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Effective results for Coprococcus comes ATCC 27758 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 150
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 31 eukaryotic-like domains, contained in 150 proteins (4 high, 146 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
470146.COPCOM_03708(PF01381)ER
470146.COPCOM_02721(PF06541)(ER)
470146.COPCOM_01629(PF06695)ER
470146.COPCOM_02832(PF05738)(ER)
470146.COPCOM_01087(PF01554)(ER)
470146.COPCOM_01860(PF01381)mitochondrial; (mitochondrial)
470146.COPCOM_02776(PF01554)ER
470146.COPCOM_00612(PF05738)ER
470146.COPCOM_00106(PF05167)(mitochondrial)
470146.COPCOM_01241(PF01554)ER; (ER)
470146.COPCOM_01240(PF01554)(mitochondrial)
470146.COPCOM_03581(PF01554)ER
470146.COPCOM_02612(PF12821)(ER)
470146.COPCOM_00959(PF06541)(ER)
470146.COPCOM_00484(PF12821)ER
470146.COPCOM_01051(PF01554)ER
470146.COPCOM_01050(PF01554)ER
470146.COPCOM_03826(PF00137)ER
470146.COPCOM_01950(PF01131)(mitochondrial)
470146.COPCOM_01222(PF01554)ER
470146.COPCOM_00150(PF01381)(mitochondrial)
470146.COPCOM_03579(PF01381)(mitochondrial)
470146.COPCOM_03546(PF01381)mitochondrial; (mitochondrial)
470146.COPCOM_02235(PF01554)ER
470146.COPCOM_02236(PF01554)ER; (ER)
470146.COPCOM_02054(PF01554)(mitochondrial)
470146.COPCOM_02064(PF00137)ER
470146.COPCOM_01437(PF05738)ER
470146.COPCOM_01439(PF06541)ER
470146.COPCOM_03469(PF05738)ER
470146.COPCOM_02023(PF06541)ER
470146.COPCOM_03662(PF16875) (PF16874)
470146.COPCOM_03904(PF16875) (PF16874)
470146.COPCOM_00596(PF01131)(ER)
470146.COPCOM_00332(PF01554)(ER)
470146.COPCOM_01529(PF01554)(ER)
470146.COPCOM_03105(PF16875) (PF16874)
470146.COPCOM_01848(PF04383)(mitochondrial)
470146.COPCOM_01208(PF01554)(plastid)
470146.COPCOM_02962(PF01131)(mitochondrial)
470146.COPCOM_00802(PF00344)(mitochondrial)
470146.COPCOM_03570PF12873(ER)
470146.COPCOM_03543(PF01554)(ER)
470146.COPCOM_02437(PF01131)(mitochondrial)
470146.COPCOM_01164(PF05738)plastid
470146.COPCOM_02267(PF01554)(plastid)
470146.COPCOM_03505(PF01381)(mitochondrial)
470146.COPCOM_01421(PF01554)(mitochondrial)
470146.COPCOM_03709(PF01381)
470146.COPCOM_03921(PF01381)
470146.COPCOM_02829(PF05738)
470146.COPCOM_02821(PF01381)
470146.COPCOM_03247(PF01807)
470146.COPCOM_03244(PF01381)not used
470146.COPCOM_02628(PF01381)
470146.COPCOM_01899(PF12646)
470146.COPCOM_01893(PF01381)
470146.COPCOM_00872(PF01381)
470146.COPCOM_00295(PF01381)
470146.COPCOM_03406(PF01381)
470146.COPCOM_00607(PF01807)
470146.COPCOM_00935(PF02224)
470146.COPCOM_00936(PF02224)
470146.COPCOM_00597(PF01131)
470146.COPCOM_01465(PF01795)
470146.COPCOM_02853(PF01381)
470146.COPCOM_02777(PF01554)
470146.COPCOM_03913(PF05738)
470146.COPCOM_00611(PF01131)
470146.COPCOM_00613(PF05738)
470146.COPCOM_01187(PF01381)
470146.COPCOM_00107(PF05167)
470146.COPCOM_02985PF14311
470146.COPCOM_01697(PF04607)
470146.COPCOM_01247(PF01807)
470146.COPCOM_00320(PF04607)
470146.COPCOM_03582(PF01554)
470146.COPCOM_03216(PF01381)
470146.COPCOM_02613(PF12821)
470146.COPCOM_03696(PF01381)
470146.COPCOM_01847(PF04383)
470146.COPCOM_01999(PF01554)
470146.COPCOM_01205(PF16158)
470146.COPCOM_00622(PF04607)
470146.COPCOM_00137(PF01381)
470146.COPCOM_01538(PF02127)
470146.COPCOM_01536(PF02127)
470146.COPCOM_01537(PF02127)
470146.COPCOM_03757(PF00165)not used
470146.COPCOM_02370(PF01381)
470146.COPCOM_02609(PF02504)
470146.COPCOM_03119(PF01381)
470146.COPCOM_02153(PF01554)
470146.COPCOM_01941(PF00137)
470146.COPCOM_00494(PF00562)
470146.COPCOM_00495(PF00562)
470146.COPCOM_03569PF12873
470146.COPCOM_03764(PF01381)
470146.COPCOM_03163(PF01554)
470146.COPCOM_02360(PF01807)
470146.COPCOM_01044(PF04607)
470146.COPCOM_01821(PF01381)
470146.COPCOM_00803(PF00344)
470146.COPCOM_00571(PF04607)
470146.COPCOM_03571(PF01381)
470146.COPCOM_03777(PF01381)
470146.COPCOM_00497(PF01381)
470146.COPCOM_02314(PF01381)
470146.COPCOM_01495(PF07247)
470146.COPCOM_01366(PF01554)
470146.COPCOM_02948(PF01416)
470146.COPCOM_00564(PF01416)
470146.COPCOM_00214(PF04607)
470146.COPCOM_03096(PF01554)
470146.COPCOM_03145(PF12437)
470146.COPCOM_03144(PF12437)
470146.COPCOM_03430(PF01381)
470146.COPCOM_01155(PF03577)
470146.COPCOM_01156(PF03577)
470146.COPCOM_01157(PF03577)
470146.COPCOM_01971(PF01381)
470146.COPCOM_01372(PF01554)
470146.COPCOM_00510(PF01381)
470146.COPCOM_01770(PF01554)
470146.COPCOM_00221(PF12821)
470146.COPCOM_03556(PF01807)
470146.COPCOM_03428(PF01381)
470146.COPCOM_02110(PF08459)
470146.COPCOM_00161(PF01381)
470146.COPCOM_00237(PF01381)not used
470146.COPCOM_03637(PF01554)
470146.COPCOM_03459(PF01381)
470146.COPCOM_02109(PF08459)
470146.COPCOM_03854(PF05738)
470146.COPCOM_00539(PF01795)
470146.COPCOM_00241(PF01381)
470146.COPCOM_02712(PF06541)
470146.COPCOM_02480PF14311
470146.COPCOM_00523(PF01381)
470146.COPCOM_03612(PF01554)
470146.COPCOM_00649(PF04607)
470146.COPCOM_00089(PF02504)
470146.COPCOM_00392(PF01131)
470146.COPCOM_01129(PF01554)
470146.COPCOM_01128(PF01554)
470146.COPCOM_01630(PF06695)
470146.COPCOM_01387(PF02475)
470146.COPCOM_00654(PF01416)
470146.COPCOM_00090(PF02504)
470146.COPCOM_01413(PF02127)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================