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Effective results for Chloroflexus aggregans DSM 9485 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 218
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 36 eukaryotic-like domains, contained in 218 proteins (0 high, 218 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
326427.Cagg_2011(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
326427.Cagg_2760(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
326427.Cagg_2571(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
326427.Cagg_2570(PF13579) (PF13692)(ER); (mitochondrial)
326427.Cagg_0066(PF13579) (PF13692)mitochondrial; plastid
326427.Cagg_1380(PF13439) (PF00534)mitochondrial; (mitochondrial)
326427.Cagg_1964(PF13439) (PF00534)(ER)
326427.Cagg_0879(PF00534) (PF13579)(mitochondrial)
326427.Cagg_2468(PF13579) (PF13692)mitochondrial
326427.Cagg_2329(PF00534) (PF13579)(ER)
326427.Cagg_0966(PF13439) (PF00534)(mitochondrial); mitochondrial
326427.Cagg_2445(PF13439) (PF00534)mitochondrial; (ER)
326427.Cagg_0797(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
326427.Cagg_2942(PF12773)ER
326427.Cagg_0417(PF13579) (PF13692)(ER)
326427.Cagg_1147(PF01740)ER
326427.Cagg_3214(PF13231)ER
326427.Cagg_1325(PF13559)ER
326427.Cagg_1219(PF02374)mitochondrial
326427.Cagg_1218(PF02374)mitochondrial; (mitochondrial)
326427.Cagg_1457(PF03415)mitochondrial
326427.Cagg_2827(PF13231)ER
326427.Cagg_2829(PF13231)ER
326427.Cagg_2828(PF13231)ER
326427.Cagg_2488(PF11852)ER
326427.Cagg_2554(PF13185)ER
326427.Cagg_3374(PF13231)mitochondrial
326427.Cagg_3377(PF06176)(mitochondrial)
326427.Cagg_2563(PF13231)ER
326427.Cagg_3187(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_2116(PF01740)mitochondrial; (mitochondrial)
326427.Cagg_2605(PF10162)ER
326427.Cagg_0670(PF13540)ER
326427.Cagg_2286(PF08239)(ER); ER
326427.Cagg_2137(PF08239)(mitochondrial)
326427.Cagg_3245(PF13185)(ER)
326427.Cagg_3240(PF02374)mitochondrial
326427.Cagg_3242(PF13559)ER
326427.Cagg_0289(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_0442(PF13231)ER
326427.Cagg_0061(PF02844) (PF02843)(ER)
326427.Cagg_0669(PF13540)ER
326427.Cagg_0668(PF13540)ER
326427.Cagg_2651(PF01740)(ER)
326427.Cagg_1835(PF01740)ER
326427.Cagg_3841(PF04893)(ER)
326427.Cagg_0647(PF13185)(ER)
326427.Cagg_1287(PF03209)ER
326427.Cagg_0486(PF13185)mitochondrial; (mitochondrial)
326427.Cagg_1357(PF01000) (PF01193)(plastid)
326427.Cagg_0739(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_1517(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_3475(PF13231)ER; (ER)
326427.Cagg_0161(PF13231)ER
326427.Cagg_0102(PF13185)ER
326427.Cagg_0743(PF01740)(mitochondrial)
326427.Cagg_2712(PF11852)ER
326427.Cagg_2069(PF01740)ER
326427.Cagg_3591(PF13231)ER
326427.Cagg_1199(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_1755(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_2181(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_2532(PF13185)ER
326427.Cagg_0908(PF02374)mitochondrial
326427.Cagg_1981(PF13579)ER
326427.Cagg_1741(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_0564(PF13231)(ER)
326427.Cagg_2861(PF08239)ER
326427.Cagg_0824(PF13692)(mitochondrial)
326427.Cagg_0821(PF13231)(mitochondrial)
326427.Cagg_0823(PF13692)ER
326427.Cagg_3155(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_0358(PF13692)mitochondrial
326427.Cagg_0353(PF13559)ER
326427.Cagg_0773(PF13559)ER
326427.Cagg_1223(PF02374)mitochondrial
326427.Cagg_2459(PF03415)mitochondrial; (mitochondrial)
326427.Cagg_2321(PF02190)ER
326427.Cagg_3142(PF13185)ER
326427.Cagg_3131(PF03209)mitochondrial
326427.Cagg_0977(PF08239)(ER)
326427.Cagg_0795(PF00534)(mitochondrial)
326427.Cagg_1849(PF13185)(mitochondrial); (plastid)
326427.Cagg_2495(PF00534) (PF13579)
326427.Cagg_2161(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_1177(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2549(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_0410(PF01740)(mitochondrial)
326427.Cagg_2826(PF13439) (PF13692)
326427.Cagg_2959(PF13439) (PF13692)
326427.Cagg_0880(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_3379(PF02844) (PF02843)
326427.Cagg_2764(PF00534)plastid
326427.Cagg_3369(PF00534) (PF13579)
326427.Cagg_1696(PF00534) (PF12038)
326427.Cagg_2376(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_0334(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_0428(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2638(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_1652(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_1534(PF13579) (PF13692)
326427.Cagg_1537(PF13579) (PF13692)
326427.Cagg_3250(PF13492) (PF13185)
326427.Cagg_0012(PF13492) (PF13185)
326427.Cagg_2931(PF13492) (PF13185)
326427.Cagg_0139(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_1286(PF11965) (PF02514)
326427.Cagg_1281(PF13185)(ER)
326427.Cagg_2550(PF10013)(mitochondrial); not used
326427.Cagg_2081(PF13439) (PF13692)
326427.Cagg_0800(PF13439) (PF13692)
326427.Cagg_1579(PF00534) (PF13579)
326427.Cagg_1401(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_0239(PF11965) (PF02514)
326427.Cagg_1960(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2865(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2514(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2997(PF01000) (PF01193)
326427.Cagg_3800(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_1171(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_0575(PF11965) (PF02514)
326427.Cagg_2212(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_3033(PF12323)(plastid)
326427.Cagg_1506(PF00847)(mitochondrial)
326427.Cagg_2019(PF13185)(mitochondrial)
326427.Cagg_1785(PF13579) (PF13692)
326427.Cagg_0155(PF12323)(mitochondrial)
326427.Cagg_0799(PF13439) (PF00534)
326427.Cagg_2238(PF01555)
326427.Cagg_2306(PF01078)
326427.Cagg_2013(PF13492)
326427.Cagg_2017(PF08239)
326427.Cagg_1144(PF04893)
326427.Cagg_1921(PF01740)
326427.Cagg_2225(PF01740)
326427.Cagg_2825(PF13231)
326427.Cagg_2820(PF13185)
326427.Cagg_2319(PF01078)
326427.Cagg_2484(PF01740)
326427.Cagg_2555(PF01740)
326427.Cagg_3573(PF08239)
326427.Cagg_1138(PF06745)
326427.Cagg_1597(PF13185)
326427.Cagg_1463(PF08239)
326427.Cagg_1663(PF09445)
326427.Cagg_0980(PF13185)
326427.Cagg_1122(PF01555)
326427.Cagg_1692(PF00454)
326427.Cagg_1908(PF13185)
326427.Cagg_1278(PF02514)
326427.Cagg_0615(PF02374)
326427.Cagg_0618(PF06745)
326427.Cagg_1678(PF13185)
326427.Cagg_1119(PF01555)
326427.Cagg_0518(PF03209)
326427.Cagg_2450(PF01555)
326427.Cagg_2454(PF00534)
326427.Cagg_1645(PF01740)
326427.Cagg_2748(PF13185)
326427.Cagg_2291(PF13492)
326427.Cagg_3340(PF01555)
326427.Cagg_3343(PF01555)
326427.Cagg_1079(PF02190)
326427.Cagg_1253(PF13185)
326427.Cagg_2807(PF03209)
326427.Cagg_1827(PF01740)
326427.Cagg_2117(PF01740)
326427.Cagg_0713(PF13540)
326427.Cagg_2659(PF01740)
326427.Cagg_0271(PF12773)
326427.Cagg_0388(PF13185)
326427.Cagg_1381(PF08239)
326427.Cagg_0159(PF08239)
326427.Cagg_0864(PF08239)
326427.Cagg_0268(PF01740)
326427.Cagg_3842(PF04893)
326427.Cagg_0485(PF13185)
326427.Cagg_2483(PF01740)
326427.Cagg_0736(PF01740)
326427.Cagg_2482(PF01740)
326427.Cagg_2418(PF01740)
326427.Cagg_2893(PF02190)
326427.Cagg_3474(PF13231)
326427.Cagg_3615(PF02190)
326427.Cagg_2675(PF13185)
326427.Cagg_2679(PF00025)
326427.Cagg_0106(PF00534)
326427.Cagg_2242(PF01555)
326427.Cagg_2240(PF01555)
326427.Cagg_2080(PF13692)
326427.Cagg_2667(PF01740)
326427.Cagg_2660(PF01740)
326427.Cagg_0604(PF13185)
326427.Cagg_0029(PF13185)
326427.Cagg_1192(PF01078)
326427.Cagg_1970(PF13439)
326427.Cagg_2333(PF01555)
326427.Cagg_0756(PF12773)
326427.Cagg_0838(PF13185)
326427.Cagg_0232(PF13185)
326427.Cagg_3123(PF01078)
326427.Cagg_3631(PF13185)
326427.Cagg_0903(PF01740)
326427.Cagg_0341(PF13185)
326427.Cagg_1361(PF06745)
326427.Cagg_3482(PF12773)
326427.Cagg_3337(PF01555)
326427.Cagg_2683(PF13492)
326427.Cagg_0595(PF08239)
326427.Cagg_0179(PF01740)
326427.Cagg_0577(PF01740)
326427.Cagg_2398(PF01740)
326427.Cagg_2216(PF13185)
326427.Cagg_3036(PF01740)
326427.Cagg_1169(PF02190)
326427.Cagg_1546(PF00534)
326427.Cagg_1238(PF00534)
326427.Cagg_2441(PF08239)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================