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Effective results for Micromonospora aurantiaca ATCC 27029 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 197
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 45 eukaryotic-like domains, contained in 197 proteins (50 high, 147 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): None

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
644283.Micau_2468(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2469(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2464(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2465(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2466(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2467(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2460(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2461(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2463(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2786(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2456(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2472(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2471(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2470(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2644(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_2514(PF02801) (PF00698) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_3001PF00553 (PF03664)ER
644283.Micau_6021(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_1825(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_1836(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_5990(PF14200) (PF03664)mitochondrial
644283.Micau_3896(PF02801) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_3895(PF02801) (PF08659) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_0715(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_2782(PF02801) (PF16197) (PF00109)(plastid)
644283.Micau_4785(PF01658) (PF07994)(mitochondrial)
644283.Micau_3337PF00553 (PF00331)(mitochondrial)
644283.Micau_3684PF00553 (PF00331)ER
644283.Micau_3496(PF02801) (PF00109)(mitochondrial)
644283.Micau_5171(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_1852(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_4276(PF13359) (PF13613)mitochondrial; plastid
644283.Micau_2078(PF13529)(mitochondrial)
644283.Micau_3007PF00553ER
644283.Micau_3000PF00553ER
644283.Micau_0727PF00553mitochondrial
644283.Micau_1672PF00553mitochondrial
644283.Micau_1673(PF03664) (PF00331)(mitochondrial)
644283.Micau_5197PF00553ER
644283.Micau_1618(PF11721)mitochondrial; ER
644283.Micau_4342(PF13529)mitochondrial
644283.Micau_5229(PF12740)ER
644283.Micau_1630PF00553ER
644283.Micau_5498(PF00163)(mitochondrial)
644283.Micau_0511(PF13563)ER
644283.Micau_4514PF00553ER
644283.Micau_5066PF00553mitochondrial; (mitochondrial)
644283.Micau_5060(PF08376)(ER)
644283.Micau_0022(PF01580)mitochondrial; ER
644283.Micau_2972PF00553ER
644283.Micau_2979PF00553mitochondrial; ER
644283.Micau_1959(PF02057)mitochondrial; (ER)
644283.Micau_1958PF00553ER
644283.Micau_1546PF00553(ER); ER
644283.Micau_5185PF00553ER
644283.Micau_6188(PF11721)ER
644283.Micau_5231(PF12740)ER
644283.Micau_3698(PF14200)ER
644283.Micau_4288(PF08376)ER; (ER)
644283.Micau_3817(PF14200)ER
644283.Micau_3814PF00553ER
644283.Micau_3813PF00553ER
644283.Micau_4631(PF03423)ER
644283.Micau_4434(PF00163)(mitochondrial)
644283.Micau_1960PF00553ER
644283.Micau_1211(PF00094)ER
644283.Micau_2816(PF13529)mitochondrial
644283.Micau_1324PF00553ER
644283.Micau_2574PF00553mitochondrial
644283.Micau_3953PF00553ER
644283.Micau_1146PF00553ER
644283.Micau_3915(PF05448)(mitochondrial); (plastid)
644283.Micau_3665(PF08326)mitochondrial; (mitochondrial)
644283.Micau_0363(PF13529)ER
644283.Micau_2188PF00553ER
644283.Micau_3645(PF00331)mitochondrial; ER
644283.Micau_4261PF00553ER
644283.Micau_0282(PF00331)ER
644283.Micau_3624PF00553ER
644283.Micau_3623PF00553(ER); (mitochondrial)
644283.Micau_5762(PF08376)ER
644283.Micau_5034(PF02223)mitochondrial
644283.Micau_1708PF00553ER
644283.Micau_5198(PF14200)ER
644283.Micau_1946PF00553ER
644283.Micau_4814(PF13529)mitochondrial
644283.Micau_0561(PF01580)(mitochondrial)
644283.Micau_1231(PF08445)(mitochondrial)
644283.Micau_1936PF00553mitochondrial
644283.Micau_0620PF00553mitochondrial
644283.Micau_3825PF00553ER
644283.Micau_4440PF06772(ER)
644283.Micau_4167PF00553mitochondrial; ER
644283.Micau_2641(PF02801) (PF16197) (PF00109)
644283.Micau_4398PF00553mitochondrial; ER
644283.Micau_3729PF00553ER
644283.Micau_4409(PF01580)(mitochondrial)
644283.Micau_2566(PF14200)mitochondrial
644283.Micau_3883(PF02801) (PF00109)(ER)
644283.Micau_2689PF00553ER
644283.Micau_0788(PF08376)mitochondrial
644283.Micau_2524(PF14200)(mitochondrial)
644283.Micau_2522(PF14200)ER
644283.Micau_4255PF00553ER
644283.Micau_0108(PF05719)(mitochondrial)
644283.Micau_3672(PF14200)mitochondrial; ER
644283.Micau_1957(PF14200)ER
644283.Micau_4715(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_0551(PF13529)(ER)
644283.Micau_3483(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_3486(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_3877(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_0453(PF02223)(plastid)
644283.Micau_2690PF00553(mitochondrial)
644283.Micau_1498(PF01580)(mitochondrial)
644283.Micau_4019(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_4018(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_4104(PF08376)(mitochondrial)
644283.Micau_2620(PF01658) (PF07994)
644283.Micau_3495(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_3725(PF02801) (PF00109)
644283.Micau_3882(PF00698)(mitochondrial)
644283.Micau_5713(PF06202)
644283.Micau_5712(PF02036)
644283.Micau_3003PF06772
644283.Micau_3002PF00553
644283.Micau_4712(PF00698)
644283.Micau_1615(PF13529)
644283.Micau_0987(PF02575)
644283.Micau_1582PF06772
644283.Micau_3361(PF01668)
644283.Micau_3325PF06772
644283.Micau_3850(PF11397)
644283.Micau_3427(PF13563)
644283.Micau_5474(PF08376)
644283.Micau_4794(PF08376)
644283.Micau_2897(PF01580)
644283.Micau_2402(PF02036)
644283.Micau_3129PF06772
644283.Micau_0579(PF02575)
644283.Micau_2015(PF02575)
644283.Micau_2679(PF05448)
644283.Micau_5654PF08213not used
644283.Micau_1864(PF00406)
644283.Micau_0432(PF01847)
644283.Micau_5353(PF01580)
644283.Micau_5607PF00553
644283.Micau_4170(PF08376)
644283.Micau_4418(PF08445)
644283.Micau_3506PF06772
644283.Micau_0455(PF02575)
644283.Micau_4037(PF12862)
644283.Micau_3892(PF08540)
644283.Micau_3899(PF00698)
644283.Micau_1223(PF10974)
644283.Micau_5506(PF00406)
644283.Micau_4229(PF02223)
644283.Micau_2309(PF08445)
644283.Micau_1184PF01357
644283.Micau_0809(PF01789)
644283.Micau_5894(PF01580)
644283.Micau_4263(PF05719)
644283.Micau_0285(PF00331)
644283.Micau_2729(PF08445)
644283.Micau_1061(PF11918)
644283.Micau_4378(PF11338)
644283.Micau_2903(PF11338)
644283.Micau_0197(PF02036)
644283.Micau_1025(PF01668)
644283.Micau_5011(PF06202)
644283.Micau_3842(PF02575)
644283.Micau_1765(PF05719)
644283.Micau_3369(PF08445)
644283.Micau_0562(PF02575)
644283.Micau_4606PF06772
644283.Micau_5012(PF02036)
644283.Micau_3835(PF01580)
644283.Micau_3830(PF02575)
644283.Micau_3392(PF05448)
644283.Micau_3398(PF00102)
644283.Micau_6274(PF01658)
644283.Micau_0763(PF13563)
644283.Micau_4162PF06772
644283.Micau_5951(PF02575)
644283.Micau_1857(PF00406)
644283.Micau_4188(PF06202)
644283.Micau_0807(PF05719)
644283.Micau_2544(PF05719)
644283.Micau_2540(PF13563)
644283.Micau_3204(PF08445)
644283.Micau_2042(PF10974)
644283.Micau_5882(PF01580)
644283.Micau_2054(PF13563)
644283.Micau_2057(PF02036)
644283.Micau_3903(PF08540)
644283.Micau_0373(PF02575)
644283.Micau_3063(PF02575)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: NO (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: N.D.
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: N.D.

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================