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Effective results for Xanthobacter autotrophicus Py2 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 180
- Predicted by T4SEpre: 98
- Predicted by EffectiveELD: 30 eukaryotic-like domains, contained in 96 proteins (3 high, 93 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type IV

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
78245.Xaut_3196(PF07732) (PF07731)mitochondrial
78245.Xaut_3341(PF07732) (PF07731)ER; (ER)
78245.Xaut_3408(PF07732) (PF07731)(mitochondrial)
78245.Xaut_1064(PF13276) (PF13683)(mitochondrial)
78245.Xaut_3472(PF13276) (PF13683)(mitochondrial)
78245.Xaut_0221(PF13276) (PF13683)(mitochondrial)
78245.Xaut_1608(PF13276) (PF13683)(mitochondrial)
78245.Xaut_2898(PF07732) (PF07731)ER
78245.Xaut_3011(PF10502)ER
78245.Xaut_3499+mitochondrial
78245.Xaut_2474+ER; (ER)
78245.Xaut_1128+mitochondrial; (mitochondrial)
78245.Xaut_2364(PF02275)ER
78245.Xaut_4423(PF00332)ER
78245.Xaut_4421(PF00332)ER
78245.Xaut_2799+ER; (ER)
78245.Xaut_1669+mitochondrial
78245.Xaut_2906(PF01527)(mitochondrial)
78245.Xaut_4622(PF06455)ER
78245.Xaut_1455(PF03404)mitochondrial; (mitochondrial)
78245.Xaut_0422+(mitochondrial)
78245.Xaut_0612+ER
78245.Xaut_0617+ER
78245.Xaut_3026(PF13872) (PF13871)(plastid)
78245.Xaut_3534(PF02655)(ER)
78245.Xaut_4602(PF07732) (PF07731)(ER)
78245.Xaut_0706(PF10502)ER
78245.Xaut_1385(PF06764)ER
78245.Xaut_0255(PF03404)mitochondrial; (mitochondrial)
78245.Xaut_0386+ER
78245.Xaut_3736(PF13276) (PF13683)(mitochondrial)
78245.Xaut_3466+(mitochondrial)
78245.Xaut_4011(PF10502)ER
78245.Xaut_0069(PF08881)ER
78245.Xaut_2258PF13207(mitochondrial)
78245.Xaut_3385+ER
78245.Xaut_0720(PF13872) (PF13871)(ER)
78245.Xaut_1991(PF00839)ER
78245.Xaut_1777+mitochondrial; ER
78245.Xaut_2871(PF10502)ER
78245.Xaut_2472+mitochondrial
78245.Xaut_4020+(mitochondrial)
78245.Xaut_3905+(mitochondrial); mitochondrial
78245.Xaut_3450(PF00839)ER
78245.Xaut_0585(PF10502)ER
78245.Xaut_1161+ER
78245.Xaut_1505(PF14336)(mitochondrial)
78245.Xaut_0551+(mitochondrial)
78245.Xaut_0756(PF10502)ER
78245.Xaut_1089(PF07731)ER
78245.Xaut_2079+(mitochondrial)
78245.Xaut_3851(PF06764)ER
78245.Xaut_2672(PF03404)mitochondrial; (mitochondrial)
78245.Xaut_0567PF13207(mitochondrial)
78245.Xaut_3827+ER
78245.Xaut_2337+ER
78245.Xaut_2243+ER
78245.Xaut_4413(PF05990)ER
78245.Xaut_4254(PF05990)(ER)
78245.Xaut_1950+ER
78245.Xaut_0328+(mitochondrial)
78245.Xaut_3971(PF07732) (PF07731)
78245.Xaut_1685+(mitochondrial)
78245.Xaut_4579+(plastid)
78245.Xaut_4005(PF13276) (PF13683)
78245.Xaut_2090+(ER)
78245.Xaut_2270(PF07732) (PF07731)
78245.Xaut_3706+(PF01129)
78245.Xaut_4025+(plastid)
78245.Xaut_0683(PF13276)(mitochondrial)
78245.Xaut_0571+(plastid)
78245.Xaut_3588(PF07732) (PF07731)
78245.Xaut_0564(PF13276)(mitochondrial)
78245.Xaut_2202+(mitochondrial)
78245.Xaut_2665(PF13276)(mitochondrial)
78245.Xaut_2523+plastid
78245.Xaut_2055+
78245.Xaut_1045+
78245.Xaut_1042(PF13683)
78245.Xaut_0545+
78245.Xaut_4334(PF02275)
78245.Xaut_0176+
78245.Xaut_2821+
78245.Xaut_4438+
78245.Xaut_2897+
78245.Xaut_1456+
78245.Xaut_0559PF13207
78245.Xaut_0552+
78245.Xaut_1689+
78245.Xaut_1065(PF01527)
78245.Xaut_1599+
78245.Xaut_2564(PF02689)
78245.Xaut_1681+
78245.Xaut_0857+
78245.Xaut_2022+
78245.Xaut_1927+
78245.Xaut_3225+
78245.Xaut_4361+
78245.Xaut_3768+
78245.Xaut_2903(PF03243)
78245.Xaut_2905(PF13276)
78245.Xaut_3691(PF13455)
78245.Xaut_0715+
78245.Xaut_0611+
78245.Xaut_1471+
78245.Xaut_3500+
78245.Xaut_2914+
78245.Xaut_4610(PF01527)
78245.Xaut_3530(PF02655)
78245.Xaut_4140+
78245.Xaut_0430+
78245.Xaut_0268(PF02371)
78245.Xaut_0269(PF13276)
78245.Xaut_0462+
78245.Xaut_2296+
78245.Xaut_3352(PF08695)
78245.Xaut_0703(PF02371)
78245.Xaut_1925+
78245.Xaut_1813+
78245.Xaut_2285(PF02371)
78245.Xaut_3735(PF01527)
78245.Xaut_3734(PF02371)
78245.Xaut_3261+
78245.Xaut_4015+
78245.Xaut_4123(PF01442)
78245.Xaut_4651+
78245.Xaut_2127(PF02275)
78245.Xaut_2252(PF01527)
78245.Xaut_2385(PF01527)
78245.Xaut_3471(PF01527)
78245.Xaut_4003(PF02371)
78245.Xaut_4009(PF02371)
78245.Xaut_0234(PF05990)
78245.Xaut_3329+
78245.Xaut_4031+
78245.Xaut_1343+
78245.Xaut_0220(PF01527)
78245.Xaut_0226(PF10544)
78245.Xaut_0648+
78245.Xaut_1518(PF03404)
78245.Xaut_1609(PF01527)
78245.Xaut_1177+
78245.Xaut_2099+
78245.Xaut_2091+
78245.Xaut_0304+
78245.Xaut_2874(PF02371)
78245.Xaut_2657(PF02371)
78245.Xaut_2656(PF13276)
78245.Xaut_4596(PF01527)
78245.Xaut_0587(PF02371)
78245.Xaut_0581+
78245.Xaut_0365+
78245.Xaut_1188+
78245.Xaut_1610(PF01527)
78245.Xaut_1163+
78245.Xaut_1852+
78245.Xaut_3599(PF14216)
78245.Xaut_3601+
78245.Xaut_0684(PF01527)
78245.Xaut_0680(PF13020)
78245.Xaut_0753(PF02371)
78245.Xaut_2988(PF13020)
78245.Xaut_1790(PF02655)
78245.Xaut_3167+
78245.Xaut_3617(PF10544)
78245.Xaut_3189(PF05990)
78245.Xaut_1849+
78245.Xaut_0563(PF01527)
78245.Xaut_0305+
78245.Xaut_1093(PF01527)
78245.Xaut_1560(PF13816)
78245.Xaut_2664(PF01527)
78245.Xaut_3134+
78245.Xaut_3622+
78245.Xaut_3008(PF02371)
78245.Xaut_0576+
78245.Xaut_3650+
78245.Xaut_1135+
78245.Xaut_0797(PF03243)
78245.Xaut_0499(PF02371)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 3.7 (37/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================