Effective results for Verminephrobacter eiseniae EF01-2 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 369
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 24 eukaryotic-like domains, contained in 369 proteins (21 high, 348 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 391735.Veis_2874 | (PF12399) (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0610 | (PF12399) (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2026 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0539 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0289 | (PF12399) (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0063 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0060 | (PF13407) | mitochondrial | |||
| 391735.Veis_0064 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0857 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_0859 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1581 | (PF02515) | ER | |||
| 391735.Veis_0291 | (PF13458) | mitochondrial | |||
| 391735.Veis_4608 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4609 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_3210 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_5005 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_5004 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3992 | (PF14330) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_2133 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_3775 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4610 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_3209 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1906 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1904 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_1905 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_3836 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_3838 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2121 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_2122 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0897 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0896 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0895 | (PF13458) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1685 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_2799 | (PF13020) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1045 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_2660 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_2668 | (PF13458) | ER; (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0317 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_3537 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2079 | (PF13407) | ER; (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1675 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_1677 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4096 | (PF02653) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_4095 | (PF02653) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_2672 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_1521 | (PF02317) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_1258 | (PF02515) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4428 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4429 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1798 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_1797 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_1796 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1795 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1086 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_2682 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_1536 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_1534 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0332 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_0331 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_2274 | (PF02515) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_0290 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_0328 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2875 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_3000 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0916 | (PF13407) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_0915 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4112 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_0350 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4327 | (PF13407) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1987 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_2723 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2721 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4101 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4100 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4109 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4108 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0160 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1364 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1365 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4075 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4077 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4076 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_3291 | (PF13407) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_4469 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4919 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4914 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_3847 | (PF08352) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1991 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1990 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_2711 | (PF13407) | (ER) | |||
| 391735.Veis_3597 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3598 | (PF13407) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0159 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4471 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4909 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4908 | (PF02653) | (ER); ER | |||
| 391735.Veis_4876 | (PF13458) | (ER); ER | |||
| 391735.Veis_4496 | (PF08352) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_4013 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4012 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4820 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4701 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4700 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_3430 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_4648 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4646 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4802 | (PF03972) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3952 | (PF02653) | ER; (ER) | |||
| 391735.Veis_3951 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_0550 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_3734 | (PF08843) | (ER) | |||
| 391735.Veis_0737 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0045 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0046 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_4210 | (PF02653) | (ER); ER | |||
| 391735.Veis_4819 | (PF12399) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0837 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0838 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_0540 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0542 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0721 | (PF04324) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3417 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_3419 | (PF13407) | (ER) | |||
| 391735.Veis_0054 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_0612 | (PF13458) | ER | |||
| 391735.Veis_4822 | (PF13458) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1954 | (PF02653) | ER | |||
| 391735.Veis_1957 | (PF13458) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1959 | (PF13458) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3885 | (PF08352) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1480 | (PF13407) | ER | |||
| 391735.Veis_2118 | (PF13407) | mitochondrial | |||
| 391735.Veis_2119 | (PF13407) | mitochondrial | |||
| 391735.Veis_2023 | (PF02653) | (plastid) | |||
| 391735.Veis_3360 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2633 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_1735 | (PF02515) | plastid | |||
| 391735.Veis_1478 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3236 | (PF02515) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4886 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_1873 | (PF12399) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1870 | (PF13458) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_2481 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3535 | PF03088 (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0138 | (PF08352) | (plastid) | |||
| 391735.Veis_2326 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2045 | (PF02653) | (plastid) | |||
| 391735.Veis_1402 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_0935 | (PF08352) | (ER) | |||
| 391735.Veis_0114 | (PF08352) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_0326 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_3273 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_3318 | (PF03972) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4330 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_4209 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3269 | (PF13407) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3858 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_0161 | (PF02653) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1363 | (PF02653) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_3292 | PF03088 (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_3846 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3595 | (PF02653) | plastid | |||
| 391735.Veis_2523 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2522 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_4275 | PF13565 (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3615 | (PF02515) | (mitochondrial) | |||
| 391735.Veis_1142 | (PF13358) | (ER) | |||
| 391735.Veis_3953 | (PF12399) (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0549 | (PF13458) | (ER) | |||
| 391735.Veis_1135 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2024 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0281 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_0284 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4634 | PF13565 | ||||
| 391735.Veis_3185 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0858 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_2742 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_1585 | (PF03972) | ||||
| 391735.Veis_0529 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0294 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_4293 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4294 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0292 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4601 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4607 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3504 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0860 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_1852 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_3993 | (PF07287) | ||||
| 391735.Veis_2131 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4636 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_4191 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2005 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0880 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0885 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_0886 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0888 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4179 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4617 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_4503 | PF13565 | ||||
| 391735.Veis_3208 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_1907 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3834 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3837 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4188 | (PF07287) | ||||
| 391735.Veis_1056 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0508 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_3748 | PF13565 | ||||
| 391735.Veis_0898 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_0651 | (PF03972) | ||||
| 391735.Veis_3691 | (PF08843) | ||||
| 391735.Veis_4407 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_1872 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_1871 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_2489 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2484 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2061 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2062 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0407 | (PF03972) | ||||
| 391735.Veis_0221 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0315 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3534 | PF03088 | ||||
| 391735.Veis_3536 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_0137 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_3327 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_3328 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4969 | (PF04412) | ||||
| 391735.Veis_4968 | (PF01989) | ||||
| 391735.Veis_4963 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4962 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_1864 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_1863 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2329 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3811 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2252 | (PF03972) | ||||
| 391735.Veis_2499 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_1786 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_1678 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_2077 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_1676 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4097 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_1419 | (PF08843) | ||||
| 391735.Veis_1417 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_0412 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0419 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0418 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0238 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0237 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0125 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3339 | (PF06414) | ||||
| 391735.Veis_3800 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_1794 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_2044 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_1087 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_2687 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0428 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0936 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_1533 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0330 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_0113 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0751 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0754 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_4435 | PF13565 | ||||
| 391735.Veis_2057 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2693 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2690 | (PF08843) | ||||
| 391735.Veis_1434 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_0433 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_4127 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0105 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_0218 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_3001 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4590 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4251 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2195 | PF02736 | ||||
| 391735.Veis_3863 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2206 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2200 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_4208 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4200 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4110 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4117 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4118 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0351 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0352 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_2844 | (PF08843) | ||||
| 391735.Veis_4064 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_2999 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4699 | (PF13458) | ||||
| 391735.Veis_3077 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_3109 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_2213 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4328 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_4326 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_1989 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_2722 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_2724 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3679 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_1298 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_1297 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_1563 | (PF02317) | ||||
| 391735.Veis_2854 | (PF06414) | ||||
| 391735.Veis_0162 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_1362 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4073 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3290 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_3293 | PF03088 | ||||
| 391735.Veis_0206 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_3844 | (PF13358) | ||||
| 391735.Veis_3843 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_3849 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_3848 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0974 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_2712 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4268 | (PF03972) | ||||
| 391735.Veis_4269 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_0577 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_1283 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_3593 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_1377 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_0717 | (PF08843) | ||||
| 391735.Veis_4477 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4470 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4907 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4900 | (PF13910) | ||||
| 391735.Veis_3050 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2239 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2238 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2524 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4270 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2416 | (PF07287) | ||||
| 391735.Veis_0816 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0815 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4011 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4010 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_3431 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_3543 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4649 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_4647 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4641 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_4805 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_3135 | (PF05598) | ||||
| 391735.Veis_2555 | (PF01989) | ||||
| 391735.Veis_2556 | (PF04412) | ||||
| 391735.Veis_1971 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_0736 | (PF13407) | ||||
| 391735.Veis_0739 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0609 | (PF12399) | ||||
| 391735.Veis_0519 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4731 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_3426 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_3425 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4211 | (PF13458) | ||||
| 391735.Veis_1808 | (PF02515) | ||||
| 391735.Veis_2766 | (PF13020) | ||||
| 391735.Veis_2763 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0543 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_0059 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0055 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_0611 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_4725 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_4727 | PF15508 | ||||
| 391735.Veis_4532 | (PF02371) | ||||
| 391735.Veis_4821 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_1953 | (PF02653) | ||||
| 391735.Veis_3886 | (PF08352) | ||||
| 391735.Veis_2593 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_2595 | (PF04324) | ||||
| 391735.Veis_2111 | (PF07287) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
- Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
- Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
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