Metamenu

Effective results for Erwinia tasmaniensis Et1/99 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 473
- Predicted by EffectiveT3: 128 (high confidence), 256 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 20 within, 11 before, 32 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 38 proteins (2 high, 36 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
465817.ETA_19460(>)(ER); plastid
465817.ETA_25720+(ER)
465817.ETA_02990(>)ER
465817.ETA_04020(PF00345)ER; (ER)
465817.ETA_03850(PF00577)ER
465817.ETA_22040+ER
465817.ETA_04030(PF00577)ER
465817.ETA_33650(>)ER
465817.ETA_30630(>)ER
465817.ETA_08240(>)mitochondrial
465817.ETA_16540(>)ER
465817.ETA_29330+(mitochondrial)
465817.ETA_33000(<)ER
465817.ETA_13090+(ER)
465817.ETA_04550(PF00577)(mitochondrial)
465817.ETA_28790(PF00577)ER
465817.ETA_21570+(ER); (mitochondrial)
465817.ETA_06560(PF00345)ER; (ER)
465817.ETA_09200+mitochondrial
465817.ETA_28560(PF00345)ER
465817.ETA_03860(PF00345)ER
465817.ETA_00670+(mitochondrial)
465817.ETA_33020(PF00345)ER
465817.ETA_25870+ER
465817.ETA_14000(>)ER
465817.ETA_22000+ER; (ER)
465817.ETA_19510(>)mitochondrial
465817.ETA_33030(PF00577)(ER); plastid
465817.ETA_16360+ER
465817.ETA_28540(PF00577)ER
465817.ETA_04560(PF00345)ER
465817.ETA_16500(PF00577)(ER)
465817.ETA_33340(PF00345)ER
465817.ETA_10910+ER; mitochondrial
465817.ETA_20320+(mitochondrial); plastid
465817.ETA_01000(<)ER
465817.ETA_13740(>)ER
465817.ETA_16510(PF00345)ER
465817.ETA_27800(>)ER
465817.ETA_02620(PF00345)(ER); ER
465817.ETA_06710(>)ER
465817.ETA_28670(PF00345)ER
465817.ETA_13200(<)ER
465817.ETA_03610+mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_15170(>)ER
465817.ETA_01610(PF00345)mitochondrial
465817.ETA_30200(PF00577)mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_28800(PF00345)ER
465817.ETA_05450(<)ER
465817.ETA_14330(>)(ER)
465817.ETA_33330(PF00577)(mitochondrial)
465817.ETA_15320+ER
465817.ETA_07380(>)ER
465817.ETA_02610(PF00577)(ER)
465817.ETA_28530(PF00345)(mitochondrial)
465817.ETA_21390+(ER)
465817.ETA_03830(PF00345)ER
465817.ETA_20600(>)ER
465817.ETA_33120+plastid
465817.ETA_12000+(plastid)
465817.ETA_05270+plastid
465817.ETA_25800(+)(mitochondrial); (plastid)
465817.ETA_24990(+)ER
465817.ETA_15020+(plastid)
465817.ETA_02240(+)ER
465817.ETA_23980(+)(mitochondrial)
465817.ETA_28340(+)ER
465817.ETA_05190(+)mitochondrial
465817.ETA_31880+(>)
465817.ETA_20360(+)(mitochondrial)
465817.ETA_06970(+)(mitochondrial)
465817.ETA_15600+(mitochondrial)
465817.ETA_04310(+)(mitochondrial)
465817.ETA_00250+(plastid)
465817.ETA_26490(+)ER; (mitochondrial)
465817.ETA_34370+(PF00102)
465817.ETA_14220(+)+(ER)
465817.ETA_29400+(mitochondrial)
465817.ETA_00440(+)ER
465817.ETA_21880(+)mitochondrial
465817.ETA_12640(+)mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_23540(+)(ER)
465817.ETA_04770(+)(ER)
465817.ETA_31820(+)(ER)
465817.ETA_11970+(plastid)
465817.ETA_20870+(<)
465817.ETA_30190(PF00345)(ER)
465817.ETA_03990(+)mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_17490(+)(ER)
465817.ETA_14410+(ER)
465817.ETA_26550+(ER)
465817.ETA_27920(+)mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_05690++
465817.ETA_12560(PF10908)(mitochondrial)
465817.ETA_25940(+)(>)(plastid)
465817.ETA_17680+(ER)
465817.ETA_19930+plastid
465817.ETA_14240+plastid
465817.ETA_10400(+)(mitochondrial)
465817.ETA_18630(+)ER
465817.ETA_01630(+)ER
465817.ETA_18950(+)mitochondrial; (mitochondrial)
465817.ETA_17080(+)ER
465817.ETA_34660(+)(mitochondrial); not used
465817.ETA_09420+
465817.ETA_30760+
465817.ETA_29650+
465817.ETA_16850(>)
465817.ETA_24040+
465817.ETA_17720+
465817.ETA_23700+
465817.ETA_15580+
465817.ETA_19900+
465817.ETA_13370+
465817.ETA_02520+
465817.ETA_24510+
465817.ETA_34720(>)
465817.ETA_32600+
465817.ETA_28600+
465817.ETA_18910(+)(mitochondrial)
465817.ETA_09340+
465817.ETA_28770(+)(mitochondrial)
465817.ETA_15370+
465817.ETA_33240(+)(>)
465817.ETA_03460(<)
465817.ETA_26340+
465817.ETA_25250+
465817.ETA_22130(PF06941)
465817.ETA_16050(+)(ER)
465817.ETA_06770+
465817.ETA_05850+
465817.ETA_07580+
465817.ETA_17090(PF14328)
465817.ETA_31340+
465817.ETA_26800+
465817.ETA_22830+
465817.ETA_26110+
465817.ETA_19100+
465817.ETA_15490+
465817.ETA_10270+
465817.ETA_19070+
465817.ETA_06180+
465817.ETA_26330+
465817.ETA_27030+
465817.ETA_23860(+)(plastid)
465817.ETA_27690+
465817.ETA_17390+
465817.ETA_11240+
465817.ETA_10460+
465817.ETA_17600+
465817.ETA_06590+
465817.ETA_32170(<)
465817.ETA_18060(+)(>)
465817.ETA_13880+
465817.ETA_23040+
465817.ETA_08250(+)(plastid)
465817.ETA_07370(+)(mitochondrial)
465817.ETA_13710(>)
465817.ETA_20880+
465817.ETA_24300+
465817.ETA_20310+
465817.ETA_20160+
465817.ETA_14230(+)(plastid)
465817.ETA_15610+
465817.ETA_03670+
465817.ETA_20430+
465817.ETA_34760(<)
465817.ETA_13700+
465817.ETA_30730(>)
465817.ETA_19370(+)(mitochondrial)
465817.ETA_16080(PF10908)
465817.ETA_26780+
465817.ETA_14480+
465817.ETA_10390+
465817.ETA_31110+
465817.ETA_23440+
465817.ETA_22790+
465817.ETA_21970+
465817.ETA_29050+
465817.ETA_20330+
465817.ETA_09220+
465817.ETA_18090+
465817.ETA_05480+
465817.ETA_15270+
465817.ETA_01870+
465817.ETA_22010+
465817.ETA_00270+
465817.ETA_32730+
465817.ETA_10820(<)
465817.ETA_02320+
465817.ETA_14850+
465817.ETA_24230+
465817.ETA_05370+
465817.ETA_32930+
465817.ETA_21020+
465817.ETA_18930(+)(plastid)
465817.ETA_19970+
465817.ETA_04760+
465817.ETA_23170+
465817.ETA_06330+
465817.ETA_28390+
465817.ETA_11980+
465817.ETA_30270PF06597
465817.ETA_09800+
465817.ETA_01920(>)
465817.ETA_02900+
465817.ETA_22180(PF06941)not used
465817.ETA_27050+
465817.ETA_24750+
465817.ETA_09900(>)
465817.ETA_30260PF06597
465817.ETA_33080+
465817.ETA_30680+
465817.ETA_04530+
465817.ETA_26830(PF07720)
465817.ETA_28660(PF00577)
465817.ETA_32820+
465817.ETA_34320(>)
465817.ETA_04500(>)
465817.ETA_26230+
465817.ETA_06260+
465817.ETA_03190+
465817.ETA_10940+
465817.ETA_11740+
465817.ETA_04520+
465817.ETA_30840(>)
465817.ETA_08080(+)(plastid)
465817.ETA_04640(>)
465817.ETA_22230(+)(mitochondrial)
465817.ETA_06270+
465817.ETA_22590(+)+
465817.ETA_30330+
465817.ETA_25360(>)
465817.ETA_18200+
465817.ETA_14790(+)+
465817.ETA_18970(PF07720)
465817.ETA_14060+
465817.ETA_32970+
465817.ETA_27700+
465817.ETA_23280(<)
465817.ETA_34060+
465817.ETA_12360+
465817.ETA_26540(+)+
465817.ETA_07670+
465817.ETA_20390+
465817.ETA_34110(<)
465817.ETA_12770(>)
465817.ETA_04470+
465817.ETA_34240(+)(mitochondrial)
465817.ETA_26630+
465817.ETA_08370(PF10908)
465817.ETA_34810(>)
465817.ETA_08570+
465817.ETA_22700+
465817.ETA_15200+
465817.ETA_34360(+)+
465817.ETA_02720+
465817.ETA_20380(+)(plastid)
465817.ETA_05390+
465817.ETA_34480(+)(mitochondrial)
465817.ETA_34590(+)(mitochondrial)
465817.ETA_06530(PF00577)
465817.ETA_21730+
465817.ETA_16460+
465817.ETA_19590+
465817.ETA_26360(+)
465817.ETA_03220(+)
465817.ETA_02440(+)
465817.ETA_20280(+)
465817.ETA_02060(+)
465817.ETA_31210(+)
465817.ETA_15340(+)
465817.ETA_19870(+)
465817.ETA_15010(+)
465817.ETA_25180(+)
465817.ETA_05460(+)
465817.ETA_12810(+)
465817.ETA_07230(+)
465817.ETA_34610(+)
465817.ETA_31230(+)
465817.ETA_05880(+)
465817.ETA_13400(+)
465817.ETA_06740(+)
465817.ETA_27960(+)
465817.ETA_21100(+)
465817.ETA_03970(+)
465817.ETA_29730(+)
465817.ETA_31220(+)
465817.ETA_11260(+)
465817.ETA_07910(+)
465817.ETA_27980(+)
465817.ETA_25900(+)
465817.ETA_06360(+)
465817.ETA_15570(+)
465817.ETA_01340(+)
465817.ETA_00350(+)
465817.ETA_23950(+)
465817.ETA_03020(+)
465817.ETA_08790(+)
465817.ETA_20970(+)
465817.ETA_09570(+)
465817.ETA_05980(+)
465817.ETA_12730(+)
465817.ETA_20370(+)
465817.ETA_07960(+)
465817.ETA_05320(+)
465817.ETA_14140(+)
465817.ETA_08750(+)
465817.ETA_11010(+)
465817.ETA_22580(+)
465817.ETA_21830(+)
465817.ETA_24120(+)
465817.ETA_03470(+)
465817.ETA_04820+
465817.ETA_33710(+)
465817.ETA_26810(+)
465817.ETA_05330(+)
465817.ETA_20770(+)
465817.ETA_07770(+)
465817.ETA_30920(+)
465817.ETA_24280(+)not used
465817.ETA_11730(+)
465817.ETA_01290(+)
465817.ETA_19620(+)
465817.ETA_24670(+)
465817.ETA_05830(+)
465817.ETA_21210(+)
465817.ETA_12400(+)
465817.ETA_34090(+)
465817.ETA_10250(+)
465817.ETA_31380(+)
465817.ETA_25170(+)
465817.ETA_34180(+)
465817.ETA_08670(+)
465817.ETA_19630(+)
465817.ETA_21960(+)
465817.ETA_13480(+)
465817.ETA_24420(+)
465817.ETA_05820(+)
465817.ETA_12570(+)
465817.ETA_05950(+)
465817.ETA_14710(+)
465817.ETA_01020(+)
465817.ETA_23330(+)
465817.ETA_21790(+)
465817.ETA_15260(+)
465817.ETA_03660(+)
465817.ETA_22200(+)
465817.ETA_25990(+)
465817.ETA_13900(+)
465817.ETA_13580(+)
465817.ETA_34770(+)
465817.ETA_00030(+)
465817.ETA_08690(+)
465817.ETA_32920(+)
465817.ETA_32580(+)
465817.ETA_23230(+)
465817.ETA_10340(+)
465817.ETA_08460(+)
465817.ETA_31490(+)
465817.ETA_34740(+)
465817.ETA_23820(+)
465817.ETA_21090(+)
465817.ETA_25640(+)
465817.ETA_09490(+)
465817.ETA_17170(+)
465817.ETA_17350(+)
465817.ETA_30660(+)
465817.ETA_26690(+)
465817.ETA_13030(+)
465817.ETA_14110(+)
465817.ETA_22570(+)
465817.ETA_30870(+)
465817.ETA_33970(+)
465817.ETA_26990(+)
465817.ETA_08500(+)
465817.ETA_27110(+)
465817.ETA_33740(+)
465817.ETA_12060(+)
465817.ETA_10210(+)
465817.ETA_31630(+)
465817.ETA_03400(+)
465817.ETA_27660(+)
465817.ETA_15470(+)
465817.ETA_00180(+)
465817.ETA_23580(+)
465817.ETA_32680(+)
465817.ETA_13550(+)
465817.ETA_09270(+)
465817.ETA_01450(+)
465817.ETA_07620(+)
465817.ETA_06460(+)
465817.ETA_34200(+)
465817.ETA_09580(+)
465817.ETA_34330(+)
465817.ETA_28460(+)
465817.ETA_31150(+)
465817.ETA_11080(+)
465817.ETA_26170(+)
465817.ETA_22720(+)
465817.ETA_23370(+)
465817.ETA_18570(+)
465817.ETA_00080(+)
465817.ETA_05430(+)
465817.ETA_01030(+)
465817.ETA_27040(+)
465817.ETA_33310(+)
465817.ETA_14920(+)
465817.ETA_01280(+)
465817.ETA_34620(+)
465817.ETA_14450(+)
465817.ETA_18960(+)
465817.ETA_07360(+)
465817.ETA_15230(+)
465817.ETA_00090(+)
465817.ETA_33890(+)
465817.ETA_05730(+)
465817.ETA_19230(+)
465817.ETA_21850(+)
465817.ETA_00700(+)
465817.ETA_04060(+)
465817.ETA_11950(+)
465817.ETA_08950(+)
465817.ETA_19430(+)
465817.ETA_16520(+)
465817.ETA_19560(+)
465817.ETA_16020(+)
465817.ETA_05280(+)
465817.ETA_08760(+)
465817.ETA_12920(+)
465817.ETA_18590(+)
465817.ETA_29600(+)
465817.ETA_21440(+)
465817.ETA_01040(+)
465817.ETA_20670(+)
465817.ETA_17440(+)
465817.ETA_33440(+)
465817.ETA_07140(+)
465817.ETA_15330(+)
465817.ETA_21660(+)
465817.ETA_14420(+)
465817.ETA_11940(+)
465817.ETA_02040(+)
465817.ETA_30230(+)
465817.ETA_32520(+)
465817.ETA_31300(+)
465817.ETA_01380(+)
465817.ETA_21490(+)
465817.ETA_20700(+)
465817.ETA_26060(+)
465817.ETA_26530(+)
465817.ETA_22670(+)
465817.ETA_16310(+)
465817.ETA_12790(+)
465817.ETA_26370(+)
465817.ETA_34670(+)
465817.ETA_06890(+)
465817.ETA_07660(+)
465817.ETA_26940(+)
465817.ETA_06720(+)
465817.ETA_31570(+)
465817.ETA_17200(+)
465817.ETA_30480(+)
465817.ETA_04440(+)
465817.ETA_18310(+)
465817.ETA_13250(+)
465817.ETA_28820(+)
465817.ETA_16640(+)
465817.ETA_28750(+)not used
465817.ETA_08700(+)
465817.ETA_13460(+)
465817.ETA_18210(+)
465817.ETA_00110(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 2.3 (23/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================