Metamenu

Effective results for Renibacterium salmoninarum ATCC 33209 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 175
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 13 eukaryotic-like domains, contained in 175 proteins (144 high, 31 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
288705.RSal33209_1246(PF00089)ER
288705.RSal33209_0342(PF00089)ER
288705.RSal33209_0900(PF00089)(mitochondrial)
288705.RSal33209_0487(PF16203)(mitochondrial)
288705.RSal33209_0025(PF00089)ER
288705.RSal33209_0996(PF03644)(mitochondrial)
288705.RSal33209_2741(PF01409)mitochondrial; (mitochondrial)
288705.RSal33209_1037(PF00089)ER
288705.RSal33209_1901(PF00089)ER
288705.RSal33209_2449PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1797PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3333PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3335PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0757PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0435PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1343PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3475PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2879PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2056(PF16483)(plastid)
288705.RSal33209_2200PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0592PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1630PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1633PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1741PF01527(mitochondrial)
288705.RSal33209_1742PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0343PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1295PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3434PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1028PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0578PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3065PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1370PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3119PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3446PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0392PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2882PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2233PF01527(mitochondrial)
288705.RSal33209_2234PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0369PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0565PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1540PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1608PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2399PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1771PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0631PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3422PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0950PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2762PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1122PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3384PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2944PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3493PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0839PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1711PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0616PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2599PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2623PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3397PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1489PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2114PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2562PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0999PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0666PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2584(PF01828)(mitochondrial)
288705.RSal33209_2742(PF03147) (PF01409)
288705.RSal33209_0188PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1151PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3188(PF14494)(mitochondrial)
288705.RSal33209_0982PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0983PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0674PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1111PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3512PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2137PF01527(mitochondrial)
288705.RSal33209_2136PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1271PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2830PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2904PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3231PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0898(PF00089)(mitochondrial)
288705.RSal33209_2799PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2467PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0314PF13276 PF00665
288705.RSal33209_3535PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1914PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0136PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0130PF13276 PF00665
288705.RSal33209_0417PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1093PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2815PF13276 PF00665
288705.RSal33209_2312PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1068PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1666PF13276 PF00665
288705.RSal33209_1798PF01527
288705.RSal33209_2448PF01527
288705.RSal33209_3332PF01527
288705.RSal33209_3336PF01527
288705.RSal33209_1245(PF00089)
288705.RSal33209_1337PF01527
288705.RSal33209_1539PF01527
288705.RSal33209_0756PF01527
288705.RSal33209_0434PF01527
288705.RSal33209_1344PF01527
288705.RSal33209_3474PF01527
288705.RSal33209_2878PF01527
288705.RSal33209_2054(PF16483)
288705.RSal33209_2055(PF16483)
288705.RSal33209_0591PF01527
288705.RSal33209_2194(PF00089)
288705.RSal33209_2199PF01527
288705.RSal33209_1634PF01527
288705.RSal33209_0981PF01527
288705.RSal33209_1296PF01527
288705.RSal33209_1369PF01527
288705.RSal33209_0016(PF00643)
288705.RSal33209_0901(PF00089)
288705.RSal33209_1629PF01527
288705.RSal33209_1029PF01527
288705.RSal33209_0760(PF01409)
288705.RSal33209_0761(PF03147)
288705.RSal33209_0370PF01527
288705.RSal33209_2716PF08213not used
288705.RSal33209_0579PF01527
288705.RSal33209_0488(PF16203)
288705.RSal33209_3447PF01527
288705.RSal33209_0393PF01527
288705.RSal33209_1292(PF00089)
288705.RSal33209_0566PF01527
288705.RSal33209_3433PF01527
288705.RSal33209_3120PF01527
288705.RSal33209_1607PF01527
288705.RSal33209_1772PF01527
288705.RSal33209_0632PF01527
288705.RSal33209_2600PF01527
288705.RSal33209_1150PF01527
288705.RSal33209_0951PF01527
288705.RSal33209_1121PF01527
288705.RSal33209_3385PF01527
288705.RSal33209_2943PF01527
288705.RSal33209_3494PF01527
288705.RSal33209_1836PF01527
288705.RSal33209_0838PF01527
288705.RSal33209_1712PF01527
288705.RSal33209_0617PF01527
288705.RSal33209_1000PF01527
288705.RSal33209_2624PF01527
288705.RSal33209_3398PF01527
288705.RSal33209_1488PF01527
288705.RSal33209_2561PF01527
288705.RSal33209_0665PF01527
288705.RSal33209_1038(PF00089)
288705.RSal33209_2746(PF00089)
288705.RSal33209_0189PF01527
288705.RSal33209_3187(PF14494)
288705.RSal33209_0675PF01527
288705.RSal33209_2829PF01527
288705.RSal33209_2814PF01527
288705.RSal33209_1595PF01527
288705.RSal33209_1272PF01527
288705.RSal33209_2903PF01527
288705.RSal33209_3232PF01527
288705.RSal33209_1903(PF00089)
288705.RSal33209_1687(PF00089)
288705.RSal33209_1688(PF00089)
288705.RSal33209_2466PF01527
288705.RSal33209_3536PF01527
288705.RSal33209_2800PF01527
288705.RSal33209_1915PF01527
288705.RSal33209_0135PF01527
288705.RSal33209_0416PF01527
288705.RSal33209_1094PF01527
288705.RSal33209_0129(PF01828)
288705.RSal33209_2311PF01527
288705.RSal33209_1067PF01527
288705.RSal33209_1665PF01527

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================