Effective results for Pseudomonas fluorescens SBW25 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 790
- Predicted by EffectiveT3: 245 (high confidence), 355 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 16 within, 11 before, 41 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 108
- Predicted by EffectiveELD: 19 eukaryotic-like domains, contained in 52 proteins (1 high, 51 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, (Type IV), Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 216595.PFLU2268 | (PF14686) (PF09284) (PF14683) | ER | |||
| 216595.PFLU2594 | (PF11162) | mitochondrial | |||
| 216595.PFLU3246 | (PF13332) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU5166 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU1278 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4760 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU0703 | + | ER | |||
| 216595.PFLU0068 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4978 | + | mitochondrial | |||
| 216595.PFLU0391 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU1622 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4411 | (>) | ER | |||
| 216595.PFLU0233 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3111 | (>) | (ER) | |||
| 216595.PFLU0916 | + | ER | |||
| 216595.PFLU0834 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0215 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3025 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2942 | (PF11162) | ER | |||
| 216595.PFLU4329 | (<) | ER | |||
| 216595.PFLU2341 | (>) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4936 | + | ER | |||
| 216595.PFLU1860 | + | ER | |||
| 216595.PFLU5576 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4199 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 216595.PFLU0468 | (PF06293) | ER | |||
| 216595.PFLU1730 | (>) | ER | |||
| 216595.PFLU0480 | (+) | (PF06293) | mitochondrial; (mitochondrial) | ||
| 216595.PFLU4484 | (>) | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 216595.PFLU4241 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU3022 | + | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU3622 | (PF11162) | ER | |||
| 216595.PFLU2699 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2522 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2980 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3696 | (>) | ER; (ER) | |||
| 216595.PFLU5092 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU2044 | (>) | ER | |||
| 216595.PFLU0891 | + | ER | |||
| 216595.PFLU1057 | + | ER | |||
| 216595.PFLU1581 | (>) | ER | |||
| 216595.PFLU3631 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2804 | (>) | mitochondrial; plastid | |||
| 216595.PFLU0162 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4635 | + | ER | |||
| 216595.PFLU5481 | + | mitochondrial | |||
| 216595.PFLU4282 | + | ER | |||
| 216595.PFLU0050 | (PF03162) | ER | |||
| 216595.PFLU1016 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3088 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2509A | (PF11162) | ER | |||
| 216595.PFLU0240 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU5999 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU4252 | (PF09825) | ER | |||
| 216595.PFLU5855 | (>) | ER | |||
| 216595.PFLU0735 | PF04733 | ER | |||
| 216595.PFLU4994 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU1343 | (<) | (ER) | |||
| 216595.PFLU1367 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU1892 | (>) | (ER) | |||
| 216595.PFLU3946 | + | ER | |||
| 216595.PFLU0941 | + | ER | |||
| 216595.PFLU1139 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4063 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2744 | + | ER | |||
| 216595.PFLU0093 | (<) | ER | |||
| 216595.PFLU2358 | (<) | ER | |||
| 216595.PFLU2913 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2930 | + | ER | |||
| 216595.PFLU2092 | (>) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4929 | (<) | ER | |||
| 216595.PFLU4925 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3318 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4029 | + | ER; (ER) | |||
| 216595.PFLU4907 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4908 | + | ER | |||
| 216595.PFLU4276 | + | (mitochondrial); mitochondrial | |||
| 216595.PFLU0598 | (PF11162) | ER | |||
| 216595.PFLU0596 | (PF11162) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0373 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU0757 | + | ER | |||
| 216595.PFLU3047 | + | ER | |||
| 216595.PFLU6017 | + | + | (plastid) | ||
| 216595.PFLU3191 | (PF13332) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2571 | + | (ER); (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU1930 | + | ER | |||
| 216595.PFLU1219 | + | ER | |||
| 216595.PFLU5164 | + | (<) | |||
| 216595.PFLU4563 | + | + | |||
| 216595.PFLU2602 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5633 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU0253 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU0252 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU0397 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0652 | (>) | (ER) | |||
| 216595.PFLU5457 | (+) | ER; (ER) | |||
| 216595.PFLU0003 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU3931 | (PF02882) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU2668 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU3605 | (+) | mitochondrial | |||
| 216595.PFLU1887 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4680 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
| 216595.PFLU3175 | (+) | mitochondrial | |||
| 216595.PFLU5206 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 216595.PFLU4643 | + | (PF02133) | |||
| 216595.PFLU5590 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU0850 | + | + | |||
| 216595.PFLU1450 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU5904 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU0446 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU5382 | (<) | (mitochondrial); not used | |||
| 216595.PFLU3658 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0810 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5942 | + | (PF06945) | |||
| 216595.PFLU5946 | (PF01678) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2505 | (+) | ER; (ER) | |||
| 216595.PFLU2697 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU1037 | + | + | |||
| 216595.PFLU1794 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU4911 | + | (>) | |||
| 216595.PFLU4264 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5797 | + | + | |||
| 216595.PFLU0566 | (+) | mitochondrial; plastid | |||
| 216595.PFLU1960 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU0308 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU1559 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU3181 | + | (PF12893) | |||
| 216595.PFLU3182 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU3233 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU0522 | + | + | |||
| 216595.PFLU3017 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU1015 | (+) | ER; (ER) | |||
| 216595.PFLU6046 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU6049 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU4777 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU4128 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4250 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
| 216595.PFLU4730 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU4691 | + | (PF02133) | |||
| 216595.PFLU1092 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU1897 | (+) | mitochondrial; (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU4580 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU3345A | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU0189 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU4448 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU0867 | (<) | + | |||
| 216595.PFLU2701 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU1817 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU3446 | + | plastid | |||
| 216595.PFLU4216 | (PF16485) | (ER) | |||
| 216595.PFLU2211 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU4909 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU0592 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU2233 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU5657 | + | (PF02133) | |||
| 216595.PFLU5314 | (>) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5313 | + | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2830 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU1563 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
| 216595.PFLU6035 | + | (ER) | |||
| 216595.PFLU4780 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU4941 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU0148 | (PF13332) | (ER) | |||
| 216595.PFLU1061 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU3508 | (+) | ER | |||
| 216595.PFLU1217 | + | (plastid) | |||
| 216595.PFLU2590 | + | ||||
| 216595.PFLU0530 | + | ||||
| 216595.PFLU3748 | + | ||||
| 216595.PFLU1271 | + | ||||
| 216595.PFLU0278 | + | ||||
| 216595.PFLU6059 | + | ||||
| 216595.PFLU2604 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU5496 | + | ||||
| 216595.PFLU4818 | + | ||||
| 216595.PFLU4545 | + | ||||
| 216595.PFLU4813 | + | ||||
| 216595.PFLU5142 | (>) | ||||
| 216595.PFLU5636 | + | ||||
| 216595.PFLU4955 | + | ||||
| 216595.PFLU1026 | + | ||||
| 216595.PFLU3091 | + | ||||
| 216595.PFLU3095 | + | ||||
| 216595.PFLU4153 | + | ||||
| 216595.PFLU4159 | + | ||||
| 216595.PFLU5821 | + | ||||
| 216595.PFLU3281 | + | ||||
| 216595.PFLU4832 | + | ||||
| 216595.PFLU5610 | + | ||||
| 216595.PFLU1667 | (>) | ||||
| 216595.PFLU1662 | (>) | ||||
| 216595.PFLU4473 | + | ||||
| 216595.PFLU0392 | + | ||||
| 216595.PFLU0394 | + | ||||
| 216595.PFLU3705 | + | ||||
| 216595.PFLU4415 | + | ||||
| 216595.PFLU0123 | + | ||||
| 216595.PFLU4132 | + | ||||
| 216595.PFLU5848 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU5843 | + | ||||
| 216595.PFLU5846 | + | ||||
| 216595.PFLU2894 | + | ||||
| 216595.PFLU0725 | + | ||||
| 216595.PFLU4729 | + | ||||
| 216595.PFLU5980 | + | ||||
| 216595.PFLU0002 | + | ||||
| 216595.PFLU1354 | + | ||||
| 216595.PFLU3585 | + | ||||
| 216595.PFLU2328 | (PF02882) | ||||
| 216595.PFLU4113 | + | ||||
| 216595.PFLU3257 | + | ||||
| 216595.PFLU5243 | (+) | (>) | |||
| 216595.PFLU1164 | + | ||||
| 216595.PFLU1165 | + | ||||
| 216595.PFLU4876 | (PF06945) | ||||
| 216595.PFLU5659 | + | ||||
| 216595.PFLU4926 | (>) | ||||
| 216595.PFLU1373 | + | ||||
| 216595.PFLU1374 | + | ||||
| 216595.PFLU0970 | + | ||||
| 216595.PFLU0978 | + | ||||
| 216595.PFLU1881 | + | ||||
| 216595.PFLU3955 | + | ||||
| 216595.PFLU4685 | (>) | ||||
| 216595.PFLU4898 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5416 | + | ||||
| 216595.PFLU4401 | (>) | ||||
| 216595.PFLU2145 | + | ||||
| 216595.PFLU0646 | + | ||||
| 216595.PFLU2968 | + | ||||
| 216595.PFLU4624 | + | ||||
| 216595.PFLU2774 | + | ||||
| 216595.PFLU2772 | + | ||||
| 216595.PFLU1844 | + | ||||
| 216595.PFLU3994 | + | ||||
| 216595.PFLU3990 | + | ||||
| 216595.PFLU2169 | + | ||||
| 216595.PFLU3694 | (+) | plastid | |||
| 216595.PFLU5205 | + | ||||
| 216595.PFLU2346 | + | ||||
| 216595.PFLU4641 | + | ||||
| 216595.PFLU5597 | (+) | plastid | |||
| 216595.PFLU5591 | + | ||||
| 216595.PFLU1458 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU1101 | (+) | + | |||
| 216595.PFLU5019 | (PF06945) | ||||
| 216595.PFLU5016 | + | ||||
| 216595.PFLU1861 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU0514 | + | ||||
| 216595.PFLU2100 | + | ||||
| 216595.PFLU2104 | (PF01678) | ||||
| 216595.PFLU3417 | + | ||||
| 216595.PFLU3414 | + | ||||
| 216595.PFLU5718 | + | ||||
| 216595.PFLU0293 | + | ||||
| 216595.PFLU2928 | + | ||||
| 216595.PFLU2920 | + | ||||
| 216595.PFLU0878 | (>) | ||||
| 216595.PFLU0874 | + | ||||
| 216595.PFLU3683 | + | ||||
| 216595.PFLU4654 | (>) | ||||
| 216595.PFLU4385 | + | ||||
| 216595.PFLU4389 | + | ||||
| 216595.PFLU5384 | + | ||||
| 216595.PFLU5039 | + | ||||
| 216595.PFLU0604 | + | ||||
| 216595.PFLU0605 | (>) | ||||
| 216595.PFLU0466 | (PF06293) | ||||
| 216595.PFLU0467 | (PF06293) | ||||
| 216595.PFLU0465 | (PF06293) | ||||
| 216595.PFLU1807 | + | ||||
| 216595.PFLU1732 | + | ||||
| 216595.PFLU2381 | + | ||||
| 216595.PFLU2380 | + | ||||
| 216595.PFLU2382 | + | ||||
| 216595.PFLU5739 | + | ||||
| 216595.PFLU5927 | + | ||||
| 216595.PFLU3354 | + | ||||
| 216595.PFLU2716 | (>) | ||||
| 216595.PFLU3895 | + | ||||
| 216595.PFLU5052 | + | ||||
| 216595.PFLU0481 | + | ||||
| 216595.PFLU1534 | (PF03746) | ||||
| 216595.PFLU1751 | + | ||||
| 216595.PFLU3458 | + | ||||
| 216595.PFLU3457 | + | ||||
| 216595.PFLU4486 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU2260 | + | ||||
| 216595.PFLU2261 | + | ||||
| 216595.PFLU2863 | + | ||||
| 216595.PFLU1772 | + | ||||
| 216595.PFLU4201 | + | ||||
| 216595.PFLU0589 | + | ||||
| 216595.PFLU1981 | + | ||||
| 216595.PFLU0362 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU3556 | (PF01678) | ||||
| 216595.PFLU2061 | + | ||||
| 216595.PFLU2207 | (>) | ||||
| 216595.PFLU2208 | (>) | ||||
| 216595.PFLU3006 | + | ||||
| 216595.PFLU5894 | + | ||||
| 216595.PFLU5097 | + | ||||
| 216595.PFLU5091 | + | ||||
| 216595.PFLU5099 | (+) | (>) | |||
| 216595.PFLU2845 | + | ||||
| 216595.PFLU1793 | + | ||||
| 216595.PFLU3490 | + | ||||
| 216595.PFLU4266 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5794 | + | ||||
| 216595.PFLU5138 | + | ||||
| 216595.PFLU5137 | + | ||||
| 216595.PFLU5130 | + | ||||
| 216595.PFLU0568 | + | ||||
| 216595.PFLU0309 | + | ||||
| 216595.PFLU5304 | + | ||||
| 216595.PFLU1558 | + | ||||
| 216595.PFLU6024 | + | ||||
| 216595.PFLU6025 | + | ||||
| 216595.PFLU6020 | + | ||||
| 216595.PFLU4797 | (PF03746) | ||||
| 216595.PFLU4539 | + | ||||
| 216595.PFLU0547 | (>) | ||||
| 216595.PFLU0098 | + | ||||
| 216595.PFLU0325 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU2797 | + | ||||
| 216595.PFLU2795 | + | ||||
| 216595.PFLU3770 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU1104 | + | ||||
| 216595.PFLU3183 | (PF12893) | ||||
| 216595.PFLU4512 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU1694 | + | ||||
| 216595.PFLU1927 | + | ||||
| 216595.PFLU2000 | + | ||||
| 216595.PFLU2004 | + | ||||
| 216595.PFLU1522 | + | ||||
| 216595.PFLU3535 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU4162 | (<) | ||||
| 216595.PFLU1489 | + | ||||
| 216595.PFLU1484 | + | ||||
| 216595.PFLU1483 | + | ||||
| 216595.PFLU1482 | + | ||||
| 216595.PFLU4632 | + | ||||
| 216595.PFLU5628 | + | ||||
| 216595.PFLU0057 | + | ||||
| 216595.PFLU0054 | + | ||||
| 216595.PFLU2284 | (>) | ||||
| 216595.PFLU3737 | + | ||||
| 216595.PFLU1241 | (>) | ||||
| 216595.PFLU6047 | + | ||||
| 216595.PFLU4551 | + | ||||
| 216595.PFLU3274 | + | ||||
| 216595.PFLU1385 | (>) | ||||
| 216595.PFLU0927 | + | ||||
| 216595.PFLU0197 | + | ||||
| 216595.PFLU1034 | + | ||||
| 216595.PFLU3861 | + | ||||
| 216595.PFLU3718 | + | ||||
| 216595.PFLU2400 | + | ||||
| 216595.PFLU5190 | + | ||||
| 216595.PFLU5193 | + | ||||
| 216595.PFLU0247 | (>) | ||||
| 216595.PFLU0248 | + | ||||
| 216595.PFLU4713 | + | ||||
| 216595.PFLU5993 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU3298 | + | ||||
| 216595.PFLU4828 | (<) | ||||
| 216595.PFLU5661 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5199 | + | ||||
| 216595.PFLU4445 | + | ||||
| 216595.PFLU4529 | + | ||||
| 216595.PFLU3206 | (PF13816) | ||||
| 216595.PFLU0723 | + | ||||
| 216595.PFLU3590 | + | ||||
| 216595.PFLU3339 | + | ||||
| 216595.PFLU4105 | + | ||||
| 216595.PFLU4455 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU5851 | + | ||||
| 216595.PFLU4992 | + | ||||
| 216595.PFLU4736 | + | ||||
| 216595.PFLU4847 | + | ||||
| 216595.PFLU1618 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU1619 | + | ||||
| 216595.PFLU4194 | + | ||||
| 216595.PFLU0209 | + | ||||
| 216595.PFLU1154 | + | ||||
| 216595.PFLU1408 | + | ||||
| 216595.PFLU4726 | + | ||||
| 216595.PFLU4722 | + | ||||
| 216595.PFLU1362 | + | ||||
| 216595.PFLU3941 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU2782 | (+) | (PF06945) | |||
| 216595.PFLU2315 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU3374 | + | ||||
| 216595.PFLU4112 | + | ||||
| 216595.PFLU1130 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU2765 | + | ||||
| 216595.PFLU3148 | + | ||||
| 216595.PFLU4082 | + | ||||
| 216595.PFLU5683 | (+) | + | |||
| 216595.PFLU3963 | (>) | ||||
| 216595.PFLU4056 | + | ||||
| 216595.PFLU2159 | + | ||||
| 216595.PFLU2370 | + | ||||
| 216595.PFLU4430 | (+) | plastid | |||
| 216595.PFLU5749 | + | ||||
| 216595.PFLU5744 | + | ||||
| 216595.PFLU3424 | + | ||||
| 216595.PFLU3166 | (PF12893) | ||||
| 216595.PFLU3167 | (PF12893) | ||||
| 216595.PFLU2949B | + | ||||
| 216595.PFLU2949A | + | ||||
| 216595.PFLU3464 | + | ||||
| 216595.PFLU2170 | + | ||||
| 216595.PFLU4981 | (PF06293) | ||||
| 216595.PFLU3409 | + | ||||
| 216595.PFLU2722 | + | ||||
| 216595.PFLU2727 | + | ||||
| 216595.PFLU4733 | (>) | ||||
| 216595.PFLU5971 | + | ||||
| 216595.PFLU5976 | + | ||||
| 216595.PFLU2320 | (PF02882) | ||||
| 216595.PFLU4373 | (>) | ||||
| 216595.PFLU5029 | + | ||||
| 216595.PFLU5022 | + | ||||
| 216595.PFLU5027 | + | ||||
| 216595.PFLU0613 | + | ||||
| 216595.PFLU2111 | (+) | (PF02133) | |||
| 216595.PFLU4969 | + | ||||
| 216595.PFLU5560 | (<) | ||||
| 216595.PFLU3463 | + | ||||
| 216595.PFLU6130 | + | ||||
| 216595.PFLU2456 | (+) | (PF05277) | |||
| 216595.PFLU3078 | + | ||||
| 216595.PFLU3073 | + | ||||
| 216595.PFLU4394 | + | ||||
| 216595.PFLU3223 | + | ||||
| 216595.PFLU0493 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU1614 | + | ||||
| 216595.PFLU0498 | + | ||||
| 216595.PFLU0743 | + | ||||
| 216595.PFLU0213 | + | ||||
| 216595.PFLU1723 | + | ||||
| 216595.PFLU2397 | + | ||||
| 216595.PFLU4945 | + | ||||
| 216595.PFLU5722 | + | ||||
| 216595.PFLU2099 | + | ||||
| 216595.PFLU4008 | + | ||||
| 216595.PFLU5068 | (>) | ||||
| 216595.PFLU2875 | + | ||||
| 216595.PFLU2874 | (PF12949) | ||||
| 216595.PFLU1833 | + | ||||
| 216595.PFLU2516 | + | ||||
| 216595.PFLU4212 | + | ||||
| 216595.PFLU5290 | + | ||||
| 216595.PFLU1995 | (PF03746) | ||||
| 216595.PFLU1990 | + | ||||
| 216595.PFLU1685 | + | ||||
| 216595.PFLU0355 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0821 | + | ||||
| 216595.PFLU4020 | (PF03746) | ||||
| 216595.PFLU5887 | + | ||||
| 216595.PFLU5883 | + | ||||
| 216595.PFLU5881 | + | ||||
| 216595.PFLU2851 | + | ||||
| 216595.PFLU0812 | + | ||||
| 216595.PFLU1501 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU1768 | + | ||||
| 216595.PFLU3480 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU3488 | (PF06945) | ||||
| 216595.PFLU5500 | + | ||||
| 216595.PFLU4272 | + | ||||
| 216595.PFLU2993 | + | ||||
| 216595.PFLU1976 | + | ||||
| 216595.PFLU1970 | + | ||||
| 216595.PFLU0374 | + | ||||
| 216595.PFLU3765A | + | ||||
| 216595.PFLU4518 | (PF02133) | ||||
| 216595.PFLU0780 | (>) | ||||
| 216595.PFLU4783 | + | ||||
| 216595.PFLU4258 | + | ||||
| 216595.PFLU0574 | + | ||||
| 216595.PFLU1880 | + | ||||
| 216595.PFLU0315 | + | ||||
| 216595.PFLU3956 | + | ||||
| 216595.PFLU1047 | + | ||||
| 216595.PFLU3566 | + | ||||
| 216595.PFLU4064 | + | ||||
| 216595.PFLU6015 | + | ||||
| 216595.PFLU2573 | + | ||||
| 216595.PFLU2574 | (>) | ||||
| 216595.PFLU5103 | (+) | (mitochondrial) | |||
| 216595.PFLU0558 | (>) | ||||
| 216595.PFLU1939 | + | ||||
| 216595.PFLU1934 | + | ||||
| 216595.PFLU1062 | (+) | (plastid) | |||
| 216595.PFLU5359 | + | ||||
| 216595.PFLU5353 | + | ||||
| 216595.PFLU5350 | (+) | (ER) | |||
| 216595.PFLU1824 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1917 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1003 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2294 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3745 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2439 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4179 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1270 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0279 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0276 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0274 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1492 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5494 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0048 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1646 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3890 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3285 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4831 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4836 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1911 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0396 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0122 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3116 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5459 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5674 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5676 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5678 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1601 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0836 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0340 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2184 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3586 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5866 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5863 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5862 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3134 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4873 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0687 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5154 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1883 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1884 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0507 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4681 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2306 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1087A | (+) | ||||
| 216595.PFLU1142 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3159 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3153 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3151 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3154 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4897 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1677 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4327 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1319 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4668 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0136 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2499 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4407 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5757 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2281 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2778 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4347 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5203 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4348 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3997 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3692 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2340 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5595 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5778 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2907 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2905 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2908 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3241 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2844A | (+) | ||||
| 216595.PFLU5366 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5813 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4814 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3261 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1868 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0992 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2102 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2106 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1716 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1710 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3411 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5717 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2926 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0873 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1475 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6124 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6128 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5967 | + | ||||
| 216595.PFLU2249 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3045 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0660 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1756 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4243 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2504 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2081 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2264 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3278 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1597 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4553 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1773 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3614 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4207 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2982 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1984 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0366 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3550 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2206 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2209 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1578 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2547 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4260 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1968 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1969 | (+) | not used | |||
| 216595.PFLU3791 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3792 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4079 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5306 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0174 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0175 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0177 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0798 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0721 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4794 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2563 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1948 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1051 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3632 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3519 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1202 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2585 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2009 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4167 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5341 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1263 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6063 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4754 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4750 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5485 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4286 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5151 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3872 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3888 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4148 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5362 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1249 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0269 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0263 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6045 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0071 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0075 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3860 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4823 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5832 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5440 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5990 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4446 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0906 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0236 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4452 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2886 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4991 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4997 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3103 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4849 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0039 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5648 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0690 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0693 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1348 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3822 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3315 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3128 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4868 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4727 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5401 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5407 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1368 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1366 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4450 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1361 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3940 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3943 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4670 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2316 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3371 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3375 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5233 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5234 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2959 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2957 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2764 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3146 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4080 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4338 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1308 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3219 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4053 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4535 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0438 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2158 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2371 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1443 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1442 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2740 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4359 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3390 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3987 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3988 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0988 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3407 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5760 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0849 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1464 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6113 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5978 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5970 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4447 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4442 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0615 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0479 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1704 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4619 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3461 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5709 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0860 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2704 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5041 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5045 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0673 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0672 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0675 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2131 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2138 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3445 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3444 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5542 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2253 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2095 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4009 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0658 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2873 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1831 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5292 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1198 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1996 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0359 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3034 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3317 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2854 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0492 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3625 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2534 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3482 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5502 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2991 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5477 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1975 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1974 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2239 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2236 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2232 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3546 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3547 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0788 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0784 | (+) | not used | |||
| 216595.PFLU5788 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5784 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5785 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5127 | (+) | ||||
| 216595.PFLU5123 | (+) | ||||
| 216595.PFLU0576 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2035 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2715 | (+) | ||||
| 216595.PFLU1042 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2785 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2787 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4490 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4128C | (+) | ||||
| 216595.PFLU1540 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6011 | (+) | ||||
| 216595.PFLU2570 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3225 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3224 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4806 | (+) | ||||
| 216595.PFLU4462 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3503 | (+) | ||||
| 216595.PFLU3831 | (+) | ||||
| 216595.PFLU6079 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
- T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 1.2 (12/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)
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