Metamenu

Effective results for Rickettsia felis URRWXCal2 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 183
- Predicted by T4SEpre: 138
- Predicted by EffectiveELD: 16 eukaryotic-like domains, contained in 96 proteins (62 high, 34 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
315456.RF_1099+(PF12796)ER
315456.RF_0611+ER
315456.RF_1016+ER
315456.RF_0046+(mitochondrial)
315456.RF_0072+ER
315456.RF_1253+ER
315456.RF_0387PF00872(mitochondrial)
315456.RF_0067(PF03797)ER; (ER)
315456.RF_0128+(mitochondrial)
315456.RF_0341+(ER)
315456.RF_0139+ER
315456.RF_1354+mitochondrial; (mitochondrial)
315456.RF_0737PF09825(mitochondrial)
315456.RF_0734+ER
315456.RF_0224PF11735ER
315456.RF_1044+(mitochondrial)
315456.RF_0205(PF03797)mitochondrial; (mitochondrial)
315456.RF_0693(PF03797)(mitochondrial)
315456.RF_0022(PF03797)(mitochondrial)
315456.RF_0028PF02326(ER); ER
315456.RF_0114+ER
315456.RF_0970+ER
315456.RF_0637+ER
315456.RF_0161PF03219mitochondrial; (mitochondrial)
315456.RF_1363+ER
315456.RF_0173+ER
315456.RF_0091+ER
315456.RF_1234+ER
315456.RF_1301(PF03797)(mitochondrial)
315456.RF_0045+ER
315456.RF_0089+ER
315456.RF_0152+(mitochondrial)
315456.RF_1335+(mitochondrial)
315456.RF_1065+ER
315456.RF_0521+ER
315456.RF_0185+ER
315456.RF_1326(PF03959)ER
315456.RF_0985+ER
315456.RF_0998+PF00872
315456.RF_0870+(mitochondrial)
315456.RF_1393+PF00872
315456.RF_0927+PF00872
315456.RF_0920+PF00872
315456.RF_1280(PF05168)(mitochondrial)
315456.RF_0930+PF00872
315456.RF_0953+PF13328
315456.RF_1139+PF00872
315456.RF_0101+PF00872
315456.RF_0106+PF00872
315456.RF_0588+PF00872
315456.RF_0585+PF01369
315456.RF_1182+PF00872
315456.RF_0968+PF13328
315456.RF_0110+(mitochondrial)
315456.RF_0972+(PF14441)
315456.RF_0940(PF05168)(mitochondrial)
315456.RF_0314+(PF12796)
315456.RF_0794+(mitochondrial)
315456.RF_0320+PF00872
315456.RF_1054+PF00872
315456.RF_0158+PF00872
315456.RF_1204+PF00872
315456.RF_0881+PF00872
315456.RF_1068(PF03797)(ER)
315456.RF_1072+PF00872
315456.RF_0999PF00872
315456.RF_0440PF13328
315456.RF_1004+
315456.RF_0743+
315456.RF_0745+
315456.RF_0622+
315456.RF_0508PF13328
315456.RF_0478(PF03797)
315456.RF_0477(PF03797)
315456.RF_1279(PF05168)
315456.RF_1017+
315456.RF_0878+
315456.RF_0873+
315456.RF_0042+
315456.RF_0049PF00872
315456.RF_0048(PF03797)
315456.RF_1392PF00872
315456.RF_0266(PF12796)
315456.RF_0864+
315456.RF_0882+
315456.RF_0721+
315456.RF_0725+
315456.RF_0674+
315456.RF_0384PF13328
315456.RF_0928+
315456.RF_0926PF00872
315456.RF_0950(PF12796)
315456.RF_0923(PF12796)
315456.RF_0921PF00872
315456.RF_0837PF03219
315456.RF_0663+
315456.RF_0065PF00872
315456.RF_0063(PF12796)
315456.RF_0393PF00872
315456.RF_0392PF00872
315456.RF_1289+
315456.RF_1281+
315456.RF_0801+
315456.RF_0809+
315456.RF_0931PF00872
315456.RF_0122PF03219
315456.RF_0658+
315456.RF_0017+
315456.RF_0724PF03219
315456.RF_0903+
315456.RF_0380PF13328
315456.RF_0381(PF12796)
315456.RF_0202+
315456.RF_1355+
315456.RF_0222+
315456.RF_0229+
315456.RF_0828+
315456.RF_1194+
315456.RF_0209PF02902
315456.RF_0922(PF12796)
315456.RF_0594+
315456.RF_0102PF00872not used
315456.RF_0103PF00872
315456.RF_0105PF00872
315456.RF_0589+
315456.RF_0587PF00872
315456.RF_0580(PF12796)
315456.RF_0363+
315456.RF_1181PF00872
315456.RF_1187+
315456.RF_1164+
315456.RF_1162(PF05168)
315456.RF_0025+
315456.RF_1376+
315456.RF_0592PF03219
315456.RF_0596(PF10354)
315456.RF_0112PF02902
315456.RF_0371+
315456.RF_0688+
315456.RF_1087(PF12796)
315456.RF_1084+
315456.RF_0738PF09825
315456.RF_0638+
315456.RF_0187PF13328
315456.RF_0305PF13328
315456.RF_0782(PF12796)
315456.RF_0783(PF12796)
315456.RF_0357(PF05168)
315456.RF_0572+
315456.RF_1226+
315456.RF_0319(PF03797)
315456.RF_0318+
315456.RF_0246+
315456.RF_0328+
315456.RF_0892+
315456.RF_0321PF00872
315456.RF_1389+
315456.RF_1308+
315456.RF_1302(PF03797)
315456.RF_1306(PF12796)
315456.RF_0438PF13328
315456.RF_1128+
315456.RF_0434+
315456.RF_1053PF00872
315456.RF_0047(PF03797)
315456.RF_0552(PF14328)
315456.RF_0085+
315456.RF_0155+
315456.RF_0159PF00872
315456.RF_1205PF00872
315456.RF_0880PF00872
315456.RF_0884PF13328
315456.RF_1140PF00872
315456.RF_1331+
315456.RF_0423+
315456.RF_1061+
315456.RF_0746+
315456.RF_0450PF13328
315456.RF_0986+
315456.RF_1071PF00872
315456.RF_0857+
315456.RF_0855+
315456.RF_0851PF01602

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 1.6 (16/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================