Effective results for Escherichia coli ATCC 8739 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 625
- Predicted by EffectiveT3: 187 (high confidence), 242 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 35 within, 24 before, 35 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 93
- Predicted by EffectiveELD: 17 eukaryotic-like domains, contained in 69 proteins (18 high, 51 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
481805.EcolC_3358	+		+		(mitochondrial); (plastid)
481805.EcolC_0749		+		(PF01276) (PF03711)	(plastid)
481805.EcolC_2958		(>)			ER
481805.EcolC_4285				(PF03222)	(ER)
481805.EcolC_3173			+		ER
481805.EcolC_3171	+			PF03400	(plastid)
481805.EcolC_3602		(<)			ER
481805.EcolC_1827		+			ER
481805.EcolC_1695	+				(ER)
481805.EcolC_2429				(PF01204)	ER
481805.EcolC_4078				(PF05708)	ER
481805.EcolC_0603		+			ER
481805.EcolC_2638	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_0014	+				mitochondrial; (mitochondrial)
481805.EcolC_1729				(PF03222)	ER; (ER)
481805.EcolC_1052		+			ER; (ER)
481805.EcolC_4065				(PF01228)	(mitochondrial)
481805.EcolC_2884			+		ER
481805.EcolC_4121			+		ER
481805.EcolC_0727			+		ER
481805.EcolC_0620				(PF01204)	ER
481805.EcolC_0105	+				(ER)
481805.EcolC_1182			+		ER
481805.EcolC_2514			+		(mitochondrial); (plastid)
481805.EcolC_1803		(>)			ER
481805.EcolC_2207			+		(mitochondrial)
481805.EcolC_3127			+		ER
481805.EcolC_0273			+		mitochondrial; (mitochondrial)
481805.EcolC_0471		(>)			ER
481805.EcolC_1472			+		(ER); ER
481805.EcolC_3838			+		ER
481805.EcolC_1255		+			ER
481805.EcolC_1895			+		ER; (ER)
481805.EcolC_1099	+				ER
481805.EcolC_2238			+		ER
481805.EcolC_3461		+			ER
481805.EcolC_3466				(PF05708)	ER
481805.EcolC_0268			+		ER
481805.EcolC_0265		(>)			ER
481805.EcolC_2750	+				(mitochondrial); (plastid)
481805.EcolC_0211		+			ER
481805.EcolC_3255		(>)			ER
481805.EcolC_0074	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_0525			+		ER
481805.EcolC_0526		(<)			(ER); (mitochondrial)
481805.EcolC_3162		(>)			ER
481805.EcolC_0700		(<)			(ER)
481805.EcolC_0899		+			ER
481805.EcolC_2029		+			ER
481805.EcolC_0144			+		ER
481805.EcolC_2026			+		ER
481805.EcolC_4171			+		ER
481805.EcolC_0662			+		ER
481805.EcolC_1930		+			(mitochondrial)
481805.EcolC_0537				(PF03222)	(ER); ER
481805.EcolC_1427		(>)			mitochondrial
481805.EcolC_1119			+		ER
481805.EcolC_3460	+				mitochondrial
481805.EcolC_0883		(<)			(ER)
481805.EcolC_3272	+				ER
481805.EcolC_0507			+		ER
481805.EcolC_1122			+		(ER)
481805.EcolC_2915			+		ER
481805.EcolC_1171			+		ER
481805.EcolC_1939		(>)			(ER)
481805.EcolC_3185	+			PF03400	(plastid)
481805.EcolC_2531		(>)			mitochondrial
481805.EcolC_2295	(+)		+		ER
481805.EcolC_3712			+		ER
481805.EcolC_2593				(PF00328)	ER
481805.EcolC_1714		+			(ER)
481805.EcolC_2616				(PF00328)	ER
481805.EcolC_0382			+		ER
481805.EcolC_3482		(>)			ER
481805.EcolC_3893	+			PF03400	(plastid)
481805.EcolC_3621		+			(ER)
481805.EcolC_0978	+			PF03400
481805.EcolC_1958	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_3170	+			PF03400
481805.EcolC_0436	(+)				(mitochondrial); mitochondrial
481805.EcolC_0153		(<)
481805.EcolC_3958	+		+
481805.EcolC_2556	(+)				ER
481805.EcolC_2099	+				plastid
481805.EcolC_2963				(PF01276) (PF03711)
481805.EcolC_0013		+			(plastid)
481805.EcolC_1612	+			PF03400
481805.EcolC_3370	+				(plastid)
481805.EcolC_2883	+			PF03400
481805.EcolC_2714	+			PF03400
481805.EcolC_1443	+	+
481805.EcolC_1667				(PF05593)	(mitochondrial)
481805.EcolC_1743			+		(mitochondrial)
481805.EcolC_0927	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_3360	+				(plastid)
481805.EcolC_3632	+			PF03400
481805.EcolC_3636	+				(plastid)
481805.EcolC_0582	+			(PF03222)
481805.EcolC_2768		(<)	+
481805.EcolC_2377	(+)	+	+
481805.EcolC_1336	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_0357	+	(>)
481805.EcolC_0855	+			PF03400
481805.EcolC_0593		(>)			(mitochondrial)
481805.EcolC_3643	(+)				ER
481805.EcolC_3910				(PF01276) (PF03711)
481805.EcolC_3821	+		+
481805.EcolC_4050	(+)				mitochondrial
481805.EcolC_3369	+	+
481805.EcolC_2200	+			PF03400
481805.EcolC_2345	+				(plastid)
481805.EcolC_3346	+			PF03400
481805.EcolC_2831	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_0270	+			PF03400
481805.EcolC_3839	+		+
481805.EcolC_3832	+	+
481805.EcolC_2237	+				(plastid)
481805.EcolC_0870	(+)			(PF03222)	(ER)
481805.EcolC_4111		(<)			(plastid)
481805.EcolC_4208	+				(ER)
481805.EcolC_3665		(>)			(mitochondrial)
481805.EcolC_1131	+				(plastid)
481805.EcolC_1271	+				plastid
481805.EcolC_3474				(PF01276) (PF03711)
481805.EcolC_1786	+				plastid
481805.EcolC_0416			+		(mitochondrial)
481805.EcolC_1418				(PF02415)	(plastid)
481805.EcolC_0145			+		(mitochondrial)
481805.EcolC_1337	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_2872	+			PF03400
481805.EcolC_2657	(+)				ER
481805.EcolC_1106	(+)				ER
481805.EcolC_3739	+				(plastid)
481805.EcolC_3182	(+)				ER
481805.EcolC_0169	(+)				(ER)
481805.EcolC_0592		+			(mitochondrial)
481805.EcolC_3858		+			(mitochondrial)
481805.EcolC_2454	+			PF03400
481805.EcolC_1971	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_0178	+				(ER)
481805.EcolC_1570	+			PF03400
481805.EcolC_2594	+		+
481805.EcolC_1716	+				plastid
481805.EcolC_2289	+	(<)
481805.EcolC_4261		(<)	+
481805.EcolC_3881	+			PF03400
481805.EcolC_2902	+				(mitochondrial)
481805.EcolC_1816	+			PF03400
481805.EcolC_1037			+		(mitochondrial)
481805.EcolC_3896				(PF01276) (PF03711)
481805.EcolC_0818			+
481805.EcolC_4048	+
481805.EcolC_3986		+
481805.EcolC_2955	(+)			(PF05593)
481805.EcolC_2953				(PF05593)
481805.EcolC_3772	+
481805.EcolC_3147	+
481805.EcolC_3605	+
481805.EcolC_0552	+
481805.EcolC_1736	+
481805.EcolC_1608			+
481805.EcolC_2428				(PF05524)
481805.EcolC_2427	+
481805.EcolC_2189		(<)
481805.EcolC_2385	+
481805.EcolC_2095	+
481805.EcolC_2090		(<)
481805.EcolC_0800	+
481805.EcolC_4073	+
481805.EcolC_2895	+
481805.EcolC_0944		+
481805.EcolC_0496	+
481805.EcolC_1942		+
481805.EcolC_2966	+
481805.EcolC_0705				(PF03738)
481805.EcolC_0709	+
481805.EcolC_1831	+
481805.EcolC_1836	+
481805.EcolC_1837	+
481805.EcolC_0120	(+)			(PF05593)
481805.EcolC_2709	+
481805.EcolC_0234	(+)			(PF05593)
481805.EcolC_3557	+
481805.EcolC_3941				(PF00834)
481805.EcolC_1058	+
481805.EcolC_1056		+
481805.EcolC_1610		+
481805.EcolC_3550			+
481805.EcolC_2398		(<)
481805.EcolC_3558		(<)
481805.EcolC_0951			+
481805.EcolC_0954	(+)				(plastid)
481805.EcolC_4068				(PF05524)
481805.EcolC_3373	+
481805.EcolC_3376	+
481805.EcolC_0482	+
481805.EcolC_3116			+
481805.EcolC_0719		(<)
481805.EcolC_3627	+
481805.EcolC_2719	(+)				(plastid)
481805.EcolC_1286				(PF05524)
481805.EcolC_3979	+
481805.EcolC_3971	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_3970		+
481805.EcolC_1262				(PF05524)
481805.EcolC_1265	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_1062		(>)
481805.EcolC_2576	+
481805.EcolC_2166	+
481805.EcolC_2362	+
481805.EcolC_0923	+
481805.EcolC_3297	+
481805.EcolC_3291		(<)
481805.EcolC_2182	+
481805.EcolC_2186	(+)		+
481805.EcolC_3362	+
481805.EcolC_3361	+
481805.EcolC_3367	+
481805.EcolC_3564	+
481805.EcolC_0035	+
481805.EcolC_0584				(PF01228)
481805.EcolC_2764	+
481805.EcolC_1458	(+)				(ER)
481805.EcolC_1459	(+)				(ER)
481805.EcolC_1295	+
481805.EcolC_3963	+
481805.EcolC_1187	+
481805.EcolC_1075			+
481805.EcolC_1077	(+)	+
481805.EcolC_0859		(>)
481805.EcolC_0853	+
481805.EcolC_3359			+
481805.EcolC_0192		(<)
481805.EcolC_4136	+
481805.EcolC_0739	(+)		+
481805.EcolC_0029	+
481805.EcolC_1514	+
481805.EcolC_4271		(<)
481805.EcolC_0201		(>)
481805.EcolC_0445	+
481805.EcolC_1466	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_1886	(+)				plastid
481805.EcolC_1640		(<)
481805.EcolC_1647		(>)
481805.EcolC_1648				(PF00834)
481805.EcolC_3828			+
481805.EcolC_4013	+
481805.EcolC_3827				(PF03738)
481805.EcolC_3826	+
481805.EcolC_0571	+
481805.EcolC_1084			+
481805.EcolC_2518	+
481805.EcolC_2517	+
481805.EcolC_2513			+
481805.EcolC_2201				(PF05593)
481805.EcolC_2342	+
481805.EcolC_1258	+
481805.EcolC_0901	+
481805.EcolC_0907			+
481805.EcolC_0572			+
481805.EcolC_4107			+
481805.EcolC_3124	+
481805.EcolC_0057	+
481805.EcolC_0474	+
481805.EcolC_1658			+
481805.EcolC_1477	+
481805.EcolC_3102	(+)				(plastid)
481805.EcolC_1253		(>)
481805.EcolC_1653				(PF05593)
481805.EcolC_2695		(>)
481805.EcolC_2693				(PF01228)
481805.EcolC_2523	+
481805.EcolC_2522	+
481805.EcolC_2525	+
481805.EcolC_1098				(PF01228)
481805.EcolC_0872	(+)		+
481805.EcolC_0916	+
481805.EcolC_0911	+
481805.EcolC_3742			+
481805.EcolC_3331			+
481805.EcolC_3339		(>)
481805.EcolC_3338		(>)
481805.EcolC_2821				(PF01228)
481805.EcolC_3241	+
481805.EcolC_4231		+
481805.EcolC_0046		+
481805.EcolC_0048	+
481805.EcolC_1794	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_1308	+
481805.EcolC_1798	+
481805.EcolC_0460			+
481805.EcolC_0213	+
481805.EcolC_2682	(+)	+
481805.EcolC_1984	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_2328		(<)
481805.EcolC_4178	+
481805.EcolC_0861	+
481805.EcolC_0863	(+)			(PF07720)
481805.EcolC_3383	+
481805.EcolC_2034	+
481805.EcolC_3618			+
481805.EcolC_3259		+
481805.EcolC_3493	+
481805.EcolC_3079				(PF05593)
481805.EcolC_3070	+
481805.EcolC_0676			+
481805.EcolC_0327				(PF00834)
481805.EcolC_0326			+
481805.EcolC_0521	+
481805.EcolC_0529		(<)
481805.EcolC_1305		(>)
481805.EcolC_2785	(+)		+
481805.EcolC_1240		(>)
481805.EcolC_2256	+
481805.EcolC_2336			+
481805.EcolC_3446	+
481805.EcolC_3445	+
481805.EcolC_0669	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_0660				(PF03738)
481805.EcolC_3043	+
481805.EcolC_4150			+
481805.EcolC_0082				(PF01501)
481805.EcolC_0083				(PF01501)
481805.EcolC_0084				(PF06176)
481805.EcolC_0085				(PF01501)
481805.EcolC_4151	+
481805.EcolC_1331	+
481805.EcolC_1681	+
481805.EcolC_0226	+
481805.EcolC_0227	+
481805.EcolC_2252		(>)
481805.EcolC_2244	+
481805.EcolC_2301	+
481805.EcolC_0301	+
481805.EcolC_0886				(PF05524)
481805.EcolC_0247	+
481805.EcolC_0173	+
481805.EcolC_2017	(+)	(<)
481805.EcolC_4115	+
481805.EcolC_3300			+
481805.EcolC_3275		(>)
481805.EcolC_3450	+
481805.EcolC_3057	+
481805.EcolC_0963	+
481805.EcolC_3699	+
481805.EcolC_3690		(>)
481805.EcolC_1433			+
481805.EcolC_0550	+
481805.EcolC_1748	(+)				plastid
481805.EcolC_2271	+
481805.EcolC_0547	+
481805.EcolC_2007		+
481805.EcolC_0689		(>)
481805.EcolC_2862		+
481805.EcolC_2861	+
481805.EcolC_3204	+
481805.EcolC_3203	+
481805.EcolC_2910	+
481805.EcolC_3420	+
481805.EcolC_4081	(+)			(PF05593)
481805.EcolC_1499	+
481805.EcolC_2647			+
481805.EcolC_1595		(>)
481805.EcolC_0517			+
481805.EcolC_1774	(+)				(plastid)
481805.EcolC_1770				(PF05708)
481805.EcolC_1926	+
481805.EcolC_2264	(+)				(ER)
481805.EcolC_0544	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_2462	+
481805.EcolC_2070	+
481805.EcolC_3930	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_1223	+
481805.EcolC_2101			+
481805.EcolC_1704	(+)				(mitochondrial)
481805.EcolC_1900	+
481805.EcolC_3720	+
481805.EcolC_0745	+
481805.EcolC_0185	(+)				(plastid)
481805.EcolC_0294				(PF05189)
481805.EcolC_0631			+
481805.EcolC_2585	(+)				(ER)
481805.EcolC_2494			+
481805.EcolC_3139			+
481805.EcolC_2297	+
481805.EcolC_2743		+
481805.EcolC_3980		+
481805.EcolC_1147		(>)
481805.EcolC_2061			+
481805.EcolC_2117	+
481805.EcolC_3224		(>)
481805.EcolC_2930	+
481805.EcolC_2846			+
481805.EcolC_4225		(>)
481805.EcolC_4221	+				not used
481805.EcolC_0628	+
481805.EcolC_1970			+
481805.EcolC_0198				(PF01204)
481805.EcolC_0176				(PF03222)
481805.EcolC_1801			+
481805.EcolC_1025	+
481805.EcolC_1620			+
481805.EcolC_1626	(+)				(ER)
481805.EcolC_1108		(>)
481805.EcolC_0565	+
481805.EcolC_2058			+
481805.EcolC_4195			+
481805.EcolC_2529	+
481805.EcolC_3096			+
481805.EcolC_4051		(>)
481805.EcolC_3099	(+)	(<)
481805.EcolC_4291	(+)				(plastid)
481805.EcolC_2600		(>)
481805.EcolC_0962	+
481805.EcolC_3708	+
481805.EcolC_3703	+
481805.EcolC_0194	+
481805.EcolC_0147			+
481805.EcolC_1490	+
481805.EcolC_1569	+
481805.EcolC_1366	+
481805.EcolC_2724	+
481805.EcolC_0380	(+)		+
481805.EcolC_1032	+
481805.EcolC_2439		(<)
481805.EcolC_2437			+
481805.EcolC_2294		+
481805.EcolC_3891		(<)
481805.EcolC_3894	+
481805.EcolC_0982	+
481805.EcolC_2131	+
481805.EcolC_2133	+
481805.EcolC_2615	+
481805.EcolC_3973	(+)
481805.EcolC_2457	(+)
481805.EcolC_3553	(+)
481805.EcolC_3176	(+)
481805.EcolC_0435	(+)
481805.EcolC_2737	(+)
481805.EcolC_0399	(+)
481805.EcolC_1048	(+)
481805.EcolC_1044	(+)
481805.EcolC_2559	(+)
481805.EcolC_4280	(+)
481805.EcolC_0806	(+)
481805.EcolC_4079	(+)
481805.EcolC_4074	(+)
481805.EcolC_1944	(+)
481805.EcolC_1946	(+)
481805.EcolC_1947	(+)
481805.EcolC_3761	(+)
481805.EcolC_2968	(+)
481805.EcolC_0707	(+)
481805.EcolC_3613	(+)
481805.EcolC_1543	(+)
481805.EcolC_1724	(+)
481805.EcolC_2565	(+)
481805.EcolC_2394	(+)
481805.EcolC_2089	(+)
481805.EcolC_3289	(+)
481805.EcolC_0486	(+)
481805.EcolC_2970	(+)
481805.EcolC_2626	(+)
481805.EcolC_2620	(+)
481805.EcolC_2622	(+)
481805.EcolC_4244	(+)
481805.EcolC_1061	(+)
481805.EcolC_2575	(+)
481805.EcolC_3697	(+)
481805.EcolC_3929	(+)
481805.EcolC_0821	(+)
481805.EcolC_0827	(+)
481805.EcolC_0925	(+)
481805.EcolC_3366	(+)
481805.EcolC_4125	(+)
481805.EcolC_3588	(+)
481805.EcolC_1851	(+)
481805.EcolC_3637	(+)
481805.EcolC_0034	(+)
481805.EcolC_2762	(+)
481805.EcolC_1670	(+)
481805.EcolC_1189	(+)
481805.EcolC_2372	(+)
481805.EcolC_2374	(+)
481805.EcolC_4005	(+)
481805.EcolC_2197	(+)
481805.EcolC_2991	(+)
481805.EcolC_3131	(+)
481805.EcolC_3130	(+)
481805.EcolC_0734	(+)
481805.EcolC_0735	(+)
481805.EcolC_0590	(+)
481805.EcolC_0028	(+)
481805.EcolC_0111	(+)
481805.EcolC_1248	(+)
481805.EcolC_1884	(+)
481805.EcolC_3825	(+)
481805.EcolC_1085	(+)
481805.EcolC_2340	(+)
481805.EcolC_0840	(+)
481805.EcolC_4032	(+)
481805.EcolC_3344	(+)
481805.EcolC_3909	(+)
481805.EcolC_0691	(+)
481805.EcolC_3016	(+)
481805.EcolC_0051	(+)
481805.EcolC_2740	(+)
481805.EcolC_1475	(+)
481805.EcolC_1897	(+)
481805.EcolC_1651	(+)
481805.EcolC_2284	(+)
481805.EcolC_2236	(+)
481805.EcolC_2449	(+)
481805.EcolC_4206	(+)
481805.EcolC_0681	(+)
481805.EcolC_3799	(+)
481805.EcolC_3794	(+)
481805.EcolC_3666	(+)
481805.EcolC_3668	(+)
481805.EcolC_1408	(+)
481805.EcolC_1226	(+)
481805.EcolC_0217	(+)
481805.EcolC_2688	(+)
481805.EcolC_0212	(+)
481805.EcolC_1139	(+)
481805.EcolC_2324	(+)
481805.EcolC_0864	(+)
481805.EcolC_3440	(+)
481805.EcolC_4166	(+)
481805.EcolC_3253	(+)
481805.EcolC_3078	(+)
481805.EcolC_3781	(+)
481805.EcolC_3785	(+)
481805.EcolC_3676	(+)
481805.EcolC_1416	(+)
481805.EcolC_3925	(+)
481805.EcolC_1128	(+)
481805.EcolC_2257	(+)
481805.EcolC_2338	(+)
481805.EcolC_3311	(+)
481805.EcolC_2801	(+)
481805.EcolC_0793	(+)
481805.EcolC_0068	(+)
481805.EcolC_3044	(+)
481805.EcolC_0086	(+)
481805.EcolC_3684	(+)
481805.EcolC_1931	(+)
481805.EcolC_1423	(+)
481805.EcolC_1682	(+)
481805.EcolC_2790	(+)
481805.EcolC_2792	(+)
481805.EcolC_4256	(+)
481805.EcolC_3090	(+)
481805.EcolC_2309	(+)
481805.EcolC_2307	(+)
481805.EcolC_0533	(+)
481805.EcolC_0881	(+)
481805.EcolC_0884	(+)
481805.EcolC_2823	(+)
481805.EcolC_4112	(+)
481805.EcolC_3303	(+)
481805.EcolC_0305	(+)
481805.EcolC_4149	(+)
481805.EcolC_2904	(+)
481805.EcolC_3455	(+)
481805.EcolC_4094	(+)
481805.EcolC_0961	(+)
481805.EcolC_3698	(+)
481805.EcolC_1107	(+)
481805.EcolC_1210	(+)
481805.EcolC_4260	(+)
481805.EcolC_1813	(+)
481805.EcolC_3060	(+)
481805.EcolC_3196	(+)
481805.EcolC_1929	(+)
481805.EcolC_2756	(+)
481805.EcolC_2268	(+)
481805.EcolC_1008	(+)
481805.EcolC_2460	(+)
481805.EcolC_1925	(+)
481805.EcolC_4270	(+)
481805.EcolC_1222	(+)
481805.EcolC_2106	(+)
481805.EcolC_4088	(+)
481805.EcolC_1702	(+)
481805.EcolC_2927	(+)
481805.EcolC_0981	(+)
481805.EcolC_1909	(+)
481805.EcolC_3508	(+)
481805.EcolC_0165	(+)
481805.EcolC_0562	(+)
481805.EcolC_1347	(+)
481805.EcolC_2587	(+)
481805.EcolC_1167	(+)
481805.EcolC_1766	(+)
481805.EcolC_1767	(+)
481805.EcolC_1868	(+)
481805.EcolC_2118	(+)
481805.EcolC_2840	(+)
481805.EcolC_3086	(+)
481805.EcolC_0560	(+)
481805.EcolC_3719	(+)
481805.EcolC_0753	(+)
481805.EcolC_2663	(+)
481805.EcolC_0418	(+)
481805.EcolC_1809	(+)
481805.EcolC_2596	(+)
481805.EcolC_2592	(+)
481805.EcolC_1719	(+)
481805.EcolC_2778	(+)
481805.EcolC_2779	(+)
481805.EcolC_1028	(+)
481805.EcolC_1621	(+)
481805.EcolC_4144	(+)
481805.EcolC_0569	(+)
481805.EcolC_2120	(+)
481805.EcolC_1243	(+)
481805.EcolC_1961	(+)
481805.EcolC_1968	(+)
481805.EcolC_0368	(+)
481805.EcolC_1568	(+)
481805.EcolC_1566	(+)
481805.EcolC_2723	(+)
481805.EcolC_0615	(+)
481805.EcolC_3875	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.0 (10/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.125 (1/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================