Metamenu

Effective results for Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 428
- Predicted by EffectiveT3: 118 (high confidence), 204 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 7 within, 11 before, 23 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 79 proteins (1 high, 78 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
882.DVU3022(PF13188) (PF08448)ER
882.DVU2494(>)ER
882.DVU0355(PF13188) (PF08448)ER
882.DVU1958(PF13188) (PF08448)ER
882.DVU3382(PF08448)(ER); ER
882.DVU3147PF01591mitochondrial
882.DVU0543(PF03601)(ER)
882.DVU0721(PF13188)(ER)
882.DVU0720(PF13188)ER
882.DVU0737(PF08448)ER
882.DVU0935(PF08448)(mitochondrial)
882.DVU2432(PF08448)ER
882.DVU0134+ER; (ER)
882.DVU1266(>)ER
882.DVU1662(>)ER
882.DVU2411(PF13833)ER
882.DVU1884+ER
882.DVU0331+(PF13188) (PF08448)
882.DVU2743(<)(ER)
882.DVU2354(<)ER
882.DVU3269(PF08448)ER
882.DVU3312+(ER)
882.DVU0810+mitochondrial; plastid
882.DVU0061+ER
882.DVU3068(+)(PF13188) (PF08448)(ER)
882.DVU3061(PF08448)(ER)
882.DVU0797+ER
882.DVU2016(<)ER
882.DVU3214(PF01326)(mitochondrial)
882.DVU0622(>)ER
882.DVU2079+(PF13188)(plastid)
882.DVU2107+(mitochondrial)
882.DVU3182(>)ER
882.DVU3058(PF08448)(ER)
882.DVU1563(PF13188)mitochondrial
882.DVU2111(<)(mitochondrial)
882.DVU2616(PF13188)(mitochondrial)
882.DVU2295(PF08448)(ER); ER
882.DVU0700(PF08448)ER
882.DVU0013(PF08448)ER
882.DVU2263+mitochondrial
882.DVU2738(PF08448)ER
882.DVU2285(>)ER
882.DVU2455+(mitochondrial)
882.DVU2456+(plastid)
882.DVU1441(>)(plastid)
882.DVU2637+(PF08448)
882.DVU3146(+)(mitochondrial)
882.DVU1444+(>)
882.DVU0923(+)(mitochondrial)
882.DVU2935(+)mitochondrial
882.DVU2444(>)plastid
882.DVU1194+plastid
882.DVU1190(PF13188) (PF08448)
882.DVU2546(PF13188) (PF08448)
882.DVU2363(+)mitochondrial; (mitochondrial)
882.DVU0123+(PF03601)
882.DVU1473+(mitochondrial)
882.DVU1189+(ER)
882.DVU2959(+)ER
882.DVU1060(+)(mitochondrial)
882.DVU3328+(plastid)
882.DVU0101(+)(mitochondrial); plastid
882.DVU1417(+)(mitochondrial)
882.DVU1418(PF08448)(ER)
882.DVU2977+(mitochondrial); not used
882.DVU2401(PF13237)(mitochondrial)
882.DVU2991+(plastid)
882.DVU2572(+)mitochondrial; (mitochondrial)
882.DVU1931+(ER)
882.DVU1252(PF02516)(mitochondrial)
882.DVU0891(<)(ER)
882.DVU2684(+)(ER); plastid
882.DVU2233(+)(mitochondrial); (plastid)
882.DVU0635(+)(ER)
882.DVU3043+(plastid)
882.DVU0623(+)ER; (plastid)
882.DVU0345+plastid
882.DVU2679(PF13188) (PF08448)
882.DVU2676+(plastid)
882.DVU2075(<)(mitochondrial)
882.DVU2109+(PF10609)
882.DVU3188+(plastid)
882.DVU0507+(plastid)
882.DVU2119(+)(ER)
882.DVU0422(+)(PF13188) (PF08448)
882.DVU2479+(plastid)
882.DVU0566(+)(ER)
882.DVU0945(PF08448)(ER)
882.DVU2605(+)mitochondrial
882.DVU2594+(plastid)
882.DVU3157(+)ER
882.DVU1024+
882.DVU1020(PF08448)
882.DVU0003+
882.DVU0391+
882.DVU1156(>)
882.DVU2922+
882.DVU1847(+)(PF10609)
882.DVU0300+
882.DVU0039(PF01258)
882.DVU1523+
882.DVU0725+
882.DVU2933(PF08448)
882.DVU2931(PF08448)
882.DVU2448+
882.DVU2446+
882.DVU2710+
882.DVU2150(PF01258)
882.DVU3170+
882.DVU0553(+)(mitochondrial)
882.DVU1732+
882.DVU0152(PF01326)
882.DVU0025(PF08448)
882.DVU0028(>)
882.DVU0801+
882.DVU1009+
882.DVU0733+
882.DVU0731(+)(PF09825)
882.DVU0930(>)
882.DVU0938(+)(mitochondrial)
882.DVU1994+not used
882.DVU1992+
882.DVU1998+not used
882.DVU2090(PF13833)
882.DVU3168+
882.DVU3164(>)
882.DVU3296+
882.DVU3291+
882.DVU0129(PF13188)
882.DVU0124(+)plastid
882.DVU0832+
882.DVU0905+
882.DVU1056+
882.DVU2421(+)(plastid)
882.DVU2775(>)
882.DVU2082(+)(plastid)
882.DVU0246(PF01326)
882.DVU3112(>)
882.DVU3029(>)
882.DVU0131+not used
882.DVU2906+
882.DVU2565(+)(ER)
882.DVU2562(>)
882.DVU2568+
882.DVU2960(PF08448)
882.DVU2967(>)
882.DVU2412(PF13188)
882.DVU1881+
882.DVU2186+
882.DVU2345+
882.DVU0908+
882.DVU3259(+)(mitochondrial)
882.DVU0690+
882.DVU4008+
882.DVU0103+
882.DVU1416(+)plastid
882.DVU1070+
882.DVU2353+
882.DVU2759+not used
882.DVU2753+
882.DVU4014(<)
882.DVU3135(+)(plastid)
882.DVU0680(PF13188)
882.DVU1794+
882.DVU0067+
882.DVU2325(+)(plastid)
882.DVU1638(>)
882.DVU2033+
882.DVU3127+
882.DVU3018+
882.DVU3276(PF13237)
882.DVU3278+
882.DVU0472+
882.DVU2846(+)(mitochondrial); not used
882.DVU0879+not used
882.DVU0878(PF01258)
882.DVU0789(>)
882.DVU0270(PF08448)
882.DVU2205+
882.DVU0115+
882.DVU2334(+)(mitochondrial)
882.DVU2330(+)(PF10609)
882.DVU1920(<)not used
882.DVU0289+
882.DVU0081(PF08448)
882.DVU0084(>)
882.DVU0884(PF02943)
882.DVU2239(+)plastid
882.DVU2303+
882.DVU2307(PF01258)
882.DVU2019(PF16565)
882.DVU3075+
882.DVU0412+
882.DVU0320+
882.DVU0630(+)(mitochondrial); not used
882.DVU3229+
882.DVU0258(PF08448)
882.DVU1694(PF01258)
882.DVU0743(PF08448)
882.DVU0744(PF08448)
882.DVU2792(PF13237)
882.DVU3045(PF08448)
882.DVU0408(PF08448)
882.DVU0534+
882.DVU3222(+)(mitochondrial)
882.DVU1112+
882.DVU1118+
882.DVU1750+
882.DVU1570+
882.DVU0672(+)(<)not used
882.DVU1214+
882.DVU2490+
882.DVU2493(+)(plastid)
882.DVU1973(+)(ER)
882.DVU2252+
882.DVU3350(PF13237)
882.DVU0437+
882.DVU1753+not used
882.DVU0505+
882.DVU3237(PF01326)
882.DVU0293(PF01258)
882.DVU1581+
882.DVU1566(+)plastid
882.DVU0632+
882.DVU1688+
882.DVU0255+
882.DVU3089+
882.DVU3087(>)
882.DVU0519+
882.DVU0979(<)
882.DVU0971(+)(<)
882.DVU1392(+)(mitochondrial)
882.DVU1395(PF01258)
882.DVU2614+
882.DVU2618+not used
882.DVU1567+
882.DVU1952+
882.DVU2272+
882.DVU2908(+)(ER)
882.DVU2291+
882.DVU2129(+)(PF08448)
882.DVU2120+
882.DVU2122+
882.DVU0569(PF08448)
882.DVU1769(PF13237)
882.DVU0366+
882.DVU1547(PF08448)
882.DVU1499+
882.DVU2460+
882.DVU2462+
882.DVU2464+
882.DVU2469+not used
882.DVU0943(PF03601)
882.DVU1387+
882.DVU3308+
882.DVU2602+
882.DVU2739(PF01326)
882.DVU1832+not used
882.DVU1833(PF01326)
882.DVU0651+
882.DVU2133(PF03601)
882.DVU2131+
882.DVU2134+not used
882.DVU2825+
882.DVU3152(PF08448)
882.DVU3158(+)plastid
882.DVU0176(+)(plastid)
882.DVU1659+not used
882.DVU2316(>)
882.DVU1719+
882.DVU1159(+)not used
882.DVU2452(+)not used
882.DVU0004(+)
882.DVU0959(+)
882.DVU2923(+)
882.DVU2633(+)
882.DVU2632(+)
882.DVU2634(+)
882.DVU2146(+)not used
882.DVU1622(+)
882.DVU1155(+)not used
882.DVU1154(+)not used
882.DVU3241(+)
882.DVU0173(+)
882.DVU1709(+)
882.DVU1700(+)
882.DVU0813(+)
882.DVU0812(+)
882.DVU0816(+)
882.DVU0726(+)
882.DVU2848(+)
882.DVU2716(+)
882.DVU1211(+)
882.DVU2155(+)
882.DVU2559(+)
882.DVU0658(+)
882.DVU3174(+)
882.DVU0482(+)
882.DVU0159(+)
882.DVU4019(+)
882.DVU1465(+)
882.DVU1513(+)
882.DVU1512(+)
882.DVU2430(+)
882.DVU2098(+)
882.DVU2162(+)
882.DVU2360(+)
882.DVU3160(+)not used
882.DVU0239(+)
882.DVU1725(+)
882.DVU1291(+)
882.DVU1182(+)
882.DVU2555(+)
882.DVU2956(+)
882.DVU2951(+)
882.DVU2427(+)
882.DVU2179(+)
882.DVU2174(+)
882.DVU2089(+)not used
882.DVU2081(+)
882.DVU3338(+)
882.DVU0136(+)
882.DVU1664(+)
882.DVU2907(+)
882.DVU1062(+)
882.DVU2563(+)
882.DVU2344(+)not used
882.DVU0498(+)
882.DVU3030(+)
882.DVU0697(+)
882.DVU1270(+)
882.DVU0673(+)not used
882.DVU0855(+)
882.DVU0854(+)
882.DVU1989(+)not used
882.DVU0076(+)
882.DVU1093(+)
882.DVU2994(+)
882.DVU1891(+)
882.DVU1898(+)
882.DVU1258(+)
882.DVU2751(+)
882.DVU4013(+)
882.DVU2875(+)
882.DVU0038(+)
882.DVU1644(+)
882.DVU1336(+)
882.DVU2322(+)
882.DVU2039(+)
882.DVU0473(+)not used
882.DVU0276(+)
882.DVU0092(+)
882.DVU0897(+)
882.DVU2203(+)
882.DVU2680(+)
882.DVU1922(+)
882.DVU2029(+)
882.DVU1249(+)
882.DVU3064(+)
882.DVU0462(+)
882.DVU0862(+)
882.DVU0319(+)
882.DVU2653(+)
882.DVU2652(+)
882.DVU0267(+)not used
882.DVU1684(+)
882.DVU0085(+)
882.DVU1221(+)
882.DVU2524(+)
882.DVU2654(+)
882.DVU3218(+)
882.DVU0416(+)
882.DVU0257(+)
882.DVU1699(+)not used
882.DVU0228(+)not used
882.DVU2647(+)
882.DVU2005(+)not used
882.DVU3197(+)
882.DVU3192(+)
882.DVU0989(+)
882.DVU0048(+)
882.DVU0402(+)
882.DVU0627(+)
882.DVU0628(+)
882.DVU0758(+)
882.DVU1590(+)
882.DVU0333(+)
882.DVU2731(+)
882.DVU2492(+)
882.DVU2105(+)
882.DVU2835(+)
882.DVU0435(+)not used
882.DVU3231(+)
882.DVU0987(+)
882.DVU0292(+)
882.DVU0343(+)
882.DVU1108(+)
882.DVU0634(+)
882.DVU0964(+)
882.DVU0963(+)
882.DVU0641(+)
882.DVU0426(+)
882.DVU1556(+)
882.DVU0994(+)not used
882.DVU1481(+)
882.DVU2476(+)
882.DVU2913(+)
882.DVU1399(+)
882.DVU2128(+)
882.DVU1442(+)
882.DVU2124(+)
882.DVU1012(+)
882.DVU0367(+)
882.DVU1168(+)
882.DVU1040(+)
882.DVU0589(+)
882.DVU2899(+)
882.DVU1385(+)not used
882.DVU2552(+)
882.DVU1949(+)
882.DVU2261(+)
882.DVU2044(+)not used
882.DVU1837(+)
882.DVU0655(+)
882.DVU0174(+)not used
882.DVU3370(+)
882.DVU0718(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================