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Effective results for Alicycliphilus denitrificans K601 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 237
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 26 eukaryotic-like domains, contained in 237 proteins (41 high, 196 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
596154.Alide2_4640(PF13607) (PF13549) (PF13380)(mitochondrial)
596154.Alide2_1232(PF13607) (PF13549) (PF13380)(mitochondrial); (plastid)
596154.Alide2_1841(PF13607) (PF13549) (PF13380)(mitochondrial)
596154.Alide2_1376(PF00330) (PF00694)(mitochondrial); (plastid)
596154.Alide2_4674(PF02515)mitochondrial
596154.Alide2_1629(PF02786)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_3902(PF00033)(ER)
596154.Alide2_4641(PF02786)(mitochondrial)
596154.Alide2_1425(PF02239)ER
596154.Alide2_0392(PF04536)mitochondrial
596154.Alide2_0393(PF04536)ER
596154.Alide2_3858(PF00665)(mitochondrial); mitochondrial
596154.Alide2_2729(PF04536)ER
596154.Alide2_2728(PF04536)mitochondrial
596154.Alide2_1161(PF13607) (PF13549) (PF13380)
596154.Alide2_4535(PF13607) (PF13549) (PF13380)
596154.Alide2_1951(PF00403)ER
596154.Alide2_2154(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_3369(PF04536)ER
596154.Alide2_2964(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_0031(PF13607) (PF13549) (PF13380)
596154.Alide2_3379(PF00403)ER
596154.Alide2_4287(PF03737)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_0737(PF02786)(mitochondrial)
596154.Alide2_2351(PF02239)ER
596154.Alide2_3184(PF02786)mitochondrial
596154.Alide2_0514(PF02515)(ER)
596154.Alide2_2907(PF13607) (PF13549) (PF13380)
596154.Alide2_1834(PF02515)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_1831(PF00665) (PF13276)(mitochondrial)
596154.Alide2_3409(PF13565)mitochondrial; plastid
596154.Alide2_0181(PF02786)(mitochondrial)
596154.Alide2_2164(PF00403)ER
596154.Alide2_2349(PF02239)ER
596154.Alide2_2345(PF02239)ER
596154.Alide2_0882(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_2745(PF02239)ER
596154.Alide2_0677(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_2484(PF02786)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_4315(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_1272(PF10502)ER
596154.Alide2_3831(PF02786)mitochondrial
596154.Alide2_1872(PF02786)mitochondrial
596154.Alide2_3537(PF03737)mitochondrial
596154.Alide2_3533(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_3004(PF00665)(mitochondrial); mitochondrial
596154.Alide2_2681(PF02786)(ER)
596154.Alide2_1863(PF02515)ER; (ER)
596154.Alide2_4143(PF02786)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_1880(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_1466(PF02515)(ER)
596154.Alide2_2206(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
596154.Alide2_0230(PF13607) (PF13549) (PF13380)
596154.Alide2_1483(PF02515)(ER)
596154.Alide2_0975(PF00330) (PF00694)
596154.Alide2_2195(PF00403)plastid
596154.Alide2_2155(PF01695)(ER)
596154.Alide2_3052(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_4119(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_2180(PF10502)(mitochondrial)
596154.Alide2_1764(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0006(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0958(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_3938(PF03972)(mitochondrial)
596154.Alide2_4389(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_2963(PF01695)(ER)
596154.Alide2_3391(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_3370(PF04536)(mitochondrial)
596154.Alide2_2173(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0738(PF02786)(mitochondrial)
596154.Alide2_2834(PF02201)(ER)
596154.Alide2_1587(PF10502)(mitochondrial)
596154.Alide2_2755(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0881(PF01695)(ER)
596154.Alide2_0886(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_3030PF07287(plastid)
596154.Alide2_2102(PF00330) (PF00694)
596154.Alide2_0676(PF01695)(ER)
596154.Alide2_4316(PF01695)(ER)
596154.Alide2_4313(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0249(PF05704)(mitochondrial)
596154.Alide2_3528(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_0334(PF00330) (PF00694)
596154.Alide2_1879(PF01695)(ER)
596154.Alide2_3532(PF01695)(ER)
596154.Alide2_0221(PF01695)(ER)
596154.Alide2_1310(PF10996)(plastid)
596154.Alide2_1467(PF02515)(ER)
596154.Alide2_2205(PF01695)(ER)
596154.Alide2_2077(PF00665) (PF13276)
596154.Alide2_1520(PF13452)
596154.Alide2_1521(PF02515)
596154.Alide2_2219(PF00330)
596154.Alide2_2502(PF03737)
596154.Alide2_1243(PF02515)
596154.Alide2_3918(PF02515)
596154.Alide2_0200PF01527
596154.Alide2_0202(PF01695)
596154.Alide2_4120PF01527
596154.Alide2_3915(PF03972)
596154.Alide2_2223(PF02515)
596154.Alide2_1533(PF03972)
596154.Alide2_3053PF01527
596154.Alide2_3059PF01527
596154.Alide2_0570PF07287
596154.Alide2_0571(PF14330)
596154.Alide2_0218PF01527
596154.Alide2_3905(PF00033)
596154.Alide2_4118PF01527
596154.Alide2_4110(PF02515)
596154.Alide2_1479(PF03972)
596154.Alide2_1509(PF13452)
596154.Alide2_1504(PF03972)
596154.Alide2_2521(PF02515)
596154.Alide2_2429PF01527
596154.Alide2_1765PF01527
596154.Alide2_2732(PF00403)
596154.Alide2_3605(PF02515)
596154.Alide2_0007PF01527
596154.Alide2_0959PF01527
596154.Alide2_4651(PF13452)
596154.Alide2_4650(PF02515)
596154.Alide2_1515(PF03972)
596154.Alide2_1514(PF02515)
596154.Alide2_0485(PF03972)
596154.Alide2_3852PF01527
596154.Alide2_3853(PF13276)
596154.Alide2_3854PF01527
596154.Alide2_2727(PF10996)
596154.Alide2_3630(PF02515)
596154.Alide2_1949(PF00403)
596154.Alide2_3702(PF13276)
596154.Alide2_3703PF01527
596154.Alide2_0010(PF02515)
596154.Alide2_0015(PF02786)
596154.Alide2_0014PF07287
596154.Alide2_1560(PF00665)
596154.Alide2_4539(PF02201)
596154.Alide2_3159(PF03737)
596154.Alide2_3156(PF03737)
596154.Alide2_0386PF01527
596154.Alide2_4390PF01527
596154.Alide2_0159(PF02515)
596154.Alide2_0150(PF02515)
596154.Alide2_0152(PF13452)
596154.Alide2_0154(PF13452)
596154.Alide2_2974(PF10502)
596154.Alide2_4525PF07287
596154.Alide2_3362PF01527
596154.Alide2_3366(PF00403)
596154.Alide2_3160(PF03737)
596154.Alide2_0624(PF13565)
596154.Alide2_2701(PF13276)
596154.Alide2_2700PF01527
596154.Alide2_0481(PF02515)
596154.Alide2_0539(PF02515)
596154.Alide2_3942(PF00330)
596154.Alide2_3941(PF00694)
596154.Alide2_1144(PF02515)
596154.Alide2_1147(PF02515)
596154.Alide2_0149(PF03972)
596154.Alide2_0142(PF13452)
596154.Alide2_3390PF01527
596154.Alide2_0851(PF11969)
596154.Alide2_3371(PF10996)
596154.Alide2_3377(PF00403)
596154.Alide2_1498(PF02515)
596154.Alide2_1491PF07287
596154.Alide2_2773(PF13565)
596154.Alide2_1039(PF03972)
596154.Alide2_0042(PF00403)
596154.Alide2_0041(PF00403)
596154.Alide2_1930(PF00665)
596154.Alide2_2172PF01527
596154.Alide2_3569(PF13565)
596154.Alide2_1554PF01527
596154.Alide2_1551(PF00665)
596154.Alide2_0860(PF00033)
596154.Alide2_4504(PF02515)
596154.Alide2_3349(PF10502)
596154.Alide2_1487(PF02515)
596154.Alide2_1486(PF02515)
596154.Alide2_1730(PF10996)
596154.Alide2_3969PF01527
596154.Alide2_1234(PF02515)
596154.Alide2_1830PF01527
596154.Alide2_0293(PF03737)
596154.Alide2_0189(PF02515)
596154.Alide2_0182PF07287
596154.Alide2_0186(PF02515)
596154.Alide2_0184(PF02515)
596154.Alide2_2756PF01527
596154.Alide2_3971PF01527
596154.Alide2_3970(PF13276)
596154.Alide2_1820(PF00403)
596154.Alide2_0887PF01527
596154.Alide2_3212(PF02515)
596154.Alide2_2749(PF00403)
596154.Alide2_1041(PF02515)
596154.Alide2_2810(PF10502)
596154.Alide2_1851(PF03972)
596154.Alide2_1859(PF02515)
596154.Alide2_1670(PF02515)
596154.Alide2_1679(PF02515)
596154.Alide2_1117(PF00403)
596154.Alide2_0418PF01527
596154.Alide2_0417(PF13276)
596154.Alide2_4314PF01527
596154.Alide2_1849(PF13452)
596154.Alide2_3529PF01527
596154.Alide2_3527PF01527
596154.Alide2_4098(PF02515)
596154.Alide2_4545(PF13452)
596154.Alide2_1684(PF02515)
596154.Alide2_1066(PF00330)
596154.Alide2_1065(PF00694)
596154.Alide2_2783PF01527
596154.Alide2_0336(PF03737)
596154.Alide2_4307(PF13565)
596154.Alide2_0259(PF02515)
596154.Alide2_1308(PF00330)
596154.Alide2_1306(PF00694)
596154.Alide2_1875PF07287
596154.Alide2_3005(PF01695)
596154.Alide2_0437(PF13565)
596154.Alide2_2685PF01527
596154.Alide2_1861(PF03972)
596154.Alide2_0137(PF02515)
596154.Alide2_3497(PF02515)
596154.Alide2_1866(PF13452)
596154.Alide2_2518(PF02515)
596154.Alide2_2479(PF02515)
596154.Alide2_0680PF01527
596154.Alide2_3811PF01527
596154.Alide2_4211(PF03737)
596154.Alide2_4680(PF02515)
596154.Alide2_2076PF01527

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================