Metamenu

Effective results for Erwinia pyrifoliae Ep1/96 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 565
- Predicted by EffectiveT3: 169 (high confidence), 231 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 25 within, 18 before, 31 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 22 eukaryotic-like domains, contained in 112 proteins (27 high, 85 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
634499.EpC_16520(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_34320(PF13592) PF13384(mitochondrial)
634499.EpC_23420(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_35310(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_06500(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_12130(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_31900(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_04540(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_21300(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_00690(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_29550(PF13592) PF13384(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_31610PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_09260(>)mitochondrial
634499.EpC_25420(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_28120(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_11840PF13384(mitochondrial)
634499.EpC_06530++(plastid)
634499.EpC_13540+mitochondrial
634499.EpC_31540PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_16100+ER
634499.EpC_07720(<)(mitochondrial)
634499.EpC_08540+(mitochondrial); plastid
634499.EpC_18130+ER
634499.EpC_18420(>)mitochondrial; (mitochondrial)
634499.EpC_34330+(mitochondrial)
634499.EpC_22690+(ER)
634499.EpC_21860(>)ER
634499.EpC_14430(>)ER
634499.EpC_07250(>)ER
634499.EpC_09530(+)+(mitochondrial)
634499.EpC_31210(PF05023)(mitochondrial)
634499.EpC_09210(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_04610+mitochondrial; (mitochondrial)
634499.EpC_30150+mitochondrial; (mitochondrial)
634499.EpC_31770PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_17230(>)ER
634499.EpC_27890+(ER); (plastid)
634499.EpC_11100PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_15950(>)ER
634499.EpC_19730(<)ER
634499.EpC_06420(<)ER
634499.EpC_03070(>)ER
634499.EpC_00790+(mitochondrial)
634499.EpC_35710(>)ER
634499.EpC_36190(PF13391)(mitochondrial); mitochondrial
634499.EpC_23300+ER; (ER)
634499.EpC_09810(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_32870(>)mitochondrial
634499.EpC_32000+(ER); (plastid)
634499.EpC_29230(>)ER
634499.EpC_21580+(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_10640(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_09510+(mitochondrial); plastid
634499.EpC_17030+ER
634499.EpC_30630(<)ER
634499.EpC_30380+(ER); (plastid)
634499.EpC_31470PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_32670(>)ER
634499.EpC_31860PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_04200PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_31700PF01807 PF08275 PF13155
634499.EpC_15080(>)(ER)
634499.EpC_09670+(mitochondrial)
634499.EpC_11770(PF00665)(mitochondrial); (plastid)
634499.EpC_08010(>)mitochondrial
634499.EpC_14670(+)(<)ER
634499.EpC_21150+plastid
634499.EpC_35820+plastid
634499.EpC_10540+(PF16485)
634499.EpC_35130+plastid
634499.EpC_11780(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_35640(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_03970(PF03079)(mitochondrial)
634499.EpC_22180+(<)
634499.EpC_33980+(>)
634499.EpC_30200(+)ER
634499.EpC_31620+(PF13495)
634499.EpC_06250+(plastid)
634499.EpC_32590(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_10300+(>)
634499.EpC_35930(+)(mitochondrial); plastid
634499.EpC_11270(<)(mitochondrial)
634499.EpC_21620(+)(mitochondrial)
634499.EpC_14460(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_03950(+)(mitochondrial)
634499.EpC_27440(+)ER
634499.EpC_17670(+)(mitochondrial)
634499.EpC_14980(+)+(ER)
634499.EpC_11850(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_20270+plastid
634499.EpC_22880+(mitochondrial)
634499.EpC_26090(+)ER
634499.EpC_31780+(PF13495)
634499.EpC_30810+plastid
634499.EpC_19520(+)(ER); ER
634499.EpC_32430(+)mitochondrial; (plastid)
634499.EpC_29060PF13155(mitochondrial)
634499.EpC_27790+PF13812
634499.EpC_05240+(mitochondrial)
634499.EpC_14190+plastid
634499.EpC_30160(+)(ER)
634499.EpC_36510+(mitochondrial)
634499.EpC_19800+(plastid)
634499.EpC_21650+(plastid)
634499.EpC_12280(+)(mitochondrial)
634499.EpC_28030(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_27160(+)(>)(plastid)
634499.EpC_12530++
634499.EpC_13250(+)mitochondrial; (mitochondrial)
634499.EpC_19820+(>)
634499.EpC_29110(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_15000+plastid
634499.EpC_22000(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_28960PF01807 PF13155
634499.EpC_16770+(plastid)
634499.EpC_00660+(ER)
634499.EpC_13910(<)(plastid)
634499.EpC_05940(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_20080(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_09420+(ER)
634499.EpC_31650+(mitochondrial)
634499.EpC_29350(+)(mitochondrial)
634499.EpC_14550(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_32070+plastid
634499.EpC_11750(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_31710+(PF13495)
634499.EpC_27780PF13812 (PF01535)
634499.EpC_16840(+)(mitochondrial)
634499.EpC_32390+PF06597
634499.EpC_28430(+)(mitochondrial)
634499.EpC_31870+(PF13495)
634499.EpC_09630(+)(mitochondrial)
634499.EpC_14510(+)mitochondrial
634499.EpC_32120(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_26680(+)ER
634499.EpC_20300(PF00665)(mitochondrial)
634499.EpC_36720+(plastid)
634499.EpC_12540++
634499.EpC_19090+
634499.EpC_11760(PF01527)
634499.EpC_03760+
634499.EpC_11160+
634499.EpC_30690+
634499.EpC_11090+
634499.EpC_28130(PF01527)
634499.EpC_20840+
634499.EpC_21420+
634499.EpC_03190(PF12255)
634499.EpC_14680+
634499.EpC_30470+
634499.EpC_23550(+)(mitochondrial)
634499.EpC_06070(+)(mitochondrial)
634499.EpC_36200(>)
634499.EpC_14840(+)mitochondrial
634499.EpC_28830+
634499.EpC_01730+
634499.EpC_23310+
634499.EpC_26510(>)
634499.EpC_08410+
634499.EpC_29080+
634499.EpC_00080+
634499.EpC_03600(<)
634499.EpC_34340(+)(mitochondrial)
634499.EpC_31920+
634499.EpC_21120+
634499.EpC_28260+
634499.EpC_21980+
634499.EpC_31480+
634499.EpC_35650(PF01527)
634499.EpC_31550+
634499.EpC_36210(+)(ER)
634499.EpC_27290(PF03079)
634499.EpC_32110(PF01527)
634499.EpC_09130+
634499.EpC_18140(PF14328)
634499.EpC_05620+
634499.EpC_07840+
634499.EpC_18090+
634499.EpC_02760+
634499.EpC_24160+
634499.EpC_29050PF01807not used
634499.EpC_34530(PF00343)not used
634499.EpC_20230(+)(mitochondrial)
634499.EpC_35800(>)
634499.EpC_02380+
634499.EpC_21190+
634499.EpC_23910(+)+
634499.EpC_03170(PF03538)
634499.EpC_19980+
634499.EpC_28060+
634499.EpC_14790(+)(plastid)
634499.EpC_26010(+)(ER)
634499.EpC_33360+
634499.EpC_22520+
634499.EpC_01540+
634499.EpC_05150+
634499.EpC_19840(PF07720)
634499.EpC_11040(PF01527)
634499.EpC_35070+
634499.EpC_14410(>)
634499.EpC_23280+
634499.EpC_36520(PF00102)
634499.EpC_16500+
634499.EpC_32170(PF00872)
634499.EpC_09680+
634499.EpC_11860(PF01527)
634499.EpC_25380(<)
634499.EpC_09600+
634499.EpC_32410+
634499.EpC_24380+
634499.EpC_18850(PF00872)
634499.EpC_24630(<)
634499.EpC_29070(PF13495)
634499.EpC_10430+
634499.EpC_24030+
634499.EpC_35260+
634499.EpC_27600+
634499.EpC_21460+
634499.EpC_14400+
634499.EpC_31360+
634499.EpC_35040+
634499.EpC_36880(>)
634499.EpC_06720+
634499.EpC_25600+
634499.EpC_17980+
634499.EpC_10330+
634499.EpC_28240+
634499.EpC_34470(PF00343)not used
634499.EpC_06290+
634499.EpC_35270(+)(>)
634499.EpC_07240(+)(mitochondrial)
634499.EpC_13350(+)(plastid)
634499.EpC_20810+
634499.EpC_13220(+)(plastid)
634499.EpC_20720+
634499.EpC_32150(PF01527)
634499.EpC_05710(<)not used
634499.EpC_30800+
634499.EpC_04940+
634499.EpC_32080(PF00872)
634499.EpC_15240(+)(mitochondrial)
634499.EpC_04590(>)
634499.EpC_09200(PF01527)
634499.EpC_27560+
634499.EpC_27760+
634499.EpC_10450+
634499.EpC_36970(>)
634499.EpC_34260(<)
634499.EpC_17900(>)
634499.EpC_10670(PF01527)
634499.EpC_34690(<)not used
634499.EpC_28020(PF01527)
634499.EpC_18310+
634499.EpC_22050+
634499.EpC_08340+
634499.EpC_27350+
634499.EpC_18040(<)
634499.EpC_04630+
634499.EpC_25400+
634499.EpC_02950+
634499.EpC_15010(PF13391)
634499.EpC_30750+
634499.EpC_31750+
634499.EpC_10710(PF00872)
634499.EpC_36630+
634499.EpC_20290(PF01527)
634499.EpC_20520+
634499.EpC_06360+
634499.EpC_35720(+)(ER); not used
634499.EpC_14560(PF01527)
634499.EpC_36180(PF00872)
634499.EpC_16150+
634499.EpC_27210+
634499.EpC_22020+
634499.EpC_14010+
634499.EpC_09820(PF01527)
634499.EpC_32840(PF01527)
634499.EpC_19650+
634499.EpC_24180+
634499.EpC_19810+
634499.EpC_29100(PF01527)
634499.EpC_21640(+)(plastid)
634499.EpC_10650(PF01527)
634499.EpC_20600+
634499.EpC_34930+
634499.EpC_10030(>)
634499.EpC_13700+
634499.EpC_13410+
634499.EpC_11520+
634499.EpC_36170+
634499.EpC_23180+
634499.EpC_26350(PF00872)
634499.EpC_09320+
634499.EpC_32050(PF00872)
634499.EpC_14710+
634499.EpC_13880+
634499.EpC_28970(PF13495)
634499.EpC_34540(PF00343)
634499.EpC_36760(+)(mitochondrial)
634499.EpC_06300+
634499.EpC_01780(>)
634499.EpC_26340(PF00872)
634499.EpC_07550(PF01527)
634499.EpC_01220+
634499.EpC_04000+
634499.EpC_32600(PF01527)
634499.EpC_31260+
634499.EpC_25050+
634499.EpC_31390(>)
634499.EpC_15190+
634499.EpC_35770(PF00872)
634499.EpC_01790+
634499.EpC_09300(<)
634499.EpC_17660(>)
634499.EpC_15600+
634499.EpC_26240+
634499.EpC_09010+
634499.EpC_32380PF06597
634499.EpC_05010+
634499.EpC_22010(PF01527)
634499.EpC_10100+
634499.EpC_31370+
634499.EpC_08690+
634499.EpC_18490+
634499.EpC_06920+
634499.EpC_34560(PF00343)
634499.EpC_05950(PF01527)
634499.EpC_20090(PF01527)
634499.EpC_21820+
634499.EpC_15870+
634499.EpC_35610(PF13391)
634499.EpC_00030+
634499.EpC_32060(PF00872)
634499.EpC_26320(PF00665)
634499.EpC_04570(PF00872)
634499.EpC_25410(PF01527)
634499.EpC_32800+
634499.EpC_30560+
634499.EpC_14350+
634499.EpC_34390(PF00343)
634499.EpC_14820+
634499.EpC_24120+
634499.EpC_11740(PF01527)
634499.EpC_21570+
634499.EpC_00260+
634499.EpC_35760(+)(ER); not used
634499.EpC_04330+
634499.EpC_36220+
634499.EpC_27800(+)+
634499.EpC_36260(<)
634499.EpC_25880+
634499.EpC_04510+
634499.EpC_18370+
634499.EpC_10680(PF01527)
634499.EpC_24110(PF00872)
634499.EpC_00650+
634499.EpC_34500(PF00343)not used
634499.EpC_31840+
634499.EpC_36920(<)
634499.EpC_03340+
634499.EpC_21690+
634499.EpC_31020+
634499.EpC_11790(PF01527)
634499.EpC_20120(+)(ER)
634499.EpC_27650+
634499.EpC_14360+
634499.EpC_14450(PF01527)
634499.EpC_36850+
634499.EpC_27470+
634499.EpC_06060+
634499.EpC_19300+
634499.EpC_11880(PF00872)
634499.EpC_32730+
634499.EpC_10170+
634499.EpC_22220(PF00872)
634499.EpC_22350+
634499.EpC_03610(+)
634499.EpC_07990(+)
634499.EpC_35350(+)
634499.EpC_18410(+)
634499.EpC_30670(+)
634499.EpC_05790(+)
634499.EpC_01600(+)
634499.EpC_23270(+)
634499.EpC_29620(+)
634499.EpC_22160(+)
634499.EpC_29880(+)
634499.EpC_30850(+)
634499.EpC_07850(+)
634499.EpC_18570(+)
634499.EpC_33500(+)
634499.EpC_18950(+)
634499.EpC_34520(+)
634499.EpC_30680(+)
634499.EpC_12200(+)
634499.EpC_21630(+)
634499.EpC_10550(+)
634499.EpC_17010(+)
634499.EpC_13000(+)
634499.EpC_20690(+)
634499.EpC_23080(+)
634499.EpC_01700(+)
634499.EpC_30990(+)
634499.EpC_26430(+)
634499.EpC_05990(+)
634499.EpC_17460(+)not used
634499.EpC_26720(+)
634499.EpC_24580(+)
634499.EpC_08550(+)
634499.EpC_14860(+)
634499.EpC_10410(+)
634499.EpC_20770(+)not used
634499.EpC_09410(+)
634499.EpC_28940(+)
634499.EpC_31490(+)
634499.EpC_11540(+)
634499.EpC_06010(+)
634499.EpC_27280(+)
634499.EpC_23720(+)
634499.EpC_22740(+)
634499.EpC_10340(+)
634499.EpC_26400(+)
634499.EpC_29990(+)
634499.EpC_02710(+)
634499.EpC_28800(+)
634499.EpC_20490(+)
634499.EpC_03810(+)
634499.EpC_27630(+)
634499.EpC_28490(+)
634499.EpC_07730(+)
634499.EpC_07860(+)
634499.EpC_07100(+)
634499.EpC_19450(+)
634499.EpC_30760(+)
634499.EpC_31560(+)
634499.EpC_36080(+)
634499.EpC_14530(+)
634499.EpC_36330(+)
634499.EpC_11390(+)
634499.EpC_01560(+)
634499.EpC_08100(+)
634499.EpC_08580(+)
634499.EpC_24600(+)
634499.EpC_14040(+)
634499.EpC_32330(+)
634499.EpC_02720(+)
634499.EpC_33680(+)
634499.EpC_02770(+)
634499.EpC_24720(+)
634499.EpC_07020(+)
634499.EpC_35990(+)
634499.EpC_09640(+)
634499.EpC_12290(+)
634499.EpC_27620(+)
634499.EpC_26280(+)
634499.EpC_33320(+)
634499.EpC_16850(+)
634499.EpC_28840(+)
634499.EpC_34670(+)
634499.EpC_23890(+)
634499.EpC_35790(+)
634499.EpC_04560(+)
634499.EpC_06670(+)
634499.EpC_03100(+)
634499.EpC_20630(+)
634499.EpC_02310(+)
634499.EpC_13710(+)
634499.EpC_07680(+)
634499.EpC_09350(+)
634499.EpC_00280(+)
634499.EpC_12550(+)
634499.EpC_13890(+)
634499.EpC_08480(+)
634499.EpC_04880(+)
634499.EpC_27540(+)
634499.EpC_07460(+)
634499.EpC_16110(+)
634499.EpC_20190(+)
634499.EpC_03200(+)
634499.EpC_12430(+)
634499.EpC_17760(+)
634499.EpC_06220(+)
634499.EpC_22580(+)
634499.EpC_05520(+)
634499.EpC_36570(+)
634499.EpC_24510(+)
634499.EpC_10120(+)
634499.EpC_34720(+)
634499.EpC_17130(+)
634499.EpC_03540(+)
634499.EpC_27340(+)
634499.EpC_36810(+)
634499.EpC_09330(+)
634499.EpC_32510(+)
634499.EpC_17770(+)
634499.EpC_01520(+)
634499.EpC_08440(+)
634499.EpC_15040(+)
634499.EpC_18340(+)
634499.EpC_21590(+)
634499.EpC_31890(+)
634499.EpC_20970(+)
634499.EpC_15460(+)
634499.EpC_13430(+)
634499.EpC_00630(+)not used
634499.EpC_31070(+)
634499.EpC_20400+
634499.EpC_36800(+)
634499.EpC_28080(+)
634499.EpC_29410(+)
634499.EpC_23520(+)
634499.EpC_18000(+)
634499.EpC_00590(+)
634499.EpC_22300(+)
634499.EpC_32700(+)
634499.EpC_17610(+)
634499.EpC_24790(+)
634499.EpC_16980(+)
634499.EpC_29170(+)
634499.EpC_01810(+)
634499.EpC_03210(+)
634499.EpC_26920(+)
634499.EpC_26810(+)
634499.EpC_06040(+)
634499.EpC_22790(+)
634499.EpC_32710(+)
634499.EpC_19470(+)
634499.EpC_19180(+)
634499.EpC_32930(+)not used
634499.EpC_29140(+)
634499.EpC_16750(+)
634499.EpC_25320(+)
634499.EpC_31910(+)
634499.EpC_35370(+)
634499.EpC_30650(+)
634499.EpC_34680(+)
634499.EpC_12500(+)
634499.EpC_21950(+)
634499.EpC_20040(+)
634499.EpC_06690(+)
634499.EpC_07500(+)
634499.EpC_36930(+)
634499.EpC_09920(+)
634499.EpC_19080(+)
634499.EpC_01120(+)
634499.EpC_24680(+)
634499.EpC_02420(+)
634499.EpC_19790(+)
634499.EpC_00820(+)
634499.EpC_17720(+)
634499.EpC_11080(+)
634499.EpC_12510(+)
634499.EpC_35630(+)
634499.EpC_16330(+)
634499.EpC_23570(+)
634499.EpC_09060(+)
634499.EpC_01410(+)
634499.EpC_00490(+)
634499.EpC_08120(+)
634499.EpC_26270(+)
634499.EpC_22190(+)
634499.EpC_00180(+)
634499.EpC_33600(+)
634499.EpC_22420(+)
634499.EpC_01040(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 2.4 (24/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================