Effective results for Ralstonia eutropha H16 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1109
- Predicted by EffectiveT3: 327 (high confidence), 443 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 23 within, 16 before, 47 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 85
- Predicted by EffectiveELD: 33 eukaryotic-like domains, contained in 249 proteins (5 high, 244 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
381666.H16_A2018(PF13380) (PF13549) (PF13607)(mitochondrial)
381666.H16_B0386(PF13380) (PF13549) (PF13607)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B0928(PF13380) (PF13549) (PF13607)(plastid)
381666.H16_B0404(+)(PF13380) (PF13549) (PF13607)(mitochondrial)
381666.H16_B1438(PF13380) (PF13549) (PF13607)(mitochondrial)
381666.H16_B0370(PF13380) (PF13549) (PF13607)(mitochondrial)
381666.H16_A1299(PF01614) (PF09339)(ER)
381666.H16_A3029+(ER)
381666.H16_A3187+ER
381666.H16_A2977+ER; (ER)
381666.H16_A2979+(PF00378)plastid
381666.H16_B1346(PF00378)(mitochondrial)
381666.H16_A3230(PF07364)(mitochondrial)
381666.H16_B0793+(ER)
381666.H16_B2037+(ER)
381666.H16_B2036+(ER)
381666.H16_B1565+ER
381666.H16_A1519(>)(ER)
381666.H16_A3609(>)ER
381666.H16_B2017+(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A3590++(ER)
381666.H16_A2469(>)mitochondrial
381666.H16_B2569+(mitochondrial)
381666.H16_A2032+ER
381666.H16_A2223(>)ER
381666.H16_A3681+mitochondrial
381666.H16_A2817+(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1860+(mitochondrial)
381666.H16_B1714(PF02233)ER
381666.H16_A2746(PF01614) (PF09339)(ER)
381666.H16_A1806(<)ER
381666.H16_B1228+ER
381666.H16_B1034(PF02668)mitochondrial
381666.H16_A3531+ER
381666.H16_A3537(>)(ER); (mitochondrial)
381666.H16_A2725+mitochondrial
381666.H16_A1635(+)+(mitochondrial); plastid
381666.H16_B1755+(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0739+(mitochondrial)
381666.H16_A0733(+)+ER
381666.H16_B0898(>)ER
381666.H16_B0896+ER; (ER)
381666.H16_A2702(>)ER
381666.H16_B1777+mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A1348+ER
381666.H16_A3130(PF12769)ER
381666.H16_A3131(PF02233)ER
381666.H16_A0587(>)(ER); ER
381666.H16_B2363(+)+mitochondrial
381666.H16_B2177(>)ER
381666.H16_A2141(PF07287)(ER)
381666.H16_A1540+ER
381666.H16_A2330+ER
381666.H16_B0875(>)(mitochondrial)
381666.H16_B0707(PF02515)(ER)
381666.H16_A3010PF03188ER
381666.H16_A1265(PF12769)ER
381666.H16_A1266(PF02233)ER; (ER)
381666.H16_A3205+(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_B0727+ER
381666.H16_A2961+(ER)
381666.H16_A2108(<)ER
381666.H16_A2904(>)mitochondrial
381666.H16_B0584+ER
381666.H16_B1825(PF01614) (PF09339)mitochondrial
381666.H16_A3243(>)ER
381666.H16_B2451+(ER)
381666.H16_B0766(>)(ER)
381666.H16_A2438+ER
381666.H16_A2920+(mitochondrial); plastid
381666.H16_A1389(+)(PF01614) (PF09339)(ER)
381666.H16_A3671(PF14863)ER
381666.H16_A0461(PF00378)(ER)
381666.H16_B2497+ER; (ER)
381666.H16_B1623+(mitochondrial)
381666.H16_A0512(>)ER
381666.H16_B0004+(mitochondrial)
381666.H16_B2180+ER
381666.H16_A0952+(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0048+(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0358(PF13380) (PF13549) (PF13607)
381666.H16_A0851(PF12769)ER
381666.H16_A0852(PF02233)ER; (ER)
381666.H16_B1543+(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0167+(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1023+ER
381666.H16_B1687(PF02668)(mitochondrial)
381666.H16_A0726+(mitochondrial)
381666.H16_A2651+(mitochondrial)
381666.H16_A0007+(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_B0412(PF01614) (PF09339)(plastid)
381666.H16_A2717+(mitochondrial)
381666.H16_A2716+mitochondrial; plastid
381666.H16_A0245(<)ER
381666.H16_B0434+ER
381666.H16_A1415+(ER)
381666.H16_B2353+mitochondrial
381666.H16_A1430+ER
381666.H16_A3497(>)(mitochondrial)
381666.H16_B1294+(ER); (plastid)
381666.H16_A2540+(ER)
381666.H16_B0733+(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3210(+)+(mitochondrial)
381666.H16_A0437+(plastid)
381666.H16_B0821+plastid
381666.H16_A1477(+)(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2077+(ER)
381666.H16_B1833(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2910+(ER)
381666.H16_A2132(PF13660) (PF05161)
381666.H16_A3257+(ER)
381666.H16_A0478(PF13660) (PF05161)
381666.H16_A0391(<)(mitochondrial)
381666.H16_A0130+(>)
381666.H16_A3601(PF13660) (PF05161)
381666.H16_B2480(PF02515)(mitochondrial)
381666.H16_B0140(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0143(<)plastid
381666.H16_B1170(+)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B1791+(plastid)
381666.H16_A3478(+)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B1891+(plastid)
381666.H16_B0052(PF00330)(mitochondrial)
381666.H16_B0916(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0566(>)(PF00162)
381666.H16_A1232(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0296(+)(mitochondrial)
381666.H16_B2227+(PF02668)
381666.H16_B2220+(PF02668)
381666.H16_A1761+plastid
381666.H16_B0266(+)(mitochondrial)
381666.H16_B0487(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3311+(PF00378)
381666.H16_B1385(+)(PF00162)plastid
381666.H16_B1389+(>)
381666.H16_B1927++
381666.H16_B0035+(mitochondrial)
381666.H16_B1715(PF12769) (PF01262)
381666.H16_A0051+PF04970
381666.H16_A2594(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1064(+)ER
381666.H16_A3518+plastid
381666.H16_B1352+(PF12255)
381666.H16_B1222(+)(mitochondrial); plastid
381666.H16_A0071+plastid
381666.H16_A0078+plastid
381666.H16_A2832(>)(ER)
381666.H16_A3727+(plastid)
381666.H16_B0616(PF02515)(ER)
381666.H16_B1752(+)ER
381666.H16_B0362(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0090(+)ER
381666.H16_B0892+(plastid)
381666.H16_A0032(+)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_B0137(+)(PF03169)(plastid)
381666.H16_B0422+(PF02668)
381666.H16_B0133+(<)
381666.H16_B1435(+)(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2153+plastid
381666.H16_B2360+plastid
381666.H16_B0587(<)(mitochondrial)
381666.H16_A3034(+)(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A1884(+)(mitochondrial)
381666.H16_A1886(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1844(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2349+(plastid)
381666.H16_B0659(PF00378)(ER)
381666.H16_A0633+(PF04444)
381666.H16_A1323(+)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A2314+ER; (ER)
381666.H16_B1674+plastid
381666.H16_A1125+(mitochondrial)
381666.H16_A0614(+)(mitochondrial); (plastid)
381666.H16_A0612(+)mitochondrial; (mitochondrial)
381666.H16_A1907(PF00330) (PF00694)
381666.H16_B1655(+)mitochondrial
381666.H16_B0749(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0747(+)(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1108+(plastid)
381666.H16_A0679(+)(mitochondrial); plastid
381666.H16_A2298+plastid
381666.H16_A2299(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3249(>)(mitochondrial)
381666.H16_A0443+(plastid)
381666.H16_B1787+(mitochondrial)
381666.H16_A2258(PF00378)(ER)
381666.H16_A3617(+)ER
381666.H16_A1752(+)+(ER)
381666.H16_B1444(<)(ER)
381666.H16_A0345(>)+
381666.H16_B1889(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0064(>)(PF07287)
381666.H16_A3638(<)+
381666.H16_B2556+(PF03169)
381666.H16_A2861+(mitochondrial)
381666.H16_B2213(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2210(PF02515)(mitochondrial)
381666.H16_A0364+(plastid)
381666.H16_B1535+(>)
381666.H16_A0145(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A1549+(PF00330)
381666.H16_B2344++
381666.H16_B0279+(mitochondrial)
381666.H16_B0494+(>)
381666.H16_B0498(<)(plastid)
381666.H16_B1281(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0879(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B0620+plastid
381666.H16_B2545(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2617(+)(ER)
381666.H16_A0707+plastid
381666.H16_B0350(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1544(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2638(PF00330) (PF00694)
381666.H16_A2948(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0069(+)(mitochondrial)
381666.H16_B1744+(plastid)
381666.H16_B1748(PF02515)(ER)
381666.H16_B0378(PF02515)(ER)
381666.H16_B1975(+)(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A0873(PF00378)(plastid)
381666.H16_B0880+(>)
381666.H16_B0417(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B2313(+)(mitochondrial)
381666.H16_A1292+plastid
381666.H16_A0812+(ER)
381666.H16_A2719(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A3102+(<)
381666.H16_A0243(+)(mitochondrial)
381666.H16_A1199(+)(ER)
381666.H16_A1416(+)(ER)
381666.H16_B1850(PF01614) (PF09339)
381666.H16_A2321+(plastid)
381666.H16_A1780(PF07364) (PF14588)
381666.H16_B0718(+)ER
381666.H16_A2154(PF01614) (PF09339)
381666.H16_B1653+(mitochondrial)
381666.H16_B1601+(plastid)
381666.H16_B0735++
381666.H16_A2955++
381666.H16_B1952+(plastid)
381666.H16_A2567(>)
381666.H16_A1915+
381666.H16_A2369+
381666.H16_B0280(+)+
381666.H16_B0536+
381666.H16_B1489+
381666.H16_B1483+
381666.H16_B1480+
381666.H16_B0081(+)(PF00682)
381666.H16_B0756(+)(PF00378)
381666.H16_A1475+
381666.H16_A1470+
381666.H16_A2978(+)(mitochondrial)
381666.H16_B2072+
381666.H16_A1118+
381666.H16_A0606+
381666.H16_B1340+
381666.H16_A3231+
381666.H16_A3235+
381666.H16_A3237+
381666.H16_A3238+
381666.H16_B2449+
381666.H16_A2349+
381666.H16_A2343+
381666.H16_A3431+
381666.H16_A3435(+)+
381666.H16_A1490+
381666.H16_B0776+
381666.H16_B0778+
381666.H16_B0696+
381666.H16_A2912+
381666.H16_B2059+
381666.H16_B2058+
381666.H16_B0692+
381666.H16_A3397+
381666.H16_A3399+
381666.H16_B1585+
381666.H16_A0667+
381666.H16_A2283+
381666.H16_B0987(PF00378)
381666.H16_B0986(PF02515)
381666.H16_B0988(PF07287)
381666.H16_B0287+
381666.H16_B0534+
381666.H16_A0471(+)(plastid)
381666.H16_A1703+
381666.H16_B0790+
381666.H16_B0794(+)(mitochondrial)
381666.H16_A2423(PF02515)
381666.H16_B1304+
381666.H16_B1307+
381666.H16_B0968(PF04444)
381666.H16_A1518+
381666.H16_B2481+
381666.H16_B1172+
381666.H16_A1724+
381666.H16_A1728+
381666.H16_B1799(PF04444)
381666.H16_B0552(PF00682)
381666.H16_A2076+
381666.H16_A2078(PF02515)
381666.H16_A0921+
381666.H16_A0927+
381666.H16_A2407+
381666.H16_A2406(+)(plastid)
381666.H16_B2018+
381666.H16_B1548+
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381666.H16_A2014+
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381666.H16_A1885(PF00378)
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381666.H16_A0634+
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381666.H16_B0500+
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381666.H16_A2928(+)(plastid)
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381666.H16_A3586+
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381666.H16_A1988PF04970
381666.H16_A2867+
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381666.H16_A1771+
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381666.H16_A2216+
381666.H16_B1533(PF02668)
381666.H16_A0142(PF00378)
381666.H16_A0140+
381666.H16_B0914(PF02515)
381666.H16_B0007(+)(plastid)
381666.H16_B0003(<)
381666.H16_A1237(PF00694)
381666.H16_A1236(PF00330)
381666.H16_A1548(PF02515)
381666.H16_B2347+
381666.H16_B2234(>)
381666.H16_B0853(+)(mitochondrial)
381666.H16_B1279+
381666.H16_B0270+
381666.H16_A2025+
381666.H16_B0493+
381666.H16_B0490(+)(plastid)
381666.H16_A0973+
381666.H16_A3307(PF00378)
381666.H16_A3308(+)(plastid)
381666.H16_B2532(PF02515)
381666.H16_B2534(PF00378)
381666.H16_B2539+
381666.H16_B0551(>)
381666.H16_A2231+
381666.H16_A3540(+)+
381666.H16_A3544+
381666.H16_B2250+
381666.H16_A1850(+)plastid
381666.H16_A0534(PF02515)
381666.H16_A0533+
381666.H16_B1706+
381666.H16_A2009(PF01262)
381666.H16_A0953+
381666.H16_A2783(PF02515)
381666.H16_A3367+
381666.H16_A2589(>)
381666.H16_A0327+
381666.H16_A0186(PF00682)
381666.H16_A0183+
381666.H16_A3561(+)(plastid)
381666.H16_A1277+
381666.H16_A1586(PF01262)
381666.H16_B1931+
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381666.H16_A2770(PF02515)
381666.H16_B2275(PF00330)
381666.H16_B2276(PF00694)
381666.H16_B1233+
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381666.H16_B1009+
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381666.H16_B0359+
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381666.H16_B1910+
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381666.H16_B1914(+)(PF00378)
381666.H16_B1916(PF16155)
381666.H16_A0850(PF01262)
381666.H16_A2636(PF00285)
381666.H16_A3087+
381666.H16_A0285+
381666.H16_A0286+
381666.H16_A0062+
381666.H16_A2814+
381666.H16_A1626+
381666.H16_B1749(PF02515)
381666.H16_B0160+
381666.H16_A3711+
381666.H16_B2337(PF08857)
381666.H16_B2339+
381666.H16_B1896+
381666.H16_B1327+
381666.H16_B0236(+)(plastid)
381666.H16_B1024+
381666.H16_A0493+
381666.H16_B1688(PF02668)
381666.H16_A2680PF04970
381666.H16_B1681+
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381666.H16_A2684+
381666.H16_B0089(PF02515)
381666.H16_A2734+
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381666.H16_B2108+
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381666.H16_A1832(PF00378)
381666.H16_A3069+
381666.H16_A3060+
381666.H16_A3066(+)plastid
381666.H16_A1149+
381666.H16_B0419(PF00378)
381666.H16_B0411(PF14863)
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381666.H16_A1354+
381666.H16_B2318+
381666.H16_B2319(+)(plastid)
381666.H16_A3294+
381666.H16_A1039(>)
381666.H16_A1291(>)
381666.H16_A2673+
381666.H16_A0810(PF00378)
381666.H16_A3109+
381666.H16_A0696+
381666.H16_B2124+
381666.H16_B2129+
381666.H16_A3047+
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381666.H16_A0241+
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381666.H16_A1194+
381666.H16_A1195(+)(plastid)
381666.H16_B0125+
381666.H16_B1245+
381666.H16_B0437(+)plastid
381666.H16_B1740(PF02515)
381666.H16_B1741(PF00378)
381666.H16_B1742(+)(PF00378)
381666.H16_A2125(+)(ER)
381666.H16_B0610+
381666.H16_A2507+
381666.H16_A0766+
381666.H16_B0848(PF00378)
381666.H16_B0595(PF00682)
381666.H16_B0845(PF14863)
381666.H16_A1412+
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381666.H16_A3020+
381666.H16_A2487+
381666.H16_A1174+
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381666.H16_A0695+
381666.H16_A0692+
381666.H16_B0459+
381666.H16_B0682(PF02515)
381666.H16_B0932+
381666.H16_B1886(+)(plastid)
381666.H16_B1447+
381666.H16_B1995(PF14588)
381666.H16_B2169(>)
381666.H16_A0200(+)+
381666.H16_A0203(+)(ER)
381666.H16_A1158(+)(>)
381666.H16_A1150(+)(mitochondrial)
381666.H16_B1876+
381666.H16_A2152+
381666.H16_A2541+
381666.H16_A1550(PF00694)
381666.H16_B1460+
381666.H16_A3161+
381666.H16_A3162(+)(mitochondrial)
381666.H16_A2952+
381666.H16_A0089+
381666.H16_A3195(PF02668)
381666.H16_A1418+
381666.H16_A1137+
381666.H16_B0456+
381666.H16_B1818(+)(mitochondrial)
381666.H16_A2170+
381666.H16_A2176+
381666.H16_A1913(+)
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381666.H16_A3065(+)
381666.H16_A0260(+)
381666.H16_A0003(+)
381666.H16_B1763(+)
381666.H16_B1761(+)
381666.H16_B0147(+)
381666.H16_A1351(+)
381666.H16_A1294(+)not used
381666.H16_A1296(+)
381666.H16_A0742(+)
381666.H16_A0697(+)
381666.H16_A3041(+)
381666.H16_A0249(+)
381666.H16_A2084(+)
381666.H16_B0127(+)
381666.H16_B0126(+)
381666.H16_B0430(+)
381666.H16_B0343(+)
381666.H16_B2378(+)
381666.H16_A1971(+)
381666.H16_A1979(+)
381666.H16_B1427(+)
381666.H16_A0833(+)
381666.H16_A3120(+)
381666.H16_A3124(+)
381666.H16_A2995(+)
381666.H16_A2483(+)
381666.H16_B2358(+)
381666.H16_A1952(+)
381666.H16_A2326(+)
381666.H16_A0787(+)
381666.H16_B0868(+)
381666.H16_B0862(+)
381666.H16_A1432(+)
381666.H16_A1437(+)
381666.H16_A0652(+)
381666.H16_A3148(+)
381666.H16_A1897(+)
381666.H16_B1875(+)not used
381666.H16_B1870(+)
381666.H16_B0478(+)
381666.H16_A1930(+)
381666.H16_A0413(+)
381666.H16_A1456(+)
381666.H16_A1454(+)
381666.H16_B0809(+)
381666.H16_B0732(+)
381666.H16_A3165(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.375 (19/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================