Effective results for Providencia rustigianii DSM 4541 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 721
- Predicted by EffectiveT3: 171 (high confidence), 272 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 34 within, 45 before, 50 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 149
- Predicted by EffectiveELD: 12 eukaryotic-like domains, contained in 64 proteins (6 high, 58 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
500637.PROVRUST_07186	+		+		ER
500637.PROVRUST_05304			+	(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_06311		+			(ER)
500637.PROVRUST_05747			+	(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_05046		(>)		(PF00577)	(ER)
500637.PROVRUST_06669				(PF07678)	(mitochondrial)
500637.PROVRUST_04587		(>)			ER
500637.PROVRUST_06930			+		ER
500637.PROVRUST_06396			+		ER
500637.PROVRUST_06651			+		ER
500637.PROVRUST_04894		+			ER
500637.PROVRUST_08085				(PF00577)	(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08086				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_08087		(<)			ER
500637.PROVRUST_05905				(PF00345)	(mitochondrial); plastid
500637.PROVRUST_08174		(>)			ER
500637.PROVRUST_05901				(PF00345)	(ER)
500637.PROVRUST_06903		(<)			(ER)
500637.PROVRUST_08043	(+)		+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08047		(>)			ER
500637.PROVRUST_06015		+			ER
500637.PROVRUST_05028		+			ER
500637.PROVRUST_05023			+		(ER)
500637.PROVRUST_04864		+			ER
500637.PROVRUST_04869		+			(mitochondrial); mitochondrial
500637.PROVRUST_06389			+		ER
500637.PROVRUST_06820			+		ER; (ER)
500637.PROVRUST_07994				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_07991				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_04694		(>)			ER
500637.PROVRUST_07356			+		ER
500637.PROVRUST_06222			+		ER
500637.PROVRUST_07775		+			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08406		(>)			ER
500637.PROVRUST_07615		(>)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_04985		(<)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05281			+		ER
500637.PROVRUST_07506				(PF03222)	ER
500637.PROVRUST_05584			+		ER
500637.PROVRUST_04667			+		ER
500637.PROVRUST_07692		(<)			ER
500637.PROVRUST_06109				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_06108			+		ER
500637.PROVRUST_07183		+			(ER)
500637.PROVRUST_07187			+		(ER)
500637.PROVRUST_05005		+			ER
500637.PROVRUST_07992				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_07163			+		ER
500637.PROVRUST_04991				(PF03222)	(ER)
500637.PROVRUST_07887			+		ER
500637.PROVRUST_05128			+		ER
500637.PROVRUST_06110				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_05011				(PF00577)	(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05305				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_05833	+		+		plastid
500637.PROVRUST_05838		(<)			ER
500637.PROVRUST_04948	+				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06781	+				(ER)
500637.PROVRUST_07963			+		(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_08028			+		ER
500637.PROVRUST_05578			+		mitochondrial; (mitochondrial)
500637.PROVRUST_05900		(>)			ER
500637.PROVRUST_08306			+		ER
500637.PROVRUST_08011	+				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07311		(<)			ER
500637.PROVRUST_04566		+			ER
500637.PROVRUST_08009			+		ER
500637.PROVRUST_08001				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_04809				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_07176			+		ER
500637.PROVRUST_05687			+		ER
500637.PROVRUST_06098		(<)			(ER)
500637.PROVRUST_07687				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_07686				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_07681				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_05460			+		ER
500637.PROVRUST_06208			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05761		(>)			ER
500637.PROVRUST_05694		(>)			ER
500637.PROVRUST_07200		+			ER
500637.PROVRUST_05234		(>)			ER
500637.PROVRUST_04908		(>)			ER
500637.PROVRUST_04905		(>)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07694			+		ER
500637.PROVRUST_08062				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_08065				(PF00345)	(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_06531			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07076	+			(PF00102)	(plastid)
500637.PROVRUST_07244		+			ER
500637.PROVRUST_08059				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_04877			+		ER
500637.PROVRUST_07482		(>)			(ER); ER
500637.PROVRUST_07635			+		ER
500637.PROVRUST_05748				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_07265			+		ER
500637.PROVRUST_07264		(>)			ER
500637.PROVRUST_05271		(<)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08041			+		ER
500637.PROVRUST_05730				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_05737				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_05739		+			ER
500637.PROVRUST_05738				(PF00577)	ER
500637.PROVRUST_05907			+	(PF00577)	(ER)
500637.PROVRUST_07278			+		ER
500637.PROVRUST_07018		(<)			ER; (ER)
500637.PROVRUST_05884				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_08071		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
500637.PROVRUST_06862				(PF00345)	ER
500637.PROVRUST_07246				(PF13207)	ER
500637.PROVRUST_06466			+		ER
500637.PROVRUST_05076			+		ER
500637.PROVRUST_05893		(<)		(PF00345)	(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07639	(+)				ER
500637.PROVRUST_06928	+		+		not used
500637.PROVRUST_06078			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06500		(>)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07387	+				(plastid)
500637.PROVRUST_05282		(<)			(mitochondrial); not used
500637.PROVRUST_08437			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07622		(<)	+
500637.PROVRUST_06712	+	+
500637.PROVRUST_08554			+	PF05929	not used
500637.PROVRUST_08081	+				(plastid)
500637.PROVRUST_05333	+		+
500637.PROVRUST_08418		(>)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06221	(+)				ER; (ER)
500637.PROVRUST_05321	+				plastid
500637.PROVRUST_06582	(+)	(<)			(mitochondrial); not used
500637.PROVRUST_08199	(+)				ER; (ER)
500637.PROVRUST_08357		(<)			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05620		(<)			(ER); not used
500637.PROVRUST_06689			+		(plastid)
500637.PROVRUST_06979	+		+
500637.PROVRUST_08033	+			(PF03222)
500637.PROVRUST_05638	(+)				(ER)
500637.PROVRUST_06275	+	(<)			not used
500637.PROVRUST_05157	+				(ER)
500637.PROVRUST_04550	+			(PF03222)
500637.PROVRUST_04555	(+)				mitochondrial
500637.PROVRUST_07149				(PF00577)	(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05970		+			(ER)
500637.PROVRUST_05576			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05143	+		+
500637.PROVRUST_05146		(>)			(ER)
500637.PROVRUST_05780	+		+
500637.PROVRUST_06319	(+)				ER
500637.PROVRUST_05213		+		PF00620
500637.PROVRUST_07040	+				(plastid)
500637.PROVRUST_07049			+		(ER)
500637.PROVRUST_04968			+	PF05929
500637.PROVRUST_07439				(PF03222)	(ER)
500637.PROVRUST_08000				(PF00345)	(plastid)
500637.PROVRUST_06149	(+)				(ER)
500637.PROVRUST_05779	(+)				mitochondrial; plastid
500637.PROVRUST_04572	+		+
500637.PROVRUST_05355	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08335			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07593			+		(ER)
500637.PROVRUST_04988	+				(plastid)
500637.PROVRUST_07336	+	(<)
500637.PROVRUST_05989	(+)		+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08068	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05091		(<)	+
500637.PROVRUST_08061	(+)		+	(PF00577)
500637.PROVRUST_05094	(+)				(ER); (mitochondrial)
500637.PROVRUST_05097			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05430	+				(ER); not used
500637.PROVRUST_06180	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06841	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05847	(+)				ER
500637.PROVRUST_05745		(<)			ER; not used
500637.PROVRUST_08122		(<)	+
500637.PROVRUST_06446		+			(mitochondrial)
500637.PROVRUST_07636	+				(plastid)
500637.PROVRUST_04606	(+)				ER; (ER)
500637.PROVRUST_05395	+	+
500637.PROVRUST_06514	+		+
500637.PROVRUST_05657	+	(>)
500637.PROVRUST_07029	(+)				(ER); ER
500637.PROVRUST_08444			+		(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06812	+
500637.PROVRUST_07817			+
500637.PROVRUST_06925	+
500637.PROVRUST_06927	+				not used
500637.PROVRUST_04628		(<)
500637.PROVRUST_06075	(+)		+
500637.PROVRUST_05661	+
500637.PROVRUST_05660	+				not used
500637.PROVRUST_08100	+
500637.PROVRUST_07257	+				not used
500637.PROVRUST_07429	+
500637.PROVRUST_06498			+
500637.PROVRUST_05047				(PF00345)
500637.PROVRUST_05283	+
500637.PROVRUST_06664	+
500637.PROVRUST_06665	+
500637.PROVRUST_05698	+
500637.PROVRUST_07727	+
500637.PROVRUST_08544		(>)
500637.PROVRUST_08547		(>)			not used
500637.PROVRUST_08388	+
500637.PROVRUST_06715	+
500637.PROVRUST_08093	+
500637.PROVRUST_05998			+
500637.PROVRUST_06803		(<)
500637.PROVRUST_08166	+
500637.PROVRUST_05826	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05918			+
500637.PROVRUST_08169	+
500637.PROVRUST_05829			+
500637.PROVRUST_06061	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_04623	+
500637.PROVRUST_06619		+
500637.PROVRUST_07021	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_06489	+
500637.PROVRUST_06484		+			not used
500637.PROVRUST_04518	+
500637.PROVRUST_04507	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_05299		(<)			not used
500637.PROVRUST_06240	+
500637.PROVRUST_06658			+
500637.PROVRUST_04898	+
500637.PROVRUST_04874	+
500637.PROVRUST_04870			+
500637.PROVRUST_06728			+
500637.PROVRUST_06724		(>)
500637.PROVRUST_08084			+
500637.PROVRUST_07839	+
500637.PROVRUST_04640	+
500637.PROVRUST_04641	+
500637.PROVRUST_05603			+
500637.PROVRUST_05605		(>)
500637.PROVRUST_05606		+
500637.PROVRUST_06013		(>)
500637.PROVRUST_08456			+
500637.PROVRUST_05117	+
500637.PROVRUST_04515		+
500637.PROVRUST_06972	+
500637.PROVRUST_06235	+
500637.PROVRUST_05337	+
500637.PROVRUST_05336			+
500637.PROVRUST_05332	+
500637.PROVRUST_07299	+
500637.PROVRUST_07294		(<)			not used
500637.PROVRUST_07292	(+)		+
500637.PROVRUST_08414			+
500637.PROVRUST_04885	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_08563		(>)			not used
500637.PROVRUST_08567		(<)			not used
500637.PROVRUST_07875	+
500637.PROVRUST_06919		+
500637.PROVRUST_08347			+
500637.PROVRUST_05610	+
500637.PROVRUST_05557	+
500637.PROVRUST_06408		(>)
500637.PROVRUST_08039	+
500637.PROVRUST_07190	+
500637.PROVRUST_05039				(PF07819)
500637.PROVRUST_05034			+
500637.PROVRUST_06223	+
500637.PROVRUST_05323	+
500637.PROVRUST_06350	+				not used
500637.PROVRUST_06359	+
500637.PROVRUST_07770	+
500637.PROVRUST_08408			+
500637.PROVRUST_08402	+
500637.PROVRUST_07179		+
500637.PROVRUST_07178	+
500637.PROVRUST_06742	+
500637.PROVRUST_05850	+
500637.PROVRUST_04983		(<)
500637.PROVRUST_04984	+
500637.PROVRUST_06586		(>)
500637.PROVRUST_08284	+				not used
500637.PROVRUST_05586				(PF00847)
500637.PROVRUST_07982			+
500637.PROVRUST_08355			+
500637.PROVRUST_06983		(>)
500637.PROVRUST_08281			+
500637.PROVRUST_06217	(+)			(PF03222)
500637.PROVRUST_08267	+
500637.PROVRUST_05312		(<)
500637.PROVRUST_05314	+
500637.PROVRUST_06368		(>)
500637.PROVRUST_07767	+
500637.PROVRUST_07543		+
500637.PROVRUST_07167		(>)
500637.PROVRUST_04845			+
500637.PROVRUST_08506	+				not used
500637.PROVRUST_04992			+
500637.PROVRUST_06590		(<)
500637.PROVRUST_05816	+
500637.PROVRUST_06687			+
500637.PROVRUST_07976	+
500637.PROVRUST_07408	+
500637.PROVRUST_04853	+
500637.PROVRUST_06272		+
500637.PROVRUST_05125	+
500637.PROVRUST_04730	+
500637.PROVRUST_05394	+
500637.PROVRUST_06209	+
500637.PROVRUST_04545			+
500637.PROVRUST_05012				(PF00345)
500637.PROVRUST_07082	+
500637.PROVRUST_05300		(<)			not used
500637.PROVRUST_07150				(PF00345)
500637.PROVRUST_06769	+
500637.PROVRUST_04833	+
500637.PROVRUST_04834	+
500637.PROVRUST_04837	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05830	+
500637.PROVRUST_05835				(PF07720)
500637.PROVRUST_04942	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_08207			+
500637.PROVRUST_08447	+				not used
500637.PROVRUST_08314		(<)			not used
500637.PROVRUST_05949				(PF07819)
500637.PROVRUST_07892		+
500637.PROVRUST_06786	+
500637.PROVRUST_07962	+
500637.PROVRUST_06942		(>)
500637.PROVRUST_06941	+
500637.PROVRUST_08020			+
500637.PROVRUST_05575	+
500637.PROVRUST_06160		+			not used
500637.PROVRUST_06164	+
500637.PROVRUST_05791	+
500637.PROVRUST_07361	+
500637.PROVRUST_07601			+
500637.PROVRUST_05810	+
500637.PROVRUST_04552	+
500637.PROVRUST_07098	+
500637.PROVRUST_05372	+
500637.PROVRUST_07146	(+)				plastid
500637.PROVRUST_06779		(>)
500637.PROVRUST_08527		(<)			not used
500637.PROVRUST_08523				PF05929	not used
500637.PROVRUST_08521	+				not used
500637.PROVRUST_07557	+
500637.PROVRUST_08511		(>)
500637.PROVRUST_08305		+			not used
500637.PROVRUST_07957		(<)
500637.PROVRUST_05569	+
500637.PROVRUST_05567			+
500637.PROVRUST_04784	+
500637.PROVRUST_05142			+
500637.PROVRUST_04521			+
500637.PROVRUST_04520		(<)
500637.PROVRUST_05788		(>)
500637.PROVRUST_05080	+
500637.PROVRUST_04560			+
500637.PROVRUST_05363	+
500637.PROVRUST_06317		+
500637.PROVRUST_07107			+
500637.PROVRUST_06402			+
500637.PROVRUST_04817	+
500637.PROVRUST_04810			+
500637.PROVRUST_08530				(PF07819)	not used
500637.PROVRUST_05817			+
500637.PROVRUST_06540	+
500637.PROVRUST_06545			+
500637.PROVRUST_08312		(<)			not used
500637.PROVRUST_04791	+
500637.PROVRUST_04797		(>)
500637.PROVRUST_05179		(>)
500637.PROVRUST_05173		(>)
500637.PROVRUST_05774	(+)		+
500637.PROVRUST_04776	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_04770		(<)			not used
500637.PROVRUST_05683		(<)
500637.PROVRUST_06097	+
500637.PROVRUST_06789			+
500637.PROVRUST_05199			+
500637.PROVRUST_05359	(+)				plastid
500637.PROVRUST_07418			+
500637.PROVRUST_05222				(PF00707)
500637.PROVRUST_05220				(PF00707)
500637.PROVRUST_06554			+
500637.PROVRUST_04807			+
500637.PROVRUST_06889			+
500637.PROVRUST_08251			+
500637.PROVRUST_08569	+				not used
500637.PROVRUST_05997	+
500637.PROVRUST_07682				(PF00577)
500637.PROVRUST_07592	(+)	+
500637.PROVRUST_07596			+
500637.PROVRUST_05855	+
500637.PROVRUST_07843	+				not used
500637.PROVRUST_05519		+
500637.PROVRUST_05859	+
500637.PROVRUST_05423	+
500637.PROVRUST_05168		(>)
500637.PROVRUST_05541	+
500637.PROVRUST_05464	+
500637.PROVRUST_05760	+
500637.PROVRUST_07337	+
500637.PROVRUST_05692			+
500637.PROVRUST_04585			+
500637.PROVRUST_05189	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_05340	+
500637.PROVRUST_05344	+
500637.PROVRUST_05198	+
500637.PROVRUST_06526		(<)			not used
500637.PROVRUST_08484		(<)
500637.PROVRUST_04901	+
500637.PROVRUST_04906		(>)
500637.PROVRUST_08249	(+)	(>)
500637.PROVRUST_07458	+
500637.PROVRUST_05981			+
500637.PROVRUST_06853	+
500637.PROVRUST_05093	+
500637.PROVRUST_08117	(+)	(>)
500637.PROVRUST_06431	+
500637.PROVRUST_07855		(>)
500637.PROVRUST_07320			+
500637.PROVRUST_04590	+
500637.PROVRUST_07215	+
500637.PROVRUST_07213	+
500637.PROVRUST_07102	(+)	(>)
500637.PROVRUST_06458		(<)
500637.PROVRUST_06452		(>)
500637.PROVRUST_08279			+
500637.PROVRUST_08278	+
500637.PROVRUST_08270			+
500637.PROVRUST_07668	+
500637.PROVRUST_05402			+
500637.PROVRUST_05404				PF05929
500637.PROVRUST_05846	(+)				plastid
500637.PROVRUST_04617	+
500637.PROVRUST_04720	+
500637.PROVRUST_06195			+
500637.PROVRUST_05571	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05253	+
500637.PROVRUST_06441	+
500637.PROVRUST_06509			+
500637.PROVRUST_06506	+				not used
500637.PROVRUST_07009		(<)
500637.PROVRUST_07005			+
500637.PROVRUST_08469				PF05929
500637.PROVRUST_07715	+
500637.PROVRUST_07712	+
500637.PROVRUST_07674	+
500637.PROVRUST_05524	+
500637.PROVRUST_06871	+
500637.PROVRUST_05996	+
500637.PROVRUST_06878		(<)
500637.PROVRUST_08282	+
500637.PROVRUST_07497			+
500637.PROVRUST_07492		(>)
500637.PROVRUST_07490		(>)
500637.PROVRUST_05416	+
500637.PROVRUST_08131	+
500637.PROVRUST_05731				(PF00577)
500637.PROVRUST_05286		(<)			not used
500637.PROVRUST_04603	+
500637.PROVRUST_06059			+
500637.PROVRUST_06055	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_07527	+
500637.PROVRUST_05906				(PF00345)
500637.PROVRUST_08177	+
500637.PROVRUST_05397	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_06410			+
500637.PROVRUST_06419	+
500637.PROVRUST_06418			+
500637.PROVRUST_05269	+
500637.PROVRUST_07138			+
500637.PROVRUST_05410	+
500637.PROVRUST_06605	+
500637.PROVRUST_04934	+
500637.PROVRUST_06777	(+)				(plastid)
500637.PROVRUST_07594			+
500637.PROVRUST_07701	+
500637.PROVRUST_05885				(PF00577)
500637.PROVRUST_05443		+
500637.PROVRUST_06861				(PF00577)
500637.PROVRUST_05865		(<)
500637.PROVRUST_08141		+
500637.PROVRUST_08140	+
500637.PROVRUST_08144	+
500637.PROVRUST_06047	+
500637.PROVRUST_06284	+
500637.PROVRUST_04951		(<)
500637.PROVRUST_06467	+
500637.PROVRUST_08105	+
500637.PROVRUST_08497		(<)			not used
500637.PROVRUST_05273			+
500637.PROVRUST_07397			+
500637.PROVRUST_06670	+
500637.PROVRUST_06679		(>)
500637.PROVRUST_08493		(>)
500637.PROVRUST_07732	+
500637.PROVRUST_07730	(+)		+
500637.PROVRUST_07654	(+)				(mitochondrial)
500637.PROVRUST_05892				(PF00577)
500637.PROVRUST_05539	+
500637.PROVRUST_07818	(+)
500637.PROVRUST_06926	(+)				not used
500637.PROVRUST_05717	(+)
500637.PROVRUST_05662	(+)
500637.PROVRUST_07389	(+)
500637.PROVRUST_07031	(+)
500637.PROVRUST_08386	(+)				not used
500637.PROVRUST_08097	(+)
500637.PROVRUST_06806	(+)
500637.PROVRUST_07822	(+)
500637.PROVRUST_08360	(+)
500637.PROVRUST_04654	(+)
500637.PROVRUST_04658	(+)
500637.PROVRUST_05707	(+)
500637.PROVRUST_06069	(+)
500637.PROVRUST_06397	(+)
500637.PROVRUST_06485	(+)
500637.PROVRUST_04501	(+)				not used
500637.PROVRUST_07289	(+)
500637.PROVRUST_06657	(+)
500637.PROVRUST_07757	(+)
500637.PROVRUST_08558	(+)
500637.PROVRUST_08552	(+)				not used
500637.PROVRUST_06729	(+)
500637.PROVRUST_06722	(+)
500637.PROVRUST_08378	(+)
500637.PROVRUST_04644	(+)
500637.PROVRUST_05954	(+)
500637.PROVRUST_06014	(+)
500637.PROVRUST_05026	(+)
500637.PROVRUST_06236	(+)
500637.PROVRUST_05331	(+)
500637.PROVRUST_06343	(+)
500637.PROVRUST_06647	(+)
500637.PROVRUST_05592	(+)
500637.PROVRUST_05595	(+)
500637.PROVRUST_06825	(+)
500637.PROVRUST_06826	(+)
500637.PROVRUST_07995	(+)
500637.PROVRUST_06915	(+)
500637.PROVRUST_05841	(+)
500637.PROVRUST_04679	(+)
500637.PROVRUST_06004	(+)
500637.PROVRUST_06135	(+)				not used
500637.PROVRUST_05037	(+)
500637.PROVRUST_06228	(+)
500637.PROVRUST_04835	(+)
500637.PROVRUST_06354	(+)
500637.PROVRUST_07777	(+)
500637.PROVRUST_07776	(+)
500637.PROVRUST_07771	(+)				not used
500637.PROVRUST_08401	(+)
500637.PROVRUST_07175	(+)
500637.PROVRUST_06740	(+)
500637.PROVRUST_05854	(+)
500637.PROVRUST_04989	(+)
500637.PROVRUST_05280	(+)
500637.PROVRUST_06588	(+)
500637.PROVRUST_07509	(+)
500637.PROVRUST_06693	(+)
500637.PROVRUST_06699	(+)
500637.PROVRUST_05924	(+)
500637.PROVRUST_08351	(+)
500637.PROVRUST_05511	(+)
500637.PROVRUST_06056	(+)
500637.PROVRUST_08187	(+)
500637.PROVRUST_07185	(+)
500637.PROVRUST_05319	(+)
500637.PROVRUST_06363	(+)
500637.PROVRUST_06364	(+)
500637.PROVRUST_04966	(+)
500637.PROVRUST_07570	(+)
500637.PROVRUST_05502	(+)				not used
500637.PROVRUST_06685	(+)
500637.PROVRUST_05505	(+)
500637.PROVRUST_05956	(+)
500637.PROVRUST_07882	(+)
500637.PROVRUST_07973	(+)				not used
500637.PROVRUST_08322	(+)
500637.PROVRUST_04969	(+)
500637.PROVRUST_05559	(+)
500637.PROVRUST_05120	(+)
500637.PROVRUST_07373	(+)
500637.PROVRUST_04546	(+)
500637.PROVRUST_05018	(+)
500637.PROVRUST_08113	(+)
500637.PROVRUST_07080	(+)
500637.PROVRUST_06377	(+)
500637.PROVRUST_07015	(+)
500637.PROVRUST_05831	(+)
500637.PROVRUST_06569	(+)
500637.PROVRUST_05947	(+)
500637.PROVRUST_05491	(+)
500637.PROVRUST_06787	(+)
500637.PROVRUST_07967	(+)
500637.PROVRUST_08333	(+)
500637.PROVRUST_05570	(+)
500637.PROVRUST_05819	(+)
500637.PROVRUST_08102	(+)
500637.PROVRUST_08023	(+)
500637.PROVRUST_05153	(+)
500637.PROVRUST_07090	(+)
500637.PROVRUST_08032	(+)
500637.PROVRUST_05203	(+)
500637.PROVRUST_05808	(+)
500637.PROVRUST_04956	(+)
500637.PROVRUST_08514	(+)				not used
500637.PROVRUST_05971	(+)
500637.PROVRUST_08518	(+)				not used
500637.PROVRUST_06794	(+)
500637.PROVRUST_06792	(+)
500637.PROVRUST_06957	(+)
500637.PROVRUST_07422	(+)
500637.PROVRUST_05574	(+)
500637.PROVRUST_06170	(+)
500637.PROVRUST_05789	(+)
500637.PROVRUST_07319	(+)
500637.PROVRUST_07227	(+)
500637.PROVRUST_07226	(+)
500637.PROVRUST_07223	(+)
500637.PROVRUST_06316	(+)
500637.PROVRUST_05211	(+)
500637.PROVRUST_06407	(+)
500637.PROVRUST_07136	(+)
500637.PROVRUST_08532	(+)				not used
500637.PROVRUST_06544	(+)
500637.PROVRUST_07540	(+)
500637.PROVRUST_07434	(+)
500637.PROVRUST_08318	(+)				not used
500637.PROVRUST_05965	(+)				not used
500637.PROVRUST_07944	(+)
500637.PROVRUST_08005	(+)
500637.PROVRUST_05498	(+)
500637.PROVRUST_05684	(+)
500637.PROVRUST_04576	(+)
500637.PROVRUST_06096	(+)
500637.PROVRUST_06325	(+)
500637.PROVRUST_07238	(+)				not used
500637.PROVRUST_05197	(+)
500637.PROVRUST_05358	(+)
500637.PROVRUST_05223	(+)
500637.PROVRUST_05225	(+)
500637.PROVRUST_06434	(+)
500637.PROVRUST_07124	(+)
500637.PROVRUST_07125	(+)
500637.PROVRUST_06558	(+)
500637.PROVRUST_07053	(+)
500637.PROVRUST_04970	(+)
500637.PROVRUST_07448	(+)
500637.PROVRUST_07657	(+)
500637.PROVRUST_08073	(+)
500637.PROVRUST_05461	(+)
500637.PROVRUST_05767	(+)
500637.PROVRUST_07338	(+)
500637.PROVRUST_07333	(+)
500637.PROVRUST_04749	(+)
500637.PROVRUST_05691	(+)
500637.PROVRUST_05697	(+)
500637.PROVRUST_07207	(+)
500637.PROVRUST_07658	(+)
500637.PROVRUST_05232	(+)
500637.PROVRUST_06423	(+)
500637.PROVRUST_05297	(+)
500637.PROVRUST_07456	(+)
500637.PROVRUST_06857	(+)
500637.PROVRUST_07584	(+)
500637.PROVRUST_07857	(+)
500637.PROVRUST_08053	(+)
500637.PROVRUST_04750	(+)
500637.PROVRUST_04752	(+)
500637.PROVRUST_04599	+
500637.PROVRUST_06182	(+)
500637.PROVRUST_06457	(+)
500637.PROVRUST_06537	(+)
500637.PROVRUST_05387	(+)
500637.PROVRUST_07071	(+)
500637.PROVRUST_08048	(+)
500637.PROVRUST_08271	(+)
500637.PROVRUST_08311	(+)
500637.PROVRUST_08128	(+)
500637.PROVRUST_05813	(+)
500637.PROVRUST_05071	(+)				not used
500637.PROVRUST_07000	(+)
500637.PROVRUST_07007	(+)
500637.PROVRUST_04926	(+)
500637.PROVRUST_04923	(+)
500637.PROVRUST_07711	(+)				not used
500637.PROVRUST_07478	(+)
500637.PROVRUST_08568	(+)				not used
500637.PROVRUST_05528	(+)
500637.PROVRUST_08476	(+)
500637.PROVRUST_08280	(+)
500637.PROVRUST_07879	(+)
500637.PROVRUST_08288	(+)
500637.PROVRUST_08134	(+)
500637.PROVRUST_08135	(+)
500637.PROVRUST_05457	(+)
500637.PROVRUST_04605	(+)
500637.PROVRUST_04601	(+)
500637.PROVRUST_07526	(+)
500637.PROVRUST_04732	(+)
500637.PROVRUST_05454	(+)
500637.PROVRUST_05396	(+)
500637.PROVRUST_08481	(+)				not used
500637.PROVRUST_05065	(+)
500637.PROVRUST_05061	(+)
500637.PROVRUST_07016	(+)
500637.PROVRUST_04937	(+)
500637.PROVRUST_07707	(+)
500637.PROVRUST_05880	(+)
500637.PROVRUST_05807	(+)
500637.PROVRUST_07647	(+)
500637.PROVRUST_07644	(+)
500637.PROVRUST_05510	(+)
500637.PROVRUST_08531	(+)				not used
500637.PROVRUST_04704	(+)
500637.PROVRUST_05652	(+)
500637.PROVRUST_04708	(+)
500637.PROVRUST_07552	(+)
500637.PROVRUST_07525	(+)
500637.PROVRUST_05427	(+)
500637.PROVRUST_05422	(+)
500637.PROVRUST_07737	(+)
500637.PROVRUST_05608	(+)
500637.PROVRUST_06579	(+)
500637.PROVRUST_06704	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.0 (10/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 1.25 (10/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================