
208964.PA0353+
208964.PA3866+
208964.PA4214(PF00117)
208964.PA4215(PF02567)
208964.PA2219+
208964.PA1742(PF00117)
208964.PA1561+
208964.PA1297+
208964.PA1569(+)(mitochondrial)
208964.PA5536+
208964.PA4667(+)(plastid)
208964.PA4919(>)
208964.PA4491+
208964.PA2095(>)
208964.PA0141+
208964.PA5519(+)(plastid)
208964.PA3553(<)
208964.PA4585(PF05189)
208964.PA1156+
208964.PA4853+
208964.PA0823+
208964.PA0822+
208964.PA0825+
208964.PA0824+
208964.PA5258+
208964.PA3701+
208964.PA3709+
208964.PA1700(PF05932)
208964.PA5391(+)(plastid)
208964.PA4625+
208964.PA3578(PF02567)
208964.PA5239+
208964.PA3769(PF00117)
208964.PA3189(+)plastid
208964.PA1729(PF00117)
208964.PA5008(PF06293)
208964.PA5009(PF06293)
208964.PA5007(PF06293)
208964.PA1634+
208964.PA2350+
208964.PA2354+
208964.PA2359+
208964.PA3519+
208964.PA3741(>)
208964.PA2835+
208964.PA5026(PF14539)
208964.PA4376(>)
208964.PA4378(PF06293)
208964.PA4082+
208964.PA4087(+)(ER)
208964.PA3351+
208964.PA2331+
208964.PA1686+
208964.PA1469+
208964.PA0223(>)
208964.PA4412+
208964.PA1894+
208964.PA0415+
208964.PA4317+
208964.PA0755+
208964.PA0750(>)
208964.PA4126+
208964.PA2698+
208964.PA1346+
208964.PA1993+
208964.PA4840+
208964.PA2365+
208964.PA1455+
208964.PA4846+
208964.PA0771+
208964.PA2851(+)+
208964.PA0906+
208964.PA1367(PF02567)
208964.PA5190+
208964.PA4716(PF02567)
208964.PA3843(+)(plastid)
208964.PA3847+
208964.PA0574+
208964.PA0577+
208964.PA0576+
208964.PA0572+
208964.PA0718(+)(plastid)
208964.PA4470+
208964.PA3430(+)
208964.PA0381(+)
208964.PA0038(+)
208964.PA5460(+)
208964.PA2772(+)
208964.PA1017(+)
208964.PA0052(+)
208964.PA3620(+)
208964.PA5095(+)
208964.PA2975(+)
208964.PA2281(+)
208964.PA3886(+)
208964.PA2560(+)
208964.PA2565(+)
208964.PA1034(+)
208964.PA1039(+)
208964.PA1038(+)
208964.PA0078(+)
208964.PA0079(+)
208964.PA0075(+)
208964.PA1933(+)
208964.PA4186(+)
208964.PA4987(+)
208964.PA5365(+)
208964.PA0898(+)
208964.PA0796(+)
208964.PA0135(+)not used
208964.PA4228(+)
208964.PA2260(+)
208964.PA1249(+)
208964.PA4942(+)
208964.PA2454(+)
208964.PA2458(+)
208964.PA2125(+)
208964.PA4209(+)
208964.PA3915(+)
208964.PA1512(+)
208964.PA1518(+)
208964.PA0177(+)
208964.PA4929(+)
208964.PA4920(+)
208964.PA4074(+)
208964.PA4484(+)
208964.PA1754(+)
208964.PA1289(+)
208964.PA5058(+)
208964.PA1140(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.7 (17/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 3.875 (31/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================