Effective results for Pseudomonas fulva 12-X (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 553
- Predicted by EffectiveT3: 176 (high confidence), 238 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 17 within, 15 before, 37 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 71
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 20 proteins (0 high, 20 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type IV, Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
743720.Psefu_0990		(<)			ER
743720.Psefu_0194	+				(ER)
743720.Psefu_1796			+		ER
743720.Psefu_0677		+			mitochondrial
743720.Psefu_3236		(>)			ER
743720.Psefu_3658			+		ER
743720.Psefu_1138			+		ER
743720.Psefu_0445			+		ER
743720.Psefu_4383			+		ER
743720.Psefu_2131			+		(mitochondrial)
743720.Psefu_1532		(>)			(mitochondrial); (ER)
743720.Psefu_4272			+		(mitochondrial); mitochondrial
743720.Psefu_0494	+				ER; (ER)
743720.Psefu_1705				(PF04303)	(mitochondrial)
743720.Psefu_0747	+				mitochondrial
743720.Psefu_3679		(>)			(mitochondrial)
743720.Psefu_2072			+		(mitochondrial)
743720.Psefu_2078			+		ER
743720.Psefu_1666		(>)			ER
743720.Psefu_2646			+		ER
743720.Psefu_1519			+		ER
743720.Psefu_3283			+		ER
743720.Psefu_2515		+			ER
743720.Psefu_1031			+		ER
743720.Psefu_2412			+		ER
743720.Psefu_2677		(<)			ER
743720.Psefu_4127		(>)			ER
743720.Psefu_3099		(>)			ER
743720.Psefu_1341			+		ER
743720.Psefu_3444				(PF06884)	ER
743720.Psefu_1972			+		(ER)
743720.Psefu_0117			+		ER
743720.Psefu_0696		(>)			ER
743720.Psefu_2695		(>)			ER
743720.Psefu_0905	+				(mitochondrial)
743720.Psefu_1468		+			ER
743720.Psefu_1844	+				(ER)
743720.Psefu_0914			+		ER
743720.Psefu_2705			+		ER
743720.Psefu_1780		(>)			mitochondrial
743720.Psefu_1789	+				ER
743720.Psefu_3979			+		ER
743720.Psefu_1948		(>)			ER
743720.Psefu_1896			+		ER
743720.Psefu_3346	+				(mitochondrial); (plastid)
743720.Psefu_2744		+			ER
743720.Psefu_1813		(>)			mitochondrial
743720.Psefu_3944		+			ER
743720.Psefu_2945			+		ER
743720.Psefu_0541			+		ER
743720.Psefu_1144			+		ER
743720.Psefu_4384			+		ER
743720.Psefu_3549		(<)			ER
743720.Psefu_0637		(>)			(mitochondrial)
743720.Psefu_3816			+		ER
743720.Psefu_1321			+		ER
743720.Psefu_1130				(PF03162)	ER
743720.Psefu_1222			+		ER
743720.Psefu_0081		(>)			mitochondrial; (mitochondrial)
743720.Psefu_0327	+				ER; (ER)
743720.Psefu_3980			+		ER
743720.Psefu_3049		(>)			(ER); ER
743720.Psefu_1697	+				(ER)
743720.Psefu_2101			+		ER
743720.Psefu_2100			+		ER
743720.Psefu_3323		(<)			ER
743720.Psefu_1276			+		(ER); ER
743720.Psefu_2776	+				plastid
743720.Psefu_4439	+				plastid
743720.Psefu_4197	+				(plastid)
743720.Psefu_0292	+				(plastid)
743720.Psefu_1073	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_4323		+			(ER)
743720.Psefu_1816	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_4160	(+)				mitochondrial
743720.Psefu_1821	+				(plastid)
743720.Psefu_1531	+	(>)
743720.Psefu_0536	+	(<)
743720.Psefu_1703				(PF04303)	(mitochondrial)
743720.Psefu_2388	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_3095	+				plastid
743720.Psefu_0870	(+)				(ER)
743720.Psefu_3677		(>)			(mitochondrial)
743720.Psefu_0011	(+)				ER
743720.Psefu_2862	+				(ER)
743720.Psefu_3843	+				(plastid)
743720.Psefu_3876	+				(ER)
743720.Psefu_3758	+				(mitochondrial)
743720.Psefu_4154	+				(plastid)
743720.Psefu_3101	+				(mitochondrial)
743720.Psefu_3105	+				plastid
743720.Psefu_0108	+				(plastid)
743720.Psefu_3721	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_3019		+			(plastid)
743720.Psefu_0022	+	(>)
743720.Psefu_3832	+				plastid
743720.Psefu_2182	(+)		+		(mitochondrial)
743720.Psefu_1567	+				plastid
743720.Psefu_0774	(+)				(mitochondrial); (plastid)
743720.Psefu_3023	+				plastid
743720.Psefu_1880		(>)			(mitochondrial)
743720.Psefu_0173	+		+
743720.Psefu_3490	+				plastid
743720.Psefu_1434	+				(ER)
743720.Psefu_2333	+				(ER)
743720.Psefu_2442	(+)			(PF06945)	(plastid)
743720.Psefu_0551	(+)				ER
743720.Psefu_4318	+				(plastid)
743720.Psefu_3018	+				(plastid)
743720.Psefu_4463	+				(plastid)
743720.Psefu_0405			+		(ER)
743720.Psefu_1681			+		(mitochondrial)
743720.Psefu_1467		+			(mitochondrial)
743720.Psefu_1101	+				(mitochondrial)
743720.Psefu_1864	+				plastid
743720.Psefu_2210	+				(plastid)
743720.Psefu_1124	+			(PF06293)
743720.Psefu_3987	+				ER; not used
743720.Psefu_0788	+				(plastid)
743720.Psefu_0435	(+)				(mitochondrial); plastid
743720.Psefu_1378	+				(plastid)
743720.Psefu_3690		(<)	+
743720.Psefu_0511			+
743720.Psefu_1067	+
743720.Psefu_1066	(+)				(ER)
743720.Psefu_2609	+
743720.Psefu_3730				(PF05189)
743720.Psefu_3645			+
743720.Psefu_1279	+
743720.Psefu_1792	+
743720.Psefu_1800		(>)
743720.Psefu_3017	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_1107		(<)
743720.Psefu_1076	+
743720.Psefu_2299		(>)
743720.Psefu_2636	+
743720.Psefu_3726	+
743720.Psefu_3795	+
743720.Psefu_1217	+
743720.Psefu_3426	+
743720.Psefu_3995		+
743720.Psefu_1826		(<)
743720.Psefu_0665	+
743720.Psefu_0663			+
743720.Psefu_0829	(+)				(ER)
743720.Psefu_2130	+
743720.Psefu_3406	+
743720.Psefu_3719	+
743720.Psefu_2702	+
743720.Psefu_4377	+
743720.Psefu_2925		(>)
743720.Psefu_2454			+
743720.Psefu_4014	+
743720.Psefu_0065	+
743720.Psefu_1324	+
743720.Psefu_0470	+
743720.Psefu_0277	+
743720.Psefu_4171				(PF06293)
743720.Psefu_3877	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_0385				(PF06945)
743720.Psefu_1708	+
743720.Psefu_2383	+
743720.Psefu_1631	+
743720.Psefu_3676			+
743720.Psefu_2079	+
743720.Psefu_1832				(PF02460)
743720.Psefu_4007	+
743720.Psefu_4005			+
743720.Psefu_3373		(<)
743720.Psefu_0122			+
743720.Psefu_0125		(>)
743720.Psefu_4040	+
743720.Psefu_0260	+
743720.Psefu_0265	(+)				(ER)
743720.Psefu_3842	(+)				(plastid)
743720.Psefu_1736	(+)				(ER)
743720.Psefu_0931	+
743720.Psefu_0733		(>)
743720.Psefu_1607	+
743720.Psefu_3467	(+)				(ER)
743720.Psefu_0869		(>)
743720.Psefu_3110	+
743720.Psefu_3112		(<)
743720.Psefu_4159	+
743720.Psefu_0252	+
743720.Psefu_0251	+
743720.Psefu_2413		(>)
743720.Psefu_2411	+
743720.Psefu_2437	+
743720.Psefu_2091				(PF16485)
743720.Psefu_0743		(<)
743720.Psefu_1617	+
743720.Psefu_1611	+
743720.Psefu_2076	+
743720.Psefu_2672	+
743720.Psefu_3279	(+)				(plastid)
743720.Psefu_3478	+
743720.Psefu_3104	+
743720.Psefu_3108		(>)
743720.Psefu_0037	+
743720.Psefu_4025	+
743720.Psefu_3090	+
743720.Psefu_0104	+
743720.Psefu_0101			+
743720.Psefu_0241	+
743720.Psefu_0245			+
743720.Psefu_3254	(+)				(ER)
743720.Psefu_1340		+
743720.Psefu_3827			+
743720.Psefu_3411	+
743720.Psefu_3442	+				not used
743720.Psefu_0803	+
743720.Psefu_0801	+
743720.Psefu_4233	+
743720.Psefu_3135	+
743720.Psefu_0009	(+)		+
743720.Psefu_3784	+
743720.Psefu_0026		+
743720.Psefu_1992		(<)
743720.Psefu_2983	+
743720.Psefu_0119	+
743720.Psefu_0236	+
743720.Psefu_1371				(PF06945)
743720.Psefu_0584		(>)
743720.Psefu_2047	+
743720.Psefu_2276	+
743720.Psefu_0692	+
743720.Psefu_2697	(+)				(plastid)
743720.Psefu_2696	+
743720.Psefu_2187			+
743720.Psefu_2045	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_1417			+
743720.Psefu_1415	+
743720.Psefu_1980	+
743720.Psefu_0157	+
743720.Psefu_2993			+
743720.Psefu_0596		(<)
743720.Psefu_3807	+
743720.Psefu_3804	+
743720.Psefu_1778	(+)		+
743720.Psefu_1776				(PF06945)
743720.Psefu_2557	+
743720.Psefu_0778			+
743720.Psefu_2513	+
743720.Psefu_3020	(+)				(plastid)
743720.Psefu_0527			+
743720.Psefu_1569	+
743720.Psefu_1420	+
743720.Psefu_2855	+
743720.Psefu_2853	+
743720.Psefu_2850	+
743720.Psefu_1955	+
743720.Psefu_1954	+
743720.Psefu_3016	+
743720.Psefu_0179	+
743720.Psefu_0213	+
743720.Psefu_0214		(>)
743720.Psefu_0364	+
743720.Psefu_1274	+
743720.Psefu_1168		(>)
743720.Psefu_1164	+
743720.Psefu_1090	+
743720.Psefu_2033		+
743720.Psefu_2083	+
743720.Psefu_1782	+
743720.Psefu_2144	+
743720.Psefu_1435	+
743720.Psefu_3142	+				not used
743720.Psefu_0965	+
743720.Psefu_2840	+
743720.Psefu_1945			+
743720.Psefu_1947		+
743720.Psefu_3003	+
743720.Psefu_4277		(>)
743720.Psefu_4276	(+)				(plastid)
743720.Psefu_1305	+
743720.Psefu_1570	+
743720.Psefu_4374			+
743720.Psefu_4300	+
743720.Psefu_4307			+
743720.Psefu_3350	+
743720.Psefu_2209	+
743720.Psefu_2538				(PF04303)
743720.Psefu_1620		(>)
743720.Psefu_1367	(+)	+
743720.Psefu_3798	+
743720.Psefu_1442	+
743720.Psefu_3184	+
743720.Psefu_0070	+
743720.Psefu_3247		+
743720.Psefu_3176	+
743720.Psefu_1405			+
743720.Psefu_0970	+
743720.Psefu_3883	+
743720.Psefu_0994	+
743720.Psefu_0155	(+)	+
743720.Psefu_0151		+
743720.Psefu_0523	+
743720.Psefu_0309			+
743720.Psefu_2801	+
743720.Psefu_2802		(>)
743720.Psefu_1149			+
743720.Psefu_2239	+
743720.Psefu_2160	+
743720.Psefu_1205	+
743720.Psefu_1458	(+)				plastid
743720.Psefu_3168	+
743720.Psefu_4083		(<)
743720.Psefu_0097	+
743720.Psefu_0880		(>)
743720.Psefu_3815		(>)
743720.Psefu_3011	+
743720.Psefu_1410		(>)
743720.Psefu_0706	+
743720.Psefu_3996		(>)
743720.Psefu_0406	+
743720.Psefu_1685	+
743720.Psefu_3783	+
743720.Psefu_2796	+
743720.Psefu_2005				(PF06945)	not used
743720.Psefu_2002		(<)
743720.Psefu_2003	+
743720.Psefu_2311	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_2172	+
743720.Psefu_1661	+
743720.Psefu_2482	+
743720.Psefu_3683			+
743720.Psefu_2814	+
743720.Psefu_0969	+
743720.Psefu_4247	(+)				(ER)
743720.Psefu_2327	+
743720.Psefu_1672			+
743720.Psefu_0328	(+)		+
743720.Psefu_2086	+
743720.Psefu_1098	+
743720.Psefu_1265				(PF04303)
743720.Psefu_2357	+
743720.Psefu_0142	+
743720.Psefu_1695	+
743720.Psefu_1359	+
743720.Psefu_0508	+
743720.Psefu_3188	+				not used
743720.Psefu_3532	+
743720.Psefu_0055		(>)
743720.Psefu_0335	(+)				(mitochondrial)
743720.Psefu_4331	+
743720.Psefu_4187				(PF06293)
743720.Psefu_4186				(PF06293)
743720.Psefu_4185				(PF06293)
743720.Psefu_4188				(PF06293)
743720.Psefu_2777	(+)
743720.Psefu_4437	(+)
743720.Psefu_1288	(+)
743720.Psefu_1487	(+)
743720.Psefu_0193	(+)
743720.Psefu_0196	(+)
743720.Psefu_4353	(+)
743720.Psefu_4425	(+)
743720.Psefu_4423	(+)
743720.Psefu_0854	(+)
743720.Psefu_3522	(+)
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743720.Psefu_3365	(+)
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743720.Psefu_1906	(+)
743720.Psefu_0056	(+)
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Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.6 (6/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 1.625 (13/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================