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Effective results for Borrelia afzelii PKo (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 276
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 136 eukaryotic-like domains, contained in 276 proteins (60 high, 216 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
390236.BafPKo_0391(PF04561) (PF10385) (PF04565) (PF00562) (PF04563) (PF04560)
390236.BAPKO_0404(PF04561) (PF10385) (PF04565) (PF00562) (PF04563) (PF04560)
390236.BafPKo_0390(PF04998) (PF04983) (PF04997) (PF05000) (PF00623)
390236.BAPKO_0403(PF04998) (PF04983) (PF04997) (PF05000) (PF00623)
390236.BAPKO_0509(PF03947) (PF00181)(mitochondrial)
390236.BafPKo_0708(PF01154) (PF08540)(ER)
390236.BafPKo_0395(PF00298) (PF03946)mitochondrial
390236.BAPKO_0727(PF01154) (PF08540)(ER)
390236.BafPKo_0498(PF03947) (PF00181)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0408(PF00298) (PF03946)mitochondrial
390236.BafPKo_0069(PF02681)(ER)
390236.BAPKO_0525PF00828mitochondrial
390236.BAPKO_0524(PF00327)mitochondrial
390236.BafPKo_0053(PF03840)ER
390236.BafPKo_0615(PF02873)(mitochondrial)
390236.BafPKo_0722(PF01782)mitochondrial; (mitochondrial)
390236.BAPKO_0536(PF14714)mitochondrial
390236.BAPKO_0532(PF00013)ER
390236.BAPKO_0531(PF01196)mitochondrial
390236.BAPKO_0539(PF01442)ER
390236.BafPKo_0592(PF08570)ER
390236.BAPKO_0506PF00297(mitochondrial)
390236.BAPKO_0505PF00338(mitochondrial)
390236.BAPKO_0191(PF00453)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0054(PF03840)ER
390236.BAPKO_0510(PF00203)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0511(PF00237)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0513PF00252(mitochondrial)
390236.BAPKO_0607(PF08570)ER
390236.BafPKo_0719(PF02881) (PF00448) (PF02978)
390236.BAPKO_0261(PF00133) (PF08264) (PF13603)
390236.BafPKo_0381PF02608ER
390236.BafPKo_0382PF02608ER
390236.BafPKo_0385PF02608ER
390236.BafPKo_0386PF02608ER
390236.BafPKo_0387PF02608ER
390236.BAPKO_0704(PF07650)mitochondrial
390236.BAPKO_0071(PF02681)(ER)
390236.BAPKO_0396PF02608ER
390236.BAPKO_0395PF02608ER
390236.BAPKO_0392PF02608ER
390236.BAPKO_0391PF02608ER
390236.BAPKO_0398PF02608ER
390236.BAPKO_0399PF02608ER
390236.BafPKo_0185(PF00453)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0630(PF02873)(mitochondrial)
390236.BafPKo_0404(PF09180) (PF00587) (PF03129)
390236.BAPKO_0347PF00380(mitochondrial)
390236.BAPKO_0738(PF02881) (PF00448) (PF02978)
390236.BAPKO_0739(PF00886)(mitochondrial); mitochondrial
390236.BafPKo_0495PF00297(mitochondrial)
390236.BafPKo_0502PF00252(mitochondrial)
390236.BafPKo_0500(PF00237)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0741(PF01782)mitochondrial; (mitochondrial)
390236.BAPKO_0742(PF01746)ER
390236.BafPKo_0320PF02608ER
390236.BafPKo_0513PF00828mitochondrial
390236.BafPKo_0519(PF01196)mitochondrial
390236.BafPKo_0338PF00380(mitochondrial)
390236.BafPKo_0684(PF07650)mitochondrial
390236.BafPKo_0520(PF00013)ER
390236.BafPKo_0524(PF14714)mitochondrial
390236.BafPKo_0527(PF01442)ER
390236.BafPKo_0308(PF01795)(ER)
390236.BafPKo_0723(PF01746)ER
390236.BAPKO_0419(PF09180) (PF00587) (PF03129)
390236.BAPKO_0317(PF01795)(ER)
390236.BafPKo_0253(PF00133) (PF08264) (PF13603)
390236.BAPKO_0400PF02608ER
390236.BafPKo_0494PF00338(mitochondrial)
390236.BafPKo_0499(PF00203)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0481(PF08459)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0095(PF16886)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0329PF02608ER
390236.BafPKo_0036(PF00204) (PF00986)
390236.BAPKO_0886(PF00133) (PF08264)
390236.BafPKo_0110(PF03948) (PF01281)
390236.BAPKO_0089(PF06421) (PF14492)
390236.BAPKO_0526(PF00344)(ER)
390236.BAPKO_0523PF03719 PF00333
390236.BafPKo_0126(PF02224)(plastid)
390236.BAPKO_0858(PF00013) (PF03726)
390236.BAPKO_0458(PF00204) (PF00986)
390236.BAPKO_0530(PF01000) (PF01193)
390236.BafPKo_0860(PF00133) (PF08264)
390236.BafPKo_0447(PF00204) (PF00986)
390236.BAPKO_0518PF00673 PF00281
390236.BAPKO_0512PF00189 (PF07650)
390236.BAPKO_0077(PF02881) (PF00448)
390236.BAPKO_0380(PF00587) (PF03129)
390236.BafPKo_0762(PF00133) (PF08264)
390236.BafPKo_0370(PF00587) (PF03129)
390236.BAPKO_0242(PF01649)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0839(PF01195)plastid
390236.BafPKo_0744(PF00587) (PF03129)
390236.BAPKO_0234(PF00587) (PF02403)
390236.BAPKO_0646(PF05697)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0130(PF02224)(plastid)
390236.BafPKo_0086(PF06421) (PF14492)
390236.BafPKo_0507PF00673 PF00281
390236.BafPKo_0501PF00189 (PF07650)
390236.BAPKO_0036(PF00204) (PF00986)
390236.BafPKo_0514(PF00344)(ER)
390236.BafPKo_0511PF03719 PF00333
390236.BafPKo_0512(PF00327)(ER)
390236.BafPKo_0518(PF01000) (PF01193)
390236.BAPKO_0113(PF03948) (PF01281)
390236.BafPKo_0529(PF03484) PF01409
390236.BafPKo_0235(PF01649)(mitochondrial)
390236.BAPKO_0764(PF00587) (PF03129)
390236.BAPKO_0781(PF00133) (PF08264)
390236.BafPKo_0833(PF00013) (PF03726)
390236.BafPKo_0228(PF00587) (PF02403)
390236.BAPKO_0541(PF03484) PF01409
390236.BafPKo_0075(PF02881) (PF00448)
390236.BafPKo_0815(PF01195)plastid
390236.BafPKo_0246(PF04519)
390236.BafPKo_0035(PF00521)
390236.BAPKO_0889(PF12344)
390236.BafPKo_0061(PF04452)
390236.BafPKo_0113(PF01250)
390236.BafPKo_0119(PF01765)
390236.BafPKo_0807(PF01018)
390236.BafPKo_0806(PF01016)
390236.BafPKo_0804(PF00829)
390236.BafPKo_0272(PF00448)
390236.BafPKo_0479(PF13177)
390236.BAPKO_0521PF00347
390236.BAPKO_0520PF00410
390236.BAPKO_0522PF00861
390236.BAPKO_0529PF00411
390236.BAPKO_0528PF00416
390236.BafPKo_0055(PF00162)
390236.BafPKo_0059(PF02130)
390236.BafPKo_0120(PF00889)
390236.BafPKo_0121(PF00318)
390236.BAPKO_0035(PF00521)
390236.BAPKO_0853(PF13184)
390236.BAPKO_0852(PF02576)
390236.BAPKO_0855(PF02033)
390236.BAPKO_0854(PF11987)
390236.BAPKO_0857PF00312
390236.BAPKO_0856(PF01509)
390236.BafPKo_0182(PF00814)
390236.BafPKo_0724(PF01245)
390236.BafPKo_0728(PF14622)
390236.BAPKO_0188(PF02367)
390236.BAPKO_0032(PF01668)
390236.BAPKO_0457(PF00521)
390236.BafPKo_0591(PF06418)
390236.BafPKo_0133(PF03129)
390236.BAPKO_0667(PF13331)
390236.BafPKo_0867(PF01693)
390236.BafPKo_0863(PF12344)
390236.BafPKo_0603(PF08264)
390236.BAPKO_0192(PF01632)
390236.BAPKO_0193(PF00707)
390236.BafPKo_0457(PF02938)
390236.BAPKO_0508PF00276
390236.BAPKO_0507(PF00573)
390236.BAPKO_0618(PF08264)
390236.BAPKO_0874(PF01715)
390236.BAPKO_0198(PF03462)
390236.BafPKo_0630(PF05697)
390236.BafPKo_0635(PF00163)
390236.BAPKO_0056(PF00162)
390236.BafPKo_0446(PF00521)
390236.BAPKO_0514(PF00831)
390236.BAPKO_0515PF00366
390236.BAPKO_0516PF00238
390236.BAPKO_0517(PF17136)
390236.BAPKO_0606(PF06418)
390236.BAPKO_0865(PF04127)
390236.BafPKo_0849(PF01715)
390236.BafPKo_0840(PF04127)
390236.BAPKO_0280(PF00448)
390236.BafPKo_0710(PF00368)
390236.BafPKo_0717(PF14492)
390236.BAPKO_0468(PF02938)
390236.BafPKo_0388PF00177
390236.BafPKo_0389(PF00164)
390236.BafPKo_0383PF02608
390236.BafPKo_0090(PF01813)
390236.BafPKo_0092(PF16886)
390236.BafPKo_0365(PF02127)
390236.BAPKO_0817(PF00814)
390236.BAPKO_0813(PF13177)
390236.BAPKO_0075(PF03462)
390236.BAPKO_0490(PF13177)
390236.BAPKO_0254(PF04519)
390236.BafPKo_0394PF00687
390236.BafPKo_0393(PF00466)
390236.BafPKo_0392(PF16320)
390236.BafPKo_0553(PF04519)
390236.BafPKo_0555(PF14492)
390236.BAPKO_0669(PF02127)
390236.BafPKo_0790(PF13177)
390236.BafPKo_0470(PF08459)
390236.BAPKO_0060(PF02130)
390236.BAPKO_0062(PF04452)
390236.BAPKO_0393PF02608not used
390236.BAPKO_0240(PF04519)
390236.BAPKO_0244(PF06071)
390236.BafPKo_0562(PF01121)
390236.BAPKO_0652(PF00163)
390236.BafPKo_0349(PF01875)
390236.BAPKO_0729(PF00368)
390236.BafPKo_0183(PF02367)
390236.BafPKo_0186(PF01632)
390236.BafPKo_0187(PF00707)
390236.BAPKO_0830(PF01018)
390236.BAPKO_0834(PF02410)
390236.BAPKO_0123(PF00889)
390236.BAPKO_0122(PF01765)
390236.BAPKO_0124(PF00318)
390236.BAPKO_0236(PF08367)
390236.BAPKO_0348PF00572
390236.BAPKO_0736(PF14492)
390236.BafPKo_0357(PF04452)
390236.BafPKo_0192(PF03462)
390236.BAPKO_0827(PF00829)
390236.BAPKO_0829(PF01016)
390236.BAPKO_0401PF00177
390236.BAPKO_0406(PF00466)
390236.BAPKO_0405(PF16320)
390236.BAPKO_0002(PF01704)
390236.BAPKO_0137(PF03129)
390236.BafPKo_0506(PF17136)
390236.BafPKo_0504PF00366
390236.BafPKo_0505PF00238
390236.BafPKo_0503(PF00831)
390236.BafPKo_0508PF00410
390236.BafPKo_0509PF00347
390236.BAPKO_0358(PF01875)
390236.BAPKO_0743(PF01245)
390236.BAPKO_0748(PF14622)
390236.BafPKo_0033(PF01668)
390236.BafPKo_0174(PF02527)
390236.BafPKo_0517PF00411
390236.BafPKo_0516PF00416
390236.BafPKo_0510PF00861
390236.BAPKO_0366(PF04452)
390236.BafPKo_0339PF00572
390236.BafPKo_0022(PF05491)
390236.BAPKO_0021(PF05491)
390236.BAPKO_0116(PF01250)
390236.BafPKo_0528PF01409
390236.BAPKO_0374(PF02127)
390236.BafPKo_0237(PF06071)
390236.BafPKo_0230(PF08367)
390236.BafPKo_0233(PF04519)
390236.BAPKO_0568(PF14492)
390236.BAPKO_0566(PF04519)
390236.BafPKo_0832PF00312
390236.BafPKo_0830(PF02033)
390236.BafPKo_0831(PF01509)
390236.BAPKO_0187(PF00814)
390236.BafPKo_0720(PF00886)
390236.BafPKo_0650(PF02127)
390236.BAPKO_0576(PF01121)
390236.BafPKo_0003(PF01704)
390236.BafPKo_0829(PF11987)
390236.BafPKo_0828(PF13184)
390236.BafPKo_0827(PF02576)
390236.BafPKo_0794(PF00814)
390236.BAPKO_0179(PF02527)
390236.BafPKo_0649(PF13331)
390236.BAPKO_0402(PF00164)
390236.BAPKO_0407PF00687
390236.BafPKo_0496(PF00573)
390236.BafPKo_0497PF00276
390236.BAPKO_0540PF01409
390236.BAPKO_0894(PF01693)
390236.BafPKo_0073(PF03462)
390236.BafPKo_0810(PF02410)
390236.BAPKO_0093(PF01813)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

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EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
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