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Effective results for Methylomonas methanica MC09 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 251
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 46 eukaryotic-like domains, contained in 251 proteins (103 high, 148 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): Type VI

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
857087.Metme_1426(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_1428(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_3040(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_3426(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_1558(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_1944(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_0835(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_0056(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_0515(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_1056(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_2930(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_2481(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_0433(PF13276) PF00665 PF01527(ER)
857087.Metme_2515(PF05593) (PF01841)ER
857087.Metme_1973(PF05593) (PF01841)ER
857087.Metme_3638(PF05593) (PF01841)ER; (ER)
857087.Metme_1107(PF05593) (PF01841)ER
857087.Metme_4419(PF05593) (PF01841)ER
857087.Metme_3652(PF00733) (PF13537)(mitochondrial)
857087.Metme_2993(PF13426)ER
857087.Metme_2516(PF00432)ER; (ER)
857087.Metme_2190(PF08964)ER
857087.Metme_0591(PF05116)(ER)
857087.Metme_3679(PF14269)ER
857087.Metme_3672(PF14269)ER
857087.Metme_2218(PF02239)ER
857087.Metme_1561PF13565 PF00665(mitochondrial)
857087.Metme_4008(PF02239)ER
857087.Metme_4135(PF13426)mitochondrial
857087.Metme_0715(PF00332)ER
857087.Metme_2236(PF13426)ER
857087.Metme_1106(PF00432)(ER)
857087.Metme_1386(PF00332)ER
857087.Metme_0145(PF00332)ER
857087.Metme_1806PF13436ER
857087.Metme_4036(PF13426)ER
857087.Metme_1941PF00665(mitochondrial)
857087.Metme_3406(PF13426)ER
857087.Metme_1138(PF13426)ER
857087.Metme_3368(PF01841)ER
857087.Metme_2363(PF00137)ER
857087.Metme_2826(PF13426)mitochondrial
857087.Metme_4167(PF05593)ER
857087.Metme_4169(PF02010)ER
857087.Metme_0501(PF02823)(ER); ER
857087.Metme_3756(PF13386)ER
857087.Metme_2403(PF13426)ER
857087.Metme_2408(PF13426)ER
857087.Metme_4140PF13436ER
857087.Metme_3780PF00665mitochondrial
857087.Metme_2324(PF02239)ER
857087.Metme_3254(PF13426)ER
857087.Metme_0238(PF13426)ER
857087.Metme_2262PF13436ER
857087.Metme_2685(PF13426)ER
857087.Metme_0111(PF13426)ER
857087.Metme_3901(PF13426)mitochondrial; (mitochondrial)
857087.Metme_1438(PF00432)ER
857087.Metme_2997PF13565 PF00665
857087.Metme_2406(PF13426)(ER)
857087.Metme_0773PF13565 PF00665
857087.Metme_3071(PF01841)(mitochondrial)
857087.Metme_3070(PF01841)(mitochondrial)
857087.Metme_1166(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_1169(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_3666(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_1282PF13565 PF00665
857087.Metme_0374PF13565 PF00665
857087.Metme_0977(PF13426)(mitochondrial)
857087.Metme_1286PF13565 PF00665
857087.Metme_4012(PF02239)(mitochondrial)
857087.Metme_0495(PF00306) (PF00006)
857087.Metme_3041PF13565 PF00665
857087.Metme_1977PF01527(mitochondrial)
857087.Metme_0559(PF01841)(mitochondrial)
857087.Metme_3897PF06552(mitochondrial)
857087.Metme_3433(PF05593)(mitochondrial)
857087.Metme_0059PF13565 PF00665
857087.Metme_3628(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_3545(PF16760)(plastid)
857087.Metme_1958(PF13276) PF00665
857087.Metme_0845(PF00306) (PF00006)
857087.Metme_0841(PF00137)(ER)
857087.Metme_2298PF13565 PF00665
857087.Metme_3219(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_2032(PF13276) PF00665
857087.Metme_1729(PF13276) PF00665
857087.Metme_4511(PF00119)(ER)
857087.Metme_4510(PF00137)(ER)
857087.Metme_2917PF13565 PF00665
857087.Metme_0518PF13565 PF00665
857087.Metme_0861PF14521(mitochondrial)
857087.Metme_0645PF13565 PF00665
857087.Metme_4507(PF00306) (PF00006)
857087.Metme_2909(PF01871)(mitochondrial)
857087.Metme_3524PF13565 PF00665
857087.Metme_3528PF13565 PF00665
857087.Metme_3687PF13565 PF00665
857087.Metme_1684(PF13426)(ER)
857087.Metme_2464PF13565 PF00665
857087.Metme_1260PF13565 PF00665
857087.Metme_1319PF13565 PF00665
857087.Metme_0133(PF13426)(mitochondrial)
857087.Metme_2925(PF13426)(ER)
857087.Metme_2075(PF13426)(ER)
857087.Metme_1525PF13565 PF00665
857087.Metme_0786PF13565 PF00665
857087.Metme_0122PF13565 PF00665
857087.Metme_1796PF13565 PF00665
857087.Metme_1336(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_3658(PF00685)(ER)
857087.Metme_1435(PF05593)(ER)
857087.Metme_1344(PF00733) (PF13537)
857087.Metme_0321PF13565 PF00665
857087.Metme_0324PF13565 PF00665
857087.Metme_0690(PF13276) PF00665
857087.Metme_3313(PF13386)
857087.Metme_2998PF01527
857087.Metme_2202PF14521
857087.Metme_0592(PF05116)
857087.Metme_1429PF01527
857087.Metme_0774PF01527
857087.Metme_3678(PF00685)
857087.Metme_3673PF13565
857087.Metme_3853(PF16158)
857087.Metme_1575(PF13281)
857087.Metme_1570(PF13426)
857087.Metme_2724(PF05116)
857087.Metme_1562PF01527
857087.Metme_0763(PF02958)
857087.Metme_0012PF00665
857087.Metme_3660(PF00685)
857087.Metme_1283PF01527
857087.Metme_1285PF01527
857087.Metme_0373PF01527
857087.Metme_0629(PF02033)
857087.Metme_0159(PF13426)
857087.Metme_3611PF13565
857087.Metme_3729(PF05076)
857087.Metme_2230(PF13426)
857087.Metme_2231PF13565
857087.Metme_1144(PF00025)
857087.Metme_0498(PF00119)
857087.Metme_1140(PF13426)
857087.Metme_0497(PF00137)
857087.Metme_0494(PF00231)
857087.Metme_0039PF13565
857087.Metme_3042PF01527
857087.Metme_2953(PF00006)
857087.Metme_1972(PF05593)
857087.Metme_1153PF01527
857087.Metme_1156PF01527
857087.Metme_1802PF14521
857087.Metme_0041PF00665
857087.Metme_3639(PF05593)
857087.Metme_3633(PF05593)
857087.Metme_3636(PF05593)
857087.Metme_3094(PF13426)
857087.Metme_3093(PF13426)
857087.Metme_2944(PF13386)
857087.Metme_1124(PF13426)
857087.Metme_0837(PF00006)
857087.Metme_0838(PF02823)
857087.Metme_0058PF01527
857087.Metme_3623(PF00685)
857087.Metme_2378(PF13426)
857087.Metme_2375(PF13426)
857087.Metme_2377(PF13426)
857087.Metme_1008PF00665
857087.Metme_1133(PF05706)
857087.Metme_0449(PF04862)
857087.Metme_2916PF01527
857087.Metme_0846(PF00231)
857087.Metme_0840(PF00119)
857087.Metme_0062(PF13426)
857087.Metme_0066(PF01841)
857087.Metme_2360(PF00006)
857087.Metme_2366(PF00006)
857087.Metme_2299PF01527
857087.Metme_2033PF01527
857087.Metme_2740(PF10504)
857087.Metme_1721(PF04930)
857087.Metme_1100(PF02958)
857087.Metme_0982(PF13426)
857087.Metme_0859PF14521
857087.Metme_1211(PF13429)
857087.Metme_0292(PF01841)
857087.Metme_3776PF01527
857087.Metme_3175(PF13444)
857087.Metme_3172(PF13444)
857087.Metme_2354PF01527
857087.Metme_4431(PF13426)
857087.Metme_0517PF01527
857087.Metme_1203(PF00685)
857087.Metme_0644PF01527
857087.Metme_3741(PF13426)
857087.Metme_4500PF00665
857087.Metme_4504(PF02823)
857087.Metme_4505(PF00006)
857087.Metme_4506(PF00231)
857087.Metme_3692(PF14832)
857087.Metme_0372PF00665
857087.Metme_3525PF01527
857087.Metme_3529PF01527
857087.Metme_1905(PF13444)
857087.Metme_1694(PF13426)
857087.Metme_1290(PF02033)
857087.Metme_0502(PF00006)
857087.Metme_0872PF13565
857087.Metme_0477(PF13426)
857087.Metme_3688PF01527
857087.Metme_4150PF13565
857087.Metme_3680(PF13661)
857087.Metme_3530PF00665
857087.Metme_1681(PF13426)
857087.Metme_1683(PF13426)
857087.Metme_2465PF01527
857087.Metme_1262(PF05593)
857087.Metme_1261PF01527
857087.Metme_1311(PF13444)
857087.Metme_1317(PF13444)
857087.Metme_4567PF13565
857087.Metme_2929(PF16095)
857087.Metme_3786PF01527
857087.Metme_3785PF00665
857087.Metme_3788PF00665
857087.Metme_2490PF01527
857087.Metme_1781(PF16095)
857087.Metme_1417(PF01871)
857087.Metme_1073PF04733
857087.Metme_1075(PF13426)
857087.Metme_1893(PF13426)
857087.Metme_1523PF00665
857087.Metme_1526PF01527
857087.Metme_0787PF01527
857087.Metme_1320PF01527
857087.Metme_0123PF01527
857087.Metme_4311PF13565
857087.Metme_3240(PF06080)
857087.Metme_2445(PF13426)
857087.Metme_1797PF01527
857087.Metme_0939(PF06080)
857087.Metme_0689PF01527
857087.Metme_4233(PF13429)
857087.Metme_4432(PF13426)
857087.Metme_1436(PF01841)
857087.Metme_0323PF01527
857087.Metme_0326PF13565
857087.Metme_0327(PF05076)
857087.Metme_0329(PF05076)
857087.Metme_4334(PF00006)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 2.5 (20/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================