Effective results for Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 393
- Predicted by T4SEpre: 128
- Predicted by EffectiveELD: 27 eukaryotic-like domains, contained in 286 proteins (168 high, 118 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type IV), Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
406817.XNC1_0714PF13358 PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_4407PF13358 PF13592 PF13384plastid
406817.XNC1_1608PF13358 PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_0841PF13358 PF13592mitochondrial
406817.XNC1_1739PF13358 PF13592 PF13384plastid
406817.XNC1_0716+(ER)
406817.XNC1_3824PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_1914(PF00665)mitochondrial
406817.XNC1_2348(PF01527)(ER)
406817.XNC1_4085+(mitochondrial)
406817.XNC1_2395PF13358 PF13592 PF13551
406817.XNC1_0871PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_0876PF01375ER
406817.XNC1_3513(PF00665)(mitochondrial)
406817.XNC1_3831+ER
406817.XNC1_1021PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_1595+ER
406817.XNC1_4171+ER
406817.XNC1_3998+ER
406817.XNC1_2136+ER
406817.XNC1_4417+ER
406817.XNC1_0527(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_2223+ER
406817.XNC1_4348+(mitochondrial); mitochondrial
406817.XNC1_1620+ER
406817.XNC1_0997+(ER)
406817.XNC1_4234PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_2971+mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_4535PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_0834PF02371(mitochondrial)
406817.XNC1_2568(PF12256) (PF03534) PF12255
406817.XNC1_3365+(mitochondrial)
406817.XNC1_2308+ER
406817.XNC1_1200+PF13358 PF13551
406817.XNC1_2956+ER
406817.XNC1_3898+ER
406817.XNC1_1783(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_3229+ER
406817.XNC1_3224PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_3135(PF01527)(ER)
406817.XNC1_1816(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_2545PF13551mitochondrial
406817.XNC1_0962PF13358 PF13592 PF13551
406817.XNC1_2090PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_2432+ER
406817.XNC1_0807PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_0809PF13384(mitochondrial)
406817.XNC1_4272(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_4270(PF01527)(ER)
406817.XNC1_2889(PF02899)(mitochondrial); mitochondrial
406817.XNC1_1999(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_3687(PF00665)mitochondrial; (mitochondrial)
406817.XNC1_0580(PF01527)(ER)
406817.XNC1_2335(PF12256) (PF03534) PF12255
406817.XNC1_4640PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_4483+ER
406817.XNC1_1239+PF13358 PF13551
406817.XNC1_2423(PF00665) PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_1988(PF01609)ER
406817.XNC1_3328PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_0599PF13358 PF13384(plastid)
406817.XNC1_2186(PF12256) (PF03534) PF12255
406817.XNC1_2994(PF00665)mitochondrial
406817.XNC1_2789+ER
406817.XNC1_2840+ER
406817.XNC1_3488+(mitochondrial); (ER)
406817.XNC1_1903PF13551(mitochondrial)
406817.XNC1_1905PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_2419(PF01396) (PF01131)(plastid)
406817.XNC1_2191+(mitochondrial)
406817.XNC1_3715(PF01527)mitochondrial
406817.XNC1_2875PF13358mitochondrial
406817.XNC1_0600PF13358 PF13592 PF13384
406817.XNC1_2050(PF03400)(mitochondrial)
406817.XNC1_1649+ER
406817.XNC1_2865PF13358 PF13592(mitochondrial)
406817.XNC1_2046PF13358 PF13592 PF13551
406817.XNC1_0411(PF02899)ER; (ER)
406817.XNC1_0257PF02371(mitochondrial)
406817.XNC1_0131PF02371(mitochondrial)
406817.XNC1_4387(PF00665)mitochondrial
406817.XNC1_1667PF13358(ER); not used
406817.XNC1_2387(PF01396) (PF01131)
406817.XNC1_2381(PF00665) PF13551
406817.XNC1_4635(PF00665) PF13551
406817.XNC1_4568PF02371(plastid)
406817.XNC1_3538(PF01396) (PF01131)
406817.XNC1_3826PF13358(ER); not used
406817.XNC1_3827(PF00665) PF13551
406817.XNC1_3825PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_2646(PF00665) PF13551
406817.XNC1_3754PF13358(ER)
406817.XNC1_0863PF13358 PF13592
406817.XNC1_1901PF13358(ER); not used
406817.XNC1_1900PF02371(plastid)
406817.XNC1_2012(PF01527)(ER)
406817.XNC1_3450(PF01396) (PF01131)
406817.XNC1_2644(PF00665) PF13551
406817.XNC1_2641(PF00665) PF13551
406817.XNC1_1610PF13358 PF13592
406817.XNC1_2005PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_2004PF13358(ER); not used
406817.XNC1_0181+(mitochondrial)
406817.XNC1_2918+(mitochondrial)
406817.XNC1_1858PF02371(plastid)
406817.XNC1_4513+(mitochondrial)
406817.XNC1_4204(PF00665) PF13551
406817.XNC1_0680PF13592 PF13384
406817.XNC1_0686(PF01931)(plastid)
406817.XNC1_2217PF13358(ER); not used
406817.XNC1_4233PF13358 PF13592
406817.XNC1_0201(PF00665) PF13551
406817.XNC1_1010(PF01527)(mitochondrial)
406817.XNC1_4320(PF00665)(mitochondrial)
406817.XNC1_4321PF13592 PF13384
406817.XNC1_3225PF13592 PF13384
406817.XNC1_1961PF13592 PF13384
406817.XNC1_0778(PF00665)(mitochondrial)
406817.XNC1_2091PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_2092PF13358(ER); not used
406817.XNC1_1193+(mitochondrial)
406817.XNC1_0803(PF00665)(mitochondrial)
406817.XNC1_4312+(mitochondrial)
406817.XNC1_0016(PF00665) PF13551
406817.XNC1_3200PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_3201PF13358(ER); not used
406817.XNC1_4264PF02371(plastid)
406817.XNC1_0341+(mitochondrial)
406817.XNC1_0869PF13358(ER); not used
406817.XNC1_3588(PF00665) PF13551
406817.XNC1_3325PF16485(ER)
406817.XNC1_3323PF16485(ER)
406817.XNC1_4298(PF01609)plastid
406817.XNC1_1902PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_2610PF13592 PF13384
406817.XNC1_2874PF13592 PF13384
406817.XNC1_0117+(mitochondrial)
406817.XNC1_2058(PF03400)(mitochondrial)
406817.XNC1_0738+PF13384
406817.XNC1_0735PF13592 PF13384
406817.XNC1_3018PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_3010PF13358 PF13592
406817.XNC1_3649(PF01396) (PF01131)
406817.XNC1_2042(PF08964) PF14564
406817.XNC1_2928(PF01527)(ER)
406817.XNC1_4382PF13358(ER); not used
406817.XNC1_4383PF13358(mitochondrial)
406817.XNC1_2618+
406817.XNC1_0715+
406817.XNC1_1668PF13358
406817.XNC1_0718PF02371
406817.XNC1_2389+
406817.XNC1_2496(PF01131)
406817.XNC1_2664+
406817.XNC1_2661+
406817.XNC1_3626(PF01527)
406817.XNC1_3629(PF00665)
406817.XNC1_2713(PF13745)
406817.XNC1_3829(PF01609)
406817.XNC1_0248(PF01094)
406817.XNC1_1912(PF01527)
406817.XNC1_2933PF02371
406817.XNC1_2930PF02371
406817.XNC1_2939PF13358
406817.XNC1_4394PF02371
406817.XNC1_1704(PF13745)
406817.XNC1_1674(PF02899)
406817.XNC1_2397PF02371
406817.XNC1_2394PF13358
406817.XNC1_2390+
406817.XNC1_2398+
406817.XNC1_2485+
406817.XNC1_3541+
406817.XNC1_4405PF13358
406817.XNC1_0898+
406817.XNC1_3637PF13358
406817.XNC1_3632PF02371
406817.XNC1_0879+
406817.XNC1_3832(PF01609)
406817.XNC1_2901(PF02899)
406817.XNC1_0086+
406817.XNC1_2017PF13358
406817.XNC1_2018PF13384
406817.XNC1_0463+
406817.XNC1_1022(PF01609)
406817.XNC1_2234(PF02899)
406817.XNC1_2230(PF13745)
406817.XNC1_2233(PF13745)
406817.XNC1_3457(PF03400)
406817.XNC1_3453+
406817.XNC1_4172+
406817.XNC1_2916+
406817.XNC1_1085+
406817.XNC1_2006PF13551
406817.XNC1_2002PF13358
406817.XNC1_0188(PF05929)
406817.XNC1_3138(PF01609)
406817.XNC1_4416+
406817.XNC1_0526(PF01527)
406817.XNC1_2229(PF13745)
406817.XNC1_2228(PF13745)
406817.XNC1_2747PF02371
406817.XNC1_0853(PF10014)
406817.XNC1_3506(PF02899)
406817.XNC1_0065+
406817.XNC1_1624+
406817.XNC1_2038(PF13745)
406817.XNC1_2039(PF13745)
406817.XNC1_1137+
406817.XNC1_1134(PF02899)
406817.XNC1_2219(PF01609)
406817.XNC1_1005(PF10014)
406817.XNC1_0843PF13384
406817.XNC1_0842PF13358
406817.XNC1_2598PF02371
406817.XNC1_1957+
406817.XNC1_3697PF13358
406817.XNC1_2022(PF13745)
406817.XNC1_1120+
406817.XNC1_1129+
406817.XNC1_1018(PF01609)
406817.XNC1_3081(PF05929)
406817.XNC1_3698PF13358
406817.XNC1_1270+
406817.XNC1_3154PF13384
406817.XNC1_4531PF13358
406817.XNC1_4532+
406817.XNC1_0835(PF01609)
406817.XNC1_0832PF02371
406817.XNC1_0831PF02371
406817.XNC1_1837+
406817.XNC1_0459+
406817.XNC1_2569PF03538
406817.XNC1_2560PF03538
406817.XNC1_2566PF03538
406817.XNC1_0237PF13358
406817.XNC1_4225+
406817.XNC1_4322PF13358
406817.XNC1_1943PF13358
406817.XNC1_2781(PF13745)
406817.XNC1_2782(PF13745)
406817.XNC1_2783(PF13745)
406817.XNC1_2943(PF01609)
406817.XNC1_1038PF14564
406817.XNC1_2161(PF13745)
406817.XNC1_1790(PF01609)
406817.XNC1_0558PF13358
406817.XNC1_2300(PF13745)
406817.XNC1_3781PF13384
406817.XNC1_0826+
406817.XNC1_1802PF13358
406817.XNC1_1803+
406817.XNC1_1801+
406817.XNC1_1804PF13358
406817.XNC1_0488+
406817.XNC1_1972(PF01609)
406817.XNC1_1978PF13358
406817.XNC1_1979+
406817.XNC1_3957+
406817.XNC1_2950+
406817.XNC1_3426+
406817.XNC1_3425+
406817.XNC1_3421PF13358
406817.XNC1_0786+
406817.XNC1_1143+
406817.XNC1_1784(PF01609)
406817.XNC1_1789(PF01527)
406817.XNC1_0493+
406817.XNC1_1219(PF01609)
406817.XNC1_2400PF13358
406817.XNC1_2407PF13358
406817.XNC1_3131PF02371
406817.XNC1_1817(PF01527)
406817.XNC1_1811PF02371
406817.XNC1_2544PF02371
406817.XNC1_2540PF13358
406817.XNC1_4242(PF01931)
406817.XNC1_1962PF13358
406817.XNC1_0026+
406817.XNC1_1771PF02371
406817.XNC1_1776+
406817.XNC1_1777PF13358
406817.XNC1_3307(PF07678)
406817.XNC1_0776PF13358
406817.XNC1_0775+
406817.XNC1_0575PF13358
406817.XNC1_0576PF13384
406817.XNC1_2093PF13358
406817.XNC1_3239PF13358
406817.XNC1_3232(PF01527)not used
406817.XNC1_3235(PF00665)
406817.XNC1_3129(PF02899)
406817.XNC1_2557(PF01609)
406817.XNC1_0806(PF01527)
406817.XNC1_0808PF13592
406817.XNC1_4317(PF01527)not used
406817.XNC1_1990(PF01609)
406817.XNC1_1992PF13358
406817.XNC1_1995PF13358
406817.XNC1_3682(PF01609)
406817.XNC1_0219+
406817.XNC1_0015+
406817.XNC1_3590PF13358
406817.XNC1_3598(PF02899)
406817.XNC1_1517+
406817.XNC1_1420+
406817.XNC1_1767+
406817.XNC1_2333PF03538
406817.XNC1_4481(PF01609)
406817.XNC1_1233(PF07653)not used
406817.XNC1_3408+
406817.XNC1_4267PF13358
406817.XNC1_2631(PF01609)
406817.XNC1_2637PF13358not used
406817.XNC1_3695PF02371
406817.XNC1_2988PF13592
406817.XNC1_2989PF13384
406817.XNC1_0870PF13358
406817.XNC1_4078+
406817.XNC1_2882+
406817.XNC1_2853+
406817.XNC1_3631PF02371
406817.XNC1_4101+
406817.XNC1_0945+
406817.XNC1_3327PF02371
406817.XNC1_0596PF13384
406817.XNC1_0594PF13358
406817.XNC1_2187PF03538
406817.XNC1_2184+
406817.XNC1_2180(PF01609)
406817.XNC1_2457+
406817.XNC1_2539PF13358
406817.XNC1_4581(PF00665)
406817.XNC1_4294(PF00665)
406817.XNC1_4297(PF01527)
406817.XNC1_3638+
406817.XNC1_2991(PF01609)
406817.XNC1_2992(PF01527)
406817.XNC1_2995(PF01609)
406817.XNC1_0352(PF01396)
406817.XNC1_4112PF13358
406817.XNC1_1749+
406817.XNC1_3526(PF00665)
406817.XNC1_0728PF02371
406817.XNC1_0727(PF01609)
406817.XNC1_0721(PF01609)
406817.XNC1_1908(PF01609)
406817.XNC1_3265+
406817.XNC1_2445+
406817.XNC1_3007PF13358
406817.XNC1_3000(PF01609)
406817.XNC1_3002PF13358
406817.XNC1_0298+
406817.XNC1_2616+
406817.XNC1_2611PF13358
406817.XNC1_2872(PF01527)
406817.XNC1_0952+
406817.XNC1_2299(PF13745)
406817.XNC1_0734PF13358
406817.XNC1_1641PF02371
406817.XNC1_1642PF13551
406817.XNC1_3657+
406817.XNC1_1264+
406817.XNC1_2517+
406817.XNC1_3019PF13358
406817.XNC1_3016PF02371
406817.XNC1_3015PF02371
406817.XNC1_3012(PF01609)
406817.XNC1_4548+
406817.XNC1_2869(PF00665)
406817.XNC1_0125PF02371
406817.XNC1_2040(PF13745)
406817.XNC1_2286PF13358
406817.XNC1_0702+
406817.XNC1_1389+
406817.XNC1_0412+
406817.XNC1_3339(PF01609)
406817.XNC1_2465(PF13745)
406817.XNC1_2464(PF13745)
406817.XNC1_2467(PF13745)
406817.XNC1_2466(PF13745)
406817.XNC1_2269(PF13745)
406817.XNC1_0848PF13358
406817.XNC1_3656PF13358
406817.XNC1_3659+
406817.XNC1_1899PF02371
406817.XNC1_2705+
406817.XNC1_0256(PF01609)
406817.XNC1_3818+
406817.XNC1_4143+
406817.XNC1_0130(PF03400)
406817.XNC1_4385(PF01527)
406817.XNC1_1477PF13358

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: YES (FDR = 7.2 %)
    Estimated copy number = 0.0 (0/10 KEGG proteins)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 1.875 (15/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================