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Effective results for Actinosynnema mirum DSM 43827 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 384
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 60 eukaryotic-like domains, contained in 384 proteins (23 high, 361 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
446462.Amir_4853(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(ER)
446462.Amir_3197(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF13602) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(mitochondrial)
446462.Amir_4604(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF13602) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2684(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)(mitochondrial)
446462.Amir_3292(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF13602) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3294(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF13602) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3892(PF02801) (PF08659) (PF00550) (PF16197) (PF00109)(mitochondrial)
446462.Amir_2695(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3180(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4019(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2681(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4442(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4443(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4441(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4699(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4698(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3198(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3293(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3179(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4083(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2682(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4440(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2683(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2493(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4356(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_3682(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_4911(PF02801) (PF00698) (PF00550) (PF16197) (PF08659) (PF00109)
446462.Amir_2781(PF00150) (PF03442) (PF00553)(mitochondrial); (plastid)
446462.Amir_2494(PF14765) (PF00698) (PF02801) (PF16197) (PF00109)
446462.Amir_3301(PF00553) (PF03664)mitochondrial
446462.Amir_3796(PF16499) (PF00652)(ER); (mitochondrial)
446462.Amir_3798(PF05922) (PF00082)ER
446462.Amir_2202(PF05922) (PF00082)(ER); (mitochondrial)
446462.Amir_2012(PF05922) (PF00082)ER
446462.Amir_0585(PF13359) (PF13613)(mitochondrial); (plastid)
446462.Amir_0583(PF13359) (PF13613)(mitochondrial)
446462.Amir_1665(PF16499) (PF00652)ER
446462.Amir_4516(PF00553) (PF13472)ER
446462.Amir_3495(PF00553) (PF13472)mitochondrial; (mitochondrial)
446462.Amir_3659(PF13359) (PF13613)(mitochondrial)
446462.Amir_1718(PF05922) (PF00082)(ER)
446462.Amir_6087(PF13359) (PF13613)(mitochondrial)
446462.Amir_3108(PF13472) (PF00652)ER
446462.Amir_3106(PF16499) (PF00652)ER
446462.Amir_3335(PF00150) (PF03442)ER
446462.Amir_3551(PF05922) (PF00082)ER
446462.Amir_0963(PF13359) (PF13613)(mitochondrial); plastid
446462.Amir_3537(PF13472) (PF00652)ER
446462.Amir_0183(PF13359) (PF13613)(mitochondrial)
446462.Amir_3271(PF13359) (PF13613)(mitochondrial)
446462.Amir_4177PF03211 (PF00652)(ER); (mitochondrial)
446462.Amir_3216(PF00150) (PF00553)ER
446462.Amir_1843(PF01095) (PF00544)ER
446462.Amir_4359(PF00698) (PF08659) (PF00550) (PF00109)
446462.Amir_4152(PF00150) (PF00553)ER
446462.Amir_1717(PF05922) (PF00082)ER
446462.Amir_1830(PF00150) (PF00553)ER
446462.Amir_1831(PF00553) (PF13472)(ER)
446462.Amir_6097(PF08386)ER
446462.Amir_6096(PF08386)ER
446462.Amir_2571PF03211ER
446462.Amir_3564(PF00082)ER
446462.Amir_3303(PF00553)ER
446462.Amir_1535(PF03995)ER
446462.Amir_3154(PF00652)mitochondrial
446462.Amir_1039(PF00082)ER
446462.Amir_1577(PF08386)ER
446462.Amir_3456(PF00652)ER
446462.Amir_5935(PF08386)ER; (ER)
446462.Amir_4149(PF00652)ER
446462.Amir_1438(PF05977)(ER); (mitochondrial)
446462.Amir_6857(PF13560)mitochondrial
446462.Amir_3222(PF00553)ER
446462.Amir_2178(PF13354)ER
446462.Amir_1479(PF13560)mitochondrial; (mitochondrial)
446462.Amir_3969(PF13560)mitochondrial
446462.Amir_3962(PF13354)ER
446462.Amir_4347(PF05729)(mitochondrial)
446462.Amir_1868(PF00553)mitochondrial
446462.Amir_0110(PF00652)ER
446462.Amir_1184(PF00082)mitochondrial
446462.Amir_4663(PF01095)ER
446462.Amir_4664(PF13472)mitochondrial
446462.Amir_5321(PF00652)ER
446462.Amir_1848(PF00544)ER
446462.Amir_4495(PF00550)mitochondrial; (ER)
446462.Amir_4491(PF05977)(mitochondrial)
446462.Amir_6238(PF00553)ER
446462.Amir_6232(PF09056)(ER)
446462.Amir_1305(PF03995)mitochondrial; ER
446462.Amir_4682(PF00553)ER
446462.Amir_2302(PF05977)mitochondrial; (mitochondrial)
446462.Amir_1822(PF00553)ER
446462.Amir_6213(PF00082)(ER)
446462.Amir_3987(PF01670)ER
446462.Amir_2586(PF00553)ER
446462.Amir_1343(PF13354)ER
446462.Amir_1345(PF13560)(mitochondrial); mitochondrial
446462.Amir_2701(PF13472)ER
446462.Amir_6705(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_3869(PF13472)ER
446462.Amir_2729(PF08386)(ER)
446462.Amir_7002(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_4031(PF00652)ER
446462.Amir_4030(PF03984)ER
446462.Amir_2839(PF08386)ER
446462.Amir_4964(PF01095) (PF00544) (PF00652)
446462.Amir_4966(PF03664)(ER)
446462.Amir_3214(PF00553)ER
446462.Amir_3215(PF00553)ER; (ER)
446462.Amir_2191(PF00553)mitochondrial
446462.Amir_4150(PF00652)ER
446462.Amir_3107(PF07944)mitochondrial
446462.Amir_4467PF08685ER
446462.Amir_3163(PF13472)ER
446462.Amir_2563PF03211ER
446462.Amir_2784(PF13560)mitochondrial; (mitochondrial)
446462.Amir_4925(PF13472)ER
446462.Amir_3317(PF13354)ER
446462.Amir_6121(PF13560)mitochondrial
446462.Amir_2048(PF00553)ER
446462.Amir_0491(PF05977)(mitochondrial)
446462.Amir_0499(PF05977)mitochondrial
446462.Amir_5141(PF00082)(ER)
446462.Amir_4428(PF05368)(mitochondrial); plastid
446462.Amir_3536(PF00553)ER
446462.Amir_6164(PF00150)ER
446462.Amir_2007(PF13560)mitochondrial
446462.Amir_1584(PF13472)ER
446462.Amir_4151(PF00652)ER
446462.Amir_5072(PF00553)ER
446462.Amir_2497(PF00201)(ER); ER
446462.Amir_2499(PF13472)ER
446462.Amir_4238(PF08326)mitochondrial; (mitochondrial)
446462.Amir_2027(PF05977)(mitochondrial)
446462.Amir_1281(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_4617(PF03995)ER
446462.Amir_2622(PF01687)ER
446462.Amir_5395(PF13560)(mitochondrial); (plastid)
446462.Amir_1639(PF13472)(mitochondrial)
446462.Amir_4357(PF00698) (PF16197) (PF00109)
446462.Amir_4134(PF00553)ER
446462.Amir_5797(PF13560)(mitochondrial); (plastid)
446462.Amir_2167(PF00553)ER
446462.Amir_4225(PF00150)ER
446462.Amir_2836(PF07944)(mitochondrial); (ER)
446462.Amir_3027(PF01670)ER
446462.Amir_5351(PF05977)ER
446462.Amir_2886(PF13472)ER
446462.Amir_4331(PF00652)(mitochondrial)
446462.Amir_1850(PF00652)ER
446462.Amir_1859(PF07944)mitochondrial; ER
446462.Amir_4155(PF13472)ER
446462.Amir_0185(PF13560)(mitochondrial); (plastid)
446462.Amir_3769(PF00652)ER
446462.Amir_4674(PF13472)ER
446462.Amir_4673(PF13472)ER
446462.Amir_1244(PF13472)ER
446462.Amir_3959(PF00553)ER
446462.Amir_3958(PF00544)ER
446462.Amir_5339(PF00553)ER
446462.Amir_5803(PF09056)ER
446462.Amir_6206(PF00553)ER
446462.Amir_2430(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_6434(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_4993(PF13472)ER
446462.Amir_4194(PF00082)ER
446462.Amir_4195(PF00082)ER
446462.Amir_4199(PF00544)ER
446462.Amir_5100(PF00965)ER
446462.Amir_4857(PF02801) (PF00109)(mitochondrial)
446462.Amir_4503(PF00550)ER; (ER)
446462.Amir_3355(PF08386)ER
446462.Amir_3199(PF00201)(ER)
446462.Amir_6015(PF00082)ER
446462.Amir_3994(PF08386)ER
446462.Amir_4145(PF13354)ER
446462.Amir_6573(PF00082)ER
446462.Amir_4710(PF08386)ER
446462.Amir_0902(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_0392(PF00082)ER
446462.Amir_7018(PF00082)ER
446462.Amir_1245(PF13472)ER; (mitochondrial)
446462.Amir_4844(PF00201)(mitochondrial)
446462.Amir_2071(PF11991)(mitochondrial)
446462.Amir_0194(PF13560)(plastid)
446462.Amir_5547(PF05729)(mitochondrial)
446462.Amir_4188(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_2389(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_3924(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_6257(PF13560)(plastid)
446462.Amir_1324(PF02801) (PF00109)
446462.Amir_4492(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_1944(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_6580(PF05922) (PF00082)
446462.Amir_3610(PF03995)(mitochondrial)
446462.Amir_3477(PF13560) (PF05729)
446462.Amir_5611(PF13472)(plastid)
446462.Amir_3283(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_1102(PF13560)(plastid)
446462.Amir_4554(PF13560)(plastid)
446462.Amir_3670(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_2166(PF00553)(mitochondrial)
446462.Amir_3575(PF05977)(mitochondrial)
446462.Amir_1968(PF05977)(ER)
446462.Amir_1791(PF00553)(plastid)
446462.Amir_6373(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_4578(PF13359) (PF13613)
446462.Amir_3933(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_5680(PF13560)(mitochondrial)
446462.Amir_4486(PF00550)(mitochondrial)
446462.Amir_5827(PF01687)(mitochondrial)
446462.Amir_4811PF02194 (PF05729)
446462.Amir_4506(PF00550)(plastid)
446462.Amir_3193(PF16861) (PF02543)
446462.Amir_4978(PF00201)(ER)
446462.Amir_3118(PF05368)
446462.Amir_4244(PF13560)
446462.Amir_3568(PF13527)
446462.Amir_1149(PF13527)
446462.Amir_2968(PF08386)
446462.Amir_3171(PF13602)
446462.Amir_2556(PF00652)
446462.Amir_5020(PF13292)
446462.Amir_3092(PF13560)
446462.Amir_3891(PF00550)
446462.Amir_1555(PF00082)
446462.Amir_4458(PF13560)
446462.Amir_0202PF02575
446462.Amir_0566(PF13560)
446462.Amir_3186(PF00550)
446462.Amir_4431(PF13602)
446462.Amir_5064(PF00550)
446462.Amir_4221PF02575
446462.Amir_0037(PF13560)
446462.Amir_3217PF00280
446462.Amir_2384(PF05977)
446462.Amir_2659(PF00550)
446462.Amir_2033(PF13560)
446462.Amir_6444PF02575
446462.Amir_4627(PF16715)
446462.Amir_4621(PF00150)
446462.Amir_3904(PF13560)
446462.Amir_3903(PF13602)
446462.Amir_5504PF02575
446462.Amir_5500(PF13560)
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446462.Amir_2970(PF08386)
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446462.Amir_1524(PF13292)
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446462.Amir_2641PF02575
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446462.Amir_5555(PF13560)
446462.Amir_1611(PF00082)
446462.Amir_4174(PF00553)
446462.Amir_4178(PF13602)
446462.Amir_2256(PF13527)
446462.Amir_0081(PF13816)
446462.Amir_3065(PF13472)
446462.Amir_4110(PF00698)
446462.Amir_0182(PF13560)
446462.Amir_4589(PF00550)
446462.Amir_4631(PF13560)
446462.Amir_4637(PF13602)
446462.Amir_4131(PF00150)
446462.Amir_0293(PF05977)
446462.Amir_4838(PF05368)
446462.Amir_4651(PF00550)
446462.Amir_2831(PF07944)
446462.Amir_3681(PF00550)
446462.Amir_3680(PF00550)
446462.Amir_3683(PF00550)
446462.Amir_3684(PF00550)
446462.Amir_2377(PF13560)
446462.Amir_4670(PF12740)
446462.Amir_6413(PF15588)
446462.Amir_5337(PF13602)
446462.Amir_1835(PF13560)
446462.Amir_1837(PF13560)
446462.Amir_6200(PF13602)
446462.Amir_2127(PF13560)
446462.Amir_5476(PF13560)
446462.Amir_6431(PF05729)
446462.Amir_6430(PF05729)
446462.Amir_4198(PF01095)
446462.Amir_3130(PF00550)
446462.Amir_5457(PF13602)
446462.Amir_1483(PF05729)
446462.Amir_0422(PF13602)
446462.Amir_2867PF02575
446462.Amir_2719(PF00550)
446462.Amir_4712(PF07944)
446462.Amir_6716(PF13602)
446462.Amir_3299(PF13560)
446462.Amir_3296(PF01761)
446462.Amir_2478(PF13560)
446462.Amir_6383(PF14021)
446462.Amir_6386PF02575
446462.Amir_3602(PF00550)
446462.Amir_6559(PF12740)
446462.Amir_2828(PF05368)
446462.Amir_2283(PF14124)
446462.Amir_3481PF02575
446462.Amir_4977(PF00201)
446462.Amir_6283(PF13020)
446462.Amir_5164PF02575
446462.Amir_0662(PF14124)
446462.Amir_7036PF05007
446462.Amir_3648(PF13560)
446462.Amir_3646(PF13560)
446462.Amir_2775(PF13527)
446462.Amir_4912(PF00550)
446462.Amir_2980(PF13560)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================