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Effective results for Flavobacterium johnsoniae UW101 (eggnog40)

Summary

Number of putative secreted proteins: 164
- Predicted by T4SEpre: 0
- Predicted by EffectiveELD: 50 eukaryotic-like domains, contained in 164 proteins (11 high, 153 medium Z-score)
Predicted protein secretion systems (parentheses indicate weak positive predictions lacking more than 50% of core proteins of a secretion system): (Type VI)

Protein based results

Putative secreted proteins (weak evidence indicated by parentheses)

ProteinEffectiveT3EffectiveCCBDT4SEpreEffectiveELDPredotar
376686.Fjoh_4197(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_4225(PF02929) (PF00703) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_3378(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_2038(PF02929) (PF02837) (PF00703) (PF02836)ER
376686.Fjoh_0779(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_4075(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_4074(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER; (ER)
376686.Fjoh_3111(PF00703) (PF16355) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_3118(PF02929) (PF00703) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_4102(PF02929) (PF00703) (PF02837) (PF02836)mitochondrial; (mitochondrial)
376686.Fjoh_3874(PF01915) (PF14310) (PF07691)ER
376686.Fjoh_3883(PF01915) (PF14310) (PF07691)ER
376686.Fjoh_4198(PF00703) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_2024(PF00703) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_2042(PF01915) (PF14310) (PF07691)ER
376686.Fjoh_2082(PF00703) (PF02837) (PF02836)ER
376686.Fjoh_3861(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_0674(PF13287) (PF07691)ER
376686.Fjoh_3521(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_4963(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_1905(PF02055) (PF17189)(ER)
376686.Fjoh_3389(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_0775(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_3392(PF14310) (PF01915)ER; (ER)
376686.Fjoh_1566(PF02055) (PF17189)ER
376686.Fjoh_1567(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_1564(PF14310) (PF01915)ER
376686.Fjoh_1562(PF02055) (PF17189)ER
376686.Fjoh_1563(PF02055) (PF17189)ER
376686.Fjoh_4557(PF01182)mitochondrial
376686.Fjoh_3877(PF03648)ER
376686.Fjoh_3522(PF02230)ER
376686.Fjoh_4317(PF13502)ER; (ER)
376686.Fjoh_4481(PF07081)ER
376686.Fjoh_3685(PF03432)(mitochondrial)
376686.Fjoh_1683(PF13415)ER
376686.Fjoh_0808PF02140ER
376686.Fjoh_0806(PF07691)ER
376686.Fjoh_1224(PF02112)ER
376686.Fjoh_3798(PF16117)(ER)
376686.Fjoh_4975PF16401ER
376686.Fjoh_2780(PF13899)ER
376686.Fjoh_3249(PF13653)ER
376686.Fjoh_3244(PF02230)ER
376686.Fjoh_4964(PF03629)ER
376686.Fjoh_4819(PF01915)ER; (ER)
376686.Fjoh_3654(PF03432)(mitochondrial)
376686.Fjoh_4172(PF16670)ER
376686.Fjoh_4228(PF00295)ER
376686.Fjoh_2358(PF07971)ER
376686.Fjoh_1645(PF02494)(ER)
376686.Fjoh_4232(PF03629)ER
376686.Fjoh_3185(PF13502)ER
376686.Fjoh_2013(PF13899)ER
376686.Fjoh_4247(PF00295)ER
376686.Fjoh_3563(PF03432)(mitochondrial)
376686.Fjoh_3757(PF13899)ER
376686.Fjoh_2379(PF01094)ER
376686.Fjoh_4256(PF00295)ER
376686.Fjoh_2714(PF07971)ER
376686.Fjoh_2715(PF07971)ER
376686.Fjoh_2713(PF02837) (PF02836)(ER)
376686.Fjoh_3761(PF03432)(mitochondrial)
376686.Fjoh_1548(PF13502)ER; (ER)
376686.Fjoh_2039(PF13287)ER
376686.Fjoh_2032(PF07971)ER
376686.Fjoh_4088(PF00295)ER
376686.Fjoh_4466(PF13899)ER
376686.Fjoh_0773(PF03629)ER
376686.Fjoh_1422(PF13899)ER
376686.Fjoh_2041(PF07971)(ER)
376686.Fjoh_4382PF08837(mitochondrial)
376686.Fjoh_0174(PF07081)ER
376686.Fjoh_0171(PF04041)mitochondrial
376686.Fjoh_3125(PF07971)(ER); ER
376686.Fjoh_1962PF08837ER
376686.Fjoh_3018(PF03432)mitochondrial
376686.Fjoh_3124(PF07971)ER
376686.Fjoh_3713(PF03432)mitochondrial
376686.Fjoh_1716(PF13502)ER
376686.Fjoh_1985(PF02494)(ER)
376686.Fjoh_4115(PF00295)(ER)
376686.Fjoh_1993(PF03648)ER
376686.Fjoh_3115(PF00295)ER
376686.Fjoh_3114(PF00295)ER
376686.Fjoh_3117PF16401(ER)
376686.Fjoh_4614(PF09346)(mitochondrial)
376686.Fjoh_4103(PF04041)ER
376686.Fjoh_4100(PF03629)ER
376686.Fjoh_4327(PF16317)ER
376686.Fjoh_4820PF16401ER; (ER)
376686.Fjoh_3657(PF13207)(mitochondrial)
376686.Fjoh_3806(PF08491)(ER)
376686.Fjoh_3955(PF00027)(plastid)
376686.Fjoh_1342(PF13502)(mitochondrial)
376686.Fjoh_4136(PF04041)
376686.Fjoh_4955(PF04041)
376686.Fjoh_4311(PF04041)
376686.Fjoh_1825(PF12576)
376686.Fjoh_4632(PF00027)
376686.Fjoh_2130(PF13906)
376686.Fjoh_2139(PF13899)
376686.Fjoh_4492(PF16670)
376686.Fjoh_4303(PF00027)
376686.Fjoh_2414(PF04405)
376686.Fjoh_0475(PF00027)
376686.Fjoh_4155(PF09346)
376686.Fjoh_4157(PF09346)
376686.Fjoh_5036(PF03803)
376686.Fjoh_4812(PF01182)
376686.Fjoh_2680(PF03400)
376686.Fjoh_2329(PF08695)
376686.Fjoh_4992PF16401
376686.Fjoh_3640(PF06414)
376686.Fjoh_1461(PF09346)
376686.Fjoh_1262PF07492
376686.Fjoh_4762(PF07766)
376686.Fjoh_4181(PF02230)
376686.Fjoh_2580(PF09346)
376686.Fjoh_3294(PF00027)
376686.Fjoh_1583(PF00027)
376686.Fjoh_4533(PF00027)
376686.Fjoh_3565PF08837
376686.Fjoh_1849(PF13366)
376686.Fjoh_3193(PF00027)
376686.Fjoh_2480(PF00027)
376686.Fjoh_2029(PF01182)
376686.Fjoh_3997(PF00027)
376686.Fjoh_0081(PF13366)
376686.Fjoh_3611(PF03400)
376686.Fjoh_2567(PF00027)
376686.Fjoh_3388(PF07081)not used
376686.Fjoh_2381(PF01182)
376686.Fjoh_0894(PF09346)
376686.Fjoh_2034(PF04041)
376686.Fjoh_4108(PF12588)
376686.Fjoh_3814(PF00027)
376686.Fjoh_4064(PF00027)
376686.Fjoh_4656PF08837
376686.Fjoh_4476(PF06414)
376686.Fjoh_4380(PF03432)
376686.Fjoh_0943(PF13366)
376686.Fjoh_4447(PF00027)
376686.Fjoh_2535(PF00027)
376686.Fjoh_0626(PF09346)
376686.Fjoh_3131(PF00027)
376686.Fjoh_2447(PF02230)
376686.Fjoh_1392(PF00027)
376686.Fjoh_4871(PF00027)
376686.Fjoh_3328PF08837
376686.Fjoh_4424(PF00027)
376686.Fjoh_2842(PF00027)
376686.Fjoh_0028(PF00027)
376686.Fjoh_4053(PF00027)
376686.Fjoh_4057(PF04405)
376686.Fjoh_4801(PF01182)
376686.Fjoh_3107(PF00027)
376686.Fjoh_3217(PF00027)
376686.Fjoh_3733(PF00027)
376686.Fjoh_3119(PF05153)
376686.Fjoh_1375(PF13366)
376686.Fjoh_3693(PF03400)
376686.Fjoh_1740(PF00027)
376686.Fjoh_4626(PF13875)

Detailed merged results for each protein sequence

Individual results for each protein sequence

Genome based results

Summary

  • Gram negative: YES (FDR = 0.5 %)
  • Functional Type III secretion system: NO (FDR = 12.5 %)
  • Functional Type IV secretion system: NO (FDR = 7.2 %)
  • Functional Type VI secretion system: YES (FDR = 7.7 %)
    Estimated copy number = 0.375 (3/8 KEGG proteins)

Individual results for each secretion system

Parameters:

==========================================================
EFFECTIVE_T3_OLD=selective
EFFECTIVE_T3_NEW=selective
PREDOTAR_ANIMAL_OR_PLANT=a
PROTEINS=INPUT PROTEINS
MODUS=genome
RUN_PREDOTAR=T
RUN_EFFECTIVE_T3=T
RUN_T4SEpre=0.5
RUN_EFFECTIVE_CCBD=T
RUN_EFFECTIVE_ELD=4
CheckM_COMPLETENESS=
RUN_EffectiveS346=T
GENOTYPE=COG Profile
EMAIL=
==========================================================