Effective results for Burkholderia pseudomallei K96243 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 745
- Predicted by EffectiveT3: 205 (high confidence), 314 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 22 within, 10 before, 37 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 102
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 98 proteins (3 high, 95 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
272560.BPSL0920		+			(ER)
272560.BPSL2901				(PF08857)	ER
272560.BPSS1778			+		ER
272560.BPSL0692	+				(mitochondrial); plastid
272560.BPSL3120			+		(mitochondrial)
272560.BPSL2974				(PF00450)	ER
272560.BPSS2331			+		(ER)
272560.BPSL2067				(PF13127)	ER
272560.BPSL0013		(>)			mitochondrial
272560.BPSL0659		+			ER
272560.BPSL1423		(>)			ER
272560.BPSL0466			+		ER
272560.BPSL2290			+		(mitochondrial)
272560.BPSS2111			+		ER
272560.BPSS0181	+		+		(plastid)
272560.BPSS0182				(PF13599)	(mitochondrial)
272560.BPSL0442			+		ER
272560.BPSL1393				(PF01382)	(mitochondrial)
272560.BPSL1171		(>)			ER
272560.BPSS1456			+		ER
272560.BPSS2131b	+				(mitochondrial); plastid
272560.BPSL0213			+		mitochondrial
272560.BPSL1651		(>)			ER
272560.BPSL1902				(PF15984)	ER
272560.BPSS2087	+				(mitochondrial)
272560.BPSL1484				(PF10431)	(mitochondrial)
272560.BPSL1486			+		(mitochondrial)
272560.BPSL1674		+			ER
272560.BPSL0331		(>)			ER; (ER)
272560.BPSS2255				(PF01075)	mitochondrial
272560.BPSL0311				(PF01382)	(mitochondrial)
272560.BPSL1193			+		ER
272560.BPSS0857			+		mitochondrial
272560.BPSL1076		+			(mitochondrial)
272560.BPSL2990			+		mitochondrial; (mitochondrial)
272560.BPSL1521			+		ER
272560.BPSL2383		(>)			mitochondrial
272560.BPSS0096			+		ER
272560.BPSS0893		+			ER
272560.BPSS0979			+		ER
272560.BPSL1287		(>)			ER
272560.BPSL0573			+		ER
272560.BPSS0562		+			ER
272560.BPSS0565			+		ER; (ER)
272560.BPSS1541				(PF02874)	(mitochondrial)
272560.BPSL1009			+		ER
272560.BPSS0357		+			mitochondrial; (mitochondrial)
272560.BPSS1746			+		mitochondrial
272560.BPSL0683	+	+			(plastid)
272560.BPSS1973				(PF09286)	(ER)
272560.BPSS1974				(PF15984)	ER
272560.BPSL0916	+				(mitochondrial); (plastid)
272560.BPSS1649				(PF09118)	ER; (ER)
272560.BPSL1857		(>)			ER; mitochondrial
272560.BPSS0440		(<)			ER
272560.BPSL2579		(>)			mitochondrial
272560.BPSL2141				(PF05023)	ER
272560.BPSL2142				(PF09286)	(mitochondrial)
272560.BPSL0044		+			(ER)
272560.BPSS1609	+				(mitochondrial); plastid
272560.BPSL2522			+		ER
272560.BPSS0174				(PF10431)	mitochondrial
272560.BPSL1649			+		(ER)
272560.BPSL0345				PF07250 (PF09118)	(mitochondrial)
272560.BPSL1123				(PF01075)	(mitochondrial)
272560.BPSL1120				(PF01075)	mitochondrial
272560.BPSS0116				(PF10431)	(mitochondrial)
272560.BPSS0659	+				ER
272560.BPSL2653	+				(mitochondrial); (plastid)
272560.BPSL0492	+				(mitochondrial)
272560.BPSS1251		+			(mitochondrial)
272560.BPSL1884	(+)		+		(mitochondrial); (plastid)
272560.BPSL1886			+		(ER); ER
272560.BPSS0089				(PF10142)	ER
272560.BPSL2391	+				(ER)
272560.BPSL0893			+		(mitochondrial)
272560.BPSS1946			+	(PF02874)
272560.BPSL2787			+		(mitochondrial)
272560.BPSS1751	+				(plastid)
272560.BPSL3101				(PF10431)	(mitochondrial)
272560.BPSS0185	+		+
272560.BPSS0514	(+)				(mitochondrial); plastid
272560.BPSS0842	(+)				ER
272560.BPSS1110	+			(PF02668)
272560.BPSS1136	+			(PF02668)
272560.BPSL1379	+				plastid
272560.BPSS1631	+			(PF02668)
272560.BPSS0145	(+)				(ER)
272560.BPSL2308			+		(plastid)
272560.BPSS0338	(+)				mitochondrial
272560.BPSL0350	+				(plastid)
272560.BPSS2082	(+)				mitochondrial; ER
272560.BPSL2468	(+)				(mitochondrial); (plastid)
272560.BPSS0819	(+)	(>)			(plastid)
272560.BPSL2666			+		(mitochondrial)
272560.BPSS0122	(+)				ER
272560.BPSL3207	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
272560.BPSL0272	+		+
272560.BPSL0860	(+)				(ER)
272560.BPSL0111	+				mitochondrial
272560.BPSS0413	(+)				ER
272560.BPSS1058	+			(PF08774)
272560.BPSS0541		(>)			(plastid)
272560.BPSL0572	(+)				mitochondrial; plastid
272560.BPSL2101	+				(plastid)
272560.BPSL1566			+		(mitochondrial)
272560.BPSL2530	+		+
272560.BPSS1561	+			(PF00450)
272560.BPSS0031	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
272560.BPSS2303	(+)				(ER); plastid
272560.BPSS1971	(+)				mitochondrial
272560.BPSS0488	(+)				ER
272560.BPSS0206			+		(mitochondrial)
272560.BPSS1528	+				plastid
272560.BPSL0641	+				plastid
272560.BPSL0456		(>)			(ER)
272560.BPSL0067	+				(plastid)
272560.BPSS0054	(+)				ER
272560.BPSS1660	+			(PF10908)
272560.BPSS1260	+			(PF10462)
272560.BPSS1163	+				(mitochondrial)
272560.BPSL0203			+	(PF10431)
272560.BPSS2261	+			(PF12588)
272560.BPSL1667				(PF01075)	(mitochondrial)
272560.BPSL0322	(+)		+		(plastid)
272560.BPSS1402	(+)				mitochondrial; (plastid)
272560.BPSL0791				(PF01075)	(ER)
272560.BPSL2564	+				plastid
272560.BPSS0658				(PF03945)	(ER)
272560.BPSS0309				(PF02668)	(mitochondrial)
272560.BPSS0655	+			(PF00450)
272560.BPSL2433	+				plastid
272560.BPSS0848	(+)				ER; (ER)
272560.BPSL3002		(>)			(mitochondrial)
272560.BPSL0113				(PF10908)	(plastid)
272560.BPSL3397		(<)	+
272560.BPSL1707				PF07250 (PF09118)
272560.BPSS0730		(>)			(mitochondrial)
272560.BPSL1155	+				(plastid)
272560.BPSL0899				(PF10431)	(ER)
272560.BPSL0561			+		(ER)
272560.BPSL0712	+				(plastid)
272560.BPSL3064	+				(mitochondrial)
272560.BPSS0967	(+)				ER; (ER)
272560.BPSS0960	+		+
272560.BPSL0171				(PF05929)
272560.BPSL2022	+
272560.BPSL2021	+
272560.BPSL0775			+
272560.BPSL2905	+
272560.BPSS2059	+
272560.BPSS2056			+
272560.BPSS1771		(>)
272560.BPSL1013	+
272560.BPSL2270			+
272560.BPSS1086	+
272560.BPSL0527	+
272560.BPSS0796A			+
272560.BPSL1142	+
272560.BPSS1964			+
272560.BPSS1962		(>)
272560.BPSL0756			+
272560.BPSS1342	+
272560.BPSS1347	(+)	(>)
272560.BPSL3319	+
272560.BPSS0929			+
272560.BPSL2788	(+)				(plastid)
272560.BPSL1785				(PF02668)
272560.BPSS1575				(PF02668)
272560.BPSS0004	+
272560.BPSL1448	+
272560.BPSS1323	+
272560.BPSL3339			+
272560.BPSL1274	+
272560.BPSS1519			+
272560.BPSS1513	+
272560.BPSS1517				(PF05932)
272560.BPSL3106	+
272560.BPSS2137	+
272560.BPSS2139	+
272560.BPSS2351	(+)				(plastid)
272560.BPSS2350			+
272560.BPSS1654	+
272560.BPSL1843		(>)
272560.BPSS0216	+
272560.BPSS1242	+
272560.BPSL1213		(>)
272560.BPSL1214		(>)
272560.BPSL0929	+
272560.BPSL0921	+
272560.BPSS1533				(PF07720)
272560.BPSS1820	+
272560.BPSS1539	+
272560.BPSS1797	+
272560.BPSS2116	+
272560.BPSS1304	+
272560.BPSS1491	+
272560.BPSS1493			+
272560.BPSS1492	+
272560.BPSS1676		+
272560.BPSL1158			+
272560.BPSL1404				(PF10431)
272560.BPSL1407			+
272560.BPSL3376		(>)
272560.BPSS0183				(PF13599)
272560.BPSS0452			+
272560.BPSL0053				(PF10703)
272560.BPSS0238	+
272560.BPSS0844		(>)
272560.BPSL0947	+
272560.BPSL1096	+
272560.BPSL0616		(>)
272560.BPSS2170	+
272560.BPSS1472	+
272560.BPSL1392	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSS1611				(PF05932)
272560.BPSS0436	+
272560.BPSL2534	+
272560.BPSS1132		+
272560.BPSL1948	+
272560.BPSS0376	+
272560.BPSS2157		+
272560.BPSS1454				(PF11805)
272560.BPSS1458	+
272560.BPSL1373				(PF10908)
272560.BPSS1634		+
272560.BPSS1630	+
272560.BPSL3263		+
272560.BPSL0185			+
272560.BPSL2729	+
272560.BPSS1150		+
272560.BPSS1158		(<)
272560.BPSL3183	+
272560.BPSS0608				(PF02668)
272560.BPSL0214	+
272560.BPSS1434	+
272560.BPSS1384	+
272560.BPSS1382	+
272560.BPSS1388	(+)				(plastid)
272560.BPSL2448	+
272560.BPSL2442	+
272560.BPSS0161				(PF02668)
272560.BPSS2294				(PF02668)
272560.BPSS0855				(PF08774)
272560.BPSL1655		(<)
272560.BPSL1901				(PF15984)
272560.BPSL2102	+
272560.BPSL0239			+
272560.BPSL0230	+
272560.BPSL0237			+
272560.BPSL0353				(PF00450)
272560.BPSL1339	+
272560.BPSL1482	+
272560.BPSS1410				(PF05932)
272560.BPSL2682	(+)				plastid
272560.BPSL2462		(>)
272560.BPSS0108				(PF11397)
272560.BPSS0105			+
272560.BPSS2277			+
272560.BPSS1194	+
272560.BPSS1195	+
272560.BPSS1196				(PF02668)
272560.BPSL1672	+
272560.BPSL1675			+
272560.BPSL2325	+
272560.BPSL1311			+
272560.BPSL0800	+
272560.BPSL2105			+
272560.BPSL2664	+
272560.BPSL2665				(PF01075)
272560.BPSL2669	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSS0740	+
272560.BPSS0255	+
272560.BPSS2256		+
272560.BPSS2252				(PF01075)
272560.BPSL1695	+
272560.BPSL1696			+
272560.BPSL2349	(+)				(plastid)
272560.BPSL0279	+
272560.BPSL0275	+
272560.BPSL0274	(+)		+
272560.BPSL0271	(+)				(plastid)
272560.BPSS0665				(PF02668)
272560.BPSL0867			+
272560.BPSL1196	+
272560.BPSL1736	+
272560.BPSL2421	+
272560.BPSL2424			+
272560.BPSL0480				(PF02668)
272560.BPSS2238	+
272560.BPSL3010	+
272560.BPSL2623	+
272560.BPSL0848	+
272560.BPSL2195	+
272560.BPSS1076		+
272560.BPSS0526				(PF13599)
272560.BPSS0524			+
272560.BPSS0525				(PF13599)
272560.BPSS0522				(PF10431)
272560.BPSS0523			+
272560.BPSL1529	+
272560.BPSL1520			+
272560.BPSL2992	+
272560.BPSL2380	+
272560.BPSL2814	+
272560.BPSL2973			+
272560.BPSS1721	+
272560.BPSS0097	(+)		+
272560.BPSL0148	+
272560.BPSS0895	+
272560.BPSL0709	+
272560.BPSL3056	+
272560.BPSS0974			+
272560.BPSL0086	+
272560.BPSL0082				(PF08707)
272560.BPSL2959	+
272560.BPSL2226	+
272560.BPSL2227				(PF02668)
272560.BPSL1561	+
272560.BPSL2036	(+)				plastid
272560.BPSL3077	+
272560.BPSS0911	+
272560.BPSL2939			+
272560.BPSS0763	+
272560.BPSS0766	(+)				(plastid)
272560.BPSS0767	(+)			(PF09458)
272560.BPSS0586	+
272560.BPSL2533				(PF01075)
272560.BPSS1953				(PF02874)
272560.BPSL2056				(PF09118)
272560.BPSL3091		(<)
272560.BPSS0932	(+)				(ER)
272560.BPSL2879	+
272560.BPSS2060	+
272560.BPSS2069	+
272560.BPSS1560	+
272560.BPSS1562				(PF09286)
272560.BPSL1241	+
272560.BPSL1249	+
272560.BPSL1064	+
272560.BPSL2265	(+)				plastid
272560.BPSL3130	(+)	+
272560.BPSS1975	+
272560.BPSS1359			+
272560.BPSS0265	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSS0267	+
272560.BPSL0025	(+)				(plastid)
272560.BPSL0026	+
272560.BPSS0086	+
272560.BPSL1040	+
272560.BPSS1502				(PF10431)
272560.BPSS1507	(+)				plastid
272560.BPSS1506	+
272560.BPSS1505				(PF13599)
272560.BPSS1504				(PF13599)
272560.BPSL3111	+
272560.BPSS0882			+
272560.BPSL2112	+
272560.BPSS2326	+
272560.BPSL3320	+
272560.BPSL1879				(PF08857)
272560.BPSL1876	(+)		+
272560.BPSS0466	+
272560.BPSS0468	+
272560.BPSS0207			+
272560.BPSS1523				(PF05932)
272560.BPSL2516	+
272560.BPSS0074			+
272560.BPSS2123	+
272560.BPSS1648	+
272560.BPSL2160		(>)
272560.BPSL3340	(+)				(plastid)
272560.BPSL3345		(>)
272560.BPSL0458	+
272560.BPSL0454	+
272560.BPSL0457	(+)				(ER)
272560.BPSS1050		+
272560.BPSL2758	+
272560.BPSL0669	+
272560.BPSL2289	(+)	(>)
272560.BPSL2282	+
272560.BPSL0593	+
272560.BPSS0053	(+)				(plastid)
272560.BPSL3155	+
272560.BPSL3152	(+)				(plastid)
272560.BPSS1483	+
272560.BPSS1666	(+)				(plastid)
272560.BPSL1412		(<)
272560.BPSL2148	+
272560.BPSS0426				(PF01075)
272560.BPSS0425				(PF01075)
272560.BPSS1398	+
272560.BPSL0952	+
272560.BPSL0959	+
272560.BPSS1879		(>)
272560.BPSS1878			+
272560.BPSS1873			+
272560.BPSL2770	+
272560.BPSS1290	+
272560.BPSL2307	(+)				(plastid)
272560.BPSL2122	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSL0413	+
272560.BPSS0221A	+
272560.BPSS1300	+
272560.BPSL2715				(PF00450)
272560.BPSL0973			+
272560.BPSL1624	(+)				(plastid)
272560.BPSL0364	+
272560.BPSS1627				(PF02874)
272560.BPSL2455	+
272560.BPSS0173	+
272560.BPSS1913	+
272560.BPSS1043	(+)				plastid
272560.BPSS1736	+
272560.BPSS2288			+
272560.BPSS0825				(PF08123)
272560.BPSS0824				(PF02668)
272560.BPSL0192	+
272560.BPSL2732	(+)				(ER)
272560.BPSL0998	+
272560.BPSL2599	+
272560.BPSL2592				(PF01075)
272560.BPSS1165				(PF02668)
272560.BPSS0618			+
272560.BPSL0341	+
272560.BPSS1394				(PF02874)
272560.BPSS2266	+
272560.BPSS0806			+
272560.BPSS1983				PF03265
272560.BPSS1187	+
272560.BPSS1181	+
272560.BPSL1666				(PF01075)
272560.BPSL1936	+
272560.BPSL2315	+
272560.BPSL2310		(<)
272560.BPSL0223	+
272560.BPSL0321	+
272560.BPSS2094				(PF10431)
272560.BPSS2095	+
272560.BPSS2093			+
272560.BPSL1495			+
272560.BPSS1406	+
272560.BPSS1409	+
272560.BPSL2678	+
272560.BPSL2415	+
272560.BPSL3232		(>)
272560.BPSS0797		(<)
272560.BPSS2245		+
272560.BPSS0860	+
272560.BPSS0865				(PF10703)
272560.BPSS1214			+
272560.BPSL2086	+
272560.BPSL2080		(>)
272560.BPSL2333		+
272560.BPSL2338	(+)				(ER)
272560.BPSL0796		(>)
272560.BPSL2561	+
272560.BPSL2431		(>)
272560.BPSS1024			+
272560.BPSS2227	+
272560.BPSL2356		(>)
272560.BPSL3003		(>)
272560.BPSL0268	+
272560.BPSL0266	+
272560.BPSL1185	+
272560.BPSL0857		(<)
272560.BPSS0531	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSS2209			+
272560.BPSL1532	+
272560.BPSL3398				(PF02874)
272560.BPSL3396				(PF02874)
272560.BPSL0281	+
272560.BPSL1883	+
272560.BPSL2963	+
272560.BPSS1064				(PF05929)
272560.BPSL0546	+
272560.BPSL0131	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSS1271	+
272560.BPSL0738	(+)				(plastid)
272560.BPSL0890		(>)
272560.BPSL1760		(>)
272560.BPSS1591	(+)				(mitochondrial)
272560.BPSL2494	(+)				(ER)
272560.BPSS1734				(PF09286)
272560.BPSS0712	+
272560.BPSS0577	+
272560.BPSS0382				(PF08707)
272560.BPSS0388	(+)			(PF08774)
272560.BPSL1293	+
272560.BPSL2923	+
272560.BPSL2925	+
272560.BPSL3296		(>)
272560.BPSL0777	(+)
272560.BPSL3080	(+)
272560.BPSL2902	(+)
272560.BPSL1018	(+)
272560.BPSS0126	(+)
272560.BPSS0020	(+)
272560.BPSL1147	(+)
272560.BPSS1961	(+)				not used
272560.BPSS1969	(+)
272560.BPSS1348	(+)
272560.BPSL2869	(+)
272560.BPSL2862	(+)
272560.BPSL0037	(+)
272560.BPSS0302	+
272560.BPSS1549	(+)
272560.BPSS2073	(+)
272560.BPSL2252	(+)
272560.BPSS0002	(+)
272560.BPSL2063	(+)
272560.BPSL1865	(+)
272560.BPSS0492	(+)
272560.BPSS0276	(+)
272560.BPSS0273	(+)
272560.BPSL0655	(+)
272560.BPSS1656	(+)
272560.BPSL1846	(+)
272560.BPSL0460	(+)
272560.BPSL0462	(+)
272560.BPSL0073	(+)
272560.BPSL0075	(+)
272560.BPSL0672	(+)
272560.BPSS1496	(+)
272560.BPSS1672	(+)
272560.BPSL1401	(+)
272560.BPSL2178	(+)
272560.BPSL2172	(+)
272560.BPSS0517	(+)
272560.BPSL0945	(+)
272560.BPSL3141	(+)
272560.BPSL0969	(+)
272560.BPSL0634	(+)
272560.BPSL1615	(+)
272560.BPSS1285	(+)
272560.BPSS0370	(+)
272560.BPSS2154	(+)
272560.BPSS2151	(+)
272560.BPSS2150	(+)
272560.BPSL1378	(+)
272560.BPSL2474B	(+)
272560.BPSS0753	(+)
272560.BPSS0141	(+)
272560.BPSS1848	(+)
272560.BPSL0189	(+)
272560.BPSL1589	(+)
272560.BPSL2581	(+)
272560.BPSL2588	(+)
272560.BPSL1962	(+)
272560.BPSL0212	(+)
272560.BPSL1357	(+)
272560.BPSS1439	(+)
272560.BPSS0169	(+)
272560.BPSS0299	+
272560.BPSS2297	(+)
272560.BPSS0834	(+)
272560.BPSS1171	(+)
272560.BPSS1174	(+)
272560.BPSS1047a	(+)				not used
272560.BPSL0236	(+)
272560.BPSL0355	(+)
272560.BPSL1791	(+)
272560.BPSL1337	(+)
272560.BPSL2687	(+)
272560.BPSL3226	(+)
272560.BPSS0101	(+)
272560.BPSS0104	(+)
272560.BPSS0813	(+)
272560.BPSS1991	(+)
272560.BPSL2987	(+)
272560.BPSL0789	(+)
272560.BPSL0780	(+)
272560.BPSL0251	(+)
272560.BPSS0641	(+)
272560.BPSS0645	(+)
272560.BPSS1037	(+)
272560.BPSS0742	(+)
272560.BPSS2257	(+)
272560.BPSS1016	(+)
272560.BPSS2230	(+)
272560.BPSL1507	(+)
272560.BPSL2366	(+)
272560.BPSL2362	(+)
272560.BPSL0846	(+)
272560.BPSL1716	(+)
272560.BPSL2256	(+)
272560.BPSL1524	(+)
272560.BPSL3386	(+)
272560.BPSS0952	(+)
272560.BPSL2819	(+)
272560.BPSL2815	(+)
272560.BPSL2606	(+)
272560.BPSL0555	(+)
272560.BPSS0540	(+)
272560.BPSL0142	(+)
272560.BPSL0144	(+)
272560.BPSS0896	(+)
272560.BPSS0890	(+)
272560.BPSL1548	(+)
272560.BPSL1549	(+)
272560.BPSL1543	(+)
272560.BPSL2837	(+)
272560.BPSL2955	(+)
272560.BPSL0880	(+)
272560.BPSS1708	(+)
272560.BPSL3280	(+)
272560.BPSS0703	(+)
272560.BPSS1761	(+)
272560.BPSL1006	(+)
272560.BPSL2208	(+)
272560.BPSL0510	(+)
272560.BPSL0515	(+)
272560.BPSS0768	(+)
272560.BPSS1954	(+)
272560.BPSL0741	(+)
272560.BPSS1375	(+)
272560.BPSS1370	(+)
272560.BPSL3095	(+)
272560.BPSL3092	(+)
272560.BPSL3098	(+)
272560.BPSL2917	(+)
272560.BPSS2063	(+)
272560.BPSL2263	(+)
272560.BPSL0684	(+)
272560.BPSL0530	(+)
272560.BPSL1479	(+)
272560.BPSL1475	(+)
272560.BPSL2077	(+)
272560.BPSL2078	(+)
272560.BPSS0737	(+)
272560.BPSS0739	(+)
272560.BPSL1269	(+)
272560.BPSL1268	(+)
272560.BPSS1509	(+)
272560.BPSS1503	(+)
272560.BPSL2249	(+)
272560.BPSL2110	(+)
272560.BPSS0461	(+)
272560.BPSL0475	(+)
272560.BPSL0004	(+)
272560.BPSS1782	(+)
272560.BPSL2515	(+)
272560.BPSL3170	(+)
272560.BPSL3177	(+)
272560.BPSL2971	(+)
272560.BPSS2340	(+)
272560.BPSL2169	(+)
272560.BPSL3346	(+)
272560.BPSL1083	(+)
272560.BPSL1087	(+)
272560.BPSL1086	(+)
272560.BPSS1810	(+)
272560.BPSL2751	(+)
272560.BPSL0664	(+)
272560.BPSS1109	(+)
272560.BPSS2105	(+)
272560.BPSS2100	(+)
272560.BPSS1665	(+)
272560.BPSL1414	(+)
272560.BPSL3365	(+)
272560.BPSL2696	(+)
272560.BPSL2778	(+)
272560.BPSS1298	(+)
272560.BPSL2550	(+)
272560.BPSL0386	(+)
272560.BPSL1388	(+)
272560.BPSL1162	(+)
272560.BPSL0419	(+)
272560.BPSL0414	(+)
272560.BPSL0412	(+)
272560.BPSS1301	(+)
272560.BPSS0330	(+)
272560.BPSS1140	(+)
272560.BPSS0362	(+)
272560.BPSS0363	(+)
272560.BPSL0367	(+)
272560.BPSL0369	(+)
272560.BPSL1360	(+)
272560.BPSS0176	(+)
272560.BPSS0287	(+)
272560.BPSS2284	(+)
272560.BPSL0198	(+)
272560.BPSL0995	(+)
272560.BPSS1169	(+)
272560.BPSS1164	(+)
272560.BPSL1912	(+)
272560.BPSL1917	(+)
272560.BPSL1914	(+)
272560.BPSL1343	(+)
272560.BPSL1122	(+)
272560.BPSL2693	(+)
272560.BPSL2473	(+)
272560.BPSL2475	(+)
272560.BPSS0115	(+)
272560.BPSS2269	(+)
272560.BPSS1182	(+)
272560.BPSL1935	(+)
272560.BPSS0327	(+)
272560.BPSL0228	(+)
272560.BPSS1532	(+)
272560.BPSS0799	(+)
272560.BPSS0791	(+)
272560.BPSS2240	(+)
272560.BPSL0797	(+)
272560.BPSL0243	(+)
272560.BPSL2435	(+)
272560.BPSS0192	(+)
272560.BPSL3218	(+)
272560.BPSS0519	(+)
272560.BPSS1237	(+)
272560.BPSL1515	(+)
272560.BPSL1512	(+)
272560.BPSL1757	(+)
272560.BPSL2355	(+)
272560.BPSL2359	(+)
272560.BPSL3008	(+)
272560.BPSL0260	(+)
272560.BPSL2981	(+)
272560.BPSL1720	(+)
272560.BPSL2186	(+)
272560.BPSL2188	(+)
272560.BPSS0530	(+)
272560.BPSL0110	(+)
272560.BPSS2201	(+)
272560.BPSS1258	(+)
272560.BPSL2371	(+)
272560.BPSL2328	(+)
272560.BPSL2964	(+)
272560.BPSL0540	(+)
272560.BPSS0558	(+)
272560.BPSS1046	(+)
272560.BPSS0718	(+)
272560.BPSL0568	(+)
272560.BPSL0564	(+)
272560.BPSS0572	(+)
272560.BPSL1578	(+)
272560.BPSL2007	(+)
272560.BPSL2001	(+)
272560.BPSS0386	(+)
272560.BPSL2823	(+)
272560.BPSL2922	(+)
272560.BPSL2921	(+)
272560.BPSL2927	(+)
272560.BPSS1715	(+)
272560.BPSL1749	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 2.9 (29/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 3.875 (31/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================