Effective results for Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 453
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 78 eukaryotic-like domains, contained in 453 proteins (69 high, 384 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

Protein	EffectiveT3	EffectiveCCBD	T4SEpre	EffectiveELD	Predotar
316274.Haur_3228				(PF00931) (PF13424)	mitochondrial
316274.Haur_4492				(PF00534) (PF13579)	(ER); ER
316274.Haur_0249				(PF00092) (PF13519)	ER
316274.Haur_2249				(PF00534) (PF13439)	(mitochondrial)
316274.Haur_0822				(PF01344) PF13964	ER
316274.Haur_4282				(PF00534) (PF13579)	(ER)
316274.Haur_4512				(PF00534) (PF13439)	ER
316274.Haur_3739				(PF00931) (PF13424)	(mitochondrial)
316274.Haur_0284				(PF00534) (PF13439)	(mitochondrial)
316274.Haur_1032				(PF00534) (PF13439)	ER
316274.Haur_4083				(PF00534) (PF13439)	ER
316274.Haur_4279				(PF00534) (PF13579)	(ER)
316274.Haur_4460				(PF02844) (PF02843)	mitochondrial
316274.Haur_1597				(PF00931) (PF13424)	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_1572				(PF00668) (PF13745)	mitochondrial
316274.Haur_2812				(PF01344) PF13964	ER
316274.Haur_0946				(PF02844) (PF02843)	(mitochondrial)
316274.Haur_0935				(PF01344) PF13964	ER
316274.Haur_1942				(PF11028)	ER
316274.Haur_0052				PF01740	(ER)
316274.Haur_3162				PF01740	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_3163				(PF13519)	ER
316274.Haur_1094				(PF01609)	mitochondrial
316274.Haur_1093				(PF13231)	ER
316274.Haur_1098				PF01740	(mitochondrial); mitochondrial
316274.Haur_1522				(PF08239)	ER
316274.Haur_1759				(PF07676)	ER
316274.Haur_0214				(PF07676)	ER
316274.Haur_4375				(PF13185)	ER
316274.Haur_4807				(PF13439) (PF00534)	(ER)
316274.Haur_3825				(PF13231)	(mitochondrial)
316274.Haur_3007				(PF16317)	ER
316274.Haur_1889				(PF12698)	mitochondrial; ER
316274.Haur_1886				(PF00201)	(ER)
316274.Haur_2206				PF01740	mitochondrial
316274.Haur_2195				(PF14312)	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_2197				PF01347	ER
316274.Haur_2998				(PF10672)	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_1316				PF01740	(mitochondrial)
316274.Haur_4216				(PF13185)	(mitochondrial)
316274.Haur_0137				PF14329	ER
316274.Haur_0263				(PF02971) (PF07837) (PF04961)
316274.Haur_4367				(PF08309)	ER
316274.Haur_4361				(PF01344)	ER
316274.Haur_4812				(PF07676)	ER
316274.Haur_2210				PF01740	ER
316274.Haur_2181				(PF00150)	ER
316274.Haur_2986				PF01740	ER
316274.Haur_4772				(PF09265)	ER; (mitochondrial)
316274.Haur_0691				(PF13519)	ER
316274.Haur_4951				(PF03160)	ER
316274.Haur_0581				(PF13391)	(mitochondrial)
316274.Haur_2322				PF01740	ER
316274.Haur_3622				(PF13231)	mitochondrial; ER
316274.Haur_0056				(PF07819)	(mitochondrial)
316274.Haur_2421				PF01740	ER
316274.Haur_2424				PF01740	ER
316274.Haur_2425				(PF12698)	(mitochondrial)
316274.Haur_3609				PF01740	ER
316274.Haur_4767				(PF13492)	ER
316274.Haur_0064				(PF00150)	ER
316274.Haur_4547				(PF13185)	ER
316274.Haur_1421				(PF13185)	ER; (ER)
316274.Haur_4168				(PF07676)	ER
316274.Haur_0806				(PF13231)	ER
316274.Haur_0647				(PF03160)	ER
316274.Haur_3124				PF01740	ER
316274.Haur_3630				(PF13231)	ER
316274.Haur_1855				(PF00931)	(mitochondrial)
316274.Haur_1857				(PF00668) (PF13745)	(ER)
316274.Haur_1077				(PF13185)	(mitochondrial); plastid
316274.Haur_4538				(PF15891)	(mitochondrial)
316274.Haur_4027				(PF00950)	ER
316274.Haur_4153				PF01740	mitochondrial
316274.Haur_1458				(PF13424)	ER
316274.Haur_0250				(PF13519)	ER
316274.Haur_3359				(PF05711)	(mitochondrial)
316274.Haur_2532				(PF07819)	ER
316274.Haur_0961				(PF13424)	ER
316274.Haur_3910				(PF13185)	ER
316274.Haur_4524				(PF00201) (PF03033)	(mitochondrial)
316274.Haur_3726				PF13813	ER
316274.Haur_3384				(PF00150)	ER
316274.Haur_3383				(PF00150)	ER
316274.Haur_3926				(PF13519)	ER
316274.Haur_2096				(PF00950)	(ER)
316274.Haur_1270				PF01740	(ER)
316274.Haur_2671				(PF01223)	ER
316274.Haur_4192				PF01740	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_4191				PF01740	(mitochondrial)
316274.Haur_1120				(PF13439) (PF00534)	(ER)
316274.Haur_1122				(PF13231)	ER
316274.Haur_0012				(PF07676)	ER
316274.Haur_3149				(PF00931)	(mitochondrial)
316274.Haur_1723				(PF16158)	ER
316274.Haur_4998				(PF03160)	(mitochondrial); (ER)
316274.Haur_4422				PF01740	ER
316274.Haur_0966				(PF13583)	ER
316274.Haur_3399				PF01347	ER
316274.Haur_3939				(PF01609)	mitochondrial
316274.Haur_1865				(PF14312)	ER
316274.Haur_3648				(PF08239)	mitochondrial
316274.Haur_3644				(PF01223)	ER
316274.Haur_2066				(PF00950)	ER
316274.Haur_2261				(PF13185)	ER
316274.Haur_2844				(PF00950)	ER; (ER)
316274.Haur_1393				PF01740	ER
316274.Haur_4299				(PF00150)	ER
316274.Haur_2114				(PF13424)	mitochondrial; (plastid)
316274.Haur_1138				(PF01223)	ER
316274.Haur_4056				PF12768	ER
316274.Haur_3709				(PF13231)	ER
316274.Haur_3701				(PF10672)	mitochondrial
316274.Haur_1815				(PF03415)	ER
316274.Haur_1811				(PF13583)	ER
316274.Haur_4665				(PF00534) (PF13439)	(mitochondrial)
316274.Haur_4065				(PF00686)	ER
316274.Haur_4061				(PF13185)	ER
316274.Haur_0030				(PF14108)	ER
316274.Haur_4088				(PF02146)	(mitochondrial); mitochondrial
316274.Haur_4089				(PF01609)	mitochondrial
316274.Haur_0614				(PF12894)	ER
316274.Haur_0345				(PF05547)	ER
316274.Haur_0344				(PF05547)	ER
316274.Haur_4880				(PF13579)	mitochondrial
316274.Haur_2256				(PF13424)	ER
316274.Haur_2449				(PF09348)	ER
316274.Haur_2590				(PF13519)	ER
316274.Haur_1931				(PF14312)	ER
316274.Haur_1930				(PF00931) (PF13424)	(plastid)
316274.Haur_0991				(PF00534) (PF13439)	(mitochondrial)
316274.Haur_2820				(PF00150)	ER
316274.Haur_4277				(PF13231)	ER
316274.Haur_1116				(PF00092)	ER
316274.Haur_4095				(PF13231)	ER
316274.Haur_0977				(PF07676)	ER
316274.Haur_2909				(PF13231)	(ER); ER
316274.Haur_2908				(PF12483)	ER
316274.Haur_2905				(PF07676)	ER
316274.Haur_1231				(PF11721)	ER
316274.Haur_1232				(PF11721)	ER
316274.Haur_1561				(PF07676)	ER
316274.Haur_1760				(PF00534) (PF13439)	(ER)
316274.Haur_4335				(PF00686)	ER
316274.Haur_0411				(PF13366)	(ER)
316274.Haur_3265				(PF05547)	ER
316274.Haur_3016				PF01740	(ER)
316274.Haur_3866				(PF13231)	mitochondrial; (mitochondrial)
316274.Haur_3993				(PF03415)	ER
316274.Haur_3044				(PF00950)	ER; (ER)
316274.Haur_2150				(PF07676)	ER
316274.Haur_1229				(PF08309)	ER
316274.Haur_0790				(PF07676)	ER
316274.Haur_3327				(PF12698)	ER
316274.Haur_3038				(PF03160)	ER
316274.Haur_3521				(PF13492)	ER
316274.Haur_2039				(PF01609)	mitochondrial
316274.Haur_2810				PF13813	ER
316274.Haur_4225				(PF13231)	ER
316274.Haur_0947				(PF00931) (PF13424)	(ER)
316274.Haur_0788				(PF08309)	ER
316274.Haur_3339				(PF05547)	ER
316274.Haur_3841				PF12768	ER
316274.Haur_2551				(PF12698)	ER; (mitochondrial)
316274.Haur_1970				(PF13583)	ER
316274.Haur_3158				(PF13424)	ER
316274.Haur_2178				(PF00150)	ER
316274.Haur_4230				(PF12698)	(mitochondrial)
316274.Haur_0203				PF14329	ER
316274.Haur_4901				(PF00092)	ER
316274.Haur_4900				(PF13519)	ER
316274.Haur_3232				(PF07676)	ER
316274.Haur_3300				(PF00534)	mitochondrial
316274.Haur_1894				PF01740	(ER)
316274.Haur_1890				(PF12698)	(mitochondrial)
316274.Haur_1300				(PF06013) PF00648
316274.Haur_3826				(PF00534) (PF13579)
316274.Haur_2683				PF01740	(ER)
316274.Haur_1882				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2207				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_4210				(PF00092)	(ER)
316274.Haur_1530				(PF13439) (PF00534)
316274.Haur_0136				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_0269				(PF13424)	(mitochondrial)
316274.Haur_3581				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_3582				(PF13439) (PF00534)
316274.Haur_3586				(PF12773) (PF13424)
316274.Haur_0050				(PF09414)	(mitochondrial)
316274.Haur_4486				(PF13185)	(plastid)
316274.Haur_4489				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_3576				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_3570				(PF13185)	(ER)
316274.Haur_3597				(PF08239)	(plastid)
316274.Haur_3973				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_3972				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_4768				(PF13185) (PF13492)
316274.Haur_1608				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_4385				(PF13439) (PF00534)
316274.Haur_1442				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_3294				(PF13579)	ER
316274.Haur_3129				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_1858				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_4532				(PF07676)	(mitochondrial)
316274.Haur_1450				(PF13185) (PF13492)
316274.Haur_0103				(PF00931) (PF12894)
316274.Haur_1707				(PF13424)	(ER)
316274.Haur_0497				(PF12773)	(ER)
316274.Haur_3354				(PF13579)	(ER)
316274.Haur_2403				(PF14312)	(plastid)
316274.Haur_2083				(PF00201) (PF03033)
316274.Haur_2089				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_0397				(PF13519)	(plastid)
316274.Haur_2413				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2415				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2091				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2090				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2257				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_1879				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_1874				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2673				(PF12698)	(ER)
316274.Haur_4604				(PF13439) (PF00534)
316274.Haur_4043				(PF00092)	(plastid)
316274.Haur_4519				(PF06013) (PF07819)
316274.Haur_4049				(PF14413) (PF04446)
316274.Haur_1761				(PF13439)	(mitochondrial)
316274.Haur_3735				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_3937				(PF13185)	(ER)
316274.Haur_1861				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_1866				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_1881				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_0602				(PF13185)	(mitochondrial)
316274.Haur_3898				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_2853				(PF06013) PF00648
316274.Haur_2107				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_2108				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_1878				(PF00668)	(ER)
316274.Haur_3243				(PF14108)	(mitochondrial)
316274.Haur_4273				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_4271				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_1027				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_1903				PF01740	(ER)
316274.Haur_1582				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_0362				(PF00201) (PF03033)
316274.Haur_2729				(PF13185) (PF13492)
316274.Haur_3865				(PF13231)	(mitochondrial)
316274.Haur_2937				PF01740	(ER)
316274.Haur_2931				PF01740	(plastid)
316274.Haur_4781				(PF13391)	(ER)
316274.Haur_1574				(PF00668) (PF13745)
316274.Haur_4328				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_4438				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_1217				(PF13185)	(mitochondrial)
316274.Haur_0234				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_3448				(PF06013) PF00648
316274.Haur_2740				PF01740 (PF13185)
316274.Haur_3848				(PF00931) (PF13424)
316274.Haur_2957				(PF00534) (PF13579)
316274.Haur_4009				(PF00534) (PF13439)
316274.Haur_1896				PF14329
316274.Haur_2161				(PF13185)
316274.Haur_4114				(PF13185)
316274.Haur_1308				(PF13185)
316274.Haur_0926				(PF12698)
316274.Haur_0216				(PF06013)
316274.Haur_0852				(PF13185)
316274.Haur_4376				(PF00183)
316274.Haur_4377				(PF00183)
316274.Haur_0323				(PF09414)
316274.Haur_0451				PF01740
316274.Haur_3220				(PF01609)
316274.Haur_3319				(PF08239)
316274.Haur_3488				(PF12867)
316274.Haur_2576				(PF06013)
316274.Haur_2577				(PF06013)
316274.Haur_2570				(PF13240)
316274.Haur_3179				(PF04423)
316274.Haur_3171				(PF02146)
316274.Haur_3172				(PF02146)
316274.Haur_1317				PF01740
316274.Haur_4218				(PF08239)
316274.Haur_4211				(PF00092)
316274.Haur_4213				(PF00092)
316274.Haur_1534				(PF13424)
316274.Haur_0044				(PF13424)
316274.Haur_1622				PF01740
316274.Haur_4365				(PF12773)
316274.Haur_0687				(PF02146)
316274.Haur_3562				(PF06013)
316274.Haur_3102				(PF13185)
316274.Haur_3610				(PF01609)
316274.Haur_2189				PF01740
316274.Haur_2186				PF01740
316274.Haur_1324				(PF01609)
316274.Haur_4771				PF01740
316274.Haur_4004				(PF00534)
316274.Haur_0900				(PF12773)
316274.Haur_1610				(PF13492)
316274.Haur_3775				(PF13185)
316274.Haur_3577				(PF00534)
316274.Haur_3592				(PF08239)
316274.Haur_0854				(PF13240)
316274.Haur_2225				(PF12867)
316274.Haur_2730				(PF01609)
316274.Haur_4763				PF00644
316274.Haur_1423				PF01740
316274.Haur_1422				PF01740
316274.Haur_1427				(PF07676)
316274.Haur_0116				PF01740
316274.Haur_2492				(PF12867)
316274.Haur_4384				(PF08239)
316274.Haur_0482				(PF00092)
316274.Haur_0246				PF14329
316274.Haur_3342				(PF01344)
316274.Haur_3293				(PF13185)
316274.Haur_1859				(PF00668)
316274.Haur_4718				(PF12867)
316274.Haur_4719				(PF12867)
316274.Haur_4028				(PF00950)
316274.Haur_4534				(PF12773)
316274.Haur_4531				(PF07676)
316274.Haur_0070				(PF13185)
316274.Haur_0077				(PF09445)
316274.Haur_0821				(PF13439)
316274.Haur_3357				(PF00534)
316274.Haur_3353				(PF13439)
316274.Haur_2533				(PF00931)
316274.Haur_3914				(PF06013)
316274.Haur_3912				(PF06013)
316274.Haur_2408				(PF00201)
316274.Haur_2390				(PF13424)
316274.Haur_3625				(PF12867)
316274.Haur_1286				(PF05706)
316274.Haur_3253				(PF06013)
316274.Haur_1445				(PF13185)
316274.Haur_4631				(PF12867)
316274.Haur_1663				(PF12698)
316274.Haur_1662				PF01740
316274.Haur_0719				(PF13185)
316274.Haur_0717				(PF13240)
316274.Haur_3957				(PF01947)
316274.Haur_4649				(PF13185)
316274.Haur_0535				(PF04098)
316274.Haur_4858				PF01740
316274.Haur_4852				(PF13185)
316274.Haur_3727				(PF12867)
316274.Haur_2419				(PF05711)
316274.Haur_2418				(PF00201)
316274.Haur_2092				(PF00668)
316274.Haur_2043				(PF13424)
316274.Haur_1877				(PF00668)
316274.Haur_1875				(PF00668)
316274.Haur_1275				(PF06013)
316274.Haur_2890				(PF01609)
316274.Haur_2872				(PF01609)
316274.Haur_1473				(PF13185)
316274.Haur_1727				PF14329
316274.Haur_4997				(PF10672)
316274.Haur_4420				PF01740
316274.Haur_2461				(PF01609)
316274.Haur_1880				(PF11805)
316274.Haur_3649				PF01740
316274.Haur_4720				(PF01609)
316274.Haur_4184				(PF06013)
316274.Haur_4470				(PF04961)
316274.Haur_0732				PF01740
316274.Haur_4501				(PF00534)
316274.Haur_4500				(PF01609)
316274.Haur_4058				PF01740
316274.Haur_0606				(PF13185)
316274.Haur_3096				(PF13519)
316274.Haur_3251				(PF06013)
316274.Haur_3257				(PF06013)
316274.Haur_3071				(PF01609)
316274.Haur_2279				(PF13424)
316274.Haur_2273				(PF13492)
316274.Haur_2296				PF01740
316274.Haur_0042				(PF00534)
316274.Haur_2106				(PF00668)
316274.Haur_3085				(PF13366)	not used
316274.Haur_3086				(PF13366)	not used
316274.Haur_3712				(PF13579)
316274.Haur_3402				(PF00454)
316274.Haur_3404				PF01740
316274.Haur_1805				(PF00668)
316274.Haur_1938				(PF01609)
316274.Haur_1934				(PF01609)
316274.Haur_0997				(PF12867)
316274.Haur_2674				(PF12698)
316274.Haur_0501				(PF15588)
316274.Haur_1113				(PF13424)
316274.Haur_1112				(PF00931)
316274.Haur_4077				(PF13424)
316274.Haur_0373				(PF03033)
316274.Haur_0571				(PF12867)
316274.Haur_0402				PF11978
316274.Haur_2459				(PF02146)	not used
316274.Haur_2458				(PF02146)
316274.Haur_2450				(PF09348)
316274.Haur_0322				(PF00183)
316274.Haur_1839				(PF00534)
316274.Haur_3508				(PF13424)
316274.Haur_2586				(PF06013)
316274.Haur_2584				(PF06013)
316274.Haur_1902				(PF00150)
316274.Haur_4421				PF01740
316274.Haur_0410				(PF13366)	not used
316274.Haur_0636				(PF13579)
316274.Haur_3995				(PF13424)
316274.Haur_3511				(PF03033)
316274.Haur_3684				(PF12867)
316274.Haur_2805				PF01740
316274.Haur_2158				(PF00931)
316274.Haur_2154				(PF13424)
316274.Haur_4656				(PF13185)
316274.Haur_0888				(PF00150)
316274.Haur_4259				(PF13492)
316274.Haur_4325				PF01740
316274.Haur_4437				(PF12867)
316274.Haur_0773				(PF11028)
316274.Haur_0775				(PF00534)
316274.Haur_0221				(PF07676)
316274.Haur_0223				(PF08239)
316274.Haur_0428				(PF12698)
316274.Haur_4026				(PF08239)
316274.Haur_3852				(PF14388)
316274.Haur_3851				(PF06013)
316274.Haur_3458				(PF13185)
316274.Haur_3459				(PF13185)
316274.Haur_3527				PF01740
316274.Haur_1962				PF01740
316274.Haur_1212				(PF00534)
316274.Haur_2141				(PF00092)
316274.Haur_0897				(PF13240)
316274.Haur_0898				(PF13240)
316274.Haur_2040				(PF13424)
316274.Haur_1787				(PF09458)
316274.Haur_1145				(PF13424)
316274.Haur_0783				(PF13911)
316274.Haur_2741				(PF13185)
316274.Haur_3442				PF01740
316274.Haur_3845				(PF10672)
316274.Haur_3530				(PF06013)
316274.Haur_2008				(PF00668)
316274.Haur_3532				(PF01609)
316274.Haur_1209				(PF01609)
316274.Haur_2953				PF01740
316274.Haur_1201				(PF12867)
316274.Haur_4698				PF01740
316274.Haur_0150				(PF13391)
316274.Haur_0848				(PF01609)
316274.Haur_3427				(PF01609)
316274.Haur_3492				(PF10672)
316274.Haur_3831				(PF01609)

Detailed merged results for each protein sequence

• Detailed merged results as table (merge_results.html)
• Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)

Individual results for each protein sequence

• EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
• Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
• Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)

Genome based results

Summary

• Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
• Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
• Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
• Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type III secretion system (T3_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type IV secretion system (T4_top100_COGS.xls)
• List of 100 most important COGs/NOGs for prediction of functional Type VI secretion system (T6_top100_COGS.xls)
• List of COGs assigned to Type III secretion system in KEGG (T3SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type IV secretion system in KEGG (T4SS_KEGG_cmp.xls)
• List of COGs assigned to Type VI secretion system in KEGG (T6SS_KEGG_cmp.xls)

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================