Effective results for Pseudogulbenkiania ferrooxidans 2002 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 395
- Predicted by EffectiveT3: 112 (high confidence), 216 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 13 within, 9 before, 28 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 8 eukaryotic-like domains, contained in 23 proteins (2 high, 21 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III, Type VI
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
---|---|---|---|---|---|
279714.FuraDRAFT_2682 | (>) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_2892 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2091 | (<) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_0364 | (PF03924) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_3425 | (PF03924) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_0661 | + | (mitochondrial); (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3390 | (>) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1003 | (PF02239) | (ER); (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_0992 | (PF02239) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_1131 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2740 | (PF03924) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_0524 | (PF02239) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_1572 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_0857 | + | (mitochondrial); plastid | |||
279714.FuraDRAFT_0073 | (>) | mitochondrial | |||
279714.FuraDRAFT_3374 | (+) | (>) | ER | ||
279714.FuraDRAFT_2048 | + | ER | |||
279714.FuraDRAFT_3194 | (>) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_2352 | + | mitochondrial; (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3200 | (+) | (PF00342) | mitochondrial | ||
279714.FuraDRAFT_3020 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2644 | (>) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_0087 | + | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_3026 | (>) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_2125 | (>) | (ER); (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2014 | (>) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_3350 | + | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1044 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_1106 | + | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_0315 | (PF02239) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_2810 | + | ER; (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_3814 | (>) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_1798 | + | (<) | plastid | ||
279714.FuraDRAFT_0201 | + | ER | |||
279714.FuraDRAFT_3231 | (>) | ER; (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_2878 | + | ER; (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1650 | (>) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_3878 | (PF03924) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_3076 | PF05548 | mitochondrial; ER | |||
279714.FuraDRAFT_3079 | PF05548 | ER | |||
279714.FuraDRAFT_2218 | (>) | ER | |||
279714.FuraDRAFT_3449 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3281 | (+) | mitochondrial; (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1758 | (+) | (mitochondrial); plastid | |||
279714.FuraDRAFT_3548 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_3569 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3571 | + | plastid | |||
279714.FuraDRAFT_1712 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_1000 | + | (PF02239) | |||
279714.FuraDRAFT_3163 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_1859 | (PF09585) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2646 | (+) | mitochondrial; ER | |||
279714.FuraDRAFT_2932 | (+) | ER; (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_0938 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_2312 | (+) | mitochondrial | |||
279714.FuraDRAFT_1543 | (+) | (mitochondrial); (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3919 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_1313 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3854 | + | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3920 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1565 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0168 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0163 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0012 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_3066 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_3594 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_0752 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_1755 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_1029 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1370 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0155 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3438 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1436 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2526 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0923 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0819 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0814 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_0960 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0495 | (PF05690) | ||||
279714.FuraDRAFT_2391 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2390 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1777 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1771 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1778 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_1779 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2750 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_0559 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_2773 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0730 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3562 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_3561 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3899 | + | not used | |||
279714.FuraDRAFT_1948 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1804 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_1011 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0547 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_0540 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1491 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2763 | (PF05690) | ||||
279714.FuraDRAFT_0723 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1780 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0054 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3623 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_3711 | (PF03924) | ||||
279714.FuraDRAFT_3570 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3572 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3848 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_2370 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_2570 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1828 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_1489 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2599 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0445 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1137 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0264 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0261 | + | not used | |||
279714.FuraDRAFT_1752 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1051 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2367 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2567 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2292 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_2297 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1857 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2631 | (PF00342) | ||||
279714.FuraDRAFT_1587 | (+) | (>) | |||
279714.FuraDRAFT_2368 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3771 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3204 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1932 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1936 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0518 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2649 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2645 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_0646 | (PF03959) | ||||
279714.FuraDRAFT_0643 | (PF05690) | ||||
279714.FuraDRAFT_1203 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0243 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3021 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_2345 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3527 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2587 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0655 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0987 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_0098 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0251 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2382 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2383 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_2388 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3685 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_2234 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1681 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3821 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0409 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1860 | (PF09585) | ||||
279714.FuraDRAFT_2466 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0793 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0795 | (PF00342) | ||||
279714.FuraDRAFT_0798 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1358 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_0134 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_3437 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_3053 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_1519 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2321 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1670 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2784 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2477 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1255 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1528 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1324 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_0128 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_0912 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3331 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2269 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0422 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1887 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1538 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0681 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_3232 | (+) | plastid | |||
279714.FuraDRAFT_0113 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0111 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_3235 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3477 | (PF12513) | ||||
279714.FuraDRAFT_0437 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0748 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_0690 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_0691 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1341 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3480 | (+) | + | |||
279714.FuraDRAFT_0704 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_2208 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2515 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2195 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1429 | (>) | ||||
279714.FuraDRAFT_3917 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3914 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1515 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_0142 | (<) | ||||
279714.FuraDRAFT_3807 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3303 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2329 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3673 | (+) | (plastid) | |||
279714.FuraDRAFT_1848 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3674 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_3857 | (+) | (mitochondrial) | |||
279714.FuraDRAFT_2509 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_1988 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2185 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2188 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_2189 | (+) | (ER) | |||
279714.FuraDRAFT_3153 | + | ||||
279714.FuraDRAFT_3921 | (PF05690) | ||||
279714.FuraDRAFT_1365 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1361 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1166 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0162 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3265 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3113 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3067 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2225 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2224 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2222 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1992 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1999 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1191 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1197 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1281 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2710 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2715 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2719 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1374 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0481 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0151 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0159 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3059 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2088 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0534 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0565 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2705 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2455 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2412 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1505 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3041 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2958 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2952 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1773 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0740 | (+) | not used | |||
279714.FuraDRAFT_0553 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0821 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1396 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0603 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0609 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3306 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2759 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0043 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0042 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3707 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3090 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3143 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3142 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1704 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1707 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1806 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0946 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1127 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3396 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3886 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2577 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1621 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2757 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1009 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1006 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0539 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2591 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0993 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0991 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0440 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0289 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0843 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0666 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1221 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3642 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0269 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3501 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2964 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3186 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3188 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2564 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3915 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1035 | (+) | not used | |||
279714.FuraDRAFT_1455 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1458 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0676 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3519 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3513 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3514 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3177 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3192 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1597 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0862 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0883 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0084 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0080 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0593 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0921 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2832 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3924 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0507 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2429 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2313 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0475 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0878 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0879 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0874 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0875 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0895 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0650 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3418 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0255 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0252 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0253 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3751 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2938 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2248 | (+) | not used | |||
279714.FuraDRAFT_2482 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1913 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1915 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1685 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1046 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1049 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1865 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0671 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0317 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0316 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0137 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3033 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3322 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2324 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2493 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2495 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1833 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2079 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1071 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3813 | (+) | not used | |||
279714.FuraDRAFT_1415 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2479 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0785 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2035 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3799 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3240 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1662 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3804 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0429 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1883 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2447 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2444 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1797 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0332 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0689 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1187 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1086 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1008 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2060 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0489 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0112 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0114 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2316 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1984 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2305 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3270 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3279 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2057 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3904 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1542 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0211 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1177 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3004 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2204 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3850 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0914 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0591 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0007 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0006 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1022 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1843 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_0229 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3075 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2214 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2215 | (+) | not used | |||
279714.FuraDRAFT_3478 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3926 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1748 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_1744 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_3154 | (+) | ||||
279714.FuraDRAFT_2431 | (+) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveT3 predictions using new standard model 2.0.1 (PROTEINS.NEW.EFFECTIVET3)
- EffectiveT3 predictions using old standard model 1.0.1 (PROTEINS.OLD.EFFECTIVET3)
- EffectiveCCBD predictions (PROTEINS.CHAPERONES.TXT)
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
Estimated copy number = 0.7 (7/10 KEGG proteins)
- Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
- Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
Estimated copy number = 1.375 (11/8 KEGG proteins)
Individual results for each secretion system
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
- List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
- List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
- List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
Estimated copy number = 0.7 (7/10 KEGG proteins)
Estimated copy number = 1.375 (11/8 KEGG proteins)