Effective results for Ralstonia eutropha H16 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1109
- Predicted by EffectiveT3: 327 (high confidence), 443 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 23 within, 16 before, 47 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 85
- Predicted by EffectiveELD: 33 eukaryotic-like domains, contained in 249 proteins (5 high, 244 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
381666.H16_A2018				(PF13380) (PF13549) (PF13607)	(mitochondrial)
381666.H16_B0386				(PF13380) (PF13549) (PF13607)	mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B0928				(PF13380) (PF13549) (PF13607)	(plastid)
381666.H16_B0404	(+)			(PF13380) (PF13549) (PF13607)	(mitochondrial)
381666.H16_B1438				(PF13380) (PF13549) (PF13607)	(mitochondrial)
381666.H16_B0370				(PF13380) (PF13549) (PF13607)	(mitochondrial)
381666.H16_A1299				(PF01614) (PF09339)	(ER)
381666.H16_A3029		+			(ER)
381666.H16_A3187			+		ER
381666.H16_A2977			+		ER; (ER)
381666.H16_A2979	+			(PF00378)	plastid
381666.H16_B1346				(PF00378)	(mitochondrial)
381666.H16_A3230				(PF07364)	(mitochondrial)
381666.H16_B0793			+		(ER)
381666.H16_B2037		+			(ER)
381666.H16_B2036		+			(ER)
381666.H16_B1565	+				ER
381666.H16_A1519		(>)			(ER)
381666.H16_A3609		(>)			ER
381666.H16_B2017	+				(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A3590	+		+		(ER)
381666.H16_A2469		(>)			mitochondrial
381666.H16_B2569	+				(mitochondrial)
381666.H16_A2032			+		ER
381666.H16_A2223		(>)			ER
381666.H16_A3681	+				mitochondrial
381666.H16_A2817	+			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1860	+				(mitochondrial)
381666.H16_B1714				(PF02233)	ER
381666.H16_A2746				(PF01614) (PF09339)	(ER)
381666.H16_A1806		(<)			ER
381666.H16_B1228			+		ER
381666.H16_B1034				(PF02668)	mitochondrial
381666.H16_A3531			+		ER
381666.H16_A3537		(>)			(ER); (mitochondrial)
381666.H16_A2725	+				mitochondrial
381666.H16_A1635	(+)		+		(mitochondrial); plastid
381666.H16_B1755	+				(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0739			+		(mitochondrial)
381666.H16_A0733	(+)		+		ER
381666.H16_B0898		(>)			ER
381666.H16_B0896	+				ER; (ER)
381666.H16_A2702		(>)			ER
381666.H16_B1777			+		mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A1348			+		ER
381666.H16_A3130				(PF12769)	ER
381666.H16_A3131				(PF02233)	ER
381666.H16_A0587		(>)			(ER); ER
381666.H16_B2363	(+)	+			mitochondrial
381666.H16_B2177		(>)			ER
381666.H16_A2141				(PF07287)	(ER)
381666.H16_A1540		+			ER
381666.H16_A2330		+			ER
381666.H16_B0875		(>)			(mitochondrial)
381666.H16_B0707				(PF02515)	(ER)
381666.H16_A3010				PF03188	ER
381666.H16_A1265				(PF12769)	ER
381666.H16_A1266				(PF02233)	ER; (ER)
381666.H16_A3205	+				(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_B0727		+			ER
381666.H16_A2961	+				(ER)
381666.H16_A2108		(<)			ER
381666.H16_A2904		(>)			mitochondrial
381666.H16_B0584			+		ER
381666.H16_B1825				(PF01614) (PF09339)	mitochondrial
381666.H16_A3243		(>)			ER
381666.H16_B2451		+			(ER)
381666.H16_B0766		(>)			(ER)
381666.H16_A2438			+		ER
381666.H16_A2920	+				(mitochondrial); plastid
381666.H16_A1389	(+)			(PF01614) (PF09339)	(ER)
381666.H16_A3671				(PF14863)	ER
381666.H16_A0461				(PF00378)	(ER)
381666.H16_B2497			+		ER; (ER)
381666.H16_B1623			+		(mitochondrial)
381666.H16_A0512		(>)			ER
381666.H16_B0004			+		(mitochondrial)
381666.H16_B2180			+		ER
381666.H16_A0952	+				(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0048	+			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0358				(PF13380) (PF13549) (PF13607)
381666.H16_A0851				(PF12769)	ER
381666.H16_A0852				(PF02233)	ER; (ER)
381666.H16_B1543	+			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0167	+			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1023	+				ER
381666.H16_B1687				(PF02668)	(mitochondrial)
381666.H16_A0726	+				(mitochondrial)
381666.H16_A2651	+				(mitochondrial)
381666.H16_A0007			+		(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_B0412				(PF01614) (PF09339)	(plastid)
381666.H16_A2717	+				(mitochondrial)
381666.H16_A2716	+				mitochondrial; plastid
381666.H16_A0245		(<)			ER
381666.H16_B0434			+		ER
381666.H16_A1415		+			(ER)
381666.H16_B2353			+		mitochondrial
381666.H16_A1430			+		ER
381666.H16_A3497		(>)			(mitochondrial)
381666.H16_B1294	+				(ER); (plastid)
381666.H16_A2540	+				(ER)
381666.H16_B0733	+			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3210	(+)		+		(mitochondrial)
381666.H16_A0437			+		(plastid)
381666.H16_B0821			+		plastid
381666.H16_A1477	(+)			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2077			+		(ER)
381666.H16_B1833				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2910	+				(ER)
381666.H16_A2132				(PF13660) (PF05161)
381666.H16_A3257	+				(ER)
381666.H16_A0478				(PF13660) (PF05161)
381666.H16_A0391		(<)			(mitochondrial)
381666.H16_A0130	+	(>)
381666.H16_A3601				(PF13660) (PF05161)
381666.H16_B2480				(PF02515)	(mitochondrial)
381666.H16_B0140				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0143		(<)			plastid
381666.H16_B1170	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B1791	+				(plastid)
381666.H16_A3478	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B1891	+				(plastid)
381666.H16_B0052				(PF00330)	(mitochondrial)
381666.H16_B0916				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0566		(>)		(PF00162)
381666.H16_A1232				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0296	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B2227	+			(PF02668)
381666.H16_B2220	+			(PF02668)
381666.H16_A1761	+				plastid
381666.H16_B0266	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B0487				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3311	+			(PF00378)
381666.H16_B1385	(+)			(PF00162)	plastid
381666.H16_B1389	+	(>)
381666.H16_B1927	+		+
381666.H16_B0035			+		(mitochondrial)
381666.H16_B1715				(PF12769) (PF01262)
381666.H16_A0051	+			PF04970
381666.H16_A2594				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1064	(+)				ER
381666.H16_A3518	+				plastid
381666.H16_B1352	+			(PF12255)
381666.H16_B1222	(+)				(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0071	+				plastid
381666.H16_A0078	+				plastid
381666.H16_A2832		(>)			(ER)
381666.H16_A3727	+				(plastid)
381666.H16_B0616				(PF02515)	(ER)
381666.H16_B1752	(+)				ER
381666.H16_B0362				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0090	(+)				ER
381666.H16_B0892	+				(plastid)
381666.H16_A0032	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B0137	(+)			(PF03169)	(plastid)
381666.H16_B0422	+			(PF02668)
381666.H16_B0133	+	(<)
381666.H16_B1435	(+)			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2153	+				plastid
381666.H16_B2360	+				plastid
381666.H16_B0587		(<)			(mitochondrial)
381666.H16_A3034	(+)				(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A1884	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_A1886				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1844				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2349	+				(plastid)
381666.H16_B0659				(PF00378)	(ER)
381666.H16_A0633	+			(PF04444)
381666.H16_A1323	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A2314	+				ER; (ER)
381666.H16_B1674	+				plastid
381666.H16_A1125	+				(mitochondrial)
381666.H16_A0614	(+)				(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A0612	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A1907				(PF00330) (PF00694)
381666.H16_B1655	(+)				mitochondrial
381666.H16_B0749				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0747	(+)			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1108			+		(plastid)
381666.H16_A0679	(+)				(mitochondrial); plastid
381666.H16_A2298	+				plastid
381666.H16_A2299				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3249		(>)			(mitochondrial)
381666.H16_A0443	+				(plastid)
381666.H16_B1787	+				(mitochondrial)
381666.H16_A2258				(PF00378)	(ER)
381666.H16_A3617	(+)				ER
381666.H16_A1752	(+)		+		(ER)
381666.H16_B1444		(<)			(ER)
381666.H16_A0345		(>)	+
381666.H16_B1889				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0064		(>)		(PF07287)
381666.H16_A3638		(<)	+
381666.H16_B2556	+			(PF03169)
381666.H16_A2861	+				(mitochondrial)
381666.H16_B2213				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2210				(PF02515)	(mitochondrial)
381666.H16_A0364			+		(plastid)
381666.H16_B1535	+	(>)
381666.H16_A0145				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1549			+	(PF00330)
381666.H16_B2344	+		+
381666.H16_B0279			+		(mitochondrial)
381666.H16_B0494	+	(>)
381666.H16_B0498		(<)			(plastid)
381666.H16_B1281				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0879				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0620	+				plastid
381666.H16_B2545				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2617	(+)				(ER)
381666.H16_A0707	+				plastid
381666.H16_B0350				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1544				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2638				(PF00330) (PF00694)
381666.H16_A2948				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0069	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B1744	+				(plastid)
381666.H16_B1748				(PF02515)	(ER)
381666.H16_B0378				(PF02515)	(ER)
381666.H16_B1975	(+)			(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0873				(PF00378)	(plastid)
381666.H16_B0880	+	(>)
381666.H16_B0417				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2313	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_A1292	+				plastid
381666.H16_A0812		+			(ER)
381666.H16_A2719				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3102	+	(<)
381666.H16_A0243	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_A1199	(+)				(ER)
381666.H16_A1416	(+)				(ER)
381666.H16_B1850				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2321	+				(plastid)
381666.H16_A1780				(PF07364) (PF14588)
381666.H16_B0718	(+)				ER
381666.H16_A2154				(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1653			+		(mitochondrial)
381666.H16_B1601	+				(plastid)
381666.H16_B0735	+		+
381666.H16_A2955	+		+
381666.H16_B1952	+				(plastid)
381666.H16_A2567		(>)
381666.H16_A1915	+
381666.H16_A2369	+
381666.H16_B0280	(+)	+
381666.H16_B0536	+
381666.H16_B1489			+
381666.H16_B1483	+
381666.H16_B1480	+
381666.H16_B0081	(+)			(PF00682)
381666.H16_B0756	(+)			(PF00378)
381666.H16_A1475		+
381666.H16_A1470	+
381666.H16_A2978	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B2072	+
381666.H16_A1118	+
381666.H16_A0606		+
381666.H16_B1340	+
381666.H16_A3231	+
381666.H16_A3235	+
381666.H16_A3237	+
381666.H16_A3238	+
381666.H16_B2449	+
381666.H16_A2349	+
381666.H16_A2343	+
381666.H16_A3431	+
381666.H16_A3435	(+)		+
381666.H16_A1490	+
381666.H16_B0776	+
381666.H16_B0778	+
381666.H16_B0696	+
381666.H16_A2912	+
381666.H16_B2059	+
381666.H16_B2058	+
381666.H16_B0692	+
381666.H16_A3397		+
381666.H16_A3399		+
381666.H16_B1585	+
381666.H16_A0667	+
381666.H16_A2283			+
381666.H16_B0987				(PF00378)
381666.H16_B0986				(PF02515)
381666.H16_B0988				(PF07287)
381666.H16_B0287		+
381666.H16_B0534			+
381666.H16_A0471	(+)				(plastid)
381666.H16_A1703	+
381666.H16_B0790	+
381666.H16_B0794	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_A2423				(PF02515)
381666.H16_B1304	+
381666.H16_B1307	+
381666.H16_B0968				(PF04444)
381666.H16_A1518	+
381666.H16_B2481	+
381666.H16_B1172	+
381666.H16_A1724	+
381666.H16_A1728	+
381666.H16_B1799				(PF04444)
381666.H16_B0552				(PF00682)
381666.H16_A2076	+
381666.H16_A2078				(PF02515)
381666.H16_A0921	+
381666.H16_A0927	+
381666.H16_A2407	+
381666.H16_A2406	(+)				(plastid)
381666.H16_B2018	+
381666.H16_B1548	+
381666.H16_A1577	+
381666.H16_B0051				(PF00694)
381666.H16_A3594				(PF00378)
381666.H16_A3593				(PF00378)
381666.H16_B0915				(PF00378)
381666.H16_B2206	+
381666.H16_B2209	+
381666.H16_A0560	+
381666.H16_A1547				(PF00682)
381666.H16_A1235				(PF00682)
381666.H16_A1234				(PF02515)
381666.H16_B0201		(<)
381666.H16_A0350	+
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381666.H16_A0179				(PF00378)
381666.H16_A0682	+
381666.H16_A0688	+
381666.H16_A2190	+
381666.H16_B0698				(PF00378)
381666.H16_A1554	+
381666.H16_A1229				(PF00285)
381666.H16_B1345			+
381666.H16_B2194	+
381666.H16_B2223			+
381666.H16_B0263	+
381666.H16_B0488				(PF02515)
381666.H16_A0969	+
381666.H16_B2504	+
381666.H16_B1050	+
381666.H16_B1506	+
381666.H16_B1505				(PF09339)
381666.H16_A3552	+
381666.H16_A3555	(+)				(plastid)
381666.H16_A1200	+
381666.H16_A1208			+
381666.H16_B1951	+
381666.H16_A1614	+
381666.H16_A2016		(>)
381666.H16_A2014			+
381666.H16_A0947	(+)				(plastid)
381666.H16_A3377				(PF02515)
381666.H16_A3370		(<)
381666.H16_B2521				(PF02668)
381666.H16_A0316	+
381666.H16_B0389				(PF00378)
381666.H16_B0382				(PF00378)
381666.H16_A1041				(PF00682)
381666.H16_A3579	+
381666.H16_A1264				(PF01262)
381666.H16_A1595	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B1924				(PF01176)
381666.H16_B0907				(PF02515)
381666.H16_B0039		(>)
381666.H16_B2266		(<)
381666.H16_B1718	+
381666.H16_B1711				(PF02515)
381666.H16_B1717				(PF02515)
381666.H16_A0054	+
381666.H16_A0059	+
381666.H16_A1670	+
381666.H16_A1674	+
381666.H16_B2096	+
381666.H16_A2595				(PF02515)
381666.H16_A0339	+
381666.H16_B1905				(PF00378)
381666.H16_B1908				(PF02515)
381666.H16_A2747	+
381666.H16_A2743	+
381666.H16_B2346			+
381666.H16_B2341				(PF08857)
381666.H16_A1807				(PF00682)
381666.H16_A2297	+
381666.H16_B0992	+
381666.H16_B0990	+
381666.H16_A0075	+
381666.H16_A0073	+
381666.H16_A1656	+
381666.H16_B1735	+
381666.H16_B1738				(PF00378)
381666.H16_A2780	+
381666.H16_B0177	+
381666.H16_B1036	+
381666.H16_A1007	+
381666.H16_A1002	+
381666.H16_B1695				(PF00378)
381666.H16_A0713			+
381666.H16_B0615				(PF00682)
381666.H16_B1967		(>)
381666.H16_A0844	+
381666.H16_A2621				(PF00330)
381666.H16_A2620				(PF00694)
381666.H16_A2627	(+)			(PF00285)
381666.H16_A2723	+
381666.H16_B2110	+
381666.H16_B2114				(PF02515)
381666.H16_A1825				PF04970
381666.H16_A0015	+
381666.H16_B1756				(PF09825)
381666.H16_B0408	(+)				(plastid)
381666.H16_B0150	+
381666.H16_B0402				(PF00378)
381666.H16_B0405	+
381666.H16_A3289	+
381666.H16_A1027	+
381666.H16_A0734	+
381666.H16_B0365				(PF00378)
381666.H16_B0367				(PF02515)
381666.H16_B1943	+
381666.H16_B1941	(+)				(ER)
381666.H16_B1944	+
381666.H16_B1418	+
381666.H16_B1948	+
381666.H16_B0390				(PF02515)
381666.H16_A2395			+
381666.H16_A0865				(PF00378)
381666.H16_B0897	+
381666.H16_B0890	(+)				(plastid)
381666.H16_A2701	+
381666.H16_A0258	+
381666.H16_A0031	+
381666.H16_A0037				(PF02668)
381666.H16_A0038				(PF02668)
381666.H16_B1773				(PF00378)
381666.H16_B0138				(PF01614)
381666.H16_B0427	(+)	+
381666.H16_B1439				(PF00378)
381666.H16_A2660				(PF14588)
381666.H16_A2860	+
381666.H16_A3136		(>)
381666.H16_B2156				(PF00378)
381666.H16_B2159				(PF02515)
381666.H16_A2137				(PF02515)
381666.H16_A2138				(PF00378)
381666.H16_A0584	+
381666.H16_A1188			+
381666.H16_B0394		(>)
381666.H16_B2367	+
381666.H16_A1964	(+)			(PF04444)
381666.H16_B0328	+
381666.H16_B0327	+
381666.H16_A1791	+
381666.H16_A1793	+
381666.H16_B1455	+
381666.H16_A0776	+
381666.H16_A1424	+
381666.H16_A3488	+
381666.H16_A3038	(+)		+
381666.H16_A1885				(PF00378)
381666.H16_A1889	(+)			(PF00378)
381666.H16_A0210	+
381666.H16_A1166	+
381666.H16_B0847				(PF02515)
381666.H16_A1308	(+)				(ER)
381666.H16_A1410	(+)			(PF00378)
381666.H16_B1843				(PF00378)
381666.H16_B1840				(PF02515)
381666.H16_B1847				(PF07364)
381666.H16_B0462	+
381666.H16_A2530	+
381666.H16_A2536		(>)
381666.H16_B2431	(+)				(plastid)
381666.H16_B2438	(+)			(PF02515)
381666.H16_A1944	+
381666.H16_B1619	+
381666.H16_A1447	+
381666.H16_B0709		(>)
381666.H16_A3019	+
381666.H16_A3018	+
381666.H16_A3015	+
381666.H16_A2495	+
381666.H16_A0099				(PF02515)
381666.H16_B0657				(PF00378)
381666.H16_A1263				(PF02668)
381666.H16_A0631		(>)
381666.H16_A0634		+
381666.H16_A0636	+
381666.H16_B1861		(>)
381666.H16_A2558		(>)
381666.H16_A1922	+
381666.H16_A3201				(PF00378)
381666.H16_A3202				(PF02515)
381666.H16_B0420				(PF00378)
381666.H16_A0401	+
381666.H16_B1670	+
381666.H16_B1499	+
381666.H16_B0729	+
381666.H16_B0724				(PF00378)
381666.H16_A1465		+
381666.H16_A0657	(+)		+
381666.H16_B2069		+
381666.H16_A0613	+
381666.H16_A1699				(PF00378)
381666.H16_B1806		(>)
381666.H16_A1906				(PF00285)
381666.H16_B2478				(PF00378)
381666.H16_A3227	+
381666.H16_B1189				(PF00378)
381666.H16_A0429	+
381666.H16_A0428			+
381666.H16_B1129				(PF07364)
381666.H16_B0838	+
381666.H16_B0741	+
381666.H16_A1484			+
381666.H16_B1453	+
381666.H16_A0995	+
381666.H16_B2044			+
381666.H16_A2688	+
381666.H16_A1104	+
381666.H16_A1101	(+)			(PF00378)
381666.H16_A0671	+
381666.H16_B1823	(+)			(PF07287)
381666.H16_A2422		(>)
381666.H16_A3658	+
381666.H16_B1068	+
381666.H16_B2456	+
381666.H16_A1718	+
381666.H16_A1719				(PF00378)
381666.H16_A1716				(PF00378)
381666.H16_B0500	+
381666.H16_B0502	+
381666.H16_B0505			+
381666.H16_B0761	+
381666.H16_A2928	(+)				(plastid)
381666.H16_A2433				(PF01176)
381666.H16_B0687			+
381666.H16_A3388		+
381666.H16_B1597	(+)			(PF12471)
381666.H16_B1596				(PF07958)
381666.H16_B1372	(+)			(PF02515)
381666.H16_A0121	+
381666.H16_B0974				(PF02515)
381666.H16_A1526				(PF00378)
381666.H16_A1525	+
381666.H16_A3260				(PF03169)
381666.H16_A3261	+
381666.H16_A0464				(PF00378)
381666.H16_A0466	+
381666.H16_A1734	+
381666.H16_A1735				(PF14588)
381666.H16_A1732			+
381666.H16_B1780	+
381666.H16_B1781	+
381666.H16_B1788				(PF14588)
381666.H16_A3463				(PF01176)
381666.H16_B0568				(PF00330)
381666.H16_A0135	+
381666.H16_B0836	+
381666.H16_B2003				(PF02515)
381666.H16_B2557	+
381666.H16_A2254	+
381666.H16_A0100				(PF00378)
381666.H16_A1504	+
381666.H16_B2493				(PF02515)
381666.H16_B2494				(PF00682)
381666.H16_B2496		(>)
381666.H16_A3449	+
381666.H16_B1449				(PF02515)
381666.H16_B2578	+
381666.H16_A0347	+
381666.H16_B1554	+
381666.H16_B0688				(PF02515)
381666.H16_B0062	(+)				(plastid)
381666.H16_A3586	+
381666.H16_A3635				(PF13380)
381666.H16_B2000	(+)				(plastid)
381666.H16_A1988				PF04970
381666.H16_A2867	+
381666.H16_A2865				(PF02515)
381666.H16_B2211				(PF00285)
381666.H16_A2145				(PF02515)
381666.H16_A0576	+
381666.H16_A0511	+
381666.H16_A1771	+
381666.H16_A2040	(+)	(>)
381666.H16_A2047	+
381666.H16_A0919	+
381666.H16_A2459				(PF00378)
381666.H16_A2454			+
381666.H16_A2455	+
381666.H16_A2216	+
381666.H16_B1533				(PF02668)
381666.H16_A0142				(PF00378)
381666.H16_A0140	+
381666.H16_B0914				(PF02515)
381666.H16_B0007	(+)				(plastid)
381666.H16_B0003		(<)
381666.H16_A1237				(PF00694)
381666.H16_A1236				(PF00330)
381666.H16_A1548				(PF02515)
381666.H16_B2347	+
381666.H16_B2234		(>)
381666.H16_B0853	(+)				(mitochondrial)
381666.H16_B1279	+
381666.H16_B0270	+
381666.H16_A2025	+
381666.H16_B0493	+
381666.H16_B0490	(+)				(plastid)
381666.H16_A0973	+
381666.H16_A3307				(PF00378)
381666.H16_A3308	(+)				(plastid)
381666.H16_B2532				(PF02515)
381666.H16_B2534				(PF00378)
381666.H16_B2539	+
381666.H16_B0551		(>)
381666.H16_A2231	+
381666.H16_A3540	(+)		+
381666.H16_A3544	+
381666.H16_B2250	+
381666.H16_A1850	(+)				plastid
381666.H16_A0534				(PF02515)
381666.H16_A0533	+
381666.H16_B1706	+
381666.H16_A2009				(PF01262)
381666.H16_A0953	+
381666.H16_A2783				(PF02515)
381666.H16_A3367	+
381666.H16_A2589		(>)
381666.H16_A0327		+
381666.H16_A0186				(PF00682)
381666.H16_A0183	+
381666.H16_A3561	(+)				(plastid)
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381666.H16_A2770				(PF02515)
381666.H16_B2275				(PF00330)
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381666.H16_B0355				(PF02515)
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381666.H16_B0236	(+)				(plastid)
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381666.H16_A1832				(PF00378)
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381666.H16_A3066	(+)				plastid
381666.H16_A1149			+
381666.H16_B0419				(PF00378)
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381666.H16_B2319	(+)				(plastid)
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381666.H16_A1291		(>)
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381666.H16_A1195	(+)				(plastid)
381666.H16_B0125			+
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381666.H16_B0437	(+)				plastid
381666.H16_B1740				(PF02515)
381666.H16_B1741				(PF00378)
381666.H16_B1742	(+)			(PF00378)
381666.H16_A2125	(+)				(ER)
381666.H16_B0610	+
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381666.H16_B2169		(>)
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381666.H16_A1294	(+)				not used
381666.H16_A1296	(+)
381666.H16_A0742	(+)
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381666.H16_B1427	(+)
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381666.H16_A2483	(+)
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381666.H16_B0868	(+)
381666.H16_B0862	(+)
381666.H16_A1432	(+)
381666.H16_A1437	(+)
381666.H16_A0652	(+)
381666.H16_A3148	(+)
381666.H16_A1897	(+)
381666.H16_B1875	(+)				not used
381666.H16_B1870	(+)
381666.H16_B0478	(+)
381666.H16_A1930	(+)
381666.H16_A0413	(+)
381666.H16_A1456	(+)
381666.H16_A1454	(+)
381666.H16_B0809	(+)
381666.H16_B0732	(+)
381666.H16_A3165	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================