Effective results for Providencia alcalifaciens DSM 30120 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 724
- Predicted by EffectiveT3: 186 (high confidence), 270 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 36 within, 37 before, 41 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 154
- Predicted by EffectiveELD: 12 eukaryotic-like domains, contained in 65 proteins (1 high, 64 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
520999.PROVALCAL_01333			+	(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_01139			+	(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_01624			+	(PF00345)	(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00359		(<)		(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_02682			+	(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00214		+	+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01432	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00422		(>)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02843		+			(ER); ER
520999.PROVALCAL_01896			+		(mitochondrial); mitochondrial
520999.PROVALCAL_00209				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_00208				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00207				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00204				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_02020			+		ER
520999.PROVALCAL_01322				(PF00345)	(ER)
520999.PROVALCAL_01329				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_03776	+				ER
520999.PROVALCAL_03774				(PF00577)	(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03773				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_01934		(<)			ER
520999.PROVALCAL_02942				(PF03222)	(ER)
520999.PROVALCAL_01331				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_01332				(PF00345)	mitochondrial
520999.PROVALCAL_00306		+			mitochondrial; (mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02784	+				ER
520999.PROVALCAL_01321				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_01560	+				ER
520999.PROVALCAL_00403			+		ER
520999.PROVALCAL_03229			+		(ER)
520999.PROVALCAL_01687				(PF07678)	(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00622	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01669			+		ER
520999.PROVALCAL_03198		+			ER
520999.PROVALCAL_02814			+		(ER)
520999.PROVALCAL_02815			+		ER
520999.PROVALCAL_02701		(<)			ER
520999.PROVALCAL_03987		(>)			ER
520999.PROVALCAL_01053			+		ER
520999.PROVALCAL_03219		(>)			ER
520999.PROVALCAL_01276			+		(mitochondrial); (ER)
520999.PROVALCAL_00426		(<)			(mitochondrial); mitochondrial
520999.PROVALCAL_02111				(PF03222)	(ER)
520999.PROVALCAL_03423			+		ER
520999.PROVALCAL_03641		(>)			(ER)
520999.PROVALCAL_03552		(>)			ER
520999.PROVALCAL_01311	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01625				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_03086			+		ER
520999.PROVALCAL_01093			+		ER
520999.PROVALCAL_00479				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00474				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00270				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_00490	+		+	(PF00577)	not used
520999.PROVALCAL_02223		(<)			(ER)
520999.PROVALCAL_02431		+			ER
520999.PROVALCAL_02847			+		ER
520999.PROVALCAL_03385				(PF03222)	ER
520999.PROVALCAL_02935		(<)			mitochondrial
520999.PROVALCAL_03347		+			ER
520999.PROVALCAL_01837			+		ER
520999.PROVALCAL_01836			+		ER
520999.PROVALCAL_01834		(>)			ER
520999.PROVALCAL_00265			+		ER
520999.PROVALCAL_00264		(<)			ER
520999.PROVALCAL_01606			+		ER
520999.PROVALCAL_01608		(>)			ER
520999.PROVALCAL_02645		(>)			ER
520999.PROVALCAL_03114	(+)		+		ER
520999.PROVALCAL_00001				(PF00577)	(ER)
520999.PROVALCAL_00003				(PF00345)	mitochondrial
520999.PROVALCAL_00007				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00253			+		ER
520999.PROVALCAL_02415		+			(ER)
520999.PROVALCAL_03103		(<)			(ER); ER
520999.PROVALCAL_03599		+			ER
520999.PROVALCAL_03294		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03689		(>)			ER
520999.PROVALCAL_01343			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03825		(<)			ER; (ER)
520999.PROVALCAL_00934			+		ER
520999.PROVALCAL_03139		(>)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02982		+			mitochondrial
520999.PROVALCAL_00765	+	(>)			plastid
520999.PROVALCAL_02017		(<)			ER
520999.PROVALCAL_02699				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_02690				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_00598			+		ER
520999.PROVALCAL_02999			+		ER
520999.PROVALCAL_03805			+		ER; (ER)
520999.PROVALCAL_00358			+		ER
520999.PROVALCAL_00357			+		ER
520999.PROVALCAL_00353		(<)			ER
520999.PROVALCAL_03527			+		ER
520999.PROVALCAL_03466		(>)			(ER); ER
520999.PROVALCAL_02691		+			ER
520999.PROVALCAL_00772			+		ER
520999.PROVALCAL_02683				(PF00577)	ER; (ER)
520999.PROVALCAL_01796			+		ER
520999.PROVALCAL_01797				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_03331		(<)			ER
520999.PROVALCAL_00914		(>)			ER; (ER)
520999.PROVALCAL_02852		(<)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01313			+		ER
520999.PROVALCAL_02214			+		ER
520999.PROVALCAL_03815			+		ER
520999.PROVALCAL_00360				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_00365				(PF00345)	ER
520999.PROVALCAL_02212				(PF00345)	(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02211				(PF00577)	ER
520999.PROVALCAL_02215		+			ER
520999.PROVALCAL_01094			+		ER
520999.PROVALCAL_02149	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01433		+			(ER)
520999.PROVALCAL_00961	(+)				(ER); (plastid)
520999.PROVALCAL_00838	+				(plastid)
520999.PROVALCAL_03492	+				(ER)
520999.PROVALCAL_01140	(+)			(PF00577)	(ER)
520999.PROVALCAL_01453	(+)		+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03764				(PF00102)	plastid
520999.PROVALCAL_01390		(>)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00401	+				(plastid)
520999.PROVALCAL_00536	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02032	+				plastid
520999.PROVALCAL_01595	+			(PF00577)	not used
520999.PROVALCAL_01667	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02562	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02096	+		+
520999.PROVALCAL_03741		(<)	+
520999.PROVALCAL_00330	+				(plastid)
520999.PROVALCAL_02770	+		+
520999.PROVALCAL_02577			+		(ER)
520999.PROVALCAL_00607		(<)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00454	(+)				ER
520999.PROVALCAL_00709		(>)	+
520999.PROVALCAL_00442	+				(plastid)
520999.PROVALCAL_01006	+		+
520999.PROVALCAL_00660	+		+
520999.PROVALCAL_00714	(+)				mitochondrial
520999.PROVALCAL_00718	+			(PF03222)
520999.PROVALCAL_00478			+	(PF00577)
520999.PROVALCAL_00494	+				plastid
520999.PROVALCAL_00726	+	(<)
520999.PROVALCAL_00013		(<)			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01733	+				(ER)
520999.PROVALCAL_02240			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03115	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02958			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01288	+			(PF03222)
520999.PROVALCAL_03857	+	(>)
520999.PROVALCAL_01727			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02256			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02418			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03618	(+)				ER
520999.PROVALCAL_00927	+				plastid
520999.PROVALCAL_00034			+		(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03044		(<)	+
520999.PROVALCAL_02612	+	(>)
520999.PROVALCAL_03047	(+)				(ER)
520999.PROVALCAL_02874	+			(PF01129)
520999.PROVALCAL_00982		+			(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03834	+				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_00568	+				plastid
520999.PROVALCAL_03129	+				(ER)
520999.PROVALCAL_00369	(+)				(mitochondrial); mitochondrial
520999.PROVALCAL_02183	(+)				(ER)
520999.PROVALCAL_02689				(PF00345)	(ER)
520999.PROVALCAL_00532	+				plastid
520999.PROVALCAL_01315				(PF10571)	(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02825	(+)				(mitochondrial); (plastid)
520999.PROVALCAL_03573	+				plastid
520999.PROVALCAL_01788	+
520999.PROVALCAL_03320	+
520999.PROVALCAL_02148	+				not used
520999.PROVALCAL_03904	+
520999.PROVALCAL_03145	(+)	(>)
520999.PROVALCAL_04068	+
520999.PROVALCAL_02849			+
520999.PROVALCAL_00200		+
520999.PROVALCAL_03430		(<)
520999.PROVALCAL_01231			+
520999.PROVALCAL_01233		(<)			not used
520999.PROVALCAL_02009	+
520999.PROVALCAL_03244	+
520999.PROVALCAL_00555	(+)		+
520999.PROVALCAL_00552	+
520999.PROVALCAL_03633		+
520999.PROVALCAL_03000				(PF00577)
520999.PROVALCAL_03001				(PF00345)
520999.PROVALCAL_01445			+
520999.PROVALCAL_03174			+		not used
520999.PROVALCAL_03177	+
520999.PROVALCAL_03172			+		not used
520999.PROVALCAL_03178				(PF05257)	not used
520999.PROVALCAL_00930	+
520999.PROVALCAL_00151		(>)
520999.PROVALCAL_01189	+				not used
520999.PROVALCAL_01188		(<)
520999.PROVALCAL_02943			+
520999.PROVALCAL_00302	+				not used
520999.PROVALCAL_00309	+
520999.PROVALCAL_01149	+
520999.PROVALCAL_02304			+
520999.PROVALCAL_02305			+
520999.PROVALCAL_00520	+
520999.PROVALCAL_02787	+
520999.PROVALCAL_02788	+
520999.PROVALCAL_00636			+
520999.PROVALCAL_00639				(PF04383)
520999.PROVALCAL_03303	+				not used
520999.PROVALCAL_03762	+
520999.PROVALCAL_03582	+
520999.PROVALCAL_04082	+
520999.PROVALCAL_00094			+
520999.PROVALCAL_01852	(+)				(plastid)
520999.PROVALCAL_03977			+
520999.PROVALCAL_03972				(PF05257)
520999.PROVALCAL_03458		(>)
520999.PROVALCAL_03456		+
520999.PROVALCAL_01212	+
520999.PROVALCAL_01130			+
520999.PROVALCAL_01137	+
520999.PROVALCAL_01134	+
520999.PROVALCAL_03990	+
520999.PROVALCAL_03998	+
520999.PROVALCAL_01684	+
520999.PROVALCAL_01680			+
520999.PROVALCAL_02792	+
520999.PROVALCAL_02000	+
520999.PROVALCAL_03574		+
520999.PROVALCAL_03577			+
520999.PROVALCAL_02317		+
520999.PROVALCAL_01460	+
520999.PROVALCAL_01461	+
520999.PROVALCAL_03750	+
520999.PROVALCAL_03196		(>)
520999.PROVALCAL_00955	+
520999.PROVALCAL_00954			+
520999.PROVALCAL_03894			+
520999.PROVALCAL_02969			+
520999.PROVALCAL_02964	(+)			(PF00577)
520999.PROVALCAL_02966				(PF00345)
520999.PROVALCAL_02224	+
520999.PROVALCAL_00328	+
520999.PROVALCAL_00329	+
520999.PROVALCAL_00326	+
520999.PROVALCAL_02894		(>)
520999.PROVALCAL_01261		(>)
520999.PROVALCAL_01266		(<)
520999.PROVALCAL_01127	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01126		+
520999.PROVALCAL_02411	+
520999.PROVALCAL_00437	+
520999.PROVALCAL_01698		(>)
520999.PROVALCAL_01690	+
520999.PROVALCAL_00506	+
520999.PROVALCAL_01052	+
520999.PROVALCAL_02768	+
520999.PROVALCAL_02769	+
520999.PROVALCAL_02560	+
520999.PROVALCAL_00618	+				not used
520999.PROVALCAL_03607	+
520999.PROVALCAL_02102	+
520999.PROVALCAL_03361	(+)				(ER); not used
520999.PROVALCAL_03364	+
520999.PROVALCAL_01676			+
520999.PROVALCAL_01470		(>)
520999.PROVALCAL_03746		(>)
520999.PROVALCAL_03696	+
520999.PROVALCAL_02804		(<)
520999.PROVALCAL_01906		(>)
520999.PROVALCAL_03078	+
520999.PROVALCAL_01875	+
520999.PROVALCAL_01871		+
520999.PROVALCAL_01870	+
520999.PROVALCAL_00057			+
520999.PROVALCAL_00337	+
520999.PROVALCAL_01278			+
520999.PROVALCAL_01273			+		not used
520999.PROVALCAL_01274			+
520999.PROVALCAL_01508	+
520999.PROVALCAL_01507		(>)
520999.PROVALCAL_04057	+
520999.PROVALCAL_01060			+
520999.PROVALCAL_02771	+
520999.PROVALCAL_02772				(PF07720)
520999.PROVALCAL_02579				(PF04383)
520999.PROVALCAL_00605			+
520999.PROVALCAL_02710	+
520999.PROVALCAL_02112				(PF03222)
520999.PROVALCAL_02116	(+)				(plastid)
520999.PROVALCAL_01462			+
520999.PROVALCAL_03510			+		not used
520999.PROVALCAL_01644	+
520999.PROVALCAL_01648	+
520999.PROVALCAL_01484	+
520999.PROVALCAL_01480	+
520999.PROVALCAL_02607	+
520999.PROVALCAL_03734	+
520999.PROVALCAL_02591	+
520999.PROVALCAL_00996		(<)
520999.PROVALCAL_00990		(>)
520999.PROVALCAL_03590	+
520999.PROVALCAL_01809		(>)
520999.PROVALCAL_01801		(>)
520999.PROVALCAL_02444	+
520999.PROVALCAL_01245	+
520999.PROVALCAL_01103		+
520999.PROVALCAL_01102		+
520999.PROVALCAL_01107	+
520999.PROVALCAL_01105	+
520999.PROVALCAL_00292	+
520999.PROVALCAL_01922	+
520999.PROVALCAL_02120	+
520999.PROVALCAL_02121			+
520999.PROVALCAL_03436		(>)
520999.PROVALCAL_02636	+
520999.PROVALCAL_02637			+
520999.PROVALCAL_03724	+
520999.PROVALCAL_01183	(+)				(plastid)
520999.PROVALCAL_02914	+
520999.PROVALCAL_01182	+
520999.PROVALCAL_04008			+
520999.PROVALCAL_01812		(<)			not used
520999.PROVALCAL_00070	+
520999.PROVALCAL_00071		(>)
520999.PROVALCAL_00440	+
520999.PROVALCAL_03861			+
520999.PROVALCAL_00680	+
520999.PROVALCAL_03869			+
520999.PROVALCAL_02752	+
520999.PROVALCAL_04025	+				not used
520999.PROVALCAL_02354		(<)
520999.PROVALCAL_01719			+
520999.PROVALCAL_01862	(+)		+
520999.PROVALCAL_03409			+
520999.PROVALCAL_02134			+
520999.PROVALCAL_02629	+
520999.PROVALCAL_03663	(+)		+
520999.PROVALCAL_03666	(+)	(<)
520999.PROVALCAL_03393			+
520999.PROVALCAL_01824	+
520999.PROVALCAL_00065			+
520999.PROVALCAL_03890	+
520999.PROVALCAL_02461	+
520999.PROVALCAL_00276	+
520999.PROVALCAL_01010			+
520999.PROVALCAL_03879				(PF03222)
520999.PROVALCAL_02346			+
520999.PROVALCAL_02341	(+)	(>)
520999.PROVALCAL_02722	(+)		+
520999.PROVALCAL_02726	+
520999.PROVALCAL_02725	+
520999.PROVALCAL_00675			+
520999.PROVALCAL_01706			+
520999.PROVALCAL_02437	+
520999.PROVALCAL_03701		(>)
520999.PROVALCAL_03706	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_03414	+
520999.PROVALCAL_02511				(PF00707)
520999.PROVALCAL_02040			+		not used
520999.PROVALCAL_03382	+
520999.PROVALCAL_02933		(<)
520999.PROVALCAL_03248		(<)
520999.PROVALCAL_03249	+
520999.PROVALCAL_01833		+
520999.PROVALCAL_01831	+
520999.PROVALCAL_04006	(+)	+
520999.PROVALCAL_00015			+
520999.PROVALCAL_03256	+
520999.PROVALCAL_00120			+
520999.PROVALCAL_00269				(PF00345)
520999.PROVALCAL_03721			+
520999.PROVALCAL_02735	+
520999.PROVALCAL_01085	+
520999.PROVALCAL_00484			+
520999.PROVALCAL_01738	+
520999.PROVALCAL_01731		(>)
520999.PROVALCAL_02399		(>)
520999.PROVALCAL_01601	+
520999.PROVALCAL_03238			+
520999.PROVALCAL_02648	+
520999.PROVALCAL_02640			+
520999.PROVALCAL_04002			+
520999.PROVALCAL_03606			+
520999.PROVALCAL_03604			+
520999.PROVALCAL_03944	+
520999.PROVALCAL_02715			+
520999.PROVALCAL_03113	+
520999.PROVALCAL_03119		(>)
520999.PROVALCAL_03287		+
520999.PROVALCAL_00218	+
520999.PROVALCAL_01643	+
520999.PROVALCAL_00008		(>)			not used
520999.PROVALCAL_02891		+
520999.PROVALCAL_00002				(PF00345)
520999.PROVALCAL_00004			+
520999.PROVALCAL_01282	+
520999.PROVALCAL_03221	+
520999.PROVALCAL_01350	+
520999.PROVALCAL_03850	+
520999.PROVALCAL_03718		+
520999.PROVALCAL_01393	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_02254	(+)				plastid
520999.PROVALCAL_01220	+
520999.PROVALCAL_01483	(+)				(plastid)
520999.PROVALCAL_00745	+
520999.PROVALCAL_03271	+
520999.PROVALCAL_02886	+
520999.PROVALCAL_04026	+
520999.PROVALCAL_02668	+
520999.PROVALCAL_02859		+
520999.PROVALCAL_03914			+
520999.PROVALCAL_01349		+
520999.PROVALCAL_03216			+
520999.PROVALCAL_03821	+
520999.PROVALCAL_03824	+
520999.PROVALCAL_03841	+
520999.PROVALCAL_02244	(+)		+
520999.PROVALCAL_02059	(+)	(<)
520999.PROVALCAL_01194		(<)
520999.PROVALCAL_02409			+
520999.PROVALCAL_00758	+
520999.PROVALCAL_00752	+
520999.PROVALCAL_02066		+
520999.PROVALCAL_03046	+
520999.PROVALCAL_03448	(+)	+
520999.PROVALCAL_01573	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01408	+				not used
520999.PROVALCAL_00023			+
520999.PROVALCAL_02871				(PF05257)
520999.PROVALCAL_01489			+
520999.PROVALCAL_00117		+
520999.PROVALCAL_03832		(<)
520999.PROVALCAL_03835	+				not used
520999.PROVALCAL_03836			+
520999.PROVALCAL_00346	+
520999.PROVALCAL_00344		+
520999.PROVALCAL_01741			+
520999.PROVALCAL_03205			+
520999.PROVALCAL_00690	+
520999.PROVALCAL_00696		+			not used
520999.PROVALCAL_00566	+
520999.PROVALCAL_00567			+
520999.PROVALCAL_02543			+
520999.PROVALCAL_02051	+
520999.PROVALCAL_02544			+
520999.PROVALCAL_02503	+
520999.PROVALCAL_02698				(PF00345)
520999.PROVALCAL_01562		+
520999.PROVALCAL_00371	+
520999.PROVALCAL_03630	+
520999.PROVALCAL_03635		(<)
520999.PROVALCAL_00907	+
520999.PROVALCAL_01411	+				not used
520999.PROVALCAL_04048	+
520999.PROVALCAL_01968	(+)	(<)
520999.PROVALCAL_00164	+
520999.PROVALCAL_00221	+
520999.PROVALCAL_01221			+
520999.PROVALCAL_03795			+
520999.PROVALCAL_01366	+
520999.PROVALCAL_04066			+		not used
520999.PROVALCAL_00681		+
520999.PROVALCAL_01511		(<)
520999.PROVALCAL_01770	+				not used
520999.PROVALCAL_01773	+
520999.PROVALCAL_01172	(+)		+
520999.PROVALCAL_01170			+
520999.PROVALCAL_02464			+
520999.PROVALCAL_01082	+
520999.PROVALCAL_00579	+
520999.PROVALCAL_02268	+
520999.PROVALCAL_00771				(PF05257)
520999.PROVALCAL_02518	(+)			PF00620
520999.PROVALCAL_02512				(PF00707)
520999.PROVALCAL_01799			+
520999.PROVALCAL_03484		(<)
520999.PROVALCAL_03445	+
520999.PROVALCAL_01421	+
520999.PROVALCAL_01424	(+)				(mitochondrial)
520999.PROVALCAL_01426	(+)	(<)
520999.PROVALCAL_00820	+
520999.PROVALCAL_03150		(>)
520999.PROVALCAL_00918	+
520999.PROVALCAL_02855	+
520999.PROVALCAL_00829	+
520999.PROVALCAL_03926	+
520999.PROVALCAL_01317	+
520999.PROVALCAL_00545	+
520999.PROVALCAL_00364				(PF00577)
520999.PROVALCAL_04085			+
520999.PROVALCAL_01165			+
520999.PROVALCAL_02329	+
520999.PROVALCAL_00788	+
520999.PROVALCAL_02528	(+)
520999.PROVALCAL_02520	(+)
520999.PROVALCAL_00228	(+)
520999.PROVALCAL_02146	(+)
520999.PROVALCAL_03408	(+)
520999.PROVALCAL_04063	(+)
520999.PROVALCAL_04069	(+)				not used
520999.PROVALCAL_01944	(+)
520999.PROVALCAL_03431	(+)
520999.PROVALCAL_03955	(+)
520999.PROVALCAL_02259	(+)
520999.PROVALCAL_00375	(+)
520999.PROVALCAL_01236	(+)
520999.PROVALCAL_03494	(+)
520999.PROVALCAL_02338	(+)
520999.PROVALCAL_02207	(+)
520999.PROVALCAL_02153	(+)
520999.PROVALCAL_03313	(+)
520999.PROVALCAL_01859	(+)
520999.PROVALCAL_00970	(+)
520999.PROVALCAL_00973	(+)
520999.PROVALCAL_02832	(+)
520999.PROVALCAL_03468	(+)
520999.PROVALCAL_02410	(+)
520999.PROVALCAL_01337	(+)
520999.PROVALCAL_01338	(+)
520999.PROVALCAL_00529	(+)
520999.PROVALCAL_02015	(+)
520999.PROVALCAL_00634	(+)
520999.PROVALCAL_00635	(+)
520999.PROVALCAL_00631	(+)
520999.PROVALCAL_02495	(+)
520999.PROVALCAL_03760	(+)
520999.PROVALCAL_03167	(+)
520999.PROVALCAL_03164	(+)
520999.PROVALCAL_00940	(+)
520999.PROVALCAL_00095	(+)
520999.PROVALCAL_01926	(+)
520999.PROVALCAL_03979	(+)
520999.PROVALCAL_03976	(+)
520999.PROVALCAL_03971	(+)
520999.PROVALCAL_01563	(+)
520999.PROVALCAL_00318	(+)				not used
520999.PROVALCAL_00148	(+)
520999.PROVALCAL_00533	(+)
520999.PROVALCAL_02791	(+)
520999.PROVALCAL_02559	(+)
520999.PROVALCAL_01661	(+)
520999.PROVALCAL_01468	(+)
520999.PROVALCAL_03757	(+)
520999.PROVALCAL_03685	(+)
520999.PROVALCAL_00951	(+)
520999.PROVALCAL_00320	(+)
520999.PROVALCAL_03649	(+)
520999.PROVALCAL_03982	(+)
520999.PROVALCAL_02767	(+)
520999.PROVALCAL_02364	(+)
520999.PROVALCAL_02108	(+)
520999.PROVALCAL_02100	(+)
520999.PROVALCAL_02314	(+)
520999.PROVALCAL_03366	(+)
520999.PROVALCAL_00620	(+)				not used
520999.PROVALCAL_03567	(+)
520999.PROVALCAL_02616	(+)
520999.PROVALCAL_02615	(+)
520999.PROVALCAL_02973	(+)
520999.PROVALCAL_00181	(+)				not used
520999.PROVALCAL_01879	(+)
520999.PROVALCAL_00050	+
520999.PROVALCAL_00333	(+)
520999.PROVALCAL_02397	(+)
520999.PROVALCAL_03277	(+)
520999.PROVALCAL_00427	(+)
520999.PROVALCAL_02865	(+)
520999.PROVALCAL_00663	(+)
520999.PROVALCAL_01066	(+)
520999.PROVALCAL_02778	(+)
520999.PROVALCAL_02377	(+)
520999.PROVALCAL_03425	(+)
520999.PROVALCAL_00880	(+)
520999.PROVALCAL_01486	(+)				not used
520999.PROVALCAL_03731	(+)
520999.PROVALCAL_00995	(+)
520999.PROVALCAL_00042	(+)
520999.PROVALCAL_03596	(+)
520999.PROVALCAL_00558	(+)
520999.PROVALCAL_00452	(+)
520999.PROVALCAL_00456	(+)
520999.PROVALCAL_02555	(+)
520999.PROVALCAL_00650	(+)
520999.PROVALCAL_01076	(+)
520999.PROVALCAL_02666	(+)
520999.PROVALCAL_02740	(+)
520999.PROVALCAL_00674	(+)
520999.PROVALCAL_03349	(+)
520999.PROVALCAL_00705	(+)
520999.PROVALCAL_02639	(+)
520999.PROVALCAL_03233	(+)
520999.PROVALCAL_03232	(+)
520999.PROVALCAL_00859	(+)
520999.PROVALCAL_00850	(+)
520999.PROVALCAL_00391	(+)
520999.PROVALCAL_02913	(+)
520999.PROVALCAL_02918	(+)
520999.PROVALCAL_01816	(+)
520999.PROVALCAL_01255	(+)
520999.PROVALCAL_03885	(+)
520999.PROVALCAL_00447	(+)
520999.PROVALCAL_00282	(+)
520999.PROVALCAL_02757	(+)
520999.PROVALCAL_02754	(+)
520999.PROVALCAL_00688	(+)
520999.PROVALCAL_01717	(+)
520999.PROVALCAL_03791	(+)
520999.PROVALCAL_03539	(+)
520999.PROVALCAL_03080	(+)
520999.PROVALCAL_03083	(+)
520999.PROVALCAL_03245	(+)
520999.PROVALCAL_02929	(+)
520999.PROVALCAL_01171	(+)
520999.PROVALCAL_01084	(+)
520999.PROVALCAL_00470	(+)
520999.PROVALCAL_00472	(+)
520999.PROVALCAL_00576	(+)
520999.PROVALCAL_00571	(+)
520999.PROVALCAL_00653	(+)
520999.PROVALCAL_01704	(+)
520999.PROVALCAL_02434	(+)
520999.PROVALCAL_01633	(+)
520999.PROVALCAL_02658	(+)
520999.PROVALCAL_03700	(+)
520999.PROVALCAL_03259	(+)
520999.PROVALCAL_00873	(+)
520999.PROVALCAL_01522	(+)
520999.PROVALCAL_03419	(+)				not used
520999.PROVALCAL_02729	(+)
520999.PROVALCAL_03675	(+)
520999.PROVALCAL_03438	(+)
520999.PROVALCAL_00704	(+)
520999.PROVALCAL_02510	(+)
520999.PROVALCAL_00128	(+)
520999.PROVALCAL_00464	(+)
520999.PROVALCAL_02738	(+)
520999.PROVALCAL_01739	(+)
520999.PROVALCAL_00019	(+)
520999.PROVALCAL_01609	(+)
520999.PROVALCAL_03066	(+)
520999.PROVALCAL_00574	(+)
520999.PROVALCAL_03260	(+)
520999.PROVALCAL_03261	(+)
520999.PROVALCAL_01515	(+)
520999.PROVALCAL_01516	(+)
520999.PROVALCAL_01517	(+)
520999.PROVALCAL_01518	(+)
520999.PROVALCAL_03603	(+)
520999.PROVALCAL_03605	(+)
520999.PROVALCAL_00866	(+)
520999.PROVALCAL_03230	(+)
520999.PROVALCAL_00549	(+)
520999.PROVALCAL_03288	(+)
520999.PROVALCAL_00009	(+)				not used
520999.PROVALCAL_02890	(+)
520999.PROVALCAL_00500	(+)
520999.PROVALCAL_02898	(+)
520999.PROVALCAL_01289	(+)
520999.PROVALCAL_00254	(+)
520999.PROVALCAL_00255	(+)
520999.PROVALCAL_01726	(+)
520999.PROVALCAL_02708	(+)
520999.PROVALCAL_02417	(+)
520999.PROVALCAL_01614	(+)
520999.PROVALCAL_02075	(+)
520999.PROVALCAL_03077	(+)
520999.PROVALCAL_03611	(+)
520999.PROVALCAL_03617	(+)
520999.PROVALCAL_00923	(+)
520999.PROVALCAL_03296	(+)
520999.PROVALCAL_00036	(+)
520999.PROVALCAL_04028	(+)
520999.PROVALCAL_01299	(+)
520999.PROVALCAL_03827	(+)
520999.PROVALCAL_02716	(+)
520999.PROVALCAL_02404	(+)
520999.PROVALCAL_02064	(+)
520999.PROVALCAL_01577	(+)
520999.PROVALCAL_00933	(+)
520999.PROVALCAL_02095	(+)
520999.PROVALCAL_01993	(+)
520999.PROVALCAL_01970	(+)
520999.PROVALCAL_02097	(+)
520999.PROVALCAL_00213	(+)
520999.PROVALCAL_03208	(+)
520999.PROVALCAL_00589	(+)
520999.PROVALCAL_00585	(+)
520999.PROVALCAL_00648	(+)
520999.PROVALCAL_00347	(+)
520999.PROVALCAL_02016	(+)
520999.PROVALCAL_03015	(+)
520999.PROVALCAL_00900	(+)
520999.PROVALCAL_00903	(+)
520999.PROVALCAL_00832	(+)
520999.PROVALCAL_03457	(+)
520999.PROVALCAL_01982	(+)				not used
520999.PROVALCAL_02868	(+)
520999.PROVALCAL_04045	(+)
520999.PROVALCAL_01969	(+)
520999.PROVALCAL_00229	(+)
520999.PROVALCAL_00591	(+)
520999.PROVALCAL_00597	(+)
520999.PROVALCAL_03804	(+)
520999.PROVALCAL_01771	(+)
520999.PROVALCAL_03338	(+)
520999.PROVALCAL_03780	(+)
520999.PROVALCAL_01083	(+)
520999.PROVALCAL_00773	(+)				not used
520999.PROVALCAL_00776	(+)
520999.PROVALCAL_03736	(+)
520999.PROVALCAL_02684	(+)
520999.PROVALCAL_01790	(+)
520999.PROVALCAL_03487	(+)
520999.PROVALCAL_00897	(+)
520999.PROVALCAL_02850	(+)
520999.PROVALCAL_02856	(+)
520999.PROVALCAL_01882	(+)
520999.PROVALCAL_00172	(+)
520999.PROVALCAL_03923	(+)
520999.PROVALCAL_03812	(+)
520999.PROVALCAL_02450	(+)
520999.PROVALCAL_00781	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 1.0 (10/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.875 (7/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================