Effective results for Providencia rustigianii DSM 4541 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 721
- Predicted by EffectiveT3: 171 (high confidence), 272 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 34 within, 45 before, 50 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 149
- Predicted by EffectiveELD: 12 eukaryotic-like domains, contained in 64 proteins (6 high, 58 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
500637.PROVRUST_07186++ER
500637.PROVRUST_05304+(PF00577)ER
500637.PROVRUST_06311+(ER)
500637.PROVRUST_05747+(PF00345)ER
500637.PROVRUST_05046(>)(PF00577)(ER)
500637.PROVRUST_06669(PF07678)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_04587(>)ER
500637.PROVRUST_06930+ER
500637.PROVRUST_06396+ER
500637.PROVRUST_06651+ER
500637.PROVRUST_04894+ER
500637.PROVRUST_08085(PF00577)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08086(PF00345)ER
500637.PROVRUST_08087(<)ER
500637.PROVRUST_05905(PF00345)(mitochondrial); plastid
500637.PROVRUST_08174(>)ER
500637.PROVRUST_05901(PF00345)(ER)
500637.PROVRUST_06903(<)(ER)
500637.PROVRUST_08043(+)+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08047(>)ER
500637.PROVRUST_06015+ER
500637.PROVRUST_05028+ER
500637.PROVRUST_05023+(ER)
500637.PROVRUST_04864+ER
500637.PROVRUST_04869+(mitochondrial); mitochondrial
500637.PROVRUST_06389+ER
500637.PROVRUST_06820+ER; (ER)
500637.PROVRUST_07994(PF00345)ER
500637.PROVRUST_07991(PF00345)ER
500637.PROVRUST_04694(>)ER
500637.PROVRUST_07356+ER
500637.PROVRUST_06222+ER
500637.PROVRUST_07775+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08406(>)ER
500637.PROVRUST_07615(>)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_04985(<)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05281+ER
500637.PROVRUST_07506(PF03222)ER
500637.PROVRUST_05584+ER
500637.PROVRUST_04667+ER
500637.PROVRUST_07692(<)ER
500637.PROVRUST_06109(PF00345)ER
500637.PROVRUST_06108+ER
500637.PROVRUST_07183+(ER)
500637.PROVRUST_07187+(ER)
500637.PROVRUST_05005+ER
500637.PROVRUST_07992(PF00577)ER
500637.PROVRUST_07163+ER
500637.PROVRUST_04991(PF03222)(ER)
500637.PROVRUST_07887+ER
500637.PROVRUST_05128+ER
500637.PROVRUST_06110(PF00577)ER
500637.PROVRUST_05011(PF00577)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05305(PF00345)ER
500637.PROVRUST_05833++plastid
500637.PROVRUST_05838(<)ER
500637.PROVRUST_04948+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06781+(ER)
500637.PROVRUST_07963+(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_08028+ER
500637.PROVRUST_05578+mitochondrial; (mitochondrial)
500637.PROVRUST_05900(>)ER
500637.PROVRUST_08306+ER
500637.PROVRUST_08011+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07311(<)ER
500637.PROVRUST_04566+ER
500637.PROVRUST_08009+ER
500637.PROVRUST_08001(PF00577)ER
500637.PROVRUST_04809(PF00345)ER
500637.PROVRUST_07176+ER
500637.PROVRUST_05687+ER
500637.PROVRUST_06098(<)(ER)
500637.PROVRUST_07687(PF00577)ER
500637.PROVRUST_07686(PF00345)ER
500637.PROVRUST_07681(PF00345)ER
500637.PROVRUST_05460+ER
500637.PROVRUST_06208+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05761(>)ER
500637.PROVRUST_05694(>)ER
500637.PROVRUST_07200+ER
500637.PROVRUST_05234(>)ER
500637.PROVRUST_04908(>)ER
500637.PROVRUST_04905(>)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07694+ER
500637.PROVRUST_08062(PF00345)ER
500637.PROVRUST_08065(PF00345)(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_06531+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07076+(PF00102)(plastid)
500637.PROVRUST_07244+ER
500637.PROVRUST_08059(PF00345)ER
500637.PROVRUST_04877+ER
500637.PROVRUST_07482(>)(ER); ER
500637.PROVRUST_07635+ER
500637.PROVRUST_05748(PF00577)ER
500637.PROVRUST_07265+ER
500637.PROVRUST_07264(>)ER
500637.PROVRUST_05271(<)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08041+ER
500637.PROVRUST_05730(PF00345)ER
500637.PROVRUST_05737(PF00345)ER
500637.PROVRUST_05739+ER
500637.PROVRUST_05738(PF00577)ER
500637.PROVRUST_05907+(PF00577)(ER)
500637.PROVRUST_07278+ER
500637.PROVRUST_07018(<)ER; (ER)
500637.PROVRUST_05884(PF00345)ER
500637.PROVRUST_08071(>)mitochondrial; (mitochondrial)
500637.PROVRUST_06862(PF00345)ER
500637.PROVRUST_07246(PF13207)ER
500637.PROVRUST_06466+ER
500637.PROVRUST_05076+ER
500637.PROVRUST_05893(<)(PF00345)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07639(+)ER
500637.PROVRUST_06928++not used
500637.PROVRUST_06078+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06500(>)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07387+(plastid)
500637.PROVRUST_05282(<)(mitochondrial); not used
500637.PROVRUST_08437+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07622(<)+
500637.PROVRUST_06712++
500637.PROVRUST_08554+PF05929not used
500637.PROVRUST_08081+(plastid)
500637.PROVRUST_05333++
500637.PROVRUST_08418(>)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06221(+)ER; (ER)
500637.PROVRUST_05321+plastid
500637.PROVRUST_06582(+)(<)(mitochondrial); not used
500637.PROVRUST_08199(+)ER; (ER)
500637.PROVRUST_08357(<)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05620(<)(ER); not used
500637.PROVRUST_06689+(plastid)
500637.PROVRUST_06979++
500637.PROVRUST_08033+(PF03222)
500637.PROVRUST_05638(+)(ER)
500637.PROVRUST_06275+(<)not used
500637.PROVRUST_05157+(ER)
500637.PROVRUST_04550+(PF03222)
500637.PROVRUST_04555(+)mitochondrial
500637.PROVRUST_07149(PF00577)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05970+(ER)
500637.PROVRUST_05576+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05143++
500637.PROVRUST_05146(>)(ER)
500637.PROVRUST_05780++
500637.PROVRUST_06319(+)ER
500637.PROVRUST_05213+PF00620
500637.PROVRUST_07040+(plastid)
500637.PROVRUST_07049+(ER)
500637.PROVRUST_04968+PF05929
500637.PROVRUST_07439(PF03222)(ER)
500637.PROVRUST_08000(PF00345)(plastid)
500637.PROVRUST_06149(+)(ER)
500637.PROVRUST_05779(+)mitochondrial; plastid
500637.PROVRUST_04572++
500637.PROVRUST_05355(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08335+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07593+(ER)
500637.PROVRUST_04988+(plastid)
500637.PROVRUST_07336+(<)
500637.PROVRUST_05989(+)+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08068(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05091(<)+
500637.PROVRUST_08061(+)+(PF00577)
500637.PROVRUST_05094(+)(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_05097+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05430+(ER); not used
500637.PROVRUST_06180(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06841(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05847(+)ER
500637.PROVRUST_05745(<)ER; not used
500637.PROVRUST_08122(<)+
500637.PROVRUST_06446+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07636+(plastid)
500637.PROVRUST_04606(+)ER; (ER)
500637.PROVRUST_05395++
500637.PROVRUST_06514++
500637.PROVRUST_05657+(>)
500637.PROVRUST_07029(+)(ER); ER
500637.PROVRUST_08444+(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06812+
500637.PROVRUST_07817+
500637.PROVRUST_06925+
500637.PROVRUST_06927+not used
500637.PROVRUST_04628(<)
500637.PROVRUST_06075(+)+
500637.PROVRUST_05661+
500637.PROVRUST_05660+not used
500637.PROVRUST_08100+
500637.PROVRUST_07257+not used
500637.PROVRUST_07429+
500637.PROVRUST_06498+
500637.PROVRUST_05047(PF00345)
500637.PROVRUST_05283+
500637.PROVRUST_06664+
500637.PROVRUST_06665+
500637.PROVRUST_05698+
500637.PROVRUST_07727+
500637.PROVRUST_08544(>)
500637.PROVRUST_08547(>)not used
500637.PROVRUST_08388+
500637.PROVRUST_06715+
500637.PROVRUST_08093+
500637.PROVRUST_05998+
500637.PROVRUST_06803(<)
500637.PROVRUST_08166+
500637.PROVRUST_05826(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05918+
500637.PROVRUST_08169+
500637.PROVRUST_05829+
500637.PROVRUST_06061(+)(plastid)
500637.PROVRUST_04623+
500637.PROVRUST_06619+
500637.PROVRUST_07021(+)(plastid)
500637.PROVRUST_06489+
500637.PROVRUST_06484+not used
500637.PROVRUST_04518+
500637.PROVRUST_04507(+)(plastid)
500637.PROVRUST_05299(<)not used
500637.PROVRUST_06240+
500637.PROVRUST_06658+
500637.PROVRUST_04898+
500637.PROVRUST_04874+
500637.PROVRUST_04870+
500637.PROVRUST_06728+
500637.PROVRUST_06724(>)
500637.PROVRUST_08084+
500637.PROVRUST_07839+
500637.PROVRUST_04640+
500637.PROVRUST_04641+
500637.PROVRUST_05603+
500637.PROVRUST_05605(>)
500637.PROVRUST_05606+
500637.PROVRUST_06013(>)
500637.PROVRUST_08456+
500637.PROVRUST_05117+
500637.PROVRUST_04515+
500637.PROVRUST_06972+
500637.PROVRUST_06235+
500637.PROVRUST_05337+
500637.PROVRUST_05336+
500637.PROVRUST_05332+
500637.PROVRUST_07299+
500637.PROVRUST_07294(<)not used
500637.PROVRUST_07292(+)+
500637.PROVRUST_08414+
500637.PROVRUST_04885(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08563(>)not used
500637.PROVRUST_08567(<)not used
500637.PROVRUST_07875+
500637.PROVRUST_06919+
500637.PROVRUST_08347+
500637.PROVRUST_05610+
500637.PROVRUST_05557+
500637.PROVRUST_06408(>)
500637.PROVRUST_08039+
500637.PROVRUST_07190+
500637.PROVRUST_05039(PF07819)
500637.PROVRUST_05034+
500637.PROVRUST_06223+
500637.PROVRUST_05323+
500637.PROVRUST_06350+not used
500637.PROVRUST_06359+
500637.PROVRUST_07770+
500637.PROVRUST_08408+
500637.PROVRUST_08402+
500637.PROVRUST_07179+
500637.PROVRUST_07178+
500637.PROVRUST_06742+
500637.PROVRUST_05850+
500637.PROVRUST_04983(<)
500637.PROVRUST_04984+
500637.PROVRUST_06586(>)
500637.PROVRUST_08284+not used
500637.PROVRUST_05586(PF00847)
500637.PROVRUST_07982+
500637.PROVRUST_08355+
500637.PROVRUST_06983(>)
500637.PROVRUST_08281+
500637.PROVRUST_06217(+)(PF03222)
500637.PROVRUST_08267+
500637.PROVRUST_05312(<)
500637.PROVRUST_05314+
500637.PROVRUST_06368(>)
500637.PROVRUST_07767+
500637.PROVRUST_07543+
500637.PROVRUST_07167(>)
500637.PROVRUST_04845+
500637.PROVRUST_08506+not used
500637.PROVRUST_04992+
500637.PROVRUST_06590(<)
500637.PROVRUST_05816+
500637.PROVRUST_06687+
500637.PROVRUST_07976+
500637.PROVRUST_07408+
500637.PROVRUST_04853+
500637.PROVRUST_06272+
500637.PROVRUST_05125+
500637.PROVRUST_04730+
500637.PROVRUST_05394+
500637.PROVRUST_06209+
500637.PROVRUST_04545+
500637.PROVRUST_05012(PF00345)
500637.PROVRUST_07082+
500637.PROVRUST_05300(<)not used
500637.PROVRUST_07150(PF00345)
500637.PROVRUST_06769+
500637.PROVRUST_04833+
500637.PROVRUST_04834+
500637.PROVRUST_04837(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05830+
500637.PROVRUST_05835(PF07720)
500637.PROVRUST_04942(+)(plastid)
500637.PROVRUST_08207+
500637.PROVRUST_08447+not used
500637.PROVRUST_08314(<)not used
500637.PROVRUST_05949(PF07819)
500637.PROVRUST_07892+
500637.PROVRUST_06786+
500637.PROVRUST_07962+
500637.PROVRUST_06942(>)
500637.PROVRUST_06941+
500637.PROVRUST_08020+
500637.PROVRUST_05575+
500637.PROVRUST_06160+not used
500637.PROVRUST_06164+
500637.PROVRUST_05791+
500637.PROVRUST_07361+
500637.PROVRUST_07601+
500637.PROVRUST_05810+
500637.PROVRUST_04552+
500637.PROVRUST_07098+
500637.PROVRUST_05372+
500637.PROVRUST_07146(+)plastid
500637.PROVRUST_06779(>)
500637.PROVRUST_08527(<)not used
500637.PROVRUST_08523PF05929not used
500637.PROVRUST_08521+not used
500637.PROVRUST_07557+
500637.PROVRUST_08511(>)
500637.PROVRUST_08305+not used
500637.PROVRUST_07957(<)
500637.PROVRUST_05569+
500637.PROVRUST_05567+
500637.PROVRUST_04784+
500637.PROVRUST_05142+
500637.PROVRUST_04521+
500637.PROVRUST_04520(<)
500637.PROVRUST_05788(>)
500637.PROVRUST_05080+
500637.PROVRUST_04560+
500637.PROVRUST_05363+
500637.PROVRUST_06317+
500637.PROVRUST_07107+
500637.PROVRUST_06402+
500637.PROVRUST_04817+
500637.PROVRUST_04810+
500637.PROVRUST_08530(PF07819)not used
500637.PROVRUST_05817+
500637.PROVRUST_06540+
500637.PROVRUST_06545+
500637.PROVRUST_08312(<)not used
500637.PROVRUST_04791+
500637.PROVRUST_04797(>)
500637.PROVRUST_05179(>)
500637.PROVRUST_05173(>)
500637.PROVRUST_05774(+)+
500637.PROVRUST_04776(+)(plastid)
500637.PROVRUST_04770(<)not used
500637.PROVRUST_05683(<)
500637.PROVRUST_06097+
500637.PROVRUST_06789+
500637.PROVRUST_05199+
500637.PROVRUST_05359(+)plastid
500637.PROVRUST_07418+
500637.PROVRUST_05222(PF00707)
500637.PROVRUST_05220(PF00707)
500637.PROVRUST_06554+
500637.PROVRUST_04807+
500637.PROVRUST_06889+
500637.PROVRUST_08251+
500637.PROVRUST_08569+not used
500637.PROVRUST_05997+
500637.PROVRUST_07682(PF00577)
500637.PROVRUST_07592(+)+
500637.PROVRUST_07596+
500637.PROVRUST_05855+
500637.PROVRUST_07843+not used
500637.PROVRUST_05519+
500637.PROVRUST_05859+
500637.PROVRUST_05423+
500637.PROVRUST_05168(>)
500637.PROVRUST_05541+
500637.PROVRUST_05464+
500637.PROVRUST_05760+
500637.PROVRUST_07337+
500637.PROVRUST_05692+
500637.PROVRUST_04585+
500637.PROVRUST_05189(+)(plastid)
500637.PROVRUST_05340+
500637.PROVRUST_05344+
500637.PROVRUST_05198+
500637.PROVRUST_06526(<)not used
500637.PROVRUST_08484(<)
500637.PROVRUST_04901+
500637.PROVRUST_04906(>)
500637.PROVRUST_08249(+)(>)
500637.PROVRUST_07458+
500637.PROVRUST_05981+
500637.PROVRUST_06853+
500637.PROVRUST_05093+
500637.PROVRUST_08117(+)(>)
500637.PROVRUST_06431+
500637.PROVRUST_07855(>)
500637.PROVRUST_07320+
500637.PROVRUST_04590+
500637.PROVRUST_07215+
500637.PROVRUST_07213+
500637.PROVRUST_07102(+)(>)
500637.PROVRUST_06458(<)
500637.PROVRUST_06452(>)
500637.PROVRUST_08279+
500637.PROVRUST_08278+
500637.PROVRUST_08270+
500637.PROVRUST_07668+
500637.PROVRUST_05402+
500637.PROVRUST_05404PF05929
500637.PROVRUST_05846(+)plastid
500637.PROVRUST_04617+
500637.PROVRUST_04720+
500637.PROVRUST_06195+
500637.PROVRUST_05571(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05253+
500637.PROVRUST_06441+
500637.PROVRUST_06509+
500637.PROVRUST_06506+not used
500637.PROVRUST_07009(<)
500637.PROVRUST_07005+
500637.PROVRUST_08469PF05929
500637.PROVRUST_07715+
500637.PROVRUST_07712+
500637.PROVRUST_07674+
500637.PROVRUST_05524+
500637.PROVRUST_06871+
500637.PROVRUST_05996+
500637.PROVRUST_06878(<)
500637.PROVRUST_08282+
500637.PROVRUST_07497+
500637.PROVRUST_07492(>)
500637.PROVRUST_07490(>)
500637.PROVRUST_05416+
500637.PROVRUST_08131+
500637.PROVRUST_05731(PF00577)
500637.PROVRUST_05286(<)not used
500637.PROVRUST_04603+
500637.PROVRUST_06059+
500637.PROVRUST_06055(+)(plastid)
500637.PROVRUST_07527+
500637.PROVRUST_05906(PF00345)
500637.PROVRUST_08177+
500637.PROVRUST_05397(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06410+
500637.PROVRUST_06419+
500637.PROVRUST_06418+
500637.PROVRUST_05269+
500637.PROVRUST_07138+
500637.PROVRUST_05410+
500637.PROVRUST_06605+
500637.PROVRUST_04934+
500637.PROVRUST_06777(+)(plastid)
500637.PROVRUST_07594+
500637.PROVRUST_07701+
500637.PROVRUST_05885(PF00577)
500637.PROVRUST_05443+
500637.PROVRUST_06861(PF00577)
500637.PROVRUST_05865(<)
500637.PROVRUST_08141+
500637.PROVRUST_08140+
500637.PROVRUST_08144+
500637.PROVRUST_06047+
500637.PROVRUST_06284+
500637.PROVRUST_04951(<)
500637.PROVRUST_06467+
500637.PROVRUST_08105+
500637.PROVRUST_08497(<)not used
500637.PROVRUST_05273+
500637.PROVRUST_07397+
500637.PROVRUST_06670+
500637.PROVRUST_06679(>)
500637.PROVRUST_08493(>)
500637.PROVRUST_07732+
500637.PROVRUST_07730(+)+
500637.PROVRUST_07654(+)(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05892(PF00577)
500637.PROVRUST_05539+
500637.PROVRUST_07818(+)
500637.PROVRUST_06926(+)not used
500637.PROVRUST_05717(+)
500637.PROVRUST_05662(+)
500637.PROVRUST_07389(+)
500637.PROVRUST_07031(+)
500637.PROVRUST_08386(+)not used
500637.PROVRUST_08097(+)
500637.PROVRUST_06806(+)
500637.PROVRUST_07822(+)
500637.PROVRUST_08360(+)
500637.PROVRUST_04654(+)
500637.PROVRUST_04658(+)
500637.PROVRUST_05707(+)
500637.PROVRUST_06069(+)
500637.PROVRUST_06397(+)
500637.PROVRUST_06485(+)
500637.PROVRUST_04501(+)not used
500637.PROVRUST_07289(+)
500637.PROVRUST_06657(+)
500637.PROVRUST_07757(+)
500637.PROVRUST_08558(+)
500637.PROVRUST_08552(+)not used
500637.PROVRUST_06729(+)
500637.PROVRUST_06722(+)
500637.PROVRUST_08378(+)
500637.PROVRUST_04644(+)
500637.PROVRUST_05954(+)
500637.PROVRUST_06014(+)
500637.PROVRUST_05026(+)
500637.PROVRUST_06236(+)
500637.PROVRUST_05331(+)
500637.PROVRUST_06343(+)
500637.PROVRUST_06647(+)
500637.PROVRUST_05592(+)
500637.PROVRUST_05595(+)
500637.PROVRUST_06825(+)
500637.PROVRUST_06826(+)
500637.PROVRUST_07995(+)
500637.PROVRUST_06915(+)
500637.PROVRUST_05841(+)
500637.PROVRUST_04679(+)
500637.PROVRUST_06004(+)
500637.PROVRUST_06135(+)not used
500637.PROVRUST_05037(+)
500637.PROVRUST_06228(+)
500637.PROVRUST_04835(+)
500637.PROVRUST_06354(+)
500637.PROVRUST_07777(+)
500637.PROVRUST_07776(+)
500637.PROVRUST_07771(+)not used
500637.PROVRUST_08401(+)
500637.PROVRUST_07175(+)
500637.PROVRUST_06740(+)
500637.PROVRUST_05854(+)
500637.PROVRUST_04989(+)
500637.PROVRUST_05280(+)
500637.PROVRUST_06588(+)
500637.PROVRUST_07509(+)
500637.PROVRUST_06693(+)
500637.PROVRUST_06699(+)
500637.PROVRUST_05924(+)
500637.PROVRUST_08351(+)
500637.PROVRUST_05511(+)
500637.PROVRUST_06056(+)
500637.PROVRUST_08187(+)
500637.PROVRUST_07185(+)
500637.PROVRUST_05319(+)
500637.PROVRUST_06363(+)
500637.PROVRUST_06364(+)
500637.PROVRUST_04966(+)
500637.PROVRUST_07570(+)
500637.PROVRUST_05502(+)not used
500637.PROVRUST_06685(+)
500637.PROVRUST_05505(+)
500637.PROVRUST_05956(+)
500637.PROVRUST_07882(+)
500637.PROVRUST_07973(+)not used
500637.PROVRUST_08322(+)
500637.PROVRUST_04969(+)
500637.PROVRUST_05559(+)
500637.PROVRUST_05120(+)
500637.PROVRUST_07373(+)
500637.PROVRUST_04546(+)
500637.PROVRUST_05018(+)
500637.PROVRUST_08113(+)
500637.PROVRUST_07080(+)
500637.PROVRUST_06377(+)
500637.PROVRUST_07015(+)
500637.PROVRUST_05831(+)
500637.PROVRUST_06569(+)
500637.PROVRUST_05947(+)
500637.PROVRUST_05491(+)
500637.PROVRUST_06787(+)
500637.PROVRUST_07967(+)
500637.PROVRUST_08333(+)
500637.PROVRUST_05570(+)
500637.PROVRUST_05819(+)
500637.PROVRUST_08102(+)
500637.PROVRUST_08023(+)
500637.PROVRUST_05153(+)
500637.PROVRUST_07090(+)
500637.PROVRUST_08032(+)
500637.PROVRUST_05203(+)
500637.PROVRUST_05808(+)
500637.PROVRUST_04956(+)
500637.PROVRUST_08514(+)not used
500637.PROVRUST_05971(+)
500637.PROVRUST_08518(+)not used
500637.PROVRUST_06794(+)
500637.PROVRUST_06792(+)
500637.PROVRUST_06957(+)
500637.PROVRUST_07422(+)
500637.PROVRUST_05574(+)
500637.PROVRUST_06170(+)
500637.PROVRUST_05789(+)
500637.PROVRUST_07319(+)
500637.PROVRUST_07227(+)
500637.PROVRUST_07226(+)
500637.PROVRUST_07223(+)
500637.PROVRUST_06316(+)
500637.PROVRUST_05211(+)
500637.PROVRUST_06407(+)
500637.PROVRUST_07136(+)
500637.PROVRUST_08532(+)not used
500637.PROVRUST_06544(+)
500637.PROVRUST_07540(+)
500637.PROVRUST_07434(+)
500637.PROVRUST_08318(+)not used
500637.PROVRUST_05965(+)not used
500637.PROVRUST_07944(+)
500637.PROVRUST_08005(+)
500637.PROVRUST_05498(+)
500637.PROVRUST_05684(+)
500637.PROVRUST_04576(+)
500637.PROVRUST_06096(+)
500637.PROVRUST_06325(+)
500637.PROVRUST_07238(+)not used
500637.PROVRUST_05197(+)
500637.PROVRUST_05358(+)
500637.PROVRUST_05223(+)
500637.PROVRUST_05225(+)
500637.PROVRUST_06434(+)
500637.PROVRUST_07124(+)
500637.PROVRUST_07125(+)
500637.PROVRUST_06558(+)
500637.PROVRUST_07053(+)
500637.PROVRUST_04970(+)
500637.PROVRUST_07448(+)
500637.PROVRUST_07657(+)
500637.PROVRUST_08073(+)
500637.PROVRUST_05461(+)
500637.PROVRUST_05767(+)
500637.PROVRUST_07338(+)
500637.PROVRUST_07333(+)
500637.PROVRUST_04749(+)
500637.PROVRUST_05691(+)
500637.PROVRUST_05697(+)
500637.PROVRUST_07207(+)
500637.PROVRUST_07658(+)
500637.PROVRUST_05232(+)
500637.PROVRUST_06423(+)
500637.PROVRUST_05297(+)
500637.PROVRUST_07456(+)
500637.PROVRUST_06857(+)
500637.PROVRUST_07584(+)
500637.PROVRUST_07857(+)
500637.PROVRUST_08053(+)
500637.PROVRUST_04750(+)
500637.PROVRUST_04752(+)
500637.PROVRUST_04599+
500637.PROVRUST_06182(+)
500637.PROVRUST_06457(+)
500637.PROVRUST_06537(+)
500637.PROVRUST_05387(+)
500637.PROVRUST_07071(+)
500637.PROVRUST_08048(+)
500637.PROVRUST_08271(+)
500637.PROVRUST_08311(+)
500637.PROVRUST_08128(+)
500637.PROVRUST_05813(+)
500637.PROVRUST_05071(+)not used
500637.PROVRUST_07000(+)
500637.PROVRUST_07007(+)
500637.PROVRUST_04926(+)
500637.PROVRUST_04923(+)
500637.PROVRUST_07711(+)not used
500637.PROVRUST_07478(+)
500637.PROVRUST_08568(+)not used
500637.PROVRUST_05528(+)
500637.PROVRUST_08476(+)
500637.PROVRUST_08280(+)
500637.PROVRUST_07879(+)
500637.PROVRUST_08288(+)
500637.PROVRUST_08134(+)
500637.PROVRUST_08135(+)
500637.PROVRUST_05457(+)
500637.PROVRUST_04605(+)
500637.PROVRUST_04601(+)
500637.PROVRUST_07526(+)
500637.PROVRUST_04732(+)
500637.PROVRUST_05454(+)
500637.PROVRUST_05396(+)
500637.PROVRUST_08481(+)not used
500637.PROVRUST_05065(+)
500637.PROVRUST_05061(+)
500637.PROVRUST_07016(+)
500637.PROVRUST_04937(+)
500637.PROVRUST_07707(+)
500637.PROVRUST_05880(+)
500637.PROVRUST_05807(+)
500637.PROVRUST_07647(+)
500637.PROVRUST_07644(+)
500637.PROVRUST_05510(+)
500637.PROVRUST_08531(+)not used
500637.PROVRUST_04704(+)
500637.PROVRUST_05652(+)
500637.PROVRUST_04708(+)
500637.PROVRUST_07552(+)
500637.PROVRUST_07525(+)
500637.PROVRUST_05427(+)
500637.PROVRUST_05422(+)
500637.PROVRUST_07737(+)
500637.PROVRUST_05608(+)
500637.PROVRUST_06579(+)
500637.PROVRUST_06704(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.0 (10/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.25 (10/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================