Effective results for Clostridium clariflavum DSM 19732 (eggnog40)
Summary
Number of putative secreted proteins: 302
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 45 eukaryotic-like domains, contained in 302 proteins (42 high, 260 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None
Protein based results
Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)
| Protein | EffectiveT3 | EffectiveCCBD | T4SEpre | EffectiveELD | Predotar |
|---|---|---|---|---|---|
| 720554.Clocl_0282 | (PF06452) (PF00331) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_1543 | (PF06452) (PF00331) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2441 | (PF03422) (PF00331) PF00457 | ER | |||
| 720554.Clocl_2194 | (PF06452) (PF00331) | ER | |||
| 720554.Clocl_3028 | (PF06165) (PF17167) | ER | |||
| 720554.Clocl_3361 | (PF03422) PF00457 | ER | |||
| 720554.Clocl_0417 | (PF12799) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0416 | (PF12799) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0419 | (PF12799) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0418 | (PF12799) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2944 | (PF00092) (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2821 | (PF08757) (PF13287) | (ER) | |||
| 720554.Clocl_2588 | (PF00092) (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_1001 | (PF12799) PF16472 | ER | |||
| 720554.Clocl_1480 | (PF03422) PF00457 | ER | |||
| 720554.Clocl_1061 | (PF08757) (PF13287) | ER | |||
| 720554.Clocl_2083 | (PF00331) PF00457 | ER; (ER) | |||
| 720554.Clocl_3103 | (PF03422) PF00457 | ER | |||
| 720554.Clocl_2435 | (PF06452) (PF00331) | ER | |||
| 720554.Clocl_3917 | PF00759 | (mitochondrial); (ER) | |||
| 720554.Clocl_0923 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_2745 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2746 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_2294 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0618 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0066 | (PF13237) | mitochondrial | |||
| 720554.Clocl_0447 | (PF00092) | ER | |||
| 720554.Clocl_3029 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_3620 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1410 | (PF00092) | ER | |||
| 720554.Clocl_1703 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_3638 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1778 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0048 | (PF00092) | ER | |||
| 720554.Clocl_0049 | (PF00092) | ER | |||
| 720554.Clocl_0078 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_4124 | (PF08757) | ER | |||
| 720554.Clocl_2976 | (PF13237) | (ER); ER | |||
| 720554.Clocl_2556 | (PF06541) | ER | |||
| 720554.Clocl_2553 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0630 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2836 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0629 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2139 | (PF00148) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1975 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_2225 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_1026 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_1567 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_0982 | (PF13237) | mitochondrial | |||
| 720554.Clocl_2108 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_3511 | (PF05598) | ER | |||
| 720554.Clocl_0371 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_3247 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2447 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_0834 | PF07808 | (ER) | |||
| 720554.Clocl_3253 | PF00759 | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_3255 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_3098 | (PF06541) | ER | |||
| 720554.Clocl_4202 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_4203 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0822 | (PF05598) | ER | |||
| 720554.Clocl_0355 | (PF12799) | ER | |||
| 720554.Clocl_1806 | PF00759 | (ER) | |||
| 720554.Clocl_2912 | PF16472 | ER | |||
| 720554.Clocl_3794 | (PF00872) | mitochondrial | |||
| 720554.Clocl_3303 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2418 | (PF00092) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_3334 | (PF00395) | (ER) | |||
| 720554.Clocl_1864 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_1044 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_3939 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2400 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_3327 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_0303 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_0018 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_1056 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_2437 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_4161 | (PF03422) | ER | |||
| 720554.Clocl_3001 | PF00759 | ER | |||
| 720554.Clocl_3006 | (PF00395) | ER | |||
| 720554.Clocl_2632 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_2742 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_2367 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_0844 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_0756 | (PF10371) (PF17147) | ||||
| 720554.Clocl_3038 | PF00759 | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_3034 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_2816 | (PF04422) (PF04432) | ||||
| 720554.Clocl_0559 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_1280 | (PF00148) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1597 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1626 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_0628 | (PF10371) (PF17147) | ||||
| 720554.Clocl_2824 | (PF04422) (PF04432) | ||||
| 720554.Clocl_2038 | (PF17032) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_0509 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_2586 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_2735 | (PF14413) (PF04446) | ||||
| 720554.Clocl_3510 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_3081 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_1652 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_0353 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_0342 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_1793 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_2315 | (PF00665) | (mitochondrial) | |||
| 720554.Clocl_1478 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_1817 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_0802 | (PF00665) PF13936 | ||||
| 720554.Clocl_0023 | (PF10371) (PF17147) | ||||
| 720554.Clocl_2355 | (PF00872) | (ER) | |||
| 720554.Clocl_0464 | (PF06165) (PF17167) | ||||
| 720554.Clocl_0465 | (PF06165) (PF17167) | ||||
| 720554.Clocl_1507 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3779 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1505 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_2689 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2743 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2744 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_2363 | (PF00395) | ||||
| 720554.Clocl_2366 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0580 | PF03031 | ||||
| 720554.Clocl_3164 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3163 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_1183 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3013 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2622 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_0449 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_0112 | (PF01991) | ||||
| 720554.Clocl_4100 | (PF00092) | ||||
| 720554.Clocl_0280 | (PF04326) | ||||
| 720554.Clocl_3399 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_2996 | (PF02582) | ||||
| 720554.Clocl_2997 | (PF02582) | ||||
| 720554.Clocl_3809 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3808 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3806 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_2311 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2317 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_1527 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2614 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_1413 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_0941 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1411 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3364 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_1704 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0057 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2386 | (PF04423) | ||||
| 720554.Clocl_2962 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2964 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2967 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_3687 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_1572 | (PF06968) | ||||
| 720554.Clocl_2819 | (PF08757) | ||||
| 720554.Clocl_3817 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2603 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3637 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_3550 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_0045 | (PF00331) | ||||
| 720554.Clocl_1605 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_3044 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1547 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0896 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2545 | (PF06968) | ||||
| 720554.Clocl_0708 | (PF12638) | ||||
| 720554.Clocl_0705 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_0704 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_1616 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2235 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3052 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2949 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_2495 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3831 | PF16760 | ||||
| 720554.Clocl_1571 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1570 | (PF06968) | ||||
| 720554.Clocl_1620 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_1281 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_3619 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_1598 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_1625 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_1624 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2138 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_0151 | (PF12681) | ||||
| 720554.Clocl_0710 | (PF03422) | ||||
| 720554.Clocl_0714 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3191 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3190 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2957 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2959 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_2823 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1566 | PF00759 | ||||
| 720554.Clocl_2720 | (PF17147) | ||||
| 720554.Clocl_1293 | (PF00395) | ||||
| 720554.Clocl_1290 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1587 | (PF00092) | ||||
| 720554.Clocl_1639 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2103 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_4083 | PF03031 | ||||
| 720554.Clocl_1961 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_0210 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_2850 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_3852 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3513 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_3516 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2117 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_3467 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3466 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0378 | (PF13237) | ||||
| 720554.Clocl_3240 | (PF06777) | ||||
| 720554.Clocl_0843 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2931 | (PF04326) | ||||
| 720554.Clocl_4188 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1343 | (PF17147) | ||||
| 720554.Clocl_1923 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3647 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3646 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3505 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2696 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2695 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_2699 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1653 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0344 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0343 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_0748 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_0745 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_0529 | (PF12799) | ||||
| 720554.Clocl_2301 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_0236 | (PF12681) | ||||
| 720554.Clocl_0232 | (PF04326) | ||||
| 720554.Clocl_2875 | PF16760 | ||||
| 720554.Clocl_1335 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1248 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_1241 | PF16472 | ||||
| 720554.Clocl_0825 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2684 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2687 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_1794 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0688 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_0354 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_0758 | (PF06968) | ||||
| 720554.Clocl_0537 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0531 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0538 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_2313 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_2314 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2919 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_3790 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_3792 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2302 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_1250 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_0814 | PF16472 | ||||
| 720554.Clocl_2673 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3412 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_3304 | (PF00395) | ||||
| 720554.Clocl_2320 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_3237 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1922 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_2328 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_1070 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_3788 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_3789 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_2415 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1267 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_1266 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_1265 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_1264 | (PF00148) | ||||
| 720554.Clocl_2084 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2331 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_2333 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2335 | (PF15588) | ||||
| 720554.Clocl_3204 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3938 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_1306 | (PF13237) | ||||
| 720554.Clocl_3935 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2401 | PF16760 | ||||
| 720554.Clocl_1272 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_1273 | (PF01695) | ||||
| 720554.Clocl_2531 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_0870 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_3436 | (PF06541) | ||||
| 720554.Clocl_0903 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0902 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_0305 | (PF00395) | ||||
| 720554.Clocl_2349 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_2341 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0277 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_3921 | (PF04326) | ||||
| 720554.Clocl_2502 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_2501 | (PF00665) | ||||
| 720554.Clocl_2500 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_2648 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_0866 | (PF11468) | ||||
| 720554.Clocl_1513 | (PF02371) | ||||
| 720554.Clocl_1516 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_0914 | (PF02915) | ||||
| 720554.Clocl_1423 | PF16760 | ||||
| 720554.Clocl_0310 | (PF05598) | ||||
| 720554.Clocl_0484 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_2351 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3175 | (PF00872) | ||||
| 720554.Clocl_3174 | (PF01527) | ||||
| 720554.Clocl_3172 | (PF03050) | ||||
| 720554.Clocl_1191 | (PF17032) |
Detailed merged results for each protein sequence
- Detailed merged results as table (merge_results.html)
- Detailed merged results as tab delimited file (merge_results.csv)
Individual results for each protein sequence
- EffectiveELD predictions (PROTEINS.ELD.TXT)
- Predotar predictions using animal/human model (Predotar_output_modelANIMAL.TXT)
- Predotar predictions using plant model (Predotar_output_modelPLANT.TXT)
Genome based results
Summary
- Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
- Functional Type III secretion system: N.D.
- Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
- Functional Type VI secretion system: N.D.
Individual results for each secretion system
Parameters:
==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================
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