Metamenu

Effective results for Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 662
- Predicted by EffectiveT3: 214 (high confidence), 305 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 39 within, 28 before, 55 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 20 eukaryotic-like domains, contained in 40 proteins (8 high, 32 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
223926.VP3076+mitochondrial
223926.VP0380+(mitochondrial)
223926.VPA1208(>)(mitochondrial); (ER)
223926.VP0191(>)(PF05686)(ER)
223926.VP1001(>)ER
223926.VP0446+ER
223926.VPA0994+ER
223926.VP2388+(ER)
223926.VPA0221(PF00194)ER
223926.VPA1480(<)ER
223926.VP1931+(mitochondrial); plastid
223926.VP0046(<)(ER)
223926.VPA1206(>)ER
223926.VPA1518(PF06468)ER
223926.VPA1519(PF06468)ER
223926.VP0868+ER
223926.VP2594(>)ER
223926.VPA0256+(mitochondrial); plastid
223926.VPA0679(PF14707)ER
223926.VPA0675(>)ER
223926.VP1124(>)ER
223926.VP0467(<)mitochondrial; (mitochondrial)
223926.VP0290(>)ER
223926.VPA1404+mitochondrial
223926.VP0185+(mitochondrial)
223926.VP2581+mitochondrial
223926.VPA0484(<)ER
223926.VP2618+ER
223926.VP1049+(mitochondrial)
223926.VP0893(>)ER
223926.VP1674+ER; (ER)
223926.VP1677+mitochondrial
223926.VPA0732+ER
223926.VP0300+mitochondrial
223926.VP1007+(mitochondrial)
223926.VPA1556(>)ER
223926.VP3010(>)ER
223926.VPA1502(PF00194)ER
223926.VP2492+(ER)
223926.VPA1438(>)ER
223926.VP2127+ER
223926.VPA1306(<)ER
223926.VPA0449(>)ER
223926.VP2967PF00031ER
223926.VP1780+ER
223926.VP1118(>)ER
223926.VPA1376(PF13402)ER
223926.VPA1370(+)PF02205(mitochondrial); (plastid)
223926.VP2724+ER; (ER)
223926.VPA0893(>)ER
223926.VP1081+(mitochondrial)
223926.VPA1149+ER; (ER)
223926.VP2536(>)ER
223926.VPA0953(PF00028)(mitochondrial)
223926.VPA0422+ER
223926.VPA0397+ER; (ER)
223926.VPA0396+ER
223926.VP1183(>)ER
223926.VPA1190+ER
223926.VPA0991PF05548ER
223926.VP2424(>)(mitochondrial)
223926.VPA1050(<)(mitochondrial)
223926.VPA1021PF00031ER
223926.VP1426(PF03222)(ER)
223926.VPA0509(PF03222)ER
223926.VP1606(PF08180)ER
223926.VP2437+ER
223926.VPA1636+mitochondrial
223926.VPA1329++(plastid)
223926.VP0231(>)ER
223926.VP1566(>)ER
223926.VPA0680(PF14707)ER
223926.VPA0683(PF14707)ER; (ER)
223926.VP0156(+)(ER)
223926.VP2155(+)ER
223926.VP0719(+)ER
223926.VP1713(+)ER
223926.VPA0305(+)mitochondrial; (mitochondrial)
223926.VP1002(PF13402)(ER)
223926.VP0444(+)(mitochondrial)
223926.VPA1654+(plastid)
223926.VP2968(+)(ER); (mitochondrial)
223926.VPA0317(+)ER
223926.VPA0642(+)(ER)
223926.VP0526+(ER)
223926.VPA1067+(PF03222)
223926.VP2015(+)ER
223926.VP2947(+)ER
223926.VP1123(+)mitochondrial; (mitochondrial)
223926.VP0981(+)ER
223926.VP0613+(<)
223926.VP0886(+)ER
223926.VPA0611+(plastid)
223926.VP2378(+)mitochondrial; plastid
223926.VPA0290(+)(mitochondrial)
223926.VPA1453+(ER)
223926.VPA0265+(plastid)
223926.VP2258+(plastid)
223926.VP2259+(plastid)
223926.VPA1111(+)(ER)
223926.VPA1553+(plastid)
223926.VP0642+(PF00075)
223926.VP3011(+)(ER); (mitochondrial)
223926.VP1802+(<)
223926.VP0791(+)(mitochondrial); (plastid)
223926.VPA1409+(ER)
223926.VP0778+(plastid)
223926.VP1879+(PF03222)
223926.VPA1548+plastid
223926.VP0149+plastid
223926.VPA0440+(PF00075)
223926.VP1629(+)(mitochondrial)
223926.VP0788+plastid
223926.VP1887(<)(mitochondrial); not used
223926.VPA1414+(ER)
223926.VP0906+(mitochondrial)
223926.VPA0374(+)(ER)
223926.VPA0935(+)ER
223926.VP0373(+)(mitochondrial); (plastid)
223926.VP1388(+)mitochondrial
223926.VPA0411+plastid
223926.VP2451(+)ER; (ER)
223926.VPA0352+(mitochondrial)
223926.VP0216(+)ER
223926.VPA1484(+)ER; (ER)
223926.VP2237(+)(ER)
223926.VPA0191PF00031(ER)
223926.VP0772(+)mitochondrial; (mitochondrial)
223926.VP0771(+)(mitochondrial); plastid
223926.VP0391+PF04927not used
223926.VPA1744+(mitochondrial)
223926.VP1266(+)ER
223926.VP0790+(plastid)
223926.VPA0684+(mitochondrial)
223926.VPA0512(+)(ER)
223926.VPA0206(PF10013)(mitochondrial); not used
223926.VPA0408+
223926.VPA1649+
223926.VPA1313+not used
223926.VPA1267+
223926.VP2397+
223926.VP2393(>)
223926.VP2399+
223926.VP1579+
223926.VP1577(+)(>)
223926.VP2574(>)
223926.VP2374+
223926.VP2370+
223926.VPA0231(>)
223926.VPA0234+
223926.VP3061+
223926.VPA0297+
223926.VP2700+
223926.VP0335(>)
223926.VPA1014+
223926.VP2660+
223926.VP0141+
223926.VP0142+
223926.VP0144(>)
223926.VP0146+
223926.VPA1495+
223926.VP0858(+)(<)
223926.VPA1750+
223926.VP2148(+)(mitochondrial)
223926.VP1551+
223926.VP0702+
223926.VPA0796+
223926.VPA0793+
223926.VP1727+
223926.VPA0319+not used
223926.VPA0313PF05219
223926.VP2771(>)
223926.VP2776(+)plastid
223926.VP0527(+)(ER)
223926.VP1896(+)(mitochondrial)
223926.VPA1661+
223926.VPA1662+
223926.VPA1681(+)(mitochondrial)
223926.VP2175(PF03222)
223926.VP0990+
223926.VP1557(<)
223926.VPA1629+
223926.VPA0819+
223926.VP1484(>)
223926.VPA0492+
223926.VP1737(<)
223926.VPA0678+
223926.VP2760+
223926.VP1120(>)
223926.VP2616+
223926.VPA1675+
223926.VP0841(>)
223926.VP0840(+)(ER)
223926.VPA1696+
223926.VP0050+
223926.VP0055+
223926.VP0291+
223926.VPA1400+
223926.VPA1501+
223926.VP2167(+)(>)
223926.VP2162+
223926.VP0982+
223926.VP2292+
223926.VP2293(PF00075)
223926.VP2294+
223926.VP2340+
223926.VPA0246(<)
223926.VPA0489+
223926.VP1584+
223926.VPA1230+
223926.VP2753+
223926.VP2759+
223926.VP2767(>)
223926.VPA1336+
223926.VPA1048+
223926.VPA1443+
223926.VPA1198+
223926.VPA0524(+)(mitochondrial)
223926.VP0066+
223926.VPA1227+
223926.VP1704+
223926.VPA1536+
223926.VP0089+
223926.VPA0917(+)(mitochondrial)
223926.VP2025(>)
223926.VP2023(<)
223926.VPA0871+
223926.VPA1287(+)(>)
223926.VP0889+
223926.VPA0584(>)
223926.VP2037(>)
223926.VPA0909+
223926.VP2244+
223926.VP2246(>)
223926.VPA0612(+)(>)
223926.VPA0614(PF10063)
223926.VP3033+
223926.VP3032+
223926.VPA0120(+)(plastid)
223926.VP2815+
223926.VPA1671+
223926.VP0095+
223926.VP1659+
223926.VP0781+
223926.VP1697(PF05932)
223926.VPA0266+
223926.VP2329+
223926.VPA0463+
223926.VP0676+
223926.VP2257+
223926.VP3024+
223926.VPA0136+
223926.VPA0131(+)(mitochondrial)
223926.VP1079+
223926.VP1670+
223926.VPA1582(>)
223926.VP1111+
223926.VPA1423(<)
223926.VP0301+
223926.VP2798(<)
223926.VPA0268(+)(plastid)
223926.VP1680+
223926.VP1682(PF05932)
223926.VP1683+
223926.VP1684(+)(PF05932)
223926.VP1687(PF05932)
223926.VPA0924+
223926.VPA0450+
223926.VP2714+
223926.VP2262+
223926.VPA0630(>)
223926.VPA0285(<)not used
223926.VPA1406+
223926.VP0773(>)
223926.VP1667+
223926.VP1665(PF05932)
223926.VPA0709(<)
223926.VP2047(<)
223926.VPA1408(<)
223926.VP1273(+)(mitochondrial)
223926.VP1953(<)
223926.VP0339(+)(ER)
223926.VP0331+
223926.VP2780+
223926.VPA0682(>)
223926.VPA1099+
223926.VPA1178+
223926.VP1702+
223926.VP2018+
223926.VPA1618+
223926.VP2435(<)
223926.VP1782+
223926.VPA0629+
223926.VP2270+
223926.VPA0623+
223926.VP2969(+)(PF05706)
223926.VP1658(PF07720)
223926.VP0785+
223926.VP1657+
223926.VPA0712(+)(>)
223926.VP2664+
223926.VP1264+
223926.VP1319(>)
223926.VP2681(>)
223926.VP1314+
223926.VPA1373+
223926.VP1812+
223926.VPA0901+
223926.VPA0436+
223926.VP3070+
223926.VP1645+
223926.VP1646+
223926.VP2512+not used
223926.VPA0760+
223926.VPA0768+
223926.VP2671+
223926.VP2475+
223926.VP0687+
223926.VP0615+
223926.VPA1034+
223926.VPA1380+
223926.VP0359(>)
223926.VPA1422+
223926.VP0238+
223926.VPA1425+
223926.VP1329+
223926.VP0911(>)
223926.VP1621+
223926.VP2792+
223926.VPA1361+
223926.VPA1363+
223926.VP2530+
223926.VP1414+
223926.VP1416+
223926.VPA0952(PF00028)
223926.VPA0775+
223926.VPA0967+
223926.VP1240(>)
223926.VP2990+
223926.VP0202+
223926.VPA1601+
223926.VPA1350+
223926.VPA1357+
223926.VPA1047+not used
223926.VPA1168+
223926.VPA0968+
223926.VP1380(>)
223926.VP2228(<)
223926.VP1898+
223926.VP3050(+)(mitochondrial); not used
223926.VPA0563+
223926.VP1624+
223926.VPA0745+not used
223926.VPA0746+
223926.VPA0984+
223926.VP2455(>)
223926.VP3071+
223926.VP1758(>)
223926.VPA0899(+)(plastid)
223926.VPA0540+
223926.VPA0541+
223926.VPA1161(<)
223926.VPA1298+
223926.VP1342+
223926.VP1344+
223926.VPA1585+
223926.VP1986+
223926.VPA1347+not used
223926.VPA1345+
223926.VPA1608+
223926.VP1198(>)
223926.VP0638+
223926.VP2188+
223926.VP1502+
223926.VP3048+
223926.VPA0358+
223926.VP1611+
223926.VP2525(+)(mitochondrial)
223926.VPA0993PF05548
223926.VP2428(>)
223926.VP2425+
223926.VP2426+
223926.VP1820+
223926.VP2731+
223926.VPA1340+
223926.VPA1023+
223926.VP2885+
223926.VP1190+
223926.VPA1330+not used
223926.VP1979+
223926.VPA1311+not used
223926.VPA0453+
223926.VPA0913+
223926.VPA1060+
223926.VP0776(+)plastid
223926.VPA0212(PF10462)
223926.VP1775+
223926.VP1772+
223926.VP0390+not used
223926.VP2722+
223926.VPA0636+
223926.VPA1635(<)
223926.VPA1324+
223926.VPA1326+
223926.VP1944+
223926.VP0011+
223926.VP1387+
223926.VPA1250(<)
223926.VP1323+
223926.VP1861(>)
223926.VP2096(<)
223926.VPA1261(<)
223926.VPA0877+
223926.VPA0028+
223926.VP2949(+)(ER)
223926.VP1701(PF05932)
223926.VP0385(+)not used
223926.VP1017(+)
223926.VP1010(+)
223926.VP1175(+)
223926.VPA1488(+)
223926.VP2974(+)
223926.VPA1269(+)
223926.VPA1266(+)
223926.VPA0740(+)
223926.VP2337(+)
223926.VPA0837(+)not used
223926.VPA0783(+)
223926.VPA0237(+)
223926.VPA0239(+)
223926.VPA0356(+)
223926.VP0629(+)
223926.VP1716(+)not used
223926.VPA0309(+)
223926.VPA1120(+)
223926.VP0190(+)
223926.VP0536(+)
223926.VP1005(+)
223926.VP1145(+)
223926.VP1590(+)
223926.VPA1652(+)
223926.VPA0616(+)
223926.VP1544(+)
223926.VPA0539(+)
223926.VPA1090(+)not used
223926.VP1724(+)
223926.VP1955(+)not used
223926.VP1766(+)
223926.VP0523(+)
223926.VP2605(+)
223926.VP0450(+)
223926.VP1280(+)
223926.VP1936(+)
223926.VP1935(+)
223926.VP0282(+)
223926.VPA0213(+)
223926.VP0195(+)
223926.VP2173(+)
223926.VP2174(+)
223926.VPA1264(+)not used
223926.VP1393(+)
223926.VP1553(+)
223926.VP0860(+)
223926.VPA0070(+)
223926.VP1733(+)
223926.VP2649(+)
223926.VP1020(+)
223926.VPA1677(+)
223926.VP2900(+)
223926.VP2904(+)not used
223926.VPA1697(+)
223926.VP0294(+)not used
223926.VP0296(+)
223926.VP0297(+)
223926.VP2832(+)
223926.VPA0089(+)
223926.VP2505(+)
223926.VPA0803(+)
223926.VPA0801(+)
223926.VP0874(+)
223926.VP2584(+)
223926.VP2583(+)
223926.VP2588(+)
223926.VP1585(+)
223926.VPA1040(+)
223926.VPA1705(+)
223926.VP2937(+)
223926.VP1481(+)
223926.VP1391(+)
223926.VP2807(+)
223926.VP2020(+)
223926.VP0884(+)
223926.VP0662(+)
223926.VP3031(+)
223926.VPA0124(+)
223926.VPA0126(+)
223926.VPA0272(+)
223926.VP1046(+)
223926.VP1047(+)
223926.VPA1188(+)
223926.VP0077(+)
223926.VP0274(+)
223926.VP0271(+)
223926.VP2810(+)not used
223926.VPA1527(+)
223926.VP2105(+)
223926.VP2034(+)
223926.VP0890(+)
223926.VP0387(+)
223926.VP1699(+)
223926.VPA0261(+)
223926.VP0679(+)
223926.VP2252(+)
223926.VPA0134(+)
223926.VPA0046(+)
223926.VP0959(+)
223926.VP1112(+)
223926.VP2645(+)
223926.VP2489(+)
223926.VPA1126(+)
223926.VP0603(+)
223926.VP1691(+)
223926.VP2795(+)
223926.VP1517(+)
223926.VP2838(+)
223926.VPA1085(+)
223926.VPA0547(+)not used
223926.VPA0267(+)
223926.VP1201(+)
223926.VPA0269(+)
223926.VP1441(+)
223926.VP1448(+)
223926.VP3017(+)
223926.VP1668(+)
223926.VP1274(+)
223926.VP2782(+)not used
223926.VP2446(+)
223926.VP2878(+)
223926.VPA1729(+)
223926.VP1890(+)
223926.VPA1545(+)
223926.VP2123(+)
223926.VP1781(+)
223926.VP1404(+)
223926.VP2275(+)
223926.VP3003(+)
223926.VP0786(+)
223926.VPA0737(+)
223926.VPA0505(+)
223926.VPA1394(+)
223926.VPA1392(+)
223926.VPA1398(+)
223926.VP0320(+)
223926.VPA1158(+)
223926.VP2843(+)
223926.VP1885(+)not used
223926.VP1811(+)not used
223926.VPA1372(+)not used
223926.VPA1003(+)
223926.VP2728(+)not used
223926.VPA1110(+)
223926.VPA1737(+)
223926.VP1465(+)
223926.VPA0437(+)
223926.VP1799(+)not used
223926.VPA0384(+)
223926.VPA0369(+)
223926.VP1644(+)
223926.VP0435(+)not used
223926.VPA0163(+)
223926.VPA1416(+)
223926.VP1321(+)
223926.VPA1566(+)
223926.VPA1369(+)
223926.VP2348(+)
223926.VPA0373(+)
223926.VPA0081(+)
223926.VP2758(+)
223926.VP0423(+)
223926.VP2441(+)
223926.VP1748(+)
223926.VP0112(+)
223926.VP0115(+)
223926.VP0118(+)
223926.VPA1607(+)
223926.VP0972(+)not used
223926.VP1400(+)
223926.VP2892(+)
223926.VP2195(+)
223926.VP1536(+)
223926.VPA0340(+)
223926.VPA1152(+)
223926.VP0759(+)not used
223926.VP1622(+)
223926.VP1625(+)
223926.VPA0989(+)not used
223926.VPA0985(+)
223926.VPA0980(+)
223926.VPA0181(+)not used
223926.VP2988(+)
223926.VP2981(+)
223926.VPA1293(+)
223926.VP0109(+)
223926.VP0106(+)
223926.VP1980(+)
223926.VPA1610(+)
223926.VP1291(+)
223926.VP1963(+)not used
223926.VP0639(+)
223926.VPA0971(+)
223926.VPA0975(+)
223926.VP2180(+)
223926.VP2197(+)
223926.VP1504(+)
223926.VPA0579(+)
223926.VPA0575(+)
223926.VPA0357(+)
223926.VP0584(+)
223926.VP0744(+)
223926.VP1616(+)
223926.VP2529(+)
223926.VPA0193(+)
223926.VP1196(+)
223926.VP2887(+)
223926.VP1030(+)
223926.VP1994(+)
223926.VP2953(+)
223926.VPA0519(+)
223926.VP2521(+)
223926.VPA1240(+)
223926.VP1420(+)
223926.VP0777(+)
223926.VP1604(+)
223926.VP2553(+)
223926.VPA1535(+)
223926.VPA1537(+)
223926.VPA1418(+)
223926.VPA0039(+)
223926.VP1770(+)
223926.VP2504(+)
223926.VPA0027(+)not used
223926.VP0559(+)
223926.VPA1061(+)
223926.VP2267(+)
223926.VPA0020(+)
223926.VP1362(+)not used
223926.VPA1743(+)
223926.VP0583(+)
223926.VPA1632(+)
223926.VP2943(+)
223926.VP1946(+)
223926.VPA1253(+)
223926.VP1324(+)
223926.VP1439(+)
223926.VP0811(+)
223926.VPA0685(+)
223926.VPA0687(+)
223926.VP2024(+)
223926.VPA0402(+)
223926.VPA1228(+)
223926.VPA0400(+)
223926.VPA0405(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 2.2 (22/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================