Effective results for Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 540
- Predicted by EffectiveT3: 145 (high confidence), 240 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 17 within, 12 before, 31 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 93
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 34 proteins (2 high, 32 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type III), (Type IV), (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
216596.RL2858	+		+		mitochondrial; plastid
216596.RL2279	+				mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL4145		+			(mitochondrial)
216596.RL2055		(>)			ER
216596.RL3181			+		ER
216596.RL3234		+			ER
216596.RL3557		(>)			(ER)
216596.RL4297			+		ER
216596.RL1392				(PF06742)	ER
216596.RL1489		(>)			(ER)
216596.RL2459				(PF04654)	ER
216596.RL2635		(>)			(ER)
216596.RL3721		(>)			ER; (ER)
216596.RL0958	+				(mitochondrial); (plastid)
216596.RL4335	+				(ER)
216596.RL1625			+		(ER); ER
216596.RL4276				PF12772	mitochondrial
216596.RL2435			+		ER
216596.RL2548				(PF04654)	ER
216596.RL4725			+		ER
216596.RL0928			+		ER
216596.RL3506			+		ER
216596.RL4003				(PF13449)	ER
216596.RL4448			+		(ER)
216596.RL2423		+			ER; (ER)
216596.RL0554	+				(mitochondrial)
216596.RL0556			+		ER
216596.RL1601				(PF13449)	ER
216596.RL0730	+				mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL2656			+		ER
216596.RL3836				(PF04140)	ER
216596.RL2404			+		ER
216596.RL4306	+				(mitochondrial); plastid
216596.RL0913			+		ER
216596.RL4038	+		+		plastid
216596.RL4123		(>)			(mitochondrial)
216596.RL1693				(PF13449)	ER
216596.RL2327	+				ER
216596.RL2326	+				(mitochondrial); plastid
216596.RL1891				(PF04140)	ER; (ER)
216596.RL3631			+		ER; (ER)
216596.RL1320A			+		mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL3816	+				(ER); plastid
216596.RL2519				(PF13449)	mitochondrial
216596.RL2684			+		ER
216596.RL2782		(<)			ER
216596.RL0476				(PF05990)	ER
216596.RL1925				(PF06742)	(ER)
216596.RL0652	+				(mitochondrial); (plastid)
216596.RL0785				(PF04140)	ER
216596.RL1437			+		ER
216596.RL1327	+				(mitochondrial)
216596.RL1919				(PF05990)	ER
216596.RL4417		(>)			ER
216596.RL4527			+		(mitochondrial)
216596.RL4075			+		ER
216596.RL2670		(<)			mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL3472			+		ER
216596.RL1806			+		ER
216596.RL0254	+				(mitochondrial)
216596.RL1126				(PF06742)	ER
216596.RL2554			+		ER
216596.RL1375	(+)				ER; (ER)
216596.RL4508	+				(plastid)
216596.RL3058	+			(PF06742)
216596.RL0729	+				(plastid)
216596.RL2918	+			(PF14588)
216596.RL4139	(+)				ER; (ER)
216596.RL2140	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL4668	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL1843	(+)				(mitochondrial); (plastid)
216596.RL1848	(+)				mitochondrial; plastid
216596.RL2676	(+)				(mitochondrial)
216596.RL0718	+				plastid
216596.RL0719	+				plastid
216596.RL2890	+				plastid
216596.RL3141	(+)				(ER); (mitochondrial)
216596.RL4007			+		(mitochondrial)
216596.RL2958	+				(mitochondrial)
216596.RL2085	+				(mitochondrial)
216596.RL0801	(+)				(mitochondrial)
216596.RL4347				(PF13449)	(plastid)
216596.RL3776	(+)				ER
216596.RL3351	+				(plastid)
216596.RL2263	(+)				mitochondrial; (mitochondrial)
216596.RL0588	+		+
216596.RL1189	(+)				(ER)
216596.RL2575	(+)				(mitochondrial); plastid
216596.RL1699	+		+
216596.RL1883		+	+
216596.RL1310	+				(plastid)
216596.RL4200	(+)	+			plastid
216596.RL1273	(+)				ER; plastid
216596.RL4472	(+)				(mitochondrial)
216596.RL0717	(+)				(mitochondrial)
216596.RL2025	+		+
216596.RL3646	+				plastid
216596.RL1427	+				plastid
216596.RL2010	+				plastid
216596.RL3495	(+)				(mitochondrial)
216596.RL1926				(PF06742)	(ER)
216596.RL3278	+				(plastid)
216596.RL3877	+				(mitochondrial)
216596.RL1655	(+)				mitochondrial; plastid
216596.RL2533	+		+
216596.RL0105	+				(mitochondrial)
216596.RL1242			+		(mitochondrial)
216596.RL4036	+		+
216596.RL0464	(+)				ER
216596.RL1681	+				(ER)
216596.RL4626	+			(PF08975)
216596.RL4437			+		mitochondrial
216596.RL1416	+
216596.RL1740	+
216596.RL1741			+
216596.RL1470	+
216596.RL2874	(+)			(PF05990)
216596.RL2059	+
216596.RL2297	(+)				plastid
216596.RL2124	+
216596.RL3459		+
216596.RL3186	+
216596.RL0505	(+)	(>)
216596.RL3235			+
216596.RL3984	(+)				(plastid)
216596.RL2903			+
216596.RL1818	+
216596.RL0343		(>)
216596.RL0342	+
216596.RL1103	+
216596.RL0760	+
216596.RL0728	+
216596.RL0297	+
216596.RL1148	+
216596.RL0315	+
216596.RL4190			+
216596.RL2269		+
216596.RL2467	+
216596.RL2461	+
216596.RL3517	+
216596.RL2868			+
216596.RL2281	(+)		+
216596.RL2134	+
216596.RL2133	+
216596.RL0978			+
216596.RL3928	+
216596.RL1959	(+)				plastid
216596.RL0038			+
216596.RL1826	+
216596.RL4451	+
216596.RL3956			+
216596.RL3092	(+)				(plastid)
216596.RL1000			+
216596.RL1556	+
216596.RL2457	(+)		+
216596.RL2853			+
216596.RL4706	(+)				(ER)
216596.RL1689	+
216596.RL1942	+
216596.RL0160	(+)				plastid
216596.RL3720	(+)				(plastid)
216596.RL3099	+
216596.RL3728	+
216596.RL1835			+
216596.RL0362	(+)				(plastid)
216596.RL0560		(>)
216596.RL1168		(<)
216596.RL4288		(<)
216596.RL0704	(+)				(plastid)
216596.RL3942	+
216596.RL3940	+
216596.RL1380		(>)
216596.RL1803		+
216596.RL1492	+
216596.RL1495	+
216596.RL4663			+
216596.RL1161	+
216596.RL2930	(+)				(plastid)
216596.RL3024	+
216596.RL3751		(>)
216596.RL3715			+
216596.RL0630	+
216596.RL3570		(<)
216596.RL3659	+
216596.RL1536	(+)				(mitochondrial)
216596.RL0579		(>)
216596.RL0577	+
216596.RL1151				(PF06742)
216596.RL1965			+
216596.RL0713			+
216596.RL4272		(>)
216596.RL3978	(+)				(mitochondrial)
216596.RL3976				(PF01501)
216596.RL1520	+
216596.RL0394	+
216596.RL3982	+
216596.RL1447	(+)				(plastid)
216596.RL0754	+
216596.RL3337		+
216596.RL2541	+
216596.RL2948	+
216596.RL2769	+
216596.RL2168	+
216596.RL2163			+
216596.RL2365			+
216596.RL3145			+
216596.RL3148	+
216596.RL1853				(PF14588)
216596.RL3560			+
216596.RL3363	(+)	(>)
216596.RL4266	+
216596.RL3966	+
216596.RL0182	(+)				(ER)
216596.RL1707		(>)
216596.RL2887	+
216596.RL2888			+
216596.RL4732				(PF13603)
216596.RL2953	+
216596.RL2779	(+)				(plastid)
216596.RL4421		+
216596.RL0935	+
216596.RL0047	+
216596.RL3171				(PF04140)
216596.RL1993	+
216596.RL3254	+
216596.RL1869	+
216596.RL1864	+
216596.RL0290		(<)
216596.RL3353	(+)				(plastid)
216596.RL0552			+
216596.RL4250	+
216596.RL3913		(<)
216596.RL1732	+
216596.RL0026	+
216596.RL3826				(PF01501)
216596.RL2301		(>)
216596.RL0631	+
216596.RL0255	+
216596.RL1561	+
216596.RL2745		(>)
216596.RL0831			+
216596.RL2181			+
216596.RL0488	+
216596.RL1983		(>)
216596.RL3764			+
216596.RL1875	+
216596.RL3164				(PF14588)
216596.RL3162	+
216596.RL0122	+
216596.RL0127		(>)
216596.RL3615	+
216596.RL3613	+
216596.RL3900	(+)				(mitochondrial)
216596.RL3907		(>)
216596.RL4312		(<)
216596.RL1614	+
216596.RL1612		(<)
216596.RL2579	+
216596.RL2576			+
216596.RL2352	+
216596.RL2358		+
216596.RL1516	+
216596.RL3023	+
216596.RL1887	+
216596.RL0139			+
216596.RL0135	+
216596.RL3336	(+)				(ER)
216596.RL3303	+
216596.RL4580	+
216596.RL0048	+
216596.RL3802			+
216596.RL2505			+
216596.RL3396			+
216596.RL2212	+
216596.RL0853			+
216596.RL2218				(PF14588)
216596.RL3797	+
216596.RL2320			+
216596.RL1895	+
216596.RL3324	+
216596.RL0217		(>)
216596.RL3256		(>)
216596.RL0697	(+)				plastid
216596.RL4599	+
216596.RL1304			+
216596.RL2681		(>)
216596.RL0789			+
216596.RL2110			+
216596.RL3131				(PF16387)
216596.RL1534	+
216596.RL0061	+
216596.RL1797			+
216596.RL2787		+
216596.RL0871			+
216596.RL3648		+
216596.RL2654				(PF01442)
216596.RL2820	+
216596.RL1027	+
216596.RL2340	(+)				(plastid)
216596.RL2344	(+)				(ER)
216596.RL4127			+
216596.RL1446		(>)
216596.RL3276		(>)
216596.RL0782		+
216596.RL3244	+
216596.RL2382		(>)
216596.RL1326	+
216596.RL1328		+
216596.RL4557	+
216596.RL2897	(+)				(plastid)
216596.RL2896	+
216596.RL2798				(PF13603)
216596.RL2008	+
216596.RL0886		(<)
216596.RL0288	+
216596.RL0289	(+)				(ER)
216596.RL2237		(<)
216596.RL4644	+
216596.RL0260	+
216596.RL0467	+
216596.RL1221			+
216596.RL1225			+
216596.RL1970		(>)
216596.RL4418	+
216596.RL1413	+
216596.RL1798	+
216596.RL0423	+
216596.RL0248	(+)				(mitochondrial)
216596.RL3344	(+)				(plastid)
216596.RL4657	(+)		+
216596.RL3073				PF02191
216596.RL1751	+
216596.RL3691			+
216596.RL4571	+
216596.RL4408			+
216596.RL3416			+
216596.RL4080	(+)				(mitochondrial)
216596.RL2244		(>)
216596.RL1171		+
216596.RL1503			+
216596.RL1632		(>)
216596.RL2117			+
216596.RL3440				(PF01501)
216596.RL3041	+
216596.RL0733	+
216596.RL3934	+
216596.RL4024		+
216596.RL1759	(+)				(mitochondrial)
216596.RL0627	(+)				(plastid)
216596.RL0628	+
216596.RL4189		(>)
216596.RL1593	+
216596.RL1592	+
216596.RL0780	(+)				(ER)
216596.RL2841		(<)
216596.RL2273	(+)
216596.RL2473	(+)
216596.RL4615	(+)
216596.RL2878	(+)
216596.RL2612	(+)
216596.RL0497	(+)
216596.RL2129	(+)
216596.RL0507	(+)
216596.RL0436	(+)
216596.RL4332	(+)
216596.RL0187	(+)
216596.RL3843	(+)
216596.RL2604	(+)
216596.RL2284	(+)
216596.RL2132	(+)
216596.RL0821	(+)
216596.RL1825	(+)
216596.RL0117	(+)
216596.RL0282	(+)
216596.RL4704	(+)
216596.RL2706	(+)
216596.RL1455	(+)
216596.RL3436	(+)
216596.RL2103A	(+)
216596.RL1833	(+)
216596.RL0707	(+)
216596.RL0709	(+)
216596.RL3945	(+)
216596.RL1767	(+)
216596.RL1382	(+)
216596.RL2556	(+)
216596.RL2445	(+)
216596.RL4446	(+)
216596.RL4714	(+)
216596.RL2937	(+)
216596.RL2154	(+)
216596.RL0957	(+)
216596.RL3154	(+)
216596.RL3711	(+)
216596.RL3717	(+)
216596.RL3714	(+)
216596.RL1846	(+)
216596.RL3375	(+)
216596.RL4491	(+)
216596.RL0810	(+)
216596.RL2834	(+)
216596.RL3143	(+)
216596.RL3963	(+)
216596.RL3528	(+)
216596.RL1703	(+)
216596.RL1701	(+)
216596.RL1038	(+)
216596.RL4390	(+)
216596.RL4649	(+)
216596.RL1459	(+)
216596.RL4646	(+)				not used
216596.RL1067	(+)
216596.RL0807	(+)
216596.RL0800	(+)
216596.RL1265	(+)
216596.RL0558	(+)
216596.RL4251	(+)
216596.RL4255	(+)
216596.RL0395	(+)
216596.RL3912	(+)
216596.RL1040	(+)
216596.RL3820	(+)
216596.RL2417	(+)
216596.RL2967	(+)
216596.RL0835	(+)
216596.RL2184	(+)
216596.RL0907	(+)
216596.RL0906	(+)
216596.RL4561	(+)
216596.RL1610	(+)
216596.RL3407	(+)
216596.RL2403	(+)
216596.RL4114	(+)
216596.RL1163	(+)
216596.RL2755	(+)
216596.RL2995	(+)
216596.RL2190	(+)
216596.RL2351	(+)
216596.RL0136	(+)
216596.RL3625	(+)
216596.RL3243	(+)
216596.RL3930	(+)
216596.RL1088	(+)
216596.RL4586	(+)
216596.RL4589	(+)
216596.RL3808	(+)
216596.RL3507	(+)
216596.RL1682	(+)
216596.RL0743	(+)
216596.RL2737	(+)
216596.RL3393	(+)
216596.RL2217	(+)
216596.RL0855	(+)
216596.RL2692	(+)
216596.RL1083	(+)
216596.RL4167	(+)
216596.RL1892	(+)
216596.RL3107	(+)
216596.RL0102	(+)
216596.RL4226	(+)
216596.RL0072	(+)
216596.RL1671	(+)
216596.RL3505	(+)
216596.RL4372	(+)
216596.RL1303	(+)
216596.RL2203	(+)
216596.RL1478	(+)
216596.RL2024	(+)
216596.RL3009	(+)
216596.RL3139	(+)
216596.RL3489	(+)
216596.RL3483	(+)
216596.RL1936	(+)
216596.RL1423	(+)
216596.RL2520	(+)
216596.RL1335	(+)
216596.RL2238	(+)
216596.RL1026	(+)
216596.RL2574	(+)
216596.RL4490	(+)
216596.RL3783	(+)
216596.RL3924	(+)
216596.RL1257	(+)
216596.RL1431	(+)
216596.RL3032	(+)
216596.RL0093	(+)
216596.RL2535	(+)
216596.RL2537	(+)
216596.RL1323	(+)
216596.RL0077	(+)
216596.RL4359	(+)
216596.RL2318	(+)
216596.RL2005	(+)
216596.RL0882	(+)
216596.RL0281	(+)
216596.RL3190	(+)
216596.RL3850	(+)
216596.RL4643	(+)
216596.RL3066	+
216596.RL3200	(+)
216596.RL3203	(+)
216596.RL1127	(+)
216596.RL0084	(+)
216596.RL0641	(+)
216596.RL1134	(+)
216596.RL4412	(+)
216596.RL4175	(+)
216596.RL1353	(+)
216596.RL4179	(+)
216596.RL0531	(+)
216596.RL2250	(+)
216596.RL2793	(+)
216596.RL0023	(+)
216596.RL1007	(+)
216596.RL1129	(+)
216596.RL3672	(+)
216596.RL0403	(+)
216596.RL3219	(+)
216596.RL0636	(+)
216596.RL0622	(+)
216596.RL0748	(+)
216596.RL1343	(+)
216596.RL4536	(+)
216596.RL3513	(+)
216596.RL4152	(+)
216596.RL2241	(+)
216596.RL2487	(+)
216596.RL2800	(+)
216596.RL0065	(+)
216596.RL2114	(+)
216596.RL4410	(+)
216596.RL0788	(+)
216596.RL0240	(+)
216596.RL3061	(+)
216596.RL4329	(+)
216596.RL0624	(+)
216596.RL4184	(+)
216596.RL1114	(+)
216596.RL1118	(+)
216596.RL0079	(+)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
• EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
• EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
• T4SEpre bpbAac predictions (T4SEpre_bpbAac_FinalResult.csv)
• T4SEpre psAac predictions (T4SEpre_psAac_FinalResult.csv)
• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
  Estimated copy number = 0.2 (2/10 KEGG proteins)
• Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
  Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
• Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
  Estimated copy number = 0.25 (2/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================