Metamenu

Effective results for Cellvibrio japonicus Ueda107 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 125
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 25 eukaryotic-like domains, contained in 125 proteins (25 high, 100 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
498211.CJA_0494(PF05593) (PF03534) PF03422ER
498211.CJA_0559(PF05593) (PF03534) PF03422ER
498211.CJA_3337(PF00150) (PF00553)ER
498211.CJA_3706(PF00722) PF03422(ER); (mitochondrial)
498211.CJA_0533PF03422 (PF00544)ER
498211.CJA_3281(PF00553) PF03422(mitochondrial)
498211.CJA_3286(PF00553) PF03422mitochondrial
498211.CJA_2623(PF05593) (PF03534)ER
498211.CJA_3104(PF00553) PF03422ER
498211.CJA_2983(PF00150) (PF00553)(mitochondrial)
498211.CJA_0127(PF05593) (PF03534)(mitochondrial)
498211.CJA_2763(PF00722) PF03422ER
498211.CJA_2760(PF00150) PF03422ER
498211.CJA_3305(PF00150) PF03422mitochondrial
498211.CJA_0374(PF00553) PF02015ER
498211.CJA_0364(PF06426)(ER)
498211.CJA_0214PF03422ER
498211.CJA_0212PF03211ER
498211.CJA_2472(PF00553)(ER); ER
498211.CJA_2473(PF00553)ER
498211.CJA_2471(PF00553)ER
498211.CJA_2477(PF00553)(mitochondrial); mitochondrial
498211.CJA_2475(PF00150) (PF00553)(plastid)
498211.CJA_0354(PF04820)ER
498211.CJA_0225(PF00722)(mitochondrial)
498211.CJA_0017(PF05593)ER
498211.CJA_3704(PF00722)ER
498211.CJA_3279(PF00553)ER
498211.CJA_3010(PF00150)(mitochondrial); (plastid)
498211.CJA_3470(PF00150)ER
498211.CJA_3126PF07821ER
498211.CJA_3120(PF00544)(mitochondrial)
498211.CJA_1427(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_0266(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_3734(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_1256(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_0619(PF00150)ER
498211.CJA_3107(PF00553)(ER)
498211.CJA_3106(PF00553)mitochondrial
498211.CJA_2616(PF00553)ER
498211.CJA_2615(PF00553)mitochondrial
498211.CJA_0042(PF00544)ER
498211.CJA_0045(PF00544)ER
498211.CJA_0044(PF00544)ER
498211.CJA_0224(PF00722)ER
498211.CJA_2759(PF00722) PF03422(ER)
498211.CJA_1277(PF00544)(ER)
498211.CJA_0053(PF00544)ER
498211.CJA_0830(PF05593)ER
498211.CJA_2984(PF00722)ER
498211.CJA_2985(PF00722)ER
498211.CJA_3166(PF16187)(mitochondrial)
498211.CJA_3763(PF00457)(mitochondrial)
498211.CJA_3762(PF00457)ER; (ER)
498211.CJA_2413PF03211ER
498211.CJA_1462(PF00150) (PF00553)(mitochondrial)
498211.CJA_0020PF03422ER
498211.CJA_0335(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_2959(PF00150)ER
498211.CJA_0497(PF07745)ER
498211.CJA_0491(PF07745)ER
498211.CJA_3369(PF00150)ER
498211.CJA_3785(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_2096(PF05593)(ER)
498211.CJA_1334(PF16187)mitochondrial
498211.CJA_3792(PF13276)mitochondrial
498211.CJA_0996PF03422(ER)
498211.CJA_3310PF15636mitochondrial
498211.CJA_2914PF03211ER
498211.CJA_2469(PF00553)ER
498211.CJA_3338(PF00150)(plastid)
498211.CJA_1393(PF03412)(ER)
498211.CJA_3282(PF00553) PF03422
498211.CJA_3280(PF00553) PF03422
498211.CJA_3287(PF00553) PF03422
498211.CJA_1421(PF13276)(plastid)
498211.CJA_3467(PF04820)(ER)
498211.CJA_0276(PF13582) PF03422
498211.CJA_1070(PF04820)(ER)
498211.CJA_0492(PF07745)(ER)
498211.CJA_0007(PF00553)ER
498211.CJA_0217(PF13621)
498211.CJA_0218(PF04820)
498211.CJA_0355(PF13621)
498211.CJA_0356(PF04820)
498211.CJA_0734(PF04820)
498211.CJA_3604(PF03412)
498211.CJA_2485(PF04820)
498211.CJA_1634(PF00165)
498211.CJA_2713(PF04820)
498211.CJA_2622(PF03050)
498211.CJA_0522(PF06426)
498211.CJA_0262(PF03412)
498211.CJA_1254(PF03050)
498211.CJA_0274(PF03412)
498211.CJA_0226(PF04820)
498211.CJA_0822(PF13276)
498211.CJA_2999(PF04820)
498211.CJA_0132(PF03050)
498211.CJA_2197(PF13875)
498211.CJA_3754(PF00755)
498211.CJA_1260(PF03050)
498211.CJA_1860(PF13621)
498211.CJA_1191PF03422
498211.CJA_1516(PF03412)
498211.CJA_1049(PF04820)
498211.CJA_0336(PF03050)
498211.CJA_0808(PF03412)
498211.CJA_2881(PF04820)
498211.CJA_2951(PF03050)
498211.CJA_0555(PF13276)
498211.CJA_3783(PF03050)
498211.CJA_2097(PF03050)
498211.CJA_2098(PF03050)
498211.CJA_2237(PF06426)
498211.CJA_1159(PF04820)
498211.CJA_3559(PF00553)
498211.CJA_3150(PF04820)
498211.CJA_0343(PF05593)
498211.CJA_3635(PF13910)
498211.CJA_3630(PF04820)
498211.CJA_2856(PF03050)
498211.CJA_1313(PF03050)
498211.CJA_3629(PF13621)
498211.CJA_2862(PF03050)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================