Effective results for Vibrio brasiliensis LMG 20546 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 613
- Predicted by EffectiveT3: 224 (high confidence), 282 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 30 within, 20 before, 56 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 11 eukaryotic-like domains, contained in 15 proteins (0 high, 15 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
945543.VIBR0546_08194 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
945543.VIBR0546_16291 | + | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_18076 | (>) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_20173 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_16046 | + | (ER); (plastid) | |||
945543.VIBR0546_06042 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_01731 | + | (ER); ER | |||
945543.VIBR0546_03170 | + | (>) | (mitochondrial) | ||
945543.VIBR0546_09529 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_07007 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_03830 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_11009 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_11672 | (<) | ER | |||
945543.VIBR0546_13680 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_03715 | + | ER; (ER) | |||
945543.VIBR0546_20830 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_17083 | (PF17186) | ER | |||
945543.VIBR0546_17448 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
945543.VIBR0546_15796 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_13820 | (>) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
945543.VIBR0546_09744 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_06922 | (PF08329) | ER | |||
945543.VIBR0546_20033 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_21295 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_06037 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_21075 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_01611 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_18211 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
945543.VIBR0546_05099 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_20730 | (<) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_06932 | (PF08329) | ER | |||
945543.VIBR0546_03882 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_20308 | (PF17186) | ER | |||
945543.VIBR0546_13122 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_07177 | (<) | mitochondrial | |||
945543.VIBR0546_00660 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_09819 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_02149 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_11777 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_16511 | (<) | ER | |||
945543.VIBR0546_00790 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_17928 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_09057 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_08485 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
945543.VIBR0546_01676 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_20428 | + | ER | |||
945543.VIBR0546_06722 | + | ER; (ER) | |||
945543.VIBR0546_01441 | + | mitochondrial | |||
945543.VIBR0546_18992 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_07057 | (<) | ER | |||
945543.VIBR0546_00120 | (PF08180) | ER | |||
945543.VIBR0546_21345 | (>) | ER | |||
945543.VIBR0546_18852 | (>) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_06517 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_07642 | (+) | (mitochondrial); (ER) | |||
945543.VIBR0546_17713 | (+) | ER; (ER) | |||
945543.VIBR0546_14405 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_03485 | (+) | (ER); (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_17183 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_02369 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_09314 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_07132 | + | (>) | |||
945543.VIBR0546_20970 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_21555 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_21820 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_03385 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_16021 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_14555 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_10894 | + | + | |||
945543.VIBR0546_00720 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_14882 | (>) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_17858 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_00894 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_08712 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_18782 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_18787 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_16551 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_03525 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_02805 | + | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_09389 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_11887 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_06552 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_06657 | + | (>) | |||
945543.VIBR0546_05473 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_17783 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_14450 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_15891 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_03725 | (+) | ER; plastid | |||
945543.VIBR0546_05832 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_18777 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_14265 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_13585 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_07362 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_10369 | (PF10013) | mitochondrial; not used | |||
945543.VIBR0546_01004 | + | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_02061 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_17748 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_20328 | (PF00028) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_13452 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_15696 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_14490 | + | ER; not used | |||
945543.VIBR0546_08797 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_02785 | + | (PF00031) | |||
945543.VIBR0546_01661 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_09304 | + | plastid | |||
945543.VIBR0546_04162 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_21100 | + | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_18571 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_03120 | + | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_05758 | + | (ER) | |||
945543.VIBR0546_10884 | + | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_04969 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_09949 | + | + | |||
945543.VIBR0546_07262 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_04107 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_09217 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_20168 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_04032 | + | (>) | |||
945543.VIBR0546_16106 | + | ||||
945543.VIBR0546_10604 | + | ||||
945543.VIBR0546_18521 | + | ||||
945543.VIBR0546_19212 | + | ||||
945543.VIBR0546_03340 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_04574 | + | ||||
945543.VIBR0546_03967 | + | ||||
945543.VIBR0546_11218 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_05428 | + | ||||
945543.VIBR0546_20990 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_14345 | + | ||||
945543.VIBR0546_07487 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_10054 | + | ||||
945543.VIBR0546_09152 | + | ||||
945543.VIBR0546_10154 | + | ||||
945543.VIBR0546_00130 | + | ||||
945543.VIBR0546_21570 | (+) | + | |||
945543.VIBR0546_12297 | + | ||||
945543.VIBR0546_03210 | + | ||||
945543.VIBR0546_13192 | + | ||||
945543.VIBR0546_03175 | + | ||||
945543.VIBR0546_18862 | + | ||||
945543.VIBR0546_10504 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_19207 | + | ||||
945543.VIBR0546_04297 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_06672 | + | ||||
945543.VIBR0546_05344 | + | ||||
945543.VIBR0546_03952 | + | ||||
945543.VIBR0546_20615 | + | ||||
945543.VIBR0546_04634 | + | ||||
945543.VIBR0546_01009 | + | ||||
945543.VIBR0546_14742 | + | ||||
945543.VIBR0546_03775 | + | ||||
945543.VIBR0546_20143 | + | ||||
945543.VIBR0546_21495 | + | ||||
945543.VIBR0546_11912 | + | ||||
945543.VIBR0546_14180 | + | ||||
945543.VIBR0546_01436 | + | ||||
945543.VIBR0546_17298 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_21030 | + | ||||
945543.VIBR0546_21635 | + | ||||
945543.VIBR0546_06077 | + | ||||
945543.VIBR0546_19699 | + | ||||
945543.VIBR0546_12922 | (PF08732) | ||||
945543.VIBR0546_12927 | + | ||||
945543.VIBR0546_08952 | + | ||||
945543.VIBR0546_01099 | + | ||||
945543.VIBR0546_15686 | + | ||||
945543.VIBR0546_21550 | + | ||||
945543.VIBR0546_05857 | + | ||||
945543.VIBR0546_15576 | + | ||||
945543.VIBR0546_21730 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_02700 | + | ||||
945543.VIBR0546_13935 | + | ||||
945543.VIBR0546_05224 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_10899 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_11457 | + | ||||
945543.VIBR0546_08450 | + | ||||
945543.VIBR0546_14652 | + | ||||
945543.VIBR0546_14932 | (+) | (>) | |||
945543.VIBR0546_16828 | + | ||||
945543.VIBR0546_08637 | + | ||||
945543.VIBR0546_06272 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_11079 | + | ||||
945543.VIBR0546_18792 | + | ||||
945543.VIBR0546_00045 | + | ||||
945543.VIBR0546_18226 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_08094 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_14887 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_06492 | (PF00028) | not used | |||
945543.VIBR0546_08565 | + | ||||
945543.VIBR0546_02504 | (PF13455) | ||||
945543.VIBR0546_09027 | + | ||||
945543.VIBR0546_11842 | + | ||||
945543.VIBR0546_10249 | + | ||||
945543.VIBR0546_16813 | + | ||||
945543.VIBR0546_16818 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_15366 | + | ||||
945543.VIBR0546_00095 | + | ||||
945543.VIBR0546_20123 | + | ||||
945543.VIBR0546_02339 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_21615 | + | ||||
945543.VIBR0546_19789 | + | ||||
945543.VIBR0546_03140 | + | ||||
945543.VIBR0546_19419 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_10649 | + | ||||
945543.VIBR0546_13017 | + | ||||
945543.VIBR0546_00899 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_00760 | + | ||||
945543.VIBR0546_09292 | + | ||||
945543.VIBR0546_09379 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_17913 | + | ||||
945543.VIBR0546_15756 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_21535 | + | ||||
945543.VIBR0546_14150 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_03635 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_05119 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_21440 | + | ||||
945543.VIBR0546_05289 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_17028 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_13222 | + | ||||
945543.VIBR0546_21195 | (+) | ER | |||
945543.VIBR0546_06002 | (+) | (<) | |||
945543.VIBR0546_02154 | (+) | plastid | |||
945543.VIBR0546_14440 | + | ||||
945543.VIBR0546_17833 | + | ||||
945543.VIBR0546_08762 | + | ||||
945543.VIBR0546_11099 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_02930 | + | ||||
945543.VIBR0546_18426 | + | ||||
945543.VIBR0546_18201 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_12467 | + | ||||
945543.VIBR0546_01178 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_09364 | (+) | plastid | |||
945543.VIBR0546_06497 | + | ||||
945543.VIBR0546_01286 | + | ||||
945543.VIBR0546_09102 | + | ||||
945543.VIBR0546_14145 | + | ||||
945543.VIBR0546_20453 | + | ||||
945543.VIBR0546_21455 | + | ||||
945543.VIBR0546_17013 | + | ||||
945543.VIBR0546_11462 | + | ||||
945543.VIBR0546_19509 | + | ||||
945543.VIBR0546_05314 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_18697 | + | ||||
945543.VIBR0546_14360 | + | ||||
945543.VIBR0546_05448 | + | ||||
945543.VIBR0546_11322 | (+) | + | |||
945543.VIBR0546_20023 | + | ||||
945543.VIBR0546_09649 | + | ||||
945543.VIBR0546_20118 | + | ||||
945543.VIBR0546_03500 | + | ||||
945543.VIBR0546_13062 | + | ||||
945543.VIBR0546_01931 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_05902 | + | ||||
945543.VIBR0546_03065 | + | ||||
945543.VIBR0546_06582 | + | ||||
945543.VIBR0546_04529 | + | not used | |||
945543.VIBR0546_20980 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_14917 | + | ||||
945543.VIBR0546_02910 | + | ||||
945543.VIBR0546_18171 | + | ||||
945543.VIBR0546_20905 | + | ||||
945543.VIBR0546_04472 | + | ||||
945543.VIBR0546_03085 | + | ||||
945543.VIBR0546_11387 | + | ||||
945543.VIBR0546_05054 | + | ||||
945543.VIBR0546_09344 | + | ||||
945543.VIBR0546_04187 | + | ||||
945543.VIBR0546_07562 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_09287 | + | ||||
945543.VIBR0546_00030 | + | ||||
945543.VIBR0546_21470 | + | ||||
945543.VIBR0546_17568 | + | ||||
945543.VIBR0546_03625 | + | ||||
945543.VIBR0546_13477 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_11407 | + | ||||
945543.VIBR0546_10809 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_04999 | + | ||||
945543.VIBR0546_14672 | + | ||||
945543.VIBR0546_12192 | + | ||||
945543.VIBR0546_19744 | + | ||||
945543.VIBR0546_01039 | + | ||||
945543.VIBR0546_11492 | + | ||||
945543.VIBR0546_02424 | + | ||||
945543.VIBR0546_04262 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_18011 | + | ||||
945543.VIBR0546_04047 | + | ||||
945543.VIBR0546_10214 | (PF10063) | ||||
945543.VIBR0546_07557 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_15426 | + | ||||
945543.VIBR0546_16908 | + | ||||
945543.VIBR0546_07422 | + | not used | |||
945543.VIBR0546_11967 | + | ||||
945543.VIBR0546_15511 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_21405 | + | ||||
945543.VIBR0546_13467 | + | ||||
945543.VIBR0546_11437 | + | ||||
945543.VIBR0546_08224 | + | ||||
945543.VIBR0546_03415 | + | ||||
945543.VIBR0546_12237 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_13237 | + | ||||
945543.VIBR0546_00330 | + | ||||
945543.VIBR0546_16086 | + | ||||
945543.VIBR0546_11827 | + | ||||
945543.VIBR0546_10419 | + | ||||
945543.VIBR0546_12427 | + | ||||
945543.VIBR0546_19282 | + | ||||
945543.VIBR0546_18376 | + | ||||
945543.VIBR0546_07167 | (+) | + | |||
945543.VIBR0546_13860 | + | ||||
945543.VIBR0546_05658 | (+) | (>) | |||
945543.VIBR0546_11193 | + | ||||
945543.VIBR0546_20073 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_09354 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_01956 | + | ||||
945543.VIBR0546_06202 | + | ||||
945543.VIBR0546_17638 | + | ||||
945543.VIBR0546_14015 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_18556 | + | ||||
945543.VIBR0546_12082 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_07307 | + | ||||
945543.VIBR0546_03255 | (PF10014) | ||||
945543.VIBR0546_12607 | + | ||||
945543.VIBR0546_18962 | + | ||||
945543.VIBR0546_17918 | + | ||||
945543.VIBR0546_00655 | + | ||||
945543.VIBR0546_10554 | + | ||||
945543.VIBR0546_20068 | + | ||||
945543.VIBR0546_20063 | + | ||||
945543.VIBR0546_06977 | + | ||||
945543.VIBR0546_03000 | + | ||||
945543.VIBR0546_16241 | + | not used | |||
945543.VIBR0546_12252 | + | ||||
945543.VIBR0546_03135 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_18601 | + | ||||
945543.VIBR0546_06882 | + | ||||
945543.VIBR0546_20183 | + | ||||
945543.VIBR0546_08074 | + | ||||
945543.VIBR0546_08877 | + | ||||
945543.VIBR0546_12977 | + | ||||
945543.VIBR0546_04492 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_11392 | + | ||||
945543.VIBR0546_15381 | + | ||||
945543.VIBR0546_21690 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_01671 | + | ||||
945543.VIBR0546_10849 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_21740 | + | not used | |||
945543.VIBR0546_15531 | + | ||||
945543.VIBR0546_06447 | + | ||||
945543.VIBR0546_03230 | + | ||||
945543.VIBR0546_18541 | + | ||||
945543.VIBR0546_15586 | + | ||||
945543.VIBR0546_11173 | + | ||||
945543.VIBR0546_09142 | + | ||||
945543.VIBR0546_05573 | + | ||||
945543.VIBR0546_08862 | + | ||||
945543.VIBR0546_10144 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_07442 | + | ||||
945543.VIBR0546_00540 | + | ||||
945543.VIBR0546_05194 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_16848 | (PF16715) | ||||
945543.VIBR0546_17733 | (+) | (mitochondrial) | |||
945543.VIBR0546_15486 | (PF10014) | ||||
945543.VIBR0546_20515 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_21350 | + | ||||
945543.VIBR0546_03690 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_16461 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_06327 | + | ||||
945543.VIBR0546_03200 | (+) | (ER) | |||
945543.VIBR0546_06437 | (+) | (plastid) | |||
945543.VIBR0546_19197 | (<) | ||||
945543.VIBR0546_04764 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_11158 | + | ||||
945543.VIBR0546_13955 | + | ||||
945543.VIBR0546_00070 | + | ||||
945543.VIBR0546_00475 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_02499 | + | ||||
945543.VIBR0546_13770 | + | ||||
945543.VIBR0546_04589 | + | ||||
945543.VIBR0546_04809 | + | ||||
945543.VIBR0546_20163 | + | ||||
945543.VIBR0546_07909 | + | ||||
945543.VIBR0546_14610 | + | ||||
945543.VIBR0546_01936 | (>) | ||||
945543.VIBR0546_04037 | + | ||||
945543.VIBR0546_15921 | + | ||||
945543.VIBR0546_18987 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19584 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19217 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02645 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17883 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18276 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00265 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_08440 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16913 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09157 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06622 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21485 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00135 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02680 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16041 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_17668 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14575 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16131 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19022 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18511 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04342 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10479 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06962 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14747 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09704 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13507 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17053 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03395 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16581 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17503 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10889 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07844 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04282 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20810 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07712 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20600 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_14365 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13412 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07537 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20153 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09604 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10094 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20398 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21735 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17688 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00840 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02011 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19864 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18316 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06387 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00835 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_08707 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12642 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16331 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13685 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18957 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20498 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09549 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10244 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16943 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04934 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13522 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11902 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02715 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17363 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03907 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21610 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12317 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06127 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03440 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16146 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13012 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15122 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06482 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04422 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10259 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09117 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_05468 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09754 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02449 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17443 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19549 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02529 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19799 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13002 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10879 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02800 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03285 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09969 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03992 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00565 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15301 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12847 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06557 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14140 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03735 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00185 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03600 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10914 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10864 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17018 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21670 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19659 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03460 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11792 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07347 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00989 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_08179 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10689 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17953 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09359 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21270 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04669 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03872 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07572 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12852 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21865 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07402 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17798 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21880 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02139 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06117 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15082 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12842 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12992 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03887 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20403 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00210 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06837 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_20053 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13272 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13447 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07989 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15611 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15616 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00690 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16698 | + | ||||
945543.VIBR0546_01926 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03825 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14902 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_05618 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18161 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_00200 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11188 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09469 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18436 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15421 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_20468 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13720 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02675 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_01641 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09919 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11297 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07317 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11612 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16321 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11762 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04217 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13910 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09257 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11198 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_05498 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_20078 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19429 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02875 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19147 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19544 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10399 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13925 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12502 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09319 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19152 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14005 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11942 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_03655 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16863 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11382 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16868 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_02815 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19559 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_05748 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10799 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04949 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_18611 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15846 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_08657 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13605 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00640 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06412 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10389 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10384 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14827 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04232 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15067 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16221 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16226 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10124 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13302 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12132 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15276 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_05977 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13367 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13167 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12372 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_17003 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09999 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_00485 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_09282 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_04487 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11927 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06082 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_17738 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_14600 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_16266 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_07187 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19002 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_10639 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_15326 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13950 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_12912 | (+) | not used | |||
945543.VIBR0546_01198 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06542 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_11932 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_06547 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_21160 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_01981 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_19729 | (+) | ||||
945543.VIBR0546_13182 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.75 (14/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.8 (8/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.75 (14/8 KEGG proteins)