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Effective results for Shewanella sp. HN-41 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 591
- Predicted by EffectiveT3: 231 (high confidence), 264 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 30 within, 20 before, 41 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 12 eukaryotic-like domains, contained in 17 proteins (2 high, 15 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
327275.SOHN41_00797+ER
327275.SOHN41_02647(>)ER
327275.SOHN41_02423(>)ER
327275.SOHN41_02333(>)ER
327275.SOHN41_01837(<)ER
327275.SOHN41_03278(>)ER
327275.SOHN41_00785(PF00026)(mitochondrial)
327275.SOHN41_02255(PF04970)ER
327275.SOHN41_00518(>)(mitochondrial)
327275.SOHN41_02221+ER
327275.SOHN41_02355(>)ER
327275.SOHN41_02778+(>)(ER)
327275.SOHN41_00073(<)ER
327275.SOHN41_00850+ER
327275.SOHN41_00537(<)mitochondrial; (mitochondrial)
327275.SOHN41_02590+ER; (ER)
327275.SOHN41_01278(>)mitochondrial
327275.SOHN41_01274(PF13281)mitochondrial
327275.SOHN41_03981+ER; (ER)
327275.SOHN41_03434(+)(PF16983)(ER)
327275.SOHN41_03187(PF05649)ER
327275.SOHN41_02560+(mitochondrial); plastid
327275.SOHN41_02562(>)ER
327275.SOHN41_01463+ER
327275.SOHN41_03898+ER
327275.SOHN41_00429(<)ER; (ER)
327275.SOHN41_00089+(mitochondrial); plastid
327275.SOHN41_01735+ER
327275.SOHN41_02548+ER
327275.SOHN41_03645+ER; (ER)
327275.SOHN41_01154+(>)plastid
327275.SOHN41_03004+ER
327275.SOHN41_01616+ER
327275.SOHN41_03007(>)mitochondrial
327275.SOHN41_02020(<)ER
327275.SOHN41_03921+(mitochondrial); (plastid)
327275.SOHN41_03106(<)ER
327275.SOHN41_03501+(ER)
327275.SOHN41_02637+(mitochondrial); (plastid)
327275.SOHN41_01772+ER
327275.SOHN41_02991+ER
327275.SOHN41_00357(+)+(ER)
327275.SOHN41_02285(PF09127)ER
327275.SOHN41_00827(>)ER
327275.SOHN41_02976+(mitochondrial); plastid
327275.SOHN41_00611(PF05649)ER
327275.SOHN41_03236(PF05649)ER
327275.SOHN41_02508+ER
327275.SOHN41_00833(>)ER
327275.SOHN41_02189(>)ER
327275.SOHN41_03822+(mitochondrial)
327275.SOHN41_03693(<)ER
327275.SOHN41_03075(>)ER
327275.SOHN41_03113(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_00266(>)(ER)
327275.SOHN41_00794+(ER)
327275.SOHN41_02248+(>)
327275.SOHN41_02335+ER; not used
327275.SOHN41_00092(+)(ER)
327275.SOHN41_01017+plastid
327275.SOHN41_02933+(plastid)
327275.SOHN41_01313+(plastid)
327275.SOHN41_02682+(ER)
327275.SOHN41_00471(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_02909(+)(ER)
327275.SOHN41_02346+(plastid)
327275.SOHN41_03985(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01727+(mitochondrial)
327275.SOHN41_00185+(plastid)
327275.SOHN41_00055(+)mitochondrial; (mitochondrial)
327275.SOHN41_00598(+)ER
327275.SOHN41_02360+(plastid)
327275.SOHN41_01918(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_03995(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_03779(<)
327275.SOHN41_00957++
327275.SOHN41_00959+(>)
327275.SOHN41_02552PF05219(mitochondrial)
327275.SOHN41_00922(+)(ER)
327275.SOHN41_02946(+)ER; plastid
327275.SOHN41_03708(+)(ER); (plastid)
327275.SOHN41_02764+(plastid)
327275.SOHN41_01935+(mitochondrial)
327275.SOHN41_01153+(mitochondrial)
327275.SOHN41_02623+(plastid)
327275.SOHN41_02717+plastid
327275.SOHN41_03391(<)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01744(+)ER; (ER)
327275.SOHN41_01826(>)plastid
327275.SOHN41_01177(+)ER
327275.SOHN41_00590+plastid
327275.SOHN41_02461+(mitochondrial)
327275.SOHN41_01966(PF03199) (PF03917)
327275.SOHN41_02973(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01348(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_03230+(<)not used
327275.SOHN41_00022(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_00623+(ER)
327275.SOHN41_03041+(mitochondrial)
327275.SOHN41_00634(PF05684)(plastid)
327275.SOHN41_02666(+)ER
327275.SOHN41_03724+(mitochondrial)
327275.SOHN41_00646(>)
327275.SOHN41_03685+
327275.SOHN41_03682+
327275.SOHN41_02243+
327275.SOHN41_02330+not used
327275.SOHN41_01239+
327275.SOHN41_03873(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01300+
327275.SOHN41_01304+
327275.SOHN41_01309+
327275.SOHN41_03119+
327275.SOHN41_03892+
327275.SOHN41_03897+
327275.SOHN41_01012(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_02932+
327275.SOHN41_00122+
327275.SOHN41_00272+not used
327275.SOHN41_03308+
327275.SOHN41_03306+
327275.SOHN41_02254+
327275.SOHN41_00545(+)+
327275.SOHN41_00875+
327275.SOHN41_01531(>)
327275.SOHN41_03868+not used
327275.SOHN41_01222+not used
327275.SOHN41_01220(>)
327275.SOHN41_01550+
327275.SOHN41_01556+
327275.SOHN41_03667+
327275.SOHN41_00466+
327275.SOHN41_00667+
327275.SOHN41_02917+not used
327275.SOHN41_04014+
327275.SOHN41_03648+
327275.SOHN41_03080(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_03083(+)ER; not used
327275.SOHN41_00688+
327275.SOHN41_02683+
327275.SOHN41_02135+
327275.SOHN41_01215+
327275.SOHN41_03183+not used
327275.SOHN41_01811+
327275.SOHN41_01810+
327275.SOHN41_00057(<)
327275.SOHN41_00053(>)
327275.SOHN41_01256+
327275.SOHN41_02015+
327275.SOHN41_02544+
327275.SOHN41_01076+
327275.SOHN41_00982(>)
327275.SOHN41_02903+
327275.SOHN41_02907+
327275.SOHN41_02810+
327275.SOHN41_00214+
327275.SOHN41_00217+
327275.SOHN41_03527+
327275.SOHN41_03526+
327275.SOHN41_03413(+)(plastid)
327275.SOHN41_02819+
327275.SOHN41_00501+
327275.SOHN41_02230+
327275.SOHN41_00692+
327275.SOHN41_03744+
327275.SOHN41_02630+
327275.SOHN41_03313+
327275.SOHN41_01245+
327275.SOHN41_01800(+)(plastid)
327275.SOHN41_03617+
327275.SOHN41_02743+
327275.SOHN41_01069+
327275.SOHN41_01065(+)+
327275.SOHN41_01066(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01063+not used
327275.SOHN41_01485+
327275.SOHN41_02979+
327275.SOHN41_00042+
327275.SOHN41_00047+
327275.SOHN41_00220+
327275.SOHN41_03535(+)(plastid)
327275.SOHN41_03403+
327275.SOHN41_03336+
327275.SOHN41_02753+
327275.SOHN41_02112+
327275.SOHN41_02596+
327275.SOHN41_01472+
327275.SOHN41_01474+
327275.SOHN41_01871+
327275.SOHN41_04077(<)
327275.SOHN41_01587+
327275.SOHN41_01726+
327275.SOHN41_01291(PF09127)
327275.SOHN41_03960+
327275.SOHN41_00451+
327275.SOHN41_00239+
327275.SOHN41_03341+
327275.SOHN41_02212(>)
327275.SOHN41_02101(<)
327275.SOHN41_01911(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01914+
327275.SOHN41_01864+
327275.SOHN41_01867+
327275.SOHN41_03997+
327275.SOHN41_01594+
327275.SOHN41_01595+
327275.SOHN41_01042(+)(ER)
327275.SOHN41_00859+
327275.SOHN41_03970(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_01130(>)
327275.SOHN41_00424+
327275.SOHN41_00420+
327275.SOHN41_00732+
327275.SOHN41_00400+
327275.SOHN41_02826(>)
327275.SOHN41_00888+
327275.SOHN41_03352+
327275.SOHN41_02176+
327275.SOHN41_00953+
327275.SOHN41_02555+
327275.SOHN41_02553+
327275.SOHN41_02002+
327275.SOHN41_02006+not used
327275.SOHN41_02392+
327275.SOHN41_02488(>)
327275.SOHN41_03025(>)
327275.SOHN41_01929+
327275.SOHN41_01927+
327275.SOHN41_01922+not used
327275.SOHN41_01858+
327275.SOHN41_01633+
327275.SOHN41_01632+
327275.SOHN41_03479+
327275.SOHN41_01701+
327275.SOHN41_03378(+)(ER); not used
327275.SOHN41_00013+
327275.SOHN41_01149(>)
327275.SOHN41_01145+
327275.SOHN41_01144(+)(plastid)
327275.SOHN41_01141(>)
327275.SOHN41_00434(+)plastid
327275.SOHN41_00430+
327275.SOHN41_04082+
327275.SOHN41_04089+
327275.SOHN41_00890+
327275.SOHN41_03362+
327275.SOHN41_03365(<)
327275.SOHN41_03563+
327275.SOHN41_03562+
327275.SOHN41_03561+
327275.SOHN41_02166+
327275.SOHN41_02543+
327275.SOHN41_02389+
327275.SOHN41_01930+
327275.SOHN41_01931+
327275.SOHN41_01938+
327275.SOHN41_03657+
327275.SOHN41_03656+
327275.SOHN41_03953+
327275.SOHN41_03955+
327275.SOHN41_01159+
327275.SOHN41_00366+
327275.SOHN41_04095(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_00392+
327275.SOHN41_00394(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_02715+
327275.SOHN41_00976+
327275.SOHN41_02538+
327275.SOHN41_02536+
327275.SOHN41_02530+
327275.SOHN41_03392(>)
327275.SOHN41_02447+
327275.SOHN41_01891+
327275.SOHN41_01892+not used
327275.SOHN41_01385+
327275.SOHN41_01384+
327275.SOHN41_01386+
327275.SOHN41_01768+
327275.SOHN41_01368(+)(plastid)
327275.SOHN41_01182+
327275.SOHN41_04066(<)
327275.SOHN41_03547+
327275.SOHN41_03722+
327275.SOHN41_02142(>)
327275.SOHN41_03032+
327275.SOHN41_02453PF01536
327275.SOHN41_01423+
327275.SOHN41_03607+
327275.SOHN41_01888+
327275.SOHN41_01881(+)(plastid)
327275.SOHN41_01081+
327275.SOHN41_01175+
327275.SOHN41_03696+
327275.SOHN41_03932+
327275.SOHN41_02998+
327275.SOHN41_00778+
327275.SOHN41_02860+
327275.SOHN41_02869+
327275.SOHN41_00592+
327275.SOHN41_03558+
327275.SOHN41_03552(PF04970)
327275.SOHN41_03553+
327275.SOHN41_03228(<)
327275.SOHN41_02465+
327275.SOHN41_01418+not used
327275.SOHN41_01411+
327275.SOHN41_01415+
327275.SOHN41_02194(PF02460)
327275.SOHN41_01969+
327275.SOHN41_01968+
327275.SOHN41_01024+
327275.SOHN41_03831+
327275.SOHN41_02559+
327275.SOHN41_01181+
327275.SOHN41_01187(>)
327275.SOHN41_02989(+)(<)
327275.SOHN41_02740+
327275.SOHN41_02874+
327275.SOHN41_00991+
327275.SOHN41_00588+
327275.SOHN41_00291+
327275.SOHN41_03240(+)(plastid)
327275.SOHN41_03235(PF05649)
327275.SOHN41_03401+
327275.SOHN41_03338(+)(ER)
327275.SOHN41_02724(<)
327275.SOHN41_03669+
327275.SOHN41_02295+not used
327275.SOHN41_02293+
327275.SOHN41_02290(>)
327275.SOHN41_02503+not used
327275.SOHN41_00835(>)
327275.SOHN41_00836+
327275.SOHN41_03928+
327275.SOHN41_03128+not used
327275.SOHN41_02180+
327275.SOHN41_01572(+)(mitochondrial)
327275.SOHN41_04105(>)
327275.SOHN41_01992(>)
327275.SOHN41_03828+
327275.SOHN41_01754+
327275.SOHN41_01759+
327275.SOHN41_01198+
327275.SOHN41_00723(+)(plastid)
327275.SOHN41_00629(PF05684)
327275.SOHN41_00336(+)ER; not used
327275.SOHN41_03133+
327275.SOHN41_03138+not used
327275.SOHN41_04050(>)
327275.SOHN41_03594+
327275.SOHN41_02661+
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327275.SOHN41_03675(+)not used
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327275.SOHN41_02072(+)
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327275.SOHN41_01680(+)
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327275.SOHN41_01148(+)
327275.SOHN41_00939(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================