Metamenu

Effective results for Desulfovibrio alaskensis G20 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 405
- Predicted by EffectiveT3: 93 (high confidence), 176 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 18 within, 8 before, 35 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 23 eukaryotic-like domains, contained in 88 proteins (14 high, 74 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
207559.Dde_3257(>)(PF02348)mitochondrial
207559.Dde_1310(<)ER
207559.Dde_1485+ER; (ER)
207559.Dde_3407(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
207559.Dde_1563(>)ER
207559.Dde_2909(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
207559.Dde_2878PF03269mitochondrial
207559.Dde_0511PF01591(ER)
207559.Dde_2117(PF13429)mitochondrial
207559.Dde_3679(PF02348)(mitochondrial); (ER)
207559.Dde_1350+ER
207559.Dde_0082(PF02256)mitochondrial
207559.Dde_3032(<)ER
207559.Dde_1650(>)(ER)
207559.Dde_1501+(>)plastid
207559.Dde_0878+(ER)
207559.Dde_0267+(PF02754) (PF13534)
207559.Dde_0063(>)ER
207559.Dde_2381(>)ER
207559.Dde_2280(PF02256)mitochondrial; (mitochondrial)
207559.Dde_2510(>)ER
207559.Dde_1074(>)ER
207559.Dde_0624(PF00665)(mitochondrial)
207559.Dde_0829(>)ER
207559.Dde_0828(PF13429)ER
207559.Dde_3684(>)(mitochondrial)
207559.Dde_1051(>)ER
207559.Dde_0839+mitochondrial
207559.Dde_3699(PF02516)(mitochondrial)
207559.Dde_2791+(ER)
207559.Dde_2896+mitochondrial
207559.Dde_1309(<)mitochondrial
207559.Dde_1789+(mitochondrial)
207559.Dde_3419(>)(ER)
207559.Dde_2327+(mitochondrial)
207559.Dde_2454(>)ER
207559.Dde_2545(+)(mitochondrial)
207559.Dde_3163+
207559.Dde_0745PF13518 (PF00665)
207559.Dde_0741PF13518 (PF00665)
207559.Dde_1570(>)plastid
207559.Dde_1574(<)(mitochondrial)
207559.Dde_1808+(plastid)
207559.Dde_0421(PF02348)(plastid)
207559.Dde_0730+(ER)
207559.Dde_0734(+)(mitochondrial)
207559.Dde_1602(>)(mitochondrial)
207559.Dde_3047+(ER)
207559.Dde_2642(+)(mitochondrial); (plastid)
207559.Dde_1502(+)(>)plastid
207559.Dde_0534PF13518 (PF00665)
207559.Dde_1289PF13518 (PF00665)
207559.Dde_2628(+)mitochondrial; plastid
207559.Dde_2535+(plastid)
207559.Dde_1298(PF00665)(mitochondrial)
207559.Dde_1648PF13518 (PF00665)
207559.Dde_3004(+)(mitochondrial); mitochondrial
207559.Dde_3158+(mitochondrial)
207559.Dde_2513PF13518 (PF00665)
207559.Dde_0618(PF00665)(mitochondrial)
207559.Dde_2172(<)(ER)
207559.Dde_2032PF13518 (PF00665)
207559.Dde_0629(+)(mitochondrial)
207559.Dde_1306+(PF10609)
207559.Dde_0630(+)ER
207559.Dde_3113+plastid
207559.Dde_1467+(mitochondrial)
207559.Dde_2455(+)(mitochondrial); plastid
207559.Dde_3592PF13518 (PF00665)
207559.Dde_3687(PF02348)(mitochondrial)
207559.Dde_0037(>)(ER)
207559.Dde_1524PF13518 (PF00665)
207559.Dde_3217(+)(ER)
207559.Dde_3540(PF02754) (PF13534)
207559.Dde_1207(PF13534)(plastid)
207559.Dde_3202(+)+(PF10609)
207559.Dde_1233(PF00665)(mitochondrial)
207559.Dde_2601(>)(mitochondrial)
207559.Dde_0648(PF02754) (PF13534)
207559.Dde_1944PF13518 (PF00665)
207559.Dde_3525+(PF02754)
207559.Dde_2859PF13518 (PF00665)
207559.Dde_0354(+)(plastid)
207559.Dde_1790+
207559.Dde_0372PF13513
207559.Dde_0996(>)
207559.Dde_3530+
207559.Dde_1361+
207559.Dde_1360(>)
207559.Dde_0699+
207559.Dde_1109(PF13187)
207559.Dde_1612(>)
207559.Dde_3320(+)+
207559.Dde_2053(PF08275)
207559.Dde_3188+
207559.Dde_2272(PF02754)
207559.Dde_1596(<)
207559.Dde_0423(PF03102)
207559.Dde_0428+
207559.Dde_1112(PF13187)
207559.Dde_1113(PF13534)
207559.Dde_1119+
207559.Dde_0278+
207559.Dde_1604+
207559.Dde_3604(PF02754)
207559.Dde_2804+
207559.Dde_1345+
207559.Dde_0232+
207559.Dde_1635+
207559.Dde_3294+
207559.Dde_0651+
207559.Dde_3077+
207559.Dde_3076+
207559.Dde_2075(PF10609)
207559.Dde_3709(PF02754)
207559.Dde_0003+
207559.Dde_2255+
207559.Dde_2417(<)
207559.Dde_1283+
207559.Dde_0402+
207559.Dde_1621(PF12224)
207559.Dde_3281(PF13187)
207559.Dde_3034+
207559.Dde_0661+
207559.Dde_3060(>)
207559.Dde_0869(PF00665)
207559.Dde_3661+
207559.Dde_3667+
207559.Dde_2820(+)(mitochondrial)
207559.Dde_2625+
207559.Dde_3711+
207559.Dde_0529(>)
207559.Dde_0417+
207559.Dde_1921(PF08275)
207559.Dde_1923(PF02732)
207559.Dde_1922(PF14490)
207559.Dde_0383+
207559.Dde_1654(+)plastid
207559.Dde_0896+
207559.Dde_3383+
207559.Dde_0871+
207559.Dde_3473+
207559.Dde_3126(+)(plastid)
207559.Dde_3121+
207559.Dde_2525+
207559.Dde_0342(>)
207559.Dde_1734+
207559.Dde_3655+
207559.Dde_1397(PF00665)
207559.Dde_0269+
207559.Dde_3266(PF13534)
207559.Dde_0281+
207559.Dde_0843+
207559.Dde_2738(PF02943)
207559.Dde_3647(PF02348)
207559.Dde_3737+
207559.Dde_3732(<)
207559.Dde_2281(PF13187)
207559.Dde_1092(+)(ER)
207559.Dde_0475(PF02256)
207559.Dde_1416+
207559.Dde_1673(PF00665)
207559.Dde_3256(PF03102)
207559.Dde_2030(>)
207559.Dde_2617(PF01937)
207559.Dde_2297+
207559.Dde_2725(PF14490)
207559.Dde_1085(PF02754)
207559.Dde_1089+
207559.Dde_1716(>)
207559.Dde_1409+
207559.Dde_3778+
207559.Dde_4034+
207559.Dde_1664+
207559.Dde_3245(PF02754)
207559.Dde_3240(PF02754)
207559.Dde_3241(>)
207559.Dde_3111+
207559.Dde_3021(PF13187)
207559.Dde_2371(>)
207559.Dde_3334+
207559.Dde_2774+
207559.Dde_2975+
207559.Dde_2577+
207559.Dde_2408+
207559.Dde_1274+
207559.Dde_1981(+)ER; not used
207559.Dde_4005+not used
207559.Dde_1055+
207559.Dde_0905(PF02732)
207559.Dde_0906(PF14490)
207559.Dde_0907(PF08275)
207559.Dde_2988(PF00665)
207559.Dde_0817(+)(>)
207559.Dde_3232(>)
207559.Dde_3692+
207559.Dde_2069+
207559.Dde_2961+
207559.Dde_2414+
207559.Dde_2413(PF13187)
207559.Dde_1866(PF12224)
207559.Dde_1195(PF13187)
207559.Dde_1994+
207559.Dde_0022+
207559.Dde_0336(+)(>)
207559.Dde_3354+
207559.Dde_3350(PF00665)
207559.Dde_3221(PF01937)
207559.Dde_3176+
207559.Dde_2883(>)
207559.Dde_3597+
207559.Dde_2772(PF01697)
207559.Dde_2951+
207559.Dde_2955(+)(mitochondrial)
207559.Dde_3681(PF03102)
207559.Dde_2556(>)
207559.Dde_2799+
207559.Dde_1744(PF00665)
207559.Dde_2420+
207559.Dde_2425+
207559.Dde_2695+
207559.Dde_1211(PF13534)
207559.Dde_0030+
207559.Dde_3361(PF00665)
207559.Dde_3364(PF00665)
207559.Dde_2162+
207559.Dde_1060+
207559.Dde_3685+
207559.Dde_3547+
207559.Dde_2946+
207559.Dde_1208(PF02754)
207559.Dde_1336+
207559.Dde_0791+
207559.Dde_1534+
207559.Dde_1531(+)(plastid)
207559.Dde_1842(PF02754)
207559.Dde_0312(PF02754)
207559.Dde_1157+
207559.Dde_0956(PF12224)
207559.Dde_3376+
207559.Dde_2840(+)(PF09825)
207559.Dde_2447+
207559.Dde_1948(>)
207559.Dde_0543+
207559.Dde_1783+
207559.Dde_0769+
207559.Dde_0761+
207559.Dde_3417+
207559.Dde_3094+
207559.Dde_3524(PF13187)
207559.Dde_3528(PF13534)
207559.Dde_2855(PF16983)
207559.Dde_1315(+)
207559.Dde_1312(+)
207559.Dde_3541(+)
207559.Dde_0191(+)
207559.Dde_0205(+)
207559.Dde_0976(+)
207559.Dde_3316(+)
207559.Dde_2917(+)
207559.Dde_2138(+)
207559.Dde_2461(+)
207559.Dde_2669(+)
207559.Dde_2667+
207559.Dde_2661(+)
207559.Dde_1589(+)
207559.Dde_1583(+)
207559.Dde_0361(+)
207559.Dde_1551(+)
207559.Dde_0189(+)
207559.Dde_0214(+)
207559.Dde_1615(+)
207559.Dde_0749(+)
207559.Dde_3434(+)
207559.Dde_3439(+)
207559.Dde_3329(+)
207559.Dde_3619(+)
207559.Dde_3613(+)
207559.Dde_0944(+)
207559.Dde_3510(+)
207559.Dde_2478(+)
207559.Dde_2470(+)
207559.Dde_3517(+)
207559.Dde_1823(+)
207559.Dde_0945(+)
207559.Dde_1378(+)
207559.Dde_1594(+)
207559.Dde_1831(+)
207559.Dde_4021(+)
207559.Dde_3333(+)
207559.Dde_3040(+)
207559.Dde_3041(+)
207559.Dde_3190(+)
207559.Dde_3429(+)
207559.Dde_3606(+)
207559.Dde_2483(+)not used
207559.Dde_2641(+)
207559.Dde_2646(+)
207559.Dde_0503(+)
207559.Dde_0437(+)
207559.Dde_0720(+)
207559.Dde_1634(+)
207559.Dde_2107(+)
207559.Dde_3453(+)
207559.Dde_0431(+)
207559.Dde_2810(+)not used
207559.Dde_2653(+)
207559.Dde_3707(+)
207559.Dde_3159(+)
207559.Dde_1433(+)
207559.Dde_1359(+)
207559.Dde_1780(+)
207559.Dde_2685(+)
207559.Dde_0526(+)
207559.Dde_1725(+)
207559.Dde_0386(+)
207559.Dde_0899(+)
207559.Dde_0876(+)
207559.Dde_4017(+)not used
207559.Dde_1737(+)
207559.Dde_2324(+)
207559.Dde_1934(+)
207559.Dde_1427(+)
207559.Dde_0264(+)
207559.Dde_0844(+)
207559.Dde_3465(+)
207559.Dde_2608(+)
207559.Dde_2351(+)
207559.Dde_2287(+)
207559.Dde_1022(+)
207559.Dde_3729(+)
207559.Dde_1258(+)
207559.Dde_1890(+)
207559.Dde_2330(+)
207559.Dde_1415(+)
207559.Dde_3252(+)
207559.Dde_2174(+)
207559.Dde_1764(+)
207559.Dde_2294(+)
207559.Dde_1715(+)
207559.Dde_4038(+)not used
207559.Dde_0910(+)
207559.Dde_0919(+)
207559.Dde_2991(+)
207559.Dde_3242(+)
207559.Dde_2977(+)
207559.Dde_1272(+)
207559.Dde_1877(+)
207559.Dde_1876(+)
207559.Dde_2651(+)
207559.Dde_1878(+)
207559.Dde_1183(+)
207559.Dde_1186(+)
207559.Dde_1057(+)
207559.Dde_0838(+)
207559.Dde_3233(+)
207559.Dde_2747(+)
207559.Dde_3054(+)
207559.Dde_1830(+)
207559.Dde_0351(+)
207559.Dde_1266(+)
207559.Dde_1198(+)
207559.Dde_1197(+)
207559.Dde_0939(+)
207559.Dde_0480(+)
207559.Dde_0594(+)
207559.Dde_3591(+)
207559.Dde_2314(+)
207559.Dde_3777(+)
207559.Dde_3515(+)
207559.Dde_0493(+)
207559.Dde_4045(+)
207559.Dde_1218(+)
207559.Dde_1850(+)
207559.Dde_0943(+)
207559.Dde_4043(+)
207559.Dde_1031(+)
207559.Dde_0320(+)
207559.Dde_1065(+)
207559.Dde_3141(+)
207559.Dde_2548(+)
207559.Dde_1148(+)
207559.Dde_0114(+)
207559.Dde_1334(+)
207559.Dde_0179(+)
207559.Dde_0175(+)
207559.Dde_0177(+)
207559.Dde_0173(+)
207559.Dde_2146(+)
207559.Dde_2147(+)
207559.Dde_2985(+)
207559.Dde_0547(+)
207559.Dde_3375(+)
207559.Dde_3371(+)
207559.Dde_0929(+)
207559.Dde_3152(+)
207559.Dde_3151(+)
207559.Dde_2848(+)
207559.Dde_1494(+)
207559.Dde_0786(+)
207559.Dde_0785(+)
207559.Dde_2320(+)
207559.Dde_3416(+)
207559.Dde_3305(+)
207559.Dde_2921(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================