Effective results for Burkholderia sp. CCGE1002 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 1084
- Predicted by EffectiveT3: 389 (high confidence), 433 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 26 within, 9 before, 44 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 119
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 125 proteins (12 high, 113 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
640511.BC1002_6583	+			(PF11790)	(mitochondrial); plastid
640511.BC1002_2386		+			(ER)
640511.BC1002_0832				(PF14347)	ER
640511.BC1002_3156			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_1014		+			(ER)
640511.BC1002_3385			+		ER
640511.BC1002_2391	+				(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_5015				(PF01161)	ER; (ER)
640511.BC1002_3943			+		ER
640511.BC1002_4730			+		ER
640511.BC1002_4857			+		(ER); ER
640511.BC1002_5314			+		ER
640511.BC1002_1838	+				(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_1833			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_4756				(PF14347)	ER
640511.BC1002_6441				(PF08857)	mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_0919		(>)			ER
640511.BC1002_1054				(PF01177)	mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_2800			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_4562		+			mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_5470			+		ER
640511.BC1002_1686			+		ER
640511.BC1002_2848			+		ER
640511.BC1002_4327			+		ER
640511.BC1002_4852		(>)			ER
640511.BC1002_5530				(PF04366)	(ER); ER
640511.BC1002_6230				(PF01594)	ER
640511.BC1002_3807		+			ER
640511.BC1002_3808				(PF00116)	ER
640511.BC1002_0592			+		ER
640511.BC1002_1344		(>)			(mitochondrial)
640511.BC1002_1966		(>)			ER
640511.BC1002_3267			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_3260	+	+		(PF04952)
640511.BC1002_4647				(PF01161)	ER
640511.BC1002_5726				(PF01594)	ER
640511.BC1002_6523				(PF01809)	mitochondrial
640511.BC1002_5264		(>)			mitochondrial
640511.BC1002_0033	+				mitochondrial; plastid
640511.BC1002_0031	+				ER; mitochondrial
640511.BC1002_0994				(PF01594)	ER
640511.BC1002_3500		(<)			ER
640511.BC1002_4170	+				(ER)
640511.BC1002_0655			+		mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_2681				(PF01220)	(mitochondrial)
640511.BC1002_2475		(<)			(mitochondrial)
640511.BC1002_0434			+		ER
640511.BC1002_4217				(PF01292)	(ER)
640511.BC1002_1241				(PF01594)	(mitochondrial); (ER)
640511.BC1002_0803			+		ER
640511.BC1002_4476		+			ER
640511.BC1002_4471				(PF04366)	ER
640511.BC1002_3295				(PF00116)	(mitochondrial)
640511.BC1002_5981				(PF04366)	ER
640511.BC1002_2450				(PF13436)	ER
640511.BC1002_2457			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_5186	+				mitochondrial
640511.BC1002_4112		+			ER
640511.BC1002_0561			+		ER
640511.BC1002_3149		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_2551		(>)			ER; (ER)
640511.BC1002_1167		(<)			ER
640511.BC1002_6086			+		ER
640511.BC1002_4707	+				ER; (ER)
640511.BC1002_6248			+		mitochondrial
640511.BC1002_6062		+			ER
640511.BC1002_0527		(>)			ER
640511.BC1002_2594		(>)			ER
640511.BC1002_3183				(PF01809)	ER
640511.BC1002_1028				(PF01177)	(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_1129		(>)			ER
640511.BC1002_4998		(>)			ER
640511.BC1002_2024	+				(ER)
640511.BC1002_0883		(>)			ER
640511.BC1002_2819	+				(ER)
640511.BC1002_2641			+		ER
640511.BC1002_3231			+		mitochondrial
640511.BC1002_0259			+		ER
640511.BC1002_5359			+		(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_5520	+				(ER)
640511.BC1002_1082				(PF00116)	ER
640511.BC1002_0234	+				ER; (ER)
640511.BC1002_1748			+		ER
640511.BC1002_3662			+		ER
640511.BC1002_3278			+		ER
640511.BC1002_6744				(PF01292)	(ER)
640511.BC1002_0968		(<)			ER
640511.BC1002_4802		(>)			ER
640511.BC1002_4656			+		ER
640511.BC1002_4655	(+)			(PF01292)	(ER)
640511.BC1002_0399	+				ER
640511.BC1002_1725			+		ER
640511.BC1002_2702		(>)			(mitochondrial)
640511.BC1002_1499	+			(PF01050)	plastid
640511.BC1002_1494				(PF04366)	(ER); ER
640511.BC1002_1939	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_0606	(+)		+		(ER)
640511.BC1002_1237		(>)			(mitochondrial)
640511.BC1002_4408		+			(ER)
640511.BC1002_2931				(PF01161)	mitochondrial
640511.BC1002_3789				(PF01292)	ER
640511.BC1002_3689			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_5457				(PF01177)	ER
640511.BC1002_0172			+		(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_5797		+			mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_1789			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_4201				(PF01594)	ER; (ER)
640511.BC1002_1259			+		ER
640511.BC1002_5402		(>)			(mitochondrial); (ER)
640511.BC1002_4841	+				mitochondrial
640511.BC1002_2434	+				(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_3903			+		(ER)
640511.BC1002_3459		+			ER; (ER)
640511.BC1002_0857	+				(plastid)
640511.BC1002_6288			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_4503	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_5032	+			(PF01292)
640511.BC1002_4342	+				(ER)
640511.BC1002_4757				(PF14347)	(mitochondrial)
640511.BC1002_5346	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_6589	+			(PF11790)
640511.BC1002_6582	+				mitochondrial; not used
640511.BC1002_0891	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_6757	(+)				(ER)
640511.BC1002_5910		+
640511.BC1002_0322	+				(plastid)
640511.BC1002_2841	+				(plastid)
640511.BC1002_0912	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_3079	+				plastid
640511.BC1002_0342				(PF00116)	(ER)
640511.BC1002_2226	+				plastid
640511.BC1002_1964	(+)				mitochondrial
640511.BC1002_6001	+				(plastid)
640511.BC1002_4078		(>)			(mitochondrial)
640511.BC1002_5857				(PF08028)	(plastid)
640511.BC1002_1772			+		(plastid)
640511.BC1002_4810			+		(plastid)
640511.BC1002_2710	+				(plastid)
640511.BC1002_3549				(PF01292)	(ER)
640511.BC1002_5269	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2280	+				(plastid)
640511.BC1002_5816	(+)				(ER)
640511.BC1002_5246	(+)				(ER)
640511.BC1002_1904	(+)				mitochondrial
640511.BC1002_6222	+				plastid
640511.BC1002_1220	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2115		(>)			(ER)
640511.BC1002_0075	+				plastid
640511.BC1002_4174	+				(plastid)
640511.BC1002_0672	+				plastid
640511.BC1002_6168			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_3102		(<)	+
640511.BC1002_5181	+				(plastid)
640511.BC1002_3723	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_0137	+		+
640511.BC1002_3914	+			(PF01161)
640511.BC1002_1161	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_6304		+			(plastid)
640511.BC1002_3936	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_3169	+				(plastid)
640511.BC1002_5393	(+)				(ER)
640511.BC1002_5640	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_5005	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_0829	(+)				ER
640511.BC1002_2836	(+)		+		(mitochondrial)
640511.BC1002_3402	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_6047	+				(plastid)
640511.BC1002_4489	+				plastid
640511.BC1002_3970	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2625			+		(plastid)
640511.BC1002_1823		+			(mitochondrial)
640511.BC1002_3211	+	(>)
640511.BC1002_1699				PF04916 PF15508
640511.BC1002_3232	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_5968	(+)				(ER)
640511.BC1002_2782	+			(PF02900)
640511.BC1002_2664	(+)				(ER); (plastid)
640511.BC1002_3363	+	+
640511.BC1002_6247	+		+
640511.BC1002_3816			+	(PF01050)
640511.BC1002_0582	+				(plastid)
640511.BC1002_1769			+		(plastid)
640511.BC1002_1350	+		+
640511.BC1002_2891	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_5849	(+)				mitochondrial
640511.BC1002_4826				(PF00116)	(plastid)
640511.BC1002_1958				(PF01292)	(plastid)
640511.BC1002_0021			+		(mitochondrial)
640511.BC1002_3989	(+)				ER
640511.BC1002_0186	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
640511.BC1002_3573		(>)		(PF02900)
640511.BC1002_4965	(+)				(mitochondrial); (plastid)
640511.BC1002_1213	+		+
640511.BC1002_3513	+			PF10908
640511.BC1002_4797	+			(PF06779)
640511.BC1002_5047	(+)				ER
640511.BC1002_1405	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_2504	+				(plastid)
640511.BC1002_2997	+				(plastid)
640511.BC1002_3470	+				plastid
640511.BC1002_4405	+				(mitochondrial)
640511.BC1002_4102	+		+
640511.BC1002_3735				(PF01292)	(ER)
640511.BC1002_5674	(+)				mitochondrial; plastid
640511.BC1002_3453	+			(PF05988)
640511.BC1002_4718	+
640511.BC1002_4719	+
640511.BC1002_4716		+
640511.BC1002_0769	+
640511.BC1002_2544	+
640511.BC1002_0497	+
640511.BC1002_0496	+
640511.BC1002_5114				(PF07080)
640511.BC1002_5237	+
640511.BC1002_5387	+
640511.BC1002_3711	+
640511.BC1002_3717	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_3714	+
640511.BC1002_3430	+
640511.BC1002_3380	+
640511.BC1002_6093	+
640511.BC1002_6678				(PF01177)
640511.BC1002_0833			+
640511.BC1002_1810	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_1816	(+)				(ER)
640511.BC1002_6503		(>)
640511.BC1002_4733	+
640511.BC1002_4323	+
640511.BC1002_6280		+
640511.BC1002_1034	+
640511.BC1002_1151				(PF14588)
640511.BC1002_3889	+
640511.BC1002_3883	+
640511.BC1002_3415	+
640511.BC1002_6421				(PF01594)
640511.BC1002_6072	+
640511.BC1002_6615	+				not used
640511.BC1002_3961	+
640511.BC1002_3967	+
640511.BC1002_2613	+
640511.BC1002_2616	+
640511.BC1002_4346				(PF02900)
640511.BC1002_4348	+
640511.BC1002_1834			+
640511.BC1002_1835	+
640511.BC1002_1836	+
640511.BC1002_4755		(>)
640511.BC1002_2581	+
640511.BC1002_2583	+
640511.BC1002_0728	+
640511.BC1002_3191	+
640511.BC1002_3196				(PF01292)
640511.BC1002_5067	+
640511.BC1002_5064	+
640511.BC1002_1056	+
640511.BC1002_1055	+
640511.BC1002_1130	+
640511.BC1002_1138	+
640511.BC1002_0818	+
640511.BC1002_3752	(+)			(PF01594)
640511.BC1002_3750	+
640511.BC1002_5349	(+)			(PF01292)
640511.BC1002_5344	+
640511.BC1002_6581	+
640511.BC1002_6056	+
640511.BC1002_4564				PF10908
640511.BC1002_0905	(+)				(plastid)
640511.BC1002_3031	+
640511.BC1002_2248			+
640511.BC1002_4597	+
640511.BC1002_2630	+
640511.BC1002_2639		(>)
640511.BC1002_4369	+
640511.BC1002_4368			+
640511.BC1002_4362	+
640511.BC1002_4366	(+)	+
640511.BC1002_1854	+
640511.BC1002_1851	+
640511.BC1002_4774	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_0093	+
640511.BC1002_2038	+
640511.BC1002_2034	(+)			PF10908
640511.BC1002_3200	+
640511.BC1002_5911	+
640511.BC1002_1079	+
640511.BC1002_3062	+
640511.BC1002_2864	+
640511.BC1002_2863	+
640511.BC1002_0245	+
640511.BC1002_4098	+
640511.BC1002_4097	+
640511.BC1002_0935	+
640511.BC1002_4547		(>)
640511.BC1002_3011	(+)				(plastid)
640511.BC1002_3018	+
640511.BC1002_2658	+
640511.BC1002_1878	+
640511.BC1002_1872			+
640511.BC1002_1301				(PF01050)
640511.BC1002_1304	+
640511.BC1002_3651	(+)	+
640511.BC1002_3655	+
640511.BC1002_5552	(+)		+
640511.BC1002_3223	+
640511.BC1002_2010	+
640511.BC1002_6354			+
640511.BC1002_0220	+
640511.BC1002_6017			+
640511.BC1002_5897	+
640511.BC1002_5893	+
640511.BC1002_3078	+
640511.BC1002_3074	+
640511.BC1002_2206	+
640511.BC1002_4850		+
640511.BC1002_4328	+
640511.BC1002_1322		(>)
640511.BC1002_3672	+
640511.BC1002_6338	+
640511.BC1002_1453	+
640511.BC1002_3242			+
640511.BC1002_6236	+
640511.BC1002_0696	+
640511.BC1002_3801	+
640511.BC1002_4058	(+)		+
640511.BC1002_4057				(PF14832)
640511.BC1002_4056	+
640511.BC1002_4581	+
640511.BC1002_5466	(+)				(ER)
640511.BC1002_5464			+
640511.BC1002_3582				(PF01220)
640511.BC1002_2196			+
640511.BC1002_1752		(>)
640511.BC1002_4873			+
640511.BC1002_4877	+
640511.BC1002_1340		(>)
640511.BC1002_3614	+
640511.BC1002_5516	+
640511.BC1002_3261	+
640511.BC1002_2059				(PF06779)
640511.BC1002_1507	(+)				(plastid)
640511.BC1002_1289			+
640511.BC1002_5642	+
640511.BC1002_0958		(>)
640511.BC1002_0959		(>)
640511.BC1002_6508		(>)
640511.BC1002_5858	+
640511.BC1002_5859	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_5850	+
640511.BC1002_1775	+
640511.BC1002_4819	+
640511.BC1002_4818				(PF14588)
640511.BC1002_4811	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_5283	+
640511.BC1002_1944	+
640511.BC1002_1941	+
640511.BC1002_4627	+
640511.BC1002_4622	+
640511.BC1002_1566	(+)			(PF06779)
640511.BC1002_6244	(+)			(PF11397)
640511.BC1002_0389	+
640511.BC1002_0216	+
640511.BC1002_4018		(<)
640511.BC1002_0212	+
640511.BC1002_6524	+
640511.BC1002_5876	+
640511.BC1002_3095	+
640511.BC1002_3090	+
640511.BC1002_6384	+				not used
640511.BC1002_1710			+
640511.BC1002_4833				(PF01177)
640511.BC1002_4831	+
640511.BC1002_0442				(PF01809)
640511.BC1002_5124				(PF08028)
640511.BC1002_5268	+
640511.BC1002_5262	+
640511.BC1002_1928	+
640511.BC1002_1922	+
640511.BC1002_6321				(PF05988)
640511.BC1002_1440	+
640511.BC1002_4602			+
640511.BC1002_4604	+
640511.BC1002_3370	+
640511.BC1002_3373	+
640511.BC1002_3374	+
640511.BC1002_2362	+
640511.BC1002_2369	+
640511.BC1002_2175	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2170	+
640511.BC1002_5749	+
640511.BC1002_6102	+
640511.BC1002_1739				(PF01177)
640511.BC1002_0469				(PF01292)
640511.BC1002_5243	+
640511.BC1002_5245	+
640511.BC1002_0059			+
640511.BC1002_5147	+
640511.BC1002_1909				(PF01177)
640511.BC1002_4192	+
640511.BC1002_3352	+
640511.BC1002_3351	(+)				(ER)
640511.BC1002_3356	+
640511.BC1002_2343	+
640511.BC1002_0612				(PF01050)
640511.BC1002_0614	+
640511.BC1002_2759	+
640511.BC1002_4976			+
640511.BC1002_3999	+
640511.BC1002_3503	+
640511.BC1002_5835				(PF08028)
640511.BC1002_5836				(PF08028)
640511.BC1002_6126	+
640511.BC1002_5019	+
640511.BC1002_0401	+
640511.BC1002_5224		(>)
640511.BC1002_5226	+
640511.BC1002_5222	+
640511.BC1002_3690	+
640511.BC1002_2929			+
640511.BC1002_0070			+
640511.BC1002_0864			+
640511.BC1002_3330				(PF04952)
640511.BC1002_5921	+
640511.BC1002_3520			+
640511.BC1002_3522	+
640511.BC1002_3527	+
640511.BC1002_2130			+
640511.BC1002_2132		(>)
640511.BC1002_6493				PF05212
640511.BC1002_4436	+
640511.BC1002_0794	+
640511.BC1002_2493	+
640511.BC1002_2492	+
640511.BC1002_1478	+
640511.BC1002_4232	+
640511.BC1002_1472		(>)
640511.BC1002_4155			+
640511.BC1002_0653	+
640511.BC1002_4937	+
640511.BC1002_1263	(+)				(plastid)
640511.BC1002_2686	+
640511.BC1002_1883	+
640511.BC1002_1463	+
640511.BC1002_6308	+
640511.BC1002_2510	+
640511.BC1002_2477	+
640511.BC1002_0438	+
640511.BC1002_5622	+
640511.BC1002_6237	+
640511.BC1002_1639			+
640511.BC1002_6369	+
640511.BC1002_3290	+
640511.BC1002_3294				PF10908
640511.BC1002_5987		(>)
640511.BC1002_2537		(>)
640511.BC1002_2981				PF10908
640511.BC1002_4276				(PF08857)
640511.BC1002_4118	+
640511.BC1002_4116				(PF02900)
640511.BC1002_1986				PF04572
640511.BC1002_3725	(+)				(plastid)
640511.BC1002_5600	+
640511.BC1002_3460	(+)			(PF04952)
640511.BC1002_3465			+
640511.BC1002_1610	+
640511.BC1002_0179	+
640511.BC1002_0821	+
640511.BC1002_4493	(+)				(ER)
640511.BC1002_2088	+
640511.BC1002_0778	(+)				plastid
640511.BC1002_0773	+
640511.BC1002_2435	+
640511.BC1002_0482	(+)				(mitochondrial); not used
640511.BC1002_0480	+				not used
640511.BC1002_0503			+
640511.BC1002_4252	+
640511.BC1002_3704	+
640511.BC1002_3707	(+)				(plastid)
640511.BC1002_3702	+
640511.BC1002_5669	+
640511.BC1002_5665	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_5663				(PF08028)
640511.BC1002_4538	+
640511.BC1002_0549	(+)				(ER)
640511.BC1002_3935			+
640511.BC1002_0840				(PF14588)
640511.BC1002_2571	+
640511.BC1002_3160	+
640511.BC1002_3162	+
640511.BC1002_1142	+
640511.BC1002_3896				(PF01594)
640511.BC1002_3898	+
640511.BC1002_5391	+
640511.BC1002_3762	(+)	(>)
640511.BC1002_5649	+
640511.BC1002_2385	+
640511.BC1002_6602	+
640511.BC1002_6600	+
640511.BC1002_3950	+
640511.BC1002_3953		(>)
640511.BC1002_3952	+
640511.BC1002_3959	(+)			(PF01594)
640511.BC1002_2602	+
640511.BC1002_4352	+
640511.BC1002_1808	+
640511.BC1002_1802	+
640511.BC1002_4723				(PF02900)
640511.BC1002_4721		(>)
640511.BC1002_0907			+
640511.BC1002_6471				(PF12588)
640511.BC1002_0731	+
640511.BC1002_3189	+
640511.BC1002_0822				(PF01161)
640511.BC1002_6296	+
640511.BC1002_1126			+
640511.BC1002_1128				(PF04952)
640511.BC1002_4293			+
640511.BC1002_6456	+				not used
640511.BC1002_6451				PF00536
640511.BC1002_2834	+
640511.BC1002_0293	(+)				plastid
640511.BC1002_0129	+
640511.BC1002_6040	+
640511.BC1002_5023				(PF04952)
640511.BC1002_3975	+
640511.BC1002_3972	+
640511.BC1002_2628	+
640511.BC1002_4377	+
640511.BC1002_4371	+
640511.BC1002_4378	+
640511.BC1002_4379				(PF01220)
640511.BC1002_4746	+
640511.BC1002_0889	+
640511.BC1002_6459		+
640511.BC1002_5905	+
640511.BC1002_1593	+
640511.BC1002_0315	+
640511.BC1002_2818		+
640511.BC1002_2811	+
640511.BC1002_2810		+
640511.BC1002_0279	+
640511.BC1002_0274	+
640511.BC1002_5685	+
640511.BC1002_6021				(PF01177)
640511.BC1002_4550				(PF04952)
640511.BC1002_4556			+
640511.BC1002_1690	+
640511.BC1002_3025			+
640511.BC1002_3024	+
640511.BC1002_3027	+
640511.BC1002_3026	+
640511.BC1002_2255	+
640511.BC1002_4312	+
640511.BC1002_4310	(+)			(PF05988)
640511.BC1002_5541			+
640511.BC1002_2003	+
640511.BC1002_1069	+
640511.BC1002_3839	+
640511.BC1002_0333				(PF01594)
640511.BC1002_0271	+
640511.BC1002_0270				(PF00116)
640511.BC1002_0277	+
640511.BC1002_5356	+
640511.BC1002_2663	+
640511.BC1002_1319	+
640511.BC1002_1867	+
640511.BC1002_1860	+
640511.BC1002_3303	+
640511.BC1002_5525	+
640511.BC1002_5522	+
640511.BC1002_2063	+
640511.BC1002_6764	+				not used
640511.BC1002_6767				(PF00116)
640511.BC1002_5942		(>)
640511.BC1002_5946				(PF01220)
640511.BC1002_1081	+
640511.BC1002_1087				(PF05988)
640511.BC1002_0681	+
640511.BC1002_3811	+
640511.BC1002_5319		(>)
640511.BC1002_4048	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_4040	+
640511.BC1002_0909	+
640511.BC1002_0110		+
640511.BC1002_5884				(PF08028)
640511.BC1002_6684				PF00536
640511.BC1002_2219	+
640511.BC1002_1743	+
640511.BC1002_1740	+
640511.BC1002_4861	(+)				(ER)
640511.BC1002_3667	+
640511.BC1002_5500				(PF07080)	not used
640511.BC1002_5503	+
640511.BC1002_3270			+
640511.BC1002_3272	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2048	+
640511.BC1002_2047	+
640511.BC1002_4677	+
640511.BC1002_6742				(PF01292)
640511.BC1002_3584	+
640511.BC1002_6366	+
640511.BC1002_6361	+
640511.BC1002_1294	+
640511.BC1002_6517	+
640511.BC1002_6514	+
640511.BC1002_3598	+
640511.BC1002_2187	+
640511.BC1002_2232	+
640511.BC1002_3042			+
640511.BC1002_3048	+
640511.BC1002_0586				(PF01050)
640511.BC1002_1356			+
640511.BC1002_2952	+
640511.BC1002_3606	+
640511.BC1002_1979				(PF16155)
640511.BC1002_0003	+
640511.BC1002_4658		+
640511.BC1002_4653	+
640511.BC1002_6725	+
640511.BC1002_0394	+
640511.BC1002_2729	+				not used
640511.BC1002_2728	+				not used
640511.BC1002_5711				(PF08028)
640511.BC1002_5713	+
640511.BC1002_5714				(PF08028)
640511.BC1002_5848	+
640511.BC1002_5846				(PF08028)
640511.BC1002_1708	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_2976	(+)				(plastid)
640511.BC1002_5273	+
640511.BC1002_1957	+
640511.BC1002_0029	+
640511.BC1002_4635				(PF00116)
640511.BC1002_1576			+
640511.BC1002_6250	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_1184		(<)
640511.BC1002_0933	+
640511.BC1002_2375	+
640511.BC1002_0100			+
640511.BC1002_2700			+
640511.BC1002_2706	+
640511.BC1002_4024	+
640511.BC1002_4025	+
640511.BC1002_5487		(>)
640511.BC1002_2143	+
640511.BC1002_3086			+
640511.BC1002_5869	+
640511.BC1002_0451	+
640511.BC1002_5131	+
640511.BC1002_2918	+
640511.BC1002_0041			+
640511.BC1002_4611	+
640511.BC1002_1555				(PF14588)
640511.BC1002_0603	+
640511.BC1002_2760	+
640511.BC1002_6351	(+)	+
640511.BC1002_6426	+
640511.BC1002_6424	+
640511.BC1002_1234			+
640511.BC1002_2163		(>)
640511.BC1002_2167	+
640511.BC1002_5755	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_0986	+
640511.BC1002_2294	+
640511.BC1002_2297	(+)				(plastid)
640511.BC1002_4406				(PF08028)
640511.BC1002_5803				(PF02900)
640511.BC1002_6132	+
640511.BC1002_5236	+
640511.BC1002_6643	+
640511.BC1002_1911	+
640511.BC1002_4182	+
640511.BC1002_5371	+
640511.BC1002_3321				(PF01050)
640511.BC1002_0990			+
640511.BC1002_0668	+
640511.BC1002_4969	(+)				(mitochondrial)
640511.BC1002_4968	(+)			(PF01292)
640511.BC1002_4792	(+)				(plastid)
640511.BC1002_0562	+
640511.BC1002_4887	+
640511.BC1002_2483			+
640511.BC1002_2484	+
640511.BC1002_5172	+
640511.BC1002_1734			+
640511.BC1002_0929	+
640511.BC1002_0640				PF10908
640511.BC1002_0647	(+)				plastid
640511.BC1002_5451	+
640511.BC1002_1667	(+)				ER
640511.BC1002_1891	(+)	(>)
640511.BC1002_3533	+
640511.BC1002_6316	+
640511.BC1002_2465			+
640511.BC1002_1428			+
640511.BC1002_0466	+
640511.BC1002_1640	+
640511.BC1002_2691	+
640511.BC1002_2692	+
640511.BC1002_5408	+
640511.BC1002_5403				(PF07080)
640511.BC1002_1410	+
640511.BC1002_6191	(+)				(plastid)
640511.BC1002_4847				(PF04952)
640511.BC1002_2445	+
640511.BC1002_4699				(PF02900)
640511.BC1002_4695				(PF08028)
640511.BC1002_4694		(<)
640511.BC1002_0226	+
640511.BC1002_4900	+
640511.BC1002_4908	+
640511.BC1002_5429			+
640511.BC1002_0814	+
640511.BC1002_3642	+
640511.BC1002_3288	+
640511.BC1002_0749	+
640511.BC1002_0744	+
640511.BC1002_4400	+
640511.BC1002_5196	+
640511.BC1002_1193	+
640511.BC1002_4109	+
640511.BC1002_4106	+
640511.BC1002_4103	+
640511.BC1002_5675	+
640511.BC1002_3458	+
640511.BC1002_1606				(PF14588)
640511.BC1002_6656				PF00536
640511.BC1002_0556	+
640511.BC1002_0550	+
640511.BC1002_3924	+				not used
640511.BC1002_3925	+
640511.BC1002_4710	(+)
640511.BC1002_3151	(+)
640511.BC1002_0472	(+)
640511.BC1002_1174	(+)
640511.BC1002_3715	+
640511.BC1002_3386	(+)
640511.BC1002_2395	(+)
640511.BC1002_0741	(+)
640511.BC1002_0538	(+)
640511.BC1002_0140	(+)
640511.BC1002_6504	(+)
640511.BC1002_4731	(+)
640511.BC1002_6464	(+)
640511.BC1002_3176	(+)
640511.BC1002_3170	(+)
640511.BC1002_6282	(+)
640511.BC1002_6422	(+)
640511.BC1002_6073	(+)
640511.BC1002_5037	(+)
640511.BC1002_5038	(+)
640511.BC1002_4349	(+)
640511.BC1002_1832	(+)
640511.BC1002_4750	(+)
640511.BC1002_0729	(+)
640511.BC1002_5933	(+)
640511.BC1002_0723	(+)
640511.BC1002_3192	(+)
640511.BC1002_3195	(+)
640511.BC1002_5063	(+)
640511.BC1002_1050	(+)
640511.BC1002_1139	(+)
640511.BC1002_3759	(+)
640511.BC1002_6587	(+)
640511.BC1002_6055	(+)
640511.BC1002_6058	(+)
640511.BC1002_3030	(+)
640511.BC1002_0895	(+)
640511.BC1002_0896	(+)
640511.BC1002_6756	(+)
640511.BC1002_1526	(+)
640511.BC1002_1439	(+)
640511.BC1002_2795	(+)
640511.BC1002_2797	(+)
640511.BC1002_2861	(+)
640511.BC1002_4096	(+)
640511.BC1002_4092	(+)
640511.BC1002_3019	(+)
640511.BC1002_2262	(+)
640511.BC1002_2263	(+)
640511.BC1002_2654	(+)
640511.BC1002_1308	(+)
640511.BC1002_5551	(+)
640511.BC1002_3227	(+)
640511.BC1002_6352	(+)
640511.BC1002_1095	(+)
640511.BC1002_5304	(+)
640511.BC1002_3796	(+)
640511.BC1002_0202	(+)
640511.BC1002_6012	(+)
640511.BC1002_3077	(+)
640511.BC1002_2675	(+)
640511.BC1002_2672	(+)
640511.BC1002_4853	(+)
640511.BC1002_4858	(+)
640511.BC1002_3241	(+)
640511.BC1002_6750	+
640511.BC1002_6753	(+)
640511.BC1002_1524	(+)
640511.BC1002_5016	(+)
640511.BC1002_5953	(+)
640511.BC1002_5326	(+)
640511.BC1002_4582	(+)
640511.BC1002_4586	(+)
640511.BC1002_3581	(+)
640511.BC1002_0214	(+)
640511.BC1002_4878	(+)
640511.BC1002_1346	(+)
640511.BC1002_1349	(+)
640511.BC1002_3613	(+)
640511.BC1002_3585	(+)
640511.BC1002_3262	(+)
640511.BC1002_4641	(+)
640511.BC1002_6738	(+)
640511.BC1002_1288	(+)
640511.BC1002_5701	(+)
640511.BC1002_5708	(+)
640511.BC1002_5853	(+)
640511.BC1002_1362	(+)
640511.BC1002_3639	(+)
640511.BC1002_2941	(+)
640511.BC1002_5280	(+)				not used
640511.BC1002_5289	(+)
640511.BC1002_5288	(+)
640511.BC1002_1946	(+)
640511.BC1002_0011	(+)
640511.BC1002_0384	(+)
640511.BC1002_3844	(+)
640511.BC1002_3840	(+)
640511.BC1002_2157	(+)
640511.BC1002_6526	(+)
640511.BC1002_6522	(+)
640511.BC1002_6388	(+)
640511.BC1002_1717	(+)
640511.BC1002_1712	(+)
640511.BC1002_4837	(+)
640511.BC1002_1924	(+)
640511.BC1002_0528	(+)
640511.BC1002_0635	(+)
640511.BC1002_4034	(+)
640511.BC1002_2179	(+)
640511.BC1002_2284	(+)
640511.BC1002_5817	(+)
640511.BC1002_1483	(+)
640511.BC1002_1738	(+)
640511.BC1002_5107	(+)
640511.BC1002_5102	(+)
640511.BC1002_5247	(+)
640511.BC1002_2902	(+)
640511.BC1002_1907	(+)
640511.BC1002_4198	(+)
640511.BC1002_6734	(+)
640511.BC1002_2345	(+)
640511.BC1002_4975	(+)
640511.BC1002_1222	(+)
640511.BC1002_3997	(+)
640511.BC1002_0403	(+)
640511.BC1002_2922	(+)
640511.BC1002_2928	(+)
640511.BC1002_0863	(+)
640511.BC1002_1204	(+)
640511.BC1002_6499	(+)
640511.BC1002_0790	(+)
640511.BC1002_0514	(+)
640511.BC1002_4895	(+)
640511.BC1002_5202	(+)
640511.BC1002_4234	(+)
640511.BC1002_1471	(+)
640511.BC1002_4157	(+)
640511.BC1002_2304	(+)
640511.BC1002_1653	(+)				not used
640511.BC1002_1658	(+)
640511.BC1002_4939	(+)
640511.BC1002_4932	(+)
640511.BC1002_1260	(+)
640511.BC1002_6167	(+)
640511.BC1002_2471	(+)
640511.BC1002_4219	(+)
640511.BC1002_4138	(+)
640511.BC1002_1249	(+)
640511.BC1002_1243	(+)
640511.BC1002_0118	(+)
640511.BC1002_4475	(+)
640511.BC1002_3296	(+)
640511.BC1002_2530	(+)
640511.BC1002_2533	(+)
640511.BC1002_3469	(+)
640511.BC1002_3462	(+)
640511.BC1002_6647	(+)
640511.BC1002_0568	(+)
640511.BC1002_6345	(+)
640511.BC1002_6344	(+)
640511.BC1002_4499	(+)
640511.BC1002_2086	(+)
640511.BC1002_0771	(+)
640511.BC1002_0772	(+)
640511.BC1002_3144	(+)
640511.BC1002_3140	(+)
640511.BC1002_2552	(+)
640511.BC1002_2430	(+)
640511.BC1002_2439	(+)
640511.BC1002_0481	(+)
640511.BC1002_0509	(+)
640511.BC1002_1164	(+)
640511.BC1002_3443	(+)
640511.BC1002_6081	(+)
640511.BC1002_4534	(+)
640511.BC1002_1791	(+)
640511.BC1002_0546	(+)
640511.BC1002_3934	(+)
640511.BC1002_0849	(+)
640511.BC1002_0841	(+)
640511.BC1002_0941	(+)
640511.BC1002_1144	(+)
640511.BC1002_5641	(+)
640511.BC1002_2381	(+)
640511.BC1002_6249	(+)
640511.BC1002_4511	(+)
640511.BC1002_4512	(+)
640511.BC1002_6601	(+)
640511.BC1002_5008	(+)
640511.BC1002_1800	(+)
640511.BC1002_4724	(+)
640511.BC1002_0902	(+)
640511.BC1002_0084	(+)
640511.BC1002_6476	(+)
640511.BC1002_3186	(+)
640511.BC1002_6298	(+)
640511.BC1002_1026	(+)
640511.BC1002_2832	(+)
640511.BC1002_3409	(+)
640511.BC1002_6596	(+)
640511.BC1002_5026	(+)
640511.BC1002_0504	(+)
640511.BC1002_4992	(+)
640511.BC1002_3979	(+)
640511.BC1002_3977	(+)
640511.BC1002_2624	(+)
640511.BC1002_2626	(+)
640511.BC1002_3216	(+)
640511.BC1002_3217	(+)
640511.BC1002_1595	(+)
640511.BC1002_1109	(+)
640511.BC1002_1107	(+)
640511.BC1002_0318	(+)
640511.BC1002_0319	(+)
640511.BC1002_2812	(+)
640511.BC1002_2817	(+)
640511.BC1002_4551	(+)
640511.BC1002_1696	(+)
640511.BC1002_3021	(+)
640511.BC1002_3020	(+)
640511.BC1002_2252	(+)
640511.BC1002_4313	(+)
640511.BC1002_1842	(+)
640511.BC1002_4764	(+)				not used
640511.BC1002_1060	(+)
640511.BC1002_2785	(+)
640511.BC1002_0335	(+)
640511.BC1002_3788	(+)
640511.BC1002_6008	(+)
640511.BC1002_2660	(+)
640511.BC1002_2666	(+)
640511.BC1002_3365	(+)
640511.BC1002_1861	(+)
640511.BC1002_3648	(+)
640511.BC1002_3256	(+)
640511.BC1002_0621	+
640511.BC1002_5943	(+)
640511.BC1002_6242	(+)
640511.BC1002_4123	(+)
640511.BC1002_0688	(+)
640511.BC1002_6241	(+)
640511.BC1002_0356	(+)
640511.BC1002_4042	(+)
640511.BC1002_4043	(+)
640511.BC1002_5085	(+)
640511.BC1002_4867	(+)
640511.BC1002_4862	(+)
640511.BC1002_3668	(+)
640511.BC1002_3660	(+)				not used
640511.BC1002_3666	(+)
640511.BC1002_3665	(+)
640511.BC1002_2046	(+)
640511.BC1002_3879	(+)
640511.BC1002_0211	(+)
640511.BC1002_2959	(+)
640511.BC1002_5299	(+)
640511.BC1002_1977	(+)
640511.BC1002_1976	(+)
640511.BC1002_0009	(+)
640511.BC1002_0001	(+)
640511.BC1002_4652	(+)
640511.BC1002_0240	(+)
640511.BC1002_5362	(+)
640511.BC1002_4000	(+)
640511.BC1002_5847	(+)
640511.BC1002_1709	(+)
640511.BC1002_4820	(+)
640511.BC1002_3625	(+)
640511.BC1002_3628	(+)
640511.BC1002_5270	(+)
640511.BC1002_3367	(+)
640511.BC1002_6037	(+)
640511.BC1002_0107	(+)
640511.BC1002_2708	(+)
640511.BC1002_5484	(+)
640511.BC1002_2149	(+)
640511.BC1002_5865	(+)
640511.BC1002_1722	(+)
640511.BC1002_1724	(+)
640511.BC1002_6118	(+)
640511.BC1002_2910	(+)
640511.BC1002_5257	(+)
640511.BC1002_0045	(+)
640511.BC1002_0049	(+)
640511.BC1002_6270	(+)
640511.BC1002_3347	(+)
640511.BC1002_0607	(+)
640511.BC1002_0600	(+)
640511.BC1002_2761	(+)
640511.BC1002_3986	(+)
640511.BC1002_0189	(+)
640511.BC1002_0188	(+)
640511.BC1002_0182	(+)
640511.BC1002_3574	(+)
640511.BC1002_5751	(+)
640511.BC1002_0981	(+)
640511.BC1002_6138	(+)
640511.BC1002_0068	(+)
640511.BC1002_4187	(+)				not used
640511.BC1002_3786	(+)
640511.BC1002_3329	(+)
640511.BC1002_2335	(+)
640511.BC1002_0660	+
640511.BC1002_2747	(+)
640511.BC1002_3515	(+)
640511.BC1002_4794	(+)
640511.BC1002_6485	(+)
640511.BC1002_1451	(+)
640511.BC1002_1455	(+)
640511.BC1002_5826	(+)
640511.BC1002_4885	(+)
640511.BC1002_2486	(+)
640511.BC1002_3684	(+)
640511.BC1002_3308	(+)
640511.BC1002_4942	(+)
640511.BC1002_1896	(+)
640511.BC1002_2121	(+)
640511.BC1002_6315	(+)
640511.BC1002_1785	(+)
640511.BC1002_1783	(+)
640511.BC1002_5152	(+)
640511.BC1002_5109	(+)
640511.BC1002_0825	(+)
640511.BC1002_6346	(+)
640511.BC1002_0052	(+)
640511.BC1002_1250	(+)				not used
640511.BC1002_2690	(+)
640511.BC1002_4466	(+)
640511.BC1002_4690	(+)
640511.BC1002_3472	(+)
640511.BC1002_3476	(+)
640511.BC1002_4906	(+)
640511.BC1002_1865	(+)
640511.BC1002_3900	(+)
640511.BC1002_3907	(+)
640511.BC1002_3904	(+)
640511.BC1002_0811	(+)
640511.BC1002_2523	(+)
640511.BC1002_2421	(+)
640511.BC1002_5193	(+)
640511.BC1002_5801	+
640511.BC1002_4249	(+)
640511.BC1002_1992	(+)
640511.BC1002_3732	(+)
640511.BC1002_3734	(+)
640511.BC1002_5672	(+)
640511.BC1002_5671	(+)
640511.BC1002_6542	(+)
640511.BC1002_0559	(+)
640511.BC1002_3926	(+)
640511.BC1002_3922	(+)
640511.BC1002_5444	(+)
640511.BC1002_5443	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================