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Effective results for Dickeya dadantii 3937 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 662
- Predicted by EffectiveT3: 226 (high confidence), 319 (low confidence)
- Predicted by EffectiveCCBD: 26 within, 21 before, 35 behind expected region 25..70aa
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 19 eukaryotic-like domains, contained in 59 proteins (6 high, 53 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type III

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
198628.Dda3937_00525+mitochondrial
198628.Dda3937_01465(PF14686) (PF14683)ER
198628.Dda3937_04192(PF00544)ER
198628.Dda3937_04193(PF00544)ER
198628.Dda3937_03360(>)ER
198628.Dda3937_03263+(mitochondrial)
198628.Dda3937_03149+ER
198628.Dda3937_03372+(PF00544)(ER)
198628.Dda3937_01549(>)ER
198628.Dda3937_00520(PF02931)ER
198628.Dda3937_02389(>)ER; (ER)
198628.Dda3937_04643+mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_04083(<)ER
198628.Dda3937_01576+(mitochondrial); plastid
198628.Dda3937_03713+(mitochondrial)
198628.Dda3937_03714+ER
198628.Dda3937_03005+mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_04607(<)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03035+(mitochondrial)
198628.Dda3937_00404(>)ER
198628.Dda3937_01370(>)ER
198628.Dda3937_03059(+)(<)(mitochondrial)
198628.Dda3937_01202(>)(mitochondrial)
198628.Dda3937_04456(PF02371)ER
198628.Dda3937_03551+(PF00544)plastid
198628.Dda3937_00962+(ER)
198628.Dda3937_02804(>)ER
198628.Dda3937_03557+(mitochondrial)
198628.Dda3937_02654(PF08975)ER
198628.Dda3937_03271(>)mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_04049+(mitochondrial); plastid
198628.Dda3937_04108(PF00544)(ER)
198628.Dda3937_03688(>)ER
198628.Dda3937_00464+(mitochondrial)
198628.Dda3937_02798PF06268(ER); ER
198628.Dda3937_00496(PF00595)ER
198628.Dda3937_04488(PF00595)ER
198628.Dda3937_04483+(mitochondrial); plastid
198628.Dda3937_02413+mitochondrial
198628.Dda3937_03783(PF00595)ER
198628.Dda3937_00262(PF00295)ER
198628.Dda3937_00263(PF00295)ER; (ER)
198628.Dda3937_03191+ER
198628.Dda3937_02208+mitochondrial
198628.Dda3937_01019(>)ER
198628.Dda3937_00058(PF03211)ER
198628.Dda3937_04155(PF00295)(ER)
198628.Dda3937_00697(PF00595)ER
198628.Dda3937_00696(PF00595)ER
198628.Dda3937_01645+(mitochondrial)
198628.Dda3937_00206(PF00295)mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_02003+(>)
198628.Dda3937_02779(>)ER
198628.Dda3937_01450(>)mitochondrial
198628.Dda3937_00183+(plastid)
198628.Dda3937_00181+(plastid)
198628.Dda3937_01920+(plastid)
198628.Dda3937_00721+(ER)
198628.Dda3937_02982+(mitochondrial)
198628.Dda3937_01284(>)(mitochondrial)
198628.Dda3937_01579(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_04430+plastid
198628.Dda3937_03171+(PF12588)
198628.Dda3937_00346+(mitochondrial)
198628.Dda3937_00897(+)ER
198628.Dda3937_00523(+)(ER); (plastid)
198628.Dda3937_00097(+)(>)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03548(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02388(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_00088(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_04414+(plastid)
198628.Dda3937_00608+(plastid)
198628.Dda3937_01143+(ER)
198628.Dda3937_00544+(>)
198628.Dda3937_00168+(mitochondrial)
198628.Dda3937_04397(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_00751(+)mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_02613+plastid
198628.Dda3937_01719(+)mitochondrial; (mitochondrial)
198628.Dda3937_00115(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_00283+(plastid)
198628.Dda3937_00024+plastid
198628.Dda3937_03824(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_04384(+)mitochondrial
198628.Dda3937_02856+(mitochondrial)
198628.Dda3937_02278(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03943(+)mitochondrial
198628.Dda3937_01778+(plastid)
198628.Dda3937_03734+(mitochondrial)
198628.Dda3937_02648(>)(mitochondrial)
198628.Dda3937_01344+PF01338
198628.Dda3937_03371+(PF00544)
198628.Dda3937_03370(PF00544)(ER)
198628.Dda3937_00124(+)ER
198628.Dda3937_01689(+)ER
198628.Dda3937_02593+(ER)
198628.Dda3937_00060(+)(ER); plastid
198628.Dda3937_01356+(mitochondrial)
198628.Dda3937_00339(>)(ER)
198628.Dda3937_04617PF00642(mitochondrial)
198628.Dda3937_01827+(plastid)
198628.Dda3937_03861+(PF00413)
198628.Dda3937_03860+(PF00413)
198628.Dda3937_00463(+)(<)(ER)
198628.Dda3937_02458(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02224+(plastid)
198628.Dda3937_04008(>)(plastid)
198628.Dda3937_01817(<)(ER)
198628.Dda3937_00472(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03784(+)ER
198628.Dda3937_03327+(mitochondrial)
198628.Dda3937_02230+(plastid)
198628.Dda3937_01241(+)(ER); (mitochondrial)
198628.Dda3937_00312(+)ER
198628.Dda3937_00261(PF00295)(ER)
198628.Dda3937_04014(+)ER
198628.Dda3937_02938(+)mitochondrial
198628.Dda3937_02757(>)(PF13910)
198628.Dda3937_02590(+)(ER)
198628.Dda3937_03069+plastid
198628.Dda3937_00451(<)(mitochondrial)
198628.Dda3937_04565(+)mitochondrial
198628.Dda3937_00194+(mitochondrial)
198628.Dda3937_01864(+)mitochondrial
198628.Dda3937_03427+plastid
198628.Dda3937_00049+plastid
198628.Dda3937_00500(PF02371)
198628.Dda3937_00182+
198628.Dda3937_04176+
198628.Dda3937_01926+
198628.Dda3937_01924+
198628.Dda3937_00432+
198628.Dda3937_02348+
198628.Dda3937_02906(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03361+
198628.Dda3937_00184+
198628.Dda3937_03163+
198628.Dda3937_02168+
198628.Dda3937_02016+
198628.Dda3937_02014+
198628.Dda3937_01665+
198628.Dda3937_01664+
198628.Dda3937_01660+
198628.Dda3937_01440+
198628.Dda3937_01595+
198628.Dda3937_01847+
198628.Dda3937_04167(PF02371)
198628.Dda3937_02378+
198628.Dda3937_02581(+)(ER)
198628.Dda3937_03174+
198628.Dda3937_02629+
198628.Dda3937_02342(<)
198628.Dda3937_02391+
198628.Dda3937_02399(+)plastid
198628.Dda3937_00578+
198628.Dda3937_02862+
198628.Dda3937_01054(+)(plastid)
198628.Dda3937_00896+
198628.Dda3937_03761(<)
198628.Dda3937_02567+
198628.Dda3937_02564+
198628.Dda3937_03810+
198628.Dda3937_02360+
198628.Dda3937_02962+
198628.Dda3937_02960(PF02371)
198628.Dda3937_03386+
198628.Dda3937_02036+
198628.Dda3937_03292+
198628.Dda3937_01555+
198628.Dda3937_01134+
198628.Dda3937_01131+
198628.Dda3937_02229(+)+
198628.Dda3937_00391+
198628.Dda3937_02439(>)
198628.Dda3937_01917+
198628.Dda3937_03814+
198628.Dda3937_03775+
198628.Dda3937_04417+
198628.Dda3937_04526+
198628.Dda3937_01951(>)
198628.Dda3937_02556+
198628.Dda3937_02825+
198628.Dda3937_00774(PF02371)
198628.Dda3937_03390(<)
198628.Dda3937_02733+
198628.Dda3937_03321+
198628.Dda3937_00606(+)+
198628.Dda3937_00601+
198628.Dda3937_02602+
198628.Dda3937_02601+
198628.Dda3937_04135+
198628.Dda3937_03503+
198628.Dda3937_01708(+)(<)
198628.Dda3937_01706(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_01704+
198628.Dda3937_01099(<)
198628.Dda3937_01563+
198628.Dda3937_00542+
198628.Dda3937_04645+
198628.Dda3937_00620+
198628.Dda3937_03604(PF02371)
198628.Dda3937_01961+
198628.Dda3937_00161(>)
198628.Dda3937_00160(+)(>)
198628.Dda3937_04088+
198628.Dda3937_03014+
198628.Dda3937_02542+
198628.Dda3937_00750+
198628.Dda3937_03839+
198628.Dda3937_03494+
198628.Dda3937_02943(PF03211)
198628.Dda3937_02945+
198628.Dda3937_02946+
198628.Dda3937_03589+
198628.Dda3937_02196+
198628.Dda3937_02726(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02832+
198628.Dda3937_00611+
198628.Dda3937_02618(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_00792+
198628.Dda3937_03232+
198628.Dda3937_03238+
198628.Dda3937_03666(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02054+
198628.Dda3937_00189+
198628.Dda3937_01087(>)
198628.Dda3937_00082+
198628.Dda3937_00375+
198628.Dda3937_00579+
198628.Dda3937_01974+
198628.Dda3937_00113+
198628.Dda3937_03712(+)(PF16485)
198628.Dda3937_04472(+)(ER)
198628.Dda3937_04094+
198628.Dda3937_04097(+)(>)
198628.Dda3937_03006(+)(plastid)
198628.Dda3937_00029+
198628.Dda3937_02531+
198628.Dda3937_02993(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02844+
198628.Dda3937_00622+
198628.Dda3937_02665+
198628.Dda3937_02194+
198628.Dda3937_02667+
198628.Dda3937_00885+
198628.Dda3937_03788+
198628.Dda3937_03080+
198628.Dda3937_01362+
198628.Dda3937_01166+
198628.Dda3937_01162+
198628.Dda3937_00966(+)+
198628.Dda3937_00961+
198628.Dda3937_01211(PF02371)
198628.Dda3937_01984+
198628.Dda3937_03037(PF02371)
198628.Dda3937_02526+
198628.Dda3937_02524(PF02371)
198628.Dda3937_03584+
198628.Dda3937_04446(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02298+
198628.Dda3937_02291(PF12902)
198628.Dda3937_02297(+)plastid
198628.Dda3937_00632+
198628.Dda3937_02673+
198628.Dda3937_02181+
198628.Dda3937_02180+
198628.Dda3937_02183(PF02371)
198628.Dda3937_03213+
198628.Dda3937_03211+
198628.Dda3937_03218+
198628.Dda3937_02829(>)
198628.Dda3937_04022(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_01779+
198628.Dda3937_04038+
198628.Dda3937_01171+
198628.Dda3937_03196+
198628.Dda3937_03732+
198628.Dda3937_03939+
198628.Dda3937_00482+
198628.Dda3937_04054(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_03596+not used
198628.Dda3937_03593+
198628.Dda3937_00642+
198628.Dda3937_02642(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_02809+
198628.Dda3937_03282(>)
198628.Dda3937_01182+
198628.Dda3937_02243+
198628.Dda3937_01342(+)PF01338
198628.Dda3937_01343PF01338
198628.Dda3937_01345PF01338
198628.Dda3937_00903(+)(mitochondrial)
198628.Dda3937_00906(<)
198628.Dda3937_00340+
198628.Dda3937_01524+
198628.Dda3937_04117(>)
198628.Dda3937_04604+
198628.Dda3937_03903+
198628.Dda3937_03697(PF02371)
198628.Dda3937_01836(+)(plastid)
198628.Dda3937_01830+
198628.Dda3937_04334(PF12902)
198628.Dda3937_02463+
198628.Dda3937_00659+
198628.Dda3937_02653+
198628.Dda3937_03278+
198628.Dda3937_02519+
198628.Dda3937_01684+
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198628.Dda3937_03350(+)
198628.Dda3937_00552(+)
198628.Dda3937_02009(+)
198628.Dda3937_01106(+)
198628.Dda3937_03619(+)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: YES (FDR = 12.5 %)
    Estimated copy number = 1.3 (13/10 KEGG proteins)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================