Effective results for Clostridium ljungdahlii DSM 13528 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 187
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 47 eukaryotic-like domains, contained in 187 proteins (31 high, 156 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
748727.CLJU_c17280(PF00037) (PF02906) (PF02256)
748727.CLJU_c22330(PF14478)ER
748727.CLJU_c39330(PF13205)ER
748727.CLJU_c08990(PF13205)ER
748727.CLJU_c24460(PF00079)ER
748727.CLJU_c14700(PF02906) (PF00037) (PF02256)
748727.CLJU_c29580(PF13187)ER
748727.CLJU_c25590PF06662ER
748727.CLJU_c15000(PF00465)mitochondrial; (mitochondrial)
748727.CLJU_c27980(PF13205)ER
748727.CLJU_c22340(PF14478)ER
748727.CLJU_c22290(PF14478)ER
748727.CLJU_c27090(PF00488)mitochondrial; (mitochondrial)
748727.CLJU_c15690(PF00079)ER
748727.CLJU_c28010(PF00185) (PF02729)(mitochondrial)
748727.CLJU_c29630(PF13237)ER
748727.CLJU_c01880(PF13205)ER
748727.CLJU_c11410(PF13187)ER
748727.CLJU_c22390(PF14478)ER
748727.CLJU_c04880(PF08367)ER
748727.CLJU_c38430PF14566ER
748727.CLJU_c07070(PF00037) (PF02906) (PF02256)
748727.CLJU_c22180(PF00488)ER
748727.CLJU_c01670(PF13205)ER
748727.CLJU_c12560(PF01327)(mitochondrial); mitochondrial
748727.CLJU_c21960(PF01327)(mitochondrial)
748727.CLJU_c05900(PF03442)ER
748727.CLJU_c08660PF06662mitochondrial; (mitochondrial)
748727.CLJU_c23000(PF09370)(mitochondrial)
748727.CLJU_c40610(PF05034) (PF07476)
748727.CLJU_c25230(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c42560(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c20400(PF07991) (PF01450)
748727.CLJU_c06650(PF02607) (PF00809)
748727.CLJU_c37920(PF00037)(mitochondrial)
748727.CLJU_c20290(PF00037) (PF02906)
748727.CLJU_c20710PF01208(mitochondrial)
748727.CLJU_c37220(PF00037) (PF02906)
748727.CLJU_c13640(PF01327)(mitochondrial)
748727.CLJU_c23840(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c20390(PF07991) (PF01450)
748727.CLJU_c15310(PF07991) (PF01450)
748727.CLJU_c21500(PF02971) (PF07837)
748727.CLJU_c09280(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c11880(PF00465)(mitochondrial)
748727.CLJU_c22510(PF00037) (PF13187)
748727.CLJU_c15290(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c35730(PF00185) (PF02729)
748727.CLJU_c20580PF01208
748727.CLJU_c37670(PF03063)
748727.CLJU_c17840(PF01327)
748727.CLJU_c14710(PF00037)
748727.CLJU_c08690(PF14691)
748727.CLJU_c21440(PF04961)
748727.CLJU_c22020(PF00882)
748727.CLJU_c17540PF03483
748727.CLJU_c16520(PF00465)
748727.CLJU_c18470(PF00465)
748727.CLJU_c08680(PF00037)
748727.CLJU_c01630PF03483
748727.CLJU_c26810PF06662
748727.CLJU_c34380(PF00488)
748727.CLJU_c21820(PF00488)
748727.CLJU_c34410PF03483
748727.CLJU_c35930(PF00465)
748727.CLJU_c05870(PF08950)
748727.CLJU_c20620(PF00809)
748727.CLJU_c39750(PF06249)
748727.CLJU_c19070(PF12513)
748727.CLJU_c17140(PF03266)
748727.CLJU_c37730(PF00037)
748727.CLJU_c37640(PF04961)
748727.CLJU_c06340(PF00809)
748727.CLJU_c34460(PF00707)
748727.CLJU_c16510(PF00465)
748727.CLJU_c20370(PF02906)
748727.CLJU_c17380(PF14691)
748727.CLJU_c39340(PF02915)
748727.CLJU_c37740(PF00037)
748727.CLJU_c37460(PF07892)
748727.CLJU_c17910(PF03063)
748727.CLJU_c21110PF01208
748727.CLJU_c35880(PF14691)
748727.CLJU_c21060PF01208
748727.CLJU_c26180(PF13237)
748727.CLJU_c39670(PF00465)
748727.CLJU_c23510(PF00148)
748727.CLJU_c21240(PF00488)
748727.CLJU_c30580(PF01946)
748727.CLJU_c37240(PF14691)
748727.CLJU_c19120PF01208
748727.CLJU_c38930(PF00465)
748727.CLJU_c17980(PF13187)
748727.CLJU_c38800(PF04961)
748727.CLJU_c24190(PF14691)
748727.CLJU_c00160(PF07892)
748727.CLJU_c24990PF01208
748727.CLJU_c24970PF01208
748727.CLJU_c20670(PF02607)
748727.CLJU_c21070PF01208
748727.CLJU_c25950(PF02915)
748727.CLJU_c20700(PF02607)
748727.CLJU_c04930(PF00148)
748727.CLJU_c07570PF01208
748727.CLJU_c22750PF01208
748727.CLJU_c37560(PF00809)
748727.CLJU_c02050(PF01633)
748727.CLJU_c20680PF01208
748727.CLJU_c30740(PF00465)
748727.CLJU_c11360(PF13237)
748727.CLJU_c30250(PF13187)
748727.CLJU_c04940(PF00148)
748727.CLJU_c07560(PF02607)
748727.CLJU_c01240(PF03662)
748727.CLJU_c19100PF01208
748727.CLJU_c32090PF14566
748727.CLJU_c15050(PF00488)
748727.CLJU_c07500(PF00809)
748727.CLJU_c23520(PF00148)
748727.CLJU_c30310(PF03442)
748727.CLJU_c26430(PF13237)
748727.CLJU_c30260(PF14691)
748727.CLJU_c04950(PF00148)
748727.CLJU_c07550(PF00809)
748727.CLJU_c19110(PF02607)
748727.CLJU_c37360(PF08367)
748727.CLJU_c07730(PF03063)
748727.CLJU_c07040(PF00037)
748727.CLJU_c31010PF03483
748727.CLJU_c27560PF01208
748727.CLJU_c28910(PF02915)
748727.CLJU_c00930(PF00037)
748727.CLJU_c30300PF01208
748727.CLJU_c04960(PF00148)
748727.CLJU_c11940(PF06249)
748727.CLJU_c23460(PF00465)
748727.CLJU_c21600(PF09861)
748727.CLJU_c23110(PF00148)
748727.CLJU_c27770(PF02504)
748727.CLJU_c04620(PF09861)
748727.CLJU_c40210(PF01946)
748727.CLJU_c16270(PF01327)
748727.CLJU_c20030(PF13237)
748727.CLJU_c26960(PF13187)
748727.CLJU_c20740(PF02607)
748727.CLJU_c24880(PF00465)
748727.CLJU_c23100(PF00148)
748727.CLJU_c27290(PF02504)
748727.CLJU_c23040(PF00148)
748727.CLJU_c38500PF03483
748727.CLJU_c03830(PF00465)
748727.CLJU_c24120(PF14691)
748727.CLJU_c15790(PF00882)
748727.CLJU_c40330(PF00037)
748727.CLJU_c29400(PF13187)
748727.CLJU_c26570(PF00465)
748727.CLJU_c07520PF01208
748727.CLJU_c17010(PF02915)
748727.CLJU_c39660(PF01633)
748727.CLJU_c17270(PF00037)
748727.CLJU_c02000(PF01633)
748727.CLJU_c23830(PF14691)
748727.CLJU_c24040(PF14691)
748727.CLJU_c20560(PF02607)
748727.CLJU_c21180PF01208
748727.CLJU_c20690(PF00809)
748727.CLJU_c20760(PF00707)
748727.CLJU_c07510(PF02607)
748727.CLJU_c09110(PF03063)
748727.CLJU_c12810(PF02504)
748727.CLJU_c02030(PF01633)
748727.CLJU_c23020(PF09370)
748727.CLJU_c07080(PF13237)
748727.CLJU_c40220(PF13187)
748727.CLJU_c20570PF01208
748727.CLJU_c21080(PF02607)
748727.CLJU_c19090PF01208
748727.CLJU_c22040(PF02915)
748727.CLJU_c14440(PF12646)
748727.CLJU_c37040PF03483
748727.CLJU_c23030(PF00148)
748727.CLJU_c39460(PF02915)
748727.CLJU_c15560(PF09861)
748727.CLJU_c27260(PF03063)
748727.CLJU_c39950(PF00465)
748727.CLJU_c34730PF01208
748727.CLJU_c04530PF00688

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================