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Effective results for Enterobacter asburiae LF7a (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 632
- Predicted by EffectiveT3: 162 (high confidence), 282 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 24 within, 17 before, 40 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 89
- Predicted by EffectiveELD: 11 eukaryotic-like domains, contained in 54 proteins (0 high, 54 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
640513.Entas_0013(>)(PF00367)ER
640513.Entas_2540+ER
640513.Entas_0062(+)+(ER)
640513.Entas_1883(PF13347)(mitochondrial)
640513.Entas_2620(PF03222)ER
640513.Entas_0932+ER
640513.Entas_2285+(mitochondrial)
640513.Entas_3156+ER
640513.Entas_0129(PF05704)(mitochondrial)
640513.Entas_1896+ER
640513.Entas_0945+(mitochondrial)
640513.Entas_0959+(mitochondrial)
640513.Entas_0954(>)ER
640513.Entas_3552(PF03222)(ER)
640513.Entas_3827(PF03222)(ER); plastid
640513.Entas_1601(>)mitochondrial
640513.Entas_2942+(ER); ER
640513.Entas_2493(PF01204)ER
640513.Entas_3838+ER
640513.Entas_4144(>)ER
640513.Entas_1614+(mitochondrial); (plastid)
640513.Entas_0394+ER
640513.Entas_0719+ER
640513.Entas_1029+ER
640513.Entas_1758(>)ER
640513.Entas_0111+(mitochondrial)
640513.Entas_3198+mitochondrial; (mitochondrial)
640513.Entas_2227+(mitochondrial)
640513.Entas_1963+ER
640513.Entas_0181(<)(ER)
640513.Entas_4399+(mitochondrial)
640513.Entas_1634(PF00367)mitochondrial; (mitochondrial)
640513.Entas_3672+ER
640513.Entas_0141+(ER)
640513.Entas_0376+(mitochondrial)
640513.Entas_0172+ER
640513.Entas_2590+ER
640513.Entas_2591+ER
640513.Entas_3244(PF00367)ER
640513.Entas_3243(PF07678)ER
640513.Entas_0699(<)(mitochondrial)
640513.Entas_4467(<)ER
640513.Entas_2690+ER
640513.Entas_2696+ER
640513.Entas_2276+(mitochondrial)
640513.Entas_4218+(ER)
640513.Entas_1890+ER
640513.Entas_2539(>)ER
640513.Entas_2040+ER
640513.Entas_3409(>)ER
640513.Entas_4406+(mitochondrial)
640513.Entas_3790(<)(ER); (plastid)
640513.Entas_1074(>)ER
640513.Entas_0321(>)ER
640513.Entas_1798+(mitochondrial); (plastid)
640513.Entas_4198(PF00959)(mitochondrial)
640513.Entas_2070+(mitochondrial)
640513.Entas_1676+(mitochondrial)
640513.Entas_2418+ER; (ER)
640513.Entas_2892(PF13347)(mitochondrial)
640513.Entas_3788+ER
640513.Entas_0200+(ER)
640513.Entas_1864+ER
640513.Entas_4239+ER
640513.Entas_2060(>)ER
640513.Entas_3424(PF00367)(ER)
640513.Entas_2330+ER
640513.Entas_0655(<)ER
640513.Entas_1303+mitochondrial
640513.Entas_1879+ER
640513.Entas_0307(>)mitochondrial
640513.Entas_0875(>)ER
640513.Entas_3922(>)ER
640513.Entas_3430(PF00367)mitochondrial
640513.Entas_3664(>)ER
640513.Entas_1514(>)ER
640513.Entas_1578+ER; (ER)
640513.Entas_1190(>)ER
640513.Entas_0863+ER
640513.Entas_2514+ER
640513.Entas_3173(PF01204)ER
640513.Entas_0109+mitochondrial
640513.Entas_1219+ER
640513.Entas_4064+(>)(plastid)
640513.Entas_0796+(mitochondrial); mitochondrial
640513.Entas_4336+(mitochondrial)
640513.Entas_0923+(mitochondrial)
640513.Entas_1431+(mitochondrial)
640513.Entas_3909(+)+mitochondrial; (plastid)
640513.Entas_3539(>)ER
640513.Entas_4010+(mitochondrial)
640513.Entas_3716(+)(mitochondrial)
640513.Entas_3037+(mitochondrial)
640513.Entas_4299++
640513.Entas_4438(<)+
640513.Entas_3558(+)(ER)
640513.Entas_2010(+)(mitochondrial)
640513.Entas_0573+(mitochondrial)
640513.Entas_0574(+)mitochondrial; (mitochondrial)
640513.Entas_1023(+)ER
640513.Entas_2647+plastid
640513.Entas_4397(PF13347)(ER)
640513.Entas_2729(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1039(+)+(plastid)
640513.Entas_1635+(>)
640513.Entas_0117(<)(ER)
640513.Entas_1944(+)(mitochondrial)
640513.Entas_0101(+)mitochondrial
640513.Entas_0191(+)ER
640513.Entas_1388++
640513.Entas_3466+(plastid)
640513.Entas_0835(>)(mitochondrial)
640513.Entas_0838+(mitochondrial)
640513.Entas_2245(+)(mitochondrial)
640513.Entas_3401(+)ER; (ER)
640513.Entas_3791+(PF03222)
640513.Entas_1810+(mitochondrial)
640513.Entas_2674+(plastid)
640513.Entas_3783(>)(mitochondrial)
640513.Entas_2734+(plastid)
640513.Entas_2737(+)(mitochondrial)
640513.Entas_3141+plastid
640513.Entas_1872+(<)
640513.Entas_2743(+)(ER)
640513.Entas_2656(>)(ER)
640513.Entas_1051(+)ER
640513.Entas_0490+(mitochondrial)
640513.Entas_0407++
640513.Entas_2589+plastid
640513.Entas_0487+(>)
640513.Entas_1209+(plastid)
640513.Entas_1739+plastid
640513.Entas_2846(+)(ER)
640513.Entas_2186(+)(mitochondrial)
640513.Entas_4203+
640513.Entas_3011(+)(plastid)
640513.Entas_1959+
640513.Entas_1315+
640513.Entas_0909(>)
640513.Entas_0669+
640513.Entas_0590+
640513.Entas_1880(>)
640513.Entas_1083+
640513.Entas_0930+
640513.Entas_2579+
640513.Entas_2280+
640513.Entas_3808+
640513.Entas_3801+
640513.Entas_3800+
640513.Entas_3489+
640513.Entas_3620+
640513.Entas_3741+
640513.Entas_3391(+)(>)
640513.Entas_3667+
640513.Entas_1073+
640513.Entas_1239+
640513.Entas_3256(>)
640513.Entas_1523(PF01977)
640513.Entas_4358+
640513.Entas_2760+
640513.Entas_0442+
640513.Entas_0947+
640513.Entas_3564(PF01977)
640513.Entas_3565+
640513.Entas_3818+
640513.Entas_3810(PF00367)
640513.Entas_3968+
640513.Entas_3709(PF09994)
640513.Entas_3496+
640513.Entas_3036+
640513.Entas_0301+
640513.Entas_0042+
640513.Entas_0043+
640513.Entas_4290(>)
640513.Entas_2607+
640513.Entas_2600+
640513.Entas_3302+
640513.Entas_1174(PF00367)
640513.Entas_2807+
640513.Entas_3953+
640513.Entas_1771+
640513.Entas_1533+
640513.Entas_3735+
640513.Entas_1603+
640513.Entas_1607+
640513.Entas_1609+
640513.Entas_2152+
640513.Entas_3609+
640513.Entas_3042+
640513.Entas_0636+
640513.Entas_0705(>)
640513.Entas_0642(>)
640513.Entas_0091+
640513.Entas_4286+
640513.Entas_0892+
640513.Entas_1546+
640513.Entas_2948(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1548+
640513.Entas_3546(+)+
640513.Entas_2492(PF13347)
640513.Entas_1765(PF13347)
640513.Entas_1761+
640513.Entas_3727+
640513.Entas_3835(<)
640513.Entas_3839+
640513.Entas_1610+
640513.Entas_1615+
640513.Entas_4139+
640513.Entas_2239(<)
640513.Entas_2474+
640513.Entas_4114+
640513.Entas_2572+
640513.Entas_0393+
640513.Entas_0711(PF13347)
640513.Entas_3374(+)(mitochondrial)
640513.Entas_0088(PF13347)
640513.Entas_0158(+)(PF13347)
640513.Entas_1115+
640513.Entas_1117+
640513.Entas_2712+
640513.Entas_2950+
640513.Entas_2955(+)(ER)
640513.Entas_1287(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1028+
640513.Entas_2486(PF09994)
640513.Entas_2485+
640513.Entas_2481+
640513.Entas_3990+
640513.Entas_3286(>)
640513.Entas_3845+
640513.Entas_1623+
640513.Entas_1621+
640513.Entas_3063+
640513.Entas_3468+
640513.Entas_0022(>)
640513.Entas_4137(+)+
640513.Entas_0186(+)(plastid)
640513.Entas_1362(+)(plastid)
640513.Entas_4247(PF00367)
640513.Entas_4390(>)
640513.Entas_4398(PF13347)
640513.Entas_2242(+)(>)
640513.Entas_0988+
640513.Entas_2720+
640513.Entas_1035+
640513.Entas_1299+
640513.Entas_2037+
640513.Entas_2582(PF13347)
640513.Entas_3456(PF01977)
640513.Entas_3294(PF01228)
640513.Entas_3295+
640513.Entas_2008+
640513.Entas_2212(+)(plastid)
640513.Entas_3077+
640513.Entas_3275(PF00367)
640513.Entas_4098+
640513.Entas_0175+
640513.Entas_0173+
640513.Entas_1916+
640513.Entas_0196(+)(ER)
640513.Entas_0194+
640513.Entas_1357(+)(ER)
640513.Entas_0990+
640513.Entas_3371+
640513.Entas_2022+
640513.Entas_2025+
640513.Entas_2027(+)(plastid)
640513.Entas_2111(+)(mitochondrial)
640513.Entas_3860+
640513.Entas_1640+
640513.Entas_3088(PF00959)
640513.Entas_0962+
640513.Entas_3912+
640513.Entas_4466+
640513.Entas_2909+
640513.Entas_2902(PF00367)
640513.Entas_2693(PF00959)
640513.Entas_1010(+)(<)
640513.Entas_0834(>)
640513.Entas_0836+
640513.Entas_2479+
640513.Entas_2874+
640513.Entas_3891+
640513.Entas_3097(>)
640513.Entas_0981+
640513.Entas_2300(+)(mitochondrial)
640513.Entas_2302+
640513.Entas_4408+
640513.Entas_0545+
640513.Entas_0753+
640513.Entas_1441+
640513.Entas_3447+
640513.Entas_1935(PF09994)
640513.Entas_3919+
640513.Entas_0535+
640513.Entas_1243+
640513.Entas_1242+
640513.Entas_4321(PF01228)
640513.Entas_2916+
640513.Entas_0586+
640513.Entas_2685+
640513.Entas_1066+
640513.Entas_3318(+)+
640513.Entas_1481+
640513.Entas_2967+
640513.Entas_2266+
640513.Entas_2263(PF00367)
640513.Entas_3224+
640513.Entas_3813+
640513.Entas_0057+
640513.Entas_1410(PF01228)
640513.Entas_1927+
640513.Entas_4195(PF01204)
640513.Entas_4193+
640513.Entas_1060+
640513.Entas_1255(<)
640513.Entas_4449(>)
640513.Entas_2682+
640513.Entas_0810+
640513.Entas_3419+
640513.Entas_2789+
640513.Entas_2787+
640513.Entas_3789(PF01228)
640513.Entas_3237+
640513.Entas_3232(PF10908)
640513.Entas_0029(PF09994)
640513.Entas_1311(PF01228)
640513.Entas_0243+
640513.Entas_0240+
640513.Entas_4369(<)
640513.Entas_4235(PF01977)
640513.Entas_2669+
640513.Entas_2664+
640513.Entas_2068+
640513.Entas_2062(PF10908)
640513.Entas_0802+
640513.Entas_0807+
640513.Entas_1440(PF03222)
640513.Entas_3682(>)
640513.Entas_2082+
640513.Entas_3754+
640513.Entas_3936+
640513.Entas_1498+
640513.Entas_3116+
640513.Entas_3115+
640513.Entas_3119+
640513.Entas_1183+
640513.Entas_3147+
640513.Entas_0015(PF09994)
640513.Entas_0499+
640513.Entas_0496(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1307+
640513.Entas_1300+
640513.Entas_4044(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1492+
640513.Entas_0870+
640513.Entas_1699+
640513.Entas_1693+
640513.Entas_1690(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1454+
640513.Entas_2504(<)
640513.Entas_2502+
640513.Entas_3227(+)(mitochondrial)
640513.Entas_3214+
640513.Entas_1002+
640513.Entas_1383+
640513.Entas_0401+
640513.Entas_0929+
640513.Entas_2565(+)(plastid)
640513.Entas_0312(+)+
640513.Entas_0480(+)(ER)
640513.Entas_0483(<)
640513.Entas_0464+
640513.Entas_0465(PF00367)
640513.Entas_1992+
640513.Entas_0007+
640513.Entas_1849(PF00367)
640513.Entas_1204+
640513.Entas_1519(PF00367)
640513.Entas_1513+
640513.Entas_2643(+)(plastid)
640513.Entas_0271+
640513.Entas_2421(<)
640513.Entas_4220+
640513.Entas_1421+
640513.Entas_1730+
640513.Entas_2358+
640513.Entas_2353(>)
640513.Entas_2247+
640513.Entas_0437(+)(mitochondrial)
640513.Entas_1055+
640513.Entas_2739+
640513.Entas_1853(+)(<)
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640513.Entas_1921(+)
640513.Entas_2363(+)
640513.Entas_4191(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.4 (4/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.875 (15/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================