Metamenu

Effective results for Aeromonas caviae Ae398 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 398
- Predicted by EffectiveT3: 125 (high confidence), 201 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 16 within, 17 before, 32 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 10 eukaryotic-like domains, contained in 18 proteins (1 high, 17 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
878320.AcavA_010100003707+ER
878320.AcavA_010100015029(<)ER
878320.AcavA_010100014609+ER
878320.AcavA_010100017543+mitochondrial
878320.AcavA_010100007217PF05203(ER)
878320.AcavA_010100013939(PF03222)ER
878320.AcavA_010100004472(>)ER
878320.AcavA_010100015823(<)ER
878320.AcavA_010100003872(>)(mitochondrial); (plastid)
878320.AcavA_010100020113+(mitochondrial)
878320.AcavA_010100002040(>)ER
878320.AcavA_010100005154+ER
878320.AcavA_010100020402(>)ER
878320.AcavA_010100013514(PF03222)(ER)
878320.AcavA_010100018135(>)ER
878320.AcavA_010100005284(PF02010)ER
878320.AcavA_010100008858(>)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100011329+ER
878320.AcavA_010100010213(PF13127)ER
878320.AcavA_010100018260(>)ER
878320.AcavA_010100008728(>)mitochondrial
878320.AcavA_010100003404(>)ER
878320.AcavA_010100002230(PF01902)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100002720(>)ER
878320.AcavA_010100006875+(ER)
878320.AcavA_010100009578(>)ER
878320.AcavA_010100000996(>)(ER)
878320.AcavA_010100020268+(mitochondrial)
878320.AcavA_010100003957+(ER)
878320.AcavA_010100017868+ER
878320.AcavA_010100001036(>)ER
878320.AcavA_010100004527(>)ER
878320.AcavA_010100000841(PF03222)(ER)
878320.AcavA_010100008397(>)ER
878320.AcavA_010100000836(PF03222)(ER)
878320.AcavA_010100009538(>)(plastid)
878320.AcavA_010100018170(PF03222)(ER)
878320.AcavA_010100005739(+)ER
878320.AcavA_010100007957(+)ER
878320.AcavA_010100010618+(plastid)
878320.AcavA_010100002190(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100014414(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100013304(+)(ER)
878320.AcavA_010100018741+(mitochondrial)
878320.AcavA_010100001855(>)(ER)
878320.AcavA_010100019369+plastid
878320.AcavA_010100010238+(plastid)
878320.AcavA_010100001101+(plastid)
878320.AcavA_010100013554(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100015983(>)(plastid)
878320.AcavA_010100000691+(<)
878320.AcavA_010100005314+(>)
878320.AcavA_010100002900(+)mitochondrial; (mitochondrial)
878320.AcavA_010100015993+(plastid)
878320.AcavA_010100010698+(plastid)
878320.AcavA_010100004834(+)ER
878320.AcavA_010100008578+(PF04218)
878320.AcavA_010100017453+(mitochondrial)
878320.AcavA_010100013899(+)(ER)
878320.AcavA_010100011441+(plastid)
878320.AcavA_010100010003(<)
878320.AcavA_010100020727+
878320.AcavA_010100001766(+)(mitochondrial); not used
878320.AcavA_010100020832+
878320.AcavA_010100002305+
878320.AcavA_010100002300+
878320.AcavA_010100003144+
878320.AcavA_010100008598+
878320.AcavA_010100016854(>)
878320.AcavA_010100010703+
878320.AcavA_010100011656+
878320.AcavA_010100010833+not used
878320.AcavA_010100017898+
878320.AcavA_010100001201+
878320.AcavA_010100007742(>)
878320.AcavA_010100004192(<)
878320.AcavA_010100007962+
878320.AcavA_010100015838+not used
878320.AcavA_010100009528(PF01902)
878320.AcavA_010100003922+
878320.AcavA_010100011736+
878320.AcavA_010100000961+
878320.AcavA_010100017558+
878320.AcavA_010100015179+
878320.AcavA_010100010033(<)
878320.AcavA_010100016118+
878320.AcavA_010100003279+
878320.AcavA_010100012071+
878320.AcavA_010100013919+
878320.AcavA_010100004614+
878320.AcavA_010100015044+
878320.AcavA_010100011289(<)
878320.AcavA_010100019446+
878320.AcavA_010100010613+
878320.AcavA_010100016694+
878320.AcavA_010100000801+
878320.AcavA_010100010723+
878320.AcavA_010100005139(>)
878320.AcavA_010100020682+not used
878320.AcavA_010100001641+
878320.AcavA_010100002515+
878320.AcavA_010100018445(+)plastid
878320.AcavA_010100007832(>)
878320.AcavA_010100012026+
878320.AcavA_010100010193+
878320.AcavA_010100014074+
878320.AcavA_010100014342+
878320.AcavA_010100003452(+)(ER)
878320.AcavA_010100013479+
878320.AcavA_010100013054+
878320.AcavA_010100002705+
878320.AcavA_010100009868+
878320.AcavA_010100018565+
878320.AcavA_010100007847+
878320.AcavA_010100002345(+)+
878320.AcavA_010100019783(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100010748+
878320.AcavA_010100010963+
878320.AcavA_010100000911+
878320.AcavA_010100019319+not used
878320.AcavA_010100006815+not used
878320.AcavA_010100019389++
878320.AcavA_010100002660+
878320.AcavA_010100016490+
878320.AcavA_010100016659+
878320.AcavA_010100016874+not used
878320.AcavA_010100018220+
878320.AcavA_010100015094+
878320.AcavA_010100005814+
878320.AcavA_010100014434+
878320.AcavA_010100018380+
878320.AcavA_010100008893(<)
878320.AcavA_010100014136(PF10013)not used
878320.AcavA_010100019718(+)(plastid)
878320.AcavA_010100011546(<)
878320.AcavA_010100012744+
878320.AcavA_010100000390(PF07693)
878320.AcavA_010100001266(+)+
878320.AcavA_010100006239(PF03222)
878320.AcavA_010100002740+
878320.AcavA_010100006905+
878320.AcavA_010100019933(+)(ER)
878320.AcavA_010100011796+
878320.AcavA_010100005334(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100005179+
878320.AcavA_010100016340(<)
878320.AcavA_010100002920+
878320.AcavA_010100003867+
878320.AcavA_010100020243(+)+
878320.AcavA_010100003299+
878320.AcavA_010100004969+
878320.AcavA_010100015244(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100014624+
878320.AcavA_010100011090(>)
878320.AcavA_010100009553+
878320.AcavA_010100010148(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100010143(>)
878320.AcavA_010100010218+
878320.AcavA_010100017818(>)
878320.AcavA_010100020118+
878320.AcavA_010100005329+
878320.AcavA_010100005749(+)plastid
878320.AcavA_010100020532+
878320.AcavA_010100017588+
878320.AcavA_010100001131(+)(ER)
878320.AcavA_010100003972+
878320.AcavA_010100015504+
878320.AcavA_010100016238+
878320.AcavA_010100014362(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100015963+
878320.AcavA_010100013039(<)
878320.AcavA_010100005489+
878320.AcavA_010100005799+
878320.AcavA_010100020053+
878320.AcavA_010100007792+
878320.AcavA_010100020872(+)(>)not used
878320.AcavA_010100013764(<)
878320.AcavA_010100004547+
878320.AcavA_010100004042+
878320.AcavA_010100012749(PF07693)
878320.AcavA_010100015813+
878320.AcavA_010100015284+not used
878320.AcavA_010100018270+
878320.AcavA_010100011055(>)
878320.AcavA_010100014176+
878320.AcavA_010100010908(>)
878320.AcavA_010100003447+
878320.AcavA_010100010273+
878320.AcavA_010100000686+
878320.AcavA_010100001486+
878320.AcavA_010100001156+
878320.AcavA_010100014694+
878320.AcavA_010100003887+
878320.AcavA_010100012739(PF07693)
878320.AcavA_010100019436(+)(plastid)
878320.AcavA_010100009148(<)
878320.AcavA_010100016894+
878320.AcavA_010100009168+
878320.AcavA_010100017468+
878320.AcavA_010100015948+
878320.AcavA_010100014226+
878320.AcavA_010100009738+
878320.AcavA_010100006464+
878320.AcavA_010100017138(>)
878320.AcavA_010100007542+
878320.AcavA_010100007682+
878320.AcavA_010100012341(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100019708(+)(PF12588)
878320.AcavA_010100019498(>)
878320.AcavA_010100015004+
878320.AcavA_010100014629+
878320.AcavA_010100014449+
878320.AcavA_010100018771(<)
878320.AcavA_010100015958+
878320.AcavA_010100005079+
878320.AcavA_010100003229(+)(ER)
878320.AcavA_010100003154+
878320.AcavA_010100002555(PF05706)
878320.AcavA_010100016380(<)
878320.AcavA_010100008162+
878320.AcavA_010100019663+
878320.AcavA_010100007842+
878320.AcavA_010100004794(+)(ER)
878320.AcavA_010100000185+
878320.AcavA_010100015923(+)(mitochondrial)
878320.AcavA_010100000544+
878320.AcavA_010100011045+
878320.AcavA_010100009928+
878320.AcavA_010100000160(<)
878320.AcavA_010100005534(+)
878320.AcavA_010100007592(+)
878320.AcavA_010100013929(+)
878320.AcavA_010100008172(+)
878320.AcavA_010100014191(+)
878320.AcavA_010100010708(+)
878320.AcavA_010100014519(+)
878320.AcavA_010100014514(+)
878320.AcavA_010100000956(+)
878320.AcavA_010100001576(+)
878320.AcavA_010100012196(+)
878320.AcavA_010100006294(+)
878320.AcavA_010100020913(+)not used
878320.AcavA_010100019643(+)
878320.AcavA_010100003682(+)
878320.AcavA_010100012266(+)not used
878320.AcavA_010100016290(+)
878320.AcavA_010100012286(+)
878320.AcavA_010100019359(+)
878320.AcavA_010100015059(+)
878320.AcavA_010100001021(+)
878320.AcavA_010100010733(+)
878320.AcavA_010100000811(+)
878320.AcavA_010100017173(+)
878320.AcavA_010100001216(+)
878320.AcavA_010100011536(+)
878320.AcavA_010100012381(+)
878320.AcavA_010100002615(+)
878320.AcavA_010100006314(+)
878320.AcavA_010100015594(+)
878320.AcavA_010100012296(+)
878320.AcavA_010100009648(+)
878320.AcavA_010100004297(+)
878320.AcavA_010100004232(+)
878320.AcavA_010100014404(+)
878320.AcavA_010100014081(+)not used
878320.AcavA_010100005439(+)
878320.AcavA_010100018335(+)
878320.AcavA_010100013084(+)
878320.AcavA_010100013249(+)
878320.AcavA_010100012859(+)
878320.AcavA_010100018375(+)
878320.AcavA_010100015159(+)
878320.AcavA_010100012131(+)
878320.AcavA_010100010198(+)
878320.AcavA_010100014231(+)
878320.AcavA_010100009073(+)
878320.AcavA_010100017578(+)
878320.AcavA_010100000120(+)
878320.AcavA_010100017358(+)
878320.AcavA_010100020308(+)
878320.AcavA_010100002450(+)
878320.AcavA_010100013474(+)
878320.AcavA_010100004924(+)
878320.AcavA_010100008718(+)
878320.AcavA_010100015843(+)
878320.AcavA_010100018560(+)
878320.AcavA_010100000285(+)
878320.AcavA_010100009778(+)
878320.AcavA_010100001885(+)
878320.AcavA_010100016804(+)
878320.AcavA_010100007015(+)
878320.AcavA_010100012331(+)
878320.AcavA_010100016879(+)
878320.AcavA_010100015279(+)not used
878320.AcavA_010100015274(+)
878320.AcavA_010100010883(+)
878320.AcavA_010100010793(+)
878320.AcavA_010100011591(+)
878320.AcavA_010100020542(+)
878320.AcavA_010100001706(+)
878320.AcavA_010100006925(+)
878320.AcavA_010100018721(+)
878320.AcavA_010100013859(+)
878320.AcavA_010100020642(+)
878320.AcavA_010100004542(+)
878320.AcavA_010100012814(+)
878320.AcavA_010100018305(+)
878320.AcavA_010100015089(+)
878320.AcavA_010100009893(+)
878320.AcavA_010100009333(+)
878320.AcavA_010100010433(+)
878320.AcavA_010100018936(+)
878320.AcavA_010100000646(+)
878320.AcavA_010100005769+
878320.AcavA_010100017017(+)
878320.AcavA_010100013449(+)not used
878320.AcavA_010100011431(+)
878320.AcavA_010100002640(+)
878320.AcavA_010100003354(+)
878320.AcavA_010100016679(+)
878320.AcavA_010100004392(+)
878320.AcavA_010100008187(+)
878320.AcavA_010100009588(+)
878320.AcavA_010100014236(+)
878320.AcavA_010100011371(+)
878320.AcavA_010100004087(+)
878320.AcavA_010100014347(+)
878320.AcavA_010100019503(+)
878320.AcavA_010100018595(+)
878320.AcavA_010100008523(+)
878320.AcavA_010100017318(+)
878320.AcavA_010100005339(+)
878320.AcavA_010100005244(+)
878320.AcavA_010100002030(+)
878320.AcavA_010100011946(+)
878320.AcavA_010100003294(+)
878320.AcavA_010100012166(+)
878320.AcavA_010100005184(+)
878320.AcavA_010100000060(+)
878320.AcavA_010100013224(+)
878320.AcavA_010100001621(+)
878320.AcavA_010100003997(+)
878320.AcavA_010100005819(+)
878320.AcavA_010100001136(+)
878320.AcavA_010100006079(+)
878320.AcavA_010100016058(+)
878320.AcavA_010100015404(+)
878320.AcavA_010100010048(+)
878320.AcavA_010100011621(+)
878320.AcavA_010100019988(+)
878320.AcavA_010100000474(+)
878320.AcavA_010100000986(+)
878320.AcavA_010100018871(+)
878320.AcavA_010100007797(+)
878320.AcavA_010100006669(+)
878320.AcavA_010100008783(+)
878320.AcavA_010100019299(+)
878320.AcavA_010100015354(+)
878320.AcavA_010100004032(+)
878320.AcavA_010100002225(+)
878320.AcavA_010100010693(+)not used
878320.AcavA_010100000464(+)
878320.AcavA_010100018495(+)
878320.AcavA_010100000991(+)
878320.AcavA_010100007657(+)
878320.AcavA_010100020867(+)not used
878320.AcavA_010100002685(+)
878320.AcavA_010100015169(+)
878320.AcavA_010100008813(+)
878320.AcavA_010100018641(+)
878320.AcavA_010100007927(+)
878320.AcavA_010100008768(+)
878320.AcavA_010100001321(+)
878320.AcavA_010100020073(+)
878320.AcavA_010100003070(+)not used
878320.AcavA_010100009698(+)
878320.AcavA_010100020198(+)
878320.AcavA_010100007687(+)
878320.AcavA_010100013299(+)
878320.AcavA_010100007352(+)
878320.AcavA_010100003309(+)
878320.AcavA_010100008793(+)
878320.AcavA_010100001955(+)not used
878320.AcavA_010100009513(+)
878320.AcavA_010100000444(+)
878320.AcavA_010100014849(+)
878320.AcavA_010100013354(+)
878320.AcavA_010100012959(+)
878320.AcavA_010100005509(+)
878320.AcavA_010100005854(+)not used
878320.AcavA_010100009163(+)
878320.AcavA_010100019394(+)
878320.AcavA_010100012664(+)
878320.AcavA_010100009433(+)
878320.AcavA_010100010828(+)not used
878320.AcavA_010100007552(+)
878320.AcavA_010100008593(+)
878320.AcavA_010100017383(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.5 (5/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.5 (4/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================