Metamenu

Effective results for Pantoea vagans C9-1 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 455
- Predicted by EffectiveT3: 136 (high confidence), 249 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 18 within, 18 before, 32 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 14 proteins (0 high, 14 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
712898.Pvag_2723+(>)(ER); plastid
712898.Pvag_1322(>)ER
712898.Pvag_3068(>)ER
712898.Pvag_2426(>)ER
712898.Pvag_2694(PF00959)ER
712898.Pvag_1130(>)ER
712898.Pvag_1319(>)ER
712898.Pvag_1264+ER
712898.Pvag_1346(<)ER
712898.Pvag_0884+(mitochondrial); (plastid)
712898.Pvag_3195+(mitochondrial)
712898.Pvag_3378(>)(ER)
712898.Pvag_3288+mitochondrial; (mitochondrial)
712898.Pvag_1947(>)(mitochondrial)
712898.Pvag_3618(>)ER
712898.Pvag_3544(>)mitochondrial
712898.Pvag_2633+ER
712898.Pvag_1603(>)ER
712898.Pvag_1738(>)(mitochondrial)
712898.Pvag_3392+ER
712898.Pvag_2049+ER
712898.Pvag_1349(>)ER
712898.Pvag_1702(PF00959)ER
712898.Pvag_0385+(mitochondrial); mitochondrial
712898.Pvag_3700+(mitochondrial); (plastid)
712898.Pvag_1576+ER
712898.Pvag_1779(>)(ER)
712898.Pvag_1999+ER
712898.Pvag_0132(<)mitochondrial
712898.Pvag_2511(>)ER
712898.Pvag_0103+(mitochondrial)
712898.Pvag_0342(PF00328)ER
712898.Pvag_1835(>)ER
712898.Pvag_0017(+)(PF05704)(mitochondrial)
712898.Pvag_2879(>)ER
712898.Pvag_0668+ER; (ER)
712898.Pvag_2707+ER
712898.Pvag_0795(PF00328)(ER)
712898.Pvag_2221(+)ER
712898.Pvag_1929(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1789(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0323(+)mitochondrial; (mitochondrial)
712898.Pvag_3418(+)ER
712898.Pvag_0792(+)(mitochondrial); (plastid)
712898.Pvag_3242(+)ER; (ER)
712898.Pvag_2427+(PF13661)
712898.Pvag_3337(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1654(+)(ER)
712898.Pvag_1345(+)ER
712898.Pvag_1482+(>)
712898.Pvag_1008+(ER)
712898.Pvag_2599+(mitochondrial)
712898.Pvag_2918+(>)
712898.Pvag_2008+(plastid)
712898.Pvag_1856(+)(mitochondrial); (plastid)
712898.Pvag_1926+(ER)
712898.Pvag_3562+(mitochondrial)
712898.Pvag_3364(+)mitochondrial; (mitochondrial)
712898.Pvag_2765+(mitochondrial)
712898.Pvag_2167+(ER)
712898.Pvag_0230(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_3616(+)ER; (ER)
712898.Pvag_2568(+)(ER)
712898.Pvag_2360(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0398(+)mitochondrial
712898.Pvag_3693(+)mitochondrial; (mitochondrial)
712898.Pvag_0624(+)ER
712898.Pvag_2288+(>)
712898.Pvag_2063(+)(ER)
712898.Pvag_1760+plastid
712898.Pvag_0296+(mitochondrial)
712898.Pvag_3728(+)(mitochondrial); (plastid)
712898.Pvag_2071(+)(ER)
712898.Pvag_1519+(plastid)
712898.Pvag_1758(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0985(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0241(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_2134+
712898.Pvag_0799(PF10685)not used
712898.Pvag_0920(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1323+
712898.Pvag_1038+
712898.Pvag_1785+
712898.Pvag_1036+
712898.Pvag_1813+
712898.Pvag_3678(<)
712898.Pvag_0475+
712898.Pvag_0478+
712898.Pvag_0780+
712898.Pvag_3093+
712898.Pvag_2414+
712898.Pvag_2412(<)
712898.Pvag_2419(<)
712898.Pvag_2783+
712898.Pvag_3320(<)
712898.Pvag_0797(+)(<)
712898.Pvag_0308+
712898.Pvag_1029+
712898.Pvag_0267+
712898.Pvag_0449+
712898.Pvag_3085+
712898.Pvag_3333+
712898.Pvag_2208+
712898.Pvag_1493+not used
712898.Pvag_1309+
712898.Pvag_0877+
712898.Pvag_0873+
712898.Pvag_0695+
712898.Pvag_0694+
712898.Pvag_0053+
712898.Pvag_1234+
712898.Pvag_2923(<)
712898.Pvag_2326+
712898.Pvag_2328+
712898.Pvag_1037+
712898.Pvag_1481+
712898.Pvag_1480+
712898.Pvag_1641+
712898.Pvag_3729+
712898.Pvag_1467(PF10685)
712898.Pvag_1266(<)
712898.Pvag_1866+
712898.Pvag_0518+
712898.Pvag_1258+
712898.Pvag_0207+
712898.Pvag_0429+
712898.Pvag_0424(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1253+
712898.Pvag_2914+
712898.Pvag_2778(>)
712898.Pvag_0740(+)+
712898.Pvag_0908(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1671+
712898.Pvag_1101+
712898.Pvag_1292(>)
712898.Pvag_3759+
712898.Pvag_3563(+)(<)
712898.Pvag_3165(PF10685)not used
712898.Pvag_0782(+)(plastid)
712898.Pvag_1663(+)(plastid)
712898.Pvag_1289(+)plastid
712898.Pvag_0883+
712898.Pvag_0885+
712898.Pvag_2972+
712898.Pvag_3374+
712898.Pvag_2628+
712898.Pvag_2025+
712898.Pvag_1313(<)
712898.Pvag_0157+
712898.Pvag_1948+
712898.Pvag_0090+
712898.Pvag_2708+not used
712898.Pvag_2382(>)
712898.Pvag_2386(+)+
712898.Pvag_2630(>)
712898.Pvag_2634(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_2037+
712898.Pvag_1608+
712898.Pvag_0997(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_1429(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0952(PF00959)
712898.Pvag_2447+
712898.Pvag_3371+
712898.Pvag_0171+
712898.Pvag_2379+
712898.Pvag_3770+
712898.Pvag_0602(PF06884)
712898.Pvag_1096+
712898.Pvag_1382+
712898.Pvag_1381(+)(ER)
712898.Pvag_1560(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_0548+
712898.Pvag_3498+
712898.Pvag_0612+
712898.Pvag_2448+
712898.Pvag_2839+
712898.Pvag_1795+
712898.Pvag_3158+not used
712898.Pvag_0946+
712898.Pvag_1625+
712898.Pvag_1715+
712898.Pvag_1571+
712898.Pvag_0285(PF00959)
712898.Pvag_0282(>)
712898.Pvag_0578+
712898.Pvag_0577+
712898.Pvag_0597(<)
712898.Pvag_0025(<)
712898.Pvag_0759+
712898.Pvag_3489+
712898.Pvag_3488+
712898.Pvag_2535+
712898.Pvag_2532(+)plastid
712898.Pvag_0022(>)
712898.Pvag_3224(<)
712898.Pvag_2194+
712898.Pvag_2282+
712898.Pvag_1761(+)(plastid)
712898.Pvag_1762(+)(ER)
712898.Pvag_0963+
712898.Pvag_1506+
712898.Pvag_1502+
712898.Pvag_0299+
712898.Pvag_1210+
712898.Pvag_1054+
712898.Pvag_0586+
712898.Pvag_0680(PF14328)
712898.Pvag_0038+
712898.Pvag_0632+
712898.Pvag_3104+
712898.Pvag_3108+
712898.Pvag_2455(+)(plastid)
712898.Pvag_2271(PF16485)
712898.Pvag_2270(+)(plastid)
712898.Pvag_1299+
712898.Pvag_0803+
712898.Pvag_0917+
712898.Pvag_1171(+)(>)
712898.Pvag_0357(<)
712898.Pvag_1513+
712898.Pvag_1201(>)
712898.Pvag_1208+
712898.Pvag_0245+
712898.Pvag_2836+
712898.Pvag_0009(>)
712898.Pvag_0648(+)(mitochondrial)
712898.Pvag_2510+
712898.Pvag_3208+
712898.Pvag_3207(+)(>)
712898.Pvag_0796+
712898.Pvag_0900+
712898.Pvag_0523(<)
712898.Pvag_1692+
712898.Pvag_1693+
712898.Pvag_0529+
712898.Pvag_2054(+)(ER)
712898.Pvag_0349(>)
712898.Pvag_0011+
712898.Pvag_2227+
712898.Pvag_3475+
712898.Pvag_3054(+)(plastid)
712898.Pvag_2505(<)
712898.Pvag_3303+
712898.Pvag_3549+
712898.Pvag_1405+
712898.Pvag_1103+
712898.Pvag_3725+
712898.Pvag_2705(+)+
712898.Pvag_0021+
712898.Pvag_1820+
712898.Pvag_3541+
712898.Pvag_1857+
712898.Pvag_3262(<)
712898.Pvag_2313+
712898.Pvag_2317(>)
712898.Pvag_2797+
712898.Pvag_2790+
712898.Pvag_1057(+)
712898.Pvag_0439(+)
712898.Pvag_0924(+)
712898.Pvag_1302(+)
712898.Pvag_1329(+)
712898.Pvag_1035(+)
712898.Pvag_3414(+)
712898.Pvag_3098(+)
712898.Pvag_3326(+)
712898.Pvag_3440(+)
712898.Pvag_2125(+)
712898.Pvag_1333(+)
712898.Pvag_1331(+)
712898.Pvag_1330(+)
712898.Pvag_3596(+)
712898.Pvag_2863(+)
712898.Pvag_1028(+)
712898.Pvag_1024(+)
712898.Pvag_0304(+)
712898.Pvag_0263(+)
712898.Pvag_1249(+)
712898.Pvag_1248(+)
712898.Pvag_1805(+)
712898.Pvag_3663(+)
712898.Pvag_3665(+)
712898.Pvag_0044(+)
712898.Pvag_3063(+)
712898.Pvag_3062+
712898.Pvag_3086(+)
712898.Pvag_2200(+)
712898.Pvag_2683(+)
712898.Pvag_2116(+)
712898.Pvag_2112(+)
712898.Pvag_2113(+)
712898.Pvag_1882(+)
712898.Pvag_0879(+)
712898.Pvag_0878(+)
712898.Pvag_1014(+)
712898.Pvag_0451(+)
712898.Pvag_1877(+)
712898.Pvag_1871(+)
712898.Pvag_0667(+)
712898.Pvag_3654(+)
712898.Pvag_3655(+)
712898.Pvag_0277(+)
712898.Pvag_1902(+)
712898.Pvag_1907(+)
712898.Pvag_0693(+)
712898.Pvag_0057(+)
712898.Pvag_3349(+)
712898.Pvag_2742(+)
712898.Pvag_1640(+)
712898.Pvag_2925(+)not used
712898.Pvag_1465(+)
712898.Pvag_3649(+)
712898.Pvag_0735(+)
712898.Pvag_3510(+)
712898.Pvag_3514(+)
712898.Pvag_3426(+)
712898.Pvag_2910(+)
712898.Pvag_2210(+)
712898.Pvag_2774(+)
712898.Pvag_2773(+)
712898.Pvag_3670(+)
712898.Pvag_3608(+)
712898.Pvag_1450(+)
712898.Pvag_0504(+)
712898.Pvag_0182(+)
712898.Pvag_3749(+)not used
712898.Pvag_3747(+)
712898.Pvag_3632(+)
712898.Pvag_3370(+)
712898.Pvag_3638(+)
712898.Pvag_2586(+)
712898.Pvag_2469(+)
712898.Pvag_1598(+)
712898.Pvag_3526(+)
712898.Pvag_3527(+)
712898.Pvag_1441(+)
712898.Pvag_1286(+)
712898.Pvag_0535(+)
712898.Pvag_0881(+)
712898.Pvag_0225(+)
712898.Pvag_1933(+)
712898.Pvag_1935(+)
712898.Pvag_3756(+)
712898.Pvag_2572(+)
712898.Pvag_2378(+)
712898.Pvag_2126(+)
712898.Pvag_0892(+)
712898.Pvag_0410(+)
712898.Pvag_3763(+)
712898.Pvag_0091(+)
712898.Pvag_0709(+)
712898.Pvag_2969(+)
712898.Pvag_3145(+)
712898.Pvag_2490(+)not used
712898.Pvag_3389(+)
712898.Pvag_2366(+)
712898.Pvag_3452(+)
712898.Pvag_2035(+)
712898.Pvag_1183(+)
712898.Pvag_1601(+)
712898.Pvag_0954(+)
712898.Pvag_0955(+)
712898.Pvag_1553(+)
712898.Pvag_2719(+)
712898.Pvag_0773(+)
712898.Pvag_2552(+)
712898.Pvag_3152(+)
712898.Pvag_3399(+)
712898.Pvag_3551(+)
712898.Pvag_3553(+)
712898.Pvag_2739(+)
712898.Pvag_2259(+)
712898.Pvag_2044(+)not used
712898.Pvag_1707(+)not used
712898.Pvag_1094(+)
712898.Pvag_1387(+)
712898.Pvag_1385(+)
712898.Pvag_1894(+)
712898.Pvag_1890(+)not used
712898.Pvag_1961(+)
712898.Pvag_1964(+)
712898.Pvag_0160(+)
712898.Pvag_0616(+)
712898.Pvag_3122(+)
712898.Pvag_2615(+)
712898.Pvag_1628(+)
712898.Pvag_1627(+)
712898.Pvag_1626(+)
712898.Pvag_2529(+)
712898.Pvag_1080(+)not used
712898.Pvag_0376(+)
712898.Pvag_1886(+)
712898.Pvag_0571(+)
712898.Pvag_0753(+)
712898.Pvag_3718(+)
712898.Pvag_3138(+)
712898.Pvag_3137(+)
712898.Pvag_2847(+)not used
712898.Pvag_2840+
712898.Pvag_2848(+)
712898.Pvag_0961(+)
712898.Pvag_1368(+)
712898.Pvag_1364(+)
712898.Pvag_0369(+)
712898.Pvag_0368(+)
712898.Pvag_0588(+)
712898.Pvag_2989(+)
712898.Pvag_2527(+)
712898.Pvag_2523(+)
712898.Pvag_3216(+)
712898.Pvag_1178(+)
712898.Pvag_1512(+)
712898.Pvag_0820(+)
712898.Pvag_1996(+)
712898.Pvag_1994(+)
712898.Pvag_1202(+)not used
712898.Pvag_0133(+)
712898.Pvag_0644(+)
712898.Pvag_0640(+)
712898.Pvag_3594(+)
712898.Pvag_3201(+)
712898.Pvag_3206(+)
712898.Pvag_2883(+)
712898.Pvag_2753(+)
712898.Pvag_2244(+)
712898.Pvag_2081(+)
712898.Pvag_2086(+)
712898.Pvag_0065(+)
712898.Pvag_0906(+)
712898.Pvag_0850(+)
712898.Pvag_2371(+)
712898.Pvag_3473(+)
712898.Pvag_2507(+)
712898.Pvag_3277(+)
712898.Pvag_3270(+)
712898.Pvag_3271(+)
712898.Pvag_2474(+)
712898.Pvag_2255(+)
712898.Pvag_1404(+)
712898.Pvag_1226(+)
712898.Pvag_0937(+)
712898.Pvag_1689(+)
712898.Pvag_0804(+)
712898.Pvag_0805(+)
712898.Pvag_0802(+)
712898.Pvag_0240(+)
712898.Pvag_0243(+)
712898.Pvag_0330(+)
712898.Pvag_1829(+)
712898.Pvag_0482(+)
712898.Pvag_0464(+)
712898.Pvag_3040(+)
712898.Pvag_3261(+)
712898.Pvag_2405(+)
712898.Pvag_2408(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.3 (3/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================