Metamenu

Effective results for Vibrio mimicus MB451 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 537
- Predicted by EffectiveT3: 162 (high confidence), 266 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 26 within, 21 before, 52 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 20 proteins (0 high, 20 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
675806.VII_002442(>)ER
675806.VII_002524+ER
675806.VII_002183+ER
675806.VII_001841+ER
675806.VII_000356(>)(ER)
675806.VII_000758+(ER)
675806.VII_003101(>)(ER)
675806.VII_001216+(ER)
675806.VII_001723(>)ER
675806.VII_001470(<)mitochondrial; (mitochondrial)
675806.VII_002671(>)ER
675806.VII_003657+ER
675806.VII_002241(>)ER
675806.VII_002398+(mitochondrial)
675806.VII_000094(PF03222)ER
675806.VII_001670+ER
675806.VII_003600+(mitochondrial); (plastid)
675806.VII_002444(>)mitochondrial
675806.VII_000525(>)ER
675806.VII_002588(>)mitochondrial
675806.VII_003502+ER
675806.VII_003185(>)ER
675806.VII_002216+ER
675806.VII_002964+(ER)
675806.VII_000999(>)(mitochondrial)
675806.VII_001316+mitochondrial
675806.VII_000541+(mitochondrial); mitochondrial
675806.VII_001308(>)ER
675806.VII_002305(PF08180)ER
675806.VII_003554+ER
675806.VII_002958(>)ER
675806.VII_003428(>)(mitochondrial); mitochondrial
675806.VII_000766(>)ER
675806.VII_001504+ER
675806.VII_002324(>)ER
675806.VII_000150(PF13582)ER
675806.VII_001992(>)ER
675806.VII_003681(>)ER
675806.VII_003061+ER; (ER)
675806.VII_003074+(ER)
675806.VII_000759+(plastid)
675806.VII_001636+plastid
675806.VII_000437(+)mitochondrial
675806.VII_002472(+)(mitochondrial); (plastid)
675806.VII_003272(+)(ER)
675806.VII_001648+plastid
675806.VII_001646+(plastid)
675806.VII_001084+plastid
675806.VII_002489+(PF03222)
675806.VII_003240(+)(ER)
675806.VII_001271(+)ER
675806.VII_001072(PF03222)(ER)
675806.VII_003650(>)(plastid)
675806.VII_000134+(ER)
675806.VII_000391(+)ER
675806.VII_000797(+)ER; (ER)
675806.VII_002666+(mitochondrial)
675806.VII_000654+(mitochondrial); not used
675806.VII_000276+(mitochondrial)
675806.VII_000461(+)(mitochondrial); (plastid)
675806.VII_001638+(plastid)
675806.VII_002218(+)ER
675806.VII_003519(+)(mitochondrial)
675806.VII_003661+(plastid)
675806.VII_003776+(ER); not used
675806.VII_000457+(plastid)
675806.VII_002106(+)(ER)
675806.VII_001826(+)ER
675806.VII_000923(+)ER
675806.VII_001631+plastid
675806.VII_002306(+)ER
675806.VII_000040+(PF13580)
675806.VII_001159+(plastid)
675806.VII_001970(+)ER
675806.VII_002499+(mitochondrial)
675806.VII_001633+(mitochondrial)
675806.VII_000962++
675806.VII_000802(+)ER
675806.VII_001684+(plastid)
675806.VII_001683+plastid
675806.VII_002273(+)(ER)
675806.VII_003119+(ER)
675806.VII_003341(+)(mitochondrial)
675806.VII_002529(<)
675806.VII_002441+
675806.VII_002989+
675806.VII_002456+
675806.VII_003109(<)
675806.VII_000568+
675806.VII_003073+
675806.VII_000007(+)(PF13580)
675806.VII_003589(+)(ER)
675806.VII_001750+
675806.VII_000357(<)
675806.VII_000593(>)
675806.VII_001539+
675806.VII_001404(+)(plastid)
675806.VII_001402+
675806.VII_002637(>)
675806.VII_003359+
675806.VII_000951+
675806.VII_000224+
675806.VII_002453+
675806.VII_003264+
675806.VII_003008(>)
675806.VII_003001+
675806.VII_000102(PF10462)
675806.VII_000282(PF02010)
675806.VII_003107(>)
675806.VII_001746(<)
675806.VII_001748+
675806.VII_000290+
675806.VII_000928(>)
675806.VII_000723(PF07653)
675806.VII_001416(PF03222)
675806.VII_001259+
675806.VII_001256+
675806.VII_001252+
675806.VII_001253(<)
675806.VII_002501+
675806.VII_002617+
675806.VII_002613(<)
675806.VII_002292+
675806.VII_002667+
675806.VII_003709+
675806.VII_003492(+)+
675806.VII_003499+
675806.VII_000281+
675806.VII_003802+not used
675806.VII_001640+
675806.VII_001644+
675806.VII_001081+
675806.VII_001399(>)
675806.VII_002433+
675806.VII_000856(>)
675806.VII_002243+
675806.VII_002608+
675806.VII_002266+
675806.VII_002265(>)
675806.VII_003020+
675806.VII_003026+
675806.VII_003739+
675806.VII_000416(>)
675806.VII_000452(+)(plastid)
675806.VII_002076+
675806.VII_002708+
675806.VII_002701+
675806.VII_003653+
675806.VII_002383+
675806.VII_003254+
675806.VII_002818+
675806.VII_003724(+)(>)
675806.VII_003299+
675806.VII_000137+
675806.VII_000693(>)
675806.VII_001501+
675806.VII_000711(<)not used
675806.VII_000395+
675806.VII_002411+
675806.VII_000796+
675806.VII_002285(+)(mitochondrial)
675806.VII_002283+
675806.VII_001047+
675806.VII_000871(<)
675806.VII_000792(+)(>)
675806.VII_002897+
675806.VII_003648+
675806.VII_003625(<)
675806.VII_003626+
675806.VII_003539+
675806.VII_003286(>)
675806.VII_003282+
675806.VII_003531(PF13580)
675806.VII_002932+
675806.VII_001671+
675806.VII_001776(+)(ER)
675806.VII_003413+
675806.VII_000471+
675806.VII_000472+
675806.VII_000509+
675806.VII_000678(+)(mitochondrial); not used
675806.VII_002129+
675806.VII_002724+
675806.VII_002722+
675806.VII_002907+
675806.VII_002902+
675806.VII_000887+
675806.VII_000269+
675806.VII_001119+
675806.VII_000778+
675806.VII_000460(>)
675806.VII_002215+
675806.VII_002649+
675806.VII_002229(+)(mitochondrial)
675806.VII_002735+
675806.VII_003195+
675806.VII_003179+
675806.VII_002913+
675806.VII_000984(>)
675806.VII_000215+
675806.VII_000214(PF03222)
675806.VII_001612(PF13580)
675806.VII_001854+
675806.VII_001856+
675806.VII_000250(>)
675806.VII_001324+
675806.VII_002587+
675806.VII_003163+
675806.VII_003166(PF13580)
675806.VII_003761(<)
675806.VII_003769+
675806.VII_000067(<)
675806.VII_000848(+)(plastid)
675806.VII_001820(>)
675806.VII_000194+
675806.VII_000444+
675806.VII_000445(+)(plastid)
675806.VII_000440+
675806.VII_000442(+)plastid
675806.VII_000443+
675806.VII_001135(>)
675806.VII_000680+
675806.VII_000844(>)
675806.VII_002234+
675806.VII_002230+
675806.VII_002024(<)
675806.VII_002022(+)(ER)
675806.VII_002590+
675806.VII_003379+
675806.VII_002118+
675806.VII_003573+
675806.VII_003579(>)
675806.VII_003793(+)(mitochondrial); not used
675806.VII_003084+not used
675806.VII_002979+
675806.VII_000055(PF13580)
675806.VII_001721(+)(>)
675806.VII_001129+
675806.VII_001492(>)
675806.VII_001499(<)not used
675806.VII_002761+
675806.VII_002307+
675806.VII_002300+
675806.VII_003148+
675806.VII_002944+
675806.VII_003782+
675806.VII_003784+
675806.VII_003093+
675806.VII_003098+
675806.VII_002781+
675806.VII_002788(<)
675806.VII_001823+
675806.VII_000954+
675806.VII_001555(>)
675806.VII_000318+
675806.VII_001154(>)
675806.VII_001156+
675806.VII_000559+
675806.VII_001371(>)
675806.VII_001844+
675806.VII_002839+
675806.VII_003382+
675806.VII_002315+
675806.VII_003227(>)
675806.VII_002798+
675806.VII_000039(PF13580)
675806.VII_000810+
675806.VII_002175(>)
675806.VII_001787(<)
675806.VII_000497+
675806.VII_002406+
675806.VII_001366+
675806.VII_002098+
675806.VII_002542+
675806.VII_002148(+)(PF03222)
675806.VII_001506(<)
675806.VII_002400(<)
675806.VII_002359+
675806.VII_002432+
675806.VII_003125+
675806.VII_003435+
675806.VII_003058(>)
675806.VII_000805(>)
675806.VII_000803(PF07646)
675806.VII_001513(>)
675806.VII_001998+
675806.VII_000774(+)(<)
675806.VII_001685(+)(plastid)
675806.VII_001686+
675806.VII_001427(+)(ER)
675806.VII_001196(>)
675806.VII_001340+
675806.VII_001227+
675806.VII_002158(<)
675806.VII_003205+
675806.VII_003333+
675806.VII_001714(+)(mitochondrial)
675806.VII_003680+
675806.VII_003060(PF13580)
675806.VII_003236+
675806.VII_003590+not used
675806.VII_003599+not used
675806.VII_000903+
675806.VII_001785+
675806.VII_001762(+)(mitochondrial)
675806.VII_001763+
675806.VII_001761(<)
675806.VII_000343+
675806.VII_000582+
675806.VII_001697(>)
675806.VII_003309(>)
675806.VII_001234+
675806.VII_002527(+)not used
675806.VII_003345(+)
675806.VII_000005(+)
675806.VII_000355(+)
675806.VII_000350(+)
675806.VII_002538(+)
675806.VII_002627(+)
675806.VII_003660(+)
675806.VII_002990(+)
675806.VII_002996(+)
675806.VII_002998(+)
675806.VII_003462(+)
675806.VII_003461(+)
675806.VII_000489(+)
675806.VII_002848(+)
675806.VII_003711(+)
675806.VII_000367(+)
675806.VII_000292(+)
675806.VII_001524(+)
675806.VII_001520(+)
675806.VII_000818(+)
675806.VII_000724(+)not used
675806.VII_001566(+)
675806.VII_001127(+)
675806.VII_002618(+)
675806.VII_002299(+)
675806.VII_002297(+)
675806.VII_002295(+)
675806.VII_003677(+)
675806.VII_003019(+)
675806.VII_002093(+)
675806.VII_003702(+)
675806.VII_003700(+)not used
675806.VII_003707(+)
675806.VII_000116(+)
675806.VII_001012(+)
675806.VII_000603(+)
675806.VII_001888(+)not used
675806.VII_000280(+)
675806.VII_003803(+)
675806.VII_001645(+)
675806.VII_001088(+)
675806.VII_000730(+)not used
675806.VII_001469(+)
675806.VII_001392(+)
675806.VII_000421(+)
675806.VII_000177(+)
675806.VII_001062(+)
675806.VII_003627(+)
675806.VII_002280(+)
675806.VII_002469(+)
675806.VII_002867(+)
675806.VII_000632(+)
675806.VII_000385(+)
675806.VII_000700(+)not used
675806.VII_000704(+)not used
675806.VII_001656(+)
675806.VII_002519(+)
675806.VII_002078(+)
675806.VII_002250(+)
675806.VII_002380(+)
675806.VII_002389(+)
675806.VII_003030(+)
675806.VII_002819(+)
675806.VII_002922(+)
675806.VII_000627(+)
675806.VII_000629(+)
675806.VII_000717(+)not used
675806.VII_000712+not used
675806.VII_001660(+)
675806.VII_001919(+)
675806.VII_000408(+)
675806.VII_000400(+)
675806.VII_000405(+)not used
675806.VII_000407(+)
675806.VII_001289(+)
675806.VII_003398(+)
675806.VII_002061(+)
675806.VII_002249(+)
675806.VII_002719(+)
675806.VII_002712(+)
675806.VII_002246(+)
675806.VII_002488(+)
675806.VII_002487(+)
675806.VII_002397(+)
675806.VII_003754(+)
675806.VII_000223(+)
675806.VII_001457(+)
675806.VII_002859(+)
675806.VII_001292(+)
675806.VII_000506(+)
675806.VII_001052(+)
675806.VII_003786(+)
675806.VII_002653(+)
675806.VII_002656(+)
675806.VII_002018(+)
675806.VII_000884(+)
675806.VII_000081(+)
675806.VII_000862(+)
675806.VII_001607(+)
675806.VII_001606(+)
675806.VII_001609(+)
675806.VII_001111(+)
675806.VII_002624(+)
675806.VII_001931(+)
675806.VII_002212(+)
675806.VII_000463(+)
675806.VII_003208(+)
675806.VII_001025(+)
675806.VII_001022(+)
675806.VII_002648(+)
675806.VII_002002(+)
675806.VII_002228(+)
675806.VII_003604(+)
675806.VII_003515(+)
675806.VII_003510(+)
675806.VII_003190(+)
675806.VII_003664(+)
675806.VII_001051(+)
675806.VII_002910(+)
675806.VII_000071(+)
675806.VII_000982(+)
675806.VII_000185(+)
675806.VII_000451(+)
675806.VII_001582(+)
675806.VII_001580(+)
675806.VII_002586(+)
675806.VII_002744(+)
675806.VII_003349(+)
675806.VII_002367(+)
675806.VII_002695(+)
675806.VII_003764(+)
675806.VII_003767(+)
675806.VII_003763(+)
675806.VII_002966(+)
675806.VII_001627(+)
675806.VII_000191(+)
675806.VII_000446(+)
675806.VII_000449(+)
675806.VII_001006(+)
675806.VII_000840(+)
675806.VII_000843(+)
675806.VII_000536(+)
675806.VII_002720(+)
675806.VII_002025(+)
675806.VII_002207(+)
675806.VII_003375(+)
675806.VII_002110(+)
675806.VII_002370(+)
675806.VII_003574(+)
675806.VII_003578(+)
675806.VII_003790(+)
675806.VII_000053(+)
675806.VII_000050(+)
675806.VII_000921(+)
675806.VII_000306(+)
675806.VII_000309(+)
675806.VII_001126(+)
675806.VII_001128(+)
675806.VII_001941(+)
675806.VII_000850(+)
675806.VII_003417(+)
675806.VII_001497(+)
675806.VII_000544(+)
675806.VII_000332(+)
675806.VII_001300(+)
675806.VII_002560(+)
675806.VII_003409(+)
675806.VII_003360(+)
675806.VII_003097(+)not used
675806.VII_003092(+)
675806.VII_002782(+)
675806.VII_002784(+)
675806.VII_002786(+)
675806.VII_000823(+)
675806.VII_001550(+)
675806.VII_000311(+)
675806.VII_000312(+)
675806.VII_001151(+)
675806.VII_001158(+)
675806.VII_002571(+)
675806.VII_002576(+)
675806.VII_002777(+)
675806.VII_003316(+)
675806.VII_003040(+)
675806.VII_000781(+)
675806.VII_001818(+)
675806.VII_000496(+)
675806.VII_000360(+)
675806.VII_003429(+)
675806.VII_001569(+)
675806.VII_003424(+)
675806.VII_000565(+)
675806.VII_000765(+)
675806.VII_001363(+)
675806.VII_001214(+)
675806.VII_002053(+)
675806.VII_000580(+)
675806.VII_002895(+)
675806.VII_003303(+)
675806.VII_002435(+)
675806.VII_002434(+)
675806.VII_002023(+)
675806.VII_003691(+)
675806.VII_000374(+)
675806.VII_000573(+)
675806.VII_001517(+)
675806.VII_001680(+)
675806.VII_001420(+)
675806.VII_001192(+)
675806.VII_002087(+)
675806.VII_002554(+)
675806.VII_001867(+)
675806.VII_000517(+)
675806.VII_003687(+)
675806.VII_002425(+)
675806.VII_000816(+)
675806.VII_003063(+)not used
675806.VII_000169(+)
675806.VII_000340(+)
675806.VII_001169(+)
675806.VII_001166(+)
675806.VII_000583(+)
675806.VII_001982(+)
675806.VII_001699(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.25 (10/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================