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Effective results for Roseiflexus castenholzii DSM 13941 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 375
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 50 eukaryotic-like domains, contained in 375 proteins (99 high, 276 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
383372.Rcas_3522(PF00534) (PF13439)(mitochondrial)
383372.Rcas_2693(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
383372.Rcas_0458(PF13439) (PF00534)(mitochondrial); mitochondrial
383372.Rcas_2950(PF10162) (PF13229)ER
383372.Rcas_1627PF13579 (PF13692)(ER); (plastid)
383372.Rcas_2841(PF13229) PF02415ER
383372.Rcas_2483(PF13439) (PF00534)(ER)
383372.Rcas_1346(PF00534) PF13579(mitochondrial)
383372.Rcas_2473PF13579 (PF13692)mitochondrial
383372.Rcas_1350(PF00534) PF13579(ER)
383372.Rcas_0028(PF13439) (PF00534)ER
383372.Rcas_0801(PF00534) PF13579mitochondrial
383372.Rcas_3821(PF00092) (PF13768)ER
383372.Rcas_0495(PF00534) PF13579ER
383372.Rcas_3892(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
383372.Rcas_0474(PF08239)(ER)
383372.Rcas_0676(PF01740)ER; (ER)
383372.Rcas_2745(PF00534) (PF13692)(plastid)
383372.Rcas_2126(PF13768)ER
383372.Rcas_2341(PF00534) (PF13439)(mitochondrial)
383372.Rcas_1485(PF01740)mitochondrial
383372.Rcas_1240(PF13229)ER; (ER)
383372.Rcas_1065(PF05685)(mitochondrial)
383372.Rcas_0195(PF11028)mitochondrial
383372.Rcas_2575(PF00092)ER
383372.Rcas_2577(PF00092)ER
383372.Rcas_2371(PF01740)mitochondrial
383372.Rcas_0456(PF00534) (PF13439)(mitochondrial)
383372.Rcas_2586(PF02080)ER
383372.Rcas_3630(PF08239)ER
383372.Rcas_2360(PF13492)mitochondrial
383372.Rcas_0080PF13231(ER); (mitochondrial)
383372.Rcas_0553(PF05685)(ER)
383372.Rcas_2000(PF01740)ER
383372.Rcas_2958(PF13439) (PF00534)(ER)
383372.Rcas_4086(PF01078)(ER)
383372.Rcas_4088(PF02190)ER
383372.Rcas_0893(PF01740)mitochondrial; (mitochondrial)
383372.Rcas_1626PF13579 (PF13692)(ER)
383372.Rcas_1153(PF08239)ER
383372.Rcas_1150PF13231ER
383372.Rcas_1710(PF00092)(mitochondrial)
383372.Rcas_2714(PF01740)(ER)
383372.Rcas_2715(PF01740)mitochondrial; (mitochondrial)
383372.Rcas_3718(PF12773)ER
383372.Rcas_2622(PF08239)ER
383372.Rcas_3957(PF14684)ER
383372.Rcas_1943(PF11028)mitochondrial
383372.Rcas_3106(PF00534) (PF13439)(mitochondrial)
383372.Rcas_1543(PF03209)ER
383372.Rcas_1363(PF00092)ER
383372.Rcas_0958PF01555(mitochondrial)
383372.Rcas_4281PF13579 (PF13692)(plastid)
383372.Rcas_3033(PF02080)ER
383372.Rcas_3039(PF11790)ER
383372.Rcas_2034(PF03984)(mitochondrial); (plastid)
383372.Rcas_2857(PF14684)ER
383372.Rcas_3482(PF08695)ER
383372.Rcas_0590(PF01740)ER; (ER)
383372.Rcas_4297(PF02080)ER
383372.Rcas_3733(PF13229)ER
383372.Rcas_3732(PF13229)ER
383372.Rcas_3938(PF11790)(ER)
383372.Rcas_2289(PF00534) (PF12038)(plastid)
383372.Rcas_1965(PF02080)ER
383372.Rcas_0223(PF00498)ER
383372.Rcas_1347(PF13692)(mitochondrial); mitochondrial
383372.Rcas_1745(PF02190)(ER)
383372.Rcas_2727PF13231mitochondrial
383372.Rcas_3125(PF07721)mitochondrial
383372.Rcas_0882PF01909(ER)
383372.Rcas_2505PF13231(mitochondrial)
383372.Rcas_2502PF13231mitochondrial
383372.Rcas_1972(PF13768)ER
383372.Rcas_2874(PF13229)ER
383372.Rcas_2873(PF13229)ER
383372.Rcas_2988(PF13229)ER
383372.Rcas_1195(PF01740)(mitochondrial)
383372.Rcas_4131PF13231ER
383372.Rcas_0023(PF02080)ER
383372.Rcas_2660(PF02080)(mitochondrial)
383372.Rcas_0931(PF02080)(mitochondrial)
383372.Rcas_2401(PF13229)ER
383372.Rcas_1035(PF02080)ER
383372.Rcas_1037(PF01740)ER
383372.Rcas_4127PF01909(mitochondrial)
383372.Rcas_3107(PF13439) (PF00534)(mitochondrial)
383372.Rcas_2675(PF00092)ER
383372.Rcas_3210PF13231ER; (ER)
383372.Rcas_3857(PF01740)(mitochondrial)
383372.Rcas_3850(PF04734)(mitochondrial)
383372.Rcas_3647(PF13692)(mitochondrial)
383372.Rcas_2419(PF14885)mitochondrial
383372.Rcas_1685(PF13415)ER
383372.Rcas_1022(PF03209)ER
383372.Rcas_0868(PF01740)ER
383372.Rcas_0788PF13579mitochondrial
383372.Rcas_0276PF13231ER
383372.Rcas_2253(PF00498) (PF13492)(plastid)
383372.Rcas_1534(PF03209)ER
383372.Rcas_0462PF13579 (PF13692)(ER)
383372.Rcas_0208PF13231ER
383372.Rcas_3266(PF01702)(mitochondrial)
383372.Rcas_3086PF02415ER
383372.Rcas_3887PF13231ER
383372.Rcas_2689(PF01740)ER
383372.Rcas_1259(PF00534) (PF13439)(ER)
383372.Rcas_1678PF13231mitochondrial; (mitochondrial)
383372.Rcas_3637(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_1489(PF13439) (PF13692)
383372.Rcas_1488(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_1068(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_3047(PF12773) (PF00498)
383372.Rcas_4224(PF13527)(plastid)
383372.Rcas_2367(PF00498)(mitochondrial)
383372.Rcas_1288PF13579 (PF13692)
383372.Rcas_0551(PF02844) (PF02843)
383372.Rcas_2395(PF12773) (PF00498)
383372.Rcas_2957(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_0722(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_3940PF13579 (PF13692)
383372.Rcas_3098(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3175(PF02844) (PF02843)
383372.Rcas_1942(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_3140(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_4271(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_0779(PF05685)(ER)
383372.Rcas_3158(PF01740)(plastid)
383372.Rcas_4294(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_1349(PF00534)(plastid)
383372.Rcas_1183(PF01740)(mitochondrial)
383372.Rcas_2726PF13231(ER)
383372.Rcas_2209(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_2472(PF00534) PF13579
383372.Rcas_2476(PF00534) (PF06925)
383372.Rcas_4137(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_0758(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_2261(PF00534) PF13579
383372.Rcas_1210(PF06925)(ER)
383372.Rcas_0790PF13579 (PF13692)
383372.Rcas_0798(PF00534) PF13579
383372.Rcas_3665(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3068(PF01875)(plastid)
383372.Rcas_1839(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_0126(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_4314(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3275(PF00092)(plastid)
383372.Rcas_3097(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3891(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_0461(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_0464(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3648PF13579 (PF13692)
383372.Rcas_0849PF13231(ER)
383372.Rcas_3644(PF00534) (PF13439)
383372.Rcas_3884(PF13692)(plastid)
383372.Rcas_2688(PF13439) (PF00534)
383372.Rcas_3413(PF08239)
383372.Rcas_1520(PF05685)
383372.Rcas_0217(PF05685)
383372.Rcas_3525(PF00498)
383372.Rcas_0859(PF01927)
383372.Rcas_2233(PF13527)
383372.Rcas_2231PF01555
383372.Rcas_2125(PF00498)
383372.Rcas_2347PF01909
383372.Rcas_2346PF05168
383372.Rcas_2342(PF13527)
383372.Rcas_2909(PF05685)
383372.Rcas_1480(PF00498)
383372.Rcas_4193(PF01740)
383372.Rcas_1113(PF13492)
383372.Rcas_1117(PF01740)
383372.Rcas_1865(PF05685)
383372.Rcas_0994(PF02190)
383372.Rcas_4213(PF01740)
383372.Rcas_0532PF13231
383372.Rcas_3629(PF01875)
383372.Rcas_2751(PF01740)
383372.Rcas_2752(PF00534)
383372.Rcas_2206(PF05685)
383372.Rcas_2373(PF01740)
383372.Rcas_2805(PF00498)
383372.Rcas_2807(PF00498)
383372.Rcas_2808(PF00498)
383372.Rcas_1293PF01555
383372.Rcas_4183PF01555
383372.Rcas_2886(PF05685)
383372.Rcas_3435(PF05685)
383372.Rcas_3987(PF07721)
383372.Rcas_3960PF01909
383372.Rcas_1592(PF08239)
383372.Rcas_1919PF05168
383372.Rcas_2813(PF00498)
383372.Rcas_2811(PF00498)
383372.Rcas_2810(PF00498)
383372.Rcas_2749PF13231
383372.Rcas_1135(PF01078)
383372.Rcas_0083(PF14572)
383372.Rcas_0737(PF14572)
383372.Rcas_0550(PF01740)
383372.Rcas_3601(PF08239)
383372.Rcas_2777(PF01927)
383372.Rcas_1856(PF01740)
383372.Rcas_1857(PF05685)
383372.Rcas_2557(PF02190)
383372.Rcas_2394(PF00092)
383372.Rcas_1920PF01909
383372.Rcas_3610(PF00498)
383372.Rcas_1637(PF01927)
383372.Rcas_1146(PF13527)
383372.Rcas_1702(PF05685)
383372.Rcas_1703(PF05685)
383372.Rcas_0436(PF05685)
383372.Rcas_0095PF01909
383372.Rcas_2762(PF00092)
383372.Rcas_2767(PF11965)
383372.Rcas_4397PF01555
383372.Rcas_2495(PF01740)
383372.Rcas_2165(PF08239)
383372.Rcas_2162(PF00092)
383372.Rcas_2161(PF00498)
383372.Rcas_2169(PF02190)
383372.Rcas_3942(PF00534)
383372.Rcas_3015PF01909
383372.Rcas_2541(PF00498)
383372.Rcas_2010PF01555
383372.Rcas_1939PF01555
383372.Rcas_1441(PF05685)
383372.Rcas_2832(PF13229)
383372.Rcas_1719PF01909
383372.Rcas_0397PF01555
383372.Rcas_4250(PF10013)not used
383372.Rcas_4098(PF01740)
383372.Rcas_0978PF01909
383372.Rcas_0373(PF01740)
383372.Rcas_3170(PF13492)
383372.Rcas_3177(PF13492)
383372.Rcas_0573PF05168
383372.Rcas_0576PF01909
383372.Rcas_0574PF01909
383372.Rcas_0575PF05168
383372.Rcas_3375(PF05685)
383372.Rcas_3374(PF05685)
383372.Rcas_3373(PF05685)
383372.Rcas_3372(PF05685)
383372.Rcas_3392PF13579
383372.Rcas_3390(PF05685)
383372.Rcas_3395(PF05685)
383372.Rcas_0088PF01909
383372.Rcas_4339(PF00025)
383372.Rcas_1941PF13231
383372.Rcas_1542(PF11965)
383372.Rcas_1544(PF01078)
383372.Rcas_0705PF05168
383372.Rcas_4067(PF01740)
383372.Rcas_3609(PF00498)
383372.Rcas_3812(PF14572)
383372.Rcas_2481(PF05685)
383372.Rcas_2148(PF13492)
383372.Rcas_3921PF05168
383372.Rcas_3922PF01909
383372.Rcas_2521(PF00498)
383372.Rcas_1953(PF05685)
383372.Rcas_1952(PF05685)
383372.Rcas_1958PF05168
383372.Rcas_1421(PF00092)
383372.Rcas_1420(PF01078)
383372.Rcas_2277(PF01789)
383372.Rcas_1372(PF01740)
383372.Rcas_1080PF01555
383372.Rcas_1085PF07217
383372.Rcas_1171PF01555
383372.Rcas_4274(PF07721)
383372.Rcas_3486(PF05685)
383372.Rcas_3153(PF14684)
383372.Rcas_3422(PF12773)
383372.Rcas_2196(PF05685)
383372.Rcas_2194(PF05685)
383372.Rcas_2195(PF05685)
383372.Rcas_2193(PF05685)
383372.Rcas_2516(PF12899)
383372.Rcas_2518PF01555
383372.Rcas_1969PF13231
383372.Rcas_2994(PF06925)
383372.Rcas_2462PF01909
383372.Rcas_2460(PF01740)
383372.Rcas_1561(PF05685)
383372.Rcas_1988(PF00534)
383372.Rcas_0293PF13231
383372.Rcas_0292PF13231
383372.Rcas_0763PF01909
383372.Rcas_4048(PF05685)
383372.Rcas_2728PF01555
383372.Rcas_2725PF13231
383372.Rcas_0614(PF05685)
383372.Rcas_2294(PF05685)
383372.Rcas_2054(PF05685)
383372.Rcas_1997(PF05685)
383372.Rcas_0118(PF05685)
383372.Rcas_4138(PF00534)
383372.Rcas_4058(PF12773)
383372.Rcas_0029PF13231
383372.Rcas_0621(PF01740)
383372.Rcas_2661(PF02080)
383372.Rcas_3593PF01555
383372.Rcas_3227PF05168
383372.Rcas_3226PF01909
383372.Rcas_3917PF01909
383372.Rcas_2061(PF00498)
383372.Rcas_1215(PF08239)
383372.Rcas_4128PF05168
383372.Rcas_3693PF01555
383372.Rcas_3458(PF05685)
383372.Rcas_0813(PF05685)
383372.Rcas_3853(PF04734)
383372.Rcas_3858(PF01740)
383372.Rcas_3071(PF02080)
383372.Rcas_3074(PF05685)
383372.Rcas_2416PF01909
383372.Rcas_2893(PF03209)
383372.Rcas_1336(PF05685)
383372.Rcas_1335(PF05685)
383372.Rcas_1207PF01909
383372.Rcas_1020PF01909
383372.Rcas_0138(PF11397)
383372.Rcas_0134(PF05685)
383372.Rcas_4158(PF00092)
383372.Rcas_4036(PF01702)
383372.Rcas_4038PF01555
383372.Rcas_0796(PF05685)
383372.Rcas_0797(PF05685)
383372.Rcas_0795(PF05685)
383372.Rcas_0482(PF16011)
383372.Rcas_3114(PF13492)
383372.Rcas_3209PF13231
383372.Rcas_2799(PF14684)
383372.Rcas_2240(PF08239)
383372.Rcas_1833(PF05685)
383372.Rcas_1239(PF01740)
383372.Rcas_1781(PF02080)
383372.Rcas_1302PF05168
383372.Rcas_1301PF01909
383372.Rcas_1658(PF01702)
383372.Rcas_0128(PF01740)
383372.Rcas_4145(PF05685)
383372.Rcas_0787PF13231
383372.Rcas_0496(PF13692)
383372.Rcas_0493(PF13527)
383372.Rcas_0652(PF05685)
383372.Rcas_4312PF01555
383372.Rcas_0658PF13231
383372.Rcas_3789(PF05685)
383372.Rcas_0875PF01555
383372.Rcas_0872PF01909
383372.Rcas_3276(PF00498)
383372.Rcas_3654PF01909
383372.Rcas_3655(PF05685)
383372.Rcas_2789(PF01740)
383372.Rcas_2787(PF00534)
383372.Rcas_2784(PF05685)
383372.Rcas_3439(PF02190)
383372.Rcas_1821(PF05685)
383372.Rcas_0938(PF05685)
383372.Rcas_0469PF13231
383372.Rcas_0669(PF13492)
383372.Rcas_3790(PF05685)
383372.Rcas_3640(PF00534)
383372.Rcas_3867(PF05685)
383372.Rcas_3089(PF00534)
383372.Rcas_3087(PF14885)
383372.Rcas_2357(PF13527)
383372.Rcas_1810PF01555
383372.Rcas_2910(PF05685)
383372.Rcas_4164PF12315
383372.Rcas_1105PF01909

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: NO (FDR = 7.7 %)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================